Claude Scholar - 面向学术研究和软件开发的半自动研究助手
Mission: 支持 Claude Code、OpenCode 和 Codex CLI，覆盖构思、编码、实验、写作、发表，以及插件开发和项目管理。
- 学历: 计算机科学 PhD
- 投稿目标:
- 顶会：NeurIPS, ICML, ICLR, KDD
- 高影响期刊：Nature, Science, Cell, PNAS
- 关注点: 学术写作质量、逻辑连贯性、自然表达
Python 生态:
- 包管理:
uv- 现代化 Python 包管理器 - 配置管理: Hydra + OmegaConf（配置组合、覆盖、类型安全）
- 模型训练: Transformers Trainer
Git 规范:
- 提交规范: Conventional Commits
Type: feat, fix, docs, style, refactor, perf, test, chore Scope: data, model, config, trainer, utils, workflow - 分支策略: master/develop/feature/bugfix/hotfix/release
- 合并策略: 功能分支用 rebase 同步，用 merge --no-ff 合并
- 用中文进行回答
- 专业术语保持英文（如 NeurIPS, RLHF, TDD, Git）
- 不翻译特定名词或名称
- 计划文档：
/plan文件夹 - 临时文件：
/temp文件夹 - 文件夹不存在时自动创建
- 复杂任务先交流意见，再拆解实施
- 实施后进行示例测试
- 做好备份，不影响现有功能
- 完成后及时删除临时文件
- 任务管理: 使用 TodoWrite 跟踪进度，复杂任务先规划再执行，优先使用已有 skills
- 沟通方式: 不确定时主动询问，重要操作前先确认，遵循 hook 强制流程
- 代码风格: Python 遵循 PEP 8，注释使用中文，命名使用英文
构思 → ML开发 → 实验分析 → 论文写作 → 自审 → 投稿/Rebuttal → 录用后处理
| 阶段 | 核心工具 | 命令 |
|---|---|---|
| 1. 研究构思 | research-ideation skill + literature-reviewer agent + Zotero MCP |
/research-init, /zotero-review, /zotero-notes |
| 2. ML 项目开发 | architecture-design skill + code-reviewer agent |
/plan, /commit, /tdd |
| 3. 实验分析 | results-analysis skill + data-analyst agent |
/analyze-results |
| 4. 论文写作 | ml-paper-writing skill + paper-miner agent |
- |
| 5. 论文自审 | paper-self-review skill |
- |
| 6. 投稿与 Rebuttal | review-response skill + rebuttal-writer agent |
/rebuttal |
| 7. 录用后处理 | post-acceptance skill |
/presentation, /poster, /promote |
- 自动化执行: 5 个 Hook 在会话各阶段自动触发（技能评估、环境初始化、工作总结、安全检查）
- Zotero 集成: 通过 Zotero MCP 服务器实现论文自动导入、集合管理、全文阅读和准确引用导出
- Obsidian 知识库: 内置的 filesystem-first 项目知识库，统一管理文献、计划、TODO、实验、结果、写作、会议与归档，不依赖 MCP；默认图谱仅维护
Maps/literature.canvas，.base视图需显式触发 - 知识提取:
paper-miner和kaggle-mineragent 持续从论文和竞赛中提取知识 - 技能进化:
skill-development→skill-quality-reviewer→skill-improver三步改进循环
- 如果当前仓库包含
.claude/project-memory/registry.yaml，默认启用obsidian-project-memory，并将 Obsidian 视为该仓库的默认项目知识库。 - 如果仓库还没绑定，但具备科研项目特征，默认启用
obsidian-project-bootstrap自动导入到 vault。 - 每个重要的项目 turn 至少更新：当日 daily note 与 repo 本地的 project memory；只有顶层项目状态真正变化时才更新 hub note。
- 这个工作流不允许要求用户额外配置任何 Obsidian API 或密钥。
- research-ideation: 研究构思启动（5W1H、文献综述、Gap 分析、研究问题制定、Zotero 自动集成）
- results-analysis: 实验结果分析（统计检验、可视化、消融实验）
- citation-verification: 引文验证（多层验证：格式→API→信息→内容）
- daily-paper-generator: 每日论文生成器，用于研究追踪
- ml-paper-writing: ML/AI 论文写作辅助
- 顶会：NeurIPS, ICML, ICLR, ACL, AAAI, COLM
- 期刊：Nature, Science, Cell, PNAS
- writing-anti-ai: 去除 AI 写作痕迹，支持中英文双语
- paper-self-review: 论文自审（6 项质量检查清单）
