diff --git a/mmeds/config.py b/mmeds/config.py index d9f6db888..84d93e6db 100644 --- a/mmeds/config.py +++ b/mmeds/config.py @@ -291,6 +291,12 @@ "plot_max_rows", "match_string" ] + }, + "picrust2": { + "parameters": [ + "tables" # this is going to always be 'asv_table.qza' and 'rep_seqs_table.qza' TODO: default parameters? + ], + "optional_parameters": [] } } diff --git a/mmeds/snakemake/rules/file_manipulation.smk b/mmeds/snakemake/rules/file_manipulation.smk index 7e9619f4b..2dd25ace3 100644 --- a/mmeds/snakemake/rules/file_manipulation.smk +++ b/mmeds/snakemake/rules/file_manipulation.smk @@ -12,6 +12,41 @@ rule extract_feature_table_tsv: "extract_feature_table.sh " "{input} " "{output} " + "tsv " + "tables/tmp_unzip_{wildcards.table}" + +rule extract_feature_table_biom: + """ Remove feature table biom file from qza archive """ + input: + "tables/{table}.qza" + output: + "tables/{table}.biom" + wildcard_constraints: + table = "[^/]+" + conda: + "mmeds_test" + shell: + "extract_feature_table.sh " + "{input} " + "{output} " + "biom " + "tables/tmp_unzip_{wildcards.table}" + +rule extract_feature_table_fasta: + """ Remove underlying fasta data from qza archive """ + input: + "tables/{table}.qza" + output: + "tables/{table}.fasta" + wildcard_constraints: + table = "[^/]+" + conda: + "mmeds_test" + shell: + "extract_feature_table.sh " + "{input} " + "{output} " + "fasta " "tables/tmp_unzip_{wildcards.table}" rule extract_feature_table_tsv_class: diff --git a/mmeds/snakemake/rules/functional_annotation.smk b/mmeds/snakemake/rules/functional_annotation.smk new file mode 100644 index 000000000..2797c9b09 --- /dev/null +++ b/mmeds/snakemake/rules/functional_annotation.smk @@ -0,0 +1,15 @@ +rule picrust2_core: + """ Generate picrust2 tables for input feature table """ + input: + rep_seqs = "tables/rep_seqs_table.fasta", + biom_feature_table = "tables/asv_table.biom" + output: + directory("picrust2_out") + conda: + "picrust2" + shell: + "picrust2_pipeline.py " + "-s {input.rep_seqs} " + "-i {input.biom_feature_table} " + "-o {output} " + "--stratified" diff --git a/mmeds/snakemake/workflows/picrust2.Snakefile b/mmeds/snakemake/workflows/picrust2.Snakefile new file mode 100644 index 000000000..eb84b6eaa --- /dev/null +++ b/mmeds/snakemake/workflows/picrust2.Snakefile @@ -0,0 +1,11 @@ +configfile: "config_file.yaml" +report: "report.rst" + +include: "{snakemake_dir}/common.smk" +include: "{snakemake_dir}/file_manipulation.smk" +include: "{snakemake_dir}/table_filtering.smk" +include: "{snakemake_dir}/functional_annotation.smk" + +rule results: + input: + directory("picrust2_out") diff --git a/mmeds/tests/unit/test_snakemake.py b/mmeds/tests/unit/test_snakemake.py index f565a1e14..a104aa481 100644 --- a/mmeds/tests/unit/test_snakemake.py +++ b/mmeds/tests/unit/test_snakemake.py @@ -6,6 +6,7 @@ from mmeds.util import setup_environment from mmeds.logging import Logger + class SnakemakeTests(TestCase): """ Test running snakemake analyses """ @classmethod @@ -36,13 +37,11 @@ def run_snakemake(self, path): run(f"rm -f {dag}; rm -f {rulegraph}; rm -f {snakefile}", shell=True) return 0 - def test_a_core_pipeline_taxonomic(self): """ Test snakemake standard pipeline analysis """ result = self.run_snakemake(Path(fig.TEST_SNAKEMAKE_DIR) / "core_pipeline_taxonomic") self.assertEquals(result, 0) - def test_b_lefse(self): """ Test snakemake lefse analysis """ result = self.run_snakemake(Path(fig.TEST_SNAKEMAKE_DIR) / "lefse") @@ -53,3 +52,8 @@ def test_c_lefse_failure(self): """ Test analysis with undefined snakemake method """ result = self.run_snakemake(Path(fig.TEST_SNAKEMAKE_DIR) / "lefse_failure") self.assertEquals(result, 0) + + def test_d_picrust2(self): + """ Test snakemake picrust2 analysis """ + result = self.run_snakemake(Path(fig.TEST_SNAKEMAKE_DIR) / "picrust2") + self.assertEquals(result, 0) diff --git a/scripts/extract_feature_table.sh b/scripts/extract_feature_table.sh index f6e72abe4..b57d4c5ee 100644 --- a/scripts/extract_feature_table.sh +++ b/scripts/extract_feature_table.sh @@ -4,8 +4,21 @@ in_file=$1 out_file=$2 -tmp_dir_name="${3:-tmp_unzip}" +file_type="${3:-tsv}" # tsv, biom, or fasta +tmp_dir_name="${4:-tmp_unzip}" unzip -joq $in_file -d $tmp_dir_name -biom convert --to-tsv -i $tmp_dir_name/feature-table.biom -o $out_file -sed -i '1d;2s/^#//' $out_file -rm -rf $tmp_dir_name + +if [[ "$file_type" == "tsv" ]]; then + biom convert --to-tsv -i $tmp_dir_name/feature-table.biom -o $out_file + sed -i '1d;2s/^#//' $out_file + rm -rf $tmp_dir_name +elif [[ "$file_type" == "biom" ]]; then + cp $tmp_dir_name/feature-table.biom $out_file + rm -rf $tmp_dir_name +elif [[ "$file_type" == "fasta" ]]; then + cp $tmp_dir_name/dna-sequences.fasta $out_file + rm -rf $tmp_dir_name +else + echo "Invalid file_type argument" +fi + diff --git a/setup.py b/setup.py index 39dc2b877..0603474e9 100644 --- a/setup.py +++ b/setup.py @@ -75,6 +75,7 @@ def run(self): 'pygments==2.8.1', 'pymysql==1.0.2', 'pytest-cov==2.11.1', + 'pytest==8.3.5', 'pytest-pudb==0.7.0', 'pytest==8.3.5', 'pytidylib==0.3.2', diff --git a/test_files/test_snakemake/picrust2/picrust2.Snakefile b/test_files/test_snakemake/picrust2/picrust2.Snakefile new file mode 100644 index 000000000..c087ee4d0 --- /dev/null +++ b/test_files/test_snakemake/picrust2/picrust2.Snakefile @@ -0,0 +1,11 @@ +configfile: "test_picrust2_config.yaml" +report: "report.rst" + +include: "snakemake_dir/common.smk" +include: "snakemake_dir/file_manipulation.smk" +include: "snakemake_dir/table_filtering.smk" +include: "snakemake_dir/functional_annotation.smk" + +rule results: + input: + directory("picrust2_out") diff --git a/test_files/test_snakemake/picrust2/tables/asv_table.qza b/test_files/test_snakemake/picrust2/tables/asv_table.qza new file mode 100644 index 000000000..42b5510f3 Binary files /dev/null and b/test_files/test_snakemake/picrust2/tables/asv_table.qza differ diff --git a/test_files/test_snakemake/picrust2/tables/qiime_mapping_file.tsv b/test_files/test_snakemake/picrust2/tables/qiime_mapping_file.tsv new file mode 100644 index 000000000..170bdec36 --- /dev/null +++ b/test_files/test_snakemake/picrust2/tables/qiime_mapping_file.tsv @@ -0,0 +1,2734 @@ +#SampleID BarcodeSequence LinkerPrimerSequence AlcoholC AminoQuinoPastMo Anaemia AnaemiaC Arm Arvs Audit AuditC AuditCategory AuditScore Bmi BmiLessThan16 BmiLessThan18 BodyTemp BodyTempAbove39 CannotStopLastYear CaseContactPairs ChestPainC Chestpain Cohort ConcernDrinking Cough CoughC DaysSinceExperimentStart Drugs Dyspnoea ExampleMetaData Fagerstrom FagerstromC FagerstromCategory FagerstromCategoryC FagerstromScore FailureLastYear FrequentMorning HeartRate HeartRateAbove120 Hiv1 Hiv2 HivC HivStatus HowManyAlcoholDay HowManyCigDay HowOftenAlcohol InjuredDrinking Karnofsky KarnoskyIndex MoreDrinks MorningDrinkYear Muc MucLessThan200 MucLessThan220 MucMm NoSmokePlaces PreviousSmoker PreviousTb PreviousTbC Race RemorseYear RespRateValue Separate SmokeWhenSick Smokes SomeOtherInfo SubStudy TBStatus TbMedCurrent3mo TbScore TbScoreC TimepointActualMonths TimepointVisit Together UnableRememberYear Visit WalkAided WhichCannotGiveUp YearsAgoTB antibiotics howSoonFirstCig mgit mgit2 smear2grade smear2result smeargrade smearresult smokesCigarettes tbBeforeNumber ttp ttp2 xpert AliquotID AliquotWeight AliquotWeightUnit SpecimenBodySite UberonCodeBodySite Biome CollectionSiteName CollectionSiteTechnician Depth Elevation Environment Feature Latitude Longitude Material Ethnicity ExperimentName Genotype Height HeightDateCollected ICDCode IllnessEndDate IllnessInstanceID IllnessNotes IllnessStartDate InterventionEndDate InterventionNotes InterventionStartDate InterventionCode InterventionName InterventionType ContactEmail ContactName PrimaryInvestigator AgeDecade Alcohol Age RawDataNotes RawDataDatePerformed RawDataProcessor RawDataProtocolID FinishingStrategyCoverage FinishingStrategyStatus NumberOfContigs Primer RawDataConditions SequencingMethod TargetGene ResultID ResultsLocation ResultsDatePerformed ResultsProcessor ResultsProtocolID ResultsMethod ResultsTool ResultsToolVersion MmedsSampleID SampleWeight SampleWeightUnit SampleDatePerformed SampleProcessor SampleProtocolID SampleProtocolNotes SampleConditions SampleTool SampleToolVersion SpecimenCollectionDate SpecimenCollectionMethod SpecimenCollectionTime SpecimenID SpecimenNotes SpecimenWeight SpecimenWeightUnit StorageFreezer StorageInstitution RelevantLinks StudyName StudyType SubjectType BirthYear HostSubjectId Nationality Sex SpecimenType UberonCodeType Weight WeightDateCollected +#q2:types categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical categorical +BAR0012.sputum.baseline.184 GTGACCCTGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 20.7008167413151 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0012 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 nan Required 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0012.sputum.baseline.184 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0012.sputum.baseline.184 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0012.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0012.sputum.baseline.184 nan nan nan nan 2016-04-13 nan nan BAR0012.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0012 nan Female Sputum nan 55.0 nan +BAR0012.sputum.m06 AGCCTTCGTCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 20.7008167413151 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0012 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 nan Text 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 BAR0012.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0012.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0012.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0012.sputum.m06 nan nan nan nan 2016-10-10 nan nan BAR0012.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0012 nan Female Sputum nan 55.0 nan +BAR0012.sputum.m12 CGTATAAATGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 20.7008167413151 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0012 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 nan Limit 45 Characters 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0012.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0012.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0012.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0012.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-04-10 nan nan BAR0012.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0012 nan Female Sputum nan 55.0 nan +BAR0012.sputum.m18 TGACTAATGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 20.7008167413151 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0012 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0012.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0012.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0012.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0012.sputum.m18 nan nan nan nan 2017-10-05 nan nan BAR0012.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0012 nan Female Sputum nan 55.0 nan +BAR0013.index.sputum.tb TCCGCAACCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 high nan dependence 24.0 20.338326446281 0.0 0.0 nan nan 3.0 BAR0013 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 8.0 2.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 2.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 21.5 0.0 1.0 215.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0013.index.sputum.tb 4.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0013.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0013.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0013.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-04-14 nan nan BAR0013.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0013 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0013.sputum.m06 GTGGAGTCTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 high nan dependence 24.0 20.338326446281 0.0 0.0 nan nan 3.0 BAR0013 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 8.0 2.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 2.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 21.5 0.0 1.0 215.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 BAR0013.sputum.m06 4.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0013.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0013.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0013.sputum.m06 nan nan nan nan 2016-10-04 nan nan BAR0013.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0013 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0013.sputum.m12 TGATGTGCTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 high nan dependence 24.0 20.338326446281 0.0 0.0 nan nan 3.0 BAR0013 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 8.0 2.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 2.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 21.5 0.0 1.0 215.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 BAR0013.sputum.m12 4.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0013.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0013.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0013.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-04-10 nan nan BAR0013.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0013 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0013.sputum.m18 TGTGCACGCCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 high nan dependence 24.0 20.338326446281 0.0 0.0 nan nan 3.0 BAR0013 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 8.0 2.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 2.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 21.5 0.0 1.0 215.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0013.sputum.m18 4.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0013.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0013.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0013.sputum.m18 nan nan nan nan 2017-10-05 nan nan BAR0013.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0013 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0022.index.sputum.tb GCATGCATCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8061342389972 0.0 1.0 nan nan nan BAR0022 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0022.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0022.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-05-05 nan nan BAR0022.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0022 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0022.sputum.m02 GGTGAGCAAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8061342389972 0.0 1.0 nan nan nan BAR0022 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0022.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0022.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-07-26 nan nan BAR0022.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0022 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0022.sputum.m06 CTATGTATTAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8061342389972 0.0 1.0 nan nan nan BAR0022 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0022.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0022.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.sputum.m06 nan nan nan nan 2016-10-31 nan nan BAR0022.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0022 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0022.sputum.m12 TCCATACCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8061342389972 0.0 1.0 nan nan nan BAR0022 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 12.0 m12 BAR0022.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0022.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-05-08 nan nan BAR0022.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0022 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0022.sputum.m18 ATGCTGCAACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8061342389972 0.0 1.0 nan nan nan BAR0022 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 18.0 m18 BAR0022.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0022.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0022.sputum.m18 nan nan nan nan 2017-11-06 nan nan BAR0022.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0022 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0030.index.sputum.tb ACCAACAGATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.8581314878893 0.0 0.0 nan nan nan BAR0030 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0030.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0030.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-05-17 nan nan BAR0030.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0030 nan Male Sputum nan 54.5 nan +BAR0030.sputum.m02 TAAATATACCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.8581314878893 0.0 0.0 nan nan nan BAR0030 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0030.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0030.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-08-01 nan nan BAR0030.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0030 nan Male Sputum nan 54.5 nan +BAR0030.sputum.m06 ACTCCCGTGTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.8581314878893 0.0 0.0 nan nan nan BAR0030 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 BAR0030.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0030.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.sputum.m06 nan nan nan nan 2016-11-14 nan nan BAR0030.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0030 nan Male Sputum nan 54.5 nan +BAR0030.sputum.m12 AGCCCTGCTACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.8581314878893 0.0 0.0 nan nan nan BAR0030 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0030.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0030.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-05-23 nan nan BAR0030.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0030 nan Male Sputum nan 54.5 nan +BAR0030.sputum.m18 ACTCGCTCGCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.8581314878893 0.0 0.0 nan nan nan BAR0030 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0030.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0030.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.sputum.m18 nan nan nan nan 2017-11-06 nan nan BAR0030.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0030 nan Male Sputum nan 54.5 nan +BAR0030.index.stool.tb AATACAGACCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.8581314878893 0.0 0.0 nan nan nan BAR0030 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0030.index.stool.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0030.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-05-17 nan nan BAR0030.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0030 nan Male Stool nan 54.5 nan +BAR0030.stool.m02 TGATGTGCTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.8581314878893 0.0 0.0 nan nan nan BAR0030 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0030.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0030.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.stool.m02 nan nan nan nan 2016-08-01 nan nan BAR0030.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0030 nan Male Stool nan 54.5 nan +BAR0030.stool.m12 TGTGCACGCCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.8581314878893 0.0 0.0 nan nan nan BAR0030 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0030.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0030.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.stool.m12 nan nan nan nan 2017-05-23 nan nan BAR0030.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0030 nan Male Stool nan 54.5 nan +BAR0030.stool.m18 GGTGAGCAAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.8581314878893 0.0 0.0 nan nan nan BAR0030 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0030.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0030.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0030.stool.m18 nan nan nan nan 2017-11-06 nan nan BAR0030.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0030 nan Male Stool nan 54.5 nan +BAR0034.index.sputum.tb GTCGGAAATTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0034.index.sputum.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-05-26 nan nan BAR0034.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Sputum nan 37.5 nan +BAR0034.sputum.m02 CTGTCTATACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 6.0 2.0 m02 BAR0034.sputum.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-08-11 nan nan BAR0034.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Sputum nan 37.5 nan +BAR0034.sputum.m06 TAATCTCGCCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0034.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.sputum.m06 nan nan nan nan 2016-11-21 nan nan BAR0034.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Sputum nan 37.5 nan +BAR0034.sputum.m12 AGTAAAGATCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 11.0 m12 BAR0034.sputum.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-05-22 nan nan BAR0034.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Sputum nan 37.5 nan +BAR0034.sputum.m18 TTGCTGGACGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 17.0 m18 BAR0034.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.sputum.m18 nan nan nan nan 2017-11-16 nan nan BAR0034.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Sputum nan 37.5 nan +BAR0034.index.stool.tb GCATGCATCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0034.index.stool.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-05-26 nan nan BAR0034.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Stool nan 37.5 nan +BAR0034.stool.m02 CTATGTATTAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 6.0 2.0 m02 BAR0034.stool.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.stool.m02 nan nan nan nan 2016-08-11 nan nan BAR0034.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Stool nan 37.5 nan +BAR0034.stool.m06 TCCATACCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0034.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.stool.m06 nan nan nan nan 2016-11-21 nan nan BAR0034.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Stool nan 37.5 nan +BAR0034.stool.m12 ATGCTGCAACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 11.0 m12 BAR0034.stool.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.stool.m12 nan nan nan nan 2017-05-22 nan nan BAR0034.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Stool nan 37.5 nan +BAR0034.stool.m18 CGGGACACCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.4670344508314 1.0 1.0 nan nan nan BAR0034 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 17.0 m18 BAR0034.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0034.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0034.stool.m18 nan nan nan nan 2017-11-16 nan nan BAR0034.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0034 nan Male Stool nan 37.5 nan +BAR0037.index.stool.tb CTGGTGCTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.6210543182182 1.0 1.0 nan nan nan BAR0037 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0037.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0037.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0037.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0037.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-06-15 nan nan BAR0037.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0037 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0037.stool.m02 ACCTTACACCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.6210543182182 1.0 1.0 nan nan nan BAR0037 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 2.0 m02 BAR0037.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0037.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0037.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0037.stool.m02 nan nan nan nan 2016-08-16 nan nan BAR0037.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0037 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0037.stool.m06 GTAGTAGACCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.6210543182182 1.0 1.0 nan nan nan BAR0037 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0037.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0037.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0037.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0037.stool.m06 nan nan nan nan 2016-12-12 nan nan BAR0037.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0037 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0037.stool.m12 CCGGACAAGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.6210543182182 1.0 1.0 nan nan nan BAR0037 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 12.0 m12 BAR0037.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0037.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0037.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0037.stool.m12 nan nan nan nan 2017-06-15 nan nan BAR0037.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0037 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0044.index.sputum.tb GCTTCCAGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 20.8665989258238 0.0 0.0 nan nan nan BAR0044 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0044.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 166.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0044.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-06-23 nan nan BAR0044.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0044 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0044.sputum.m02 TTGCGGACCCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 20.8665989258238 0.0 0.0 nan nan nan BAR0044 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0044.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 166.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0044.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-09-05 nan nan BAR0044.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0044 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0044.sputum.m06 CGGTATAGCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 20.8665989258238 0.0 0.0 nan nan nan BAR0044 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0044.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 166.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0044.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-01-05 nan nan BAR0044.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0044 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0044.sputum.m12 CCTAACGGTCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 20.8665989258238 0.0 0.0 nan nan nan BAR0044 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 BAR0044.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 166.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0044.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-06-19 nan nan BAR0044.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0044 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0044.sputum.m18 TTCCTTAGTAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 20.8665989258238 0.0 0.0 nan nan nan BAR0044 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0044.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 166.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0044.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0044.sputum.m18 nan nan nan nan 2017-12-13 nan nan BAR0044.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0044 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0050.index.sputum.tb TCTAACGAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0050.index.sputum.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-07-04 nan nan BAR0050.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Sputum nan 42.0 nan +BAR0050.sputum.m02 TATGCCAGAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0050.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-09-14 nan nan BAR0050.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Sputum nan 42.0 nan +BAR0050.sputum.m06 ATCTAGTGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 BAR0050.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-01-04 nan nan BAR0050.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Sputum nan 42.0 nan +BAR0050.sputum.m12 CTCGCCCTCGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 12.0 m12 BAR0050.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-07-05 nan nan BAR0050.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Sputum nan 42.0 nan +BAR0050.sputum.m18 TACTAACGCGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 18.0 m18 BAR0050.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-01-09 nan nan BAR0050.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Sputum nan 42.0 nan +BAR0050.index.stool.tb GCTTCCAGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0050.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-07-04 nan nan BAR0050.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Stool nan 42.0 nan +BAR0050.stool.m02 TAAATATACCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0050.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.stool.m02 nan nan nan nan 2016-09-14 nan nan BAR0050.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Stool nan 42.0 nan +BAR0050.stool.m06 ACTCCCGTGTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 BAR0050.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.stool.m06 nan nan nan nan 2017-01-04 nan nan BAR0050.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Stool nan 42.0 nan +BAR0050.stool.m12 AGCCCTGCTACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 12.0 m12 BAR0050.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.stool.m12 nan nan nan nan 2017-07-05 nan nan BAR0050.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Stool nan 42.0 nan +BAR0050.stool.m18 ACTCGCTCGCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.7095631641086 0.0 1.0 nan nan nan BAR0050 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 18.0 m18 BAR0050.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0050.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0050.stool.m18 nan nan nan nan 2018-01-09 nan nan BAR0050.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0050 nan Female Stool nan 42.0 nan +BAR0053.index.sputum.tb TTATGTACGGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.5184089414859 0.0 0.0 nan nan nan BAR0053 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0053.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0053.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-07-06 nan nan BAR0053.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0053 nan Female Sputum nan 47.5 nan +BAR0053.sputum.m02 GTCGTCCAAATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.5184089414859 0.0 0.0 nan nan nan BAR0053 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 1.0 m02 BAR0053.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0053.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-09-05 nan nan BAR0053.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0053 nan Female Sputum nan 47.5 nan +BAR0053.sputum.m06 GACTCTGCTCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.5184089414859 0.0 0.0 nan nan nan BAR0053 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 BAR0053.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0053.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-01-05 nan nan BAR0053.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0053 nan Female Sputum nan 47.5 nan +BAR0053.index.stool.tb GACAGAGGTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.5184089414859 0.0 0.0 nan nan nan BAR0053 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0053.index.stool.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0053.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-07-06 nan nan BAR0053.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0053 nan Female Stool nan 47.5 nan +BAR0053.stool.m02 CTGTCTATACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.5184089414859 0.0 0.0 nan nan nan BAR0053 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 1.0 m02 BAR0053.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0053.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.stool.m02 nan nan nan nan 2016-09-05 nan nan BAR0053.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0053 nan Female Stool nan 47.5 nan +BAR0053.stool.m06 TAATCTCGCCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.5184089414859 0.0 0.0 nan nan nan BAR0053 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 BAR0053.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0053.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0053.stool.m06 nan nan nan nan 2017-01-05 nan nan BAR0053.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0053 nan Female Stool nan 47.5 nan +BAR0055.index.sputum.tb AATCTTGCGCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0055.index.sputum.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-07-11 nan nan BAR0055.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0055.sputum.m02 CGTTTGGAATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 1.0 m02 BAR0055.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-09-08 nan nan BAR0055.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0055.sputum.m06 ACGCTTAACGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0055.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-01-05 nan nan BAR0055.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0055.sputum.m12 TCTCTTTCGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0055.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-07-03 nan nan BAR0055.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0055.sputum.m18 GCGATCACACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0055.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-01-09 nan nan BAR0055.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0055.index.stool.tb GAGTCTTGGTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0055.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-07-11 nan nan BAR0055.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0055.stool.m02 CGGTATAGCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 1.0 m02 BAR0055.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.stool.m02 nan nan nan nan 2016-09-08 nan nan BAR0055.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0055.stool.m06 CCTAACGGTCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0055.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.stool.m06 nan nan nan nan 2017-01-05 nan nan BAR0055.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0055.stool.m12 TTCCTTAGTAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0055.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.stool.m12 nan nan nan nan 2017-07-03 nan nan BAR0055.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0055.stool.m18 TATGCCAGAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 nan nan nan BAR0055 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0055.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0055.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0055.stool.m18 nan nan nan nan 2018-01-09 nan nan BAR0055.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0055 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0063.index.stool.tb GGAAGAAGTAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 29.2421086364365 0.0 0.0 nan nan nan BAR0063 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 4 nan 90 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All nan yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0063.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0063.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-07-21 nan nan BAR0063.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0063 nan Female Stool nan 73.0 nan +BAR0063.stool.m02 ATCTAGTGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 29.2421086364365 0.0 0.0 nan nan nan BAR0063 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 4 nan 90 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All nan yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0063.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0063.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.stool.m02 nan nan nan nan 2016-09-22 nan nan BAR0063.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0063 nan Female Stool nan 73.0 nan +BAR0063.stool.m06 CTCGCCCTCGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 29.2421086364365 0.0 0.0 nan nan nan BAR0063 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 4 nan 90 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All nan yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 BAR0063.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0063.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.stool.m06 nan nan nan nan 2017-01-13 nan nan BAR0063.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0063 nan Female Stool nan 73.0 nan +BAR0063.stool.m12 TACTAACGCGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 29.2421086364365 0.0 0.0 nan nan nan BAR0063 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 4 nan 90 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All nan yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 BAR0063.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0063.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.stool.m12 nan nan nan nan 2017-07-17 nan nan BAR0063.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0063 nan Female Stool nan 73.0 nan +BAR0063.stool.m18 GTCGTCCAAATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 29.2421086364365 0.0 0.0 nan nan nan BAR0063 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 4 nan 90 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All nan yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0063.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0063.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0063.stool.m18 nan nan nan nan 2018-01-16 nan nan BAR0063.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0063 nan Female Stool nan 73.0 nan +BAR0064.index.sputum.tb TTCCCTTCTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0064.index.sputum.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-07-20 nan nan BAR0064.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Sputum nan 42.0 nan +BAR0064.sputum.m02 TGCACAGTCGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 2.0 m02 BAR0064.sputum.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-09-21 nan nan BAR0064.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Sputum nan 42.0 nan +BAR0064.sputum.m06 GTCATGCTCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0064.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-01-10 nan nan BAR0064.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Sputum nan 42.0 nan +BAR0064.sputum.m12 TATGGTACCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 6.0 12.0 m12 BAR0064.sputum.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-07-21 nan nan BAR0064.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Sputum nan 42.0 nan +BAR0064.sputum.m18 ACGTGAGGAACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 17.0 m18 BAR0064.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0064.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Sputum nan 42.0 nan +BAR0064.index.stool.tb TTATGTACGGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0064.index.stool.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-07-20 nan nan BAR0064.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Stool nan 42.0 nan +BAR0064.stool.m02 GACTCTGCTCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 2.0 m02 BAR0064.stool.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.stool.m02 nan nan nan nan 2016-09-21 nan nan BAR0064.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Stool nan 42.0 nan +BAR0064.stool.m06 CGCGCCTTAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0064.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.stool.m06 nan nan nan nan 2017-01-10 nan nan BAR0064.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Stool nan 42.0 nan +BAR0064.stool.m12 CGTCCGTATGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 6.0 12.0 m12 BAR0064.stool.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.stool.m12 nan nan nan nan 2017-07-21 nan nan BAR0064.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Stool nan 42.0 nan +BAR0064.stool.m18 CGTTTGGAATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.8242268867169 0.0 1.0 nan nan nan BAR0064 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 19.5 1.0 1.0 195.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 17.0 m18 BAR0064.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0064.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0064.stool.m18 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0064.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0064 nan Male Stool nan 42.0 nan +BAR0073.index.sputum.tb TCGTCGCCAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.731837120549 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0073.index.sputum.tb nan baseline nan nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0073.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-08-02 nan nan BAR0073.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0073 nan Male Sputum nan 53.5 nan +BAR0073.sputum.m02 AAGAACTCATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.731837120549 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0073.sputum.m02 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0073.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-10-03 nan nan BAR0073.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0073 nan Male Sputum nan 53.5 nan +BAR0073.sputum.m06 TACGGATTATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.731837120549 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 5.0 m06 BAR0073.sputum.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0073.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-01-26 nan nan BAR0073.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0073 nan Male Sputum nan 53.5 nan +BAR0073.sputum.m12 ACATACTGAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.731837120549 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0073.sputum.m12 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0073.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-07-28 nan nan BAR0073.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0073 nan Male Sputum nan 53.5 nan +BAR0073.sputum.m18 CAAACGCACTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.731837120549 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0073.sputum.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0073.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-01-23 nan nan BAR0073.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0073 nan Male Sputum nan 53.5 nan +BAR0073.index.stool.tb ACACAGTCCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.731837120549 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0073.index.stool.tb nan baseline nan nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0073.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-08-02 nan nan BAR0073.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0073 nan Male Stool nan 53.5 nan +BAR0073.stool.m02 ACGCTTAACGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.731837120549 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0073.stool.m02 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0073.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.stool.m02 nan nan nan nan 2016-10-03 nan nan BAR0073.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0073 nan Male Stool nan 53.5 nan +BAR0073.stool.m12 TCTCTTTCGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.731837120549 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0073.stool.m12 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0073.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.stool.m12 nan nan nan nan 2017-07-28 nan nan BAR0073.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0073 nan Male Stool nan 53.5 nan +BAR0073.stool.m18 GCGATCACACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.731837120549 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0073.stool.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0073.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0073.stool.m18 nan nan nan nan 2018-01-23 nan nan BAR0073.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0073 nan Male Stool nan 53.5 nan +BAR0076.index.sputum.tb ATCGATCCACAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 18.9735758248878 0.0 0.0 nan nan nan BAR0076 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 3.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0076.index.sputum.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0076.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-08-10 nan nan BAR0076.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0076 nan Female Sputum nan 41.0 nan +BAR0076.sputum.m02 TTACTGTGGCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 18.9735758248878 0.0 0.0 nan nan nan BAR0076 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 3.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0076.sputum.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0076.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-10-12 nan nan BAR0076.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0076 nan Female Sputum nan 41.0 nan +BAR0076.sputum.m06 TACCGAAGGTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 18.9735758248878 0.0 0.0 nan nan nan BAR0076 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 3.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0076.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0076.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-02 nan nan BAR0076.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0076 nan Female Sputum nan 41.0 nan +BAR0076.sputum.m12 TACAATATCTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 18.9735758248878 0.0 0.0 nan nan nan BAR0076 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 3.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0076.sputum.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0076.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-07-31 nan nan BAR0076.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0076 nan Female Sputum nan 41.0 nan +BAR0076.sputum.m18 GGTTGCCCTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 18.9735758248878 0.0 0.0 nan nan nan BAR0076 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 3.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0076.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0076.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-01-29 nan nan BAR0076.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0076 nan Female Sputum nan 41.0 nan +BAR0076.index.stool.tb TCAGACCAACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 18.9735758248878 0.0 0.0 nan nan nan BAR0076 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 3.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0076.index.stool.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0076.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-08-10 nan nan BAR0076.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0076 nan Female Stool nan 41.0 nan +BAR0076.stool.m02 TGCACAGTCGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 18.9735758248878 0.0 0.0 nan nan nan BAR0076 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 3.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0076.stool.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0076.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.stool.m02 nan nan nan nan 2016-10-12 nan nan BAR0076.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0076 nan Female Stool nan 41.0 nan +BAR0076.stool.m12 GTCATGCTCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 18.9735758248878 0.0 0.0 nan nan nan BAR0076 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 3.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0076.stool.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0076.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.stool.m12 nan nan nan nan 2017-07-31 nan nan BAR0076.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0076 nan Female Stool nan 41.0 nan +BAR0076.stool.m18 TATGGTACCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 18.9735758248878 0.0 0.0 nan nan nan BAR0076 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 3.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0076.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0076.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0076.stool.m18 nan nan nan nan 2018-01-29 nan nan BAR0076.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0076 nan Female Stool nan 41.0 nan +BAR0079.index.sputum.tb TTGGACGTCCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0079.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-08-16 nan nan BAR0079.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0079.sputum.m02 TGATATCGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 1.0 m02 BAR0079.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-10-12 nan nan BAR0079.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0079.sputum.m06 ATACATGCAAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0079.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-10 nan nan BAR0079.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0079.sputum.m12 GTTGATACGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0079.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-08-07 nan nan BAR0079.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0079.sputum.m18 GAAGAGGGTTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0079.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-08 nan nan BAR0079.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Sputum nan 48.0 nan +BAR0079.index.stool.tb TCGTCGCCAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0079.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-08-16 nan nan BAR0079.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Stool nan 48.0 nan +BAR0079.stool.m02 ACGTGAGGAACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 1.0 m02 BAR0079.stool.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.stool.m02 nan nan nan nan 2016-10-12 nan nan BAR0079.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Stool nan 48.0 nan +BAR0079.stool.m06 AAGAACTCATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0079.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.stool.m06 nan nan nan nan 2017-02-10 nan nan BAR0079.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Stool nan 48.0 nan +BAR0079.stool.m12 TACGGATTATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0079.stool.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.stool.m12 nan nan nan nan 2017-08-07 nan nan BAR0079.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Stool nan 48.0 nan +BAR0079.stool.m18 ACATACTGAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan hazardous 9.0 15.3212678349133 1.0 1.0 nan nan 1.0 BAR0079 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan high 1.0 high 3.0 9.0 1.0 1.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 90 >60 1.0 1.0 20.0 0.0 1.0 200.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0079.stool.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0079.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0079.stool.m18 nan nan nan nan 2018-02-08 nan nan BAR0079.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0079 nan Male Stool nan 48.0 nan +BAR0094.index.sputum.tb ACACCGCACAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0094.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-09-30 nan nan BAR0094.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Sputum nan 52.0 nan +BAR0094.sputum.m02 GGTTCATGAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 2.0 m02 BAR0094.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.sputum.m02 nan nan nan nan 2016-12-07 nan nan BAR0094.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Sputum nan 52.0 nan +BAR0094.sputum.m06 TGAGTATGAGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0094.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-04-03 nan nan BAR0094.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Sputum nan 52.0 nan +BAR0094.sputum.m12 AATTTAGGTAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 12.0 m12 BAR0094.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-10-05 nan nan BAR0094.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Sputum nan 52.0 nan +BAR0094.sputum.m18 CATATAGCCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0094.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-04-09 nan nan BAR0094.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Sputum nan 52.0 nan +BAR0094.index.stool.tb AGTGATGTGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0094.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-09-30 nan nan BAR0094.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Stool nan 52.0 nan +BAR0094.stool.m02 CAAACGCACTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 2.0 m02 BAR0094.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.stool.m02 nan nan nan nan 2016-12-07 nan nan BAR0094.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Stool nan 52.0 nan +BAR0094.stool.m06 TTACTGTGGCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0094.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.stool.m06 nan nan nan nan 2017-04-03 nan nan BAR0094.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Stool nan 52.0 nan +BAR0094.stool.m12 TACCGAAGGTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 12.0 m12 BAR0094.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.stool.m12 nan nan nan nan 2017-10-05 nan nan BAR0094.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Stool nan 52.0 nan +BAR0094.stool.m18 TACAATATCTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 19.3337299226651 0.0 0.0 nan nan 1.0 BAR0094 no 0.0 bar 2.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0094.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 BAR0094.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0094.stool.m18 nan nan nan nan 2018-04-09 nan nan BAR0094.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0094 nan Male Stool nan 52.0 nan +BAR0095.index.sputum.tb TCCAGGGCTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 26.4308012486993 0.0 0.0 nan nan nan BAR0095 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 26.3 0.0 0.0 263.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0095.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0095.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-10-03 nan nan BAR0095.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0095 nan Female Sputum nan 63.5 nan +BAR0095.sputum.m06 CGGTGACCTACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 26.4308012486993 0.0 0.0 nan nan nan BAR0095 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 26.3 0.0 0.0 263.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0095.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0095.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-04-03 nan nan BAR0095.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0095 nan Female Sputum nan 63.5 nan +BAR0095.sputum.m12 CTTAGTGCAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 26.4308012486993 0.0 0.0 nan nan nan BAR0095 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 26.3 0.0 0.0 263.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 BAR0095.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0095.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-09-29 nan nan BAR0095.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0095 nan Female Sputum nan 63.5 nan +BAR0095.sputum.m18 GTCAACGCTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 26.4308012486993 0.0 0.0 nan nan nan BAR0095 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 26.3 0.0 0.0 263.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0095.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0095.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0095.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0095 nan Female Sputum nan 63.5 nan +BAR0095.index.stool.tb AACATGCATGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 26.4308012486993 0.0 0.0 nan nan nan BAR0095 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 26.3 0.0 0.0 263.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0095.index.stool.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0095.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-10-03 nan nan BAR0095.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0095 nan Female Stool nan 63.5 nan +BAR0095.stool.m06 GGTTGCCCTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 26.4308012486993 0.0 0.0 nan nan nan BAR0095 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 26.3 0.0 0.0 263.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0095.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0095.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.stool.m06 nan nan nan nan 2017-04-03 nan nan BAR0095.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0095 nan Female Stool nan 63.5 nan +BAR0095.stool.m12 TGATATCGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 26.4308012486993 0.0 0.0 nan nan nan BAR0095 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 26.3 0.0 0.0 263.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 BAR0095.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0095.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.stool.m12 nan nan nan nan 2017-09-29 nan nan BAR0095.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0095 nan Female Stool nan 63.5 nan +BAR0095.stool.m18 ATACATGCAAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 26.4308012486993 0.0 0.0 nan nan nan BAR0095 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 26.3 0.0 0.0 263.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0095.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0095.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0095.stool.m18 nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0095.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0095 nan Female Stool nan 63.5 nan +BAR0116.index.sputum.tb GTCTGTTGAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 7.0 20.7511505588429 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0116 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 2.0 2 0.0 90 >60 0.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0116.index.sputum.tb 0.0 baseline nan 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0116.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0116.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0116.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-10-27 nan nan BAR0116.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0116 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0116.sputum.m02 TGAGTGGTCTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 7.0 20.7511505588429 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0116 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 2.0 2 0.0 90 >60 0.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 2.0 m02 BAR0116.sputum.m02 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0116.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0116.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0116.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-01-03 nan nan BAR0116.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0116 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0116.sputum.m12 TAACAATAATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 7.0 20.7511505588429 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0116 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 2.0 2 0.0 90 >60 0.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 11.0 m12 BAR0116.sputum.m12 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0116.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0116.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0116.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-10-09 nan nan BAR0116.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0116 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0116.sputum.m18 AATGGTTCAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 7.0 20.7511505588429 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0116 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 2.0 2 0.0 90 >60 0.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0116.sputum.m18 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0116.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0116.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0116.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-05-10 nan nan BAR0116.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0116 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0118.index.sputum.tb ACTCGGCCAACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 3.0 21.875 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0118 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0118.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0118.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-10-31 nan nan BAR0118.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0118 nan Male Sputum nan 56.0 nan +BAR0118.sputum.m02 GACTCAACCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 3.0 21.875 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0118 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0118.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0118.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-01-12 nan nan BAR0118.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0118 nan Male Sputum nan 56.0 nan +BAR0118.sputum.m06 GCCTATGAGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 3.0 21.875 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0118 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0118.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0118.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-05-12 nan nan BAR0118.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0118 nan Male Sputum nan 56.0 nan +BAR0118.sputum.m12 AATGCGCGTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 3.0 21.875 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0118 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0118.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0118.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-10-04 nan nan BAR0118.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0118 nan Male Sputum nan 56.0 nan +BAR0118.sputum.m18 AATCTTGCGCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 3.0 21.875 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0118 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 20.0 m18 BAR0118.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0118.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-12 nan nan BAR0118.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0118 nan Male Sputum nan 56.0 nan +BAR0118.index.stool.tb ATTCAGATGGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 3.0 21.875 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0118 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0118.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0118.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-10-31 nan nan BAR0118.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0118 nan Male Stool nan 56.0 nan +BAR0118.stool.m02 GTTGATACGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 3.0 21.875 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0118 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0118.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0118.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.stool.m02 nan nan nan nan 2017-01-12 nan nan BAR0118.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0118 nan Male Stool nan 56.0 nan +BAR0118.stool.m06 GAAGAGGGTTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 3.0 21.875 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0118 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0118.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0118.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.stool.m06 nan nan nan nan 2017-05-12 nan nan BAR0118.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0118 nan Male Stool nan 56.0 nan +BAR0118.stool.m12 GGTTCATGAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 3.0 21.875 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0118 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0118.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0118.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0118.stool.m12 nan nan nan nan 2017-10-04 nan nan BAR0118.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0118 nan Male Stool nan 56.0 nan +BAR0122.index.sputum.tb GTCTCCTCCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0122.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-11-08 nan nan BAR0122.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Sputum nan 91.0 nan +BAR0122.sputum.m02 TGAGACCCTACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0122.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-02-01 nan nan BAR0122.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Sputum nan 91.0 nan +BAR0122.sputum.m06 TTACACAAAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0122.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-05-31 nan nan BAR0122.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Sputum nan 91.0 nan +BAR0122.sputum.m12 CTTATTAAACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 13.0 m12 BAR0122.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0122.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Sputum nan 91.0 nan +BAR0122.sputum.m18 GAACCAGTACTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 20.0 m18 BAR0122.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-11 nan nan BAR0122.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Sputum nan 91.0 nan +BAR0122.stool.baseline CTGGTGCTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0122.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.baseline nan nan nan nan 2016-11-08 nan nan BAR0122.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Stool nan 91.0 nan +BAR0122.stool.m02 TGAGTATGAGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0122.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.m02 nan nan nan nan 2017-02-01 nan nan BAR0122.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Stool nan 91.0 nan +BAR0122.stool.m06 AATTTAGGTAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0122.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.m06 nan nan nan nan 2017-05-31 nan nan BAR0122.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Stool nan 91.0 nan +BAR0122.stool.m12 CATATAGCCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 13.0 m12 BAR0122.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.m12 nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0122.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Stool nan 91.0 nan +BAR0122.stool.m18 CGGTGACCTACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 35.9954115739093 0.0 0.0 nan nan nan BAR0122 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 20.0 m18 BAR0122.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0122.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0122.stool.m18 nan nan nan nan 2018-07-11 nan nan BAR0122.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0122 nan Male Stool nan 91.0 nan +BAR0133.contact.sputum.no.tb GTAGCACTCATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0053 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0133.contact.sputum.no.tb nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0133.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-03 nan nan BAR0133.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0133 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0133.sputum.m06 TATAGGCTCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0053 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0133.sputum.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0133.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-03 nan nan BAR0133.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0133 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0133.sputum.m18 CCAGGACAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0053 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 19.0 m18 BAR0133.sputum.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0133.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-03-08 nan nan BAR0133.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0133 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0133.contact.stool.no.tb TTGGAACGGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0053 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0133.contact.stool.no.tb nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0133.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-03 nan nan BAR0133.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0133 nan Female Stool nan nan nan +BAR0133.stool.m06 AGGGACTTCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0053 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0133.stool.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0133.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.stool.m06 nan nan nan nan 2017-02-03 nan nan BAR0133.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0133 nan Female Stool nan nan nan +BAR0133.stool.m18 GTACGTCACTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0053 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 19.0 m18 BAR0133.stool.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0133.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0133.stool.m18 nan nan nan nan 2018-03-08 nan nan BAR0133.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0133 nan Female Stool nan nan nan +BAR0135.contact.sputum.no.tb GAAACTCCTAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0073 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0135.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0135.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-10 nan nan BAR0135.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0135 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0135.sputum.m06 AGATTCGCTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0073 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0135.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0135.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-13 nan nan BAR0135.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0135 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0135.sputum.m18 CCACAACGATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0073 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan nan nan 18.0 m18 BAR0135.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0135.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-03-07 nan nan BAR0135.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0135 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0135.contact.stool.no.tb TAAACGCGACTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0073 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0135.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0135.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-10 nan nan BAR0135.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0135 nan Female Stool nan nan nan +BAR0135.stool.m06 CCGGCCGCGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0073 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0135.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0135.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.stool.m06 nan nan nan nan 2017-02-13 nan nan BAR0135.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0135 nan Female Stool nan nan nan +BAR0135.stool.m18 GCCGCCAGGGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0073 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB positive nan nan nan 18.0 m18 BAR0135.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0135.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0135.stool.m18 nan nan nan nan 2018-03-07 nan nan BAR0135.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0135 nan Female Stool nan nan nan +BAR0136.contact.sputum.no.tb TCCTAGGTCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.875 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0136.contact.sputum.no.tb nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0136.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-10 nan nan BAR0136.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0136 nan Female Sputum nan 56.0 nan +BAR0136.sputum.m18 CACCATCTCCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.875 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0136.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0136.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-01 nan nan BAR0136.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0136 nan Female Sputum nan 56.0 nan +BAR0136.contact.stool.no.tb TGCCGCCGTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.875 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0136.contact.stool.no.tb nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0136.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-10 nan nan BAR0136.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0136 nan Female Stool nan 56.0 nan +BAR0136.stool.m06 CAATGTAGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.875 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0136.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0136.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.stool.m06 nan nan nan nan 2017-02-09 nan nan BAR0136.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0136 nan Female Stool nan 56.0 nan +BAR0136.stool.m18 CCGCGTCTCAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.875 0.0 0.0 nan nan nan BAR0073 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0136.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0136.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0136.stool.m18 nan nan nan nan 2018-02-01 nan nan BAR0136.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0136 nan Female Stool nan 56.0 nan +BAR0137.contact.sputum.no.tb CCTCGGGTACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0022 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0137.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 BAR0137.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0137.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0137.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-11 nan nan BAR0137.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0137 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0137.sputum.m06 TATGTTGACGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0022 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0137.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 BAR0137.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0137.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0137.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-20 nan nan BAR0137.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0137 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0137.sputum.m18 TCGAGCCGATCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0022 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB nan nan nan nan 17.0 m18 BAR0137.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 BAR0137.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0137.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0137.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-08 nan nan BAR0137.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0137 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0138.contact.sputum.no.tb AACCTCGGATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0022 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0138.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0138.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0138.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0138.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-15 nan nan BAR0138.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0138 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0138.sputum.m06 TAAGGTCGATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0022 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0138.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0138.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0138.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0138.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-09 nan nan BAR0138.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0138 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0138.sputum.m18 ATAATTGCCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0022 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0138.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0138.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0138.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0138.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-09 nan nan BAR0138.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0138 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0139.contact.sputum.no.tb CACGTTTATTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0034 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0139.contact.sputum.no.tb nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0139.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-15 nan nan BAR0139.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0139 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0139.sputum.m06 GCGCGGCGTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0034 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0139.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0139.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-15 nan nan BAR0139.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0139 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0139.sputum.m18 AGACTTCTCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0034 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0139.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0139.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-16 nan nan BAR0139.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0139 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0139.contact.stool.no.tb GTTGGTTGGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0034 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0139.contact.stool.no.tb nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0139.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-15 nan nan BAR0139.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0139 nan Female Stool nan nan nan +BAR0139.stool.m06 TCGCTACAGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0034 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0139.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0139.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.stool.m06 nan nan nan nan 2017-02-15 nan nan BAR0139.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0139 nan Female Stool nan nan nan +BAR0139.stool.m18 ATTATGATTATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0034 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0139.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0139.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0139.stool.m18 nan nan nan nan 2018-02-16 nan nan BAR0139.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0139 nan Female Stool nan nan nan +BAR0140.contact.sputum.no.tb TTACGTGGCGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan nan 98.0 nan nan nan nan 2.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0140.contact.sputum.no.tb nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0140.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-16 nan nan BAR0140.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0140 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0140.sputum.m06 AGTTCTCATTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan nan 98.0 nan nan nan nan 2.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0140.sputum.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0140.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-21 nan nan BAR0140.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0140 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0140.sputum.m18 GTGTCGAGGGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan nan 98.0 nan nan nan nan 2.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0140.sputum.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0140.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-20 nan nan BAR0140.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0140 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0140.contact.stool.no.tb GTAGCACTCATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan nan 98.0 nan nan nan nan 2.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0140.contact.stool.no.tb nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0140.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-16 nan nan BAR0140.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0140 nan Female Stool nan nan nan +BAR0140.stool.m06 GCCACCGCCGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan nan 98.0 nan nan nan nan 2.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0140.stool.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0140.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.stool.m06 nan nan nan nan 2017-02-21 nan nan BAR0140.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0140 nan Female Stool nan nan nan +BAR0140.stool.m18 AACCACTAACCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan nan 98.0 nan nan nan nan 2.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0140.stool.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0140.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0140.stool.m18 nan nan nan nan 2018-02-20 nan nan BAR0140.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0140 nan Female Stool nan nan nan +BAR0143.contact.sputum.no.tb ATCGGGCTTAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0034 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 nan nan 3.0 3.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0143.contact.sputum.no.tb 3.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 BAR0143.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-25 nan nan BAR0143.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0143 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0143.sputum.m06 GTCGCTTGCACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0034 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 nan nan 3.0 3.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0143.sputum.m06 3.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 BAR0143.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-23 nan nan BAR0143.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0143 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0143.sputum.m18 GAGCCATCTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0034 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 nan nan 3.0 3.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0143.sputum.m18 3.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 BAR0143.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-22 nan nan BAR0143.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0143 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0143.contact.stool.no.tb CCTCGGGTACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0034 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 nan nan 3.0 3.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0143.contact.stool.no.tb 3.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 BAR0143.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-25 nan nan BAR0143.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0143 nan Female Stool nan nan nan +BAR0143.stool.m06 AAGTCACACACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0034 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 nan nan 3.0 3.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0143.stool.m06 3.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 BAR0143.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.stool.m06 nan nan nan nan 2017-02-23 nan nan BAR0143.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0143 nan Female Stool nan nan nan +BAR0143.stool.m18 TGGCAGCGAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0034 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 nan nan 3.0 3.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0143.stool.m18 3.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 BAR0143.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0143.stool.m18 nan nan nan nan 2018-02-22 nan nan BAR0143.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0143 nan Female Stool nan nan nan +BAR0144.contact.sputum.no.tb TCCTCACTATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0030 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0144.contact.sputum.no.tb nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0144.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-29 nan nan BAR0144.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0144 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0144.sputum.m06 TTCCACACGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0030 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0144.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0144.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-21 nan nan BAR0144.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0144 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0144.sputum.m18 ATTTCCGCTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0030 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0144.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0144.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-16 nan nan BAR0144.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0144 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0144.contact.stool.no.tb AACCTCGGATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0030 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0144.contact.stool.no.tb nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0144.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-29 nan nan BAR0144.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0144 nan Female Stool nan nan nan +BAR0144.stool.m18 CCGGCTTATGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0030 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan nan 98.0 0.0 nan nan nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0144.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0144.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0144.stool.m18 nan nan nan nan 2018-02-16 nan nan BAR0144.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0144 nan Female Stool nan nan nan +BAR0145.contact.sputum.no.tb TTCACCTGTATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0030 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0145.contact.sputum.no.tb nan baseline nan 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0145.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0145.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0145.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-29 nan nan BAR0145.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0145 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0145.sputum.m06 GTACTCGAACCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0030 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0145.sputum.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0145.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0145.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0145.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-02-21 nan nan BAR0145.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0145 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0145.sputum.m18 ACACCGCACAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0030 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0145.sputum.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0145.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0145.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0145.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-16 nan nan BAR0145.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0145 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0145.contact.stool.no.tb CACGTTTATTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0030 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan nan nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0145.contact.stool.no.tb nan baseline nan 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0145.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0145.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0145.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-29 nan nan BAR0145.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0145 nan Male Stool nan nan nan +BAR0146.contact.sputum.no.tb GTGCTTGTGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0146.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0146.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-30 nan nan BAR0146.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0146 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0146.sputum.m06 CAGCCCTACCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0146.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0146.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-03-13 nan nan BAR0146.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0146 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0146.sputum.m18 TCCGCCTAGTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 19.0 m18 BAR0146.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0146.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-04-09 nan nan BAR0146.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0146 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0146.contact.stool.no.tb TTACGTGGCGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0146.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0146.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-30 nan nan BAR0146.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0146 nan Female Stool nan nan nan +BAR0146.stool.m06 CGAATACTGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0146.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0146.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.stool.m06 nan nan nan nan 2017-03-13 nan nan BAR0146.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0146 nan Female Stool nan nan nan +BAR0146.stool.m18 ACACACCCTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0076 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 19.0 m18 BAR0146.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0146.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0146.stool.m18 nan nan nan nan 2018-04-09 nan nan BAR0146.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0146 nan Female Stool nan nan nan +BAR0147.sputum.baseline CTATCTCCTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0044 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0147.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0147.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0147.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0147.sputum.baseline nan nan nan nan 2016-08-30 nan nan BAR0147.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0147 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0147.stool.baseline AACTTTCAGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0044 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0147.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0147.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0147.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0147.stool.baseline nan nan nan nan 2016-08-30 nan nan BAR0147.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0147 nan Female Stool nan nan nan +BAR0149.contact.sputum.no.tb GAAACGGAAACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0053 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 nan nan 3.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0149.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0149.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-08-31 nan nan BAR0149.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0149 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0149.sputum.m06 GATATACCAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0053 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 nan nan 3.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0149.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0149.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-03-22 nan nan BAR0149.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0149 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0149.sputum.m18 AGAATCCACCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0053 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 nan nan 3.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0149.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0149.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-02-21 nan nan BAR0149.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0149 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0149.contact.stool.no.tb TTCCACACGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0053 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 nan nan 3.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0149.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0149.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-08-31 nan nan BAR0149.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0149 nan Female Stool nan nan nan +BAR0149.stool.m06 AGATTCGCTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0053 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 nan nan 3.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0149.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0149.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.stool.m06 nan nan nan nan 2017-03-22 nan nan BAR0149.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0149 nan Female Stool nan nan nan +BAR0149.stool.m18 AACCGCATAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0053 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 nan nan 3.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0149.stool.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0149.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0149.stool.m18 nan nan nan nan 2018-02-21 nan nan BAR0149.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0149 nan Female Stool nan nan nan +BAR0152.contact.sputum.no.tb CACGAGCTACTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0064 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0152.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 78.0 BAR0152.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-09-07 nan nan BAR0152.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0152 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0152.sputum.m06 TAGGACGGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0064 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0152.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 78.0 BAR0152.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-03-09 nan nan BAR0152.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0152 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0152.sputum.m18 GTTTGGCCACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0064 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0152.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 78.0 BAR0152.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-03-01 nan nan BAR0152.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0152 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0152.contact.stool.no.tb TCCTCACTATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0064 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0152.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 78.0 BAR0152.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-09-07 nan nan BAR0152.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0152 nan Female Stool nan nan nan +BAR0152.stool.m06 TATAGGCTCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0064 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0152.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 78.0 BAR0152.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.stool.m06 nan nan nan nan 2017-03-09 nan nan BAR0152.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0152 nan Female Stool nan nan nan +BAR0152.stool.m18 CCAGGACAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0064 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0152.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 78.0 BAR0152.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0152.stool.m18 nan nan nan nan 2018-03-01 nan nan BAR0152.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0152 nan Female Stool nan nan nan +BAR0153.contact.sputum.no.tb TACGCCCATCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0064 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 1.0 1.0 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0153.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline nan 2.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0153.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-09-07 nan nan BAR0153.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0153 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0153.sputum.m06 TATATAGTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0064 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 1.0 1.0 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0153.sputum.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0153.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-03-09 nan nan BAR0153.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0153 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0153.sputum.m18 CATAAGGGAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0064 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 1.0 1.0 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0153.sputum.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0153.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-03-01 nan nan BAR0153.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0153 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0153.contact.stool.no.tb TTCACCTGTATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0064 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 1.0 1.0 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0153.contact.stool.no.tb 0.0 baseline nan 2.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0153.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-09-07 nan nan BAR0153.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0153 nan Female Stool nan nan nan +BAR0153.stool.m06 TTGCCGCTCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0064 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 1.0 1.0 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0153.stool.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0153.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.stool.m06 nan nan nan nan 2017-03-09 nan nan BAR0153.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0153 nan Female Stool nan nan nan +BAR0153.stool.m18 CCACAACGATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0064 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 1.0 1.0 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0153.stool.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0153.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0153.stool.m18 nan nan nan nan 2018-03-01 nan nan BAR0153.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0153 nan Female Stool nan nan nan +BAR0154.contact.sputum.no.tb GCCTGCAGTACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0055 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0154.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0154.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-09-08 nan nan BAR0154.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0154 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0154.sputum.m06 GTGCAACCAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0055 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan nan nan 6.0 m06 BAR0154.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0154.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-03-08 nan nan BAR0154.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0154 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0154.sputum.m18 CTCACCTAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0055 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0154.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0154.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-03-12 nan nan BAR0154.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0154 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0154.contact.stool.no.tb GTGCTTGTGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0055 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0154.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0154.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-09-08 nan nan BAR0154.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0154 nan Female Stool nan nan nan +BAR0154.stool.m06 CACCATCTCCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0055 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan nan nan 6.0 m06 BAR0154.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0154.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.stool.m06 nan nan nan nan 2017-03-08 nan nan BAR0154.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0154 nan Female Stool nan nan nan +BAR0154.stool.m18 TATGTTGACGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0055 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0154.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0154.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0154.stool.m18 nan nan nan nan 2018-03-12 nan nan BAR0154.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0154 nan Female Stool nan nan nan +BAR0155.contact.sputum.no.tb CTCCAGGTCATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0055 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0155.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 BAR0155.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0155.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0155.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-09-14 nan nan BAR0155.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0155 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0155.sputum.m06 TACTGTACTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0055 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0155.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 BAR0155.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0155.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0155.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-03-13 nan nan BAR0155.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0155 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0155.sputum.m18 CTAGAGCTCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0055 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 22.0 m24 BAR0155.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 BAR0155.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0155.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0155.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-24 nan nan BAR0155.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0155 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0156.contact.sputum.no.tb CAACTAGACTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 1.0 31.9750148720999 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0050 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 0.0 1.0 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0156.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 nan nan 1.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 42.0 BAR0156.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0156.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0156.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-09-16 nan nan BAR0156.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0156 nan Female Sputum nan 86.0 nan +BAR0156.sputum.m06 AAGTCTTATCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 1.0 31.9750148720999 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0050 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 0.0 1.0 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 11.0 m12 BAR0156.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 42.0 BAR0156.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0156.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0156.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-09-07 nan nan BAR0156.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0156 nan Female Sputum nan 86.0 nan +BAR0156.sputum.m18 GTCCTACACAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 1.0 31.9750148720999 0.0 0.0 nan nan 0.0 BAR0050 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 0.0 1.0 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0156.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 42.0 BAR0156.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0156.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0156.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-03-13 nan nan BAR0156.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0156 nan Female Sputum nan 86.0 nan +BAR0161.sputum.baseline.184 ACCTATGGTGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0161.sputum.baseline.184 nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.sputum.baseline.184 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.baseline.184 nan nan nan nan 2016-11-21 nan nan BAR0161.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Sputum nan 54.0 nan +BAR0161.sputum.m02 GCCTCTACGTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0161.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-01-24 nan nan BAR0161.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Sputum nan 54.0 nan +BAR0161.sputum.m06 CAAGTGAAGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0161.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-05-25 nan nan BAR0161.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Sputum nan 54.0 nan +BAR0161.sputum.m12 CTTGATTCTTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 BAR0161.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-11-16 nan nan BAR0161.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Sputum nan 54.0 nan +BAR0161.sputum.m18 AGGATCAGGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0161.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-05-29 nan nan BAR0161.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Sputum nan 54.0 nan +BAR0161.index.stool.tb AACCCAGATGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0161.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-11-21 nan nan BAR0161.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Stool nan 54.0 nan +BAR0161.stool.m02 CTTAGTGCAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0161.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.stool.m02 nan nan nan nan 2017-01-24 nan nan BAR0161.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Stool nan 54.0 nan +BAR0161.stool.m06 GTCAACGCTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0161.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.stool.m06 nan nan nan nan 2017-05-25 nan nan BAR0161.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Stool nan 54.0 nan +BAR0161.stool.m12 TGAGTGGTCTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 BAR0161.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.stool.m12 nan nan nan nan 2017-11-16 nan nan BAR0161.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Stool nan 54.0 nan +BAR0161.stool.m18 TAACAATAATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 22.189349112426 0.0 0.0 nan nan nan BAR0161 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 Black nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0161.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0161.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0161.stool.m18 nan nan nan nan 2018-05-29 nan nan BAR0161.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0161 nan Female Stool nan 54.0 nan +BAR0162.sputum.baseline.184 GAGAATGGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0162.sputum.baseline.184 nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.sputum.baseline.184 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.baseline.184 nan nan nan nan 2016-11-28 nan nan BAR0162.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Sputum nan 54.0 nan +BAR0162.sputum.m02 ACTTGGTGTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0162.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-02-01 nan nan BAR0162.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Sputum nan 54.0 nan +BAR0162.sputum.m06 ACGACGCATTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0162.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-06-14 nan nan BAR0162.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Sputum nan 54.0 nan +BAR0162.sputum.m12 GCTCGAAGATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 BAR0162.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-11-24 nan nan BAR0162.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Sputum nan 54.0 nan +BAR0162.sputum.m18 CGCACCCATACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0162.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-05-24 nan nan BAR0162.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Sputum nan 54.0 nan +BAR0162.index.stool.tb CACGAGCTACTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0162.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-11-28 nan nan BAR0162.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Stool nan 54.0 nan +BAR0162.stool.m02 AATGGTTCAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0162.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.stool.m02 nan nan nan nan 2017-02-01 nan nan BAR0162.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Stool nan 54.0 nan +BAR0162.stool.m06 GACTCAACCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0162.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.stool.m06 nan nan nan nan 2017-06-14 nan nan BAR0162.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Stool nan 54.0 nan +BAR0162.stool.m12 GCCTATGAGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 BAR0162.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.stool.m12 nan nan nan nan 2017-11-24 nan nan BAR0162.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Stool nan 54.0 nan +BAR0162.stool.m18 AATGCGCGTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 19.3624726594715 0.0 0.0 nan nan nan BAR0162 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0162.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0162.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0162.stool.m18 nan nan nan nan 2018-05-24 nan nan BAR0162.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0162 nan Male Stool nan 54.0 nan +BAR0164.index.sputum.tb AAGATCGTACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 14.8760330578512 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.5 1.0 1.0 185.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0164.index.sputum.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0164.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-11-29 nan nan BAR0164.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0164 nan Female Sputum nan 40.5 nan +BAR0164.sputum.m02 ACTACTGAGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 14.8760330578512 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.5 1.0 1.0 185.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0164.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0164.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-05-03 nan nan BAR0164.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0164 nan Female Sputum nan 40.5 nan +BAR0164.sputum.m06 GAAATCTTGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 14.8760330578512 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.5 1.0 1.0 185.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 8.0 m06 BAR0164.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0164.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-08-22 nan nan BAR0164.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0164 nan Female Sputum nan 40.5 nan +BAR0164.sputum.m12 AATAACTAGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 14.8760330578512 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.5 1.0 1.0 185.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 14.0 m12 BAR0164.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0164.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-02-14 nan nan BAR0164.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0164 nan Female Sputum nan 40.5 nan +BAR0164.sputum.m18 ATTACGTATCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 14.8760330578512 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.5 1.0 1.0 185.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 6.0 20.0 m18 BAR0164.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0164.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-22 nan nan BAR0164.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0164 nan Female Sputum nan 40.5 nan +BAR0164.index.stool.tb TACGCCCATCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 14.8760330578512 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.5 1.0 1.0 185.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0164.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0164.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-11-29 nan nan BAR0164.