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NeuroClaw Logo

NeuroClaw:面向可执行与可复现神经影像研究的闭环智能体 AI

CUHK logo       Massachusetts General Hospital logo       Lehigh University logo

Python License Skills arXiv Homepage NeuroOracle

English README

📖 概述

NeuroClaw 是一个面向可执行、可复现神经影像研究的 Research Assistant。其核心优势在于 神经影像数据集与模型适配:将原始扫描快速转化为可用输入,并使临床与研究人员以最小配置成本运行深度学习模型。

神经影像数据集需要专业的预处理,而预处理质量直接决定模型有效性。许多流程假设数据已被严格整理,而 MedicalClaw 对开源模型执行的自动化支持有限(主要集中在 TimesFM 和 AlphaFold 等大型项目),导致用户需投入大量时间在环境配置上。

NeuroClaw 强调 数据处理模型配置/执行。它既提供独立可用的 GUI 和 CLI 工具,也可以作为技能库集成到 OpenClaw、Hermes、Claude Code 等 agent 项目中。

说明

  • 我们构造了 NeuroBench 用于评估 multi-agent 在神经影像工作流(特别是原始数据处理和模型执行)中的性能,并计划完善基准、评测现有 medical claw 与 general claw 系统。
  • 每个 SKILL.md 的末尾标注作者信息,如有问题请向对应作者提交 issue。

🚀 更新日志

  • [2026.05.23]:NeuroBench 现已覆盖数据处理与模型运行。
  • [2026.05.20]neurooracle.atoms 形式化 7 原子 × 15 标准任务 + 4 条中介链
  • [2026.05.15]:NeuroOracle 上线,知识图谱探索器与假设引擎,在线 demo 见 https://huggingface.co/spaces/zxcvb20001/NeuroOracle。
  • [2026.05.06]:新增 19 个数据集和模态技能及配套脚本;全部 86 个技能统一元数据格式(layerskill_typedependencies);skill_loader DAG 验证确保依赖图无环。
  • [2026.04.28]:我们的技术报告已上线 arXiv:https://arxiv.org/abs/2604.24696
  • [2026.04.22]:v1.0 发布,稳定版发布,包含改进与完整文档。
  • [2026.04.17]:项目首页已上线,欢迎访问:https://cuhk-aim-group.github.io/NeuroClaw/
  • [2026.04.08]:NeuroBench 发布,用于 multi-agent 神经影像工作流评估。
  • [2026.04.02]:v0.1 发布,NeuroClaw 框架和核心功能完成。

✨ 核心特性

NeuroClaw 框架概览

🔄 数据感知编排

  • 数据集上下文规划:围绕数据集结构、元数据和工作流阶段来组织能力,而不是简单围绕“调用哪个工具”
  • 自动技能推荐:用户指定目标数据集后,NeuroClaw 会推荐相关技能并生成可执行工作流
  • 预处理约束感知:在编排过程中考虑特定数据集的模态可用性和预处理要求

