This repository has been archived by the owner on Dec 23, 2019. It is now read-only.
forked from ablab/TagFinder
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathmsalign.txt
1308 lines (1308 loc) · 7.43 KB
/
msalign.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
3523
3456
3822
3466
3455
3454
2870
3540
3478
3823
3459
1982
3659
3458
2859
3467
2856
2855
3539
3648
3470
3460
1484
2868
3471
2050
3516
2432
3587
3652
3463
3468
3527
3462
3512
3464
2054
1760
2862
3186
1763
3686
1432
3014
1115
3660
3515
1756
3183
3826
1768
1762
2307
3315
3310
1770
1560
3670
3004
1764
1111
3824
3006
3026
3679
1102
3314
1431
1776
1759
3526
1772
1674
1984
3312
3474
3567
2051
3003
1754
1963
1104
3002
3030
1112
1986
2624
1812
3011
1119
2619
3658
1114
1964
1946
1959
1774
3194
3192
1175
3558
2438
1947
3519
2860
3654
3007
1108
3323
2960
3034
1116
2040
1566
2168
2434
1098
1428
3556
3211
3012
1123
3560
2428
2618
3666
1950
2876
1766
1146
1815
2447
1948
3195
1966
1972
1811
3019
2970
1426
2048
3320
2044
3650
1562
1967
2162
1099
3146
1567
2039
1952
3015
3576
3308
3555
3010
1110
1139
3016
3210
2439
1958
1971
1951
3024
3008
3018
1960
1143
2999
2848
2263
2867
1808
1575
3559
3198
1955
1103
1548
1928
1259
1551
1152
2440
4132
2340
1179
2847
1670
2846
1970
1968
1872
3326
3514
1767
1934
3518
3348
2383
754
1094
1164
1710
2338
2382
1178
1176
991
1871
1924
1806
1106
2850
3020
2872
1258
2615
3690
2871
1100
988
2163
1916
1367
2052
2967
1122
2431
995
1956
1558
1918
2852
2047
756
1180
600
586
1870
2311
1860
2043
606
2042
3035
795
3450
1775
1664
2342
635
2971
1148
3000
1820
1554
2851
1704
2351
1748
2175
2376
3159
1559
2358
3199
760
2136
1778
1919
2038
1183
1828
1166
3522
2036
2426
1138
1962
1095
1975
2339
3022
1974
3027
587
1923
1572
2424
2262
2066
1090
1922
1672
2327
1556
2375
2067
2998
2334
1932
1147
2346
3379
1662
723
1944
2035
2062
747
1555
2046
796
3415
2387
1563
1930
1823
1859
1864
3023
1418
598
2219
698
2331
920
1680
742
590
3630
794
1120
699
2875
2092
1027
1862
1935
1107
3568
2854
2423
3383
1576
2959
591
2324
2620
998
2367
2963
2071
567
583
1720
592
1779
1867
1410
1702
2435
1167
2076
1096
3066
2259
1755
2356
3543
534
2075
2412
1034
1151
2091
694
752
990
3828
2427
3170
3212
1302
1255
1914
2079
1039
2968
2124
750
695
2335
2430
2632
3039
2864
810
2611
2344
2063
1135
746
2336
748
2328
1758
702
1723
2363
2442
1092
3542
2323
3827
2322
1915
3302
3719
2068
3047
576
2266
3188
2422
2064
3043
2310
2348
1678
703
612
2436
1091
2444
634
696
646
764
1711
1564
1158
1703
3622
1599
2384
564
1570
1194
875
1136
1155
2354
2074
2623
560
700
1700
536
1142
3562
535
652
619
2390
1168
2314
2220
3028
546
530
719
2216
544
555
2326
1679
1444
1031
1150
2371
1620
996
539
2475
654
1739
1546
638
647
1552
1144
1174
542
954
1814
650
1714
554
1976
3410
1186
1407
1499
3067
1414
2374
924
1163
1715
660
2096
651
1132
1483
771
3510
1300
2330
2858
579
526
2843
1492
1454
704
743
751
615
2320
3068
2884
540
1032
2395
1044
1439
1448
718
1858
2612
2332
538
3098
2055
1706
2224
2902
2212
1406
1568
1298
784
523
1390
888
935
1162
648
1502
836
939
951
1042
524
1954
1574
528
2787
527
712
871
2223
878
992
1195
1462
1400
2258
1707
1682
1047
884
3042
1023
566
952
1415
1086
580
2007
812
531
943
2391
572
558
758
1260
1771
1810
755
1519
2614
1130
950
1184
514
814
1412
2343
2260
3187
1807
1408
880
655
2840
811
2700
1475
1494
994
1134
1131
1488
2370
1671
3307
691
2072
1738
834
1316
1847
859
1464
2772
1254
630
522
1238
3056
2740
887
2883
744
1394
3680
759
870
1743
2735
1616
1411
1516
1491
3487
835
2122
1999
1468
1726
2863
1399
1419
614
562
2882
930
2540
616
1803
2816
2443
1542
948
816
1290
1712
1247
1172
1472
3038
595
2771
2590
872
1822
1340
1036
3304
970
1043
559
2070
1387
2127
2146
763
762
1084
3070
547
3046
516
1028
632
946
2839
1291
563
1272
860
3032
2420
582
1312
1744
815
3180
1694
1580
1030
594
1434
1083
1287
2616
710
1476
3055
1459
1514
578
2234
879
919
940
2147
3639
1460
1504
2955
1088
3858
2312
4167
1275
1471
1082
1658
556
1722
2318
1263
3552
656
2410
3380
987
1543
686
847
552
1242
551
2836
846
1718
1716
1452
1479
2303
4162
3182
1500
1064
543
934
1540
1495
1347
1443
588
550
722
1480
2278
1503
938
874
675
1830
1078
2280
947
2394
1824
1486
2634
1000
1463
1288
936
726
1380
2774
3583
2010
1239
2606
2214
4127
931
1523
720
1270
3507
2094
596
1940
1339
2364
2544
867
3424
584
2002
1911
727
2815
2582
3152
4155
2479
1538
1456
1466
3040
986
1612
2810
3854
3139
1079
2580
2628
3151
1478
1816
734
1338
3179
1007
2622
571
2814
2144
3319
2135
4151
1506
2020
1906
1578
532
1346
932
3316
1262
2838
1170
2894
2235
624
868
2778
1436
2906
882
1490
3382
2019
674
1171
1719
724
4107
2630
3054
1644
1118
2000
2811
1386
568
1379
2594
1438
599
1998
2304
2316
3150
944
2215
1396
876
1422
2551
3716
1467
1219
1474
3536
2231
1550
942
3095
1344
1482
1075
714
2294
3695
4159
1631
687
1240
1936
1487
1074
1802
1592
2563
892
1675
1547
2196
2011
1527
2496
2528
1526
515
3551
1080
3138
2546
2575
1608
1571
2060
2208
2411
1591
964
1072
1842
3714
1022
679
1844
1618
507
2160
1610
2302
1274
2866
1818
1510
1520
2812
672
1683
1026
914
740
1416
1619
1751
2703
974
1750
2543
2584
1280
2306
1251
1283
1156
2386
3554
2567
1600