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PLANO_DE_AULA.md

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🗓️ Plano de Aula Detalhado

Aula: Python para Bioinformática — Módulo Introdutório
Duração: 3 horas | Modalidade: Online | Plataforma: Google Colab

⏱️ 18:00 – 18:40 | BLOCO 1: Parte Conceitual (40 min)

Objetivos do bloco

  • Apresentar o ambiente Colab
  • Introduzir tipos de dados, variáveis, listas, dicionários e funções com exemplos biológicos

Estrutura

Tempo Atividade Recurso
18:00 – 18:05 Boas-vindas, verificação técnica (Colab aberto?) —
18:05 – 18:15 Por que Python em bioinformática? Panorama da área Slides / chat
18:15 – 18:30 Variáveis, tipos, listas e dicionários (exemplos biológicos) Notebook conceitual
18:30 – 18:40 Estruturas de controle (for, if) e funções Notebook conceitual

Perguntas para engajar a turma

  • "Alguém já abriu um arquivo FASTA antes? O que vocês viram?"
  • "O que vocês acham que um computador precisa saber para contar quantas vezes a letra G aparece numa sequência?"

⏱️ 18:40 – 19:40 | BLOCO 2: Prática Guiada (60 min)

Objetivos do bloco

  • Aplicar os conceitos ao vivo no Colab
  • Resolver problemas biológicos reais com código simples

Estrutura

Tempo Atividade
18:40 – 18:50 Abrir notebook de prática; executar células de aquecimento
18:50 – 19:10 Manipulação de strings: complemento reverso, GC content
19:10 – 19:25 Listas de sequências + dicionário de contagem de bases
19:25 – 19:40 Parsing manual de FASTA + leitura de erros comuns

Notas para o instrutor

  • Digitar ao vivo, não copiar/colar — o erro faz parte do aprendizado
  • Ao errar, pausar e perguntar: "O que vocês acham que esse erro está dizendo?"
  • Incentivar que alunos digitem junto em seus próprios Colabs

☕ 19:40 – 19:50 | INTERVALO (10 min)

⏱️ 19:50 – 20:40 | BLOCO 3: Exercício Aplicado (50 min)

Objetivos do bloco

  • Resolver um mini-pipeline com autonomia
  • Integrar todos os conceitos da aula

Estrutura

Tempo Atividade
19:50 – 19:55 Apresentar o enunciado do exercício
19:55 – 20:20 Alunos trabalham de forma independente (ou em duplas)
20:20 – 20:40 Correção ao vivo com participação da turma

Tarefa do exercício

Dado um conjunto de sequências de DNA em formato FASTA:

  1. Calcular o GC content de cada sequência
  2. Identificar a sequência mais longa
  3. Fazer o complemento reverso da primeira sequência
  4. Contar a frequência de cada nucleotídeo em todas as sequências
  5. Imprimir um relatório formatado

⏱️ 20:40 – 21:00 | BLOCO 4: Discussão e Dúvidas (20 min)

Estrutura

Tempo Atividade
20:40 – 20:50 Revisão dos conceitos-chave (perguntar à turma)
20:50 – 21:00 Dúvidas abertas + próximos passos

Próximos passos sugeridos

  • BioPython — parsing de FASTA, BLAST, alinhamento
  • pandas — tabelas de metadados, expressão gênica
  • matplotlib / seaborn — visualização de dados biológicos
  • Nextflow / Snakemake — pipelines reprodutíveis

📌 Materiais necessários (checklist do instrutor)

  • Notebook 02_pratica_guiada.ipynb aberto no Colab e testado
  • Notebook 03_exercicio_aplicado.ipynb com células travadas (sem gabarito visível)
  • Link compartilhável dos notebooks (modo leitura no GitHub ou Google Drive)
  • Chat da plataforma de vídeo aberto para dúvidas em tempo real
  • Arquivo FASTA de exemplo preparado (incluído nos notebooks)