适配的数据集概况

数据集 支持模态 附加数据 队列规模 官方链接
ABCD Study T1w; T2w; dMRI; rs-fMRI; task-fMRI 身体与心理健康、物质使用、文化/环境、神经认知、生物学数据 目标队列约 11,500 名儿童;完整批次通过 NIMH Data Archive 发布 https://abcdstudy.org/
ABIDE T1w; rs-fMRI ASD/对照表型数据 来自 17 个国际站点的 1,112 份数据集 https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/abide/
ADHD-200 T1w; rs-fMRI 诊断状态、ADHD 症状量表、人口统计学信息、用药史、质控指标 8 个成像站点共 776 名参与者/数据集 https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/adhd200/
AIBL T1w; PET (PiB, FDG, tau) 认知评估、血液生物标志物、生活方式与人口统计学数据、APOE 基因型 约 1,100+ 名参与者(健康对照、MCI、AD) https://aibl.csiro.au/
AOMIC T1w; rs-fMRI; task-fMRI 人格特质(大五人格)、流体智力、人口统计学数据 约 1,000+ 名参与者 https://nilab-uva.github.io/AOMIC.github.io/
ADNI T1w; T2w; FLAIR; dMRI; rs-fMRI; PET 遗传/组学数据、临床与认知评估 ADNI 各阶段累计约 2,000+ 名参与者 https://adni.loni.usc.edu/
BOLD5000 T1w; task-fMRI 视觉图像刺激、类别与图像元数据 4 名参与者,完成 5,000 张图像的视觉 fMRI 实验 https://bold5000-dataset.github.io/
Cam-CAN T1w; T2*w; rs-fMRI; task-fMRI; MEG 覆盖成人寿命跨度的认知、感觉与健康测量 约 700 名 18-88 岁参与者 https://www.cam-can.org/
COBRE T1w; rs-fMRI 人口统计学信息、利手信息、诊断信息 147 名参与者:72 名精神分裂症患者和 75 名健康对照 https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/retro/cobre.html
DMT-HAR-MED rs-fMRI 致幻剂干预条件、行为与生理测量 OpenNeuro ds006644 中的 40 名参与者 https://openneuro.org/datasets/ds006644/versions/1.0.1
HBN T1w; T2w; dMRI; rs-fMRI; task-fMRI; EEG 精神病学、行为、认知、生活方式、遗传学、活动记录 已发布约 3,900+ 名参与者;目标资源不少于 10,000 名 5-21 岁个体 https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/cmi_healthy_brain_network/
HCP Aging T1w; T2w; dMRI; rs-fMRI; task-fMRI 行为、认知、健康与人口统计学测量 约 700+ 名 36-100 岁成人 https://www.humanconnectome.org/study/hcp-lifespan-aging
HCP Development T1w; T2w; dMRI; rs-fMRI; task-fMRI 行为、认知、健康与人口统计学测量 约 600+ 名 5-21 岁儿童与青少年 https://www.humanconnectome.org/study/hcp-lifespan-development
HCP Early Psychosis T1w; T2w; dMRI; rs-fMRI; task-fMRI 诊断、临床、行为与认知测量 约 250 名早期精神病与对照参与者 https://www.humanconnectome.org/study/hcp-early-psychosis
HCP Young Adult T1w; T2w; dMRI; rs-fMRI; task-fMRI 行为与认知测量 约 1,200 名青年成人参与者 https://www.humanconnectome.org/study/hcp-young-adult
IXI T1w; T2w; MRA 来自伦敦三家医院的健康脑 MRI 数据 约 600 名受试者 https://brain-development.org/ixi-dataset/
MS Challenge T1w; T2w; FLAIR; PD 专家手动病灶分割标注,用于 MS 分割基准 5 名 MS 患者的多时间点纵向数据 https://smart-stats-tools.org/lesion-challenge
MND rs-fMRI; task-fMRI 运动神经元病诊断与临床测量 OpenNeuro ds005874 中的 59 名参与者 https://openneuro.org/datasets/ds005874/versions/1.1.0
Natural Scenes Dataset T1w; task-fMRI 自然图像刺激、行为反应、图像标注 8 名参与者的高密度重复视觉 fMRI 数据 https://naturalscenesdataset.org/
NIFD T1w; fMRI; DTI; PET FTD 临床与认知数据,UCSF 记忆与衰老中心 额颞叶痴呆及相关病变队列 https://ida.loni.usc.edu/
OASIS T1w; PET (PiB) 临床与认知评估、痴呆诊断、人口统计学数据 横断面(400+)和纵向(150+)参与者,年龄 18-96 岁 https://www.oasis-brains.org/
PNC T1w; dMRI; ASL; rs-fMRI; task-fMRI 基因分型、临床与神经精神评估、计算机化神经认知电池 青少年队列超过 9,500 人;其中 1,445 人具有神经影像数据 https://www.med.upenn.edu/bbl/philadelphianeurodevelopmentalcohort.html
PPMI T1w; rs-fMRI; DAT-SPECT; PET 帕金森病的临床、遗传、生物样本和可穿戴传感器数据 约 2,000+ 名参与者,覆盖全球 30+ 个临床站点 https://www.ppmi-info.org/
REST-meta-MDD rs-fMRI MDD 诊断、临床与人口统计学测量 25 个队列共 2,428 名参与者 http://rfmri.org/REST-meta-MDD
SEED-IV EEG 四类情绪标签、试次级会话元数据 15 名受试者,覆盖 3 次会话,用于情绪解码基准 https://bcmi.sjtu.edu.cn/home/seed/
SEED-VIG EEG 警觉性/疲劳标签、连续清醒度标注、行为元数据 23 名受试者的持续注意驾驶场景警觉性记录 https://bcmi.sjtu.edu.cn/home/seed/
TCP rs-fMRI 精神科诊断访谈、认知与临床评估 245 名跨诊断参与者 https://openneuro.org/datasets/ds004215
UCLA CNP T1w; dMRI; rs-fMRI; task-fMRI 诊断分组、神经心理与表型评估 OpenNeuro ds000030 中的 272 名参与者 https://openneuro.org/datasets/ds000030
UK Biobank T1w; T2w; FLAIR; dMRI; rs-fMRI; task-fMRI 基因型/基因组数据、问卷、医院记录、环境数据、社会人口学数据、体格测量 约 50,000 名参与者具有多模态影像数据 https://www.ukbiobank.ac.uk/

