Update filestructure.md

Author: vmkhot

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 ```bash
 .
-├── 1.1_QC
-│   ├── 10_nanoplot
-│   │   ├── 20_nanoplot_summary_file
-│   │   ├── barcode62
-│   │   ├── barcode63
-│   │   └── barcode64
-│   └── 20_chopper
-├── 1.2_assembly
-│   ├── 10_results_assembly_flye
-│   │   ├── cross_assembly
-│   │   └── single_assemblies
-│   ├── 20_results_assessment_vclust
-│   │   ├── cross_assembly
-│   │   └── single_assemblies
-│   ├── 30_results_assessment_quast
-│   │   ├── cross_assembly
-│   │   └── single_assemblies
-│   └── 40_results_alignment_minimap2
-├── 1.3_virus_identification
-│   ├── 10_jaeger
-│   │   └── results_jaeger
-│   ├── 20_results_assessment_checkv
-│   │   ├── cross_assembly
-│   │   └── single_assemblies
-│   └── 40_results_filter_contigs
-├── 1.4_annotation
-│   ├── 10_pharokka
-│   │   ├── 11_selected_contig
-│   │   └── logs
-│   └── 20_plot_viral_genome
-├── 2.2_taxonomy
-│   ├── 10_vcontact_results
-│   └── 20_genomad_results
-│       └── assembly_annotate
-├── data
-│   ├── alignments
-│   │   ├── cross_assembly
-│   │   └── single_assemblies
-│   └── sequences
-├── py3env
-│   ├── bin
-│   ├── include
-│   ├── lib
-│   │   └── python3.9
-│   ├── lib64
-│   └── share
-│       └── man
-└── python_scripts
-    ├── annotation
-    ├── assembly
-    ├── host_prediction
-    ├── identify
-    └── qc
+└── Viromics2025_workspace
+    ├── 1.1_QC
+    │   ├── 10_nanoplot
+    │   │   └── virome
+    │   └── 20_chopper
+    ├── 1.2_assembly
+    │   ├── 10_assembly_flye
+    │   │   ├── 00-assembly
+    │   │   ├── 10-consensus
+    │   │   ├── 20-repeat
+    │   │   ├── 30-contigger
+    │   │   └── 40-polishing
+    │   ├── 20_vclust
+    │   └── 30_quast
+    │       └── assembly
+    ├── 1.3_virus_identification
+    │   ├── 10_jaeger
+    │   │   └── assembly
+    │   ├── 20_checkv
+    │   │   └── tmp
+    │   └── 30_filter_contigs
+    ├── 1.4_gene_annotation
+    │   ├── 10_pharokka
+    │   │   └── results
+    │   └── 20_selected_contig
+    ├── 1.5_taxonomy
+    │   ├── 10_terL_tree
+    │   └── 20_vcontact_results
+    │       └── exports
+    ├── 2.1_host_prediction
+    │   └── 10_rafah
+    │       └── split_contigs
+    ├── data
+    │   ├── alignments
+    │   │   └── phylogenetic_alignments
+    │   └── sequences
+    ├── py3env
+    │   ├── bin
+    │   ├── ete3
+    │   │   └── tools
+    │   ├── include
+    │   ├── lib
+    │   │   └── python3.9
+    │   ├── lib64 -> lib
+    │   └── share
+    │       └── man
+    └── python_scripts
 ```