irc3-species

ws-irc3-species@1.1.11

IRC3 dédiée à la recherche des noms scientifiques

IRC3sp est une version de l’outil IRC3 dédiée à la recherche des noms scientifiques — ou noms binominaux — d’espèces animales, végétales ou autres dans un corpus de textes en se référant à une liste finie (mais, aussi exhaustive que possible).

Nom binominal

Pour mémoire, en taxonomie, un nom binominal est formé de deux noms latins (ou latinisés) comprenant le nom de genre et le nom spécifique, comme “Canis lupus” pour le loup. Ce nom est normalement écrit en italique avec une initiale en majuscule pour le nom de genre et il peut être présent sous une forme abrégée où seule l'initiale du nom de genre est indiquée, comme “C. lupus”. À l'exception d'espèces très connues comme Escherichia coli qui est souvent simplement écrit E. coli, la forme abrégée ne doit être utilisée que si la forme longue est déjà apparue au moins une fois. De plus, si un nom de genre a été cité, toutes les espèces appartenant à ce même genre peuvent ensuite être citées sous forme abrégée, comme “Canis lupus, C. latrans et C. aureus” (pour “Canis lupus, Canis latrans et Canis aureus”).

Cependant, les formes abrégées peuvent être ambigües. Par exemples, on a deux espèces de poissons, Cyprinus carpio et Carpiodes carpio, qui ont la même abréviation : C. carpio. Pour éviter les erreurs, IRC3sp commence par faire la liste des noms de genre présents dans le document analysé pour obtenir l'ensemble des espèces correspondantes dans la ressource, et donc, l’ensemble des abréviations possibles. Malgré cela, si une ambigüité demeure, on considère comme valide le dernier nom de genre cité in extenso avant l'occurrence de la forme abrégée.

Configuration

Options de ligne de commande

    -c  tient compte de la casse (majuscule/minuscule) des termes recherchés
    -t  indique le nom du fichier contenant la ressource, c'est-à-dire la liste
        des termes à rechercher

Variables d'environnement

IRC3SP_DEBUG

• Type : boolean
• Valeur par défaut : false
• Description : Active l'affichage des messages de progression et de debug sur stderr.

Lorsque IRC3SP_DEBUG est défini à true, le script affiche :

• Le chargement de la ressource
• Le nombre de termes dans la liste
• La progression du traitement
• Les termes refusés
• Les avertissements d'ambiguïté
• Les erreurs de traitement

Exemple dans config.json :

{
    "environnement": {
        "IRC3SP_DEBUG": true
    }
}

IRC3SP_LOG

• Type : string (chemin de fichier) ou false
• Valeur par défaut : false
• Description : Active l'écriture des statistiques et avertissements dans un fichier de log.

Lorsque IRC3SP_LOG est défini avec un chemin de fichier, le script écrit dans ce fichier :

• Les doublons détectés dans la table de ressources
• Les avertissements d'ambiguïté sur les formes non abrégées
• Les statistiques de traitement (nombre de références, occurrences, identifiant)

Exemple dans config.json :

{
    "environnement": {
        "IRC3SP_LOG": "/tmp/irc3sp.log"
    }
}

Pour désactiver le logging, définir IRC3SP_LOG à false ou ne pas définir la variable.