🎯 可执行性与可复现性

  • 自动依赖管理:无需手动安装,系统自动检测并解决依赖
  • 真实模型执行:不仅提供文档,还引导并执行复现
  • 环境隔离:虚拟环境与容器化避免系统污染
  • 可验证流程:完整日志与结果追踪
  • 影子检查点:基于 Git 的文件快照,支持回滚和差异对比,不污染项目仓库
  • 子代理编排:生成专业子代理(生物统计学家、临床神经科学家、方法学专家)进行多视角任务执行
  • 反思学习:自动反思工具失败和任务完成,持久化记忆支持跨会话学习

🧠 端到端科研覆盖

  • 文献检索:arXiv 搜索、PubMed 获取、学术资源整合
  • 实验设计:文献分析、方法学评估、研究方案生成
  • 数据处理:多格式转换(DICOM ↔ NIfTI)、自动化预处理流水线
  • 模型执行:运行已发表模型,深度学习框架集成
  • 结果可视化:科学数据可视化、统计图表生成
  • 论文写作:自动草稿生成、格式标准化

🤝 灵活集成

  • NeuroClaw 可作为独立 Research Assistant 使用,自带 GUI 和 CLI,无需依赖其他宿主项目即可直接运行。
  • skills/materials/USER.mdSOUL.md 也可以作为技能库安装到 OpenClaw、Hermes、Claude Code 等现有 agent 系统中。
  • 内置 core/ 引擎为独立部署提供完整的对话循环、技能加载器和工具运行时。
  • 非神经科学连接器(WhatsApp、Telegram、Slack、日历、电商、SaaS 鉴权) 已通过 core/config/features.json 默认禁用,如需启用可修改配置。

🚀 快速开始

前置条件

  • Python >= 3.10
  • Git
  • (可选) Conda/Mamba,用于环境隔离
  • (可选) nvidia-smi / nvcc,用于 GPU 支持
  • (推荐用于 Web UI 附件解析) pypdfpython-docxopenpyxlpython-pptx

NeuroClaw 可独立运行,自带 GUI 和 CLI。 内置安装程序会自动配置 Python 环境、CUDA 版本、神经影像工具链和 LLM 后端。

安装步骤

  1. 克隆仓库

    git clone https://github.com/CUHK-AIM-Group/NeuroClaw.git
    cd NeuroClaw
  2. 运行安装向导

    python installer/setup.py

该步骤会安装可直接用于 GUI 与 CLI 的独立 NeuroClaw 运行环境。 向导将引导你完成:

  • Python 运行时选择(系统 Python / conda / Docker)
  • CUDA / GPU 配置,以及可选的 PyTorch 自动安装
  • 神经科学工具链路径(FSL、FreeSurfer、dcm2niix 等)
  • LLM 后端选择(OpenAI、Anthropic 或本地模型)
  • 默认 BIDS 和输出目录
  • Web UI 依赖与附件解析组件(PDF/DOCX/XLSX/PPTX)

配置保存到 neuroclaw_environment.json,每次会话自动加载。 安装阶段不再要求输入 API key。请在运行时通过 --api-key 传入,或在启动前导出配置对应的环境变量。