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0164 nan Female Stool nan 40.5 nan +BAR0164.stool.m02 AATCTTGCGCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 14.8760330578512 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.5 1.0 1.0 185.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0164.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0164.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.stool.m02 nan nan nan nan 2017-05-03 nan nan BAR0164.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0164 nan Female Stool nan 40.5 nan +BAR0164.stool.m06 TGAGACCCTACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 14.8760330578512 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.5 1.0 1.0 185.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 8.0 m06 BAR0164.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0164.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.stool.m06 nan nan nan nan 2017-08-22 nan nan BAR0164.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0164 nan Female Stool nan 40.5 nan +BAR0164.stool.m18 TTACACAAAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 14.8760330578512 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.5 1.0 1.0 185.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 6.0 20.0 m18 BAR0164.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0164.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0164.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-22 nan nan BAR0164.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0164 nan Female Stool nan 40.5 nan +BAR0167.index.sputum.tb GCCCAAGTTCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0167.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-12-05 nan nan BAR0167.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Sputum nan 57.0 nan +BAR0167.sputum.m02 TATCCAAGCGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0167.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-02-08 nan nan BAR0167.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Sputum nan 57.0 nan +BAR0167.sputum.m06 TATTTGATTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0167.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-06-05 nan nan BAR0167.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Sputum nan 57.0 nan +BAR0167.sputum.m12 GTGCCATAATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0167.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-12-13 nan nan BAR0167.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Sputum nan 57.0 nan +BAR0167.sputum.m18 AATTCACCTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 19.0 m18 BAR0167.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan BAR0167.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Sputum nan 57.0 nan +BAR0167.index.stool.tb GCCTGCAGTACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0167.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-12-05 nan nan BAR0167.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Stool nan 57.0 nan +BAR0167.stool.m02 CTTATTAAACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0167.stool.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.stool.m02 nan nan nan nan 2017-02-08 nan nan BAR0167.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Stool nan 57.0 nan +BAR0167.stool.m06 GAACCAGTACTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0167.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.stool.m06 nan nan nan nan 2017-06-05 nan nan BAR0167.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Stool nan 57.0 nan +BAR0167.stool.m12 GCCTCTACGTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0167.stool.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.stool.m12 nan nan nan nan 2017-12-13 nan nan BAR0167.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Stool nan 57.0 nan +BAR0167.stool.m18 CAAGTGAAGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 4.0 19.2671714440238 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0167 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 19.0 m18 BAR0167.stool.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0167.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0167.stool.m18 nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan BAR0167.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0167 nan Male Stool nan 57.0 nan +BAR0168.index.sputum.tb CAGGATTCGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0168.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-12-08 nan nan BAR0168.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Sputum nan 58.0 nan +BAR0168.sputum.m02 TAATCGGTGCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0168.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-02-10 nan nan BAR0168.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Sputum nan 58.0 nan +BAR0168.sputum.m06 GAGATACAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0168.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-06-15 nan nan BAR0168.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Sputum nan 58.0 nan +BAR0168.sputum.m12 TATTGCAGCAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0168.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0168.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Sputum nan 58.0 nan +BAR0168.sputum.m18 CACGCAGTCTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 19.0 m18 BAR0168.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-10 nan nan BAR0168.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Sputum nan 58.0 nan +BAR0168.index.stool.tb CTCCAGGTCATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0168.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-12-08 nan nan BAR0168.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Stool nan 58.0 nan +BAR0168.stool.m02 CTTGATTCTTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0168.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.stool.m02 nan nan nan nan 2017-02-10 nan nan BAR0168.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Stool nan 58.0 nan +BAR0168.stool.m06 AGGATCAGGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0168.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.stool.m06 nan nan nan nan 2017-06-15 nan nan BAR0168.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Stool nan 58.0 nan +BAR0168.stool.m12 ACTTGGTGTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0168.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.stool.m12 nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0168.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Stool nan 58.0 nan +BAR0168.stool.m18 ACGACGCATTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 2.0 22.1002895900015 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0168 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 107.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 19.0 m18 BAR0168.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 60.0 BAR0168.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0168.stool.m18 nan nan nan nan 2018-07-10 nan nan BAR0168.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0168 nan Male Stool nan 58.0 nan +BAR0170.index.sputum.tb CGTCGTCTAAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 21.0 16.712580348944 0.0 1.0 36.7 normal 1.0 BAR0170 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 3.0 1.0 78.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0170.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0170.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-12-13 nan nan BAR0170.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0170 nan Male Sputum nan 45.5 nan +BAR0170.sputum.m02 AGAGCCAAGAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 21.0 16.712580348944 0.0 1.0 36.7 normal 1.0 BAR0170 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 3.0 1.0 78.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 1.0 m02 BAR0170.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0170.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-02-10 nan nan BAR0170.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0170 nan Male Sputum nan 45.5 nan +BAR0170.sputum.m06 TGTCAAAGTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 21.0 16.712580348944 0.0 1.0 36.7 normal 1.0 BAR0170 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 3.0 1.0 78.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 6.0 m06 BAR0170.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0170.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-06-15 nan nan BAR0170.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0170 nan Male Sputum nan 45.5 nan +BAR0170.sputum.m12 ACTCTTACTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 21.0 16.712580348944 0.0 1.0 36.7 normal 1.0 BAR0170 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 3.0 1.0 78.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0170.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0170.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-12-11 nan nan BAR0170.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0170 nan Male Sputum nan 45.5 nan +BAR0170.sputum.m18 CTACAGGGTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 21.0 16.712580348944 0.0 1.0 36.7 normal 1.0 BAR0170 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 3.0 1.0 78.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 5.0 18.0 m18 BAR0170.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0170.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-10 nan nan BAR0170.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0170 nan Male Sputum nan 45.5 nan +BAR0170.index.stool.tb GGTCGTGTCTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 21.0 16.712580348944 0.0 1.0 36.7 normal 1.0 BAR0170 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 3.0 1.0 78.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0170.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0170.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.index.stool.tb nan nan nan nan 2016-12-13 nan nan BAR0170.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0170 nan Male Stool nan 45.5 nan +BAR0170.stool.m02 GCTCGAAGATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 21.0 16.712580348944 0.0 1.0 36.7 normal 1.0 BAR0170 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 3.0 1.0 78.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 1.0 m02 BAR0170.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0170.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.stool.m02 nan nan nan nan 2017-02-10 nan nan BAR0170.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0170 nan Male Stool nan 45.5 nan +BAR0170.stool.m06 CGCACCCATACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 21.0 16.712580348944 0.0 1.0 36.7 normal 1.0 BAR0170 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 3.0 1.0 78.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 6.0 m06 BAR0170.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0170.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.stool.m06 nan nan nan nan 2017-06-15 nan nan BAR0170.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0170 nan Male Stool nan 45.5 nan +BAR0170.stool.m12 ACTACTGAGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 21.0 16.712580348944 0.0 1.0 36.7 normal 1.0 BAR0170 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 3.0 1.0 78.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 2.0 2 2.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0170.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0170.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0170.stool.m12 nan nan nan nan 2017-12-11 nan nan BAR0170.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0170 nan Male Stool nan 45.5 nan +BAR0171.index.sputum.tb AATCAACTAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 13.0 19.7710718002081 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0171 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 2.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0171.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0171.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.index.sputum.tb nan nan nan nan 2016-12-14 nan nan BAR0171.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0171 nan Female Sputum nan 47.5 nan +BAR0171.sputum.m02 GTTCATTAAACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 13.0 19.7710718002081 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0171 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 2.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 1.0 m02 BAR0171.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0171.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-02-13 nan nan BAR0171.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0171 nan Female Sputum nan 47.5 nan +BAR0171.sputum.m06 TTCGATGCCGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 13.0 19.7710718002081 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0171 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 2.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0171.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0171.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-06-19 nan nan BAR0171.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0171 nan Female Sputum nan 47.5 nan +BAR0171.sputum.m12 TCGTTATTCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 13.0 19.7710718002081 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0171 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 2.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 13.0 m12 BAR0171.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0171.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-01-16 nan nan BAR0171.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0171 nan Female Sputum nan 47.5 nan +BAR0171.sputum.m18 ACTCTGTAATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 13.0 19.7710718002081 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0171 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 2.0 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 21.0 m18 BAR0171.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0171.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0171.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-12 nan nan BAR0171.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0171 nan Female Sputum nan 47.5 nan +BAR0172.index.sputum.tb TGGAGAGGAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0172.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-01-04 nan nan BAR0172.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0172.sputum.m02 ATATGTTCTCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0172.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0172.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0172.sputum.m06 TCAGACCAACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 7.0 m06 BAR0172.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-08-14 nan nan BAR0172.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0172.sputum.m12 TCATTAGCGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 14.0 m12 BAR0172.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-03-09 nan nan BAR0172.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0172.sputum.m18 CTTGGAGGCTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 19.0 m18 BAR0172.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0172.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0172.index.stool.tb TGTACGGATAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0172.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-01-04 nan nan BAR0172.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Stool nan 57.5 nan +BAR0172.stool.m02 CACGTTTATTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0172.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.stool.m02 nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0172.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Stool nan 57.5 nan +BAR0172.stool.m06 GAAATCTTGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 7.0 m06 BAR0172.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.stool.m06 nan nan nan nan 2017-08-14 nan nan BAR0172.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Stool nan 57.5 nan +BAR0172.stool.m12 AATAACTAGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 14.0 m12 BAR0172.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.stool.m12 nan nan nan nan 2018-03-09 nan nan BAR0172.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Stool nan 57.5 nan +BAR0172.stool.m18 ATTACGTATCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 10.0 18.7755102040816 0.0 0.0 38.0 normal 1.0 BAR0172 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 1 2.0 90 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 19.0 m18 BAR0172.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0172.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0172.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0172.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0172 nan Male Stool nan 57.5 nan +BAR0173.index.sputum.tb ACGTAACCACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 6.0 22.5895514360501 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0173 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0173.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0173.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-01-05 nan nan BAR0173.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0173 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0173.sputum.m02 GTGCCGGCCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 6.0 22.5895514360501 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0173 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0173.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0173.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0173.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0173 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0173.sputum.m12 GCGTTTGCTAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 6.0 22.5895514360501 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0173 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0173.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0173.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.sputum.m12 nan nan nan nan 2017-12-07 nan nan BAR0173.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0173 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0173.index.stool.tb GTAGTGTCAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 6.0 22.5895514360501 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0173 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0173.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0173.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-01-05 nan nan BAR0173.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0173 nan Male Stool nan 63.0 nan +BAR0173.stool.m02 TATCCAAGCGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 6.0 22.5895514360501 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0173 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0173.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0173.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.stool.m02 nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0173.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0173 nan Male Stool nan 63.0 nan +BAR0173.stool.m12 TTAACAAGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 6.0 22.5895514360501 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0173 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 2.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0173.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0173.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0173.stool.m12 nan nan nan nan 2017-12-07 nan nan BAR0173.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0173 nan Male Stool nan 63.0 nan +BAR0175.index.sputum.tb AATACAGACCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0175.index.sputum.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-01-09 nan nan BAR0175.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0175.sputum.m02 AGAGGGTGATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 1.0 m02 BAR0175.sputum.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0175.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0175.sputum.m06 GGATACTCGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0175.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-07-03 nan nan BAR0175.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0175.sputum.m12 TCATGGCCTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 12.0 m12 BAR0175.sputum.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-01-09 nan nan BAR0175.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0175.sputum.m18 ATGTGCTGCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0175.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-02 nan nan BAR0175.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0175.index.stool.tb TCTCGATAAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0175.index.stool.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-01-09 nan nan BAR0175.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0175.stool.m02 TATTTGATTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 1.0 m02 BAR0175.stool.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.stool.m02 nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0175.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0175.stool.m06 GTGCCATAATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0175.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.stool.m06 nan nan nan nan 2017-07-03 nan nan BAR0175.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0175.stool.m12 AATTCACCTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 12.0 m12 BAR0175.stool.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.stool.m12 nan nan nan nan 2018-01-09 nan nan BAR0175.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0175.stool.m18 TAATCGGTGCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 17.7282241872784 0.0 1.0 36.3 normal nan BAR0175 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 98.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0175.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0175.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0175.stool.m18 nan nan nan nan 2018-07-02 nan nan BAR0175.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0175 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0179.index.sputum.tb GCATGCATCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0179.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-01-17 nan nan BAR0179.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Sputum nan 46.5 nan +BAR0179.sputum.m02 CCACGAGCAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0179.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-03-17 nan nan BAR0179.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Sputum nan 46.5 nan +BAR0179.sputum.m06 CGCCGTACTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0179.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-08-03 nan nan BAR0179.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Sputum nan 46.5 nan +BAR0179.sputum.m12 TATCATATTACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 13.0 m12 BAR0179.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-03-02 nan nan BAR0179.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Sputum nan 46.5 nan +BAR0179.sputum.m18 CCTTGACCGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 BAR0179.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-10 nan nan BAR0179.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Sputum nan 46.5 nan +BAR0179.index.stool.tb GCCCAAGTTCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0179.index.stool.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-01-17 nan nan BAR0179.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Stool nan 46.5 nan +BAR0179.stool.m02 GAGATACAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0179.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.stool.m02 nan nan nan nan 2017-03-17 nan nan BAR0179.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Stool nan 46.5 nan +BAR0179.stool.m06 TATTGCAGCAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0179.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.stool.m06 nan nan nan nan 2017-08-03 nan nan BAR0179.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Stool nan 46.5 nan +BAR0179.stool.m12 CACGCAGTCTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 13.0 m12 BAR0179.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.stool.m12 nan nan nan nan 2018-03-02 nan nan BAR0179.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Stool nan 46.5 nan +BAR0179.stool.m18 AGAGCCAAGAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 20.6666666666667 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 BAR0179.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0179.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0179.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-10 nan nan BAR0179.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0179 nan Female Stool nan 46.5 nan +BAR0182.index.sputum.tb ACCAACAGATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.6417629568294 0.0 0.0 37.7 normal nan BAR0182 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0182.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0182.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-01-25 nan nan BAR0182.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0182 nan Female Sputum nan 57.5 nan +BAR0182.sputum.m06 AGCTCTAGAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.6417629568294 0.0 0.0 37.7 normal nan BAR0182 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 9.0 m06 BAR0182.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0182.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-11-17 nan nan BAR0182.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0182 nan Female Sputum nan 57.5 nan +BAR0182.sputum.m12 AATGTTCAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.6417629568294 0.0 0.0 37.7 normal nan BAR0182 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0182.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0182.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-02-14 nan nan BAR0182.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0182 nan Female Sputum nan 57.5 nan +BAR0182.sputum.m18 CAATCATAGGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.6417629568294 0.0 0.0 37.7 normal nan BAR0182 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0182.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0182.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0182.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0182 nan Female Sputum nan 57.5 nan +BAR0182.index.stool.tb AGTGCCCTTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.6417629568294 0.0 0.0 37.7 normal nan BAR0182 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0182.index.stool.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0182.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-01-25 nan nan BAR0182.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0182 nan Female Stool nan 57.5 nan +BAR0182.stool.m06 TGTCAAAGTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.6417629568294 0.0 0.0 37.7 normal nan BAR0182 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 9.0 m06 BAR0182.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0182.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.stool.m06 nan nan nan nan 2017-11-17 nan nan BAR0182.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0182 nan Female Stool nan 57.5 nan +BAR0182.stool.m12 ACTCTTACTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.6417629568294 0.0 0.0 37.7 normal nan BAR0182 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0182.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0182.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.stool.m12 nan nan nan nan 2018-02-14 nan nan BAR0182.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0182 nan Female Stool nan 57.5 nan +BAR0182.stool.m18 AAGTCACACACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.6417629568294 0.0 0.0 37.7 normal nan BAR0182 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0182.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0182.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0182.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0182.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0182 nan Female Stool nan 57.5 nan +BAR0185.index.sputum.tb GTCGGAAATTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0185.index.sputum.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-02-14 nan nan BAR0185.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Sputum nan 61.0 nan +BAR0185.sputum.m02 CCGATAAAGGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0185.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-04-18 nan nan BAR0185.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Sputum nan 61.0 nan +BAR0185.sputum.m06 GCGTGCCCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 BAR0185.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-08-03 nan nan BAR0185.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Sputum nan 61.0 nan +BAR0185.sputum.m12 TAAACCTGGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0185.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-02-08 nan nan BAR0185.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Sputum nan 61.0 nan +BAR0185.sputum.m18 CTATATTATCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 BAR0185.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-09-05 nan nan BAR0185.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Sputum nan 61.0 nan +BAR0185.index.stool.tb TGGAGAGGAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0185.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-02-14 nan nan BAR0185.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Stool nan 61.0 nan +BAR0185.stool.m02 CTACAGGGTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0185.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.stool.m02 nan nan nan nan 2017-04-18 nan nan BAR0185.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Stool nan 61.0 nan +BAR0185.stool.m06 GTTCATTAAACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 BAR0185.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.stool.m06 nan nan nan nan 2017-08-03 nan nan BAR0185.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Stool nan 61.0 nan +BAR0185.stool.m12 TTCGATGCCGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0185.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.stool.m12 nan nan nan nan 2018-02-08 nan nan BAR0185.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Stool nan 61.0 nan +BAR0185.stool.m18 TCGTTATTCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 19.9183673469388 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0185 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 BAR0185.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0185.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0185.stool.m18 nan nan nan nan 2018-09-05 nan nan BAR0185.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0185 nan Male Stool nan 61.0 nan +BAR0188.index.sputum.tb TCACTTGGTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0188.index.sputum.tb 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-02-20 nan nan BAR0188.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0188.sputum.m02 CAAACTGCGTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 1.0 m02 BAR0188.sputum.m02 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-04-18 nan nan BAR0188.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0188.sputum.m06 CTGACACGAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 5.0 m06 BAR0188.sputum.m06 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-08-18 nan nan BAR0188.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0188.sputum.m12 AGCAGTGCGGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0188.sputum.m12 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-03-05 nan nan BAR0188.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0188.sputum.m18 GTTGGACGAAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0188.sputum.m18 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-13 nan nan BAR0188.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0188.index.stool.tb ATAAAGAGGAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0188.index.stool.tb 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-02-20 nan nan BAR0188.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0188.stool.m02 ACTCTGTAATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 1.0 m02 BAR0188.stool.m02 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.stool.m02 nan nan nan nan 2017-04-18 nan nan BAR0188.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0188.stool.m06 ATATGTTCTCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 5.0 m06 BAR0188.stool.m06 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.stool.m06 nan nan nan nan 2017-08-18 nan nan BAR0188.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0188.stool.m12 TCAGACCAACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0188.stool.m12 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.stool.m12 nan nan nan nan 2018-03-05 nan nan BAR0188.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0188.stool.m18 TCATTAGCGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 20.0 18.1320165117087 0.0 0.0 36.3 normal 3.0 BAR0188 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 69.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0188.stool.m18 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 BAR0188.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0188.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-13 nan nan BAR0188.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0188 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0191.contact.sputum.no.tb GTGGCCTACTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0050 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0191.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0191.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0191.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0191.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-09-16 nan nan BAR0191.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0191 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0191.sputum.m06 ACTGTTTACTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0050 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0191.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0191.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0191.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0191.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-03-23 nan nan BAR0191.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0191 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0191.sputum.m18 CAGGCCACTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0050 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 1.0 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0191.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0191.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0191.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0191.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-03-15 nan nan BAR0191.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0191 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0192.contact.sputum.no.tb ACTCATCTTCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0192.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 BAR0192.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-10-04 nan nan BAR0192.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0192 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0192.sputum.m06 ACCCAAGCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 nan All nan no nan BAR_TB nan nan nan nan 5.0 m06 BAR0192.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 BAR0192.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-04-03 nan nan BAR0192.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0192 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0192.sputum.m18 AGATGCAATGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0192.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 BAR0192.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-04-06 nan nan BAR0192.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0192 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0192.contact.stool.no.tb CAAGCGTTGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0192.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 BAR0192.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-10-04 nan nan BAR0192.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0192 nan Female Stool nan nan nan +BAR0192.stool.m06 TCGAGCCGATCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 nan All nan no nan BAR_TB nan nan nan nan 5.0 m06 BAR0192.stool.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 BAR0192.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.stool.m06 nan nan nan nan 2017-04-03 nan nan BAR0192.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0192 nan Female Stool nan nan nan +BAR0192.stool.m18 TAAGGTCGATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0192.stool.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 BAR0192.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0192.stool.m18 nan nan nan nan 2018-04-06 nan nan BAR0192.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0192 nan Female Stool nan nan nan +BAR0193.contact.sputum.no.tb ATAAAGAGGAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0095 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0193.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 BAR0193.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0193.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0193.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-10-04 nan nan BAR0193.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0193 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0193.sputum.m06 TCTCGCACTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0095 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan nan nan 5.0 m06 BAR0193.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 BAR0193.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0193.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0193.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-04-03 nan nan BAR0193.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0193 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0193.sputum.m18 GGTCTTAGCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0095 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan nan nan 18.0 m18 BAR0193.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 BAR0193.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0193.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0193.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-04-06 nan nan BAR0193.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0193 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0194.contact.sputum.no.tb CGCATACGACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0095 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0194.contact.sputum.no.tb nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 68.0 BAR0194.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-10-05 nan nan BAR0194.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0194 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0194.sputum.m06 TTGCACCGTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0095 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0194.sputum.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 68.0 BAR0194.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-04-03 nan nan BAR0194.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0194 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0194.sputum.m18 ATTTACAATTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0095 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0194.sputum.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 68.0 BAR0194.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0194.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0194 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0194.contact.stool.no.tb GTGAGGGCAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0095 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0194.contact.stool.no.tb nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 68.0 BAR0194.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-10-05 nan nan BAR0194.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0194 nan Female Stool nan nan nan +BAR0194.stool.m06 ATAATTGCCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0095 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0194.stool.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 68.0 BAR0194.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.stool.m06 nan nan nan nan 2017-04-03 nan nan BAR0194.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0194 nan Female Stool nan nan nan +BAR0194.stool.m18 GCGCGGCGTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0095 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan nan nan nan nan nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan nan All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 BAR0194.stool.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 68.0 BAR0194.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0194.stool.m18 nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0194.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0194 nan Female Stool nan nan nan +BAR0195.sputum.baseline.184 ACGCCGAGGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 10.0 nan nan nan nan nan 1.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 2.0 100 >60 1.0 1.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0195.sputum.baseline.184 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0195.sputum.baseline.184 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.sputum.baseline.184 nan nan nan nan 2016-10-14 nan nan BAR0195.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0195 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0195.sputum.m06 GTCACGGACATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 10.0 nan nan nan nan nan 1.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 2.0 100 >60 1.0 1.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0195.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0195.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-04-10 nan nan BAR0195.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0195 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0195.sputum.m18 ACAGTTGTACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 10.0 nan nan nan nan nan 1.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 2.0 100 >60 1.0 1.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0195.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0195.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-04-03 nan nan BAR0195.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0195 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0195.contact.stool.no.tb CGTATAAATGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 10.0 nan nan nan nan nan 1.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 2.0 100 >60 1.0 1.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0195.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0195.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-10-14 nan nan BAR0195.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0195 nan Male Stool nan nan nan +BAR0195.stool.m06 AGACTTCTCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 10.0 nan nan nan nan nan 1.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 2.0 100 >60 1.0 1.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0195.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0195.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.stool.m06 nan nan nan nan 2017-04-10 nan nan BAR0195.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0195 nan Male Stool nan nan nan +BAR0195.stool.m18 AGTTCTCATTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 10.0 nan nan nan nan nan 1.0 BAR0094 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 2.0 100 >60 1.0 1.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0195.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0195.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0195.stool.m18 nan nan nan nan 2018-04-03 nan nan BAR0195.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0195 nan Male Stool nan nan nan +BAR0196.contact.sputum.no.tb CAAGCGTTGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0012 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 0.0 1.0 2 0.0 100 >60 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0196.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 50.0 BAR0196.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0196.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0196.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-10-17 nan nan BAR0196.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0196 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0196.sputum.m06 ACTGGCAAACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0012 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 0.0 1.0 2 0.0 100 >60 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0196.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 50.0 BAR0196.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0196.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0196.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-04-10 nan nan BAR0196.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0196 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0196.sputum.m18 GCATTCGGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 2.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0012 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative 0.0 1.0 2 0.0 100 >60 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0196.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 50.0 BAR0196.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0196.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0196.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-04-10 nan nan BAR0196.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0196 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0197.contact.sputum.no.tb GTGAGGGCAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 13.0 nan nan nan nan nan 1.0 BAR0012 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 0.0 nan nan 1.0 0.0 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 nan nan 1.0 1.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0197.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0197.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0197.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0197.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-10-17 nan nan BAR0197.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0197 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0197.sputum.m06 ACCAGTGACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 13.0 nan nan nan nan nan 1.0 BAR0012 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 0.0 nan nan 1.0 0.0 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 nan nan 1.0 1.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 5.0 m06 BAR0197.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0197.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0197.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0197.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-04-10 nan nan BAR0197.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0197 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0197.sputum.m18 GCCTACTCTCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 13.0 nan nan nan nan nan 1.0 BAR0012 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 1 nan nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 0.0 nan nan 1.0 0.0 1.0 HIV.positive 4.0 4.0 1 0.0 nan nan 1.0 1.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 17.0 m18 BAR0197.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0197.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0197.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0197.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-04-10 nan nan BAR0197.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0197 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0198.contact.sputum.no.tb CGTATAAATGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0116 nan 99.0 bar 2.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0198.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0198.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0198.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0198.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-10-31 nan nan BAR0198.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0198 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0198.sputum.m06 CTCCGAACAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0116 nan 99.0 bar 2.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 11.0 m12 BAR0198.sputum.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0198.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0198.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0198.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-10 nan nan BAR0198.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0198 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0198.sputum.m18 CCACTGCCCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0116 nan 99.0 bar 2.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 21.0 m18 BAR0198.sputum.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0198.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0198.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0198.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-08 nan nan BAR0198.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0198 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0199.contact.sputum.no.tb AGACAAGCTTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0118 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0199.contact.sputum.no.tb nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0199.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-11-08 nan nan BAR0199.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0199 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0199.sputum.m06 GAATATACCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0118 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0199.sputum.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0199.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-05-12 nan nan BAR0199.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0199 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0199.sputum.m18 ACCAGAAATGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0118 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 20.0 m18 BAR0199.sputum.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0199.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-12 nan nan BAR0199.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0199 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0199.contact.stool.no.tb GCGCCGAATCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0118 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0199.contact.stool.no.tb nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0199.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-11-08 nan nan BAR0199.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0199 nan Female Stool nan nan nan +BAR0199.stool.m06 CGGAGAGACATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0118 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0199.stool.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0199.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.stool.m06 nan nan nan nan 2017-05-12 nan nan BAR0199.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0199 nan Female Stool nan nan nan +BAR0199.stool.m18 GTCGCTTGCACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan nan nan nan BAR0118 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black nan nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 20.0 m18 BAR0199.stool.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0199.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0199.stool.m18 nan nan nan nan 2018-07-12 nan nan BAR0199.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0199 nan Female Stool nan nan nan +BAR0200.contact.sputum.no.tb GAGATACAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 3.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0118 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0200.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0200.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-11-11 nan nan BAR0200.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0200 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0200.sputum.m06 AACACCATCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 3.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0118 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0200.sputum.m06 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0200.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-05-15 nan nan BAR0200.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0200 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0200.sputum.m18 TCTACATACATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 3.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0118 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 20.0 m18 BAR0200.sputum.m18 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0200.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-13 nan nan BAR0200.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0200 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0200.contact.stool.no.tb GCCTCGTACTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 3.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0118 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0200.contact.stool.no.tb 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0200.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-11-11 nan nan BAR0200.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0200 nan Female Stool nan nan nan +BAR0200.stool.m06 TCTTGCGGAGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 3.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0118 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0200.stool.m06 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0200.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.stool.m06 nan nan nan nan 2017-05-15 nan nan BAR0200.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0200 nan Female Stool nan nan nan +BAR0200.stool.m18 GAGCCATCTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 3.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0118 nan 99.0 bar 0.0 99.0 nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 nan nan 0.0 0.0 nan nan nan nan nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 nan All nan no nan BAR_TB negative nan nan nan 20.0 m18 BAR0200.stool.m18 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0200.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0200.stool.m18 nan nan nan nan 2018-07-13 nan nan BAR0200.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0200 nan Female Stool nan nan nan +BAR0203.contact.sputum.no.tb TAGACACCGTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0162 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0203.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0203.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0203.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0203.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-11-29 nan nan BAR0203.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0203 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0203.sputum.m06 TTATCCAGTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0162 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0203.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0203.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0203.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0203.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-05-30 nan nan BAR0203.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0203 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0203.sputum.m18 GAGTCTTGGTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0162 nan 99.0 bar 4.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan nan 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 20.0 m18 BAR0203.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0203.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0203.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0203.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-28 nan nan BAR0203.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0203 nan Male Sputum nan nan nan +BAR0204.contact.sputum.no.tb GCCTCGTACTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan hazardous 9.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0162 nan 99.0 bar 2.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 1.0 1.0 2 2.0 100 >60 2.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline BAR0204.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 BAR0204.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0204.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0204.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-11-30 nan nan BAR0204.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0204 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0204.sputum.m06 CATTTACATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan hazardous 9.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0162 nan 99.0 bar 2.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 1.0 1.0 2 2.0 100 >60 2.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 BAR0204.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 BAR0204.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0204.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0204.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-05-30 nan nan BAR0204.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0204 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0204.sputum.m18 TTCTTAACGCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan hazardous 9.0 nan nan nan nan nan 0.0 BAR0162 nan 99.0 bar 2.0 99.0 nan nan 0 nan nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan nan 1.0 nan 1.0 HIV.positive 1.0 1.0 2 2.0 100 >60 2.0 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 nan All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 20.0 m18 BAR0204.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 BAR0204.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0204.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0204.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-22 nan nan BAR0204.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0204 nan Female Sputum nan nan nan +BAR0205.contact.sputum.no.tb TGTCAGCTGTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 24.0 21.4572680788897 0.0 0.0 36.8 normal 3.0 BAR0168 no 0.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 1.0 96.0 normal 98.0 0.0 nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 21.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0205.contact.sputum.no.tb 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 42.0 BAR0205.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2016-12-14 nan nan BAR0205.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0205 nan Female Sputum nan 47.0 nan +BAR0205.sputum.m06 AGTAGTTTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 24.0 21.4572680788897 0.0 0.0 36.8 normal 3.0 BAR0168 no 0.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 1.0 96.0 normal 98.0 0.0 nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 21.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0205.sputum.m06 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 42.0 BAR0205.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-06-23 nan nan BAR0205.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0205 nan Female Sputum nan 47.0 nan +BAR0205.sputum.m18 GACCCGTTTCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 24.0 21.4572680788897 0.0 0.0 36.8 normal 3.0 BAR0168 no 0.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 1.0 96.0 normal 98.0 0.0 nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 21.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 20.0 m18 BAR0205.sputum.m18 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 42.0 BAR0205.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan BAR0205.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0205 nan Female Sputum nan 47.0 nan +BAR0205.contact.stool.no.tb TGTCAGCTGTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 24.0 21.4572680788897 0.0 0.0 36.8 normal 3.0 BAR0168 no 0.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 1.0 96.0 normal 98.0 0.0 nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 21.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0205.contact.stool.no.tb 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 42.0 BAR0205.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2016-12-14 nan nan BAR0205.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0205 nan Female Stool nan 47.0 nan +BAR0205.stool.m06 CTATCTCCTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 24.0 21.4572680788897 0.0 0.0 36.8 normal 3.0 BAR0168 no 0.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 1.0 96.0 normal 98.0 0.0 nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 21.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0205.stool.m06 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 42.0 BAR0205.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0205.stool.m06 nan nan nan nan 2017-06-23 nan nan BAR0205.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0205 nan Female Stool nan 47.0 nan +BAR0206.contact.sputum.tb GACTTATGCCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 29.0174471992654 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0206.contact.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0206.contact.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.contact.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.contact.sputum.tb nan nan nan nan 2017-01-06 nan nan BAR0206.contact.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0206 nan Female Sputum nan 79.0 nan +BAR0206.sputum.m06 ATTGCCTTGATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 29.0174471992654 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0206.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0206.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-06-27 nan nan BAR0206.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0206 nan Female Sputum nan 79.0 nan +BAR0206.sputum.m18 TTAGGATTCTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 29.0174471992654 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 BAR0206.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0206.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-28 nan nan BAR0206.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0206 nan Female Sputum nan 79.0 nan +BAR0206.contact.stool.tb GACTTATGCCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 29.0174471992654 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0206.contact.stool.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0206.contact.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.contact.stool.tb nan nan nan nan 2017-01-06 nan nan BAR0206.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0206 nan Female Stool nan 79.0 nan +BAR0206.stool.m06 GATATACCAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 29.0174471992654 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0206.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0206.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.stool.m06 nan nan nan nan 2017-06-27 nan nan BAR0206.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0206 nan Female Stool nan 79.0 nan +BAR0206.stool.m18 AGAATCCACCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 29.0174471992654 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 BAR0206.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0206.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0206.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-28 nan nan BAR0206.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0206 nan Female Stool nan 79.0 nan +BAR0207.contact.sputum.no.tb CGTGGGCTCATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 6.0 17.8506227433162 0.0 1.0 34.4 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0207.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 BAR0207.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-01-06 nan nan BAR0207.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0207 nan Female Sputum nan 44.0 nan +BAR0207.sputum.m06 GTTTATCTTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 6.0 17.8506227433162 0.0 1.0 34.4 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 BAR0207.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 BAR0207.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-06-27 nan nan BAR0207.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0207 nan Female Sputum nan 44.0 nan +BAR0207.sputum.m18 CAGTCTAGTACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 6.0 17.8506227433162 0.0 1.0 34.4 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 19.0 m18 BAR0207.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 BAR0207.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-28 nan nan BAR0207.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0207 nan Female Sputum nan 44.0 nan +BAR0207.contact.stool.no.tb CGTGGGCTCATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 6.0 17.8506227433162 0.0 1.0 34.4 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0207.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 BAR0207.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-01-06 nan nan BAR0207.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0207 nan Female Stool nan 44.0 nan +BAR0207.stool.m06 CAAACCTATGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 6.0 17.8506227433162 0.0 1.0 34.4 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 BAR0207.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 BAR0207.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.stool.m06 nan nan nan nan 2017-06-27 nan nan BAR0207.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0207 nan Female Stool nan 44.0 nan +BAR0207.stool.m18 ATAGGAATAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 6.0 17.8506227433162 0.0 1.0 34.4 normal 0.0 BAR0172 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 19.0 m18 BAR0207.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 BAR0207.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0207.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-28 nan nan BAR0207.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0207 nan Female Stool nan 44.0 nan +BAR0208.sputum.baseline GTGGGACTGCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7501966773104 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0175 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0208.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0208.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-01-10 nan nan BAR0208.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0208 nan Female Sputum nan 47.0 nan +BAR0208.sputum.m06 CTCCCGAGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7501966773104 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0175 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0208.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0208.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-07-05 nan nan BAR0208.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0208 nan Female Sputum nan 47.0 nan +BAR0208.sputum.m18 CAGATCCCAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7501966773104 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0175 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0208.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0208.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-07-05 nan nan BAR0208.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0208 nan Female Sputum nan 47.0 nan +BAR0208.stool.baseline CACAACCACAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7501966773104 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0175 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0208.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0208.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.stool.baseline nan nan nan nan 2017-01-10 nan nan BAR0208.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0208 nan Female Stool nan 47.0 nan +BAR0208.stool.m06 TAGGACGGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7501966773104 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0175 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0208.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0208.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.stool.m06 nan nan nan nan 2017-07-05 nan nan BAR0208.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0208 nan Female Stool nan 47.0 nan +BAR0208.stool.m18 GTTTGGCCACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7501966773104 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0175 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0208.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0208.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0208.stool.m18 nan nan nan nan 2018-07-05 nan nan BAR0208.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0208 nan Female Stool nan 47.0 nan +BAR0209.contact.stool.tb CGTACCAGATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 35.5555555555556 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0175 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 16.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0209.contact.stool.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0209.contact.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0209.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0209.contact.stool.tb nan nan nan nan 2017-01-11 nan nan BAR0209.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0209 nan Female Stool nan 80.0 nan +BAR0210.contact.sputum.no.tb CGTACCAGATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.5268773581078 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0210.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0210.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-01-13 nan nan BAR0210.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0210 nan Female Sputum nan 92.5 nan +BAR0210.sputum.m06 TGACTGCGTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.5268773581078 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0210.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0210.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-07-18 nan nan BAR0210.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0210 nan Female Sputum nan 92.5 nan +BAR0210.sputum.m18 GAGCCCAAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.5268773581078 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 BAR0210.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0210.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-13 nan nan BAR0210.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0210 nan Female Sputum nan 92.5 nan +BAR0210.contact.stool.no.tb TTAAGCGCCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.5268773581078 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0210.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0210.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-01-13 nan nan BAR0210.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0210 nan Female Stool nan 92.5 nan +BAR0210.stool.m06 TATATAGTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.5268773581078 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0210.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0210.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.stool.m06 nan nan nan nan 2017-07-18 nan nan BAR0210.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0210 nan Female Stool nan 92.5 nan +BAR0210.stool.m18 CATAAGGGAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.5268773581078 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 BAR0210.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0210.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0210.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-13 nan nan BAR0210.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0210 nan Female Stool nan 92.5 nan +BAR0211.contact.sputum.no.tb TTAAGCGCCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.9839876033058 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 66.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.5 0.0 0.0 265.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0211.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0211.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-01-13 nan nan BAR0211.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0211 nan Female Sputum nan 65.0 nan +BAR0211.sputum.m06 CAACGAACCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.9839876033058 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 66.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.5 0.0 0.0 265.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0211.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0211.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-07-12 nan nan BAR0211.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0211 nan Female Sputum nan 65.0 nan +BAR0211.sputum.m18 GTTCGCCGCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.9839876033058 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 66.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.5 0.0 0.0 265.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 BAR0211.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0211.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-13 nan nan BAR0211.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0211 nan Female Sputum nan 65.0 nan +BAR0211.stool.baseline ACAAAGGTATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.9839876033058 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 66.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.5 0.0 0.0 265.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0211.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0211.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.stool.baseline nan nan nan nan 2017-01-13 nan nan BAR0211.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0211 nan Female Stool nan 65.0 nan +BAR0211.stool.m06 GTGCAACCAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.9839876033058 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 66.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.5 0.0 0.0 265.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0211.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0211.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.stool.m06 nan nan nan nan 2017-07-12 nan nan BAR0211.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0211 nan Female Stool nan 65.0 nan +BAR0211.stool.m18 CTCACCTAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.9839876033058 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0164 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 66.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.5 0.0 0.0 265.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 BAR0211.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0211.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0211.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-13 nan nan BAR0211.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0211 nan Female Stool nan 65.0 nan +BAR0212.contact.sputum.no.tb GTTATGACGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.6242199359082 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0171 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 88.0 normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 16.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0212.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 61.0 BAR0212.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0212.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0212.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-01-17 nan nan BAR0212.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0212 nan Female Sputum nan 75.0 nan +BAR0212.sputum.m06 GTTCGAGTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.6242199359082 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0171 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 88.0 normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 16.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0212.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 61.0 BAR0212.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0212.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0212.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-07-18 nan nan BAR0212.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0212 nan Female Sputum nan 75.0 nan +BAR0212.sputum.m18 CGGCCTAAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.6242199359082 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0171 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 3.0 nan 0.0 88.0 normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 16.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 BAR0212.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 61.0 BAR0212.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0212.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0212.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-22 nan nan BAR0212.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0212 nan Female Sputum nan 75.0 nan +BAR0213.sputum.baseline.184 GGTGTGAGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 11.0 24.0190249702735 0.0 0.0 36.7 normal 0.0 BAR0171 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 16.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0213.sputum.baseline.184 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 145.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0213.sputum.baseline.184 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0213.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0213.sputum.baseline.184 nan nan nan nan 2017-01-17 nan nan BAR0213.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0213 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0213.sputum.m06 TAGACTTCAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 11.0 24.0190249702735 0.0 0.0 36.7 normal 0.0 BAR0171 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 16.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0213.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 145.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0213.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0213.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0213.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-07-18 nan nan BAR0213.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0213 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0216.sputum.baseline.184 TAGGAGAGACAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7554685336814 0.0 0.0 32.2 normal nan BAR0161 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0216.sputum.baseline.184 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0216.sputum.baseline.184 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.sputum.baseline.184 nan nan nan nan 2017-02-28 nan nan BAR0216.sputum.baseline.184 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0216 nan Female Sputum nan 55.0 nan +BAR0216.sputum.m06 GATAGCACTCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7554685336814 0.0 0.0 32.2 normal nan BAR0161 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0216.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0216.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-08-28 nan nan BAR0216.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0216 nan Female Sputum nan 55.0 nan +BAR0216.sputum.m18 ACGTTAATATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7554685336814 0.0 0.0 32.2 normal nan BAR0161 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0216.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0216.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-09-19 nan nan BAR0216.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0216 nan Female Sputum nan 55.0 nan +BAR0216.contact.stool.no.tb CGAGATAGTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7554685336814 0.0 0.0 32.2 normal nan BAR0161 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0216.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0216.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-02-28 nan nan BAR0216.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0216 nan Female Stool nan 55.0 nan +BAR0216.stool.m06 GTCCTACACAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7554685336814 0.0 0.0 32.2 normal nan BAR0161 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0216.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0216.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.stool.m06 nan nan nan nan 2017-08-28 nan nan BAR0216.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0216 nan Female Stool nan 55.0 nan +BAR0216.stool.m18 ACTGTTTACTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.7554685336814 0.0 0.0 32.2 normal nan BAR0161 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0216.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0216.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0216.stool.m18 nan nan nan nan 2018-09-19 nan nan BAR0216.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0216 nan Female Stool nan 55.0 nan +BAR0217.contact.sputum.no.tb CGAGATAGTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.1111111111111 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 63.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0217.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0217.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-02-28 nan nan BAR0217.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0217 nan Female Sputum nan 70.0 nan +BAR0217.sputum.m06 ACACGTTTGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.1111111111111 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 63.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0217.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0217.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-08-28 nan nan BAR0217.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0217 nan Female Sputum nan 70.0 nan +BAR0217.sputum.m18 AGACTATTTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.1111111111111 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 63.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0217.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0217.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan BAR0217.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0217 nan Female Sputum nan 70.0 nan +BAR0217.contact.stool.no.tb ATGTTTAGACGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.1111111111111 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 63.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0217.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0217.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-02-28 nan nan BAR0217.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0217 nan Female Stool nan 70.0 nan +BAR0217.stool.m06 CAGGCCACTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.1111111111111 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 63.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0217.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0217.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.stool.m06 nan nan nan nan 2017-08-28 nan nan BAR0217.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0217 nan Female Stool nan 70.0 nan +BAR0217.stool.m18 ACCCAAGCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.1111111111111 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 63.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0217.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0217.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0217.stool.m18 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan BAR0217.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0217 nan Female Stool nan 70.0 nan +BAR0218.contact.sputum.no.tb ATGTTTAGACGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.5586102209479 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0218.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0218.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-08 nan nan BAR0218.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0218 nan Female Sputum nan 53.5 nan +BAR0218.sputum.m06 AGTCCGAGTTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.5586102209479 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0218.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0218.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-08-31 nan nan BAR0218.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0218 nan Female Sputum nan 53.5 nan +BAR0218.sputum.m18 GCTGAGCCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.5586102209479 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0218.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0218.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-09-03 nan nan BAR0218.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0218 nan Female Sputum nan 53.5 nan +BAR0218.contact.stool.no.tb TGCGGGATTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.5586102209479 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0218.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0218.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-08 nan nan BAR0218.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0218 nan Female Stool nan 53.5 nan +BAR0218.stool.m06 AGATGCAATGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.5586102209479 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0218.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0218.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.stool.m06 nan nan nan nan 2017-08-31 nan nan BAR0218.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0218 nan Female Stool nan 53.5 nan +BAR0218.stool.m18 TCTCGCACTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.5586102209479 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0179 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0218.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0218.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0218.stool.m18 nan nan nan nan 2018-09-03 nan nan BAR0218.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0218 nan Female Stool nan 53.5 nan +BAR0219.contact.sputum.no.tb TGCGGGATTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 38.5214681440443 0.0 0.0 36.7 normal nan BAR0173 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 73.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 21.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0219.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0219.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0219.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0219.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-08 nan nan BAR0219.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0219 nan Female Sputum nan 89.0 nan +BAR0219.contact.stool.no.tb AGCCTCATGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 38.5214681440443 0.0 0.0 36.7 normal nan BAR0173 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 73.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 21.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0219.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan nan nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0219.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0219.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0219.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-08 nan nan BAR0219.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0219 nan Female Stool nan 89.0 nan +BAR0220.contact.sputum.no.tb AGCCTCATGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 25.2363403300753 0.0 0.0 35.0 normal 0.0 BAR0223 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 65.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 nan 2 0.0 100 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 2.0 19.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0220.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 61.0 BAR0220.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-10 nan nan BAR0220.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0220 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0220.sputum.m06 ACTTAGACTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 25.2363403300753 0.0 0.0 35.0 normal 0.0 BAR0223 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 65.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 nan 2 0.0 100 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 2.0 19.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0220.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 61.0 BAR0220.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-09-11 nan nan BAR0220.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0220 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0220.sputum.m18 GTAATTGTAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 25.2363403300753 0.0 0.0 35.0 normal 0.0 BAR0223 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 65.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 nan 2 0.0 100 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 2.0 19.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0220.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 61.0 BAR0220.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-09-21 nan nan BAR0220.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0220 nan Male Sputum nan 63.0 nan +BAR0220.contact.stool.no.tb TTAAACCGCGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 25.2363403300753 0.0 0.0 35.0 normal 0.0 BAR0223 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 65.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 nan 2 0.0 100 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 2.0 19.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0220.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 61.0 BAR0220.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-10 nan nan BAR0220.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0220 nan Male Stool nan 63.0 nan +BAR0220.stool.m06 GGTCTTAGCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 25.2363403300753 0.0 0.0 35.0 normal 0.0 BAR0223 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 65.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 nan 2 0.0 100 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 2.0 19.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0220.stool.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 61.0 BAR0220.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.stool.m06 nan nan nan nan 2017-09-11 nan nan BAR0220.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0220 nan Male Stool nan 63.0 nan +BAR0220.stool.m18 TTGCACCGTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 25.2363403300753 0.0 0.0 35.0 normal 0.0 BAR0223 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 65.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 nan 2 0.0 100 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 2.0 19.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0220.stool.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 61.0 BAR0220.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0220.stool.m18 nan nan nan nan 2018-09-21 nan nan BAR0220.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0220 nan Male Stool nan 63.0 nan +BAR0223.index.sputum.tb CTATCGGAAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0223.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-03-06 nan nan BAR0223.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Sputum nan 50.0 nan +BAR0223.sputum.m02 CAGGAACCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0223.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-05-08 nan nan BAR0223.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Sputum nan 50.0 nan +BAR0223.sputum.m06 CAAAGGAGCCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0223.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-09-07 nan nan BAR0223.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Sputum nan 50.0 nan +BAR0223.sputum.m12 CCAACCCAGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0223.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-03-23 nan nan BAR0223.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Sputum nan 50.0 nan +BAR0223.sputum.m18 ACCGAACAATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 18.0 m18 BAR0223.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-09-25 nan nan BAR0223.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Sputum nan 50.0 nan +BAR0223.index.stool.tb AATACAGACCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0223.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-03-06 nan nan BAR0223.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Stool nan 50.0 nan +BAR0223.stool.m02 CTTGGAGGCTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0223.stool.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.stool.m02 nan nan nan nan 2017-05-08 nan nan BAR0223.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Stool nan 50.0 nan +BAR0223.stool.m06 GTGCCGGCCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0223.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.stool.m06 nan nan nan nan 2017-09-07 nan nan BAR0223.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Stool nan 50.0 nan +BAR0223.stool.m12 AGAGGGTGATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0223.stool.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.stool.m12 nan nan nan nan 2018-03-23 nan nan BAR0223.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Stool nan 50.0 nan +BAR0223.stool.m18 GGATACTCGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 16.0 18.2767509492944 0.0 0.0 36.7 normal 3.0 BAR0223 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 81.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 18.0 m18 BAR0223.stool.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 BAR0223.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0223.stool.m18 nan nan nan nan 2018-09-25 nan nan BAR0223.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0223 nan Male Stool nan 50.0 nan +BAR0224.index.sputum.tb CCAGTATCGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6015625 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0224 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 76.0 normal nan 1.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 29.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0224.index.sputum.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0224.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0224.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0224 nan Female Sputum nan 42.5 nan +BAR0224.sputum.m02 TCGAGAGTTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6015625 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0224 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 76.0 normal nan 1.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 29.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0224.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0224.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-05-08 nan nan BAR0224.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0224 nan Female Sputum nan 42.5 nan +BAR0224.sputum.m06 GCTGCCCACCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6015625 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0224 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 76.0 normal nan 1.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 29.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0224.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0224.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-08-31 nan nan BAR0224.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0224 nan Female Sputum nan 42.5 nan +BAR0224.sputum.m12 CCGGCGACAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6015625 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0224 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 76.0 normal nan 1.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 29.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 12.0 m12 BAR0224.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0224.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-03-08 nan nan BAR0224.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0224 nan Female Sputum nan 42.5 nan +BAR0224.index.stool.tb TCCGCAACCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6015625 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0224 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 76.0 normal nan 1.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 29.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0224.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0224.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0224.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0224 nan Female Stool nan 42.5 nan +BAR0224.stool.m02 TCATGGCCTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6015625 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0224 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 76.0 normal nan 1.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 29.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0224.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0224.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.stool.m02 nan nan nan nan 2017-05-08 nan nan BAR0224.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0224 nan Female Stool nan 42.5 nan +BAR0224.stool.m06 ATGTGCTGCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6015625 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0224 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 76.0 normal nan 1.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 29.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0224.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0224.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.stool.m06 nan nan nan nan 2017-08-31 nan nan BAR0224.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0224 nan Female Stool nan 42.5 nan +BAR0224.stool.m12 TGGCAGCGAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6015625 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0224 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 76.0 normal nan 1.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 29.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 12.0 m12 BAR0224.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0224.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0224.stool.m12 nan nan nan nan 2018-03-08 nan nan BAR0224.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0224 nan Female Stool nan 42.5 nan +BAR0225.index.sputum.tb ATGGGACCTTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0225.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0225.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Sputum nan 59.0 nan +BAR0225.sputum.m02 GCATATGCACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0225.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-05-31 nan nan BAR0225.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Sputum nan 59.0 nan +BAR0225.sputum.m06 GTCACTCCGAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0225.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-09-26 nan nan BAR0225.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Sputum nan 59.0 nan +BAR0225.sputum.m12 GCATAAACGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0225.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-04-06 nan nan BAR0225.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Sputum nan 59.0 nan +BAR0225.sputum.m18 TGCGGCGTCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 19.0 m18 BAR0225.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-18 nan nan BAR0225.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Sputum nan 59.0 nan +BAR0225.index.stool.tb GCATGCATCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0225.index.stool.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-03-07 nan nan BAR0225.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Stool nan 59.0 nan +BAR0225.stool.m02 CCACGAGCAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0225.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.stool.m02 nan nan nan nan 2017-05-31 nan nan BAR0225.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Stool nan 59.0 nan +BAR0225.stool.m06 CGCCGTACTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0225.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.stool.m06 nan nan nan nan 2017-09-26 nan nan BAR0225.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Stool nan 59.0 nan +BAR0225.stool.m12 TATCATATTACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0225.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.stool.m12 nan nan nan nan 2018-04-06 nan nan BAR0225.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Stool nan 59.0 nan +BAR0225.stool.m18 CCTTGACCGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 24.8777196829145 0.0 0.0 36.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 121.0 high 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 36.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 19.0 m18 BAR0225.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 BAR0225.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0225.stool.m18 nan nan nan nan 2018-10-18 nan nan BAR0225.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0225 nan Female Stool nan 59.0 nan +BAR0229.index.sputum.tb CAAACTGCGTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0229.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-03-14 nan nan BAR0229.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0229.sputum.m02 TTAAGTTAAGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0229.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-05-16 nan nan BAR0229.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0229.sputum.m06 ACGGTACCCTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0229.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-09-11 nan nan BAR0229.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0229.sputum.m12 CGACACGGAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0229.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-03-09 nan nan BAR0229.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0229.sputum.m18 GCGTTTGCTAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 19.0 m18 BAR0229.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-29 nan nan BAR0229.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0229.index.stool.tb CTGGTGCTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0229.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-03-14 nan nan BAR0229.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0229.stool.m02 AGCTCTAGAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0229.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.stool.m02 nan nan nan nan 2017-05-16 nan nan BAR0229.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0229.stool.m06 AATGTTCAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0229.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.stool.m06 nan nan nan nan 2017-09-11 nan nan BAR0229.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0229.stool.m12 CAATCATAGGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0229.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.stool.m12 nan nan nan nan 2018-03-09 nan nan BAR0229.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0229.stool.m18 CCGATAAAGGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 26.0 17.5696511169278 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0229 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 90 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 19.0 m18 BAR0229.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0229.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0229.stool.m18 nan nan nan nan 2018-10-29 nan nan BAR0229.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0229 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0233.index.sputum.tb CTTGCATACCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0233.index.sputum.tb 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-03-22 nan nan BAR0233.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0233.sputum.m02 CCGGCGACAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0233.sputum.m02 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-05-23 nan nan BAR0233.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0233.sputum.m06 CGTTCTGGTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 BAR0233.sputum.m06 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-09-18 nan nan BAR0233.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0233.sputum.m12 ATCGTAGTGGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0233.sputum.m12 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-04-06 nan nan BAR0233.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0233.sputum.m18 CGCTGTGGATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0233.sputum.m18 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-09-28 nan nan BAR0233.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Sputum nan 41.5 nan +BAR0233.index.stool.tb GTCGGAAATTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0233.index.stool.tb 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-03-22 nan nan BAR0233.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0233.stool.m02 GCGTGCCCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0233.stool.m02 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.stool.m02 nan nan nan nan 2017-05-23 nan nan BAR0233.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0233.stool.m06 TAAACCTGGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 BAR0233.stool.m06 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.stool.m06 nan nan nan nan 2017-09-18 nan nan BAR0233.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0233.stool.m12 CTATATTATCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0233.stool.m12 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.stool.m12 nan nan nan nan 2018-04-06 nan nan BAR0233.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0233.stool.m18 CAAACTGCGTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 11.0 16.2109375 0.0 1.0 35.0 normal 1.0 BAR0233 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 80.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 2 0.0 90 >60 1.0 1.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0233.stool.m18 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 66.0 BAR0233.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0233.stool.m18 nan nan nan nan 2018-09-28 nan nan BAR0233.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0233 nan Female Stool nan 41.5 nan +BAR0236.index.sputum.tb GCTATTCCTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0236.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-03-27 nan nan BAR0236.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Sputum nan 51.0 nan +BAR0236.sputum.m02 AGCCGCGGGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 1.0 m02 BAR0236.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-05-26 nan nan BAR0236.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Sputum nan 51.0 nan +BAR0236.sputum.m06 TGAGTCATTGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0236.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-09-27 nan nan BAR0236.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Sputum nan 51.0 nan +BAR0236.sputum.m12 TCCACAGGGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0236.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-04-09 nan nan BAR0236.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Sputum nan 51.0 nan +BAR0236.sputum.m18 AGATCGTGCCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0236.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-09-18 nan nan BAR0236.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Sputum nan 51.0 nan +BAR0236.index.stool.tb GATCTAATCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0236.index.stool.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-03-27 nan nan BAR0236.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Stool nan 51.0 nan +BAR0236.stool.m02 CTGACACGAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 1.0 m02 BAR0236.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.stool.m02 nan nan nan nan 2017-05-26 nan nan BAR0236.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Stool nan 51.0 nan +BAR0236.stool.m06 AGCAGTGCGGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0236.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.stool.m06 nan nan nan nan 2017-09-27 nan nan BAR0236.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Stool nan 51.0 nan +BAR0236.stool.m12 GTTGGACGAAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0236.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.stool.m12 nan nan nan nan 2018-04-09 nan nan BAR0236.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Stool nan 51.0 nan +BAR0236.stool.m18 CAGGAACCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6470588235294 0.0 1.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal nan 0.0 nan nan nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0236.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 63.0 BAR0236.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0236.stool.m18 nan nan nan nan 2018-09-18 nan nan BAR0236.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0236 nan Male Stool nan 51.0 nan +BAR0239.index.sputum.tb CTTTAGCGCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 32.0 13.7656147271532 1.0 1.0 36.1 normal 4.0 BAR0239 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 88.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 3.0 4 4.0 90 >60 4.0 4.0 19.0 1.0 1.0 190.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0239.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0239.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-04-05 nan nan BAR0239.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0239 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0239.sputum.m02 CCTCACTAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 32.0 13.7656147271532 1.0 1.0 36.1 normal 4.0 BAR0239 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 88.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 3.0 4 4.0 90 >60 4.0 4.0 19.0 1.0 1.0 190.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 2.0 m02 BAR0239.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0239.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-06-12 nan nan BAR0239.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0239 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0239.sputum.m06 TAGTTCGGTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 32.0 13.7656147271532 1.0 1.0 36.1 normal 4.0 BAR0239 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 88.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 3.0 4 4.0 90 >60 4.0 4.0 19.0 1.0 1.0 190.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 5.0 m06 BAR0239.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0239.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-04 nan nan BAR0239.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0239 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0239.sputum.m12 CGTTCTGGTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 32.0 13.7656147271532 1.0 1.0 36.1 normal 4.0 BAR0239 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 88.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 3.0 4 4.0 90 >60 4.0 4.0 19.0 1.0 1.0 190.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 12.0 m12 BAR0239.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0239.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-04-18 nan nan BAR0239.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0239 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0239.sputum.m18 ATCGTAGTGGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 32.0 13.7656147271532 1.0 1.0 36.1 normal 4.0 BAR0239 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 88.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 3.0 4 4.0 90 >60 4.0 4.0 19.0 1.0 1.0 190.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 18.0 m18 BAR0239.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0239.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-16 nan nan BAR0239.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0239 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0239.index.stool.tb GTGGCCTACTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 32.0 13.7656147271532 1.0 1.0 36.1 normal 4.0 BAR0239 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 88.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 3.0 4 4.0 90 >60 4.0 4.0 19.0 1.0 1.0 190.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0239.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0239.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-04-05 nan nan BAR0239.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0239 nan Female Stool nan 33.5 nan +BAR0239.stool.m02 CAAAGGAGCCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 32.0 13.7656147271532 1.0 1.0 36.1 normal 4.0 BAR0239 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 88.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 3.0 4 4.0 90 >60 4.0 4.0 19.0 1.0 1.0 190.