- review-response: 系统化 rebuttal 写作
- post-acceptance: 录用后处理（演讲、海报、推广）
- doc-coauthoring: 文档协作工作流
- latex-conference-template-organizer: LaTeX 会议模板整理
- daily-coding: 日常编码检查清单（极简模式，自动触发）
- git-workflow: Git 工作流规范（Conventional Commits, 分支管理策略）
- code-review-excellence: 代码审查最佳实践
- bug-detective: 调试和错误排查（Python, Bash/Zsh, JavaScript/TypeScript）
- architecture-design: ML 项目代码框架和设计模式
- verification-loop: 验证循环和测试
- skill-development: Skill 开发指南
- skill-improver: Skill 改进工具
- skill-quality-reviewer: Skill 质量审查
- command-development: Slash 命令开发
- command-name: 插件结构指南
- agent-identifier: Agent 开发配置
- hook-development: Hook 开发和事件处理
- mcp-integration: MCP 服务器集成
- planning-with-files: 使用 Markdown 文件进行规划和进度跟踪
- uv-package-manager: uv 包管理器使用
- webapp-testing: 本地 Web 应用测试
- kaggle-learner: Kaggle 竞赛学习
- obsidian-project-memory: 项目目录内默认启用的 Obsidian project memory 总控技能
- obsidian-project-bootstrap: 将新项目或已有科研仓库导入 Obsidian 项目知识库
- obsidian-research-log: daily、TODO、计划、会议记录
- obsidian-experiment-log: 实验与结果沉淀
- obsidian-link-graph: legacy 兼容辅助，用于修复 canonical notes 之间的 wikilink
- obsidian-synthesis-map: legacy 兼容辅助，用于更高层的 synthesis notes 与比较总结
- obsidian-project-lifecycle: detach、archive、purge、rebuild
- zotero-obsidian-bridge: 将 Zotero collection/全文桥接到 Obsidian 详细论文笔记与默认的
Maps/literature.canvas - obsidian-literature-workflow: 项目 vault 内的论文笔记规范化与综述工作流
- obsidian-markdown: 内置官方 Obsidian Markdown skill
- obsidian-cli: 内置官方 Obsidian CLI skill
- obsidian-bases / json-canvas / defuddle: 内置官方
.base、.canvas与网页内容提取支持
- frontend-design: 创建独特、生产级的前端界面，避免通用 AI 美学
- ui-ux-pro-max: UI/UX 设计智能（50+ 风格、97 色板、57 字体配对、9 技术栈）
- web-design-reviewer: 网站设计视觉检查，识别并修复响应式、可访问性、布局问题
| 命令 | 功能 |
|---|---|
/research-init |
启动 Zotero 集成研究构思工作流（自动建集合、导入论文、全文分析） |
/zotero-review |
从 Zotero 集合读取论文，并综合到 Obsidian 文献综述与下游项目笔记 |
/zotero-notes |
批量阅读 Zotero 论文，创建/更新 Obsidian 详细阅读笔记并刷新 Maps/literature.canvas |
/obsidian-init |
为当前科研仓库初始化或导入 Obsidian 项目知识库 |
/obsidian-ingest |
将新的 Markdown 文件或目录按 classify -> promote / merge / stage-to-daily 入库 |
/obsidian-review |
从 Obsidian 项目笔记生成项目级文献综述 |
/obsidian-notes |
规范化论文笔记，并连接到项目知识、实验与结果 note |
/obsidian-sync |
强制执行 repo、project memory、Obsidian 三者之间的同步修复 |
/obsidian-link |
重建或增强项目 wikilinks 与知识图 |
/obsidian-note |
对单个 canonical note 执行 archive、purge 或 rename |
/obsidian-project |
detach、archive、purge、rebuild 项目知识库 |
/obsidian-views |
显式生成可选的 .base 视图与额外 canvases |
/analyze-results |
分析实验结果（统计检验、可视化、消融实验） |
/rebuttal |
生成系统化 rebuttal 文档 |
/presentation |
创建会议演讲大纲 |
/poster |
生成学术海报设计方案 |
/promote |
