igvf-catalog/data/data_sources/data_sources_file_fileset.yaml at 20357f36344e4ce1a242b348c9f945bf77051760 · IGVF-DACC/igvf-catalog · GitHub

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# Example: python3 data_parser.py --adapter file_fileset --output-bucket igvf-catalog-parsed-collections --accessions IGVFFI1663LKVQ --output-bucket-key files_filesets/igvf_files_filesets.jsonl --label igvf_file_fileset
igvf file to file_set:
  collection: file_fileset
  pypy3: false
  params:
    - label
    - accessions
  command: >
    python3 data_parser.py
    --adapter file_fileset
    --output-bucket igvf-catalog-parsed-collections
    --accessions {igvf_file_accessions}
    --output-bucket-key files_filesets/igvf_files_filesets.jsonl
    --label igvf_file_fileset

igvf donor:
  collection: donor
  pypy3: false
  params:
    - label
    - accessions
  command: >
    python3 data_parser.py
    --adapter file_fileset
    --output-bucket igvf-catalog-parsed-collections
    --accessions {igvf_file_accessions}
    --output-bucket-key files_filesets/igvf_files_filesets_donors.jsonl
    --label igvf_donor
    --replace

igvf_file_accessions:
  Scorpion:
    - IGVFFI3035IXUW
  BlueSTARR:
    - IGVFFI1663LKVQ
    - IGVFFI5288RAAV
    - IGVFFI0818FMCC
    - IGVFFI3351LASN
  IGVF CRISPR E2G:
    - IGVFFI3069QCRA # promoter Perturb-seq
    - IGVFFI5749WPVK # promoter Perturb-seq
    - IGVFFI6296RCJK # enhancer Perturb-seq
    - IGVFFI6600VCYY # enhancer Perturb-seq
    - IGVFFI7195XKBC # enhancer Perturb-seq
    - IGVFFI9246AJEK # enhancer Perturb-seq
    - IGVFFI3434YAPX # enhancer Perturb-seq
    - IGVFFI9721OCVW # CRISPR FACS screen
    - IGVFFI6268OASM # CRISPR FACS screen
    - IGVFFI1336XWXJ # CRISPR FACS screen
    - IGVFFI3089UGHM # CRISPR FACS screen
  Variant-EFFECTS:
    - IGVFFI9602ILPC
    - IGVFFI4333XLOF
    - IGVFFI4057VSBO
    - IGVFFI2542METL
    - IGVFFI3397AYBP
    - IGVFFI1254NFRS
    - IGVFFI4854DWEG
    - IGVFFI5188DBPQ
    - IGVFFI5097SDKA
    - IGVFFI0524YUIL
    - IGVFFI5753CWJL
    - IGVFFI2554FKKN
    - IGVFFI2440ESUS
  SEM prediction:
    - IGVFFI2943RVII
    - IGVFFI3116SMJK
    - IGVFFI1644DRIB
    - IGVFFI3223XDNS
    - IGVFFI5097LIKG
    - IGVFFI0929ZGGT
    - IGVFFI0099VKKV
    - IGVFFI9769XKUE
    - IGVFFI5526HGAK
    - IGVFFI0555NMDT
    - IGVFFI6513TNQB
    - IGVFFI6654JKUD
    - IGVFFI2601TECN
    - IGVFFI0822XUMX
    - IGVFFI7154TQEI
    - IGVFFI0778KCQJ
    - IGVFFI3155EURE
    - IGVFFI9987BMOI
    - IGVFFI0192TXRL
    - IGVFFI9370YOQC
    - IGVFFI0772IVMT
    - IGVFFI9546GTAT
    - IGVFFI2933JDJZ
    - IGVFFI8775GOTM
    - IGVFFI5599GYKV
    - IGVFFI1325ALFW
    - IGVFFI4574PKNH
    - IGVFFI7126IDUK
    - IGVFFI3561DGGN
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    - IGVFFI3215PNZF
    - IGVFFI4121DRAZ
    - IGVFFI4858DYHK
    - IGVFFI7711IAAN
    - IGVFFI7896UGFF
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    - IGVFFI1110FCWT
    - IGVFFI8803YRJY
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    - IGVFFI5305BUUY
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    - IGVFFI0503EMLJ
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    - IGVFFI5288ONHJ
    - IGVFFI3060WLBY
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    reporter genomic element effects:
      - IGVFFI8207IHFY
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    reporter genomic variant effects:
      - IGVFFI1323RCIE
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      - IGVFFI4328UUGV
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    MPRA sequence designs:
      - IGVFFI4914OUJH
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  VAMP-seq:
    - IGVFFI0629IIQU
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    - IGVFFI0455SCQH
    - IGVFFI8987JRZH
  Pseudobulk:
    - IGVFFI8400FXRX
    - IGVFFI4871DVXE
    - IGVFFI4530JOCA
    - IGVFFI9468KRLQ
    - IGVFFI6250RJNE
    - IGVFFI4106YTGZ
    - IGVFFI9916JAHE
# Example: python3 data_parser.py --adapter file_fileset --output-bucket igvf-catalog-parsed-collections --accessions ENCFF053QGU --output-bucket-key files_filesets/encode_files_filesets.jsonl --label encode_file_fileset
encode file to file_set:
  collection: file_fileset
  pypy3: false
  params:
    - label
    - accessions
  command: >
    python3 data_parser.py
    --adapter file_fileset
    --output-bucket igvf-catalog-parsed-collections
    --accessions {encode_file_accessions}
    --output-bucket-key files_filesets/encode_files_filesets.jsonl
    --label encode_file_fileset

# Example: python3 data_parser.py --adapter file_fileset --output-bucket igvf-catalog-parsed-collections --accessions ENCFF053QGU --output-bucket-key files_filesets/encode_files_filesets.jsonl --label encode_file_fileset --replace
encode donor:
  collection: donor
  pypy3: false
  params:
    - label
    - accessions
    - replace
  command: >
    python3 data_parser.py
    --adapter file_fileset
    --output-bucket igvf-catalog-parsed-collections
    --accessions {encode_file_accessions}
    --output-bucket-key files_filesets/encode_files_filesets_donors.jsonl
    --label encode_donor
    --replace

encode_file_accessions:
  Distal regulation ENCODE-rE2G:
    - ENCFF003BKC
    - ENCFF003HKV
    - ENCFF004PFU
    - ENCFF006PPU
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    - ENCFF010QCT
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