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 2.0 m02 BAR0239.stool.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0239.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.stool.m02 nan nan nan nan 2017-06-12 nan nan BAR0239.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0239 nan Female Stool nan 33.5 nan +BAR0239.stool.m06 CCAACCCAGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 32.0 13.7656147271532 1.0 1.0 36.1 normal 4.0 BAR0239 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 88.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 3.0 4 4.0 90 >60 4.0 4.0 19.0 1.0 1.0 190.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 5.0 m06 BAR0239.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0239.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.stool.m06 nan nan nan nan 2017-10-04 nan nan BAR0239.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0239 nan Female Stool nan 33.5 nan +BAR0239.stool.m12 CCGGCTTATGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 32.0 13.7656147271532 1.0 1.0 36.1 normal 4.0 BAR0239 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 88.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 3.0 4 4.0 90 >60 4.0 4.0 19.0 1.0 1.0 190.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 12.0 m12 BAR0239.stool.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0239.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0239.stool.m12 nan nan nan nan 2018-04-18 nan nan BAR0239.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0239 nan Female Stool nan 33.5 nan +BAR0247.index.sputum.tb ATAAGGTCGCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0247.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-04-21 nan nan BAR0247.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Sputum nan 83.0 nan +BAR0247.sputum.m02 ACTAAAGCAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 3.0 m06 BAR0247.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-08-11 nan nan BAR0247.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Sputum nan 83.0 nan +BAR0247.sputum.m06 CTTGCTCATAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0247.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0247.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Sputum nan 83.0 nan +BAR0247.sputum.m12 CGCTGTGGATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 13.0 m12 BAR0247.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-06-05 nan nan BAR0247.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Sputum nan 83.0 nan +BAR0247.sputum.m18 AGCCGCGGGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 BAR0247.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-12-07 nan nan BAR0247.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Sputum nan 83.0 nan +BAR0247.index.stool.tb ACACAGTCCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0247.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-04-21 nan nan BAR0247.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Stool nan 83.0 nan +BAR0247.stool.m02 ACCGAACAATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 3.0 m06 BAR0247.stool.m02 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.stool.m02 nan nan nan nan 2017-08-11 nan nan BAR0247.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Stool nan 83.0 nan +BAR0247.stool.m06 TCGAGAGTTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0247.stool.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.stool.m06 nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0247.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Stool nan 83.0 nan +BAR0247.stool.m12 CGAATACTGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 13.0 m12 BAR0247.stool.m12 0.0 baseline 0.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.stool.m12 nan nan nan nan 2018-06-05 nan nan BAR0247.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Stool nan 83.0 nan +BAR0247.stool.m18 ACACACCCTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan hazardous 11.0 25.9043101026809 0.0 0.0 35.4 normal 3.0 BAR0247 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 nan 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 21.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 BAR0247.stool.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 BAR0247.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0247.stool.m18 nan nan nan nan 2018-12-07 nan nan BAR0247.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0247 nan Male Stool nan 83.0 nan +BAR0250.index.sputum.tb CTGGTCTTACGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0250.index.sputum.tb nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-05-04 nan nan BAR0250.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Sputum nan 45.0 nan +BAR0250.sputum.m02 GGTAGTTCATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 2.0 m02 BAR0250.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-07-04 nan nan BAR0250.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Sputum nan 45.0 nan +BAR0250.sputum.m06 ACCTACTTGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0250.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-31 nan nan BAR0250.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Sputum nan 45.0 nan +BAR0250.sputum.m12 GGAGAACGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 12.0 m12 BAR0250.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-05-21 nan nan BAR0250.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Sputum nan 45.0 nan +BAR0250.sputum.m18 CTAATCAGAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 17.0 m18 BAR0250.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-22 nan nan BAR0250.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Sputum nan 45.0 nan +BAR0250.stool.baseline TGAACCCTATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0250.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.baseline nan nan nan nan 2017-05-04 nan nan BAR0250.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Stool nan 45.0 nan +BAR0250.stool.m02 GCTGCCCACCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 2.0 m02 BAR0250.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.m02 nan nan nan nan 2017-07-04 nan nan BAR0250.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Stool nan 45.0 nan +BAR0250.stool.m06 GCATATGCACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0250.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.m06 nan nan nan nan 2017-10-31 nan nan BAR0250.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Stool nan 45.0 nan +BAR0250.stool.m12 GTCACTCCGAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 12.0 m12 BAR0250.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.m12 nan nan nan nan 2018-05-21 nan nan BAR0250.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Stool nan 45.0 nan +BAR0250.stool.m18 GCATAAACGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.7311124330756 0.0 1.0 36.2 normal nan BAR0250 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 17.0 m18 BAR0250.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 2 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0250.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0250.stool.m18 nan nan nan nan 2018-10-22 nan nan BAR0250.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0250 nan Female Stool nan 45.0 nan +BAR0256.index.sputum.tb GGTCTAGGTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 6.0 18.4425458240807 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0256 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 Black 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0256.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0256.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-05-19 nan nan BAR0256.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0256 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0256.sputum.m02 TTAATGGATCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 6.0 18.4425458240807 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0256 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 Black 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0256.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0256.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-07-24 nan nan BAR0256.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0256 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0256.sputum.m06 TAGGAACTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 6.0 18.4425458240807 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0256 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 Black 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0256.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0256.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-11-24 nan nan BAR0256.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0256 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0256.index.stool.tb CATCTGGGCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 6.0 18.4425458240807 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0256 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 Black 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0256.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 99.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0256.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-05-19 nan nan BAR0256.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0256 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0256.stool.m02 TGCGGCGTCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 6.0 18.4425458240807 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0256 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 Black 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0256.stool.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0256.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.stool.m02 nan nan nan nan 2017-07-24 nan nan BAR0256.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0256 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0256.stool.m06 TTAAGTTAAGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 6.0 18.4425458240807 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0256 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 104.0 normal nan 1.0 nan nan 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 Black 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0256.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0256.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0256.stool.m06 nan nan nan nan 2017-11-24 nan nan BAR0256.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0256 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0260.index.sputum.tb ATCGAATCGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0260.index.sputum.tb 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-05-29 nan nan BAR0260.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0260.sputum.m02 ACGACAACGGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 1.0 m02 BAR0260.sputum.m02 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-07-28 nan nan BAR0260.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0260.sputum.m06 CGATGAATATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0260.sputum.m06 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-11-20 nan nan BAR0260.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0260.sputum.m12 TGAGTCATTGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 14.0 m12 BAR0260.sputum.m12 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-07-31 nan nan BAR0260.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0260.sputum.m18 TCCACAGGGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0260.sputum.m18 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-11-22 nan nan BAR0260.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Sputum nan 49.0 nan +BAR0260.index.stool.tb ATCGATCCACAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0260.index.stool.tb 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-05-29 nan nan BAR0260.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0260.stool.m02 ACGGTACCCTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 1.0 m02 BAR0260.stool.m02 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.stool.m02 nan nan nan nan 2017-07-28 nan nan BAR0260.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0260.stool.m06 CGACACGGAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0260.stool.m06 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.stool.m06 nan nan nan nan 2017-11-20 nan nan BAR0260.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0260.stool.m12 AACTTTCAGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 14.0 m12 BAR0260.stool.m12 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.stool.m12 nan nan nan nan 2018-07-31 nan nan BAR0260.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0260.stool.m18 AGATTCGCTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 24.0 16.0 0.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0260 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 3.0 0.0 85.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 0.0 90 >60 3.0 3.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0260.stool.m18 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0260.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0260.stool.m18 nan nan nan nan 2018-11-22 nan nan BAR0260.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0260 nan Male Stool nan 49.0 nan +BAR0268.index.sputum.tb GGATGCAGGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0268.index.sputum.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-06-15 nan nan BAR0268.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Sputum nan 40.0 nan +BAR0268.sputum.m02 ACTGTGACGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0268.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-08-15 nan nan BAR0268.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Sputum nan 40.0 nan +BAR0268.sputum.m06 CCTACCATTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0268.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-12-12 nan nan BAR0268.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Sputum nan 40.0 nan +BAR0268.sputum.m12 CTACAGGGTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 13.0 m12 BAR0268.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-07-26 nan nan BAR0268.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Sputum nan 40.0 nan +BAR0268.sputum.m18 GTTCATTAAACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0268.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-12-06 nan nan BAR0268.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Sputum nan 40.0 nan +BAR0268.index.stool.tb TTGGACGTCCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0268.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-06-15 nan nan BAR0268.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Stool nan 40.0 nan +BAR0268.stool.m02 GCGTTTGCTAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0268.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.stool.m02 nan nan nan nan 2017-08-15 nan nan BAR0268.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Stool nan 40.0 nan +BAR0268.stool.m06 CCGGCGACAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0268.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.stool.m06 nan nan nan nan 2017-12-12 nan nan BAR0268.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Stool nan 40.0 nan +BAR0268.stool.m12 CTACAGGGTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 13.0 m12 BAR0268.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.stool.m12 nan nan nan nan 2018-07-26 nan nan BAR0268.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Stool nan 40.0 nan +BAR0268.stool.m18 GTTCATTAAACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0268 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 27.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0268.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0268.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0268.stool.m18 nan nan nan nan 2018-12-06 nan nan BAR0268.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0268 nan Female Stool nan 40.0 nan +BAR0269.index.sputum.tb GTTCTGCTTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0269.index.sputum.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-06-19 nan nan BAR0269.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0269.sputum.m02 CATTTCGCACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 3.0 m06 BAR0269.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-10-16 nan nan BAR0269.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0269.sputum.m06 CTACTCCACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 7.0 m06 BAR0269.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-02-12 nan nan BAR0269.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0269.sputum.m12 AGATCGTGCCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 14.0 m12 BAR0269.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-09-07 nan nan BAR0269.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0269.sputum.m18 CCTCACTAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 7.0 19.0 m18 BAR0269.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-02-12 nan nan BAR0269.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0269.index.stool.tb GGAAATCCCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0269.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-06-19 nan nan BAR0269.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0269.stool.m02 CGTTCTGGTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 3.0 m06 BAR0269.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.stool.m02 nan nan nan nan 2017-10-16 nan nan BAR0269.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0269.stool.m06 ATCGTAGTGGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 7.0 m06 BAR0269.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.stool.m06 nan nan nan nan 2018-02-12 nan nan BAR0269.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0269.stool.m12 AACCGCATAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 14.0 m12 BAR0269.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.stool.m12 nan nan nan nan 2018-09-07 nan nan BAR0269.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0269.stool.m18 GAAGTAGCGAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.7378147465091 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0269 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 104.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 43.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 7.0 19.0 m18 BAR0269.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 BAR0269.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0269.stool.m18 nan nan nan nan 2019-02-12 nan nan BAR0269.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0269 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0271.index.sputum.tb TTGCCCTTTGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0271.index.sputum.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-06-20 nan nan BAR0271.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Sputum nan 55.5 nan +BAR0271.sputum.m02 TCAAGTCCGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 2.0 m02 BAR0271.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-08-21 nan nan BAR0271.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Sputum nan 55.5 nan +BAR0271.sputum.m06 GTCCGTCCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 BAR0271.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-12-12 nan nan BAR0271.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Sputum nan 55.5 nan +BAR0271.sputum.m12 TAGTTCGGTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 13.0 m12 BAR0271.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-07-26 nan nan BAR0271.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Sputum nan 55.5 nan +BAR0271.sputum.m18 ACTAAAGCAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 BAR0271.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-12-06 nan nan BAR0271.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Sputum nan 55.5 nan +BAR0271.index.stool.tb ATTATACGGCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0271.index.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-06-20 nan nan BAR0271.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Stool nan 55.5 nan +BAR0271.stool.m02 CGCTGTGGATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 2.0 m02 BAR0271.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.stool.m02 nan nan nan nan 2017-08-21 nan nan BAR0271.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Stool nan 55.5 nan +BAR0271.stool.m06 AGCCGCGGGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 BAR0271.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.stool.m06 nan nan nan nan 2017-12-12 nan nan BAR0271.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Stool nan 55.5 nan +BAR0271.stool.m12 GTGAATGTTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 13.0 m12 BAR0271.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.stool.m12 nan nan nan nan 2018-07-26 nan nan BAR0271.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Stool nan 55.5 nan +BAR0271.stool.m18 ATAGTCCTTTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.7088299372036 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 92.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 BAR0271.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0271.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0271.stool.m18 nan nan nan nan 2018-12-06 nan nan BAR0271.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0271 nan Female Stool nan 55.5 nan +BAR0272.sputum.baseline CTAGCGTGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0272.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-06-21 nan nan BAR0272.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0272.sputum.m02 GTTCTAAGGTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 2.0 m02 BAR0272.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-08-24 nan nan BAR0272.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0272.sputum.m06 CTCTGAGGTAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 6.0 m06 BAR0272.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-01-18 nan nan BAR0272.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0272.sputum.m12 CTTGCTCATAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 13.0 m12 BAR0272.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan BAR0272.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0272.sputum.m18 GGTAGTTCATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 17.0 m18 BAR0272.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-12-10 nan nan BAR0272.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Sputum nan 33.5 nan +BAR0272.stool.baseline TGAGTCATTGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0272.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.baseline nan nan nan nan 2017-06-21 nan nan BAR0272.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Stool nan 33.5 nan +BAR0272.stool.m02 TCCACAGGGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 2.0 m02 BAR0272.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.m02 nan nan nan nan 2017-08-24 nan nan BAR0272.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Stool nan 33.5 nan +BAR0272.stool.m06 AGATCGTGCCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 6.0 m06 BAR0272.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.m06 nan nan nan nan 2018-01-18 nan nan BAR0272.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Stool nan 33.5 nan +BAR0272.stool.m12 TCTTATAACGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 13.0 m12 BAR0272.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.m12 nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan BAR0272.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Stool nan 33.5 nan +BAR0272.stool.m18 TATAGGCTCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.9438085327784 1.0 1.0 36.2 normal nan BAR0272 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 18.0 1.0 1.0 180.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 17.0 m18 BAR0272.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0272.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0272.stool.m18 nan nan nan nan 2018-12-10 nan nan BAR0272.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0272 nan Female Stool nan 33.5 nan +BAR0275.index.sputum.tb CAAGTCGAATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 5.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0275 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 78.0 normal nan 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0275.index.sputum.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 52.0 BAR0275.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-06-26 nan nan BAR0275.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0275 nan Male Sputum nan 65.0 nan +BAR0275.sputum.m02 TCCGGCGGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 5.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0275 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 78.0 normal nan 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0275.sputum.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 52.0 BAR0275.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-09-08 nan nan BAR0275.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0275 nan Male Sputum nan 65.0 nan +BAR0275.sputum.m06 ACATGATATTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 5.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0275 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 78.0 normal nan 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0275.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 52.0 BAR0275.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-01-11 nan nan BAR0275.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0275 nan Male Sputum nan 65.0 nan +BAR0275.sputum.m18 GGAGAACGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 5.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0275 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 78.0 normal nan 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0275.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 52.0 BAR0275.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-12-18 nan nan BAR0275.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0275 nan Male Sputum nan 65.0 nan +BAR0275.index.stool.tb CATTTGACGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 5.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0275 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 78.0 normal nan 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0275.index.stool.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 99.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 52.0 BAR0275.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-06-26 nan nan BAR0275.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0275 nan Male Stool nan 65.0 nan +BAR0275.stool.m02 CCTCACTAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 5.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0275 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 78.0 normal nan 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0275.stool.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 52.0 BAR0275.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.stool.m02 nan nan nan nan 2017-09-08 nan nan BAR0275.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0275 nan Male Stool nan 65.0 nan +BAR0275.stool.m06 TAGTTCGGTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 5.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0275 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 78.0 normal nan 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0275.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 52.0 BAR0275.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.stool.m06 nan nan nan nan 2018-01-11 nan nan BAR0275.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0275 nan Male Stool nan 65.0 nan +BAR0275.stool.m12 CCAGGACAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 5.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0275 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 78.0 normal nan 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0275.stool.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 52.0 BAR0275.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.stool.m12 nan nan nan nan 2018-06-20 nan nan BAR0275.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0275 nan Male Stool nan 65.0 nan +BAR0275.stool.m18 TTGCCGCTCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 5.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0275 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 78.0 normal nan 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0275.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 52.0 BAR0275.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0275.stool.m18 nan nan nan nan 2018-12-18 nan nan BAR0275.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0275 nan Male Stool nan 65.0 nan +BAR0277.index.sputum.tb GGCGAACTGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0277.index.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.index.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.index.sputum.tb nan nan nan nan 2017-07-24 nan nan BAR0277.index.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Sputum nan 51.2 nan +BAR0277.sputum.m02 TAAGGCATCGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0277.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-10-03 nan nan BAR0277.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Sputum nan 51.2 nan +BAR0277.sputum.m06 CACACAAAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0277.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-02-06 nan nan BAR0277.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Sputum nan 51.2 nan +BAR0277.sputum.m12 AATTAATATGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0277.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-08-02 nan nan BAR0277.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Sputum nan 51.2 nan +BAR0277.sputum.m18 CTAATCAGAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0277.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-01-21 nan nan BAR0277.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Sputum nan 51.2 nan +BAR0277.index.stool.tb AGTGATGTGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0277.index.stool.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.index.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.index.stool.tb nan nan nan nan 2017-07-24 nan nan BAR0277.index.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Stool nan 51.2 nan +BAR0277.stool.m02 ACTAAAGCAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0277.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.stool.m02 nan nan nan nan 2017-10-03 nan nan BAR0277.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Stool nan 51.2 nan +BAR0277.stool.m06 CTTGCTCATAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0277.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.stool.m06 nan nan nan nan 2018-02-06 nan nan BAR0277.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Stool nan 51.2 nan +BAR0277.stool.m12 CCACAACGATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0277.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.stool.m12 nan nan nan nan 2018-08-02 nan nan BAR0277.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Stool nan 51.2 nan +BAR0277.stool.m18 CACCATCTCCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 14.0 19.0362879238549 0.0 0.0 35.1 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0277.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0277.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0277.stool.m18 nan nan nan nan 2019-01-21 nan nan BAR0277.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0277 nan Female Stool nan 51.2 nan +BAR0281.sputum.baseline CGAGGCGAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0281.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-08-07 nan nan BAR0281.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Sputum nan 37.0 nan +BAR0281.sputum.m02 TAGTCTAAGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 2.0 m02 BAR0281.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-10-11 nan nan BAR0281.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Sputum nan 37.0 nan +BAR0281.sputum.m06 TTAATGGATCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 5.0 m06 BAR0281.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-02-05 nan nan BAR0281.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Sputum nan 37.0 nan +BAR0281.sputum.m12 TAGGAACTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 12.0 m12 BAR0281.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-08-13 nan nan BAR0281.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Sputum nan 37.0 nan +BAR0281.sputum.m18 ACGACAACGGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 17.0 m18 BAR0281.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-01-28 nan nan BAR0281.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Sputum nan 37.0 nan +BAR0281.stool.baseline GGTAGTTCATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0281.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.baseline nan nan nan nan 2017-08-07 nan nan BAR0281.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Stool nan 37.0 nan +BAR0281.stool.m02 ACCTACTTGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 2.0 m02 BAR0281.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.m02 nan nan nan nan 2017-10-11 nan nan BAR0281.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Stool nan 37.0 nan +BAR0281.stool.m06 GGAGAACGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 5.0 m06 BAR0281.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.m06 nan nan nan nan 2018-02-05 nan nan BAR0281.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Stool nan 37.0 nan +BAR0281.stool.m12 TATGTTGACGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 12.0 m12 BAR0281.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.m12 nan nan nan nan 2018-08-13 nan nan BAR0281.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Stool nan 37.0 nan +BAR0281.stool.m18 TCGAGCCGATCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.0984606005182 1.0 1.0 35.0 normal nan BAR0281 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 17.0 m18 BAR0281.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0281.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0281.stool.m18 nan nan nan nan 2019-01-28 nan nan BAR0281.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0281 nan Female Stool nan 37.0 nan +BAR0285.sputum.baseline ATGACTAAGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 13.0 20.2812330989724 0.0 0.0 37.7 normal 0.0 BAR0285 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 36.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0285.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0285.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0285.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0285.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-08-28 nan nan BAR0285.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0285 nan Male Sputum nan 60.0 nan +BAR0285.sputum.m06 CATGTCTTCCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 13.0 20.2812330989724 0.0 0.0 37.7 normal 0.0 BAR0285 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 36.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 10.0 m12 BAR0285.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan nan 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0285.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0285.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0285.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-07-12 nan nan BAR0285.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0285 nan Male Sputum nan 60.0 nan +BAR0285.stool.baseline AATTAATATGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 13.0 20.2812330989724 0.0 0.0 37.7 normal 0.0 BAR0285 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 36.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0285.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0285.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0285.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0285.stool.baseline nan nan nan nan 2017-08-28 nan nan BAR0285.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0285 nan Male Stool nan 60.0 nan +BAR0285.stool.m06 CTAATCAGAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 13.0 20.2812330989724 0.0 0.0 37.7 normal 0.0 BAR0285 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 36.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 10.0 m12 BAR0285.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan nan 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0285.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0285.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0285.stool.m06 nan nan nan nan 2018-07-12 nan nan BAR0285.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0285 nan Male Stool nan 60.0 nan +BAR0292.sputum.baseline TAATCCATAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0292.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-06 nan nan BAR0292.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Sputum nan 64.7 nan +BAR0292.sputum.m02 GCAACGAACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 1.0 m02 BAR0292.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-11-02 nan nan BAR0292.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Sputum nan 64.7 nan +BAR0292.sputum.m06 AGCGCGGCGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0292.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-28 nan nan BAR0292.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Sputum nan 64.7 nan +BAR0292.sputum.m12 CGATGAATATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0292.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-09-06 nan nan BAR0292.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Sputum nan 64.7 nan +BAR0292.sputum.m18 ACTGTGACGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0292.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-03-01 nan nan BAR0292.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Sputum nan 64.7 nan +BAR0292.stool.baseline TTAATGGATCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0292.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 99.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-06 nan nan BAR0292.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Stool nan 64.7 nan +BAR0292.stool.m02 TAGGAACTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 1.0 m02 BAR0292.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.m02 nan nan nan nan 2017-11-02 nan nan BAR0292.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Stool nan 64.7 nan +BAR0292.stool.m06 ACGACAACGGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0292.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-28 nan nan BAR0292.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Stool nan 64.7 nan +BAR0292.stool.m12 TAAGGTCGATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0292.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.m12 nan nan nan nan 2018-09-06 nan nan BAR0292.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Stool nan 64.7 nan +BAR0292.stool.m18 ATAATTGCCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 29.5379839298758 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0292 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0292.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 BAR0292.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0292.stool.m18 nan nan nan nan 2019-03-01 nan nan BAR0292.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0292 nan Female Stool nan 64.7 nan +BAR0297.sputum.baseline GTCAGGTGCGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0297.sputum.baseline 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-19 nan nan BAR0297.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Sputum nan 55.2 nan +BAR0297.sputum.m02 TTCCAATACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0297.sputum.m02 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-11-21 nan nan BAR0297.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Sputum nan 55.2 nan +BAR0297.sputum.m06 GTTTGAAACACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0297.sputum.m06 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-26 nan nan BAR0297.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Sputum nan 55.2 nan +BAR0297.sputum.m12 CCTACCATTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0297.sputum.m12 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-09-19 nan nan BAR0297.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Sputum nan 55.2 nan +BAR0297.sputum.m18 CATTTCGCACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0297.sputum.m18 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-03-08 nan nan BAR0297.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Sputum nan 55.2 nan +BAR0297.stool.baseline CGATGAATATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0297.stool.baseline 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-19 nan nan BAR0297.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Stool nan 55.2 nan +BAR0297.stool.m02 ACTGTGACGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0297.stool.m02 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.m02 nan nan nan nan 2017-11-21 nan nan BAR0297.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Stool nan 55.2 nan +BAR0297.stool.m06 GCGCGGCGTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0297.stool.m06 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-26 nan nan BAR0297.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Stool nan 55.2 nan +BAR0297.stool.m12 AGACTTCTCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0297.stool.m12 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.m12 nan nan nan nan 2018-09-19 nan nan BAR0297.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Stool nan 55.2 nan +BAR0297.stool.m18 AGTTCTCATTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 18.0 20.2754820936639 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0297 yes 1.0 bar 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0297.stool.m18 3.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 BAR0297.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0297.stool.m18 nan nan nan nan 2019-03-08 nan nan BAR0297.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0297 nan Female Stool nan 55.2 nan +BAR0298.sputum.baseline TACAGCGCATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0298.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-20 nan nan BAR0298.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0298.sputum.m02 AACAGTAAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0298.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-11-20 nan nan BAR0298.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0298.sputum.m06 CCTCCGTCATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0298.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-27 nan nan BAR0298.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0298.sputum.m12 CTACTCCACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0298.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-09-18 nan nan BAR0298.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0298.sputum.m18 TCAAGTCCGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0298.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-03-14 nan nan BAR0298.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0298.stool.baseline CCTACCATTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0298.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 99.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-20 nan nan BAR0298.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0298.stool.m02 CATTTCGCACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0298.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.m02 nan nan nan nan 2017-11-20 nan nan BAR0298.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0298.stool.m06 CTACTCCACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0298.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-27 nan nan BAR0298.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0298.stool.m12 GTGTCGAGGGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 BAR0298.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.m12 nan nan nan nan 2018-09-18 nan nan BAR0298.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0298.stool.m18 AGTGTTTCGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5491276400367 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0298 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0298.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0298.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0298.stool.m18 nan nan nan nan 2019-03-14 nan nan BAR0298.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0298 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0300.sputum.baseline AGATGTCCGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0300.sputum.baseline 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-21 nan nan BAR0300.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Sputum nan 69.2 nan +BAR0300.sputum.m02 TAGCAGTTGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 2.0 m02 BAR0300.sputum.m02 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-11-24 nan nan BAR0300.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Sputum nan 69.2 nan +BAR0300.sputum.m06 TTGAACAAGCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0300.sputum.m06 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-06 nan nan BAR0300.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Sputum nan 69.2 nan +BAR0300.sputum.m12 GTCCGTCCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 12.0 m12 BAR0300.sputum.m12 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-10-08 nan nan BAR0300.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Sputum nan 69.2 nan +BAR0300.sputum.m18 CTAGCGTGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0300.sputum.m18 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-02 nan nan BAR0300.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Sputum nan 69.2 nan +BAR0300.stool.baseline TCAAGTCCGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0300.stool.baseline 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-21 nan nan BAR0300.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Stool nan 69.2 nan +BAR0300.stool.m02 GTCCGTCCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 2.0 m02 BAR0300.stool.m02 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.m02 nan nan nan nan 2017-11-24 nan nan BAR0300.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Stool nan 69.2 nan +BAR0300.stool.m06 CTAGCGTGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0300.stool.m06 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-06 nan nan BAR0300.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Stool nan 69.2 nan +BAR0300.stool.m12 AGTGCAGGAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 12.0 m12 BAR0300.stool.m12 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.m12 nan nan nan nan 2018-10-08 nan nan BAR0300.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Stool nan 69.2 nan +BAR0300.stool.m18 GTTGCTGAGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 30.7555555555556 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0300.stool.m18 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 59.0 BAR0300.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0300.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-02 nan nan BAR0300.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0300 nan Female Stool nan 69.2 nan +BAR0301.contact.stool.tb CTATCGGAAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.4817898022893 0.0 1.0 36.7 normal nan BAR0224 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0301.contact.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 27.0 BAR0301.contact.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0301.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0301.contact.stool.tb nan nan nan nan 2017-03-10 nan nan BAR0301.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0301 nan Male Stool nan 42.0 nan +BAR0302.contact.stool.tb CCAGTATCGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 18.066167337875 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0224 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0302.contact.stool.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 27.0 BAR0302.contact.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0302.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0302.contact.stool.tb nan nan nan nan 2017-03-10 nan nan BAR0302.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0302 nan Female Stool nan 48.0 nan +BAR0303.contact.sputum.no.tb TGAATCGAAGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.3685498136926 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0223 no 0.0 bar nan 0.0 no nan nan 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 74.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0303.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0303.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-14 nan nan BAR0303.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0303 nan Female Sputum nan 86.0 nan +BAR0303.sputum.m06 TCTAACGAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.3685498136926 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0223 no 0.0 bar nan 0.0 no nan nan 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 74.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0303.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0303.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-09-11 nan nan BAR0303.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0303 nan Female Sputum nan 86.0 nan +BAR0303.sputum.m18 CGTTCCTTGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.3685498136926 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0223 no 0.0 bar nan 0.0 no nan nan 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 74.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0303.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0303.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-09-21 nan nan BAR0303.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0303 nan Female Sputum nan 86.0 nan +BAR0303.contact.stool.no.tb ATGGGACCTTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.3685498136926 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0223 no 0.0 bar nan 0.0 no nan nan 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 74.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0303.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0303.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-14 nan nan BAR0303.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0303 nan Female Stool nan 86.0 nan +BAR0303.stool.m06 ATTTACAATTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.3685498136926 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0223 no 0.0 bar nan 0.0 no nan nan 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 74.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0303.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0303.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.stool.m06 nan nan nan nan 2017-09-11 nan nan BAR0303.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0303 nan Female Stool nan 86.0 nan +BAR0303.stool.m18 GTCACGGACATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.3685498136926 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0223 no 0.0 bar nan 0.0 no nan nan 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 74.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0303.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0303.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0303.stool.m18 nan nan nan nan 2018-09-21 nan nan BAR0303.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0303 nan Female Stool nan 86.0 nan +BAR0304.contact.sputum.no.tb TCAGGACGTATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6476031752993 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0304.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 151.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0304.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-14 nan nan BAR0304.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0304 nan Female Sputum nan 79.0 nan +BAR0304.sputum.m06 CGTCGCAGCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6476031752993 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0304.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 151.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0304.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-09-13 nan nan BAR0304.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0304 nan Female Sputum nan 79.0 nan +BAR0304.sputum.m18 AGCGATTCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6476031752993 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0304.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 151.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0304.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-09-03 nan nan BAR0304.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0304 nan Female Sputum nan 79.0 nan +BAR0304.contact.stool.no.tb CGCGTCAAACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6476031752993 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0304.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 151.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0304.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-14 nan nan BAR0304.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0304 nan Female Stool nan 79.0 nan +BAR0304.stool.m06 ACAGTTGTACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6476031752993 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0304.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 151.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0304.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.stool.m06 nan nan nan nan 2017-09-13 nan nan BAR0304.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0304 nan Female Stool nan 79.0 nan +BAR0304.stool.m18 ACTGGCAAACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6476031752993 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0188 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0304.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 151.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0304.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0304.stool.m18 nan nan nan nan 2018-09-03 nan nan BAR0304.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0304 nan Female Stool nan 79.0 nan +BAR0305.contact.sputum.tb CTAGCAGTATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 23.0 18.9164370982553 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0233 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 102.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 4.0 100 >60 3.0 3.0 36.2 0.0 0.0 362.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0305.contact.sputum.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 45.0 BAR0305.contact.sputum.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0305.contact.sputum.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0305.contact.sputum.tb nan nan nan nan 2017-03-27 nan nan BAR0305.contact.sputum.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0305 nan Male Sputum nan 51.5 nan +BAR0305.contact.stool.tb ACATGTCACGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 23.0 18.9164370982553 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0233 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 102.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 4.0 100 >60 3.0 3.0 36.2 0.0 0.0 362.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0305.contact.stool.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 45.0 BAR0305.contact.stool.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0305.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0305.contact.stool.tb nan nan nan nan 2017-03-27 nan nan BAR0305.contact.stool.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0305 nan Male Stool nan 51.5 nan +BAR0306.contact.sputum.no.tb CCACTTGAGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 17.6326530612245 0.0 1.0 36.2 normal 0.0 BAR0233 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 88.0 normal nan 0.0 nan nan 0.0 1.0 2 4.0 100 >60 0.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0306.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 19.0 BAR0306.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0306.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0306.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-27 nan nan BAR0306.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0306 nan Male Sputum nan 54.0 nan +BAR0306.contact.stool.no.tb CAAACTGCGTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 17.6326530612245 0.0 1.0 36.2 normal 0.0 BAR0233 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 88.0 normal nan 0.0 nan nan 0.0 1.0 2 4.0 100 >60 0.0 0.0 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0306.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 19.0 BAR0306.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0306.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0306.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-27 nan nan BAR0306.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0306 nan Male Stool nan 54.0 nan +BAR0307.contact.sputum.no.tb GTCAAGACCTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.9470343185876 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan nan no 0.0 Black nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0307.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0307.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-28 nan nan BAR0307.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0307 nan Female Sputum nan 74.5 nan +BAR0307.sputum.m06 CGTGAGGACCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.9470343185876 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan nan no 0.0 Black nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0307.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0307.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-17 nan nan BAR0307.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0307 nan Female Sputum nan 74.5 nan +BAR0307.sputum.m18 AGAGACGCGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.9470343185876 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan nan no 0.0 Black nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 19.0 m18 BAR0307.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0307.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-29 nan nan BAR0307.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0307 nan Female Sputum nan 74.5 nan +BAR0307.contact.stool.no.tb GTGTATCGCCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.9470343185876 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan nan no 0.0 Black nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0307.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0307.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-28 nan nan BAR0307.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0307 nan Female Stool nan 74.5 nan +BAR0307.stool.m06 GCATTCGGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.9470343185876 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan nan no 0.0 Black nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0307.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0307.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.stool.m06 nan nan nan nan 2017-10-17 nan nan BAR0307.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0307 nan Female Stool nan 74.5 nan +BAR0307.stool.m18 ATAGGAATAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.9470343185876 0.0 0.0 35.0 normal nan BAR0236 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan nan no 0.0 Black nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 19.0 m18 BAR0307.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0307.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0307.stool.m18 nan nan nan nan 2018-10-29 nan nan BAR0307.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0307 nan Female Stool nan 74.5 nan +BAR0308.contact.sputum.no.tb CCTGGAATTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 high nan harmful 18.0 17.1875 0.0 1.0 36.2 normal 0.0 BAR0236 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 72.0 normal nan 0.0 nan nan 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 Black 3.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0308.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 BAR0308.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-28 nan nan BAR0308.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0308 nan Male Sputum nan 44.0 nan +BAR0308.sputum.m06 GGACCTGGATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 high nan harmful 18.0 17.1875 0.0 1.0 36.2 normal 0.0 BAR0236 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 72.0 normal nan 0.0 nan nan 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 Black 3.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 3.0 m06 BAR0308.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 BAR0308.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-07-05 nan nan BAR0308.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0308 nan Male Sputum nan 44.0 nan +BAR0308.sputum.m18 TGCTACAGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 high nan harmful 18.0 17.1875 0.0 1.0 36.2 normal 0.0 BAR0236 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 72.0 normal nan 0.0 nan nan 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 Black 3.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 19.0 m18 BAR0308.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 BAR0308.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-29 nan nan BAR0308.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0308 nan Male Sputum nan 44.0 nan +BAR0308.contact.stool.no.tb CTTGCATACCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 high nan harmful 18.0 17.1875 0.0 1.0 36.2 normal 0.0 BAR0236 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 72.0 normal nan 0.0 nan nan 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 Black 3.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0308.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 BAR0308.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-28 nan nan BAR0308.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0308 nan Male Stool nan 44.0 nan +BAR0308.stool.m06 ACCAGTGACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 high nan harmful 18.0 17.1875 0.0 1.0 36.2 normal 0.0 BAR0236 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 72.0 normal nan 0.0 nan nan 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 Black 3.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 3.0 m06 BAR0308.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 BAR0308.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.stool.m06 nan nan nan nan 2017-07-05 nan nan BAR0308.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0308 nan Male Stool nan 44.0 nan +BAR0308.stool.m18 CACAACCACAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 high nan harmful 18.0 17.1875 0.0 1.0 36.2 normal 0.0 BAR0236 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 0.0 72.0 normal nan 0.0 nan nan 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 Black 3.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 19.0 m18 BAR0308.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 BAR0308.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0308.stool.m18 nan nan nan nan 2018-10-29 nan nan BAR0308.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0308 nan Male Stool nan 44.0 nan +BAR0309.contact.sputum.no.tb GCAAGTGTGAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 35.2507610959782 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 4.0 100 >60 2.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0309.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 BAR0309.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-29 nan nan BAR0309.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0309 nan Female Sputum nan 88.0 nan +BAR0309.sputum.m06 GATCCCACGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 35.2507610959782 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 4.0 100 >60 2.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0309.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 BAR0309.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-17 nan nan BAR0309.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0309 nan Female Sputum nan 88.0 nan +BAR0309.sputum.m18 AACAGTAAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 35.2507610959782 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 4.0 100 >60 2.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0309.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 BAR0309.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-24 nan nan BAR0309.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0309 nan Female Sputum nan 88.0 nan +BAR0309.contact.stool.no.tb CGGATTGCTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 35.2507610959782 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 4.0 100 >60 2.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0309.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 BAR0309.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-29 nan nan BAR0309.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0309 nan Female Stool nan 88.0 nan +BAR0309.stool.m06 GCCTACTCTCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 35.2507610959782 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 4.0 100 >60 2.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0309.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 BAR0309.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0309.stool.m06 nan nan nan nan 2017-10-17 nan nan BAR0309.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0309 nan Female Stool nan 88.0 nan +BAR0310.contact.sputum.no.tb CGGCACTATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0310.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0310.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-03-29 nan nan BAR0310.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0310 nan Female Sputum nan 68.0 nan +BAR0310.sputum.m06 CGCTAGGATGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0310.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0310.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-13 nan nan BAR0310.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0310 nan Female Sputum nan 68.0 nan +BAR0310.sputum.m18 CTACTTACATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0310.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0310.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-25 nan nan BAR0310.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0310 nan Female Sputum nan 68.0 nan +BAR0310.contact.stool.no.tb TCGTTTCTTCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0310.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0310.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-03-29 nan nan BAR0310.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0310 nan Female Stool nan 68.0 nan +BAR0310.stool.m06 CTCCGAACAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.6 normal 0.0 BAR0044 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0310.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0310.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0310.stool.m06 nan nan nan nan 2017-10-13 nan nan BAR0310.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0310 nan Female Stool nan 68.0 nan +BAR0313.contact.sputum.no.tb GTTAATGGCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 20.1950922115531 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0013 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 80 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0313.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 62.0 BAR0313.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0313.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0313.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-04-11 nan nan BAR0313.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0313 nan Female Sputum nan 53.0 nan +BAR0313.sputum.m06 ACCACCGTAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 20.1950922115531 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0013 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 80 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0313.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 62.0 BAR0313.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0313.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0313.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-31 nan nan BAR0313.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0313 nan Female Sputum nan 53.0 nan +BAR0313.sputum.m18 CGGTTGGCGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 20.1950922115531 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0013 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 80 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0313.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 62.0 BAR0313.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0313.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0313.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-22 nan nan BAR0313.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0313 nan Female Sputum nan 53.0 nan +BAR0314.contact.sputum.no.tb GCACTTCATTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 24.2222222222222 0.0 0.0 36.2 normal 1.0 BAR0224 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0314.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0314.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-04-11 nan nan BAR0314.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0314 nan Female Sputum nan 54.5 nan +BAR0314.sputum.m06 CCACCGGGCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 24.2222222222222 0.0 0.0 36.2 normal 1.0 BAR0224 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0314.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0314.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-17 nan nan BAR0314.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0314 nan Female Sputum nan 54.5 nan +BAR0314.sputum.m18 TATGTGCCGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 24.2222222222222 0.0 0.0 36.2 normal 1.0 BAR0224 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0314.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0314.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-26 nan nan BAR0314.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0314 nan Female Sputum nan 54.5 nan +BAR0314.contact.stool.no.tb TTAGACTCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 24.2222222222222 0.0 0.0 36.2 normal 1.0 BAR0224 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0314.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0314.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-04-11 nan nan BAR0314.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0314 nan Female Stool nan 54.5 nan +BAR0314.stool.m06 GAATATACCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 24.2222222222222 0.0 0.0 36.2 normal 1.0 BAR0224 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0314.stool.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0314.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0314.stool.m06 nan nan nan nan 2017-10-17 nan nan BAR0314.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0314 nan Female Stool nan 54.5 nan +BAR0315.contact.sputum.no.tb TTGTTACGTTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 23.0111768573307 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0013 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 62.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 1.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0315.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 BAR0315.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0315.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0315.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-04-12 nan nan BAR0315.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0315 nan Male Sputum nan 56.0 nan +BAR0316.contact.sputum.no.tb TGAGACCCTACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 37.7379535990482 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 61.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0316.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0316.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0316.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0316.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-04-13 nan nan BAR0316.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0316 nan Female Sputum nan 101.5 nan +BAR0316.sputum.m06 AGGTGAGTTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 37.7379535990482 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 61.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0316.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0316.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0316.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0316.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-16 nan nan BAR0316.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0316 nan Female Sputum nan 101.5 nan +BAR0316.contact.stool.no.tb GTGCACGATAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 37.7379535990482 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 61.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0316.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0316.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0316.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0316.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-04-13 nan nan BAR0316.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0316 nan Female Stool nan 101.5 nan +BAR0316.stool.m06 ACCAGAAATGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 37.7379535990482 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 61.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0316.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0316.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0316.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0316.stool.m06 nan nan nan nan 2017-10-16 nan nan BAR0316.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0316 nan Female Stool nan 101.5 nan +BAR0317.contact.sputum.no.tb CTCGGTCAACCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.0784616008763 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0317.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 BAR0317.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-04-18 nan nan BAR0317.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0317 nan Female Sputum nan 84.0 nan +BAR0317.sputum.m06 CCGCCAGCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.0784616008763 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0317.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 BAR0317.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-10-17 nan nan BAR0317.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0317 nan Female Sputum nan 84.0 nan +BAR0317.sputum.m18 AGCGGTAGCGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.0784616008763 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0317.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 BAR0317.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-23 nan nan BAR0317.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0317 nan Female Sputum nan 84.0 nan +BAR0317.contact.stool.no.tb GGTACTGTACCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.0784616008763 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0317.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 BAR0317.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-04-18 nan nan BAR0317.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0317 nan Female Stool nan 84.0 nan +BAR0317.stool.m06 AACACCATCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.0784616008763 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0317.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 BAR0317.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.stool.m06 nan nan nan nan 2017-10-17 nan nan BAR0317.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0317 nan Female Stool nan 84.0 nan +BAR0317.stool.m18 TTGCACCGTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.0784616008763 0.0 0.0 36.2 normal nan BAR0225 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0317.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 BAR0317.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0317.stool.m18 nan nan nan nan 2018-10-23 nan nan BAR0317.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0317 nan Female Stool nan 84.0 nan +BAR0318.contact.sputum.no.tb AGGTGGTGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 29.0532879818594 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0179 no 0.0 bar 2.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 Black 1.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0318.contact.sputum.no.tb 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0318.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0318.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0318.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-04-19 nan nan BAR0318.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0318 nan Male Sputum nan 82.0 nan +BAR0318.contact.stool.no.tb AGTACCTAAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 29.0532879818594 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0179 no 0.0 bar 2.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 Black 1.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0318.contact.stool.no.tb 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0318.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0318.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0318.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-04-19 nan nan BAR0318.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0318 nan Male Stool nan 82.0 nan +BAR0319.contact.sputum.no.tb TATAGGCTCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0239 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0319.contact.sputum.no.tb 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0319.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-04-24 nan nan BAR0319.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0319 nan Male Sputum nan 65.0 nan +BAR0319.sputum.m06 CGCACGTACCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0239 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0319.sputum.m06 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0319.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-11-21 nan nan BAR0319.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0319 nan Male Sputum nan 65.0 nan +BAR0319.sputum.m18 CCTCCGTCATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0239 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0319.sputum.m18 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0319.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-10-24 nan nan BAR0319.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0319 nan Male Sputum nan 65.0 nan +BAR0319.contact.stool.no.tb GTCTCTGAAAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0239 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0319.contact.stool.no.tb 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0319.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-04-24 nan nan BAR0319.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0319 nan Male Stool nan 65.0 nan +BAR0319.stool.m06 TCTACATACATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0239 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0319.stool.m06 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0319.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.stool.m06 nan nan nan nan 2017-11-21 nan nan BAR0319.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0319 nan Male Stool nan 65.0 nan +BAR0319.stool.m18 ATTTACAATTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 22.4913494809689 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0239 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal nan 0.0 nan nan 3.0 nan 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0319.stool.m18 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0319.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0319.stool.m18 nan nan nan nan 2018-10-24 nan nan BAR0319.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0319 nan Male Stool nan 65.0 nan +BAR0320.contact.sputum.no.tb GAATATACCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.9003191222346 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0239 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 108.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0320.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0320.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0320.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0320.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-04-25 nan nan BAR0320.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0320 nan Female Sputum nan 55.5 nan +BAR0320.sputum.m06 AGGAAGTAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.9003191222346 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0239 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 108.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0320.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0320.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0320.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0320.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-11-01 nan nan BAR0320.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0320 nan Female Sputum nan 55.5 nan +BAR0320.contact.stool.no.tb ATAAGGTCGCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.9003191222346 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0239 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 108.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0320.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0320.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0320.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0320.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-04-25 nan nan BAR0320.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0320 nan Female Stool nan 55.5 nan +BAR0320.stool.m06 TGGCGCACGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.9003191222346 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0239 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 108.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0320.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 BAR0320.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0320.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0320.stool.m06 nan nan nan nan 2017-11-01 nan nan BAR0320.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0320 nan Female Stool nan 55.5 nan +BAR0331.contact.sputum.no.tb AATGTCACCAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 15.3196901375882 1.0 1.0 35.0 normal 0.0 BAR0229 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0331.contact.sputum.no.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 186.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0331.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0331.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0331.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-05-19 nan nan BAR0331.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0331 nan Male Sputum nan 53.0 nan +BAR0331.sputum.m06 CGATTCCTTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 15.3196901375882 1.0 1.0 35.0 normal 0.0 BAR0229 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0331.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 186.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0331.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0331.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0331.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-11-22 nan nan BAR0331.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0331 nan Male Sputum nan 53.0 nan +BAR0331.contact.stool.no.tb TGAATCGAAGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 15.3196901375882 1.0 1.0 35.0 normal 0.0 BAR0229 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0331.contact.stool.no.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 186.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0331.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0331.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0331.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-05-19 nan nan BAR0331.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0331 nan Male Stool nan 53.0 nan +BAR0331.stool.m06 ACTGCCCGATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 15.3196901375882 1.0 1.0 35.0 normal 0.0 BAR0229 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0331.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 186.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0331.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0331.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0331.stool.m06 nan nan nan nan 2017-11-22 nan nan BAR0331.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0331 nan Male Stool nan 53.0 nan +BAR0341.contact.sputum.no.tb GACAGAGGTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.9981634527089 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0250 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0341.contact.sputum.no.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 27.0 BAR0341.contact.sputum.no.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0341.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0341.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan 2017-06-08 nan nan BAR0341.contact.sputum.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0341 nan Female Sputum nan 49.0 nan +BAR0341.sputum.m06 AATCCGGTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.9981634527089 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0250 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 9.0 m06 BAR0341.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 27.0 BAR0341.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0341.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0341.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-13 nan nan BAR0341.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0341 nan Female Sputum nan 49.0 nan +BAR0341.contact.stool.no.tb GTTAATGGCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.9981634527089 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0250 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0341.contact.stool.no.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 27.0 BAR0341.contact.stool.no.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0341.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0341.contact.stool.no.tb nan nan nan nan 2017-06-08 nan nan BAR0341.contact.stool.no.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0341 nan Female Stool nan 49.0 nan +BAR0341.stool.m06 TCTGGCTACGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.9981634527089 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0250 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 9.0 m06 BAR0341.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 27.0 BAR0341.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0341.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0341.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-13 nan nan BAR0341.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0341 nan Female Stool nan 49.0 nan +BAR0342.contact.sputum.unkn.tb GAGTCTTGGTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 21.6311488543503 0.0 0.0 35.9 normal 3.0 BAR0250 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 75.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0342.contact.sputum.unkn.tb 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0342.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-13 nan nan BAR0342.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0342 nan Female Sputum nan 54.0 nan +BAR0342.sputum.m06 ATACCGTCTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 21.6311488543503 0.0 0.0 35.9 normal 3.0 BAR0250 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 75.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0342.sputum.m06 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0342.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.sputum.m06 nan nan nan nan 2017-12-04 nan nan BAR0342.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0342 nan Female Sputum nan 54.0 nan +BAR0342.sputum.m18 AGATGTCCGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 21.6311488543503 0.0 0.0 35.9 normal 3.0 BAR0250 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 75.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0342.sputum.m18 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0342.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.sputum.m18 nan nan nan nan 2018-12-06 nan nan BAR0342.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0342 nan Female Sputum nan 54.0 nan +BAR0342.contact.stool.unkn.tb GCACTTCATTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 21.6311488543503 0.0 0.0 35.9 normal 3.0 BAR0250 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 75.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0342.contact.stool.unkn.tb 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0342.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-13 nan nan BAR0342.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0342 nan Female Stool nan 54.0 nan +BAR0342.stool.m06 ATAGTTAGGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 21.6311488543503 0.0 0.0 35.9 normal 3.0 BAR0250 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 75.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0342.stool.m06 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0342.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.stool.m06 nan nan nan nan 2017-12-04 nan nan BAR0342.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0342 nan Female Stool nan 54.0 nan +BAR0342.stool.m18 GTCACGGACATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 21.6311488543503 0.0 0.0 35.9 normal 3.0 BAR0250 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 3.0 0.0 75.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0342.stool.m18 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0342.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0342.stool.m18 nan nan nan nan 2018-12-06 nan nan BAR0342.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0342 nan Female Stool nan 54.0 nan +BAR0343.contact.sputum.unkn.tb TCTAACGAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.0711684319556 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0260 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0343.contact.sputum.unkn.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0343.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0343.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0343.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-13 nan nan BAR0343.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0343 nan Female Sputum nan 90.0 nan +BAR0343.sputum.m06 AACGATCATAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.0711684319556 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0260 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0343.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0343.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0343.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0343.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0343.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0343 nan Female Sputum nan 90.0 nan +BAR0343.contact.stool.unkn.tb TTGTTACGTTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.0711684319556 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0260 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0343.contact.stool.unkn.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0343.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0343.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0343.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-13 nan nan BAR0343.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0343 nan Female Stool nan 90.0 nan +BAR0343.stool.m06 GAATCTGACAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.0711684319556 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0260 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0343.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 BAR0343.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0343.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0343.stool.m06 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0343.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0343 nan Female Stool nan 90.0 nan +BAR0344.sputum.baseline TCATCTTGATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 25.5428316478287 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0256 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0344.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0344.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0344.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0344.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-06-19 nan nan BAR0344.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0344 nan Female Sputum nan 68.7 nan +BAR0344.stool.baseline CTCATCATGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 25.5428316478287 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0256 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0344.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 BAR0344.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0344.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0344.stool.baseline nan nan nan nan 2017-06-19 nan nan BAR0344.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0344 nan Female Stool nan 68.7 nan +BAR0345.contact.sputum.unkn.tb TTATGTACGGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0256 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0345.contact.sputum.unkn.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0345.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0345.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0345.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-19 nan nan BAR0345.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0345 nan Female Sputum nan 50.5 nan +BAR0345.contact.stool.unkn.tb CTCGGTCAACCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.6814537306117 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0256 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 0.0 no 0.0 Black nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0345.contact.stool.unkn.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0345.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0345.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0345.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-19 nan nan BAR0345.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0345 nan Female Stool nan 50.5 nan +BAR0346.contact.sputum.unkn.tb AATCTTGCGCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.8116545265349 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0268 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0346.contact.sputum.unkn.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0346.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0346.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0346.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-20 nan nan BAR0346.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0346 nan Female Sputum nan 50.0 nan +BAR0346.sputum.m06 GTCAGTATGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.8116545265349 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0268 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0346.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0346.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0346.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0346.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-01-16 nan nan BAR0346.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0346 nan Female Sputum nan 50.0 nan +BAR0346.contact.stool.unkn.tb AGGTGGTGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.8116545265349 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0268 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0346.contact.stool.unkn.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0346.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0346.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0346.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-20 nan nan BAR0346.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0346 nan Female Stool nan 50.0 nan +BAR0346.stool.m06 TTATCCAGTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.8116545265349 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0268 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0346.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 28.0 BAR0346.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0346.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0346.stool.m06 nan nan nan nan 2018-01-16 nan nan BAR0346.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0346 nan Female Stool nan 50.0 nan +BAR0351.contact.sputum.unkn.tb CATCTGGGCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.2908093278464 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0260 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 62.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0351.contact.sputum.unkn.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0351.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0351.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0351.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-23 nan nan BAR0351.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0351 nan Female Sputum nan 58.5 nan +BAR0351.sputum.m06 GTCCTCGCGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.2908093278464 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0260 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 62.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0351.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0351.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0351.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0351.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-01-16 nan nan BAR0351.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0351 nan Female Sputum nan 58.5 nan +BAR0351.contact.stool.unkn.tb CAGTTCGAGATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.2908093278464 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0260 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 62.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0351.contact.stool.unkn.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0351.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0351.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0351.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-23 nan nan BAR0351.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0351 nan Female Stool nan 58.5 nan +BAR0351.stool.m06 GAGTCTTGGTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.2908093278464 0.0 0.0 36.5 normal nan BAR0260 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 62.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0351.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 BAR0351.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0351.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0351.stool.m06 nan nan nan nan 2018-01-16 nan nan BAR0351.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0351 nan Female Stool nan 58.5 nan +BAR0352.contact.sputum.unkn.tb ATCGATCCACAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 2.0 nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9183673469388 0.0 0.0 35.5 normal nan BAR0268 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 nan nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0352.contact.sputum.unkn.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 BAR0352.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0352.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0352.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-23 nan nan BAR0352.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0352 nan Female Sputum nan 61.0 nan +BAR0352.sputum.m06 CGTTCGCTAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 2.0 nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9183673469388 0.0 0.0 35.5 normal nan BAR0268 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 nan nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0352.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 BAR0352.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0352.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0352.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0352.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0352 nan Female Sputum nan 61.0 nan +BAR0352.contact.stool.unkn.tb AAGTATCCTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 2.0 nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9183673469388 0.0 0.0 35.5 normal nan BAR0268 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 nan nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0352.contact.stool.unkn.tb nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 BAR0352.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0352.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0352.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-23 nan nan BAR0352.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0352 nan Female Stool nan 61.0 nan +BAR0352.stool.m06 CATTTACATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 2.0 nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9183673469388 0.0 0.0 35.5 normal nan BAR0268 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 100.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 nan nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0352.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 BAR0352.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0352.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0352.stool.m06 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0352.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0352 nan Female Stool nan 61.0 nan +BAR0353.contact.sputum.unkn.tb TTGGACGTCCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.1821019771072 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0353.contact.sputum.unkn.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0353.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-26 nan nan BAR0353.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0353 nan Female Sputum nan 60.5 nan +BAR0353.sputum.m06 TGCCTGCTCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.1821019771072 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0353.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0353.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0353.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0353 nan Female Sputum nan 60.5 nan +BAR0353.sputum.m18 TAGCAGTTGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.1821019771072 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0353.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0353.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-01-16 nan nan BAR0353.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0353 nan Female Sputum nan 60.5 nan +BAR0353.contact.stool.unkn.tb ACCCTATTGCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.1821019771072 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0353.contact.stool.unkn.tb nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0353.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-26 nan nan BAR0353.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0353 nan Female Stool nan 60.5 nan +BAR0353.stool.m06 TTCTTAACGCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.1821019771072 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0353.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0353.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.stool.m06 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0353.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0353 nan Female Stool nan 60.5 nan +BAR0353.stool.m18 ACAGTTGTACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.1821019771072 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 99.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0353.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0353.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0353.stool.m18 nan nan nan nan 2019-01-16 nan nan BAR0353.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0353 nan Female Stool nan 60.5 nan +BAR0354.contact.sputum.unkn.tb GGAAATCCCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.0461464508893 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0354.contact.sputum.unkn.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0354.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-27 nan nan BAR0354.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0354 nan Female Sputum nan 80.0 nan +BAR0354.sputum.m06 TCTTACCCATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.0461464508893 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0354.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0354.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0354.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0354 nan Female Sputum nan 80.0 nan +BAR0354.sputum.m18 TTGAACAAGCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.0461464508893 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0354.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0354.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-01-22 nan nan BAR0354.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0354 nan Female Sputum nan 80.0 nan +BAR0354.contact.stool.unkn.tb ATTCCCAGAACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.0461464508893 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0354.contact.stool.unkn.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0354.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-06-27 nan nan BAR0354.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0354 nan Female Stool nan 80.0 nan +BAR0354.stool.m06 AGTAGTTTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.0461464508893 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0354.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0354.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.stool.m06 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0354.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0354 nan Female Stool nan 80.0 nan +BAR0354.stool.m18 ACTGGCAAACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.0461464508893 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0271 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 80.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0354.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 BAR0354.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0354.stool.m18 nan nan nan nan 2019-01-22 nan nan BAR0354.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0354 nan Female Stool nan 80.0 nan +BAR0370.contact.sputum.unkn.tb TTGGAACGGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.8015873015873 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0275 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 88.0 normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0370.contact.sputum.unkn.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0370.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0370.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0370.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-07-04 nan nan BAR0370.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0370 nan Female Sputum nan 70.0 nan +BAR0370.sputum.m06 ATGTTAGGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.8015873015873 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0275 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 88.0 normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 7.0 m06 BAR0370.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0370.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0370.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0370.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-02-09 nan nan BAR0370.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0370 nan Female Sputum nan 70.0 nan +BAR0370.contact.stool.unkn.tb AGAATAGCGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.8015873015873 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0275 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 88.0 normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0370.contact.stool.unkn.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0370.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0370.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0370.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-07-04 nan nan BAR0370.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0370 nan Female Stool nan 70.0 nan +BAR0370.stool.m06 GACCCGTTTCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.8015873015873 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0275 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 88.0 normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 7.0 m06 BAR0370.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0370.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0370.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0370.stool.m06 nan nan nan nan 2018-02-09 nan nan BAR0370.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0370 nan Female Stool nan 70.0 nan +BAR0371.contact.sputum.unkn.tb TAAACGCGACTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 38.4168388429752 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0275 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 96.0 normal 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0371.contact.sputum.unkn.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 BAR0371.contact.sputum.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0371.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0371.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan 2017-07-04 nan nan BAR0371.contact.sputum.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0371 nan Female Sputum nan 119.0 nan +BAR0371.sputum.m06 AAGTGGCTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 38.4168388429752 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0275 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 96.0 normal 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0371.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 BAR0371.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0371.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0371.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-02-09 nan nan BAR0371.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0371 nan Female Sputum nan 119.0 nan +BAR0371.contact.stool.unkn.tb GCACTATACGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 38.4168388429752 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0275 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 96.0 normal 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0371.contact.stool.unkn.tb nan baseline 0.0 2.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 BAR0371.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_66 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0371.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0371.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-07-04 nan nan BAR0371.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0371 nan Female Stool nan 119.0 nan +BAR0371.stool.m06 ATTGCCTTGATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 38.4168388429752 0.0 0.0 35.8 normal 0.0 BAR0275 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 96.0 normal 98.0 0.0 nan nan 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 2.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0371.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 BAR0371.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0371.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0371.stool.m06 nan nan nan nan 2018-02-09 nan nan BAR0371.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0371 nan Female Stool nan 119.0 nan +BAR0412.sputum.m06 GTCGTTACCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 22.1875 0.0 0.0 36.5 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 94.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0412.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0412.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-06 nan nan BAR0412.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0412 nan Female Sputum nan 56.8 nan +BAR0412.sputum.m18 AACTCAATAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 22.1875 0.0 0.0 36.5 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 94.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0412.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0412.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-02-26 nan nan BAR0412.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0412 nan Female Sputum nan 56.8 nan +BAR0412.contact.stool.unkn.tb TCCTCACTATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 22.1875 0.0 0.0 36.5 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 94.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0412.contact.stool.unkn.tb 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0412.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-07-28 nan nan BAR0412.