使用自动检测默认值快速配置(无需交互):

python installer/setup.py --non-interactive
如果你跳过了可选的 Web UI 依赖,可手动安装:
```bash
pip install "fastapi[standard]" uvicorn pypdf python-docx openpyxl python-pptx
```
  1. 启动 NeuroClaw

    方式 A — 终端交互模式

python core/agent/main.py --api-key "$OPENAI_API_KEY"


**方式 B — 浏览器 Web UI**(推荐)
```bash
python core/agent/main.py --web --api-key "$OPENAI_API_KEY"

启动后在浏览器中打开 **http://localhost:7080**。Web UI 提供对话界面、技能侧边栏、Markdown 渲染和代码语法高亮。

如果你更倾向于环境变量方式,也可以先导出对应 provider 的 key,再不带 --api-key 启动。

Web UI 附件解析当前支持:
- 文本/配置/代码:`.txt`、`.md`、`.markdown`、`.json`、`.yaml`、`.yml`、`.csv`、`.tsv`、`.py`、`.js`、`.ts`、`.tsx`、`.jsx`、`.sh`、`.bash`、`.zsh`、`.sql`、`.html`、`.css`、`.xml`、`.log`、`.rst`、`.ini`、`.toml`、`.cfg`
- 文档类型:`.pdf`、`.docx`、`.xlsx`、`.pptx`

Web UI 文件选择器会限制为以上受支持格式。

如需自定义端口或绑定所有网络接口(如远程访问):

python core/agent/main.py --web --port 8080 --host 0.0.0.0 --api-key "$OPENAI_API_KEY"
NeuroClaw 功能概览

验证安装

# 检查环境配置文件是否有效
python installer/setup.py --check

# 列出已注册的神经科学技能
python -c "
from core.skill_loader.loader import SkillLoader
from pathlib import Path
skills = SkillLoader(Path('skills')).load_all()
for s in skills:
    print(s['name'])
"

Benchmark 测试

NeuroBench 任务位于 neurobench/,每个任务目录都包含一个 task.md 指令文件。

NeuroBench 目前接受以下几种测试设定:

  • with-skills:Agent 可以使用 skills/ 目录中加载的技能
  • no-skills:不启用技能的基线测试
  • with-skills + no-skills 配对对比:使用 --benchmark-compare-skills 对同一批任务同时运行两种设定

评分阶段使用 --score-benchmark 单独完成:它会读取 output/ 里的报告,使用 GPT-5.4 的加权评分规则,为计划完整性、工具/技能使用合理性以及命令/代码正确性生成分数。为保证公平,同一 task 会把所有可比模型放在同一批次联合打分,尽量降低评分标准漂移。报告里会单独记录 skill 调用次数,用于效率分析。

要对已有报告进行打分:

python core/agent/main.py --score-benchmark

如果希望在较大规模结果上加速打分:

python core/agent/main.py --score-benchmark --score-workers 8

Web benchmark 模式

python core/agent/main.py --web --benchmark

命令行 benchmark 批处理模式

python core/agent/main.py --benchmark

如果要在命令行下运行成对的 skill 对比测试:

python core/agent/main.py --benchmark --benchmark-compare-skills

在命令行 benchmark 模式下,NeuroClaw 会先询问:

  • benchmark 目录路径
  • benchmark 模型名

然后会自动:

  • 递归读取该目录下所有 task.md
  • 按任务文件夹名称字母顺序排序
  • 逐个执行任务,中途不再要求用户确认
  • 终端中只显示执行进度
  • 报告按模型名保存到 output/<model_name>/ 目录下,并为每个 case 与 run 分别生成 markdown 报告

报告会包含思路、使用的技能、skill 调用次数,以及实际使用或建议的命令/代码。


📁 项目结构

NeuroClaw/
├── README.md                       # 英文版说明
├── README_zh.md                    # 中文版说明
├── USER.md                         # 用户配置与偏好
├── SOUL.md                         # 系统行为准则与原则
│
├── core/                           # 自包含 NeuroClaw 引擎(无需 OpenClaw)