生成推广内容（Twitter、LinkedIn、博客） |
| 命令 | 功能 |
|---|---|
/plan |
创建实施计划 |
/commit |
提交代码（遵循 Conventional Commits） |
/update-github |
提交并推送到 GitHub |
/update-readme |
更新 README 文档 |
/code-review |
代码审查 |
/tdd |
测试驱动开发工作流 |
/build-fix |
修复构建错误 |
/verify |
验证更改 |
/checkpoint |
创建检查点 |
/refactor-clean |
重构和清理 |
/learn |
从代码中提取可重用模式 |
/create_project |
创建新项目 |
/setup-pm |
配置包管理器（uv/pnpm） |
/update-memory |
检查并更新 CLAUDE.md 记忆 |
/sc agent- Agent 调度/sc analyze- 代码分析/sc brainstorm- 交互式头脑风暴/sc build- 构建项目/sc business-panel- 业务面板/sc cleanup- 代码清理/sc design- 系统设计/sc document- 生成文档/sc estimate- 工作量估算/sc explain- 代码解释/sc git- Git 操作/sc help- 帮助信息/sc implement- 功能实现/sc improve- 代码改进/sc index- 项目索引/sc index-repo- 仓库索引/sc load- 加载上下文/sc pm- 包管理器操作/sc recommend- 推荐方案/sc reflect- 反思总结/sc research- 技术调研/sc save- 保存上下文/sc select-tool- 工具选择/sc spawn- 生成子任务/sc spec-panel- 规格面板/sc task- 任务管理/sc test- 测试执行/sc troubleshoot- 问题排查/sc workflow- 工作流管理
- literature-reviewer - 文献搜索、分类和趋势分析（Zotero MCP 集成，支持自动导入、全文阅读）
- literature-reviewer-obsidian - 基于 filesystem 的 Obsidian 项目知识库文献综述
- research-knowledge-curator-obsidian - 默认维护项目计划、TODO、文献、实验、结果、会议和写作的 Obsidian curator
- data-analyst - 自动化数据分析和可视化
- rebuttal-writer - 系统化 rebuttal 写作，语气优化
- paper-miner - 从成功论文中提取写作知识
- architect - 系统架构设计
- build-error-resolver - 构建错误修复
- bug-analyzer - 深度代码执行流分析和根因调查
- code-reviewer - 代码审查
- dev-planner - 开发任务规划和拆解
- refactor-cleaner - 代码重构和清理
- tdd-guide - TDD 工作流指导
- kaggle-miner - Kaggle 工程实践提取
- ui-sketcher - UI 蓝图设计和交互规范
- story-generator - 用户故事和需求生成
跨平台 Node.js 钩子，自动化工作流执行：
| 钩子 | 触发时机 | 功能 |
|---|---|---|
session-start.js |
会话开始 | 显示 Git 状态、待办事项、可用命令，以及已绑定的 Obsidian project-memory 状态 |
skill-forced-eval.js |
每次用户输入 | 强制评估所有可用技能，并在已绑定科研仓库中提示 Obsidian curator 流程 |
session-summary.js |
会话结束 | 生成工作日志，检测 CLAUDE.md 更新，并提醒 bound repo 的最小 Obsidian 写回 |
stop-summary.js |
会话停止 | 快速状态检查、临时文件检测，以及 bound repo 的 Obsidian 维护提醒 |
security-guard.js |
文件操作 | 安全验证（密钥检测、危险命令拦截） |
全局约束，始终生效：
| 规则文件 | 作用 |
|---|---|
coding-style.md |
ML 项目代码标准：文件 200-400 行、不可变配置、类型提示、Factory & Registry 模式 |
agents.md |
代理编排：自动调用时机、并行执行、多视角分析 |
security.md |
安全规范：密钥管理、敏感文件保护、提交前安全检查 |
experiment-reproducibility.md |
实验可复现性：随机种子、配置记录、环境记录、检查点管理 |
- 格式：kebab-case（小写+连字符）
- 形式：优先使用 gerund form（动词+ing）
- 示例：
scientific-writing,git-workflow,bug-detective
- 格式：Title Case
- 缩写全大写：TDD, RLHF, NeurIPS, ICLR
- 示例：
[Writing, Research, Academic]
- 人称：第三人称
- 内容：包含用途和使用场景
- 示例："为学术论文写作提供指导，覆盖顶会投稿要求"
每次任务完成时，主动提供简要总结：
📋 本次操作回顾
1. [主要操作]
2. [修改的文件]
📊 当前状态
• [Git/文件系统/运行状态]
💡 下一步建议
1. [针对性建议]