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0412 nan Female Stool nan 56.8 nan +BAR0412.stool.m06 TTAGGATTCTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 22.1875 0.0 0.0 36.5 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 94.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0412.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0412.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-06 nan nan BAR0412.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0412 nan Female Stool nan 56.8 nan +BAR0412.stool.m18 GCATTCGGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 22.1875 0.0 0.0 36.5 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 94.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0412.stool.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 BAR0412.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0412.stool.m18 nan nan nan nan 2019-02-26 nan nan BAR0412.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0412 nan Female Stool nan 56.8 nan +BAR0413.sputum.m06 AGTATATGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 13.0 15.5975474201298 1.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 2.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 2.0 100 >60 2.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 7.0 m06 BAR0413.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0413.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-06 nan nan BAR0413.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0413 nan Male Sputum nan 43.5 nan +BAR0413.sputum.m18 ACCTCAGTCAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 13.0 15.5975474201298 1.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 2.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 2.0 100 >60 2.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 BAR0413.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0413.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-02-26 nan nan BAR0413.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0413 nan Male Sputum nan 43.5 nan +BAR0413.contact.stool.unkn.tb TTCACCTGTATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 13.0 15.5975474201298 1.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 2.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 2.0 100 >60 2.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0413.contact.stool.unkn.tb 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0413.contact.stool.unkn.tb nan nan Clemente_MSQ_68 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan 2017-07-28 nan nan BAR0413.contact.stool.unkn.tb nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0413 nan Male Stool nan 43.5 nan +BAR0413.stool.m06 GTTTATCTTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 13.0 15.5975474201298 1.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 2.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 2.0 100 >60 2.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 7.0 m06 BAR0413.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0413.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-06 nan nan BAR0413.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0413 nan Male Stool nan 43.5 nan +BAR0413.stool.m18 ACCAGTGACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 13.0 15.5975474201298 1.0 1.0 36.6 normal 0.0 BAR0277 no 0.0 bar 2.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 2.0 100 >60 2.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 BAR0413.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 BAR0413.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0413.stool.m18 nan nan nan nan 2019-02-26 nan nan BAR0413.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0413 nan Male Stool nan 43.5 nan +BAR0418.sputum.baseline GGCTCGTCGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 7.0 18.4804145709495 0.0 0.0 35.6 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 88.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0418.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 BAR0418.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-08-11 nan nan BAR0418.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0418 nan Female Sputum nan 48.5 nan +BAR0418.sputum.m06 GACATCTGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 7.0 18.4804145709495 0.0 0.0 35.6 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 88.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 BAR0418.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 BAR0418.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-02-08 nan nan BAR0418.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0418 nan Female Sputum nan 48.5 nan +BAR0418.sputum.m18 TGACAGAATCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 7.0 18.4804145709495 0.0 0.0 35.6 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 88.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0418.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 BAR0418.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-02-20 nan nan BAR0418.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0418 nan Female Sputum nan 48.5 nan +BAR0418.stool.baseline CAGTCTAGTACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 7.0 18.4804145709495 0.0 0.0 35.6 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 88.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0418.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 BAR0418.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.stool.baseline nan nan nan nan 2017-08-11 nan nan BAR0418.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0418 nan Female Stool nan 48.5 nan +BAR0418.stool.m06 GTGGGACTGCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 7.0 18.4804145709495 0.0 0.0 35.6 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 88.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 BAR0418.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 BAR0418.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.stool.m06 nan nan nan nan 2018-02-08 nan nan BAR0418.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0418 nan Female Stool nan 48.5 nan +BAR0418.stool.m18 GCCTACTCTCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 7.0 18.4804145709495 0.0 0.0 35.6 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 88.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 2.0 1.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0418.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 BAR0418.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0418.stool.m18 nan nan nan nan 2019-02-20 nan nan BAR0418.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0418 nan Female Stool nan 48.5 nan +BAR0419.sputum.baseline AATTTCCTAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 22.65625 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 92.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0419.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0419.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0419.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0419.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-08-11 nan nan BAR0419.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0419 nan Female Sputum nan 58.0 nan +BAR0419.sputum.m06 ATAAACGGACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 22.65625 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 92.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0419.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0419.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0419.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0419.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-05 nan nan BAR0419.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0419 nan Female Sputum nan 58.0 nan +BAR0419.stool.baseline CTCCCGAGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 22.65625 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 92.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0419.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0419.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0419.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0419.stool.baseline nan nan nan nan 2017-08-11 nan nan BAR0419.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0419 nan Female Stool nan 58.0 nan +BAR0419.stool.m06 CAGATCCCAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 22.65625 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0079 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 92.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0419.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0419.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0419.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0419.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-05 nan nan BAR0419.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0419 nan Female Stool nan 58.0 nan +BAR0420.sputum.baseline GCTAGTTATGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9274376417234 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan nan 198.0 0.0 baseline BAR0420.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0420.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-08-15 nan nan BAR0420.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0420 nan Female Sputum nan 76.0 nan +BAR0420.sputum.m06 ACTAGTTGGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9274376417234 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan nan 198.0 5.0 m06 BAR0420.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0420.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-02-13 nan nan BAR0420.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0420 nan Female Sputum nan 76.0 nan +BAR0420.sputum.m18 TAGGACGGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9274376417234 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB nan nan nan 198.0 17.0 m18 BAR0420.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0420.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-02-14 nan nan BAR0420.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0420 nan Female Sputum nan 76.0 nan +BAR0420.stool.baseline TGACTGCGTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9274376417234 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan nan 198.0 0.0 baseline BAR0420.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0420.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.stool.baseline nan nan nan nan 2017-08-15 nan nan BAR0420.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0420 nan Female Stool nan 76.0 nan +BAR0420.stool.m06 GAGCCCAAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9274376417234 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan nan 198.0 5.0 m06 BAR0420.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0420.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.stool.m06 nan nan nan nan 2018-02-13 nan nan BAR0420.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0420 nan Female Stool nan 76.0 nan +BAR0420.stool.m18 CTCCGAACAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9274376417234 0.0 0.0 35.6 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB nan nan nan 198.0 17.0 m18 BAR0420.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0420.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0420.stool.m18 nan nan nan nan 2019-02-14 nan nan BAR0420.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0420 nan Female Stool nan 76.0 nan +BAR0421.sputum.baseline CGCAAGCCCGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.186496133254 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan 198.0 0.0 baseline BAR0421.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0421.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-08-16 nan nan BAR0421.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0421 nan Male Sputum nan 78.5 nan +BAR0421.sputum.m06 AGAGCGGAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.186496133254 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan 198.0 5.0 m06 BAR0421.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0421.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-02-13 nan nan BAR0421.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0421 nan Male Sputum nan 78.5 nan +BAR0421.sputum.m18 GTTTGGCCACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.186496133254 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan nan 198.0 17.0 m18 BAR0421.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0421.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-02-14 nan nan BAR0421.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0421 nan Male Sputum nan 78.5 nan +BAR0421.stool.baseline CAACGAACCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.186496133254 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan 198.0 0.0 baseline BAR0421.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0421.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.stool.baseline nan nan nan nan 2017-08-16 nan nan BAR0421.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0421 nan Male Stool nan 78.5 nan +BAR0421.stool.m06 GTTCGCCGCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.186496133254 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan 198.0 5.0 m06 BAR0421.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0421.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.stool.m06 nan nan nan nan 2018-02-13 nan nan BAR0421.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0421 nan Male Stool nan 78.5 nan +BAR0421.stool.m18 CCACTGCCCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.186496133254 0.0 0.0 35.7 normal nan BAR0281 nan 99.0 bar nan 99.0 nan nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan nan 198.0 17.0 m18 BAR0421.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0421.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0421.stool.m18 nan nan nan nan 2019-02-14 nan nan BAR0421.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0421 nan Male Stool nan 78.5 nan +BAR0422.sputum.baseline ACATGGGCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 15.4406358320787 1.0 1.0 35.9 normal 2.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 2.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0422.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 51.0 BAR0422.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-08-21 nan nan BAR0422.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0422 nan Female Sputum nan 44.1 nan +BAR0422.sputum.m06 CTGCGGATATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 15.4406358320787 1.0 1.0 35.9 normal 2.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 2.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 BAR0422.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 51.0 BAR0422.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-02-22 nan nan BAR0422.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0422 nan Female Sputum nan 44.1 nan +BAR0422.sputum.m18 TATATAGTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 15.4406358320787 1.0 1.0 35.9 normal 2.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 2.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0422.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 51.0 BAR0422.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-02-15 nan nan BAR0422.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0422 nan Female Sputum nan 44.1 nan +BAR0422.stool.baseline GTTCGAGTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 15.4406358320787 1.0 1.0 35.9 normal 2.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 2.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0422.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 51.0 BAR0422.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.stool.baseline nan nan nan nan 2017-08-21 nan nan BAR0422.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0422 nan Female Stool nan 44.1 nan +BAR0422.stool.m06 CGGCCTAAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 15.4406358320787 1.0 1.0 35.9 normal 2.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 2.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 BAR0422.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 51.0 BAR0422.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.stool.m06 nan nan nan nan 2018-02-22 nan nan BAR0422.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0422 nan Female Stool nan 44.1 nan +BAR0422.stool.m18 GAATATACCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 15.4406358320787 1.0 1.0 35.9 normal 2.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 80.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 2.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0422.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 51.0 BAR0422.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0422.stool.m18 nan nan nan nan 2019-02-15 nan nan BAR0422.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0422 nan Female Stool nan 44.1 nan +BAR0423.sputum.baseline GTGAGGGCAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 16.0049245921822 0.0 1.0 36.8 normal 0.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0423.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0423.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0423.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0423.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-08-21 nan nan BAR0423.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0423 nan Male Sputum nan 46.8 nan +BAR0423.sputum.m18 CATAAGGGAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 16.0049245921822 0.0 1.0 36.8 normal 0.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0423.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0423.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0423.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0423.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-02-13 nan nan BAR0423.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0423 nan Male Sputum nan 46.8 nan +BAR0423.stool.baseline ACCAGAAATGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 16.0049245921822 0.0 1.0 36.8 normal 0.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0423.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0423.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0423.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0423.stool.baseline nan nan nan nan 2017-08-21 nan nan BAR0423.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0423 nan Male Stool nan 46.8 nan +BAR0423.stool.m18 AACACCATCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 16.0049245921822 0.0 1.0 36.8 normal 0.0 BAR0269 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0423.stool.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0423.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0423.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0423.stool.m18 nan nan nan nan 2019-02-13 nan nan BAR0423.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0423 nan Male Stool nan 46.8 nan +BAR0424.sputum.baseline ATATTGGCAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 15.983015542381 1.0 1.0 36.5 normal 0.0 BAR0272 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 1.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0424.sputum.baseline 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0424.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-08-28 nan nan BAR0424.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0424 nan Male Sputum nan 39.9 nan +BAR0424.sputum.m06 TCATCCGTCGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 15.983015542381 1.0 1.0 36.5 normal 0.0 BAR0272 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 1.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 BAR0424.sputum.m06 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0424.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-06 nan nan BAR0424.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0424 nan Male Sputum nan 39.9 nan +BAR0424.sputum.m18 GTGCAACCAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 15.983015542381 1.0 1.0 36.5 normal 0.0 BAR0272 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 1.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0424.sputum.m18 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0424.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-02-19 nan nan BAR0424.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0424 nan Male Sputum nan 39.9 nan +BAR0424.stool.baseline TAGACTTCAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 15.983015542381 1.0 1.0 36.5 normal 0.0 BAR0272 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 1.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0424.stool.baseline 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0424.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.stool.baseline nan nan nan nan 2017-08-28 nan nan BAR0424.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0424 nan Male Stool nan 39.9 nan +BAR0424.stool.m06 GATAGCACTCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 15.983015542381 1.0 1.0 36.5 normal 0.0 BAR0272 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 1.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 BAR0424.stool.m06 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0424.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-06 nan nan BAR0424.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0424 nan Male Stool nan 39.9 nan +BAR0424.stool.m18 TCTACATACATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 15.983015542381 1.0 1.0 36.5 normal 0.0 BAR0272 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 1.0 0.0 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0424.stool.m18 1.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0424.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0424.stool.m18 nan nan nan nan 2019-02-19 nan nan BAR0424.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0424 nan Male Stool nan 39.9 nan +BAR0425.stool.baseline ACGTTAATATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.5688775510204 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0063 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0425.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0425.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0425.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0425.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-15 nan nan BAR0425.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0425 nan Male Stool nan 89.1 nan +BAR0425.stool.m06 CCATGTGGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.5688775510204 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0063 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0425.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 BAR0425.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0425.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0425.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-12 nan nan BAR0425.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0425 nan Male Stool nan 89.1 nan +BAR0426.stool.baseline ACACGTTTGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 32.4 0.0 0.0 35.8 normal 1.0 BAR0063 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0426.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0426.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0426.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0426.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-15 nan nan BAR0426.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0426 nan Female Stool nan 72.9 nan +BAR0426.stool.m06 AGACTATTTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 32.4 0.0 0.0 35.8 normal 1.0 BAR0063 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 2.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0426.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 BAR0426.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0426.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0426.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-13 nan nan BAR0426.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0426 nan Female Stool nan 72.9 nan +BAR0427.sputum.baseline GCGCACACCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 15.0 21.1095869532083 0.0 0.0 35.8 normal 3.0 BAR0233 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 78.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0427.sputum.baseline 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 25.0 BAR0427.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0427.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0427.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-20 nan nan BAR0427.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0427 nan Female Sputum nan 55.4 nan +BAR0427.sputum.m06 CACGAAAGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 15.0 21.1095869532083 0.0 0.0 35.8 normal 3.0 BAR0233 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 78.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 11.0 m12 BAR0427.sputum.m06 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 25.0 BAR0427.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0427.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0427.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-28 nan nan BAR0427.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0427 nan Female Sputum nan 55.4 nan +BAR0427.stool.baseline AGTCCGAGTTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 15.0 21.1095869532083 0.0 0.0 35.8 normal 3.0 BAR0233 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 78.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0427.stool.baseline 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 25.0 BAR0427.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0427.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0427.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-20 nan nan BAR0427.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0427 nan Female Stool nan 55.4 nan +BAR0427.stool.m06 GCTGAGCCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact 0.0 low nan hazardous 15.0 21.1095869532083 0.0 0.0 35.8 normal 3.0 BAR0233 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 78.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 11.0 m12 BAR0427.stool.m06 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 25.0 BAR0427.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0427.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0427.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-28 nan nan BAR0427.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0427 nan Female Stool nan 55.4 nan +BAR0428.sputum.baseline CGTGGCTTTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0224 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 68.0 normal nan nan nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0428.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 BAR0428.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0428.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0428.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-21 nan nan BAR0428.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0428 nan Male Sputum nan 40.9 nan +BAR0428.stool.baseline ACTTAGACTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.7 normal nan BAR0224 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 68.0 normal nan nan nan nan nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0428.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 BAR0428.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0428.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0428.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-21 nan nan BAR0428.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0428 nan Male Stool nan 40.9 nan +BAR0429.sputum.baseline ATTTGGCTCTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 21.3675213675214 0.0 0.0 35.6 normal 1.0 BAR0297 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal nan nan nan nan 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0429.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0429.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-26 nan nan BAR0429.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0429 nan Male Sputum nan 52.0 nan +BAR0429.sputum.m06 CGCGTCAAACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 21.3675213675214 0.0 0.0 35.6 normal 1.0 BAR0297 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal nan nan nan nan 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0429.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0429.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-19 nan nan BAR0429.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0429 nan Male Sputum nan 52.0 nan +BAR0429.sputum.m18 CTCACCTAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 21.3675213675214 0.0 0.0 35.6 normal 1.0 BAR0297 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal nan nan nan nan 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0429.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0429.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-03-19 nan nan BAR0429.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0429 nan Male Sputum nan 52.0 nan +BAR0429.stool.baseline GTAATTGTAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 21.3675213675214 0.0 0.0 35.6 normal 1.0 BAR0297 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal nan nan nan nan 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0429.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0429.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-26 nan nan BAR0429.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0429 nan Male Stool nan 52.0 nan +BAR0429.stool.m06 TCTAACGAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 21.3675213675214 0.0 0.0 35.6 normal 1.0 BAR0297 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal nan nan nan nan 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0429.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0429.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-19 nan nan BAR0429.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0429 nan Male Stool nan 52.0 nan +BAR0429.stool.m18 TGGCGCACGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 21.3675213675214 0.0 0.0 35.6 normal 1.0 BAR0297 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal nan nan nan nan 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0429.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 BAR0429.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0429.stool.m18 nan nan nan nan 2019-03-19 nan nan BAR0429.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0429 nan Male Stool nan 52.0 nan +BAR0430.sputum.baseline ATGTTCCTCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 27.6253619875019 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0297 nan nan bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 70.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0430.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0430.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-27 nan nan BAR0430.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0430 nan Female Sputum nan 72.5 nan +BAR0430.sputum.m06 TCCGTGGTATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 27.6253619875019 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0297 nan nan bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 70.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0430.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0430.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-28 nan nan BAR0430.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0430 nan Female Sputum nan 72.5 nan +BAR0430.sputum.m18 TCGTTATTCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 27.6253619875019 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0297 nan nan bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 70.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0430.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0430.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-03-19 nan nan BAR0430.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0430 nan Female Sputum nan 72.5 nan +BAR0430.stool.baseline CGTTCCTTGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 27.6253619875019 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0297 nan nan bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 70.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0430.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0430.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-27 nan nan BAR0430.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0430 nan Female Stool nan 72.5 nan +BAR0430.stool.m06 CGTCGCAGCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 27.6253619875019 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0297 nan nan bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 70.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0430.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 21.0 BAR0430.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0430.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-28 nan nan BAR0430.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0430 nan Female Stool nan 72.5 nan +BAR0431.sputum.baseline GTTGGTTGGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 21.3527575442248 0.0 0.0 35.5 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0431.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0431.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0431.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0431.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-28 nan nan BAR0431.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0431 nan Female Sputum nan 51.3 nan +BAR0431.stool.baseline AGCGATTCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 21.3527575442248 0.0 0.0 35.5 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0431.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 BAR0431.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0431.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0431.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-28 nan nan BAR0431.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0431 nan Female Stool nan 51.3 nan +BAR0432.sputum.baseline AACGGGCGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 42.6813590449954 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0432.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0432.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-28 nan nan BAR0432.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0432 nan Female Sputum nan 116.2 nan +BAR0432.sputum.m06 TACTGAGCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 42.6813590449954 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0432.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0432.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-10 nan nan BAR0432.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0432 nan Female Sputum nan 116.2 nan +BAR0432.sputum.m18 TACTGTACTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 42.6813590449954 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0432.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0432.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-02 nan nan BAR0432.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0432 nan Female Sputum nan 116.2 nan +BAR0432.stool.baseline CGTGAGGACCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 42.6813590449954 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0432.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0432.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-28 nan nan BAR0432.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0432 nan Female Stool nan 116.2 nan +BAR0432.stool.m06 AGAGACGCGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 42.6813590449954 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0432.stool.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0432.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-10 nan nan BAR0432.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0432 nan Female Stool nan 116.2 nan +BAR0432.stool.m18 ACTGCCCGATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 42.6813590449954 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0300 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0432.stool.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0432.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0432.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-02 nan nan BAR0432.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0432 nan Female Stool nan 116.2 nan +BAR0433.sputum.baseline GGTGCAGACAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 16.5051903114187 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 0 60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0433.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0433.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-04 nan nan BAR0433.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0433 nan Male Sputum nan 47.7 nan +BAR0433.sputum.m06 GATCCGGCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 16.5051903114187 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 0 60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0433.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0433.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-12 nan nan BAR0433.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0433 nan Male Sputum nan 47.7 nan +BAR0433.sputum.m18 CTAGAGCTCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 16.5051903114187 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 0 60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0433.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0433.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-15 nan nan BAR0433.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0433 nan Male Sputum nan 47.7 nan +BAR0433.stool.baseline GGACCTGGATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 16.5051903114187 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 0 60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0433.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0433.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-04 nan nan BAR0433.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0433 nan Male Stool nan 47.7 nan +BAR0433.stool.m06 TGCTACAGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 16.5051903114187 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 0 60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0433.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0433.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-12 nan nan BAR0433.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0433 nan Male Stool nan 47.7 nan +BAR0433.stool.m18 TCTGGCTACGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 15.0 16.5051903114187 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 69.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 0 60 3.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0433.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 BAR0433.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0433.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-15 nan nan BAR0433.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0433 nan Male Stool nan 47.7 nan +BAR0434.sputum.baseline CTTCCAACTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 16.5551020408163 0.0 1.0 35.8 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0434.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0434.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-04 nan nan BAR0434.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0434 nan Male Sputum nan 50.7 nan +BAR0434.sputum.m06 CGACCTCGCATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 16.5551020408163 0.0 1.0 35.8 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0434.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0434.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-17 nan nan BAR0434.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0434 nan Male Sputum nan 50.7 nan +BAR0434.sputum.m18 ACTCTGTAATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 16.5551020408163 0.0 1.0 35.8 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 18.0 m18 BAR0434.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0434.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-15 nan nan BAR0434.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0434 nan Male Sputum nan 50.7 nan +BAR0434.stool.baseline GATCCCACGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 16.5551020408163 0.0 1.0 35.8 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0434.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0434.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-04 nan nan BAR0434.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0434 nan Male Stool nan 50.7 nan +BAR0434.stool.m06 CGCTAGGATGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 16.5551020408163 0.0 1.0 35.8 normal 0.0 BAR0298 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0434.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0434.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0434.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-17 nan nan BAR0434.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0434 nan Male Stool nan 50.7 nan +BAR0435.sputum.baseline GTCAGAGTATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 45.5859375 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0501 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 44.0 0.0 0.0 440.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0435.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 52.0 BAR0435.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0435.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0435.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-06 nan nan BAR0435.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0435 nan Female Sputum nan 116.7 nan +BAR0435.sputum.m06 GAACGATCATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 45.5859375 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0501 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 44.0 0.0 0.0 440.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0435.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 52.0 BAR0435.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0435.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0435.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-05-09 nan nan BAR0435.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0435 nan Female Sputum nan 116.7 nan +BAR0435.stool.baseline CTACTTACATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 45.5859375 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0501 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 44.0 0.0 0.0 440.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0435.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 52.0 BAR0435.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0435.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0435.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-06 nan nan BAR0435.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0435 nan Female Stool nan 116.7 nan +BAR0435.stool.m06 ACCACCGTAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 45.5859375 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0501 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 44.0 0.0 0.0 440.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0435.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 52.0 BAR0435.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0435.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0435.stool.m06 nan nan nan nan 2018-05-09 nan nan BAR0435.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0435 nan Female Stool nan 116.7 nan +BAR0436.sputum.baseline CTCCACATTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 22.3922448325589 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0501 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 1.0 0.0 HIV.negative 0.0 1.0 4 0.0 50 60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 Black 0.0 12.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0436.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0436.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0436.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0436.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-06 nan nan BAR0436.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0436 nan Male Sputum nan 55.9 nan +BAR0436.stool.baseline CGGTTGGCGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 22.3922448325589 0.0 0.0 35.9 normal 0.0 BAR0501 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 1.0 0.0 HIV.negative 0.0 1.0 4 0.0 50 60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 Black 0.0 12.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0436.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0436.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0436.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0436.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-06 nan nan BAR0436.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0436 nan Male Stool nan 55.9 nan +BAR0437.sputum.baseline TCTTCGCAGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 23.7890625 0.0 0.0 36.0 normal 2.0 BAR0285 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 2.0 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0437.sputum.baseline 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 31.0 BAR0437.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0437.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0437.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-06 nan nan BAR0437.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0437 nan Male Sputum nan 60.9 nan +BAR0437.stool.baseline CCACCGGGCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 23.7890625 0.0 0.0 36.0 normal 2.0 BAR0285 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 2.0 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0437.stool.baseline 1.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 31.0 BAR0437.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0437.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0437.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-06 nan nan BAR0437.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0437 nan Male Stool nan 60.9 nan +BAR0438.sputum.baseline CACGCTATTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 25.5588462006572 0.0 0.0 36.7 normal 0.0 BAR0292 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 1.0 nan 3 4.0 100 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0438.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0438.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0438.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0438.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-06 nan nan BAR0438.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0438 nan Female Sputum nan 63.0 nan +BAR0439.sputum.baseline GTTAAGCTGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.9131388092427 0.0 0.0 26.5 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0439.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0439.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-11 nan nan BAR0439.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0439 nan Female Sputum nan 82.8 nan +BAR0439.sputum.m06 GCCTAGCCCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.9131388092427 0.0 0.0 26.5 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0439.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0439.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-09 nan nan BAR0439.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0439 nan Female Sputum nan 82.8 nan +BAR0439.sputum.m18 AAGTCTTATCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.9131388092427 0.0 0.0 26.5 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0439.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0439.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-15 nan nan BAR0439.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0439 nan Female Sputum nan 82.8 nan +BAR0439.stool.baseline TATGTGCCGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.9131388092427 0.0 0.0 26.5 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0439.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0439.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-11 nan nan BAR0439.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0439 nan Female Stool nan 82.8 nan +BAR0439.stool.m06 AGGTGAGTTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.9131388092427 0.0 0.0 26.5 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0439.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0439.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-09 nan nan BAR0439.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0439 nan Female Stool nan 82.8 nan +BAR0439.stool.m18 ATAGTTAGGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.9131388092427 0.0 0.0 26.5 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0439.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 BAR0439.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0439.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-15 nan nan BAR0439.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0439 nan Female Stool nan 82.8 nan +BAR0440.sputum.baseline CATTCGTGGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.7484377503605 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0440.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0440.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-13 nan nan BAR0440.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0440 nan Female Sputum nan 49.3 nan +BAR0440.sputum.m06 GCGGTCGGTCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.7484377503605 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0440.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0440.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0440.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0440 nan Female Sputum nan 49.3 nan +BAR0440.sputum.m18 GTCCTACACAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.7484377503605 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0440.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0440.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-16 nan nan BAR0440.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0440 nan Female Sputum nan 49.3 nan +BAR0440.stool.baseline CCGCCAGCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.7484377503605 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0440.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0440.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-13 nan nan BAR0440.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0440 nan Female Stool nan 49.3 nan +BAR0440.stool.m06 AGCGGTAGCGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.7484377503605 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0440.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0440.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0440.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0440 nan Female Stool nan 49.3 nan +BAR0440.stool.m18 GAATCTGACAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 19.7484377503605 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0502 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0440.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 BAR0440.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0440.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-16 nan nan BAR0440.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0440 nan Female Stool nan 49.3 nan +BAR0441.sputum.baseline TCAGTCAGATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 18.5566224660875 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0233 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0441.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0441.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0441.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0441.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-19 nan nan BAR0441.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0441 nan Male Sputum nan 48.7 nan +BAR0441.stool.baseline CGCACGTACCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 18.5566224660875 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0233 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0441.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0441.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0441.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0441.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-19 nan nan BAR0441.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0441 nan Male Stool nan 48.7 nan +BAR0442.sputum.baseline CGAACGTCTATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 43.6801446416831 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 30.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0442.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 BAR0442.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0442.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0442.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-19 nan nan BAR0442.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0442 nan Female Sputum nan 106.3 nan +BAR0442.sputum.m06 CAGTCCCTGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 43.6801446416831 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 30.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 8.0 m06 BAR0442.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 BAR0442.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0442.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0442.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-06-21 nan nan BAR0442.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0442 nan Female Sputum nan 106.3 nan +BAR0442.stool.baseline AGGAAGTAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 43.6801446416831 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 30.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0442.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 BAR0442.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0442.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0442.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-19 nan nan BAR0442.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0442 nan Female Stool nan 106.3 nan +BAR0442.stool.m06 CGATTCCTTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 43.6801446416831 0.0 0.0 35.2 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 64.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 30.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 8.0 m06 BAR0442.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 BAR0442.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0442.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0442.stool.m06 nan nan nan nan 2018-06-21 nan nan BAR0442.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0442 nan Female Stool nan 106.3 nan +BAR0443.sputum.baseline TGATTTAATTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6484375 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0443.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0443.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-19 nan nan BAR0443.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0443 nan Female Sputum nan 88.7 nan +BAR0443.sputum.m06 CCTATTGCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6484375 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0443.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0443.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-06-05 nan nan BAR0443.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0443 nan Female Sputum nan 88.7 nan +BAR0443.sputum.m18 ACTGTTTACTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6484375 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0443.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0443.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-26 nan nan BAR0443.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0443 nan Female Sputum nan 88.7 nan +BAR0443.stool.baseline AATCCGGTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6484375 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0443.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0443.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-19 nan nan BAR0443.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0443 nan Female Stool nan 88.7 nan +BAR0443.stool.m06 ATACCGTCTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6484375 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0443.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0443.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.stool.m06 nan nan nan nan 2018-06-05 nan nan BAR0443.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0443 nan Female Stool nan 88.7 nan +BAR0443.stool.m18 CTCATCATGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.6484375 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0506 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0443.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 BAR0443.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0443.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-26 nan nan BAR0443.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0443 nan Female Stool nan 88.7 nan +BAR0444.sputum.baseline GTTAGGGAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 22.9946145124717 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0510 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0444.sputum.baseline 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 BAR0444.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-30 nan nan BAR0444.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0444 nan Female Sputum nan 64.9 nan +BAR0444.sputum.m06 AGTACGCAGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 22.9946145124717 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0510 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0444.sputum.m06 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 BAR0444.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-06-07 nan nan BAR0444.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0444 nan Female Sputum nan 64.9 nan +BAR0444.sputum.m18 CAGGCCACTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 22.9946145124717 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0510 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0444.sputum.m18 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 BAR0444.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-23 nan nan BAR0444.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0444 nan Female Sputum nan 64.9 nan +BAR0444.stool.baseline AACGATCATAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 22.9946145124717 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0510 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0444.stool.baseline 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 BAR0444.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-30 nan nan BAR0444.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0444 nan Female Stool nan 64.9 nan +BAR0444.stool.m06 TCATCTTGATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 22.9946145124717 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0510 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0444.stool.m06 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 BAR0444.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.stool.m06 nan nan nan nan 2018-06-07 nan nan BAR0444.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0444 nan Female Stool nan 64.9 nan +BAR0444.stool.m18 TTATCCAGTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 22.9946145124717 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0510 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 2.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0444.stool.m18 2.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 BAR0444.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0444.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-23 nan nan BAR0444.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0444 nan Female Stool nan 64.9 nan +BAR0445.sputum.baseline TATCCTGGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.4528853177502 0.0 0.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0445.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0445.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-30 nan nan BAR0445.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0445 nan Female Sputum nan 44.8 nan +BAR0445.sputum.m06 CTGGTCTTACGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.4528853177502 0.0 0.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0445.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0445.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-06-07 nan nan BAR0445.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0445 nan Female Sputum nan 44.8 nan +BAR0445.sputum.m18 ACCCAAGCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.4528853177502 0.0 0.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0445.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0445.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-23 nan nan BAR0445.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0445 nan Female Sputum nan 44.8 nan +BAR0445.stool.baseline GTCAGTATGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.4528853177502 0.0 0.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0445.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0445.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-30 nan nan BAR0445.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0445 nan Female Stool nan 44.8 nan +BAR0445.stool.m06 GTCCTCGCGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.4528853177502 0.0 0.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0445.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0445.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.stool.m06 nan nan nan nan 2018-06-07 nan nan BAR0445.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0445 nan Female Stool nan 44.8 nan +BAR0445.stool.m18 GAGTCTTGGTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.4528853177502 0.0 0.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0445.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0445.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0445.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-23 nan nan BAR0445.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0445 nan Female Stool nan 44.8 nan +BAR0446.sputum.baseline ATGCCGGTAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 16.3846974546563 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0292 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0446.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0446.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0446.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0446.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-11-01 nan nan BAR0446.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0446 nan Male Sputum nan 43.0 nan +BAR0446.sputum.m06 ATCAAGATACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 16.3846974546563 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0292 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 10.0 m12 BAR0446.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0446.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0446.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0446.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-09-18 nan nan BAR0446.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0446 nan Male Sputum nan 43.0 nan +BAR0446.stool.baseline CGTTCGCTAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 16.3846974546563 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0292 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0446.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0446.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0446.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0446.stool.baseline nan nan nan nan 2017-11-01 nan nan BAR0446.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0446 nan Male Stool nan 43.0 nan +BAR0446.stool.m06 TGCCTGCTCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 16.3846974546563 0.0 1.0 36.5 normal nan BAR0292 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 10.0 m12 BAR0446.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 BAR0446.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0446.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0446.stool.m06 nan nan nan nan 2018-09-18 nan nan BAR0446.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0446 nan Male Stool nan 43.0 nan +BAR0447.sputum.baseline CTGAGGCCCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 31.6290130796671 0.0 0.0 36.0 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0447.sputum.baseline 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 145.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0447.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-11-10 nan nan BAR0447.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0447 nan Female Sputum nan 66.5 nan +BAR0447.sputum.m06 CAATAGAATAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 31.6290130796671 0.0 0.0 36.0 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0447.sputum.m06 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 145.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0447.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-06-19 nan nan BAR0447.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0447 nan Female Sputum nan 66.5 nan +BAR0447.sputum.m18 AGATGCAATGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 31.6290130796671 0.0 0.0 36.0 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0447.sputum.m18 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 145.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0447.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-05-10 nan nan BAR0447.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0447 nan Female Sputum nan 66.5 nan +BAR0447.stool.baseline TCTTACCCATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 31.6290130796671 0.0 0.0 36.0 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0447.stool.baseline 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 145.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0447.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.stool.baseline nan nan nan nan 2017-11-10 nan nan BAR0447.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0447 nan Female Stool nan 66.5 nan +BAR0447.stool.m06 TGTGCTTGTAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 31.6290130796671 0.0 0.0 36.0 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0447.stool.m06 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 145.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0447.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.stool.m06 nan nan nan nan 2018-06-19 nan nan BAR0447.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0447 nan Female Stool nan 66.5 nan +BAR0447.stool.m18 CATTTACATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 21.0 31.6290130796671 0.0 0.0 36.0 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0447.stool.m18 1.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 145.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0447.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0447.stool.m18 nan nan nan nan 2019-05-10 nan nan BAR0447.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0447 nan Female Stool nan 66.5 nan +BAR0448.sputum.baseline TATACCGCTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 16.2981859410431 0.0 1.0 36.4 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 30.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0448.sputum.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0448.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-11-10 nan nan BAR0448.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0448 nan Male Sputum nan 46.0 nan +BAR0448.sputum.m06 CAGTGCACGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 16.2981859410431 0.0 1.0 36.4 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 30.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 7.0 m06 BAR0448.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0448.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-06-19 nan nan BAR0448.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0448 nan Male Sputum nan 46.0 nan +BAR0448.sputum.m18 TCTCGCACTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 16.2981859410431 0.0 1.0 36.4 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 30.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 BAR0448.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0448.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-05-09 nan nan BAR0448.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0448 nan Male Sputum nan 46.0 nan +BAR0448.stool.baseline ATGTTAGGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 16.2981859410431 0.0 1.0 36.4 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 30.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0448.stool.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0448.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.stool.baseline nan nan nan nan 2017-11-10 nan nan BAR0448.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0448 nan Male Stool nan 46.0 nan +BAR0448.stool.m06 AAGTGGCTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 16.2981859410431 0.0 1.0 36.4 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 30.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 7.0 m06 BAR0448.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0448.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.stool.m06 nan nan nan nan 2018-06-19 nan nan BAR0448.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0448 nan Male Stool nan 46.0 nan +BAR0448.stool.m18 TTCTTAACGCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 16.2981859410431 0.0 1.0 36.4 normal 3.0 BAR0516 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 1.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 30.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 BAR0448.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 BAR0448.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0448.stool.m18 nan nan nan nan 2019-05-09 nan nan BAR0448.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0448 nan Male Stool nan 46.0 nan +BAR0449.sputum.baseline CTGGTGCTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.952479338843 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0449.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0449.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-11-21 nan nan BAR0449.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0449 nan Male Sputum nan 68.0 nan +BAR0449.sputum.m06 ACAAAGGTATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.952479338843 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0449.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0449.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-06-18 nan nan BAR0449.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0449 nan Male Sputum nan 68.0 nan +BAR0449.sputum.m18 ATATGTTCTCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.952479338843 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0449.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0449.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-05-31 nan nan BAR0449.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0449 nan Male Sputum nan 68.0 nan +BAR0449.stool.m06 GTCGTTACCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.952479338843 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0449.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0449.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.stool.m06 nan nan nan nan 2018-06-18 nan nan BAR0449.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0449 nan Male Stool nan 68.0 nan +BAR0449.stool.m18 TTCGATGCCGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.952479338843 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0449.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 45.0 BAR0449.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0449.stool.m18 nan nan nan nan 2019-05-31 nan nan BAR0449.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0449 nan Male Stool nan 68.0 nan +BAR0450.sputum.baseline TGAACCCTATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.4140625 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0450.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 BAR0450.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-11-21 nan nan BAR0450.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0450 nan Female Sputum nan 75.3 nan +BAR0450.sputum.m06 AATAAGCAATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.4140625 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0450.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 BAR0450.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-06-18 nan nan BAR0450.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0450 nan Female Sputum nan 75.3 nan +BAR0450.sputum.m18 TCAGACCAACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.4140625 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0450.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 BAR0450.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-05-31 nan nan BAR0450.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0450 nan Female Sputum nan 75.3 nan +BAR0450.stool.baseline AGTATATGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.4140625 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0450.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 BAR0450.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.stool.baseline nan nan nan nan 2017-11-21 nan nan BAR0450.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0450 nan Female Stool nan 75.3 nan +BAR0450.stool.m06 GGCTCGTCGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.4140625 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0450.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 BAR0450.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.stool.m06 nan nan nan nan 2018-06-18 nan nan BAR0450.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0450 nan Female Stool nan 75.3 nan +BAR0450.stool.m18 TCGTTATTCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.4140625 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0524 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0450.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 BAR0450.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0450.stool.m18 nan nan nan nan 2019-05-31 nan nan BAR0450.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0450 nan Female Stool nan 75.3 nan +BAR0452.sputum.baseline CTTACACTGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.7786922725194 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0529 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0452.sputum.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0452.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0452.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0452.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0452.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0452 nan Female Sputum nan 83.4 nan +BAR0452.sputum.m06 ACTCACAGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.7786922725194 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0529 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0452.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0452.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0452.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0452.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-06-21 nan nan BAR0452.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0452 nan Female Sputum nan 83.4 nan +BAR0452.stool.baseline ATAAACGGACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.7786922725194 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0529 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0452.stool.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0452.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0452.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0452.stool.baseline nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0452.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0452 nan Female Stool nan 83.4 nan +BAR0452.stool.m06 GCTAGTTATGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 31.7786922725194 0.0 0.0 35.8 normal nan BAR0529 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0452.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0452.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0452.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0452.stool.m06 nan nan nan nan 2018-06-21 nan nan BAR0452.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0452 nan Female Stool nan 83.4 nan +BAR0453.sputum.baseline GTTGAAGCACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 34.2143600416233 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0529 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 78.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0453.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0453.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0453.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0453.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0453.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0453 nan Female Sputum nan 82.2 nan +BAR0453.stool.baseline ACTAGTTGGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 34.2143600416233 0.0 0.0 36.0 normal 0.0 BAR0529 no 0.0 bar 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 78.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0453.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0453.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0453.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0453.stool.baseline nan nan nan nan 2017-12-08 nan nan BAR0453.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0453 nan Female Stool nan 82.2 nan +BAR0454.sputum.baseline GTAAACGACTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7074506939372 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0514 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 23.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0454.sputum.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0454.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-01-09 nan nan BAR0454.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0454 nan Female Sputum nan 58.5 nan +BAR0454.sputum.m06 TTGGACGTCCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7074506939372 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0514 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 23.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0454.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0454.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-07-02 nan nan BAR0454.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0454 nan Female Sputum nan 58.5 nan +BAR0454.sputum.m18 CTTGGAGGCTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7074506939372 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0514 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 23.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0454.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0454.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-07-08 nan nan BAR0454.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0454 nan Female Sputum nan 58.5 nan +BAR0454.stool.baseline CGCAAGCCCGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7074506939372 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0514 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 23.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0454.stool.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0454.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.stool.baseline nan nan nan nan 2018-01-09 nan nan BAR0454.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0454 nan Female Stool nan 58.5 nan +BAR0454.stool.m06 AGAGCGGAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7074506939372 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0514 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 23.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0454.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 71.0 BAR0454.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0454.stool.m06 nan nan nan nan 2018-07-02 nan nan BAR0454.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0454 nan Female Stool nan 58.5 nan +BAR0455.sputum.baseline GCACGCGAGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 22.0 17.7054959141163 0.0 1.0 36.7 normal 3.0 BAR0514 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0455.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0455.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-01-10 nan nan BAR0455.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0455 nan Male Sputum nan 44.2 nan +BAR0455.sputum.m06 CTTAGGCATGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 22.0 17.7054959141163 0.0 1.0 36.7 normal 3.0 BAR0514 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 BAR0455.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0455.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-07-03 nan nan BAR0455.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0455 nan Male Sputum nan 44.2 nan +BAR0455.sputum.m18 GTGCCGGCCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 22.0 17.7054959141163 0.0 1.0 36.7 normal 3.0 BAR0514 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 17.0 m18 BAR0455.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0455.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-07-08 nan nan BAR0455.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0455 nan Male Sputum nan 44.2 nan +BAR0455.stool.baseline ACATGGGCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 22.0 17.7054959141163 0.0 1.0 36.7 normal 3.0 BAR0514 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0455.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0455.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.stool.baseline nan nan nan nan 2018-01-10 nan nan BAR0455.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0455 nan Male Stool nan 44.2 nan +BAR0455.stool.m06 CTGCGGATATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 22.0 17.7054959141163 0.0 1.0 36.7 normal 3.0 BAR0514 no 0.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 1.0 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 BAR0455.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 55.0 BAR0455.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0455.stool.m06 nan nan nan nan 2018-07-03 nan nan BAR0455.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0455 nan Male Stool nan 44.2 nan +BAR0456.sputum.baseline GCGTGGTCATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 22.5649672683991 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0529 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0456.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0456.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-01-18 nan nan BAR0456.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0456 nan Female Sputum nan 45.5 nan +BAR0456.sputum.m06 CCTGCACCTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 22.5649672683991 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0529 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0456.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0456.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-24 nan nan BAR0456.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0456 nan Female Sputum nan 45.5 nan +BAR0456.sputum.m18 AGAGGGTGATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 22.5649672683991 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0529 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0456.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0456.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-07-15 nan nan BAR0456.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0456 nan Female Sputum nan 45.5 nan +BAR0456.stool.baseline GTGAGGGCAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 22.5649672683991 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0529 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0456.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0456.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.stool.baseline nan nan nan nan 2018-01-18 nan nan BAR0456.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0456 nan Female Stool nan 45.5 nan +BAR0456.stool.m06 ATATTGGCAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 22.5649672683991 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0529 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0456.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0456.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-24 nan nan BAR0456.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0456 nan Female Stool nan 45.5 nan +BAR0456.stool.m18 ATATGTTCTCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 22.5649672683991 0.0 0.0 36.8 normal 0.0 BAR0529 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0456.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 142.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0456.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0456.stool.m18 nan nan nan nan 2019-07-15 nan nan BAR0456.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0456 nan Female Stool nan 45.5 nan +BAR0458.sputum.baseline TAGCGCGAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 17.6083397373785 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 76.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0458.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0458.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-01-25 nan nan BAR0458.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0458 nan Male Sputum nan 52.7 nan +BAR0458.sputum.m06 ATGTAGGCTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 17.6083397373785 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 76.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0458.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0458.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan BAR0458.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0458 nan Male Sputum nan 52.7 nan +BAR0458.sputum.m18 GGATACTCGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 17.6083397373785 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 76.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 BAR0458.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0458.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-07-22 nan nan BAR0458.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0458 nan Male Sputum nan 52.7 nan +BAR0458.stool.baseline GGCTTCGGAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 17.6083397373785 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 76.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0458.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0458.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.stool.baseline nan nan nan nan 2018-01-25 nan nan BAR0458.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0458 nan Male Stool nan 52.7 nan +BAR0458.stool.m06 CGGTCAATTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 17.6083397373785 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 76.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 BAR0458.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0458.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan BAR0458.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0458 nan Male Stool nan 52.7 nan +BAR0458.stool.m18 TCAGACCAACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 17.6083397373785 0.0 1.0 35.6 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 76.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 BAR0458.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 41.0 BAR0458.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0458.stool.m18 nan nan nan nan 2019-07-22 nan nan BAR0458.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0458 nan Male Stool nan 52.7 nan +BAR0459.sputum.baseline GCATTACTGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 46.875 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0459.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 BAR0459.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-01-31 nan nan BAR0459.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0459 nan Female Sputum nan 120.0 nan +BAR0459.sputum.m06 TCCGGACTCCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 46.875 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0459.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 BAR0459.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0459.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0459 nan Female Sputum nan 120.0 nan +BAR0459.sputum.m18 TCATGGCCTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 46.875 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0459.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 BAR0459.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-08-13 nan nan BAR0459.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0459 nan Female Sputum nan 120.0 nan +BAR0459.stool.baseline TCCGCTGCTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 46.875 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0459.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 BAR0459.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.stool.baseline nan nan nan nan 2018-01-31 nan nan BAR0459.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0459 nan Female Stool nan 120.0 nan +BAR0459.stool.m06 TGCGCGCCTTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 46.875 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0459.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 BAR0459.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0459.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0459 nan Female Stool nan 120.0 nan +BAR0459.stool.m18 TCATTAGCGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 46.875 0.0 0.0 36.0 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0459.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 BAR0459.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0459.stool.m18 nan nan nan nan 2019-08-13 nan nan BAR0459.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0459 nan Female Stool nan 120.0 nan +BAR0460.sputum.baseline GATTCTTTAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0460.sputum.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0460.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-01-31 nan nan BAR0460.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0460 nan Male Sputum nan 68.0 nan +BAR0460.sputum.m06 TCTTCCTAAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0460.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0460.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0460.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0460 nan Male Sputum nan 68.0 nan +BAR0460.sputum.m18 ATGTGCTGCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0460.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0460.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-08-13 nan nan BAR0460.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0460 nan Male Sputum nan 68.0 nan +BAR0460.stool.baseline GCGCACACCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0460.stool.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0460.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.stool.baseline nan nan nan nan 2018-01-31 nan nan BAR0460.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0460 nan Male Stool nan 68.0 nan +BAR0460.stool.m06 CACGAAAGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0460.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0460.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0460.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0460 nan Male Stool nan 68.0 nan +BAR0460.stool.m18 CTTGGAGGCTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2335558041742 0.0 0.0 36.4 normal nan BAR0541 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 68.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 BAR0460.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0460.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0460.stool.m18 nan nan nan nan 2019-08-13 nan nan BAR0460.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0460 nan Male Stool nan 68.0 nan +BAR0461.sputum.baseline CTTGTGCGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.4217619986851 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0542 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 16.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0461.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0461.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0461.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0461.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-02-06 nan nan BAR0461.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0461 nan Female Sputum nan 64.3 nan +BAR0461.sputum.m06 GCGCTTAGAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.4217619986851 0.0 0.0 36.2 normal 0.0 BAR0542 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 74.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 0.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 Black 0.0 16.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0461.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 54.0 BAR0461.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0461.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0461.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-09-18 nan nan BAR0461.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0461 nan Female Sputum nan 64.3 nan +BAR0462.sputum.baseline AGAGGAGTCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 25.2734375 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0542 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0462.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0462.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0462.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0462.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-02-07 nan nan BAR0462.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0462 nan Female Sputum nan 64.7 nan +BAR0462.sputum.m06 GTCTCCTCCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 25.2734375 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0542 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 72.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 BAR0462.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 33.0 BAR0462.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0462.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0462.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-09-11 nan nan BAR0462.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0462 nan Female Sputum nan 64.7 nan +BAR0463.sputum.baseline AGTATCATATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.290688084908 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0463.sputum.baseline nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 65.0 BAR0463.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-02-21 nan nan BAR0463.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0463 nan Male Sputum nan 104.0 nan +BAR0463.sputum.m06 CGGATCTAGTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.290688084908 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0463.sputum.m06 nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 65.0 BAR0463.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan BAR0463.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0463 nan Male Sputum nan 104.0 nan +BAR0463.sputum.m18 CCACGAGCAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.290688084908 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0463.sputum.m18 nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 65.0 BAR0463.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-07-22 nan nan BAR0463.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0463 nan Male Sputum nan 104.0 nan +BAR0463.stool.baseline TCCGTGGTATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.290688084908 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0463.stool.baseline nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 65.0 BAR0463.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.stool.baseline nan nan nan nan 2018-02-21 nan nan BAR0463.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0463 nan Male Stool nan 104.0 nan +BAR0463.stool.m06 GTTGGTTGGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.290688084908 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0463.stool.m06 nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 65.0 BAR0463.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan BAR0463.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0463 nan Male Stool nan 104.0 nan +BAR0463.stool.m18 GGATACTCGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 37.290688084908 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0463.stool.m18 nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 65.0 BAR0463.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0463.stool.m18 nan nan nan nan 2019-07-22 nan nan BAR0463.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0463 nan Male Stool nan 104.0 nan +BAR0464.sputum.baseline ATAACGGTGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.9816645559815 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0537 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.2 0.0 0.0 262.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0464.sputum.baseline nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0464.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0464.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0464.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-02-23 nan nan BAR0464.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0464 nan Male Sputum nan 69.1 nan +BAR0464.sputum.m06 GCCCTTCCCGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.9816645559815 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0537 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.2 0.0 0.0 262.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0464.sputum.m06 nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0464.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0464.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0464.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-24 nan nan BAR0464.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0464 nan Male Sputum nan 69.1 nan +BAR0464.stool.baseline AACGGGCGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.9816645559815 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0537 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.2 0.0 0.0 262.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0464.stool.baseline nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0464.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0464.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0464.stool.baseline nan nan nan nan 2018-02-23 nan nan BAR0464.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0464 nan Male Stool nan 69.1 nan +BAR0464.stool.m06 TACTGAGCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.9816645559815 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0537 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.2 0.0 0.0 262.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0464.stool.m06 nan baseline 1.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 BAR0464.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0464.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0464.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-24 nan nan BAR0464.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0464 nan Male Stool nan 69.1 nan +BAR0466.sputum.baseline CTCCCACTAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 31.6044074173609 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 94.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0466.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0466.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-02-27 nan nan BAR0466.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0466 nan Female Sputum nan 73.5 nan +BAR0466.sputum.m06 AATAGATGCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 31.6044074173609 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 94.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0466.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0466.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-30 nan nan BAR0466.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0466 nan Female Sputum nan 73.5 nan +BAR0466.sputum.m18 CGCCGTACTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 31.6044074173609 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 94.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0466.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0466.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-08-14 nan nan BAR0466.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0466 nan Female Sputum nan 73.5 nan +BAR0466.stool.baseline GATCCGGCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 31.6044074173609 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 94.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0466.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0466.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.stool.baseline nan nan nan nan 2018-02-27 nan nan BAR0466.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0466 nan Female Stool nan 73.5 nan +BAR0466.stool.m06 CTTCCAACTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 31.6044074173609 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 94.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 BAR0466.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0466.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-30 nan nan BAR0466.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0466 nan Female Stool nan 73.5 nan +BAR0466.stool.m18 TCATGGCCTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 31.6044074173609 0.0 0.0 36.1 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 94.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0466.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 BAR0466.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0466.stool.m18 nan nan nan nan 2019-08-14 nan nan BAR0466.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0466 nan Female Stool nan 73.5 nan +BAR0467.sputum.baseline AACGCTTCTTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 23.7109375 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0292 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 20.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 80.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0467.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0467.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0467.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0467.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0467.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0467 nan Female Sputum nan 60.7 nan +BAR0467.sputum.m06 GTTCGGTGTCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 23.7109375 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0292 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 20.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 80.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 BAR0467.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0467.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0467.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0467.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-10-03 nan nan BAR0467.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0467 nan Female Sputum nan 60.7 nan +BAR0467.sputum.m18 AGCCTTCGTCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 23.7109375 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0292 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 20.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 80.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 12.0 m12 BAR0467.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0467.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0467.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0467.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-25 nan nan BAR0467.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0467 nan Female Sputum nan 60.7 nan +BAR0467.stool.baseline CGACCTCGCATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 7.0 23.7109375 0.0 0.0 36.4 normal 0.0 BAR0292 no 0.0 bar 0.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan 20.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 80.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0467.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 BAR0467.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0467.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0467.stool.baseline nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0467.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0467 nan Female Stool nan 60.7 nan +BAR0468.sputum.baseline GCAAGAATACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.953125 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 36.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0468.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0468.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-04-19 nan nan BAR0468.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0468 nan Female Sputum nan 69.0 nan +BAR0468.sputum.m06 CAGGGTAGGGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.953125 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 36.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0468.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0468.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-10-18 nan nan BAR0468.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0468 nan Female Sputum nan 69.0 nan +BAR0468.sputum.m18 CCTTGACCGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.953125 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 36.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0468.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0468.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-10-18 nan nan BAR0468.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0468 nan Female Sputum nan 69.0 nan +BAR0468.stool.baseline GTCAGAGTATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.953125 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 36.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline BAR0468.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0468.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.stool.baseline nan nan nan nan 2018-04-19 nan nan BAR0468.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0468 nan Female Stool nan 69.0 nan +BAR0468.stool.m06 ATGTGCTGCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.953125 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 36.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 BAR0468.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0468.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.stool.m06 nan nan nan nan 2018-10-18 nan nan BAR0468.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0468 nan Female Stool nan 69.0 nan +BAR0468.stool.m18 CCACGAGCAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.953125 0.0 0.0 35.9 normal nan BAR0545 no 0.0 bar nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 36.0 normal 98.0 nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 17.0 m18 BAR0468.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 BAR0468.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0468.stool.m18 nan nan nan nan 2019-10-18 nan nan BAR0468.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0468 nan Female Stool nan 69.0 nan +BAR0501.sputum.baseline AACTCAATAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.0813492063492 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0501 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 99.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 35.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0501.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 BAR0501.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-27 nan nan BAR0501.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0501 nan Male Sputum nan 59.5 nan +BAR0501.sputum.m02 ACCTCAGTCAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.0813492063492 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0501 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 99.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 35.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0501.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 BAR0501.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-11-28 nan nan BAR0501.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0501 nan Male Sputum nan 59.5 nan +BAR0501.sputum.m06 CCTCGCATGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.0813492063492 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0501 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 99.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 35.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0501.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 BAR0501.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-12 nan nan BAR0501.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0501 nan Male Sputum nan 59.5 nan +BAR0501.stool.baseline GTTCTAAGGTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.0813492063492 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0501 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 99.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 35.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0501.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 BAR0501.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-27 nan nan BAR0501.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0501 nan Male Stool nan 59.5 nan +BAR0501.stool.m06 CTCTGAGGTAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.0813492063492 0.0 0.0 37.0 normal 0.0 BAR0501 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 99.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 0.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 Black 0.0 35.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0501.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 BAR0501.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0501.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-12 nan nan BAR0501.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0501 nan Male Stool nan 59.5 nan +BAR0502.sputum.baseline CGCGCAAGTATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0502.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-09-28 nan nan BAR0502.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0502.sputum.m02 AAGGCGCTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 1.0 m02 BAR0502.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-11-20 nan nan BAR0502.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0502.sputum.m06 CGCAATGAGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0502.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-03-26 nan nan BAR0502.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0502.sputum.m12 GTTCTAAGGTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 11.0 m12 BAR0502.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-09-25 nan nan BAR0502.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0502.sputum.m18 CTCTGAGGTAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 17.0 m18 BAR0502.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-03-26 nan nan BAR0502.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Sputum nan 47.0 nan +BAR0502.stool.baseline TCCGGCGGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline BAR0502.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.baseline nan nan nan nan 2017-09-28 nan nan BAR0502.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0502.stool.m02 ACATGATATTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 1.0 m02 BAR0502.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.m02 nan nan nan nan 2017-11-20 nan nan BAR0502.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0502.stool.m06 TAAGGCATCGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 5.0 m06 BAR0502.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.m06 nan nan nan nan 2018-03-26 nan nan BAR0502.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0502.stool.m12 CGGAGAGACATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 11.0 m12 BAR0502.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.m12 nan nan nan nan 2018-09-25 nan nan BAR0502.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0502.stool.m18 GTCGCTTGCACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.2635445362718 0.0 1.0 35.9 normal nan BAR0502 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 86.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 17.0 m18 BAR0502.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 3 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 BAR0502.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0502.stool.m18 nan nan nan nan 2019-03-26 nan nan BAR0502.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0502 nan Male Stool nan 47.0 nan +BAR0506.sputum.baseline ACGGCGTTATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0506.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-10 nan nan BAR0506.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Sputum nan 58.2 nan +BAR0506.sputum.m02 CATTTGACGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 1.0 m02 BAR0506.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.m02 nan nan nan nan 2017-12-07 nan nan BAR0506.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Sputum nan 58.2 nan +BAR0506.sputum.m06 GCTGCGTATACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0506.