│   ├── agent/                      # LLM 对话循环与工具调用调度器
│   │   └── main.py                 # 入口;--web 参数启动 Web UI
│   ├── web/                        # 浏览器端 Web UI(FastAPI + WebSocket)
│   │   ├── server.py               # FastAPI 应用:WebSocket 聊天、/api/skills、/api/env
│   │   └── static/
│   │       └── index.html          # 深色主题聊天界面(Markdown + 语法高亮)
│   ├── skill_loader/               # 技能扫描器:读取 skills/*/SKILL.md 并注册工具
│   │   └── loader.py
│   ├── tool-runtime/               # 执行 handler.js / Python handlers
│   │   └── runtime.py
│   ├── session/                    # 会话持久化与上下文窗口压缩
│   │   └── manager.py
│   ├── checkpoint/                 # Shadow-git 文件系统检查点管理器
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── manager.py
│   └── config/
│       └── features.json           # 功能开关(禁用 WhatsApp/Slack 等;启用 web_ui)
│
├── installer/                      # 自定义安装程序(替换 OpenClaw 默认向导)
│   ├── setup.py                    # 入口:python installer/setup.py
│   ├── config_wizard.py            # 交互式 6 步配置向导(含 Web UI 依赖安装)
│   └── neuro_defaults.json         # 神经科学专用默认参数模板
│
├── skills/                         # 86 个技能:base (38) / subagent (42) / interface (6)
│   ├── abide-skill/
│   ├── aibl-skill/
│   ├── abcd-skill/
│   ├── academic-research-hub/
│   ├── adhd200-skill/
│   ├── adni-skill/
│   ├── aomic-skill/
│   ├── asl-skill/
│   ├── bids-organizer/
│   ├── beautiful-log/
│   ├── bnt/
│   ├── bold5000-skill/
│   ├── brain-visualization/
│   ├── brain_gnn/
│   ├── claw-shell/
│   ├── cobre-skill/
│   ├── camcan-skill/
│   ├── combraintf/
│   ├── conda-env-manager/
│   ├── conn-tool/
│   ├── dcm2nii/
│   ├── dependency-planner/
│   ├── detrending/
│   ├── dictlearning/
│   ├── dipy-tool/
│   ├── dmt-har-med-skill/
│   ├── docker-env-manager/
│   ├── dwi-skill/
│   ├── eeg-skill/
│   ├── experiment-controller/
│   ├── filtering/
│   ├── fm_app/
│   ├── fmri-skill/
│   ├── fmriprep-tool/
│   ├── freesurfer-tool/
│   ├── fsl-tool/
│   ├── git-essentials/
│   ├── git-workflows/
│   ├── glm/
│   ├── harmonization-tool/
│   ├── harness-core/
│   ├── hbn-skill/
│   ├── hcpa-skill/
│   ├── hcpd-skill/
│   ├── hcpep-skill/
│   ├── hcpya-skill/
│   ├── hcppipeline-tool/
│   ├── hierarchical/
│   ├── ibgnn/
│   ├── ica/
│   ├── ixi-skill/
│   ├── kmeans/
│   ├── knowledge-graph-builder/
│   ├── lggnn/
│   ├── method-design/
│   ├── mne-eeg-tool/
│   ├── meg-skill/
│   ├── mnd-skill/
│   ├── mschallenge-skill/
