Heatmap: wrong TPM value ? #2
Description
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Il ne faut pas passer la matrice de TPM dans scale(), car dans ce cas les valeurs semblent être rééchelonnées selon la valeur central du réplicat, ce qui n'as pas de sens biologiquement.
Il faut ploter les valeurs de TPM sans scale mais avec une transformation log2(TPM+1). J'ai fait un test, et le écart de valeur absolue sont trop grand entre les gènes, l'échelle de couleur associée au hetamap n'est pas pertinente sans log.La heatmap est construite à partir du tableau filtré de l'onglet "Table"
auquel sont enlevés les genes metadata. J'utilise ensuite la librairie
"pheatmap" pour construire le graphe de cette manière.
pheatmap(
scale(matrix, center=TRUE, scale=TRUE),
...
)
matrix : data.matrix(tableau filtré)