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-11 nan nan BAR0506.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Sputum nan 58.2 nan +BAR0506.sputum.m12 TCCGGCGGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0506.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-10-22 nan nan BAR0506.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Sputum nan 58.2 nan +BAR0506.sputum.m18 ACATGATATTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0506.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-11 nan nan BAR0506.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Sputum nan 58.2 nan +BAR0506.stool.baseline CACACAAAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0506.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-10 nan nan BAR0506.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Stool nan 58.2 nan +BAR0506.stool.m02 CGAGGCGAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 1.0 m02 BAR0506.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.m02 nan nan nan nan 2017-12-07 nan nan BAR0506.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Stool nan 58.2 nan +BAR0506.stool.m06 TAGTCTAAGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0506.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-11 nan nan BAR0506.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Stool nan 58.2 nan +BAR0506.stool.m12 TCTTGCGGAGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0506.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.m12 nan nan nan nan 2018-10-22 nan nan BAR0506.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Stool nan 58.2 nan +BAR0506.stool.m18 GAGCCATCTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan low nan hazardous 11.0 23.0212412483683 0.0 0.0 35.7 normal 0.0 BAR0506 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 90.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0506.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 40.0 BAR0506.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0506.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-11 nan nan BAR0506.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0506 nan Female Stool nan 58.2 nan +BAR0510.sputum.baseline GAGAAGCTTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0510.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-23 nan nan BAR0510.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Sputum nan 32.4 nan +BAR0510.sputum.m02 GGCGTAACGGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0510.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-01-11 nan nan BAR0510.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Sputum nan 32.4 nan +BAR0510.sputum.m06 AATACAGACCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 6.0 m06 BAR0510.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-05-22 nan nan BAR0510.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Sputum nan 32.4 nan +BAR0510.sputum.m12 TAAGGCATCGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0510.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-10-16 nan nan BAR0510.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Sputum nan 32.4 nan +BAR0510.sputum.m18 CACACAAAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0510.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-16 nan nan BAR0510.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Sputum nan 32.4 nan +BAR0510.stool.baseline ATGACTAAGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0510.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-23 nan nan BAR0510.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Stool nan 32.4 nan +BAR0510.stool.m02 CATGTCTTCCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0510.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.m02 nan nan nan nan 2018-01-11 nan nan BAR0510.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Stool nan 32.4 nan +BAR0510.stool.m06 TAATCCATAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 6.0 m06 BAR0510.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.m06 nan nan nan nan 2018-05-22 nan nan BAR0510.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Stool nan 32.4 nan +BAR0510.stool.m12 TTCCACACGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0510.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.m12 nan nan nan nan 2018-10-16 nan nan BAR0510.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Stool nan 32.4 nan +BAR0510.stool.m18 ATTTCCGCTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 14.9937526030821 1.0 1.0 36.8 normal nan BAR0510 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 98.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0510.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 BAR0510.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0510.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-16 nan nan BAR0510.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0510 nan Female Stool nan 32.4 nan +BAR0514.sputum.baseline GATCTAATCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0514.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-10-30 nan nan BAR0514.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Sputum nan 36.3 nan +BAR0514.sputum.m02 CCGCAGCCGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0514.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-01-29 nan nan BAR0514.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Sputum nan 36.3 nan +BAR0514.sputum.m06 GAACCGTGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 BAR0514.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-05-28 nan nan BAR0514.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Sputum nan 36.3 nan +BAR0514.sputum.m12 CGAGGCGAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 12.0 m12 BAR0514.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-11-27 nan nan BAR0514.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Sputum nan 36.3 nan +BAR0514.sputum.m18 TAGTCTAAGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 19.0 m18 BAR0514.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-05-31 nan nan BAR0514.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Sputum nan 36.3 nan +BAR0514.stool.baseline GCAACGAACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0514.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.baseline nan nan nan nan 2017-10-30 nan nan BAR0514.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Stool nan 36.3 nan +BAR0514.stool.m02 AGCGCGGCGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0514.stool.m02 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.m02 nan nan nan nan 2018-01-29 nan nan BAR0514.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Stool nan 36.3 nan +BAR0514.stool.m06 GTCAGGTGCGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 BAR0514.stool.m06 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.m06 nan nan nan nan 2018-05-28 nan nan BAR0514.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Stool nan 36.3 nan +BAR0514.stool.m12 CGCCGTACTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 12.0 m12 BAR0514.stool.m12 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.m12 nan nan nan nan 2018-11-27 nan nan BAR0514.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Stool nan 36.3 nan +BAR0514.stool.m18 TATCATATTACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 23.0 17.505787037037 0.0 1.0 36.2 normal 3.0 BAR0514 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 1.0 100.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 3.0 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 19.0 m18 BAR0514.stool.m18 0.0 baseline 0.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 144.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 BAR0514.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0514.stool.m18 nan nan nan nan 2019-05-31 nan nan BAR0514.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0514 nan Female Stool nan 36.3 nan +BAR0516.sputum.baseline ACTAAGTACCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0516.sputum.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-11-02 nan nan BAR0516.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Sputum nan 40.9 nan +BAR0516.sputum.m02 CTCAGCGGGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0516.sputum.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-01-11 nan nan BAR0516.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Sputum nan 40.9 nan +BAR0516.sputum.m06 GTTAACTTACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0516.sputum.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-04-19 nan nan BAR0516.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Sputum nan 40.9 nan +BAR0516.sputum.m12 ATGACTAAGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0516.sputum.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-10-31 nan nan BAR0516.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Sputum nan 40.9 nan +BAR0516.sputum.m18 CATGTCTTCCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0516.sputum.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-04-30 nan nan BAR0516.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Sputum nan 40.9 nan +BAR0516.stool.baseline TTCCAATACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0516.stool.baseline nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.baseline nan nan nan nan 2017-11-02 nan nan BAR0516.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Stool nan 40.9 nan +BAR0516.stool.m02 GTTTGAAACACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0516.stool.m02 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.m02 nan nan nan nan 2018-01-11 nan nan BAR0516.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Stool nan 40.9 nan +BAR0516.stool.m06 TACAGCGCATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0516.stool.m06 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.m06 nan nan nan nan 2018-04-19 nan nan BAR0516.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Stool nan 40.9 nan +BAR0516.stool.m12 GTACTCGAACCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0516.stool.m12 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.m12 nan nan nan nan 2018-10-31 nan nan BAR0516.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Stool nan 40.9 nan +BAR0516.stool.m18 ACACCGCACAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan dependence 22.0 16.1781575095922 0.0 1.0 35.6 normal 0.0 BAR0516 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 2.0 0.0 88.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 2.0 100 >60 3.0 2.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0516.stool.m18 nan baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 44.0 BAR0516.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0516.stool.m18 nan nan nan nan 2019-04-30 nan nan BAR0516.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0516 nan Male Stool nan 40.9 nan +BAR0524.sputum.baseline GCGAGGAAGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 1.0 18.1479611160207 0.0 0.0 36.3 normal 0.0 BAR0524 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 1.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0524.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0524.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-11-13 nan nan BAR0524.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0524 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0524.sputum.m02 GGACAAGTGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 1.0 18.1479611160207 0.0 0.0 36.3 normal 0.0 BAR0524 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 1.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0524.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0524.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0524.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0524 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0524.sputum.m06 CTGATGTACACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 1.0 18.1479611160207 0.0 0.0 36.3 normal 0.0 BAR0524 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 1.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0524.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0524.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-05-18 nan nan BAR0524.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0524 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0524.sputum.m12 TAATCCATAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 1.0 18.1479611160207 0.0 0.0 36.3 normal 0.0 BAR0524 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 1.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0524.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0524.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-11-22 nan nan BAR0524.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0524 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0524.sputum.m18 GCAACGAACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 1.0 18.1479611160207 0.0 0.0 36.3 normal 0.0 BAR0524 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 1.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 17.0 m18 BAR0524.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0524.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-05-03 nan nan BAR0524.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0524 nan Male Sputum nan 57.5 nan +BAR0524.stool.baseline AACAGTAAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 1.0 18.1479611160207 0.0 0.0 36.3 normal 0.0 BAR0524 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 1.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline BAR0524.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0524.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.stool.baseline nan nan nan nan 2017-11-13 nan nan BAR0524.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0524 nan Male Stool nan 57.5 nan +BAR0524.stool.m02 CCTCCGTCATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 1.0 18.1479611160207 0.0 0.0 36.3 normal 0.0 BAR0524 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 1.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 BAR0524.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0524.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.stool.m02 nan nan nan nan 2018-01-17 nan nan BAR0524.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0524 nan Male Stool nan 57.5 nan +BAR0524.stool.m06 AGATGTCCGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 1.0 18.1479611160207 0.0 0.0 36.3 normal 0.0 BAR0524 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 1.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 BAR0524.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 2.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0524.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.stool.m06 nan nan nan nan 2018-05-18 nan nan BAR0524.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0524 nan Male Stool nan 57.5 nan +BAR0524.stool.m12 CAGCCCTACCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 1.0 18.1479611160207 0.0 0.0 36.3 normal 0.0 BAR0524 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 68.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 1.0 0.0 23.5 0.0 0.0 235.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 BAR0524.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 BAR0524.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0524.stool.m12 nan nan nan nan 2018-11-22 nan nan BAR0524.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0524 nan Male Stool nan 57.5 nan +BAR0525.sputum.baseline TGGAGCCTTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0525.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-11-22 nan nan BAR0525.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Sputum nan 43.4 nan +BAR0525.sputum.m02 ACGTGCCTTAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0525.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-01-26 nan nan BAR0525.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Sputum nan 43.4 nan +BAR0525.sputum.m06 CACCCTTGCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 7.0 m06 BAR0525.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-07-13 nan nan BAR0525.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Sputum nan 43.4 nan +BAR0525.sputum.m12 AGCGCGGCGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0525.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-11-13 nan nan BAR0525.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Sputum nan 43.4 nan +BAR0525.sputum.m18 GTCAGGTGCGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 18.0 m18 BAR0525.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-05-24 nan nan BAR0525.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Sputum nan 43.4 nan +BAR0525.stool.baseline TAGCAGTTGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0525.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.baseline nan nan nan nan 2017-11-22 nan nan BAR0525.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Stool nan 43.4 nan +BAR0525.stool.m02 TTGAACAAGCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 BAR0525.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.m02 nan nan nan nan 2018-01-26 nan nan BAR0525.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Stool nan 43.4 nan +BAR0525.stool.m06 AACTCAATAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 7.0 m06 BAR0525.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.m06 nan nan nan nan 2018-07-13 nan nan BAR0525.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Stool nan 43.4 nan +BAR0525.stool.m12 CTATCTCCTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0525.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.m12 nan nan nan nan 2018-11-13 nan nan BAR0525.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Stool nan 43.4 nan +BAR0525.stool.m18 GATATACCAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.941230486685 1.0 1.0 36.3 normal nan BAR0525 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 66.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 18.0 m18 BAR0525.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 22.0 BAR0525.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0525.stool.m18 nan nan nan nan 2019-05-24 nan nan BAR0525.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0525 nan Male Stool nan 43.4 nan +BAR0529.sputum.baseline ATGCCTCGTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0529.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-11-24 nan nan BAR0529.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Sputum nan 46.7 nan +BAR0529.sputum.m02 GTTGTTCTGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0529.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-01-25 nan nan BAR0529.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Sputum nan 46.7 nan +BAR0529.sputum.m06 CAAATTCGGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0529.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-05-22 nan nan BAR0529.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Sputum nan 46.7 nan +BAR0529.sputum.m12 TTCCAATACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0529.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.m12 nan nan nan nan 2018-11-23 nan nan BAR0529.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Sputum nan 46.7 nan +BAR0529.sputum.m18 GTTTGAAACACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0529.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-05-21 nan nan BAR0529.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Sputum nan 46.7 nan +BAR0529.stool.baseline ACCTCAGTCAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline BAR0529.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.baseline nan nan nan nan 2017-11-24 nan nan BAR0529.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Stool nan 46.7 nan +BAR0529.stool.m02 TGACAGAATCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 BAR0529.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.m02 nan nan nan nan 2018-01-25 nan nan BAR0529.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Stool nan 46.7 nan +BAR0529.stool.m06 CCTCGCATGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 BAR0529.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.m06 nan nan nan nan 2018-05-22 nan nan BAR0529.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Stool nan 46.7 nan +BAR0529.stool.m12 AGAATCCACCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 BAR0529.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.m12 nan nan nan nan 2018-11-23 nan nan BAR0529.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Stool nan 46.7 nan +BAR0529.stool.m18 CAAACCTATGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan yes 1.0 index nan high nan harmful 17.0 17.7945435147081 0.0 1.0 37.0 normal 0.0 BAR0529 yes 1.0 bar 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 106.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 80 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 42.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 BAR0529.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 24.0 BAR0529.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0529.stool.m18 nan nan nan nan 2019-05-21 nan nan BAR0529.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0529 nan Female Stool nan 46.7 nan +BAR0532.sputum.baseline TACGGTCTGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0532.sputum.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.baseline nan nan nan nan 2017-12-04 nan nan BAR0532.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Sputum nan 44.5 nan +BAR0532.sputum.m02 ACGTATTCGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 3.0 m06 BAR0532.sputum.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-03-23 nan nan BAR0532.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Sputum nan 44.5 nan +BAR0532.sputum.m06 TTACTTATCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 7.0 m06 BAR0532.sputum.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-07-23 nan nan BAR0532.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Sputum nan 44.5 nan +BAR0532.sputum.m12 AGCTCTAGAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 13.0 m12 BAR0532.sputum.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-01-21 nan nan BAR0532.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Sputum nan 44.5 nan +BAR0532.sputum.m18 AATGTTCAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 19.0 m18 BAR0532.sputum.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-07-18 nan nan BAR0532.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Sputum nan 44.5 nan +BAR0532.stool.baseline CGCGCAAGTATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0532.stool.baseline nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.baseline nan nan nan nan 2017-12-04 nan nan BAR0532.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Stool nan 44.5 nan +BAR0532.stool.m02 AAGGCGCTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 3.0 m06 BAR0532.stool.m02 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.m02 nan nan nan nan 2018-03-23 nan nan BAR0532.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Stool nan 44.5 nan +BAR0532.stool.m06 CGCAATGAGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 7.0 m06 BAR0532.stool.m06 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.m06 nan nan nan nan 2018-07-23 nan nan BAR0532.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Stool nan 44.5 nan +BAR0532.stool.m12 CCTTGACCGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 13.0 m12 BAR0532.stool.m12 nan baseline 0.0 1.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.m12 nan nan nan nan 2019-01-21 nan nan BAR0532.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Stool nan 44.5 nan +BAR0532.stool.m18 AGCTCTAGAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.9561117286385 1.0 1.0 36.0 normal nan BAR0532 no 0.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 66.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 19.0 m18 BAR0532.stool.m18 nan baseline 0.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 43.0 BAR0532.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0532.stool.m18 nan nan nan nan 2019-07-18 nan nan BAR0532.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0532 nan Male Stool nan 44.5 nan +BAR0537.sputum.baseline AGTTGTAGTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0537.sputum.baseline nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-01-24 nan nan BAR0537.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0537.sputum.m02 GATGCCTAATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 1.0 m02 BAR0537.sputum.m02 nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-03-18 nan nan BAR0537.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0537.sputum.m06 TTAGTTTGTCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0537.sputum.m06 nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-07-23 nan nan BAR0537.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0537.sputum.m12 TACAGCGCATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0537.sputum.m12 nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_108 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-01-21 nan nan BAR0537.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0537.sputum.m18 CAATCATAGGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0537.sputum.m18 nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-07-18 nan nan BAR0537.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Sputum nan 36.5 nan +BAR0537.stool.baseline ACGGCGTTATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline BAR0537.stool.baseline nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.baseline nan nan nan nan 2018-01-24 nan nan BAR0537.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0537.stool.m02 CATTTGACGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 1.0 m02 BAR0537.stool.m02 nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.m02 nan nan nan nan 2018-03-18 nan nan BAR0537.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0537.stool.m06 GCTGCGTATACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 BAR0537.stool.m06 nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.m06 nan nan nan nan 2018-07-23 nan nan BAR0537.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0537.stool.m12 AATGTTCAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 BAR0537.stool.m12 nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.m12 nan nan nan nan 2019-01-21 nan nan BAR0537.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0537.stool.m18 CAATCATAGGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.663623082542 0.0 1.0 35.3 normal nan BAR0537 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 80.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 BAR0537.stool.m18 nan baseline 1.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 1 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 46.0 BAR0537.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0537.stool.m18 nan nan nan nan 2019-07-18 nan nan BAR0537.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0537 nan Female Stool nan 36.5 nan +BAR0541.sputum.baseline AGGGTGACTTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0541.sputum.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-01-29 nan nan BAR0541.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Sputum nan 48.0 nan +BAR0541.sputum.m02 CCATGTGGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0541.sputum.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-04-26 nan nan BAR0541.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Sputum nan 48.0 nan +BAR0541.sputum.m06 TTCAGTTCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0541.sputum.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0541.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Sputum nan 48.0 nan +BAR0541.sputum.m12 CCGATAAAGGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0541.sputum.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-02-07 nan nan BAR0541.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Sputum nan 48.0 nan +BAR0541.sputum.m18 GCGTGCCCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0541.sputum.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-08-05 nan nan BAR0541.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Sputum nan 48.0 nan +BAR0541.stool.baseline GAGAAGCTTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline BAR0541.stool.baseline nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.baseline nan nan nan nan 2018-01-29 nan nan BAR0541.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Stool nan 48.0 nan +BAR0541.stool.m02 GGCGTAACGGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 BAR0541.stool.m02 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.m02 nan nan nan nan 2018-04-26 nan nan BAR0541.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Stool nan 48.0 nan +BAR0541.stool.m06 AATACAGACCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 BAR0541.stool.m06 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-06 nan nan BAR0541.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Stool nan 48.0 nan +BAR0541.stool.m12 CCGATAAAGGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 BAR0541.stool.m12 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.m12 nan nan nan nan 2019-02-07 nan nan BAR0541.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Stool nan 48.0 nan +BAR0541.stool.m18 GCGTGCCCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 19.9791883454735 0.0 0.0 35.4 normal nan BAR0541 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 BAR0541.stool.m18 nan baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 BAR0541.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0541.stool.m18 nan nan nan nan 2019-08-05 nan nan BAR0541.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0541 nan Female Stool nan 48.0 nan +BAR0542.sputum.baseline GACGTTAAGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 6.0 24.4726108504013 0.0 0.0 37.1 normal 0.0 BAR0542 no 0.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 2 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 Black 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline BAR0542.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 151.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0542.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0542.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0542.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-01-30 nan nan BAR0542.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0542 nan Female Sputum nan 55.8 nan +BAR0542.sputum.m06 ATGGGACCTTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 6.0 24.4726108504013 0.0 0.0 37.1 normal 0.0 BAR0542 no 0.0 bar 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan 84.0 normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 2 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 Black 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 7.0 m06 BAR0542.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 151.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 BAR0542.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0542.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0542.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-09-10 nan nan BAR0542.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0542 nan Female Sputum nan 55.8 nan +BAR0545.sputum.baseline AGGGACTTCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0545.sputum.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-02-01 nan nan BAR0545.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Sputum nan 30.8 nan +BAR0545.sputum.m02 GTACGTCACTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 2.0 m02 BAR0545.sputum.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0545.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Sputum nan 30.8 nan +BAR0545.sputum.m06 CCGGCCGCGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 6.0 m06 BAR0545.sputum.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan BAR0545.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Sputum nan 30.8 nan +BAR0545.sputum.m12 CTATATTATCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 12.0 m12 BAR0545.sputum.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-02-06 nan nan BAR0545.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Sputum nan 30.8 nan +BAR0545.sputum.m18 CAAACTGCGTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 18.0 m18 BAR0545.sputum.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-08-01 nan nan BAR0545.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Sputum nan 30.8 nan +BAR0545.stool.baseline GATCTAATCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline BAR0545.stool.baseline 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.baseline nan nan nan nan 2018-02-01 nan nan BAR0545.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Stool nan 30.8 nan +BAR0545.stool.m02 CCGCAGCCGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 2.0 m02 BAR0545.stool.m02 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.m02 nan nan nan nan 2018-04-05 nan nan BAR0545.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Stool nan 30.8 nan +BAR0545.stool.m06 GAACCGTGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 6.0 m06 BAR0545.stool.m06 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan BAR0545.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Stool nan 30.8 nan +BAR0545.stool.m12 CTATATTATCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 12.0 m12 BAR0545.stool.m12 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.m12 nan nan nan nan 2019-02-06 nan nan BAR0545.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Stool nan 30.8 nan +BAR0545.stool.m18 CAAACTGCGTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan yes 1.0 index nan low nan low.risk 0.0 13.1573326498355 1.0 1.0 36.4 normal 0.0 BAR0545 yes 1.0 bar nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 112.0 normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 70 >60 0.0 0.0 17.3 1.0 1.0 173.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 18.0 m18 BAR0545.stool.m18 0.0 baseline 0.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan 0.0 0.0 0.0 0.0 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 BAR0545.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan BAR0545.stool.m18 nan nan nan nan 2019-08-01 nan nan BAR0545.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan BAR0545 nan Female Stool nan 30.8 nan +HHC001.stool GTTCGGTGTCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.4 nan nan 85.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC001.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC001.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC001.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC001 nan Male Stool nan nan nan +HHC001-exp-sputum AGCCTTCGTCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.4 nan nan 85.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC001-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC001-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC001-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC001 nan Male Sputum nan nan nan +HHC001-naso-swab CGGCCTAAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.4 nan nan 85.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC001-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC001-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC001-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC001 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC001-oral-wash TCTTCGCAGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.4 nan nan 85.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC001-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC001-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC001-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC001 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC001-oro-swab GCGATGGCGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.4 nan nan 85.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC001-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC001-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC001-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC001-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC001 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC002.stool GCAAGAATACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.8 nan nan 77.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC002.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 19.0 HHC002.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC002.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC002 nan Male Stool nan nan nan +HHC002-exp-sputum CGTATAAATGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.8 nan nan 77.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC002-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 19.0 HHC002-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC002-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC002 nan Male Sputum nan nan nan +HHC002-induced-sputum ACGACGCATTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.8 nan nan 77.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC002-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 19.0 HHC002-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC002-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC002 nan Male Sputum nan nan nan +HHC002-naso-swab TAGACTTCAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.8 nan nan 77.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC002-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 19.0 HHC002-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC002-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC002 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC002-oral-wash CACGCTATTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.8 nan nan 77.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC002-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 19.0 HHC002-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC002-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC002 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC002-oro-swab TTATACGTTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.8 nan nan 77.0 nan nan MB010 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC002-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 19.0 HHC002-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC002-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC002-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC002 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC003.stool CAGGGTAGGGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 87.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC003.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC003.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC003.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC003 nan Male Stool nan nan nan +HHC003-exp-sputum TGACTAATGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 87.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC003-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC003-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC003-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC003 nan Male Sputum nan nan nan +HHC003-induced-sputum GCTCGAAGATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 87.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC003-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC003-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC003-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC003 nan Male Sputum nan nan nan +HHC003-naso-swab GATAGCACTCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 87.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC003-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC003-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC003-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC003 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC003-oral-wash GTTAAGCTGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 87.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC003-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC003-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC003-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC003 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC003-oro-swab CATGATTAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 87.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC003-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC003-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC003-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC003-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC003 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC004.stool CTAGTCGCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.4 nan nan 89.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC004.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 56.0 HHC004.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC004.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC004 nan Female Stool nan nan nan +HHC004-exp-sputum GTGGAGTCTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.4 nan nan 89.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC004-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 56.0 HHC004-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC004-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC004 nan Female Sputum nan nan nan +HHC004-induced-sputum CGCACCCATACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.4 nan nan 89.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC004-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 56.0 HHC004-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC004-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC004 nan Female Sputum nan nan nan +HHC004-naso-swab ACGTTAATATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.4 nan nan 89.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC004-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 56.0 HHC004-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC004-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC004 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC004-oral-wash GCCTAGCCCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.4 nan nan 89.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC004-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 56.0 HHC004-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC004-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC004 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC004-oro-swab AGCACCGGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 17.4 nan nan 89.0 nan nan MB002 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC004-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 56.0 HHC004-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC004-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC004-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC004 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC005.stool AGAAGGCCTTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 30.7 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC005.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC005.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC005.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC005 nan Female Stool nan nan nan +HHC005-exp-sputum TGATGTGCTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 30.7 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC005-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC005-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC005-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC005 nan Female Sputum nan nan nan +HHC005-induced-sputum ACTACTGAGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 30.7 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC005-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC005-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC005-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC005 nan Female Sputum nan nan nan +HHC005-naso-swab CCATGTGGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 30.7 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC005-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC005-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC005-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC005 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC005-oral-wash CATTCGTGGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 30.7 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC005-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC005-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC005-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC005 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC005-oro-swab CTAACCTCATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 30.7 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC005-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC005-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC005-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC005-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC005 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC006.stool TTGGAACGGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC006.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC006.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC006.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC006 nan Female Stool nan nan nan +HHC006-exp-sputum TGTGCACGCCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC006-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC006-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC006-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC006 nan Female Sputum nan nan nan +HHC006-induced-sputum CACGTTTATTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC006-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC006-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC006-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC006 nan Female Sputum nan nan nan +HHC006-naso-swab ACACGTTTGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC006-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC006-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC006-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC006 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC006-oral-wash GCGGTCGGTCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC006-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC006-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC006-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC006 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC006-oro-swab CTTCGGAGGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 98.0 nan nan MB007 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC006-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC006-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC006-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC006-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC006 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC007.stool TACCTGTGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.7 nan nan 57.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 57.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC007.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC007.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC007.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC007 nan Female Stool nan nan nan +HHC007-exp-sputum GGTGAGCAAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.7 nan nan 57.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 57.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC007-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC007-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC007-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC007 nan Female Sputum nan nan nan +HHC007-induced-sputum GAAATCTTGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.7 nan nan 57.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 57.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC007-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC007-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC007-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC007 nan Female Sputum nan nan nan +HHC007-naso-swab AGACTATTTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.7 nan nan 57.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 57.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC007-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC007-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC007-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC007 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC007-oral-wash TCAGTCAGATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.7 nan nan 57.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 57.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC007-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC007-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC007-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC007 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC007-oro-swab GTGACCCTGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.7 nan nan 57.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 57.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan 0 nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC007-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC007-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC007-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC007-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC007 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC008.stool GATGCGCAGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 16.5 nan nan 104.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 104.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC008.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC008.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC008.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC008 nan Male Stool nan nan nan +HHC008-exp-sputum CTATGTATTAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 16.5 nan nan 104.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 104.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC008-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC008-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC008-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC008 nan Male Sputum nan nan nan +HHC008-induced-sputum AATAACTAGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 16.5 nan nan 104.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 104.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC008-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC008-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC008-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC008 nan Male Sputum nan nan nan +HHC008-naso-swab AGTCCGAGTTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 16.5 nan nan 104.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 104.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC008-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC008-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC008-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC008 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC008-oral-wash CGAACGTCTATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 16.5 nan nan 104.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 104.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC008-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC008-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC008-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC008 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC008-oro-swab GAGAATGGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 16.5 nan nan 104.0 nan nan MB003 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 104.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC008-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC008-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC008-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC008-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC008 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC009.stool CTACCGATTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.4 nan nan 96.0 nan nan MB005 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC009.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 64.0 HHC009.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC009.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC009 nan Male Stool nan nan nan +HHC009-exp-sputum TCCATACCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.4 nan nan 96.0 nan nan MB005 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC009-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 64.0 HHC009-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC009-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC009 nan Male Sputum nan nan nan +HHC009-induced-sputum ATTACGTATCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.4 nan nan 96.0 nan nan MB005 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC009-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 64.0 HHC009-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC009-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC009 nan Male Sputum nan nan nan +HHC009-naso-swab GCTGAGCCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.4 nan nan 96.0 nan nan MB005 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC009-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 64.0 HHC009-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC009-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC009 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC009-oral-wash CAGTCCCTGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.4 nan nan 96.0 nan nan MB005 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC009-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 64.0 HHC009-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC009-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC009 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC009-oro-swab TAGGAGAGACAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.4 nan nan 96.0 nan nan MB005 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC009-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 64.0 HHC009-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC009-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC009-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC009 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC011.stool GGTAATAGAGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.2 nan nan 96.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC011.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC011.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC011.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC011 nan Female Stool nan nan nan +HHC011-exp-sputum ATGCTGCAACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.2 nan nan 96.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC011-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC011-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC011-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC011 nan Female Sputum nan nan nan +HHC011-induced-sputum TATCCAAGCGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.2 nan nan 96.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC011-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC011-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC011-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC011 nan Female Sputum nan nan nan +HHC011-naso-swab ACTTAGACTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.2 nan nan 96.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC011-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC011-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC011-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC011 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC011-oral-wash TGATTTAATTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.2 nan nan 96.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC011-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC011-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC011-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC011 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC011-oro-swab GGTGTGAGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 19.2 nan nan 96.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 96.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC011-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 32.0 HHC011-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC011-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC011-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC011 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC012.stool GTAAATTCAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 40.7 nan nan 77.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC012.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC012.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC012.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC012 nan Female Stool nan nan nan +HHC012-exp-sputum CGGGACACCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 40.7 nan nan 77.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC012-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC012-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC012-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC012 nan Female Sputum nan nan nan +HHC012-induced-sputum TATTTGATTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 40.7 nan nan 77.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC012-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC012-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC012-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC012 nan Female Sputum nan nan nan +HHC012-naso-swab GTAATTGTAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 40.7 nan nan 77.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC012-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC012-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC012-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC012 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC012-oral-wash CCTATTGCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 40.7 nan nan 77.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC012-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC012-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC012-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC012 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC012-oro-swab ACCTATGGTGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 40.7 nan nan 77.0 nan nan MB006 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC012-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC012-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC012-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC012-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC012 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC013.stool AATATCGGGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 24.9 nan nan 84.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC013.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC013.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC013.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC013 nan Female Stool nan nan nan +HHC013-exp-sputum ACCTTACACCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 24.9 nan nan 84.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC013-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC013-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC013-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC013 nan Female Sputum nan nan nan +HHC013-induced-sputum GTGCCATAATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 24.9 nan nan 84.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC013-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC013-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC013-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC013 nan Female Sputum nan nan nan +HHC013-naso-swab TCTAACGAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 24.9 nan nan 84.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC013-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC013-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC013-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC013 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC013-oral-wash GTTAGGGAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 24.9 nan nan 84.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC013-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC013-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC013-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC013 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC013-oro-swab ACGCCGAGGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 24.9 nan nan 84.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC013-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC013-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC013-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC013-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC013 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC014.stool TGGACTCAGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 89.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC014.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC014.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC014.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC014 nan Male Stool nan nan nan +HHC014-exp-sputum GTAGTAGACCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 89.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC014-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC014-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC014-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC014 nan Male Sputum nan nan nan +HHC014-induced-sputum AATTCACCTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 89.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC014-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC014-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC014-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC014 nan Male Sputum nan nan nan +HHC014-naso-swab CGTTCCTTGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 89.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC014-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC014-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC014-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC014 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC014-oral-wash AGTACGCAGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 89.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC014-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC014-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC014-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC014 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC014-oro-swab AGCTTCGACAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 89.0 nan nan MB001 nan nan nan nan nan nan nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC014-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 HHC014-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC014-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC014-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC014 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC015.stool TGTTGCGTTTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 25.3 nan nan 68.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC015.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC015.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC015.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC015 nan Female Stool nan nan nan +HHC015-exp-sputum CCGGACAAGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 25.3 nan nan 68.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC015-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC015-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC015-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC015 nan Female Sputum nan nan nan +HHC015-induced-sputum TAATCGGTGCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 25.3 nan nan 68.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC015-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC015-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC015-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC015 nan Female Sputum nan nan nan +HHC015-naso-swab CGTCGCAGCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 25.3 nan nan 68.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC015-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC015-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC015-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC015 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC015-oral-wash TATCCTGGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 25.3 nan nan 68.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC015-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC015-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC015-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC015 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC015-oro-swab TAAGAAACGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 25.3 nan nan 68.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC015-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC015-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC015-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC015-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC015 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC016.stool GCTATATCCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 65.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC016.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC016.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC016.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC016 nan Female Stool nan nan nan +HHC016-exp-sputum TAAATATACCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 65.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC016-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC016-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC016-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC016 nan Female Sputum nan nan nan +HHC016-induced-sputum GAGATACAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 65.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC016-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC016-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC016-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC016 nan Female Sputum nan nan nan +HHC016-naso-swab AGCGATTCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 65.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC016-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC016-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC016-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC016 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC016-oral-wash CTGGTCTTACGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 65.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC016-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC016-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC016-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC016 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC016-oro-swab AGCAACATTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 65.0 nan nan MB009 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC016-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC016-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC016-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC016-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC016 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC017.stool TGAAAGCGGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 23.7 nan nan 83.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 83.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC017.stool nan nan nan nan > 1 year ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 41.0 HHC017.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC017.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC017 nan Female Stool nan nan nan +HHC017-exp-sputum ACTCCCGTGTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 23.7 nan nan 83.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 83.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC017-exp-sputum nan nan nan nan > 1 year ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 41.0 HHC017-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC017-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC017 nan Female Sputum nan nan nan +HHC017-induced-sputum TATTGCAGCAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 23.7 nan nan 83.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 83.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC017-induced-sputum nan nan nan nan > 1 year ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 41.0 HHC017-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC017-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC017 nan Female Sputum nan nan nan +HHC017-oral-wash ATGCCGGTAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 23.7 nan nan 83.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 83.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC017-oral-wash nan nan nan nan > 1 year ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 41.0 HHC017-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC017-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC017 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC017-oro-swab GCTTCATTTCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 23.7 nan nan 83.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 83.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC017-oro-swab nan nan nan nan > 1 year ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 41.0 HHC017-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC017-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC017-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC017 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC018.stool GAGAGTCCACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 97.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 97.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC018.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 22.0 HHC018.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC018.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC018 nan Female Stool nan nan nan +HHC018-exp-sputum AGCCCTGCTACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 97.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 97.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC018-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 22.0 HHC018-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC018-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC018 nan Female Sputum nan nan nan +HHC018-induced-sputum CACGCAGTCTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 97.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 97.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC018-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 22.0 HHC018-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC018-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC018 nan Female Sputum nan nan nan +HHC018-naso-swab AGAGACGCGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 97.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 97.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC018-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 22.0 HHC018-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC018-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC018 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC018-oral-wash ATCAAGATACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 97.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 97.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC018-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 22.0 HHC018-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC018-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC018 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC018-oro-swab CAGTAGCGATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 97.0 nan nan MB011 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 97.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC018-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 22.0 HHC018-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC018-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC018-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC018 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC019.stool ATTTGCTTTGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 27.0 nan nan 70.0 nan nan MB004 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan nan nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC019.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 HHC019.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC019.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC019 nan Male Stool nan nan nan +HHC019-exp-sputum ACTCGCTCGCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 27.0 nan nan 70.0 nan nan MB004 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan nan nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC019-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 HHC019-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC019-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC019 nan Male Sputum nan nan nan +HHC019-induced-sputum AGAGCCAAGAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 27.0 nan nan 70.0 nan nan MB004 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan nan nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC019-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 HHC019-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC019-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC019 nan Male Sputum nan nan nan +HHC019-naso-swab GGACCTGGATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 27.0 nan nan 70.0 nan nan MB004 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan nan nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC019-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 HHC019-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC019-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC019 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC019-oral-wash CTGAGGCCCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 27.0 nan nan 70.0 nan nan MB004 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan nan nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC019-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 HHC019-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC019-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC019 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC019-oro-swab GCCAAGGATAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 27.0 nan nan 70.0 nan nan MB004 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan nan nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC019-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 HHC019-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC019-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC019-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC019 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC020.stool ACCCGGATTTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC020.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC020.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC020.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC020 nan Female Stool nan nan nan +HHC020-exp-sputum CTGTCTATACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC020-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC020-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC020-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC020 nan Female Sputum nan nan nan +HHC020-induced-sputum TGTCAAAGTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC020-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC020-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC020-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC020 nan Female Sputum nan nan nan +HHC020-naso-swab TGCTACAGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC020-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC020-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC020-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC020 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC020-oral-wash CAATAGAATAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC020-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC020-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC020-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC020 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC020-oro-swab AATCTAACAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC020-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC020-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC020-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC020-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC020 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC021.stool AAGCCTCTACGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.3 nan nan 65.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC021.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC021.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC021.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC021 nan Male Stool nan nan nan +HHC021-exp-sputum TAATCTCGCCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.3 nan nan 65.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC021-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC021-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC021-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC021 nan Male Sputum nan nan nan +HHC021-induced-sputum ACTCTTACTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.3 nan nan 65.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC021-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC021-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC021-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC021 nan Male Sputum nan nan nan +HHC021-naso-swab GATCCCACGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.3 nan nan 65.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC021-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC021-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC021-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC021 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC021-oral-wash TATACCGCTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.3 nan nan 65.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC021-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC021-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC021-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC021 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC021-oro-swab CTCACGCAATGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.3 nan nan 65.0 nan nan SCRN0731 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC021-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC021-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC021-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC021-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC021 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC022.stool GCGATGGCGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 113.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 113.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC022.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC022.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC022.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC022 nan Male Stool nan nan nan +HHC022-exp-sputum AGTAAAGATCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 113.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 113.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC022-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC022-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC022-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC022 nan Male Sputum nan nan nan +HHC022-induced-sputum TAGGACGGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 113.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 113.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC022-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC022-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC022-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC022 nan Male Sputum nan nan nan +HHC022-naso-swab CGCTAGGATGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 113.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 113.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC022-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC022-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC022-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC022 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC022-oral-wash CAGTGCACGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 113.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 113.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC022-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC022-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC022-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC022 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC022-oro-swab GAGAGGGATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.5 nan nan 113.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 113.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC022-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC022-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC022-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC022-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC022 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC023.stool TTATACGTTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.0 nan nan 68.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC023.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 60.0 HHC023.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC023.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC023 nan Female Stool nan nan nan +HHC023-exp-sputum TTGCTGGACGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.0 nan nan 68.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC023-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 60.0 HHC023-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC023-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC023 nan Female Sputum nan nan nan +HHC023-induced-sputum GTTTGGCCACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.0 nan nan 68.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC023-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 60.0 HHC023-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC023-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC023 nan Female Sputum nan nan nan +HHC023-naso-swab CTACTTACATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.0 nan nan 68.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC023-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 60.0 HHC023-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC023-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC023 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC023-oral-wash CTGGTGCTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.0 nan nan 68.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC023-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 60.0 HHC023-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC023-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC023 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC023-oro-swab TTGCGACAAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 40.0 nan nan 68.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC023-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 60.0 HHC023-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC023-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC023-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC023 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC024.stool CATGATTAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 84.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan nan nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC024.stool nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC024.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC024.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC024 nan Male Stool nan nan nan +HHC024-exp-sputum TTGCGGACCCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 84.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan nan nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC024-exp-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC024-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC024-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC024 nan Male Sputum nan nan nan +HHC024-induced-sputum TATATAGTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 84.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan nan nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC024-induced-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC024-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC024-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC024 nan Male Sputum nan nan nan +HHC024-naso-swab ACCACCGTAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 84.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan nan nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC024-naso-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC024-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC024-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC024 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC024-oral-wash ACAAAGGTATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 84.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan nan nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC024-oral-wash nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC024-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC024-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC024 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC024-oro-swab CAGTGTCATGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 84.0 nan nan SCRN0700 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 84.0 nan nan nan nan nan nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC024-oro-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC024-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC024-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC024-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC024 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC025.stool AGCACCGGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.1 nan nan 68.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC025.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 54.0 HHC025.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC025.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC025 nan Male Stool nan nan nan +HHC025-exp-sputum CGGTATAGCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.1 nan nan 68.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC025-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 54.0 HHC025-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC025-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC025 nan Male Sputum nan nan nan +HHC025-induced-sputum CATAAGGGAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.1 nan nan 68.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC025-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 54.0 HHC025-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC025-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC025 nan Male Sputum nan nan nan +HHC025-naso-swab CGGTTGGCGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.1 nan nan 68.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC025-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 54.0 HHC025-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC025-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC025 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC025-oral-wash TGAACCCTATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.1 nan nan 68.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC025-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 54.0 HHC025-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC025-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC025 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC025-oro-swab CATTCAGTTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.1 nan nan 68.0 nan nan SCRN0702 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC025-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 54.0 HHC025-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC025-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC025-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC025 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC026.stool CTAACCTCATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 28.5 nan nan 102.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 102.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC026.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC026.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC026.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC026 nan Female Stool nan nan nan +HHC026-exp-sputum CCTAACGGTCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 28.5 nan nan 102.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 102.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC026-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC026-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC026-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC026 nan Female Sputum nan nan nan +HHC026-induced-sputum GTGCAACCAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 28.5 nan nan 102.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 102.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC026-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC026-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC026-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC026 nan Female Sputum nan nan nan +HHC026-naso-swab CCACCGGGCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 28.5 nan nan 102.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 102.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC026-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC026-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC026-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC026 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC026-oral-wash AATAAGCAATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 28.5 nan nan 102.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 102.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC026-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC026-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC026-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC026 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC026-oro-swab CCACTCTCTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 28.5 nan nan 102.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 102.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC026-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC026-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC026-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC026-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC026 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC027.stool CTTCGGAGGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.5 nan nan 110.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 110.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC027.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC027.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC027.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC027 nan Female Stool nan nan nan +HHC027-exp-sputum TTCCTTAGTAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.5 nan nan 110.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 110.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC027-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC027-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC027-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC027 nan Female Sputum nan nan nan +HHC027-induced-sputum CTCACCTAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.5 nan nan 110.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 110.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC027-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC027-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC027-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC027 nan Female Sputum nan nan nan +HHC027-naso-swab TATGTGCCGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.5 nan nan 110.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 110.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC027-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC027-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC027-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC027 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC027-oral-wash TATGGGTAGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.5 nan nan 110.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 110.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC027-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC027-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC027-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC027 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC027-oro-swab GAACAAAGAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 29.5 nan nan 110.0 nan nan MB014 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 110.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC027-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC027-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC027-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC027-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC027 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC028.stool GTGACCCTGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 16.9 nan nan 88.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC028.stool nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC028.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC028.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC028 nan Female Stool nan nan nan +HHC028-exp-sputum TATGCCAGAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 16.9 nan nan 88.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC028-exp-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC028-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC028-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC028 nan Female Sputum nan nan nan +HHC028-induced-sputum TACTGTACTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 16.9 nan nan 88.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC028-induced-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC028-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC028-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC028 nan Female Sputum nan nan nan +HHC028-naso-swab AGGTGAGTTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 16.9 nan nan 88.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC028-naso-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC028-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC028-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC028 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC028-oral-wash ACATAGCGGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 16.9 nan nan 88.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC028-oral-wash nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC028-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC028-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC028 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC028-oro-swab GTTCCATCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 16.9 nan nan 88.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC028-oro-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 HHC028-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC028-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC028-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC028 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC029.stool GAGAATGGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC029.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC029.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC029.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC029 nan Female Stool nan nan nan +HHC029-exp-sputum ATCTAGTGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC029-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC029-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC029-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC029 nan Female Sputum nan nan nan +HHC029-induced-sputum CTAGAGCTCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC029-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC029-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC029-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC029 nan Female Sputum nan nan nan +HHC029-naso-swab CCGCCAGCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC029-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC029-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC029-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC029 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC029-oral-wash CTTACACTGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC029-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC029-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC029-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC029 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC029-oro-swab ATCGTTATATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC029-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 HHC029-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC029-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC029-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC029 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC030.stool TAGGAGAGACAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.6 nan nan 91.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC030.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC030.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC030.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC030 nan Female Stool nan nan nan +HHC030-exp-sputum CTCGCCCTCGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.6 nan nan 91.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC030-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC030-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC030-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC030 nan Female Sputum nan nan nan +HHC030-induced-sputum AAGTCTTATCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.6 nan nan 91.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC030-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC030-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC030-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC030 nan Female Sputum nan nan nan +HHC030-naso-swab AGCGGTAGCGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.6 nan nan 91.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC030-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC030-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC030-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC030 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC030-oral-wash ACTCACAGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.6 nan nan 91.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC030-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC030-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC030-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC030 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC030-oro-swab TGGCCGTTACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 33.6 nan nan 91.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC030-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 30.0 HHC030-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC030-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC030-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC030 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC031.stool GGTGTGAGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 82.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC031.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC031.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC031.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC031 nan Male Stool nan nan nan +HHC031-exp-sputum TACTAACGCGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 82.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC031-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC031-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC031-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC031 nan Male Sputum nan nan nan +HHC031-induced-sputum GTCCTACACAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 82.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC031-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC031-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC031-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC031 nan Male Sputum nan nan nan +HHC031-naso-swab CGCACGTACCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 82.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC031-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC031-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC031-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC031 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC031-oral-wash GTTGAAGCACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 82.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC031-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC031-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC031-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC031 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC031-oro-swab AGGAACCAGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan control_contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 82.0 nan nan MB013 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 82.0 nan nan nan nan nan nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC031-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC031-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC031-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC031-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC031 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC032.stool ACCTATGGTGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC032.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 HHC032.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC032.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC032 nan Female Stool nan nan nan +HHC032-exp-sputum GTCGTCCAAATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC032-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 HHC032-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC032-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC032 nan Female Sputum nan nan nan +HHC032-induced-sputum ACTGTTTACTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC032-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 HHC032-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC032-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC032 nan Female Sputum nan nan nan +HHC032-naso-swab AGGAAGTAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC032-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 HHC032-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC032-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC032 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC032-oral-wash GTAAACGACTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC032-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 HHC032-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC032-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC032 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC032-oro-swab GTTGACCATCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC032-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 HHC032-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC032-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC032-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC032 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC033.stool ACGCCGAGGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC033.stool nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC033.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC033.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC033 nan Female Stool nan nan nan +HHC033-exp-sputum GACTCTGCTCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC033-exp-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC033-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC033-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC033 nan Female Sputum nan nan nan +HHC033-induced-sputum CAGGCCACTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC033-induced-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC033-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC033-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC033 nan Female Sputum nan nan nan +HHC033-naso-swab CGATTCCTTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC033-naso-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC033-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC033-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC033 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC033-oral-wash TTGGACGTCCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC033-oral-wash nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC033-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC033-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC033 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC033-oro-swab CCAGATATAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0825 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC033-oro-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 44.0 HHC033-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC033-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC033-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC033 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC034.stool AGCTTCGACAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.0 nan nan 78.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC034.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 HHC034.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC034.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC034 nan Male Stool nan nan nan +HHC034-exp-sputum CGCGCCTTAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.0 nan nan 78.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC034-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 HHC034-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC034-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC034 nan Male Sputum nan nan nan +HHC034-induced-sputum ACCCAAGCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.0 nan nan 78.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC034-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 HHC034-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC034-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC034 nan Male Sputum nan nan nan +HHC034-naso-swab AATCCGGTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.0 nan nan 78.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC034-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 HHC034-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC034-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC034 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC034-oral-wash GCACGCGAGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.0 nan nan 78.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC034-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 HHC034-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC034-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC034 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC034-oro-swab TATCGTTATCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 21.0 nan nan 78.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC034-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 HHC034-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC034-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC034-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC034 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC035.stool TAAGAAACGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.8 nan nan 85.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC035.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC035.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC035.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC035 nan Female Stool nan nan nan +HHC035-exp-sputum CGTCCGTATGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.8 nan nan 85.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC035-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC035-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC035-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC035 nan Female Sputum nan nan nan +HHC035-induced-sputum AGATGCAATGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.8 nan nan 85.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC035-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC035-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC035-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC035 nan Female Sputum nan nan nan +HHC035-naso-swab ATACCGTCTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.8 nan nan 85.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC035-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC035-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC035-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC035 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC035-oral-wash CTTAGGCATGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.8 nan nan 85.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC035-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC035-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC035-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC035 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC035-oro-swab ATTCGGTAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.8 nan nan 85.0 nan nan SCRN0926 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC035-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 21.0 HHC035-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC035-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC035-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC035 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC036.stool AGCAACATTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.9 nan nan 91.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan Don't know nan nan nan nan HHC036.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC036.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC036.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC036 nan Female Stool nan nan nan +HHC036-exp-sputum CGTTTGGAATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.9 nan nan 91.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan Don't know nan nan nan nan HHC036-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC036-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC036-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC036 nan Female Sputum nan nan nan +HHC036-induced-sputum TCTCGCACTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.9 nan nan 91.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan Don't know nan nan nan nan HHC036-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC036-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC036-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC036 nan Female Sputum nan nan nan +HHC036-naso-swab AACGATCATAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.9 nan nan 91.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan Don't know nan nan nan nan HHC036-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC036-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC036-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC036 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC036-oral-wash GCGTGGTCATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.9 nan nan 91.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan Don't know nan nan nan nan HHC036-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC036-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC036-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC036 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC036-oro-swab TGACGAGGGCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 31.9 nan nan 91.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 91.