│   ├── multi-search-engine/
│   ├── neurostorm/
│   ├── nibabel-skill/
│   ├── nifd-skill/
│   ├── nsd-skill/
│   ├── nii2dcm/
│   ├── nilearn-tool/
│   ├── oasis-skill/
│   ├── overleaf-skill/
│   ├── paper-writing/
│   ├── pet-skill/
│   ├── pnc-skill/
│   ├── ppmi-skill/
│   ├── qsiprep-tool/
│   ├── research-idea/
│   ├── rest-mneta-mdd-skill/
│   ├── run_models/
│   ├── seed-iv-skill/
│   ├── seed-vig-skill/
│   ├── skill-updater/
│   ├── smri-skill/
│   ├── spacenet/
│   ├── svm/
│   ├── tcp-skill/
│   ├── ukb-skill/
│   ├── ucla-cnp-skill/
│   └── wmh-segmentation/
│
├── neurobench/                    # NeuroBench 评估任务(T01-T120)
│   ├── T00_installer_validation/   # 验证安装程序输出
│   └── …
│
├── materials/                      # 研究材料与参考资源
│   ├── CVPR_2026/
│   └── benchmark_results/
│
└── LICENSE                         # 许可证


🛠️ 技能速览

提示:在 Web UI 的任何技能卡片上点击 ℹ️ 图标可查看展开的文档、使用示例和最近的执行日志。

基础层

Skill 功能 状态
dcm2nii DICOM → NIfTI 转换并保留元数据
nii2dcm NIfTI → DICOM 转换以支持临床互操作
git-essentials 协作所需的核心 Git 命令
git-workflows 高级 Git 工作流(rebase/worktree/bisect)
multi-search-engine 无需 API Key 的多引擎搜索
conda-env-manager Conda 环境生命周期管理
docker-env-manager Docker 环境管理
dependency-planner 依赖规划与安全安装流程
claw-shell 专用会话下的安全命令执行入口
overleaf-skill Overleaf 同步与协作写作操作
academic-research-hub 多来源学术检索与论文获取
bids-organizer 原始数据组织为 BIDS 结构
beautiful-log 将 User/NeuroClaw 直接对话导出为美观 HTML 日志
knowledge-graph-builder 从文献和数据库构建领域知识图谱
skill-updater 技能更新与管理工具

接口层(任务编排)

Skill 功能 状态
research-idea 基于文献生成研究想法
method-design 形式化网络结构并推导理论组件
experiment-controller 查找并执行可复现实验
paper-writing 从 IDEA/METHOD/EXPERIMENT 生成分层稿件

子智能体层

NeuroClaw 的子智能体包括四类:toolmodeldatasetmodality

Tool

Skill 功能 状态
brain-visualization 将处理后神经影像输出转为发表级图像与 3D 资产(连接组、分区激活、FreeSurfer PLY 导出)
harmonization-tool 跨站点 / 跨扫描仪特征和谐化(ComBat、ComBat-GAM、CovBat、site-as-covariate),自带 site-stratified 与 leave-site-out 切分;多站点队列 mega-analysis 的前置依赖
harness-core 核心 Harness SDK(验证、检查点、漂移检测、审计日志)
mne-eeg-tool EEG 的 MNE-Python 基础实现
fsl-tool 基于 FSL 的 sMRI/fMRI/DWI 处理工具
fmriprep-tool fMRIPrep 流水线封装与执行
qsiprep-tool qsiPrep 扩散 MRI 流水线封装
hcppipeline-tool HCP 风格处理流水线工具
dipy-tool 基于 DIPY 的扩散 MRI 处理
nibabel-skill 底层神经影像文件 I/O 与几何处理(NIfTI、仿射、FreeSurfer I/O)
nilearn-tool 快速影像特征提取与解码准备
conn-tool 功能连接计算与分析
freesurfer-tool 基于 FreeSurfer 的 MRI 处理与分割

Model

Skill 功能 状态
run_models 模型注册与执行编排
wmh-segmentation 白质高信号分割(MARS-WMH nnU-Net)
brain_gnn BrainGNN:用于 fMRI 分类的图神经网络
bnt BrainNetworkTransformer:基于稠密 FC 矩阵的 Transformer,配合 DEC 池化做表型预测