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan Don't know nan nan nan nan HHC036-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 62.0 HHC036-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC036-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC036-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC036 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC037.stool GCTTCATTTCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.8 nan nan 72.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC037.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 67.0 HHC037.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC037.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC037 nan Female Stool nan nan nan +HHC037-exp-sputum ACGCTTAACGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.8 nan nan 72.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC037-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 67.0 HHC037-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC037-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC037 nan Female Sputum nan nan nan +HHC037-induced-sputum GGTCTTAGCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.8 nan nan 72.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC037-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 67.0 HHC037-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC037-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC037 nan Female Sputum nan nan nan +HHC037-naso-swab TCATCTTGATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.8 nan nan 72.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC037-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 67.0 HHC037-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC037-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC037 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC037-oral-wash CCTGCACCTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.8 nan nan 72.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC037-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 67.0 HHC037-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC037-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC037 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC037-oro-swab TACTTAAACATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.8 nan nan 72.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 72.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC037-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 67.0 HHC037-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC037-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC037-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC037 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC038.stool CAGTAGCGATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.7 nan nan 79.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC038.stool nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC038.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC038.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC038 nan Female Stool nan nan nan +HHC038-exp-sputum TCTCTTTCGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.7 nan nan 79.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC038-exp-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC038-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC038-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC038 nan Female Sputum nan nan nan +HHC038-induced-sputum TTGCACCGTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.7 nan nan 79.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC038-induced-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC038-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC038-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC038 nan Female Sputum nan nan nan +HHC038-naso-swab GTCAGTATGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.7 nan nan 79.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC038-naso-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC038-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC038-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC038 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC038-oral-wash TGGTGTTTATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.7 nan nan 79.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC038-oral-wash nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC038-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC038-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC038 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC038-oro-swab TTCAGCGATGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.7 nan nan 79.0 nan nan SCRN0927 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC038-oro-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 27.0 HHC038-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC038-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC038-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC038 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC039.stool GCCAAGGATAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 22.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC039.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC039.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC039.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC039 nan Male Stool nan nan nan +HHC039-exp-sputum GCGATCACACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 22.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC039-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC039-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC039-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC039 nan Male Sputum nan nan nan +HHC039-induced-sputum ATTTACAATTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 22.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC039-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC039-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC039-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC039 nan Male Sputum nan nan nan +HHC039-naso-swab GTCCTCGCGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 22.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC039-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC039-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC039-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC039 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC039-oral-wash GTGCGGTTCACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 22.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC039-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC039-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC039-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC039 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC039-oro-swab CGTGGTGGGAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 22.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0928 nan nan nan nan nan nan nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC039-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 59.0 HHC039-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC039-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC039-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC039 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC040.stool AATCTAACAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.5 nan nan 68.0 nan nan SCRN0929 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC040.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC040.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC040.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC040 nan Male Stool nan nan nan +HHC040-exp-sputum TGCACAGTCGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.5 nan nan 68.0 nan nan SCRN0929 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC040-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC040-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC040-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC040 nan Male Sputum nan nan nan +HHC040-induced-sputum GTCACGGACATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.5 nan nan 68.0 nan nan SCRN0929 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC040-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC040-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC040-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC040 nan Male Sputum nan nan nan +HHC040-naso-swab CGTTCGCTAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.5 nan nan 68.0 nan nan SCRN0929 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC040-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC040-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC040-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC040 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC040-oral-wash TAGCGCGAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.5 nan nan 68.0 nan nan SCRN0929 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC040-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC040-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC040-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC040 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC040-oro-swab AGACACCAATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.5 nan nan 68.0 nan nan SCRN0929 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC040-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC040-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC040-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC040-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC040 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC041.stool CTCACGCAATGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.5 nan nan 87.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC041.stool nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC041.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC041.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC041 nan Female Stool nan nan nan +HHC041-exp-sputum GTCATGCTCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.5 nan nan 87.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC041-exp-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC041-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC041-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC041 nan Female Sputum nan nan nan +HHC041-induced-sputum ACAGTTGTACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.5 nan nan 87.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC041-induced-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC041-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC041-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC041 nan Female Sputum nan nan nan +HHC041-naso-swab TGCCTGCTCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.5 nan nan 87.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC041-naso-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC041-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC041-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC041 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC041-oral-wash ATGTAGGCTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.5 nan nan 87.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC041-oral-wash nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC041-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC041-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC041 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC041-oro-swab TCATACAGCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 19.5 nan nan 87.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC041-oro-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC041-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC041-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC041-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC041 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC042.stool GAGAGGGATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 93.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 93.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC042.stool nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 50.0 HHC042.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC042.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC042 nan Male Stool nan nan nan +HHC042-exp-sputum TATGGTACCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 93.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 93.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC042-exp-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 50.0 HHC042-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC042-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC042 nan Male Sputum nan nan nan +HHC042-induced-sputum ACTGGCAAACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 93.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 93.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC042-induced-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 50.0 HHC042-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC042-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC042 nan Male Sputum nan nan nan +HHC042-naso-swab TCTTACCCATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 93.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 93.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC042-naso-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 50.0 HHC042-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC042-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC042 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC042-oral-wash GCATTACTGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 93.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 93.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC042-oral-wash nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 50.0 HHC042-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC042-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC042 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC042-oro-swab ATGTATCAATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 15.2 nan nan 93.0 nan nan SCRN0931 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 93.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC042-oro-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 50.0 HHC042-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC042-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC042-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC042 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC043.stool TTGCGACAAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC043.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 18.0 HHC043.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC043.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC043 nan Female Stool nan nan nan +HHC043-exp-sputum ACGTGAGGAACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC043-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 18.0 HHC043-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC043-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC043 nan Female Sputum nan nan nan +HHC043-induced-sputum GCATTCGGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC043-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 18.0 HHC043-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC043-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC043 nan Female Sputum nan nan nan +HHC043-naso-swab TGTGCTTGTAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC043-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 18.0 HHC043-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC043-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC043 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC043-oral-wash TCCGGACTCCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC043-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 18.0 HHC043-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC043-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC043 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC043-oro-swab CGCTGGCTTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 18.9 nan nan 79.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 79.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC043-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 nan 18.0 HHC043-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC043-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC043-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC043 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC044.stool CAGTGTCATGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.2 nan nan 89.0 nan nan SCRN0958 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC044.stool nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 HHC044.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC044.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC044 nan Female Stool nan nan nan +HHC044-exp-sputum AAGAACTCATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.2 nan nan 89.0 nan nan SCRN0958 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC044-exp-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 HHC044-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC044-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC044 nan Female Sputum nan nan nan +HHC044-induced-sputum ACCAGTGACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.2 nan nan 89.0 nan nan SCRN0958 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC044-induced-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 HHC044-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC044-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC044 nan Female Sputum nan nan nan +HHC044-naso-swab ATGTTAGGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.2 nan nan 89.0 nan nan SCRN0958 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC044-naso-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 HHC044-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC044-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC044 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC044-oral-wash GATTCTTTAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.2 nan nan 89.0 nan nan SCRN0958 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC044-oral-wash nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 HHC044-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC044-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC044 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC044-oro-swab AGACAGTAGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 29.2 nan nan 89.0 nan nan SCRN0958 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 89.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC044-oro-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 HHC044-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC044-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC044-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC044 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC045.stool CATTCAGTTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC045.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC045.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC045.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC045 nan Male Stool nan nan nan +HHC045-exp-sputum TACGGATTATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC045-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC045-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC045-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC045 nan Male Sputum nan nan nan +HHC045-induced-sputum GCCTACTCTCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC045-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC045-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC045-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC045 nan Male Sputum nan nan nan +HHC045-naso-swab AAGTGGCTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC045-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC045-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC045-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC045 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC045-oral-wash AGGACAAACTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC045-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC045-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC045-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC045 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC045-oro-swab GTGCGAGGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0959 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.positive nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC045-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 HHC045-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC045-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC045-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC045 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC046-exp-sputum ACATACTGAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 25.4 nan nan 65.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC046-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC046-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC046-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC046 nan Female Sputum nan nan nan +HHC046-induced-sputum CTCCGAACAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 25.4 nan nan 65.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC046-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC046-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC046-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC046 nan Female Sputum nan nan nan +HHC046-naso-swab GTCGTTACCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 25.4 nan nan 65.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC046-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC046-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC046-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC046 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC046-oral-wash TCTTCCTAAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 25.4 nan nan 65.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC046-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC046-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC046-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC046 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC046-oro-swab AAGATCGTACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 25.4 nan nan 65.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 65.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC046-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 31.0 HHC046-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC046-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC046-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC046 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC047.stool CCACTCTCTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.2 nan nan 77.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC047.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 HHC047.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC047.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC047 nan Male Stool nan nan nan +HHC047-exp-sputum CAAACGCACTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.2 nan nan 77.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC047-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 HHC047-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC047-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC047 nan Male Sputum nan nan nan +HHC047-induced-sputum CCACTGCCCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.2 nan nan 77.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC047-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 HHC047-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC047-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC047 nan Male Sputum nan nan nan +HHC047-naso-swab AGTATATGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.2 nan nan 77.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC047-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 HHC047-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC047-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC047 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC047-oral-wash CTTGTGCGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.2 nan nan 77.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC047-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 HHC047-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC047-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC047 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC047-oro-swab GTCATTGGGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 33.2 nan nan 77.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 77.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC047-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 HHC047-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC047-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC047-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC047 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC048.stool GAACAAAGAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.6 nan nan 73.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 73.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC048.stool nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 HHC048.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC048.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC048 nan Male Stool nan nan nan +HHC048-exp-sputum TTACTGTGGCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.6 nan nan 73.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 73.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC048-exp-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 HHC048-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC048-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC048 nan Male Sputum nan nan nan +HHC048-induced-sputum GAATATACCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.6 nan nan 73.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 73.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC048-induced-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 HHC048-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC048-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC048 nan Male Sputum nan nan nan +HHC048-naso-swab GGCTCGTCGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.6 nan nan 73.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 73.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC048-naso-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 HHC048-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC048-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC048 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC048-oral-wash GCGCTTAGAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.6 nan nan 73.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 73.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC048-oral-wash nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 HHC048-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC048-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC048 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC048-oro-swab CGCAGATTAGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 24.6 nan nan 73.0 nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 73.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC048-oro-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 HHC048-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC048-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC048-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC048 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC049.stool GTTCCATCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 38.8 nan nan 87.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC049.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC049.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC049.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC049 nan Female Stool nan nan nan +HHC049-exp-sputum TACCGAAGGTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 38.8 nan nan 87.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC049-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC049-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC049-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC049 nan Female Sputum nan nan nan +HHC049-induced-sputum ACCAGAAATGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 38.8 nan nan 87.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC049-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC049-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC049-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC049 nan Female Sputum nan nan nan +HHC049-naso-swab GACATCTGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 38.8 nan nan 87.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC049-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC049-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC049-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC049 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC049-oral-wash AGAGGAGTCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 38.8 nan nan 87.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC049-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC049-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC049-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC049 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC049-oro-swab CTCATATGCTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 38.8 nan nan 87.0 nan nan SCRN0960 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC049-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 51.0 HHC049-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC049-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC049-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC049 nan Female Oral_Swab nan nan nan +HHC050.stool ATCGTTATATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 74.0 nan nan SCRN0962 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC050.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 HHC050.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC050.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC050 nan Male Stool nan nan nan +HHC050-exp-sputum TACAATATCTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 74.0 nan nan SCRN0962 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC050-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 HHC050-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC050-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC050 nan Male Sputum nan nan nan +HHC050-induced-sputum AACACCATCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 74.0 nan nan SCRN0962 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC050-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 HHC050-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC050-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC050 nan Male Sputum nan nan nan +HHC050-naso-swab AATTTCCTAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 74.0 nan nan SCRN0962 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC050-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 HHC050-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC050-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC050 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +HHC050-oral-wash GTCTCCTCCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 74.0 nan nan SCRN0962 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC050-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 HHC050-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC050-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC050 nan Male Oral_Wash nan nan nan +HHC050-oro-swab CAAATGGTCGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 74.0 nan nan SCRN0962 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Only on special occasions nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC050-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 HHC050-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC050-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC050-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC050 nan Male Oral_Swab nan nan nan +HHC051.stool TGGCCGTTACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.0 nan nan nan nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC051.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 49.0 HHC051.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051.stool nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051.stool nan nan nan nan nan nan nan HHC051.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC051 nan Female Stool nan nan nan +HHC051-exp-sputum GGTTGCCCTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.0 nan nan nan nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC051-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 49.0 HHC051-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC051-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC051 nan Female Sputum nan nan nan +HHC051-induced-sputum TCTACATACATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.0 nan nan nan nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC051-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 49.0 HHC051-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan HHC051-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC051 nan Female Sputum nan nan nan +HHC051-naso-swab ATAAACGGACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.0 nan nan nan nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC051-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 49.0 HHC051-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC051-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC051 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +HHC051-oral-wash AGTATCATATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.0 nan nan nan nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC051-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 49.0 HHC051-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan HHC051-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC051 nan Female Oral_Wash nan nan nan +HHC051-oro-swab CAGCTGGTTCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan 41.0 nan nan nan nan nan SCRN0961 nan nan nan nan nan nan nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan HHC051-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 49.0 HHC051-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan HHC051-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan HHC051-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan HHC051 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB001.stool AGGAACCAGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 71.0 nan nan MB001 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Don't know nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB001.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 MB001.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB001.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB001.stool nan nan nan nan nan nan nan MB001.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB001 nan Female Stool nan nan nan +MB001-exp-sputum TGATATCGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 71.0 nan nan MB001 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Don't know nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB001-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 MB001-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB001-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB001 nan Female Sputum nan nan nan +MB001-induced-sputum TGGCGCACGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 71.0 nan nan MB001 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Don't know nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB001-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 MB001-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB001-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB001 nan Female Sputum nan nan nan +MB001-naso-swab GCTAGTTATGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 71.0 nan nan MB001 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Don't know nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB001-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 MB001-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB001-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB001 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB001-oral-wash CGGATCTAGTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 71.0 nan nan MB001 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Don't know nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB001-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 MB001-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB001-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB001 nan Female Oral_Wash nan nan nan +MB001-oro-swab ATAGACACTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 18.2 nan nan 71.0 nan nan MB001 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Don't know nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB001-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 28.0 MB001-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB001-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB001-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB001 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB002.stool GTTGACCATCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 39.1 nan nan 83.0 nan nan MB002 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 83.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB002.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 MB002.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB002.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB002.stool nan nan nan nan nan nan nan MB002.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB002 nan Female Stool nan nan nan +MB002-naso-swab ACTAGTTGGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 39.1 nan nan 83.0 nan nan MB002 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 83.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB002-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 MB002-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB002-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB002-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB002-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB002 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB002-oral-wash ATAACGGTGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 39.1 nan nan 83.0 nan nan MB002 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 83.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB002-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 MB002-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB002-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB002-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB002-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB002 nan Female Oral_Wash nan nan nan +MB002-oro-swab CTTTGATAATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 39.1 nan nan 83.0 nan nan MB002 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 83.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB002-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 MB002-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB002-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB002-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB002-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB002 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB003.stool CCAGATATAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 69.0 nan nan MB003 No nan nan nan nan No nan >= 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 69.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB003.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 39.0 MB003.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB003.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB003.stool nan nan nan nan nan nan nan MB003.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB003 nan Male Stool nan nan nan +MB003-exp-sputum ATACATGCAAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 69.0 nan nan MB003 No nan nan nan nan No nan >= 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 69.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB003-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 39.0 MB003-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB003-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB003 nan Male Sputum nan nan nan +MB003-induced-sputum ACTGCCCGATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 69.0 nan nan MB003 No nan nan nan nan No nan >= 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 69.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB003-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 39.0 MB003-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB003-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB003 nan Male Sputum nan nan nan +MB003-naso-swab CGCAAGCCCGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 69.0 nan nan MB003 No nan nan nan nan No nan >= 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 69.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB003-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 39.0 MB003-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB003-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB003 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +MB003-oral-wash GCCCTTCCCGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 69.0 nan nan MB003 No nan nan nan nan No nan >= 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 69.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB003-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 39.0 MB003-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB003-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB003 nan Male Oral_Wash nan nan nan +MB003-oro-swab ATTTGAAGAGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 20.8 nan nan 69.0 nan nan MB003 No nan nan nan nan No nan >= 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 69.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB003-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 39.0 MB003-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB003-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB003-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB003 nan Male Oral_Swab nan nan nan +MB004.stool TATCGTTATCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 71.0 nan nan MB004 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB004.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB004.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB004.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB004.stool nan nan nan nan nan nan nan MB004.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB004 nan Female Stool nan nan nan +MB004-exp-sputum GTTGATACGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 71.0 nan nan MB004 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB004-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB004-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB004-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB004 nan Female Sputum nan nan nan +MB004-induced-sputum TCTGGCTACGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 71.0 nan nan MB004 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB004-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB004-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB004-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB004 nan Female Sputum nan nan nan +MB004-naso-swab AGAGCGGAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 71.0 nan nan MB004 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB004-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB004-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB004-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB004 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB004-oral-wash CACAGTTGAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 71.0 nan nan MB004 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB004-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB004-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB004-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB004 nan Female Oral_Wash nan nan nan +MB004-oro-swab TCTACGGCACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 23.1 nan nan 71.0 nan nan MB004 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB004-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB004-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB004-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB004-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB004 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB005-exp-sputum GAAGAGGGTTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 29.6 nan nan 75.0 nan nan MB005 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB005-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 69.0 MB005-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB005-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB005-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB005-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB005 nan Male Sputum nan nan nan +MB005-naso-swab ACATGGGCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 29.6 nan nan 75.0 nan nan MB005 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB005-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 69.0 MB005-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB005-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB005-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB005-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB005 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +MB005-oral-wash GCAAAGGCCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 29.6 nan nan 75.0 nan nan MB005 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB005-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 69.0 MB005-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB005-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB005-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB005-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB005 nan Male Oral_Wash nan nan nan +MB005-oro-swab TCCTAGGTCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 29.6 nan nan 75.0 nan nan MB005 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB005-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 69.0 MB005-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB005-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB005-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB005-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB005 nan Male Oral_Swab nan nan nan +MB006.stool TGACGAGGGCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 36.1 nan nan 68.0 nan nan MB006 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB006.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 MB006.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB006.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB006.stool nan nan nan nan nan nan nan MB006.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB006 nan Female Stool nan nan nan +MB006-naso-swab CTGCGGATATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 36.1 nan nan 68.0 nan nan MB006 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB006-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 MB006-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB006-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB006-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB006-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB006 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB006-oral-wash CTCCCACTAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 36.1 nan nan 68.0 nan nan MB006 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB006-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 MB006-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB006-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB006-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB006-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB006 nan Female Oral_Wash nan nan nan +MB006-oro-swab CTCTTCTGATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 36.1 nan nan 68.0 nan nan MB006 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 68.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB006-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 MB006-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB006-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB006-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB006-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB006 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB007.stool TACTTAAACATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 30.2 nan nan 70.0 nan nan MB007 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB007.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 MB007.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB007.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB007.stool nan nan nan nan nan nan nan MB007.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB007 nan Female Stool nan nan nan +MB007-naso-swab GTGAGGGCAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 30.2 nan nan 70.0 nan nan MB007 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB007-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 MB007-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB007-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB007-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB007-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB007 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB007-oral-wash AATAGATGCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 30.2 nan nan 70.0 nan nan MB007 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB007-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 MB007-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB007-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB007-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB007-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB007 nan Female Oral_Wash nan nan nan +MB007-oro-swab ACACGCGGTTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 30.2 nan nan 70.0 nan nan MB007 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 70.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB007-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 25.0 MB007-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB007-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB007-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB007-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB007 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB009.stool TTCAGCGATGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 35.1 nan nan 63.0 nan nan MB009 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB009.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 MB009.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB009.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB009.stool nan nan nan nan nan nan nan MB009.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB009 nan Female Stool nan nan nan +MB009-exp-sputum GGTTCATGAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 35.1 nan nan 63.0 nan nan MB009 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB009-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 MB009-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB009-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB009 nan Female Sputum nan nan nan +MB009-induced-sputum GAATCTGACAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 35.1 nan nan 63.0 nan nan MB009 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB009-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 MB009-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB009-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB009 nan Female Sputum nan nan nan +MB009-naso-swab ATATTGGCAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 35.1 nan nan 63.0 nan nan MB009 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB009-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 MB009-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB009-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB009 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB009-oral-wash AACGCTTCTTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 35.1 nan nan 63.0 nan nan MB009 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB009-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 MB009-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB009-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB009 nan Female Oral_Wash nan nan nan +MB009-oro-swab CTTGAGAAATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 35.1 nan nan 63.0 nan nan MB009 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB009-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 MB009-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB009-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB009-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB009 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB010.stool CGTGGTGGGAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 42.7 nan nan 63.0 nan nan MB010 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB010.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 MB010.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB010.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB010.stool nan nan nan nan nan nan nan MB010.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB010 nan Female Stool nan nan nan +MB010-exp-sputum TGAGTATGAGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 42.7 nan nan 63.0 nan nan MB010 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB010-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 MB010-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB010-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB010 nan Female Sputum nan nan nan +MB010-induced-sputum CTCATCATGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 42.7 nan nan 63.0 nan nan MB010 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB010-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 MB010-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB010-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB010 nan Female Sputum nan nan nan +MB010-naso-swab TCATCCGTCGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 42.7 nan nan 63.0 nan nan MB010 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB010-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 MB010-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB010-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB010 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB010-oral-wash GTTCGGTGTCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 42.7 nan nan 63.0 nan nan MB010 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB010-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 MB010-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB010-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB010 nan Female Oral_Wash nan nan nan +MB010-oro-swab ACGGCCCTGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 42.7 nan nan 63.0 nan nan MB010 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 63.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB010-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 42.0 MB010-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB010-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB010-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB010 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB011.stool AGACACCAATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 19.8 nan nan 54.0 nan nan MB011 No nan nan nan nan No nan < once a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 54.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB011.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB011.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB011.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB011.stool nan nan nan nan nan nan nan MB011.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB011 nan Male Stool nan nan nan +MB011-exp-sputum AATTTAGGTAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 19.8 nan nan 54.0 nan nan MB011 No nan nan nan nan No nan < once a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 54.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB011-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB011-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB011-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB011 nan Male Sputum nan nan nan +MB011-induced-sputum TTATCCAGTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 19.8 nan nan 54.0 nan nan MB011 No nan nan nan nan No nan < once a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 54.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB011-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB011-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB011-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB011 nan Male Sputum nan nan nan +MB011-naso-swab GGCTTCGGAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 19.8 nan nan 54.0 nan nan MB011 No nan nan nan nan No nan < once a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 54.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB011-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB011-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB011-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB011 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +MB011-oral-wash GCAAGAATACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 19.8 nan nan 54.0 nan nan MB011 No nan nan nan nan No nan < once a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 54.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB011-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB011-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB011-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB011 nan Male Oral_Wash nan nan nan +MB011-oro-swab CATAAATTCTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 19.8 nan nan 54.0 nan nan MB011 No nan nan nan nan No nan < once a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 54.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB011-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 23.0 MB011-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB011-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB011-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB011 nan Male Oral_Swab nan nan nan +MB012.stool TCATACAGCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 34.6 nan nan nan nan nan MB012 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB012.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 40.0 MB012.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB012.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB012.stool nan nan nan nan nan nan nan MB012.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB012 nan Female Stool nan nan nan +MB012-exp-sputum CATATAGCCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 34.6 nan nan nan nan nan MB012 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB012-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 40.0 MB012-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB012-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB012 nan Female Sputum nan nan nan +MB012-induced-sputum GAGTCTTGGTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 34.6 nan nan nan nan nan MB012 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB012-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 40.0 MB012-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB012-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB012 nan Female Sputum nan nan nan +MB012-naso-swab CGGTCAATTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 34.6 nan nan nan nan nan MB012 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB012-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 40.0 MB012-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB012-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB012 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB012-oral-wash CAGGGTAGGGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 34.6 nan nan nan nan nan MB012 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB012-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 40.0 MB012-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan MB012-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB012 nan Female Oral_Wash nan nan nan +MB012-oro-swab GTCAATTAGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 34.6 nan nan nan nan nan MB012 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB012-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 40.0 MB012-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB012-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB012-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB012 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB013.stool ATGTATCAATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 22.4 nan nan 78.0 nan nan MB013 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB013.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 MB013.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB013.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB013.stool nan nan nan nan nan nan nan MB013.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB013 nan Female Stool nan nan nan +MB013-exp-sputum CGGTGACCTACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 22.4 nan nan 78.0 nan nan MB013 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB013-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 MB013-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB013-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB013-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB013-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB013 nan Female Sputum nan nan nan +MB013-induced-sputum CATTTACATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 22.4 nan nan 78.0 nan nan MB013 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB013-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 MB013-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB013-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB013-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB013-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB013 nan Female Sputum nan nan nan +MB013-naso-swab TCCGCTGCTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 22.4 nan nan 78.0 nan nan MB013 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB013-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 MB013-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB013-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB013-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB013-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB013 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB013-oro-swab AGCCCGCAAAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 22.4 nan nan 78.0 nan nan MB013 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB013-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 MB013-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB013-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB013-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB013-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB013 nan Female Oral_Swab nan nan nan +MB014.stool CGCTGGCTTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 26.6 nan nan 71.0 nan nan MB014 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB014.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 MB014.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB014.stool nan nan nan nan nan nan nan nan MB014.stool nan nan nan nan nan nan nan MB014.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB014 nan Female Stool nan nan nan +MB014-exp-sputum CTTAGTGCAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 26.6 nan nan 71.0 nan nan MB014 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB014-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 MB014-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB014-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB014-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB014-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB014 nan Female Sputum nan nan nan +MB014-induced-sputum TTCTTAACGCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 26.6 nan nan 71.0 nan nan MB014 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB014-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 MB014-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB014-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan MB014-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan MB014-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB014 nan Female Sputum nan nan nan +MB014-naso-swab TGCGCGCCTTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 26.6 nan nan 71.0 nan nan MB014 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB014-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 MB014-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB014-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB014-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan MB014-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB014 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +MB014-oro-swab GGCCTATAAGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan control nan nan nan nan nan 26.6 nan nan 71.0 nan nan MB014 No nan nan nan nan No nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 71.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 100% - normal, no complaints, no signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last year nan nan nan nan MB014-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 20.0 MB014-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan MB014-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan MB014-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan MB014-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan MB014 nan Female Oral_Swab nan nan nan +PRTB001.sputum CCTCGCATGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB001.sputum nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB001.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB001.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB001.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB001.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB001 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB001.Oral_wash GTGGGACTGCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB001.Oral_wash nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB001.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB001.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB001.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB001.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB001 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB001.stool CCTCGCATGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB001.stool nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB001.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB001.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB001.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB001.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB001 nan nan Stool nan nan nan +PRTB003.sputum CGCGCAAGTATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB003.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB003.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB003.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB003.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB003.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB003 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB003.Oral_wash CTCCCGAGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB003.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB003.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB003.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB003.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB003.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB003 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB003.stool CGCGCAAGTATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB003.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB003.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB003.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB003.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB003.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB003 nan nan Stool nan nan nan +PRTB005.sputum AAGGCGCTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB005.sputum nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB005.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB005.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB005.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB005.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB005 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB005.Oral_wash CAGATCCCAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB005.Oral_wash nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB005.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB005.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB005.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB005.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB005 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB005.stool AAGGCGCTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB005.stool nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB005.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB005.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB005.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB005.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB005 nan nan Stool nan nan nan +PRTB006.sputum CGCAATGAGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB006.sputum nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB006.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB006.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB006.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB006.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB006 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB006.Oral_wash TGACTGCGTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB006.Oral_wash nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB006.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB006.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB006.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB006.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB006 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB006.stool CGCAATGAGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB006.stool nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB006.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB006.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB006.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB006.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB006 nan nan Stool nan nan nan +PRTB007.sputum ACGGCGTTATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB007.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB007.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB007.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB007.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB007.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB007 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB007.Oral_wash GAGCCCAAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB007.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB007.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB007.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB007.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB007.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB007 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB007.stool ACGGCGTTATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB007.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB007.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB007.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB007.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB007.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB007 nan nan Stool nan nan nan +PRTB008.sputum CATTTGACGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB008.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan >=3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB008.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB008.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB008.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB008.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB008 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB008.Oral_wash CAACGAACCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB008.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan >=3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB008.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB008.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB008.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB008.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB008 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB008.stool CATTTGACGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB008.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan >=3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB008.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB008.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB008.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB008.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB008 nan nan Stool nan nan nan +PRTB009.sputum GCTGCGTATACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB009.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan >=3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB009.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB009.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB009.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB009.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB009 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB009.Oral_wash AGCCCGCAAAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB009.Oral_wash nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan >=3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB009.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB009.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB009.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB009.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB009 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB009.stool GCTGCGTATACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB009.stool nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan >=3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB009.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB009.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB009.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB009.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB009 nan nan Stool nan nan nan +PRTB011.sputum GAGAAGCTTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB011.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB011.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB011.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB011.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB011.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB011 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB011.Oral_wash GTTCGAGTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB011.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB011.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB011.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB011.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB011.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB011 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB011.stool GAGAAGCTTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB011.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB011.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB011.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB011.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB011.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB011 nan nan Stool nan nan nan +PRTB014.sputum GGCGTAACGGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB014.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB014.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB014.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB014.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB014.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB014 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB014.Oral_wash CGGCCTAAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB014.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB014.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB014.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB014.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB014.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB014 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB015.sputum AATACAGACCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB015.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB015.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB015.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB015.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB015.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB015 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB015.Oral_wash TAGACTTCAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB015.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB015.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB015.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB015.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB015.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB015 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB015.stool GGCGTAACGGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB015.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB015.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB015.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB015.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB015.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB015 nan nan Stool nan nan nan +PRTB016.Oral_wash GATAGCACTCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB002 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB016.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB016.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB016.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB016.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB016.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB016 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB018.sputum GATCTAATCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB018.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB018.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB018.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB018.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB018.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB018 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB018.Oral_wash ACGTTAATATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB018.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB018.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB018.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB018.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB018.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB018 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB018.stool AATACAGACCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB018.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB018.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB018.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB018.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB018.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB018 nan nan Stool nan nan nan +PRTB019.sputum CCGCAGCCGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB019.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB019.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB019.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB019.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB019.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB019 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB019.Oral_wash CCATGTGGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB019.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB019.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB019.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB019.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB019.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB019 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB019.stool GATCTAATCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB019.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB019.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB019.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB019.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB019.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB019 nan nan Stool nan nan nan +PRTB022.sputum GAACCGTGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB022.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB022.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB022.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB022.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB022.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB022 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB022.Oral_wash ACACGTTTGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB022.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB022.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB022.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB022.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB022.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB022 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB022.stool CCGCAGCCGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB022.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB022.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB022.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB022.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB022.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB022 nan nan Stool nan nan nan +PRTB023.sputum ACTAAGTACCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB023.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB023.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB023.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB023.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB023.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB023 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB023.Oral_wash AGACTATTTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB023.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB023.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB023.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB023.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB023.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB023 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB023.stool GAACCGTGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB023.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB023.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB023.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB023.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB023.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB023 nan nan Stool nan nan nan +PRTB024.sputum CTCAGCGGGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB024.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB024.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB024.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB024.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB024.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB024 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB024.Oral_wash AGTCCGAGTTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB024.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB024.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB024.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB024.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB024.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB024 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB024.stool ACTAAGTACCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB024.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB024.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB024.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB024.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB024.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB024 nan nan Stool nan nan nan +PRTB025.sputum GTTAACTTACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB025.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB025.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB025.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB025.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB025.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB025 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB025.Oral_wash GCTGAGCCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB025.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB025.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB025.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB025.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB025.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB025 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB025.stool CTCAGCGGGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB025.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB025.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB025.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB025.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB025.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB025 nan nan Stool nan nan nan +PRTB026.sputum GCGAGGAAGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB026.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB026.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB026.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB026.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB026.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB026 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB026.Oral_wash ACTTAGACTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB026.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB026.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB026.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB026.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB026.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB026 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB026.stool GTTAACTTACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB026.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB026.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB026.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB026.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB026.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB026 nan nan Stool nan nan nan +PRTB027.sputum GGACAAGTGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB027.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB027.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB027.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB027.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB027.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB027 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB027.Oral_wash GTAATTGTAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB027.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB027.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB027.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB027.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB027.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB027 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB028.sputum CTGATGTACACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB028.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB028.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB028.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB028.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB028.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB028 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB028.Oral_wash TCTAACGAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB028.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB028.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB028.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB028.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB028.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB028 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB028.stool GCGAGGAAGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB028.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB028.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB028.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB028.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB028.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB028 nan nan Stool nan nan nan +PRTB029.sputum TGGAGCCTTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB029.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB029.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB029.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB029.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB029.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB029 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB029.Oral_wash CGTTCCTTGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB029.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB029.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB029.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB029.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB029.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB029 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB029.stool GGACAAGTGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB029.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB029.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB029.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB029.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB029.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB029 nan nan Stool nan nan nan +PRTB030.sputum ACGTGCCTTAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB030.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB030.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB030.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB030.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB030.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB030 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB030.Oral_wash CGTCGCAGCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB030.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB030.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB030.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB030.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB030.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB030 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB030.stool CTGATGTACACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB030.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB030.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB030.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB030.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB030.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB030 nan nan Stool nan nan nan +PRTB031.sputum CACCCTTGCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB010 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB031.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB031.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB031.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB031.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB031.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB031 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB031.Oral_wash AGCGATTCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB010 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB031.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB031.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB031.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB031.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB031.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB031 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB032.sputum ATGCCTCGTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB010 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB032.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB032.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB032.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB032.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB032.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB032 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB032.Oral_wash CGTGAGGACCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB010 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB032.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB032.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB032.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB032.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB032.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB032 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB033.sputum GTTGTTCTGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB033.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB033.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB033.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB033.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB033.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB033 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB033.Oral_wash AGAGACGCGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB033.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB033.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB033.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB033.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB033.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB033 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB033.stool TGGAGCCTTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB033.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB033.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB033.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB033.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB033.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB033 nan nan Stool nan nan nan +PRTB034.sputum CAAATTCGGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB034.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB034.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB034.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB034.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB034.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB034 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB034.Oral_wash GGACCTGGATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB034.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB034.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB034.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB034.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB034.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB034 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB034.stool ACGTGCCTTAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB034.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB034.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB034.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB034.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB034.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB034 nan nan Stool nan nan nan +PRTB035.sputum TACGGTCTGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB035.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB035.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB035.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB035.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB035.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB035 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB035.Oral_wash TGCTACAGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB035.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB035.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB035.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB035.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB035.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB035 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB035.stool CACCCTTGCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB035.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB035.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB035.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB035.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB035.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB035 nan nan Stool nan nan nan +PRTB036.Oral_wash GATCCCACGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB013 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB036.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB036.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB036.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB036.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB036.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB036 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB037.sputum ACGTATTCGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB037.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB037.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB037.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB037.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB037.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB037 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB037.Oral_wash GGCCTATAAGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB037.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB037.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB037.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB037.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB037.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB037 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB038.Oral_wash CGCGGCGCAGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB013 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB038.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB038.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB038.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB038.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB038.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB038 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB039.sputum TTACTTATCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB012 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB039.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB039.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB039.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB039.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB039.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB039 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB039.Oral_wash ACCACCGTAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB012 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB039.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB039.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB039.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB039.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB039.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB039 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB040.sputum AGTTGTAGTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB040.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB040.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB040.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB040.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB040.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB040 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB040.Oral_wash CGGTTGGCGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB040.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB040.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB040.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB040.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB040.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB040 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB041.sputum GATGCCTAATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB041.sputum nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB041.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB041.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB041.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB041.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB041 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB041.Oral_wash CCACCGGGCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB041.Oral_wash nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB041.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB041.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB041.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB041.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB041 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB041.stool ATGCCTCGTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB041.stool nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB041.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB041.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB041.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB041.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB041 nan nan Stool nan nan nan +PRTB042.sputum TTAGTTTGTCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB042.sputum nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB042.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB042.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB042.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB042.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB042 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB042.Oral_wash TATGTGCCGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB042.Oral_wash nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB042.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB042.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB042.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB042.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB042 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB042.stool GTTGTTCTGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB042.stool nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB042.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB042.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB042.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB042.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB042 nan nan Stool nan nan nan +PRTB043.Oral_wash AGGTGAGTTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB043.Oral_wash nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB043.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB043.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB043.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB043.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB043 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB043.stool CAAATTCGGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB043.stool nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB043.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB043.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB043.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB043.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB043 nan nan Stool nan nan nan +PRTB043.sputum AGGGTGACTTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB043.sputum nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB043.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB043.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB043.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB043.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB043 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB044.sputum TTGTGTCTCCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB044.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB044.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB044.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB044.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB044.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB044 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB044.Oral_wash CCGCCAGCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB044.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB044.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB044.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB044.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB044.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB044 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB044.stool TACGGTCTGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB044.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB044.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB044.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB044.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB044.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB044 nan nan Stool nan nan nan +PRTB045.sputum TTCAGTTCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB045.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB045.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB045.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB045.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB045.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB045 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB045.Oral_wash AGCGGTAGCGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB045.Oral_wash nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB045.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB045.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB045.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB045.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB045 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB045.stool ACGTATTCGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB045.stool nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB045.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB045.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB045.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB045.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB045 nan nan Stool nan nan nan +PRTB046.Oral_wash CGCACGTACCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB046.Oral_wash nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB046.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB046.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB046.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB046.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB046 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB047.Oral_wash AGGAAGTAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB047.Oral_wash nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB047.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB047.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB047.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB047.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB047 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB047.stool TTACTTATCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB047.stool nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB047.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB047.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB047.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB047.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB047 nan nan Stool nan nan nan +PRTB047.sputum GACGTTAAGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB047.sputum nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB047.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB047.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB047.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB047.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB047 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB048.sputum ATGGGACCTTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB048.sputum nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB048.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB048.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB048.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB048.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB048 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB048.Oral_wash CGATTCCTTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB048.Oral_wash nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB048.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB048.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB048.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB048.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB048 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB048.stool AGTTGTAGTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB048.stool nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB048.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB048.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB048.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB048.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB048 nan nan Stool nan nan nan +PRTB049.sputum AGGGACTTCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB049.sputum nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB049.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB049.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB049.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB049.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB049 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB049.Oral_wash AATCCGGTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB049.Oral_wash nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB049.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB049.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB049.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB049.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB049 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB049.stool GATGCCTAATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB049.stool nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB049.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB049.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB049.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB049.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB049 nan nan Stool nan nan nan +PRTB050.sputum GTACGTCACTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB050.sputum nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB050.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB050.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB050.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB050.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB050 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB050.Oral_wash ATACCGTCTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB050.Oral_wash nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB050.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB050.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB050.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB050.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB050 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB050.stool TTAGTTTGTCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB050.stool nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB050.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB050.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB050.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB050.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB050 nan nan Stool nan nan nan +PRTB051.Oral_wash AACGATCATAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB051.Oral_wash nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB051.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB051.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB051 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB051.stool AGGGTGACTTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB051.stool nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB051.