combraintf Com-BrainTF:稠密 FC 输入下的两级(社区内 + 全局)社区感知 Transformer
ibgnn IBGNN:基于 PyG 的可解释 GNN,使用 MLP 消息函数并支持边遮罩解释
lggnn LG-GNN:基于 PyG 的 GNN,集成 SABP 自注意力脑池化与互信息正则化
fm_app FM-APP:fMRI+sMRI 多阶段表型预测
neurostorm NeuroStorm:神经影像基础模型
glm 用于任务态 fMRI 激活分析与组水平推断的一二级 GLM
ica 基于独立成分分析的静息态网络分解
dictlearning 基于字典学习的稀疏静息态网络分解
svm 基于 ROI/表格特征的经典神经影像疾病分类
spacenet 带稀疏系数图的体素级神经影像疾病分类
kmeans 基于 K-means 聚类的脑区划分
hierarchical 基于层次聚类的多尺度脑区划分
filtering 面向神经影像时序信号的时间滤波去噪
detrending 面向神经影像时序信号的时间漂移去除

Dataset

Skill 功能 状态
abide-skill ABIDE 数据集下载、BIDS 整理与 sMRI/rs-fMRI 处理
aibl-skill AIBL 数据集访问、BIDS 整理与 sMRI/PET 处理
abcd-skill ABCD Study 数据集下载、BIDS 整理与多模态处理
adhd200-skill ADHD-200 数据集下载、BIDS 整理与 sMRI/rs-fMRI 处理
adni-skill ADNI 数据集自动化处理流程
aomic-skill AOMIC 数据集验证、BIDS 整理与 sMRI/rs-fMRI/task-fMRI 处理
bold5000-skill BOLD5000 数据集 BIDS 验证与视觉任务态 fMRI 处理
camcan-skill Cam-CAN 数据集 BIDS 验证与多模态 sMRI/rs-fMRI/task-fMRI/dMRI 处理
cobre-skill COBRE 数据集 BIDS 整理与精神分裂症对照 fMRI 处理
dmt-har-med-skill DMT-HAR-MED 数据集 BIDS 验证与致幻剂 rs-fMRI 处理
hbn-skill HBN 数据集下载、BIDS 整理与多模态 sMRI/fMRI/dMRI/EEG 处理
hcpa-skill HCP Aging 数据集下载、BIDS 整理与多模态 sMRI/fMRI/dMRI 处理
hcpd-skill HCP Development 数据集下载、BIDS 整理与多模态 sMRI/fMRI/dMRI 处理
hcpep-skill HCP Early Psychosis 数据集下载、BIDS 整理与多模态 sMRI/fMRI/dMRI 处理
hcpya-skill HCP Young Adult (HCP1200) 数据集下载、BIDS 整理与多模态 sMRI/fMRI/dMRI 处理
ixi-skill IXI 数据集 BIDS 验证与多模态 sMRI/MRA/dMRI 处理
mnd-skill MND 数据集 BIDS 验证、rs-fMRI/task-fMRI 处理与表型数据提取
mschallenge-skill MS 病灶挑战赛 BIDS 验证、病灶分析与纵向追踪
nsd-skill Natural Scenes Dataset BIDS 验证、task-fMRI 处理与 COCO 刺激元数据提取
nifd-skill NIFD 数据集 BIDS 验证与多模态 sMRI/rs-fMRI/dMRI 处理(额颞叶痴呆)
oasis-skill OASIS 数据集 BIDS 验证、sMRI 处理与表型数据提取(老化/AD 研究)
pnc-skill PNC 数据集 BIDS 验证与多模态 sMRI/rs-fMRI/task-fMRI/dMRI 处理(发育研究)
ppmi-skill PPMI 数据集 BIDS 验证与多模态 sMRI/rs-fMRI/dMRI 处理(帕金森病)
rest-mneta-mdd-skill REST-meta-MDD 多站点 rs-fMRI 处理、站点协调与抑郁症表型数据提取
seed-iv-skill SEED-IV EEG 情绪识别(4 类情绪)、特征提取与分类
seed-vig-skill SEED-VIG EEG 警觉度/疲劳检测、特征提取与困倦分类
tcp-skill Transdiagnostic Connectome Project BIDS 验证与多模态 sMRI/rs-fMRI/dMRI 处理
ucla-cnp-skill UCLA CNP BIDS 验证、多模态 sMRI/task-fMRI/dMRI 处理与多障碍表型分析
ukb-skill UKB 脑影像自动化处理流程

Modality

Skill 功能 状态
eeg-skill EEG 预处理与特征提取流程
fmri-skill 功能 MRI 预处理与分析流程
smri-skill 结构 MRI 预处理与分析流程
dwi-skill 扩散 MRI 预处理与分析流程
pet-skill PET 影像处理流程(SUVR 计算、参考区域、部分容积校正)
asl-skill ASL 灌注 MRI 处理流程(CBF 量化、Buxton 模型)
meg-skill MEG 处理流程(源定位、时频分析、连接性)

图例:✅ 已实现 | 🏗️ 开发中 | ⏳ 规划中


🙏 致谢

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