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB051.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB051 nan nan Stool nan nan nan +PRTB052.sputum CCGGCCGCGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB052.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB052.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB052.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB052.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB052.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB052 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB052.Oral_wash TCATCTTGATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB052.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB052.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB052.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB052.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB052.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB052 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB052.stool TTGTGTCTCCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB052.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB052.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB052.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB052.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB052.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB052 nan nan Stool nan nan nan +PRTB053.sputum GCCGCCAGGGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB053.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB053.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB053.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB053.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB053.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB053 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB053.Oral_wash GTCAGTATGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB053.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB053.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB053.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB053.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB053.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB053 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB053.stool TTCAGTTCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB053.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB053.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB053.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB053.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB053.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB053 nan nan Stool nan nan nan +PRTB054.sputum CAATGTAGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB054.sputum nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB054.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB054.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB054.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB054.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB054 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB054.Oral_wash GTCCTCGCGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB054.Oral_wash nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB054.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB054.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB054.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB054.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB054 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB054.stool GACGTTAAGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB054.stool nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB054.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB054.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB054.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB054.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB054 nan nan Stool nan nan nan +PRTB055.Oral_wash CGTTCGCTAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB055.Oral_wash nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB055.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB055.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB055.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB055.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB055 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB055.stool ATGGGACCTTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB055.stool nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB055.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB055.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB055.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB055.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB055 nan nan Stool nan nan nan +PRTB055.sputum CCGCGTCTCAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB055.sputum nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB055.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB055.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB055.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB055.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB055 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB056.sputum TGGTGGAGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB056.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB056.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB056.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB056.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB056.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB056 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB056.Oral_wash AAGCCGGGTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB056.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB056.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB056.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB056.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB056.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB056 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB056.stool AGGGACTTCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB056.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB056.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB056.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB056.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB056.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB056 nan nan Stool nan nan nan +PRTB057.sputum TCCGATAATCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB057.sputum nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB057.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB057.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB057.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB057.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB057 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB057.Oral_wash TCTTACCCATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB057.Oral_wash nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB057.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB057.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB057.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB057.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB057 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB057.stool GTACGTCACTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB057.stool nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB057.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB057.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB057.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB057.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB057 nan nan Stool nan nan nan +PRTB058.sputum CGGCCAGAAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB058.sputum nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB058.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB058.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB058.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB058.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB058 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB058.Oral_wash TGTGCTTGTAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB058.Oral_wash nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB058.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB058.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB058.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB058.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB058 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB058.stool CCGGCCGCGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB058.stool nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB058.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB058.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB058.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB058.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB058 nan nan Stool nan nan nan +PRTB059.sputum TCGCTACAGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB059.sputum nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB059.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB059.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB059.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB059.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB059 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB059.Oral_wash ATGTTAGGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB059.Oral_wash nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB059.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB059.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB059.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB059.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB059 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB059.stool GCCGCCAGGGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB059.stool nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB059.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB059.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB059.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB059.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB059 nan nan Stool nan nan nan +PRTB060.sputum ATTATGATTATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB060.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB060.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB060.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB060.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB060.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB060 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB060.Oral_wash AAGTGGCTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB060.Oral_wash nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB060.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB060.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB060.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB060.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB060 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB060.stool CAATGTAGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB060.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB060.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB060.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB060.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB060.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB060 nan nan Stool nan nan nan +PRTB061.sputum GCCACCGCCGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB061.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB061.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB061.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB061.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB061.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB061 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB061.Oral_wash CGAGGGAAAGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB061.Oral_wash nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB061.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB061.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB061.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB061.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB061 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB062.sputum AACCACTAACCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB062.sputum nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB062.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB062.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB062.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB062.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB062 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB062.Oral_wash AGTATATGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB062.Oral_wash nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB062.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB062.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB062.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB062.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB062 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB062.stool CCGCGTCTCAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB062.stool nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB062.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB062.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB062.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB062.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB062 nan nan Stool nan nan nan +PRTB063.sputum CCGAGGTATAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB063.sputum nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB063.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB063.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB063.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB063.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB063 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB063.Oral_wash GGCTCGTCGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB063.Oral_wash nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB063.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB063.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB063.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB063.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB063 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB063.stool TGGTGGAGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB063.stool nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB063.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB063.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB063.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB063.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB063 nan nan Stool nan nan nan +PRTB064.sputum ATTTGAAGAGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB064.sputum nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB064.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB064.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB064.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB064.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB064 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB064.Oral_wash GACATCTGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB064.Oral_wash nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB064.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB064.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB064.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB064.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB064 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB064.stool TCCGATAATCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB064.stool nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB064.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB064.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB064.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB064.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB064 nan nan Stool nan nan nan +PRTB065.sputum AAGTCACACACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB065.sputum nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB065.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB065.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB065.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB065.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB065 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB065.Oral_wash AATTTCCTAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB065.Oral_wash nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB065.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB065.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB065.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB065.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB065 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB065.stool CGGCCAGAAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB065.stool nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB065.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB065.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB065.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB065.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB065 nan nan Stool nan nan nan +PRTB066.sputum TGGCAGCGAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB066.sputum nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB066.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB066.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB066.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB066.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB066 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB066.Oral_wash ATAAACGGACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB066.Oral_wash nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB066.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB066.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB066.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB066.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB066 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB067.sputum CCGGCTTATGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB067.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB067.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB067.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB067.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB067.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB067 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB067.Oral_wash GCTAGTTATGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB067.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB067.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB067.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB067.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB067.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB067 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB067.stool TCGCTACAGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB067.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB067.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB067.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB067.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB067.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB067 nan nan Stool nan nan nan +PRTB068.sputum CGAATACTGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB068.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB068.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB068.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB068.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB068.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB068 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB068.Oral_wash ACTAGTTGGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB068.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB068.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB068.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB068.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB068.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB068 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB068.stool ATTATGATTATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB068.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB068.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB068.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB068.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB068.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB068 nan nan Stool nan nan nan +PRTB069.sputum ACACACCCTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB069.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB069.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB069.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB069.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB069.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB069 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB069.Oral_wash CGCAAGCCCGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB069.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB069.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB069.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB069.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB069.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB069 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB069.stool GCCACCGCCGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB069.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB069.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB069.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB069.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB069.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB069 nan nan Stool nan nan nan +PRTB070.sputum AACTTTCAGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB070.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB070.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB070.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB070.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB070.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB070 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB070.Oral_wash AGAGCGGAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB070.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB070.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB070.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB070.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB070.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB070 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB070.stool AACCACTAACCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB070.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB070.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB070.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB070.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB070.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB070 nan nan Stool nan nan nan +PRTB071.sputum AGATTCGCTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB071.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB071.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB071.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB071.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB071.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB071 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB071.Oral_wash ACATGGGCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB071.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB071.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB071.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB071.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB071.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB071 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB071.stool CCGAGGTATAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB071.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB071.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB071.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB071.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB071.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB071 nan nan Stool nan nan nan +PRTB072.sputum AACCGCATAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB072.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB072.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB072.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB072.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB072.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB072 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB072.Oral_wash CTGCGGATATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB072.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB072.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB072.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB072.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB072.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB072 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB072.stool TTAACAAGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB072.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB072.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB072.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB072.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB072.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB072 nan nan Stool nan nan nan +PRTB073.sputum GAAGTAGCGAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB073.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB073.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB073.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB073.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB073.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB073 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB073.Oral_wash GTGAGGGCAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB073.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB073.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB073.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB073.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB073.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB073 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB073.stool AAGTCACACACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB073.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB073.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB073.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB073.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB073.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB073 nan nan Stool nan nan nan +PRTB074.sputum TCTACGGCACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB074.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB074.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB074.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB074.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB074.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB074 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB074.Oral_wash ATATTGGCAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB074.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB074.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB074.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB074.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB074.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB074 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB074.stool TGGCAGCGAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB074.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB074.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB074.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB074.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB074.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB074 nan nan Stool nan nan nan +PRTB075.sputum ATAGTCCTTTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB075.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB075.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB075.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB075.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB075.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB075 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB075.Oral_wash TCATCCGTCGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB075.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB075.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB075.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB075.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB075.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB075 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB075.stool CCGGCTTATGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB075.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB075.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB075.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB075.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB075.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB075 nan nan Stool nan nan nan +PRTB076.sputum TCTTATAACGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB076.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB076.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB076.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB076.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB076.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB076 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB076.Oral_wash GGCTTCGGAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB076.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB076.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB076.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB076.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB076.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB076 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB076.stool CGAATACTGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB076.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB076.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB076.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB076.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB076.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB076 nan nan Stool nan nan nan +PRTB077.sputum TATAGGCTCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB046 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB077.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB077.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB077.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB077.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB077.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB077 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB077.Oral_wash CGGTCAATTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB046 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB077.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB077.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB077.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB077.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB077.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB077 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB078.sputum CCAGGACAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB046 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB078.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB078.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB078.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB078.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB078.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB078 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB078.Oral_wash CTTCAAGATGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB046 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB078.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB078.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB078.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB078.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB078.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB078 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB079.sputum TTGCCGCTCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB079.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB079.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB079.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB079.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB079.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB079 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB079.Oral_wash TGCGCGCCTTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB079.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB079.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB079.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB079.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB079.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB079 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB079.stool ACACACCCTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB079.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB079.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB079.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB079.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB079.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB079 nan nan Stool nan nan nan +PRTB081.sputum CTCTTCTGATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB081.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB081.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB081.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB081.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB081.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB081 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB081.Oral_wash CACGAAAGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB081.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB081.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB081.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB081.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB081.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB081 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB081.stool AACTTTCAGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB081.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB081.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB081.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB081.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB081.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB081 nan nan Stool nan nan nan +PRTB082.sputum TATGTTGACGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB082.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB082.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB082.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB082.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB082.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB082 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB082.Oral_wash CGTGGCTTTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB082.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB082.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB082.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB082.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB082.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB082 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB082.stool AGATTCGCTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB082.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB082.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB082.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB082.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB082.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB082 nan nan Stool nan nan nan +PRTB083.sputum CTTGAGAAATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB083.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB083.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB083.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB083.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB083.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB083 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB083.Oral_wash ATTTGGCTCTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB083.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB083.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB083.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB083.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB083.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB083 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB083.stool AACCGCATAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB083.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB083.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB083.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB083.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB083.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB083 nan nan Stool nan nan nan +PRTB084.sputum TAAGGTCGATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB084.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB084.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB084.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB084.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB084.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB084 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB084.Oral_wash CGCGTCAAACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB084.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB084.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB084.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB084.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB084.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB084 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB084.stool GAAGTAGCGAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB084.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB084.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB084.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB084.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB084.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB084 nan nan Stool nan nan nan +PRTB085.sputum ATAATTGCCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB085.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB085.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB085.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB085.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB085.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB085 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB085.Oral_wash ATGTTCCTCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB085.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB085.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB085.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB085.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB085.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB085 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB085.stool GTGAATGTTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB085.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB085.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB085.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB085.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB085.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB085 nan nan Stool nan nan nan +PRTB086.sputum GCGCGGCGTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB086.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB086.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB086.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB086.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB086.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB086 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB086.Oral_wash TCCGTGGTATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB086.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB086.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB086.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB086.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB086.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB086 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB086.stool ATAGTCCTTTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB086.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB086.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB086.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB086.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB086.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB086 nan nan Stool nan nan nan +PRTB087.sputum AGACTTCTCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB087.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB087.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB087.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB087.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB087.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB087 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB087.Oral_wash GTTGGTTGGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB087.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB087.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB087.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB087.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB087.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB087 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB087.stool TCTTATAACGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB087.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB087.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB087.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB087.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB087.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB087 nan nan Stool nan nan nan +PRTB088.sputum AGTTCTCATTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB088.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB088.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB088.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB088.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB088.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB088 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB088.Oral_wash AACGGGCGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB088.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB088.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB088.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB088.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB088.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB088 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB088.stool TATAGGCTCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB051 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB088.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB088.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB088.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB088.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB088.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB088 nan nan Stool nan nan nan +PRTB089.sputum GTGTCGAGGGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB089.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB089.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB089.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB089.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB089.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB089 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB089.Oral_wash TACTGAGCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB089.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB089.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB089.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB089.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB089.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB089 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB089.stool CCAGGACAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB089.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB089.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB089.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB089.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB089.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB089 nan nan Stool nan nan nan +PRTB090.sputum AGTGTTTCGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB090.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB090.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB090.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB090.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB090.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB090 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB090.Oral_wash GGTGCAGACAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB090.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB090.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB090.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB090.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB090.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB090 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB090.stool TTGCCGCTCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB090.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB090.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB090.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB090.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB090.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB090 nan nan Stool nan nan nan +PRTB091.sputum AGTGCAGGAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB091.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB091.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB091.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB091.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB091.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB091 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB091.Oral_wash GATCCGGCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB091.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB091.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB091.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB091.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB091.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB091 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB091.stool CCACAACGATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB091.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB091.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB091.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB091.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB091.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB091 nan nan Stool nan nan nan +PRTB092.sputum GTTGCTGAGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB092.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB092.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB092.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB092.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB092.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB092 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB092.Oral_wash CTTCCAACTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB092.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB092.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB092.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB092.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB092.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB092 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB092.stool CACCATCTCCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB092.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB092.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB092.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB092.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB092.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB092 nan nan Stool nan nan nan +PRTB093.sputum CGGAGAGACATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB093.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB093.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB093.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB093.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB093.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB093 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB093.Oral_wash CGACCTCGCATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB093.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB093.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB093.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB093.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB093.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB093 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB093.stool TATGTTGACGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB093.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB093.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB093.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB093.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB093.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB093 nan nan Stool nan nan nan +PRTB094.sputum GTCGCTTGCACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB094.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB094.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB094.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB094.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB094.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB094 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB094.Oral_wash GTCAGAGTATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB094.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB094.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB094.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB094.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB094.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB094 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB094.stool TCGAGCCGATCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB094.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB094.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB094.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB094.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB094.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB094 nan nan Stool nan nan nan +PRTB095.sputum TCTTGCGGAGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB095.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB095.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB095.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB095.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB095.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB095 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB095.Oral_wash GAACGATCATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB095.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB095.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB095.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB095.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB095.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB095 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB095.stool TAAGGTCGATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB095.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB095.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB095.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB095.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB095.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB095 nan nan Stool nan nan nan +PRTB096.sputum GAGCCATCTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB096.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB096.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB096.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB096.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB096.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB096 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB096.Oral_wash CTCCACATTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB096.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB096.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB096.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB096.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB096.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB096 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB096.stool ATAATTGCCGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB096.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB096.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB096.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB096.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB096.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB096 nan nan Stool nan nan nan +PRTB097.Oral_wash TCTTCGCAGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB097.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB097.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB097.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB097.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB097.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB097 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB097.stool GCGCGGCGTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB097.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB097.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB097.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB097.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB097.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB097 nan nan Stool nan nan nan +PRTB098.sputum TTCCACACGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB098.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB098.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB098.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB098.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB098.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB098 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB098.Oral_wash CACGCTATTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB098.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB098.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB098.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB098.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB098.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB098 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB098.stool AGACTTCTCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB098.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB098.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB098.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB098.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB098.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB098 nan nan Stool nan nan nan +PRTB099.sputum ATTTCCGCTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB099.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB099.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB099.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB099.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB099.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB099 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB099.Oral_wash GTTAAGCTGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB099.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB099.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB099.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB099.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB099.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB099 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB099.stool AGTTCTCATTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB099.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB099.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB099.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB099.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB099.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB099 nan nan Stool nan nan nan +PRTB100.sputum GTACTCGAACCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB100.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB100.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB100.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB100.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB100.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB100 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB100.Oral_wash GCCTAGCCCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB100.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB100.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB100.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB100.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB100.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB100 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB100.stool GTGTCGAGGGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB100.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB100.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB100.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB100.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB100.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB100 nan nan Stool nan nan nan +PRTB101.sputum ACACCGCACAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB101.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB101.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB101.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB101.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB101.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB101 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB101.Oral_wash CATTCGTGGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB101.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB101.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB101.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB101.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB101.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB101 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB101.stool AGTGTTTCGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB101.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB101.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB101.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB101.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB101.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB101 nan nan Stool nan nan nan +PRTB102.sputum CAGCCCTACCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB102.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB102.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB102.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB102.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB102.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB102 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB102.Oral_wash GCGGTCGGTCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB102.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB102.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB102.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB102.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB102.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB102 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB102.stool AGTGCAGGAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB102.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB102.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB102.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB102.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB102.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB102 nan nan Stool nan nan nan +PRTB103.sputum TCCGCCTAGTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB103.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB103.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB103.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB103.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB103.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB103 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB103.Oral_wash TCAGTCAGATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB103.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB103.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB103.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB103.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB103.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB103 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB103.stool GTTGCTGAGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB103.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB103.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB103.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB103.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB103.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB103 nan nan Stool nan nan nan +PRTB104.sputum CTATCTCCTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB104.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB104.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB104.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB104.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB104.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB104 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB104.Oral_wash CGAACGTCTATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB104.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB104.Oral_wash nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB104.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB104.Oral_wash nan nan nan nan nan nan nan PRTB104.Oral_wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB104 nan nan Oral_Wash nan nan nan +PRTB104.stool CGGAGAGACATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB104.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB104.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB104.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB104.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB104.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB104 nan nan Stool nan nan nan +PRTB105.sputum GATATACCAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB105.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB105.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB105.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB105.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB105.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB105 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB105.stool GTCGCTTGCACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB105.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB105.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB105.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB105.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB105.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB105 nan nan Stool nan nan nan +PRTB106.sputum AGAATCCACCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB106.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB106.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB106.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB106.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB106.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB106 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB106.stool TCTTGCGGAGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB106.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB106.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB106.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB106.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB106.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB106 nan nan Stool nan nan nan +PRTB107.sputum CAAACCTATGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB107.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB107.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB107.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB107.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB107.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB107 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB107.stool GAGCCATCTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB107.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB107.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB107.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB107.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB107.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB107 nan nan Stool nan nan nan +PRTB108.sputum ATAGGAATAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB108.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB108.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB108.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB108.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB108.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB108 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB108.stool TTCCACACGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB108.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB108.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB108.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB108.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB108.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB108 nan nan Stool nan nan nan +PRTB109.sputum CACAACCACAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB109.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB109.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB109.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB109.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB109.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB109 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB109.stool ATTTCCGCTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB109.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB109.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB109.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB109.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB109.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB109 nan nan Stool nan nan nan +PRTB110.sputum TCGTTGGGACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB110.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB110.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB110.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB110.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB110.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB110 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB110.stool GTACTCGAACCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB110.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB110.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB110.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB110.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB110.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB110 nan nan Stool nan nan nan +PRTB112.sputum TAGGACGGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB112.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB112.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB112.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB112.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB112.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB112 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB112.stool ACACCGCACAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB112.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB112.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB112.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB112.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB112.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB112 nan nan Stool nan nan nan +PRTB113.sputum GTTTGGCCACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB113.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB113.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB113.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB113.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB113.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB113 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB113.stool CAGCCCTACCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB113.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB113.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB113.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB113.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB113.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB113 nan nan Stool nan nan nan +PRTB115.sputum TATATAGTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB115.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB115.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB115.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB115.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB115.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB115 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB115.stool TCCGCCTAGTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB115.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB115.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB115.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB115.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB115.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB115 nan nan Stool nan nan nan +PRTB116.sputum ACGGCCCTGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB116.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB116.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB116.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB116.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB116.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB116 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB116.stool CTATCTCCTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB116.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB116.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB116.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB116.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB116.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB116 nan nan Stool nan nan nan +PRTB117.sputum GTGCAACCAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB117.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB117.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB117.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB117.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB117.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB117 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB117.stool GATATACCAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB117.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB117.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB117.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB117.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB117.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB117 nan nan Stool nan nan nan +PRTB124.sputum CTCACCTAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB124.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB124.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB124.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB124.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB124.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB124 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB124.stool AGAATCCACCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y3 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB124.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB124.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB124.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB124.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB124.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB124 nan nan Stool nan nan nan +PRTB127.sputum TACTGTACTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB127.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB127.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB127.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB127.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB127.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB127 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB127.stool CAAACCTATGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB127.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB127.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB127.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB127.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB127.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB127 nan nan Stool nan nan nan +PRTB128.sputum CTAGAGCTCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB128.sputum nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB128.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB128.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB128.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB128.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB128 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB128.stool ATAGGAATAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB128.stool nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB128.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB128.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB128.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB128.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB128 nan nan Stool nan nan nan +PRTB129.stool CACAACCACAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB129.stool nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB129.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB129.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB129.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB129.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB129 nan nan Stool nan nan nan +PRTB129.sputum AAGTCTTATCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB129.sputum nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB129.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB129.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB129.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB129.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB129 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB130.sputum GTCCTACACAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB130.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB130.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB130.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB130.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB130.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB130 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB130.stool TCGTTGGGACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB130.stool nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB130.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB130.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB130.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB130.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB130 nan nan Stool nan nan nan +PRTB131.sputum ACTGTTTACTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB131.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB131.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB131.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB131.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB131.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB131 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB131.stool TAGGACGGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB131.stool nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB131.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB131.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB131.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB131.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB131 nan nan Stool nan nan nan +PRTB133.sputum ACCCAAGCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB133.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB133.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB133.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB133.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB133.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB133 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB133.stool TATATAGTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB133.stool nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB133.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB133.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB133.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB133.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB133 nan nan Stool nan nan nan +PRTB134.sputum AGATGCAATGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB134.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB134.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB134.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB134.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB134.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB134 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB134.stool CATAAGGGAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB134.stool nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB134.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB134.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB134.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB134.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB134 nan nan Stool nan nan nan +PRTB135.sputum TCTCGCACTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB135.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB135.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB135.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB135.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB135.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB135 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB135.stool GTGCAACCAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB135.stool nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB135.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB135.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB135.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB135.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB135 nan nan Stool nan nan nan +PRTB136.stool CTCACCTAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB136.stool nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB136.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB136.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB136.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB136.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB136 nan nan Stool nan nan nan +PRTB136.sputum GGTCTTAGCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB136.sputum nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB136.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB136.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB136.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB136.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB136 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB137.sputum TTGCACCGTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB137.sputum nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB137.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB137.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB137.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB137.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB137 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB137.stool TACTGTACTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB137.stool nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB137.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB137.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB137.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB137.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB137 nan nan Stool nan nan nan +PRTB138.sputum ATTTACAATTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB138.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB138.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB138.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB138.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB138.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB138 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB138.stool CTAGAGCTCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB138.stool nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB138.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB138.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB138.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB138.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB138 nan nan Stool nan nan nan +PRTB139.sputum GTCACGGACATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB139.sputum nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB139.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB139.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB139.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB139.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB139 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB139.stool AAGTCTTATCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan index nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.positive nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB139.stool nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB139.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB139.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB139.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB139.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB139 nan nan Stool nan nan nan +PRTB141.sputum ACTGGCAAACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB141.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB141.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB141.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB141.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB141.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB141 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB141.stool ACTGTTTACTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB141.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB141.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB141.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB141.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB141.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB141 nan nan Stool nan nan nan +PRTB142.sputum GCATTCGGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB142.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB142.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB142.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB142.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB142.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB142 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB142.stool CAGGCCACTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB142.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB142.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB142.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB142.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB142.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB142 nan nan Stool nan nan nan +PRTB143.sputum ACCAGTGACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB143.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB143.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB143.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB143.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB143.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB143 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB143.stool ACCCAAGCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y2 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB143.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB143.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB143.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB143.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB143.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB143 nan nan Stool nan nan nan +PRTB144.sputum CATAAATTCTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB144.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB144.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB144.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB144.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB144.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB144 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB144.stool AGATGCAATGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB144.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB144.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB144.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB144.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB144.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB144 nan nan Stool nan nan nan +PRTB145.sputum CTCCGAACAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB145.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB145.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB145.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB145.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB145.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB145 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB145.stool TCTCGCACTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB145.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB145.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB145.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB145.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB145.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB145 nan nan Stool nan nan nan +PRTB146.sputum CCACTGCCCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB146.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB146.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB146.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB146.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB146.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB146 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB146.stool GGTCTTAGCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB146.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB146.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB146.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB146.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB146.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB146 nan nan Stool nan nan nan +PRTB147.sputum GAATATACCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB147.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB147.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB147.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB147.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB147.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB147 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB147.stool TTGCACCGTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB147.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB147.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB147.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB147.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB147.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB147 nan nan Stool nan nan nan +PRTB148.sputum ACCAGAAATGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB148.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB148.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB148.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB148.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB148.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB148 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB148.stool ATTTACAATTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB148.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB148.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB148.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB148.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB148.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB148 nan nan Stool nan nan nan +PRTB149.sputum AACACCATCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB149.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB149.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB149.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB149.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB149.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB149 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB149.stool GTCACGGACATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB149.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB149.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB149.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB149.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB149.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB149 nan nan Stool nan nan nan +PRTB150.sputum TCTACATACATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB150.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB150.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB150.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB150.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB150.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB150 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB150.stool ACAGTTGTACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB150.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB150.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB150.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB150.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB150.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB150 nan nan Stool nan nan nan +PRTB151.sputum TGGCGCACGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB151.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB151.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB151.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB151.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB151.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB151 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB151.stool ACTGGCAAACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB151.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB151.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB151.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB151.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB151.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB151 nan nan Stool nan nan nan +PRTB152.sputum ACTGCCCGATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB152.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB152.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB152.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB152.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB152.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB152 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB152.stool GCATTCGGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB152.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB152.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB152.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB152.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB152.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB152 nan nan Stool nan nan nan +PRTB156.sputum ATAGTTAGGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB156.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB156.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB156.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB156.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB156.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB156 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB156.stool ACCAGTGACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB156.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB156.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB156.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB156.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB156.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB156 nan nan Stool nan nan nan +PRTB157.sputum GAATCTGACAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB157.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB157.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB157.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB157.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB157.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB157 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB157.stool GCCTACTCTCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB157.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB157.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB157.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB157.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB157.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB157 nan nan Stool nan nan nan +PRTB158.sputum CTCATCATGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB158.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB158.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB158.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB158.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB158.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB158 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB158.stool CTCCGAACAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB158.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB158.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB158.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB158.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB158.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB158 nan nan Stool nan nan nan +PRTB159.sputum TTATCCAGTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB159.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB159.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB159.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB159.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB159.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB159 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB159.stool CCACTGCCCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB159.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB159.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB159.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB159.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB159.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB159 nan nan Stool nan nan nan +PRTB160.sputum GAGTCTTGGTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB160.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB160.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB160.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB160.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB160.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB160 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB160.stool GAATATACCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB160.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB160.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB160.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB160.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB160.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB160 nan nan Stool nan nan nan +PRTB161.sputum GTCAATTAGTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB161.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB161.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB161.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB161.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB161.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB161 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB161.stool ACCAGAAATGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB161.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB161.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB161.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB161.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB161.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB161 nan nan Stool nan nan nan +PRTB162.sputum TTCTTAACGCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB162.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB162.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB162.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB162.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB162.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB162 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB162.stool AACACCATCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB162.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB162.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB162.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB162.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB162.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB162 nan nan Stool nan nan nan +PRTB163.sputum AGTAGTTTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB163.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB163.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB163.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB163.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB163.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB163 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB163.stool TCTACATACATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB163.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB163.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB163.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB163.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB163.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB163 nan nan Stool nan nan nan +PRTB164.sputum GACCCGTTTCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB164.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB164.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB164.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB164.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB164.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB164 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB164.stool TGGCGCACGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB164.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB164.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB164.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB164.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB164.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB164 nan nan Stool nan nan nan +PRTB165.sputum ATTGCCTTGATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB165.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB165.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB165.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB165.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB165.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB165 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB165.stool ACTGCCCGATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB165.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB165.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB165.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB165.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB165.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB165 nan nan Stool nan nan nan +PRTB166.sputum TTAGGATTCTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB166.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB166.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB166.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB166.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB166.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB166 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB166.stool TCTGGCTACGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB166.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB166.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB166.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB166.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB166.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB166 nan nan Stool nan nan nan +PRTB167.sputum GTTTATCTTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB167.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB167.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB167.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB167.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB167.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB167 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB167.stool ATAGTTAGGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB167.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB167.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB167.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB167.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB167.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB167 nan nan Stool nan nan nan +PRTB168.sputum CAGTCTAGTACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB168.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB168.sputum nan nan Clemente_MSQ_136 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB168.sputum nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB168.sputum nan nan nan nan nan nan nan PRTB168.sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB168 nan nan Sputum nan nan nan +PRTB168.stool GAATCTGACAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan contact nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan Y4 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan HIV.negative nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan PREV_TB nan nan nan nan nan nan PRTB168.stool nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan PRTB168.stool nan nan Clemente_MSQ_137 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB168.stool nan nan nan nan nan nan nan nan PRTB168.stool nan nan nan nan nan nan nan PRTB168.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan PRTB168 nan nan Stool nan nan nan +SCRN0700.stool AGACAGTAGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.1 nan nan 74.0 nan nan SCRN0700 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0700.stool nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0700.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0700 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0700-exp-sputum GTCAACGCTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.1 nan nan 74.0 nan nan SCRN0700 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0700-exp-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0700-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0700 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0700-naso-swab GCGCACACCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.1 nan nan 74.0 nan nan SCRN0700 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0700-naso-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0700-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0700 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0700-oral-wash CTAGTCGCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.1 nan nan 74.0 nan nan SCRN0700 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0700-oral-wash nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0700-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0700 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0700-oro-swab CGCGGCGCAGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.1 nan nan 74.0 nan nan SCRN0700 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0700-oro-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0700-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0700-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0700 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0702.stool GTGCGAGGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 15.0 nan nan 90.0 nan nan SCRN0702 Don't know nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 90.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0702.stool nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 SCRN0702.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0702 nan Female Stool nan nan nan +SCRN0702-exp-sputum TGAGTGGTCTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 15.0 nan nan 90.0 nan nan SCRN0702 Don't know nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 90.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0702-exp-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 SCRN0702-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0702 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0702-induced-sputum AGTAGTTTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 15.0 nan nan 90.0 nan nan SCRN0702 Don't know nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 90.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0702-induced-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 SCRN0702-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0702 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0702-naso-swab CACGAAAGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 15.0 nan nan 90.0 nan nan SCRN0702 Don't know nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 90.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0702-naso-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 SCRN0702-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0702 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0702-oral-wash AGAAGGCCTTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 15.0 nan nan 90.0 nan nan SCRN0702 Don't know nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 90.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0702-oral-wash nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 SCRN0702-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0702 nan Female Oral_Wash nan nan nan +SCRN0702-oro-swab AAGCCGGGTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 15.0 nan nan 90.0 nan nan SCRN0702 Don't know nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 90.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0702-oro-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 37.0 SCRN0702-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0702-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0702 nan Female Oral_Swab nan nan nan +SCRN0715.stool AAGATCGTACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.1 nan nan 117.0 nan nan SCRN0715 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 117.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0715.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 SCRN0715.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0715 nan Female Stool nan nan nan +SCRN0715-naso-swab CGTGGCTTTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.1 nan nan 117.0 nan nan SCRN0715 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 117.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0715-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 SCRN0715-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0715 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0715-oral-wash TTGGAACGGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.1 nan nan 117.0 nan nan SCRN0715 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 117.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0715-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 SCRN0715-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0715 nan Female Oral_Wash nan nan nan +SCRN0715-oro-swab CGAGGGAAAGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.1 nan nan 117.0 nan nan SCRN0715 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 117.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0715-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 46.0 SCRN0715-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0715-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0715 nan Female Oral_Swab nan nan nan +SCRN0731.stool GTCATTGGGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.4 nan nan 87.0 nan nan SCRN0731 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0731.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 SCRN0731.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0731 nan Female Stool nan nan nan +SCRN0731-exp-sputum AATGGTTCAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.4 nan nan 87.0 nan nan SCRN0731 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0731-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 SCRN0731-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0731 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0731-induced-sputum GACCCGTTTCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.4 nan nan 87.0 nan nan SCRN0731 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0731-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 SCRN0731-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0731 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0731-naso-swab ATTTGGCTCTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.4 nan nan 87.0 nan nan SCRN0731 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0731-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 SCRN0731-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0731 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0731-oral-wash TACCTGTGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.4 nan nan 87.0 nan nan SCRN0731 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0731-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 SCRN0731-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0731 nan Female Oral_Wash nan nan nan +SCRN0731-oro-swab CTTCAAGATGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.4 nan nan 87.0 nan nan SCRN0731 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 87.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0731-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 26.0 SCRN0731-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0731-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0731 nan Female Oral_Swab nan nan nan +SCRN0733.stool CGCAGATTAGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 14.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0733.stool nan nan nan nan Unsure nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 38.0 SCRN0733.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0733 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0733-exp-sputum GACTCAACCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 14.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0733-exp-sputum nan nan nan nan Unsure nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 38.0 SCRN0733-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0733 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0733-induced-sputum ATTGCCTTGATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 14.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0733-induced-sputum nan nan nan nan Unsure nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 38.0 SCRN0733-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0733 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0733-naso-swab CGCGTCAAACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 14.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0733-naso-swab nan nan nan nan Unsure nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 38.0 SCRN0733-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0733 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0733-oral-wash GATGCGCAGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 14.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0733-oral-wash nan nan nan nan Unsure nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 38.0 SCRN0733-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0733 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0733-oro-swab CTGTAAAGGTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 14.9 nan nan 78.0 nan nan SCRN0733 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 78.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0733-oro-swab nan nan nan nan Unsure nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 38.0 SCRN0733-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0733-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0733 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0825.stool CTCATATGCTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.0 nan nan 74.0 nan nan SCRN0825 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0825.stool nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0825.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0825 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0825-exp-sputum GCCTATGAGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.0 nan nan 74.0 nan nan SCRN0825 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0825-exp-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0825-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0825 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0825-induced-sputum TTAGGATTCTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.0 nan nan 74.0 nan nan SCRN0825 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0825-induced-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0825-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0825 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0825-naso-swab ATGTTCCTCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.0 nan nan 74.0 nan nan SCRN0825 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0825-naso-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0825-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0825 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0825-oral-wash CTACCGATTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.0 nan nan 74.0 nan nan SCRN0825 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0825-oral-wash nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0825-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0825 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0825-oro-swab CCTAAGAGCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 20.0 nan nan 74.0 nan nan SCRN0825 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 74.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0825-oro-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0825-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0825-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0825 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0926.stool CAAATGGTCGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.0 nan nan 101.0 nan nan SCRN0926 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 101.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0926.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 52.0 SCRN0926.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0926 nan Female Stool nan nan nan +SCRN0926-exp-sputum AATGCGCGTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.0 nan nan 101.0 nan nan SCRN0926 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 101.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0926-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 52.0 SCRN0926-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0926 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0926-induced-sputum GTTTATCTTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.0 nan nan 101.0 nan nan SCRN0926 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 101.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0926-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 52.0 SCRN0926-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0926 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0926-naso-swab TCCGTGGTATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.0 nan nan 101.0 nan nan SCRN0926 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 101.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0926-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 52.0 SCRN0926-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0926 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0926-oral-wash GGTAATAGAGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.0 nan nan 101.0 nan nan SCRN0926 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 101.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0926-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 52.0 SCRN0926-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0926 nan Female Oral_Wash nan nan nan +SCRN0926-oro-swab GAGCGCCGAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 16.0 nan nan 101.0 nan nan SCRN0926 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 101.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0926-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 52.0 SCRN0926-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0926-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0926 nan Female Oral_Swab nan nan nan +SCRN0927.stool CAGCTGGTTCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.0 nan nan 92.0 nan nan SCRN0927 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 92.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0927.stool nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 SCRN0927.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0927 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0927-exp-sputum AATCTTGCGCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.0 nan nan 92.0 nan nan SCRN0927 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 92.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0927-exp-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 SCRN0927-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0927 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0927-induced-sputum CAGTCTAGTACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.0 nan nan 92.0 nan nan SCRN0927 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 92.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0927-induced-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 SCRN0927-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0927 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0927-naso-swab GTTGGTTGGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.0 nan nan 92.0 nan nan SCRN0927 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 92.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0927-naso-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 SCRN0927-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0927 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0927-oral-wash GTAAATTCAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.0 nan nan 92.0 nan nan SCRN0927 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 92.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0927-oral-wash nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 SCRN0927-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0927 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0927-oro-swab CTCTATTCCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.0 nan nan 92.0 nan nan SCRN0927 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 92.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0927-oro-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 48.0 SCRN0927-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0927-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0927 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0928.stool ATAGACACTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 13.9 nan nan 98.0 nan nan SCRN0928 No nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0928.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0928.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0928 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0928-exp-sputum TGAGACCCTACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 13.9 nan nan 98.0 nan nan SCRN0928 No nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0928-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0928-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0928 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0928-induced-sputum GTGGGACTGCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 13.9 nan nan 98.0 nan nan SCRN0928 No nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0928-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0928-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0928 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0928-naso-swab AACGGGCGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 13.9 nan nan 98.0 nan nan SCRN0928 No nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0928-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0928-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0928 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0928-oral-wash AATATCGGGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 13.9 nan nan 98.0 nan nan SCRN0928 No nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0928-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0928-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0928 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0928-oro-swab ATGGATAGCTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 13.9 nan nan 98.0 nan nan SCRN0928 No nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 98.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0928-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 47.0 SCRN0928-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0928-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0928 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0929.stool CTTTGATAATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.7 nan nan 76.0 nan nan SCRN0929 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0929.stool nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0929.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0929 nan Female Stool nan nan nan +SCRN0929-exp-sputum TTACACAAAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.7 nan nan 76.0 nan nan SCRN0929 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0929-exp-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0929-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0929 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0929-induced-sputum CTCCCGAGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.7 nan nan 76.0 nan nan SCRN0929 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0929-induced-sputum nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0929-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0929 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0929-naso-swab TACTGAGCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.7 nan nan 76.0 nan nan SCRN0929 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0929-naso-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0929-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0929 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0929-oral-wash TGGACTCAGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.7 nan nan 76.0 nan nan SCRN0929 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0929-oral-wash nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0929-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0929 nan Female Oral_Wash nan nan nan +SCRN0929-oro-swab AGGACGCCAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.7 nan nan 76.0 nan nan SCRN0929 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 76.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0929-oro-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 33.0 SCRN0929-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0929-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0929 nan Female Oral_Swab nan nan nan +SCRN0930.stool ATTTGAAGAGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan Yes nan nan index nan nan nan nan nan 28.2 nan nan 88.0 nan nan SCRN0930 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0930.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped < 6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 SCRN0930.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0930 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0930-exp-sputum CTTATTAAACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan Yes nan nan index nan nan nan nan nan 28.2 nan nan 88.0 nan nan SCRN0930 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0930-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped < 6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 SCRN0930-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0930 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0930-induced-sputum CAGATCCCAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan Yes nan nan index nan nan nan nan nan 28.2 nan nan 88.0 nan nan SCRN0930 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0930-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped < 6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 SCRN0930-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0930 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0930-naso-swab GGTGCAGACAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan Yes nan nan index nan nan nan nan nan 28.2 nan nan 88.0 nan nan SCRN0930 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0930-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped < 6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 SCRN0930-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0930 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0930-oral-wash TGTTGCGTTTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan Yes nan nan index nan nan nan nan nan 28.2 nan nan 88.0 nan nan SCRN0930 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0930-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped < 6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 SCRN0930-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0930 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0930-oro-swab GAATGCGTATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan Yes nan nan index nan nan nan nan nan 28.2 nan nan 88.0 nan nan SCRN0930 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 88.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0930-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped < 6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 35.0 SCRN0930-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0930-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0930 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0931.stool TCTACGGCACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.6 nan nan 52.0 nan nan SCRN0931 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 52.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0931.stool nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 SCRN0931.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0931 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0931-naso-swab GATCCGGCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.6 nan nan 52.0 nan nan SCRN0931 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 52.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0931-naso-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 SCRN0931-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0931 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0931-oral-wash GCTATATCCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.6 nan nan 52.0 nan nan SCRN0931 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 52.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0931-oral-wash nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 SCRN0931-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0931 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0931-oro-swab CACAATACACCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.6 nan nan 52.0 nan nan SCRN0931 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Daily nan nan nan nan nan nan nan nan nan 52.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0931-oro-swab nan nan nan nan > 2 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Never smoked nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 nan 24.0 SCRN0931-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0931-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0931 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0958.stool TCCTAGGTCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 21.7 nan nan 46.0 nan nan SCRN0958 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 46.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0958.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 SCRN0958.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0958 nan Female Stool nan nan nan +SCRN0958-exp-sputum GAACCAGTACTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 21.7 nan nan 46.0 nan nan SCRN0958 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 46.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0958-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 SCRN0958-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0958 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0958-induced-sputum TGACTGCGTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 21.7 nan nan 46.0 nan nan SCRN0958 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 46.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0958-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 SCRN0958-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0958 nan Female Sputum nan nan nan +SCRN0958-naso-swab CTTCCAACTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 21.7 nan nan 46.0 nan nan SCRN0958 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 46.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0958-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 SCRN0958-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0958 nan Female Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0958-oral-wash TGAAAGCGGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 21.7 nan nan 46.0 nan nan SCRN0958 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 46.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0958-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 SCRN0958-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0958 nan Female Oral_Wash nan nan nan +SCRN0958-oro-swab GGCAGTGTTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 21.7 nan nan 46.0 nan nan SCRN0958 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 46.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Once a week nan 90% - capable of normal activity, few symptoms or signs of disease nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0958-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 nan 34.0 SCRN0958-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0958-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0958 nan Female Oral_Swab nan nan nan +SCRN0959.stool CTCTTCTGATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 50.0 nan nan SCRN0959 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 50.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0959.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 58.0 SCRN0959.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0959 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0959-exp-sputum GCCTCTACGTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 50.0 nan nan SCRN0959 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 50.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0959-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 58.0 SCRN0959-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0959 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0959-induced-sputum GAGCCCAAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 50.0 nan nan SCRN0959 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 50.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0959-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 58.0 SCRN0959-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0959 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0959-naso-swab CGACCTCGCATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 50.0 nan nan SCRN0959 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 50.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0959-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 58.0 SCRN0959-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0959 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0959-oral-wash GAGAGTCCACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 50.0 nan nan SCRN0959 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 50.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0959-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 58.0 SCRN0959-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0959 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0959-oro-swab CTACAGGGTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 18.0 nan nan 50.0 nan nan SCRN0959 No nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 50.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0959-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 nan 58.0 SCRN0959-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0959-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0959 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0960.stool ACACGCGGTTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.7 nan nan 75.0 nan nan SCRN0960 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0960.stool nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 61.0 SCRN0960.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0960 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0960-exp-sputum CAAGTGAAGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.7 nan nan 75.0 nan nan SCRN0960 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0960-exp-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 61.0 SCRN0960-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0960 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0960-induced-sputum CAACGAACCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.7 nan nan 75.0 nan nan SCRN0960 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0960-induced-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 61.0 SCRN0960-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0960 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0960-naso-swab GTCAGAGTATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.7 nan nan 75.0 nan nan SCRN0960 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0960-naso-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 61.0 SCRN0960-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0960 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0960-oral-wash ATTTGCTTTGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.7 nan nan 75.0 nan nan SCRN0960 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0960-oral-wash nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 61.0 SCRN0960-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0960 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0960-oro-swab GTTCATTAAACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 22.7 nan nan 75.0 nan nan SCRN0960 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 75.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan >= 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan White nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0960-oro-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 nan 61.0 SCRN0960-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0960-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0960 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0961.stool CTTGAGAAATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0961 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0961.stool nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 SCRN0961.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0961 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0961-exp-sputum CTTGATTCTTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0961 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0961-exp-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 SCRN0961-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0961 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0961-induced-sputum GTTCGCCGCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0961 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0961-induced-sputum nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 SCRN0961-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0961 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0961-naso-swab GAACGATCATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0961 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0961-naso-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 SCRN0961-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0961 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0961-oral-wash ACCCGGATTTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0961 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0961-oral-wash nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 SCRN0961-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0961 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0961-oro-swab TTCGATGCCGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 17.2 nan nan 85.0 nan nan SCRN0961 Yes, but not daily nan nan nan nan Yes nan < 3 days a week nan nan nan nan nan nan nan nan nan 85.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan < 3 days a week nan 80% - normal activity with some difficulty, some symptoms or signs nan nan nan nan nan nan nan nan nan Yes nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0961-oro-swab nan nan nan nan > 5 years ago nan nan nan nan nan nan nan nan Currently smoke cigarettes nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 43.0 SCRN0961-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0961-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0961 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SCRN0962.stool ACGGCCCTGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 25.5 nan nan 99.0 nan nan SCRN0962 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 99.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 70% - caring for self, not capable of normal activity or work nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0962.stool nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 45.0 SCRN0962.stool nan nan Clemente_MSQ_124 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962.stool nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962.stool nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962.stool nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0962 nan Male Stool nan nan nan +SCRN0962-exp-sputum AGGATCAGGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 25.5 nan nan 99.0 nan nan SCRN0962 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 99.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 70% - caring for self, not capable of normal activity or work nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0962-exp-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 45.0 SCRN0962-exp-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-exp-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-exp-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0962 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0962-induced-sputum GTTCGAGTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 25.5 nan nan 99.0 nan nan SCRN0962 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 99.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 70% - caring for self, not capable of normal activity or work nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0962-induced-sputum nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 45.0 SCRN0962-induced-sputum nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-induced-sputum nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-induced-sputum nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0962 nan Male Sputum nan nan nan +SCRN0962-naso-swab CTCCACATTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 25.5 nan nan 99.0 nan nan SCRN0962 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 99.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 70% - caring for self, not capable of normal activity or work nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0962-naso-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 45.0 SCRN0962-naso-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-naso-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-naso-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0962 nan Male Nasal_Swab nan nan nan +SCRN0962-oral-wash AAGCCTCTACGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 25.5 nan nan 99.0 nan nan SCRN0962 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 99.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 70% - caring for self, not capable of normal activity or work nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0962-oral-wash nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 45.0 SCRN0962-oral-wash nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-oral-wash nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-oral-wash nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0962 nan Male Oral_Wash nan nan nan +SCRN0962-oro-swab TCGTTATTCAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan No evidence found nan nan index nan nan nan nan nan 25.5 nan nan 99.0 nan nan SCRN0962 Yes, daily nan nan nan nan Yes nan Never nan nan nan nan nan nan nan nan nan 99.0 nan nan nan nan HIV.negative nan nan Never nan 70% - caring for self, not capable of normal activity or work nan nan nan nan nan nan nan nan nan No nan mixed.ancestry nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan No I have not taken treatment in the last 3 months nan nan nan nan SCRN0962-oro-swab nan nan nan nan 0 nan nan nan nan nan nan nan nan Smoked before but stopped >6 months ago nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 nan 45.0 SCRN0962-oro-swab nan nan Clemente_MSQ_123 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-oro-swab nan nan nan nan nan nan nan SCRN0962-oro-swab nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SCRN0962 nan Male Oral_Swab nan nan nan +SH0001.sputum.baseline CTAGTCGCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.8209169501576 0.0 1.0 66.0 high nan SU0009 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0001.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 SH0001.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0001.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0001.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-03-15 nan nan SH0001.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0001 nan Male Sputum nan 57.1 nan +SH0001.sputum.m6 AGAAGGCCTTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.8209169501576 0.0 1.0 66.0 high nan SU0009 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 4.0 m06 SH0001.sputum.m6 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 SH0001.sputum.m6 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0001.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0001.sputum.m6 nan nan nan nan 2018-08-14 nan nan SH0001.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0001 nan Male Sputum nan 57.1 nan +SH0001.stool.baseline GAACGATCATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.8209169501576 0.0 1.0 66.0 high nan SU0009 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0001.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 SH0001.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0001.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0001.stool.baseline nan nan nan nan 2018-03-15 nan nan SH0001.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0001 nan Male Stool nan 57.1 nan +SH0001.stool.m6 CTCCACATTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 17.8209169501576 0.0 1.0 66.0 high nan SU0009 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 4.0 m06 SH0001.stool.m6 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 179.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 25.0 SH0001.stool.m6 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0001.stool.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0001.stool.m6 nan nan nan nan 2018-08-14 nan nan SH0001.stool.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0001 nan Male Stool nan 57.1 nan +SH0002.sputum.baseline TTGGAACGGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.98190175237 0.0 0.0 60.0 high nan SU0009 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.7 0.0 0.0 267.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0002.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 SH0002.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0002.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0002.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-03-15 nan nan SH0002.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0002 nan Male Sputum nan 72.0 nan +SH0002.stool.baseline TCTTCGCAGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.98190175237 0.0 0.0 60.0 high nan SU0009 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.7 0.0 0.0 267.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0002.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 SH0002.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0002.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0002.stool.baseline nan nan nan nan 2018-03-15 nan nan SH0002.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0002 nan Male Stool nan 72.0 nan +SH0003.sputum.baseline TACCTGTGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.6158059150473 0.0 0.0 80.0 high nan SU0013 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0003.sputum.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0003.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-03-20 nan nan SH0003.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0003 nan Female Sputum nan 73.0 nan +SH0003.sputum.m6 GATGCGCAGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.6158059150473 0.0 0.0 80.0 high nan SU0013 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0003.sputum.m6 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0003.sputum.m6 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.sputum.m6 nan nan nan nan 2018-09-17 nan nan SH0003.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0003 nan Female Sputum nan 73.0 nan +SH0003.sputum.m18 CTGACACGAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.6158059150473 0.0 0.0 80.0 high nan SU0013 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0003.sputum.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0003.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-09-18 nan nan SH0003.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0003 nan Female Sputum nan 73.0 nan +SH0003.stool.baseline CACGCTATTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.6158059150473 0.0 0.0 80.0 high nan SU0013 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0003.stool.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0003.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.stool.baseline nan nan nan nan 2018-03-20 nan nan SH0003.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0003 nan Female Stool nan 73.0 nan +SH0003.stool.m6 GTTAAGCTGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.6158059150473 0.0 0.0 80.0 high nan SU0013 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0003.stool.m6 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0003.stool.m6 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.stool.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.stool.m6 nan nan nan nan 2018-09-17 nan nan SH0003.stool.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0003 nan Female Stool nan 73.0 nan +SH0003.stool.m18 CTGACACGAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 29.6158059150473 0.0 0.0 80.0 high nan SU0013 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0003.stool.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0003.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0003.stool.m18 nan nan nan nan 2019-09-18 nan nan SH0003.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0003 nan Female Stool nan 73.0 nan +SH0004.sputum.baseline CTACCGATTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 16.2109169846994 0.0 1.0 100.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline SH0004.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SH0004.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-03-20 nan nan SH0004.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0004 nan Male Sputum nan 46.3 nan +SH0004.sputum.m6 GGTAATAGAGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 16.2109169846994 0.0 1.0 100.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SH0004.sputum.m6 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SH0004.sputum.m6 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.sputum.m6 nan nan nan nan 2018-09-17 nan nan SH0004.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0004 nan Male Sputum nan 46.3 nan +SH0004.sputum.m18 AGCAGTGCGGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 16.2109169846994 0.0 1.0 100.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 SH0004.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SH0004.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-09-18 nan nan SH0004.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0004 nan Male Sputum nan 46.3 nan +SH0004.stool.baseline GCCTAGCCCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 16.2109169846994 0.0 1.0 100.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline SH0004.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SH0004.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.stool.baseline nan nan nan nan 2018-03-20 nan nan SH0004.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0004 nan Male Stool nan 46.3 nan +SH0004.stool.m6 CATTCGTGGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 16.2109169846994 0.0 1.0 100.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SH0004.stool.m6 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SH0004.stool.m6 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.stool.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.stool.m6 nan nan nan nan 2018-09-17 nan nan SH0004.stool.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0004 nan Male Stool nan 46.3 nan +SH0004.stool.m18 AGCAGTGCGGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 11.0 16.2109169846994 0.0 1.0 100.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 SH0004.stool.m18 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SH0004.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0004.stool.m18 nan nan nan nan 2019-09-18 nan nan SH0004.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0004 nan Male Stool nan 46.3 nan +SH0007.sputum.baseline GTAAATTCAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 20.9390660410482 0.0 0.0 74.0 high nan SU0011 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 14.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0007.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0007.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-04-18 nan nan SH0007.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0007 nan Male Sputum nan 65.6 nan +SH0007.sputum.m06 GTTGGACGAAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 20.9390660410482 0.0 0.0 74.0 high nan SU0011 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 14.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 SH0007.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0007.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-12-03 nan nan SH0007.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0007 nan Male Sputum nan 65.6 nan +SH0007.sputum.m18 CAGGAACCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 20.9390660410482 0.0 0.0 74.0 high nan SU0011 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 14.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0007.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0007.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-10-17 nan nan SH0007.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0007 nan Male Sputum nan 65.6 nan +SH0007.stool.m06 GTTGGACGAAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 20.9390660410482 0.0 0.0 74.0 high nan SU0011 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 14.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 SH0007.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0007.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.stool.m06 nan nan nan nan 2018-12-03 nan nan SH0007.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0007 nan Male Stool nan 65.6 nan +SH0007.stool.m18 CAGGAACCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 20.9390660410482 0.0 0.0 74.0 high nan SU0011 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 14.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0007.stool.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0007.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0007.stool.m18 nan nan nan nan 2019-10-17 nan nan SH0007.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0007 nan Male Stool nan 65.6 nan +SH0008.sputum.baseline AATATCGGGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 21.1524709247619 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0011 no 0.0 sh 2.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0008.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 11.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SH0008.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0008.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0008.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-04-18 nan nan SH0008.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0008 nan Female Sputum nan 56.2 nan +SH0008.stool.baseline GCGGTCGGTCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 21.1524709247619 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0011 no 0.0 sh 2.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0008.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 11.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SH0008.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0008.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0008.stool.baseline nan nan nan nan 2018-04-18 nan nan SH0008.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0008 nan Female Stool nan 56.2 nan +SH0009.sputum.baseline TGGACTCAGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.2188902771993 0.0 0.0 82.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0009.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 1.0 nan 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0009.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-07 nan nan SH0009.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0009 nan Female Sputum nan 65.3 nan +SH0009.sputum.m6 TGTTGCGTTTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.2188902771993 0.0 0.0 82.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0009.sputum.m6 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0009.sputum.m6 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.sputum.m6 nan nan nan nan 2018-11-08 nan nan SH0009.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0009 nan Female Sputum nan 65.3 nan +SH0009.sputum.m18 CAAAGGAGCCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.2188902771993 0.0 0.0 82.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0009.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0009.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-10-29 nan nan SH0009.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0009 nan Female Sputum nan 65.3 nan +SH0009.stool.baseline TCAGTCAGATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.2188902771993 0.0 0.0 82.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0009.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 1.0 nan 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0009.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-07 nan nan SH0009.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0009 nan Female Stool nan 65.3 nan +SH0009.stool.m6 CGAACGTCTATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.2188902771993 0.0 0.0 82.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0009.stool.m6 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0009.stool.m6 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.stool.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.stool.m6 nan nan nan nan 2018-11-08 nan nan SH0009.stool.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0009 nan Female Stool nan 65.3 nan +SH0009.stool.m18 CAAAGGAGCCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.2188902771993 0.0 0.0 82.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0009.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SH0009.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0009.stool.m18 nan nan nan nan 2019-10-29 nan nan SH0009.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0009 nan Female Stool nan 65.3 nan +SH0010.sputum.baseline GCTATATCCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.2954324586978 0.0 0.0 72.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0010.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0010.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-07 nan nan SH0010.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0010 nan Female Sputum nan 52.5 nan +SH0010.sputum.m6 TGAAAGCGGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.2954324586978 0.0 0.0 72.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0010.sputum.m6 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0010.sputum.m6 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.sputum.m6 nan nan nan nan 2018-11-08 nan nan SH0010.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0010 nan Female Sputum nan 52.5 nan +SH0010.sputum.m18 CCAACCCAGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.2954324586978 0.0 0.0 72.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0010.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0010.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-10-28 nan nan SH0010.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0010 nan Female Sputum nan 52.5 nan +SH0010.stool.baseline CAGTCCCTGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.2954324586978 0.0 0.0 72.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0010.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0010.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-07 nan nan SH0010.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0010 nan Female Stool nan 52.5 nan +SH0010.stool.m6 TGATTTAATTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.2954324586978 0.0 0.0 72.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0010.stool.m6 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0010.stool.m6 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.stool.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.stool.m6 nan nan nan nan 2018-11-08 nan nan SH0010.stool.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0010 nan Female Stool nan 52.5 nan +SH0010.stool.m18 CCAACCCAGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.2954324586978 0.0 0.0 72.0 high nan SU0023 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0010.stool.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 147.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0010.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0010.stool.m18 nan nan nan nan 2019-10-28 nan nan SH0010.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0010 nan Female Stool nan 52.5 nan +SH0011.sputum.baseline GAGAGTCCACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 40.1873767258383 0.0 0.0 72.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 45.0 0.0 0.0 450.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0011.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0011.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-21 nan nan SH0011.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0011 nan Female Sputum nan 97.8 nan +SH0011.sputum.m6 ATTTGCTTTGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 40.1873767258383 0.0 0.0 72.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 45.0 0.0 0.0 450.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0011.sputum.m6 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0011.sputum.m6 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.sputum.m6 nan nan nan nan 2018-11-13 nan nan SH0011.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0011 nan Female Sputum nan 97.8 nan +SH0011.sputum.m18 ACCGAACAATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 40.1873767258383 0.0 0.0 72.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 45.0 0.0 0.0 450.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0011.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0011.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-12 nan nan SH0011.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0011 nan Female Sputum nan 97.8 nan +SH0011.stool.baseline CCTATTGCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 40.1873767258383 0.0 0.0 72.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 45.0 0.0 0.0 450.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0011.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0011.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-21 nan nan SH0011.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0011 nan Female Stool nan 97.8 nan +SH0011.stool.m6 GTTAGGGAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 40.1873767258383 0.0 0.0 72.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 45.0 0.0 0.0 450.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0011.stool.m6 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0011.stool.m6 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.stool.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.stool.m6 nan nan nan nan 2018-11-13 nan nan SH0011.stool.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0011 nan Female Stool nan 97.8 nan +SH0011.stool.m18 ACCGAACAATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 40.1873767258383 0.0 0.0 72.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 45.0 0.0 0.0 450.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0011.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0011.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0011.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-12 nan nan SH0011.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0011 nan Female Stool nan 97.8 nan +SH0012.sputum.baseline ACCCGGATTTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.6372087771463 0.0 0.0 76.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0012.sputum.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0012.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-21 nan nan SH0012.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0012 nan Male Sputum nan 81.4 nan +SH0012.sputum.m6 AAGCCTCTACGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.6372087771463 0.0 0.0 76.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0012.sputum.m6 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0012.sputum.m6 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.sputum.m6 nan nan nan nan 2018-11-13 nan nan SH0012.sputum.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0012 nan Male Sputum nan 81.4 nan +SH0012.sputum.m18 TCGAGAGTTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.6372087771463 0.0 0.0 76.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0012.sputum.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0012.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-12 nan nan SH0012.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0012 nan Male Sputum nan 81.4 nan +SH0012.stool.baseline AGTACGCAGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.6372087771463 0.0 0.0 76.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0012.stool.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0012.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-21 nan nan SH0012.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0012 nan Male Stool nan 81.4 nan +SH0012.stool.m6 TATCCTGGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.6372087771463 0.0 0.0 76.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0012.stool.m6 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0012.stool.m6 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.stool.m6 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.stool.m6 nan nan nan nan 2018-11-13 nan nan SH0012.stool.m6 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0012 nan Male Stool nan 81.4 nan +SH0012.stool.m18 TCGAGAGTTTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.6372087771463 0.0 0.0 76.0 high nan SU0033 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0012.stool.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0012.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0012.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-12 nan nan SH0012.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0012 nan Male Stool nan 81.4 nan +SH0013.sputum.baseline GCGATGGCGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 21.1388558594266 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0036 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0013.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 63.0 SH0013.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-29 nan nan SH0013.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0013 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SH0013.sputum.m06 GCTGCCCACCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 21.1388558594266 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0036 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0013.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 63.0 SH0013.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-11-26 nan nan SH0013.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0013 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SH0013.sputum.m18 GCATATGCACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 21.1388558594266 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0036 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0013.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 63.0 SH0013.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-19 nan nan SH0013.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0013 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SH0013.stool.baseline CTGGTCTTACGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 21.1388558594266 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0036 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0013.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 63.0 SH0013.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-29 nan nan SH0013.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0013 nan Male Stool nan 64.0 nan +SH0013.stool.m06 GCTGCCCACCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 21.1388558594266 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0036 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0013.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 63.0 SH0013.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.stool.m06 nan nan nan nan 2018-11-26 nan nan SH0013.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0013 nan Male Stool nan 64.0 nan +SH0013.stool.m18 GCATATGCACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 21.1388558594266 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0036 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0013.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 63.0 SH0013.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0013.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-19 nan nan SH0013.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0013 nan Male Stool nan 64.0 nan +SH0014.sputum.baseline TTATACGTTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.119375573921 0.0 0.0 84.0 high nan SU0036 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0014.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0014.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-31 nan nan SH0014.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0014 nan Female Sputum nan 82.0 nan +SH0014.sputum.m06 GTCACTCCGAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.119375573921 0.0 0.0 84.0 high nan SU0036 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0014.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0014.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-11-26 nan nan SH0014.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0014 nan Female Sputum nan 82.0 nan +SH0014.sputum.m18 GCATAAACGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.119375573921 0.0 0.0 84.0 high nan SU0036 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0014.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0014.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-19 nan nan SH0014.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0014 nan Female Sputum nan 82.0 nan +SH0014.stool.baseline ATGCCGGTAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.119375573921 0.0 0.0 84.0 high nan SU0036 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0014.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0014.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-31 nan nan SH0014.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0014 nan Female Stool nan 82.0 nan +SH0014.stool.m06 GTCACTCCGAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.119375573921 0.0 0.0 84.0 high nan SU0036 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0014.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0014.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.stool.m06 nan nan nan nan 2018-11-26 nan nan SH0014.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0014 nan Female Stool nan 82.0 nan +SH0014.stool.m18 GCATAAACGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.119375573921 0.0 0.0 84.0 high nan SU0036 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 35.0 0.0 0.0 350.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0014.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 165.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 64.0 SH0014.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0014.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-19 nan nan SH0014.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0014 nan Female Stool nan 82.0 nan +SH0015.sputum.baseline CATGATTAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.7508001828989 0.0 0.0 68.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0015.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 SH0015.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-01 nan nan SH0015.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0015 nan Female Sputum nan 91.2 nan +SH0015.sputum.m06 TGCGGCGTCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.7508001828989 0.0 0.0 68.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0015.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 SH0015.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-11-29 nan nan SH0015.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0015 nan Female Sputum nan 91.2 nan +SH0015.sputum.m18 TTAAGTTAAGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.7508001828989 0.0 0.0 68.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0015.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 SH0015.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-21 nan nan SH0015.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0015 nan Female Sputum nan 91.2 nan +SH0015.stool.baseline ATCAAGATACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.7508001828989 0.0 0.0 68.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0015.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 SH0015.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-01 nan nan SH0015.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0015 nan Female Stool nan 91.2 nan +SH0015.stool.m06 TGCGGCGTCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.7508001828989 0.0 0.0 68.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0015.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 SH0015.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.stool.m06 nan nan nan nan 2018-11-29 nan nan SH0015.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0015 nan Female Stool nan 91.2 nan +SH0015.stool.m18 TTAAGTTAAGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.7508001828989 0.0 0.0 68.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 3.0 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0015.stool.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 56.0 SH0015.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0015.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-21 nan nan SH0015.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0015 nan Female Stool nan 91.2 nan +SH0016.sputum.baseline AGCACCGGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.585451595457 0.0 0.0 66.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0016.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SH0016.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-01 nan nan SH0016.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0016 nan Male Sputum nan 60.9 nan +SH0016.sputum.m06 ACGGTACCCTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.585451595457 0.0 0.0 66.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0016.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SH0016.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-11-29 nan nan SH0016.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0016 nan Male Sputum nan 60.9 nan +SH0016.sputum.m18 CGACACGGAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.585451595457 0.0 0.0 66.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0016.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SH0016.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-21 nan nan SH0016.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0016 nan Male Sputum nan 60.9 nan +SH0016.stool.baseline CTGAGGCCCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.585451595457 0.0 0.0 66.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0016.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SH0016.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-01 nan nan SH0016.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0016 nan Male Stool nan 60.9 nan +SH0016.stool.m06 ACGGTACCCTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.585451595457 0.0 0.0 66.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0016.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SH0016.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.stool.m06 nan nan nan nan 2018-11-29 nan nan SH0016.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0016 nan Male Stool nan 60.9 nan +SH0016.stool.m18 CGACACGGAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.585451595457 0.0 0.0 66.0 high nan SU0031 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0016.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SH0016.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0016.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-21 nan nan SH0016.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0016 nan Male Stool nan 60.9 nan +SH0017.sputum.baseline CTAACCTCATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 27.9266699698212 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0017.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 149.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 SH0017.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-25 nan nan SH0017.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0017 nan Female Sputum nan 62.0 nan +SH0017.sputum.m06 GCGTTTGCTAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 27.9266699698212 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0017.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 149.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 SH0017.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-12-07 nan nan SH0017.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0017 nan Female Sputum nan 62.0 nan +SH0017.sputum.m18 CCGGCGACAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 27.9266699698212 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0017.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 149.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 SH0017.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-12-12 nan nan SH0017.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0017 nan Female Sputum nan 62.0 nan +SH0017.stool.baseline CAATAGAATAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 27.9266699698212 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0017.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 149.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 SH0017.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-25 nan nan SH0017.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0017 nan Female Stool nan 62.0 nan +SH0017.stool.m06 GCGTTTGCTAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 27.9266699698212 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0017.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 149.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 SH0017.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.stool.m06 nan nan nan nan 2018-12-07 nan nan SH0017.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0017 nan Female Stool nan 62.0 nan +SH0017.stool.m18 CCGGCGACAGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 27.9266699698212 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0017.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 149.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 SH0017.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0017.stool.m18 nan nan nan nan 2019-12-12 nan nan SH0017.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0017 nan Female Stool nan 62.0 nan +SH0018.sputum.baseline CGTTCTGGTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 31.1328125 0.0 0.0 90.0 high 0.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0018.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 SH0018.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-25 nan nan SH0018.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0018 nan Female Sputum nan 79.7 nan +SH0018.sputum.m06 ATCGTAGTGGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 31.1328125 0.0 0.0 90.0 high 0.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0018.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 SH0018.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-12-18 nan nan SH0018.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0018 nan Female Sputum nan 79.7 nan +SH0018.sputum.m18 CGCTGTGGATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 31.1328125 0.0 0.0 90.0 high 0.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0018.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 15.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 SH0018.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-12-12 nan nan SH0018.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0018 nan Female Sputum nan 79.7 nan +SH0018.stool.baseline CGTTCTGGTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 31.1328125 0.0 0.0 90.0 high 0.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0018.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 SH0018.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-25 nan nan SH0018.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0018 nan Female Stool nan 79.7 nan +SH0018.stool.m06 ATCGTAGTGGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 31.1328125 0.0 0.0 90.0 high 0.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0018.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 SH0018.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.stool.m06 nan nan nan nan 2018-12-18 nan nan SH0018.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0018 nan Female Stool nan 79.7 nan +SH0018.stool.m18 CGCTGTGGATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 31.1328125 0.0 0.0 90.0 high 0.0 SU0040 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0018.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 15.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 43.0 SH0018.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0018.stool.m18 nan nan nan nan 2019-12-12 nan nan SH0018.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0018 nan Female Stool nan 79.7 nan +SH0019.sputum.baseline AGCCGCGGGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 51.4880332986472 0.0 0.0 88.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 47.0 0.0 0.0 470.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0019.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 SH0019.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-26 nan nan SH0019.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0019 nan Female Sputum nan 123.7 nan +SH0019.sputum.m06 TGAGTCATTGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 51.4880332986472 0.0 0.0 88.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 47.0 0.0 0.0 470.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0019.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 SH0019.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-12-19 nan nan SH0019.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0019 nan Female Sputum nan 123.7 nan +SH0019.sputum.m18 TCCACAGGGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 51.4880332986472 0.0 0.0 88.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 47.0 0.0 0.0 470.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0019.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 SH0019.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-12-10 nan nan SH0019.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0019 nan Female Sputum nan 123.7 nan +SH0019.stool.baseline AGCCGCGGGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 51.4880332986472 0.0 0.0 88.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 47.0 0.0 0.0 470.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0019.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 SH0019.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-26 nan nan SH0019.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0019 nan Female Stool nan 123.7 nan +SH0019.stool.m06 TGAGTCATTGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 51.4880332986472 0.0 0.0 88.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 47.0 0.0 0.0 470.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0019.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 SH0019.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.stool.m06 nan nan nan nan 2018-12-19 nan nan SH0019.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0019 nan Female Stool nan 123.7 nan +SH0019.stool.m18 TCCACAGGGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 51.4880332986472 0.0 0.0 88.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 47.0 0.0 0.0 470.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0019.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 SH0019.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0019.stool.m18 nan nan nan nan 2019-12-10 nan nan SH0019.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0019 nan Female Stool nan 123.7 nan +SH0020.sputum.baseline AGATCGTGCCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 18.385460693153 0.0 0.0 70.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0020.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 182.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SH0020.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-26 nan nan SH0020.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0020 nan Male Sputum nan 60.9 nan +SH0020.sputum.m06 CCTCACTAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 18.385460693153 0.0 0.0 70.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0020.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 182.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SH0020.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-12-18 nan nan SH0020.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0020 nan Male Sputum nan 60.9 nan +SH0020.sputum.m18 TAGTTCGGTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 18.385460693153 0.0 0.0 70.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0020.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 182.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SH0020.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-12-10 nan nan SH0020.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0020 nan Male Sputum nan 60.9 nan +SH0020.stool.baseline AGATCGTGCCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 18.385460693153 0.0 0.0 70.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0020.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 182.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SH0020.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-26 nan nan SH0020.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0020 nan Male Stool nan 60.9 nan +SH0020.stool.m06 CCTCACTAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 18.385460693153 0.0 0.0 70.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0020.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 182.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SH0020.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.stool.m06 nan nan nan nan 2018-12-18 nan nan SH0020.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0020 nan Male Stool nan 60.9 nan +SH0020.stool.m18 TAGTTCGGTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 1.0 low nan low.risk 0.0 18.385460693153 0.0 0.0 70.0 high nan SU0044 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0020.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 182.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SH0020.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0020.stool.m18 nan nan nan nan 2019-12-10 nan nan SH0020.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0020 nan Male Stool nan 60.9 nan +SH0021.sputum.baseline ACTAAAGCAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 37.5923789995301 0.0 0.0 70.0 high nan SU0048 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 40.0 0.0 0.0 400.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0021.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 49.0 SH0021.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-28 nan nan SH0021.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0021 nan Female Sputum nan 88.0 nan +SH0021.sputum.m06 CTTGCTCATAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 37.5923789995301 0.0 0.0 70.0 high nan SU0048 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 40.0 0.0 0.0 400.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0021.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 49.0 SH0021.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-12-20 nan nan SH0021.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0021 nan Female Sputum nan 88.0 nan +SH0021.sputum.m18 CGTATAAATGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 37.5923789995301 0.0 0.0 70.0 high nan SU0048 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 40.0 0.0 0.0 400.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0021.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 49.0 SH0021.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-12-17 nan nan SH0021.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0021 nan Female Sputum nan 88.0 nan +SH0021.stool.baseline ACTAAAGCAAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 37.5923789995301 0.0 0.0 70.0 high nan SU0048 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 40.0 0.0 0.0 400.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0021.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 49.0 SH0021.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-28 nan nan SH0021.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0021 nan Female Stool nan 88.0 nan +SH0021.stool.m06 CTTGCTCATAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 37.5923789995301 0.0 0.0 70.0 high nan SU0048 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 40.0 0.0 0.0 400.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0021.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 49.0 SH0021.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.stool.m06 nan nan nan nan 2018-12-20 nan nan SH0021.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0021 nan Female Stool nan 88.0 nan +SH0021.stool.m18 GGTAGTTCATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact 0.0 low nan low.risk 0.0 37.5923789995301 0.0 0.0 70.0 high nan SU0048 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 40.0 0.0 0.0 400.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0021.stool.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 49.0 SH0021.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0021.stool.m18 nan nan nan nan 2019-12-17 nan nan SH0021.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0021 nan Female Stool nan 88.0 nan +SH0025.sputum.baseline ACCTACTTGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 30.3433922996878 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0042 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0025.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0025.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-07-06 nan nan SH0025.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0025 nan Female Sputum nan 72.9 nan +SH0025.sputum.m06 GGAGAACGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 30.3433922996878 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0042 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0025.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0025.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-01-24 nan nan SH0025.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0025 nan Female Sputum nan 72.9 nan +SH0025.sputum.m18 AATTAATATGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 30.3433922996878 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0042 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0025.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0025.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-01-21 nan nan SH0025.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0025 nan Female Sputum nan 72.9 nan +SH0025.stool.baseline ACCTACTTGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 30.3433922996878 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0042 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0025.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0025.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.stool.baseline nan nan nan nan 2018-07-06 nan nan SH0025.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0025 nan Female Stool nan 72.9 nan +SH0025.stool.m06 GGAGAACGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 30.3433922996878 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0042 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0025.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0025.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.stool.m06 nan nan nan nan 2019-01-24 nan nan SH0025.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0025 nan Female Stool nan 72.9 nan +SH0025.stool.m18 AATTAATATGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 5.0 30.3433922996878 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0042 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0025.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0025.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0025.stool.m18 nan nan nan nan 2020-01-21 nan nan SH0025.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0025 nan Female Stool nan 72.9 nan +SH0027.sputum.baseline CTAATCAGAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 36.3671875 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0027.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0027.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan SH0027.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0027 nan Female Sputum nan 93.1 nan +SH0027.sputum.m06 TTAATGGATCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 36.3671875 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0027.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0027.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-01-29 nan nan SH0027.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0027 nan Female Sputum nan 93.1 nan +SH0027.sputum.m18 TAGGAACTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 36.3671875 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0027.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0027.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-02-26 nan nan SH0027.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0027 nan Female Sputum nan 93.1 nan +SH0027.stool.baseline CTAATCAGAGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 36.3671875 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0027.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0027.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.stool.baseline nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan SH0027.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0027 nan Female Stool nan 93.1 nan +SH0027.stool.m06 TTAATGGATCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 36.3671875 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0027.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0027.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.stool.m06 nan nan nan nan 2019-01-29 nan nan SH0027.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0027 nan Female Stool nan 93.1 nan +SH0027.stool.m18 TAGGAACTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 36.3671875 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 39.0 0.0 0.0 390.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 1.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0027.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0027.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0027.stool.m18 nan nan nan nan 2020-02-26 nan nan SH0027.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0027 nan Female Stool nan 93.1 nan +SH0028.sputum.baseline ACGACAACGGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 20.9711720226843 0.0 0.0 74.0 high 1.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0028.sputum.baseline 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 184.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0028.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan SH0028.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0028 nan Male Sputum nan 71.0 nan +SH0028.sputum.m06 CGATGAATATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 20.9711720226843 0.0 0.0 74.0 high 1.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0028.sputum.m06 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 184.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0028.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-01-29 nan nan SH0028.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0028 nan Male Sputum nan 71.0 nan +SH0028.sputum.m18 ACTGTGACGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 20.9711720226843 0.0 0.0 74.0 high 1.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0028.sputum.m18 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 184.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0028.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-02-26 nan nan SH0028.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0028 nan Male Sputum nan 71.0 nan +SH0028.stool.baseline ACGACAACGGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 20.9711720226843 0.0 0.0 74.0 high 1.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0028.stool.baseline 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 184.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0028.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.stool.baseline nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan SH0028.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0028 nan Male Stool nan 71.0 nan +SH0028.stool.m06 CGATGAATATCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 20.9711720226843 0.0 0.0 74.0 high 1.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0028.stool.m06 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 184.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0028.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.stool.m06 nan nan nan nan 2019-01-29 nan nan SH0028.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0028 nan Male Stool nan 71.0 nan +SH0028.stool.m18 ACTGTGACGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 13.0 20.9711720226843 0.0 0.0 74.0 high 1.0 SU0056 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0028.stool.m18 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 184.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0028.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0028.stool.m18 nan nan nan nan 2020-02-26 nan nan SH0028.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0028 nan Male Stool nan 71.0 nan +SH0029.sputum.baseline CCTACCATTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 33.2570239334027 0.0 0.0 62.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0029.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 SH0029.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-07-31 nan nan SH0029.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0029 nan Female Sputum nan 79.9 nan +SH0029.sputum.m06 CATTTCGCACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 33.2570239334027 0.0 0.0 62.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0029.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 SH0029.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-01-28 nan nan SH0029.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0029 nan Female Sputum nan 79.9 nan +SH0029.sputum.m18 CTACTCCACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 33.2570239334027 0.0 0.0 62.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0029.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 SH0029.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-01-31 nan nan SH0029.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0029 nan Female Sputum nan 79.9 nan +SH0029.stool.baseline CCTACCATTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 33.2570239334027 0.0 0.0 62.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0029.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 SH0029.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.stool.baseline nan nan nan nan 2018-07-31 nan nan SH0029.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0029 nan Female Stool nan 79.9 nan +SH0029.stool.m06 CATTTCGCACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 33.2570239334027 0.0 0.0 62.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0029.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 SH0029.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.stool.m06 nan nan nan nan 2019-01-28 nan nan SH0029.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0029 nan Female Stool nan 79.9 nan +SH0029.stool.m18 CTACTCCACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 33.2570239334027 0.0 0.0 62.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 32.0 0.0 0.0 320.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0029.stool.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 64.0 SH0029.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0029.stool.m18 nan nan nan nan 2020-01-31 nan nan SH0029.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0029 nan Female Stool nan 79.9 nan +SH0030.sputum.baseline TCAAGTCCGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 8.0 31.9602272727273 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0030.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SH0030.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-08-02 nan nan SH0030.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0030 nan Male Sputum nan 99.0 nan +SH0030.sputum.m06 GTCCGTCCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 8.0 31.9602272727273 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0030.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SH0030.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-01-28 nan nan SH0030.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0030 nan Male Sputum nan 99.0 nan +SH0030.sputum.m18 CTAGCGTGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 8.0 31.9602272727273 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0030.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SH0030.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-01-31 nan nan SH0030.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0030 nan Male Sputum nan 99.0 nan +SH0030.stool.baseline TCAAGTCCGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 8.0 31.9602272727273 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0030.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SH0030.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.stool.baseline nan nan nan nan 2018-08-02 nan nan SH0030.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0030 nan Male Stool nan 99.0 nan +SH0030.stool.m06 GTCCGTCCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 8.0 31.9602272727273 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0030.stool.m06 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SH0030.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.stool.m06 nan nan nan nan 2019-01-28 nan nan SH0030.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0030 nan Male Stool nan 99.0 nan +SH0030.stool.m18 CTAGCGTGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 8.0 31.9602272727273 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0062 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0030.stool.m18 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SH0030.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0030.stool.m18 nan nan nan nan 2020-01-31 nan nan SH0030.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0030 nan Male Stool nan 99.0 nan +SH0032.stool.baseline GTTCTAAGGTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.5078125 0.0 0.0 76.0 high nan SU0051 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0032.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SH0032.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0032.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0032.stool.baseline nan nan nan nan 2018-08-10 nan nan SH0032.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0032 nan Female Stool nan 52.5 nan +SH0032.stool.m06 CTCTGAGGTAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.5078125 0.0 0.0 76.0 high nan SU0051 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0032.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SH0032.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0032.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0032.stool.m06 nan nan nan nan 2019-02-07 nan nan SH0032.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0032 nan Female Stool nan 52.5 nan +SH0032.stool.m18 TCCGGCGGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 20.5078125 0.0 0.0 76.0 high nan SU0051 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0032.stool.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SH0032.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0032.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0032.stool.m18 nan nan nan nan 2020-02-06 nan nan SH0032.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0032 nan Female Stool nan 52.5 nan +SH0033.stool.baseline ACATGATATTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 19.9307958477509 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0051 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0033.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 SH0033.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0033.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0033.stool.baseline nan nan nan nan 2018-08-10 nan nan SH0033.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0033 nan Female Stool nan 57.6 nan +SH0033.stool.m06 TAAGGCATCGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 19.9307958477509 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0051 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0033.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 SH0033.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0033.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0033.stool.m06 nan nan nan nan 2019-02-07 nan nan SH0033.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0033 nan Female Stool nan 57.6 nan +SH0033.stool.m18 CACACAAAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 19.9307958477509 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0051 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0033.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 26.0 SH0033.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0033.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0033.stool.m18 nan nan nan nan 2020-02-06 nan nan SH0033.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0033 nan Female Stool nan 57.6 nan +SH0037.sputum.baseline GTTCTAAGGTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 42.0927684441198 0.0 0.0 72.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0037.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 SH0037.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-09-20 nan nan SH0037.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0037 nan Female Sputum nan 92.2 nan +SH0037.sputum.m06 CTCTGAGGTAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 42.0927684441198 0.0 0.0 72.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0037.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 SH0037.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-04-03 nan nan SH0037.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0037 nan Female Sputum nan 92.2 nan +SH0037.sputum.m18 TCCGGCGGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 42.0927684441198 0.0 0.0 72.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 24.0 m24 SH0037.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 SH0037.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-10-13 nan nan SH0037.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0037 nan Female Sputum nan 92.2 nan +SH0037.stool.baseline CGAGGCGAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 42.0927684441198 0.0 0.0 72.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0037.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 SH0037.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.stool.baseline nan nan nan nan 2018-09-20 nan nan SH0037.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0037 nan Female Stool nan 92.2 nan +SH0037.stool.m06 TAGTCTAAGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 42.0927684441198 0.0 0.0 72.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0037.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 SH0037.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.stool.m06 nan nan nan nan 2019-04-03 nan nan SH0037.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0037 nan Female Stool nan 92.2 nan +SH0037.stool.m18 ATGACTAAGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 42.0927684441198 0.0 0.0 72.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 43.0 0.0 0.0 430.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 24.0 m24 SH0037.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 55.0 SH0037.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0037.stool.m18 nan nan nan nan 2020-10-13 nan nan SH0037.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0037 nan Female Stool nan 92.2 nan +SH0038.sputum.baseline ACATGATATTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2303948080043 0.0 0.0 68.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0038.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 60.0 SH0038.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-09-20 nan nan SH0038.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0038 nan Male Sputum nan 77.6 nan +SH0038.sputum.m06 TAAGGCATCGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2303948080043 0.0 0.0 68.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0038.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 60.0 SH0038.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-04-03 nan nan SH0038.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0038 nan Male Sputum nan 77.6 nan +SH0038.sputum.m18 CACACAAAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2303948080043 0.0 0.0 68.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0038.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 60.0 SH0038.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-04-03 nan nan SH0038.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0038 nan Male Sputum nan 77.6 nan +SH0038.stool.baseline CATGTCTTCCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2303948080043 0.0 0.0 68.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0038.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 60.0 SH0038.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.stool.baseline nan nan nan nan 2018-09-20 nan nan SH0038.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0038 nan Male Stool nan 77.6 nan +SH0038.stool.m06 TAATCCATAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.2303948080043 0.0 0.0 68.0 high nan SU0077 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0038.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 60.0 SH0038.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0038.stool.m06 nan nan nan nan 2019-04-03 nan nan SH0038.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0038 nan Male Stool nan 77.6 nan +SH0039.sputum.baseline CGAGGCGAGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 26.8700072621641 0.0 0.0 65.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0039.sputum.baseline 1.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0039.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-09-26 nan nan SH0039.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0039 nan Female Sputum nan 62.9 nan +SH0039.sputum.m06 TAGTCTAAGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 26.8700072621641 0.0 0.0 65.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0039.sputum.m06 1.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0039.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-03-28 nan nan SH0039.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0039 nan Female Sputum nan 62.9 nan +SH0039.sputum.m18 ATGACTAAGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 26.8700072621641 0.0 0.0 65.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 23.0 m24 SH0039.sputum.m18 1.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0039.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-09-17 nan nan SH0039.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0039 nan Female Sputum nan 62.9 nan +SH0039.stool.baseline GCAACGAACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 26.8700072621641 0.0 0.0 65.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0039.stool.baseline 1.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0039.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.stool.baseline nan nan nan nan 2018-09-26 nan nan SH0039.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0039 nan Female Stool nan 62.9 nan +SH0039.stool.m06 AGCGCGGCGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 26.8700072621641 0.0 0.0 65.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0039.stool.m06 1.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0039.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.stool.m06 nan nan nan nan 2019-03-28 nan nan SH0039.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0039 nan Female Stool nan 62.9 nan +SH0039.stool.m18 GTCAGGTGCGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 26.8700072621641 0.0 0.0 65.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 27.0 0.0 0.0 270.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 1.0 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 23.0 m24 SH0039.stool.m18 1.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 49.0 SH0039.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0039.stool.m18 nan nan nan nan 2020-09-17 nan nan SH0039.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0039 nan Female Stool nan 62.9 nan +SH0040.sputum.baseline CATGTCTTCCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 20.3102040816327 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0040.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 31.0 SH0040.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-09-26 nan nan SH0040.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0040 nan Male Sputum nan 62.2 nan +SH0040.sputum.m06 TAATCCATAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 20.3102040816327 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0040.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 31.0 SH0040.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-03-28 nan nan SH0040.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0040 nan Male Sputum nan 62.2 nan +SH0040.sputum.m18 GCAACGAACGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 20.3102040816327 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 23.0 m24 SH0040.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 9.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 31.0 SH0040.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-09-17 nan nan SH0040.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0040 nan Male Sputum nan 62.2 nan +SH0040.stool.baseline TTCCAATACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 20.3102040816327 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0040.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 31.0 SH0040.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.stool.baseline nan nan nan nan 2018-09-26 nan nan SH0040.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0040 nan Male Stool nan 62.2 nan +SH0040.stool.m06 GTTTGAAACACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 20.3102040816327 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0040.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 31.0 SH0040.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.stool.m06 nan nan nan nan 2019-03-28 nan nan SH0040.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0040 nan Male Stool nan 62.2 nan +SH0040.stool.m18 TACAGCGCATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 20.3102040816327 0.0 0.0 80.0 high 0.0 SU0068 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 23.0 m24 SH0040.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 9.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 31.0 SH0040.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0040.stool.m18 nan nan nan nan 2020-09-17 nan nan SH0040.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0040 nan Male Stool nan 62.2 nan +SH0041.stool.baseline AACAGTAAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 28.2425536964519 0.0 0.0 70.0 high nan SU0070 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0041.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 SH0041.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0041.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0041.stool.baseline nan nan nan nan 2018-10-02 nan nan SH0041.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0041 nan Female Stool nan 71.4 nan +SH0041.stool.m06 CCTCCGTCATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 28.2425536964519 0.0 0.0 70.0 high nan SU0070 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0041.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 SH0041.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0041.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0041.stool.m06 nan nan nan nan 2019-04-08 nan nan SH0041.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0041 nan Female Stool nan 71.4 nan +SH0041.stool.m18 AGATGTCCGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 28.2425536964519 0.0 0.0 70.0 high nan SU0070 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 23.0 m24 SH0041.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 39.0 SH0041.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0041.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0041.stool.m18 nan nan nan nan 2020-09-22 nan nan SH0041.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0041 nan Female Stool nan 71.4 nan +SH0042.stool.baseline TAGCAGTTGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.9274154782887 0.0 0.0 74.0 high nan SU0070 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0042.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 SH0042.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0042.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0042.stool.baseline nan nan nan nan 2018-10-02 nan nan SH0042.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0042 nan Female Stool nan 82.2 nan +SH0042.stool.m06 TTGAACAAGCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.9274154782887 0.0 0.0 74.0 high nan SU0070 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0042.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 SH0042.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0042.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0042.stool.m06 nan nan nan nan 2019-04-08 nan nan SH0042.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0042 nan Female Stool nan 82.2 nan +SH0042.stool.m18 AACTCAATAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 32.9274154782887 0.0 0.0 74.0 high nan SU0070 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 33.0 0.0 0.0 330.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0042.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 37.0 SH0042.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0042.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0042.stool.m18 nan nan nan nan 2020-04-08 nan nan SH0042.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0042 nan Female Stool nan 82.2 nan +SH0045.sputum.baseline CCTCCGTCATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 28.2283864654296 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0081 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0045.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 50.0 SH0045.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0045.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0045.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-10-22 nan nan SH0045.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0045 nan Male Sputum nan 75.0 nan +SH0045.sputum.m06 AGATGTCCGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 28.2283864654296 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0081 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0045.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 6.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 50.0 SH0045.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0045.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0045.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-04-17 nan nan SH0045.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0045 nan Male Sputum nan 75.0 nan +SH0045.stool.baseline ACCTCAGTCAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 28.2283864654296 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0081 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0045.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 50.0 SH0045.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0045.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0045.stool.baseline nan nan nan nan 2018-10-22 nan nan SH0045.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0045 nan Male Stool nan 75.0 nan +SH0045.stool.m06 TGACAGAATCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 28.2283864654296 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0081 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0045.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 6.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 50.0 SH0045.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0045.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0045.stool.m06 nan nan nan nan 2019-04-17 nan nan SH0045.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0045 nan Male Stool nan 75.0 nan +SH0046.sputum.baseline TAGCAGTTGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 20.5864197530864 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0046.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SH0046.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-10-22 nan nan SH0046.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0046 nan Male Sputum nan 66.7 nan +SH0046.sputum.m06 TTGAACAAGCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 20.5864197530864 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0046.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SH0046.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-04-17 nan nan SH0046.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0046 nan Male Sputum nan 66.7 nan +SH0046.sputum.m18 AACTCAATAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 20.5864197530864 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 23.0 m24 SH0046.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SH0046.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-10-01 nan nan SH0046.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0046 nan Male Sputum nan 66.7 nan +SH0046.stool.baseline TAGGACGGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 20.5864197530864 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0046.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SH0046.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.stool.baseline nan nan nan nan 2018-10-22 nan nan SH0046.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0046 nan Male Stool nan 66.7 nan +SH0046.stool.m06 GTTTGGCCACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 4.0 20.5864197530864 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0046.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SH0046.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0046.stool.m06 nan nan nan nan 2019-04-17 nan nan SH0046.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0046 nan Male Stool nan 66.7 nan +SH0063.sputum.baseline ACCTCAGTCAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 31.8458580355712 0.0 0.0 86.0 high 0.0 SU0088 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 nan 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0063.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 SH0063.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0063.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0063.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-12-11 nan nan SH0063.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0063 nan Female Sputum nan 79.5 nan +SH0063.stool.baseline TATATAGTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 31.8458580355712 0.0 0.0 86.0 high 0.0 SU0088 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 nan 1 0.0 100 >60 0.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0063.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 27.0 SH0063.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0063.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0063.stool.baseline nan nan nan nan 2018-12-11 nan nan SH0063.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0063 nan Female Stool nan 79.5 nan +SH0064.sputum.baseline TGACAGAATCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 17.6 0.0 1.0 90.0 high 1.0 SU0088 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 0.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline SH0064.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 51.0 SH0064.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0064.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0064.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-12-12 nan nan SH0064.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0064 nan Female Sputum nan 39.6 nan +SH0064.stool.baseline CATAAGGGAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 17.6 0.0 1.0 90.0 high 1.0 SU0088 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 0.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline SH0064.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 51.0 SH0064.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0064.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0064.stool.baseline nan nan nan nan 2018-12-12 nan nan SH0064.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0064 nan Female Stool nan 39.6 nan +SH0074.sputum.baseline TAGGACGGGAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 16.6330008837268 0.0 1.0 72.0 high 3.0 SU0146 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0074.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0074.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-03-26 nan nan SH0074.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0074 nan Male Sputum nan 52.7 nan +SH0074.sputum.m18 GTTTGGCCACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 16.6330008837268 0.0 1.0 72.0 high 3.0 SU0146 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 18.0 m18 SH0074.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0074.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-10-01 nan nan SH0074.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0074 nan Male Sputum nan 52.7 nan +SH0074.stool.baseline GTGCAACCAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 16.6330008837268 0.0 1.0 72.0 high 3.0 SU0146 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0074.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 1.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0074.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.stool.baseline nan nan nan nan 2019-03-26 nan nan SH0074.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0074 nan Male Stool nan 52.7 nan +SH0074.stool.m06 CTCACCTAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 16.6330008837268 0.0 1.0 72.0 high 3.0 SU0146 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SH0074.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0074.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.stool.m06 nan nan nan nan 2019-09-25 nan nan SH0074.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0074 nan Male Stool nan 52.7 nan +SH0074.stool.m18 TACTGTACTGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan dependence 20.0 16.6330008837268 0.0 1.0 72.0 high 3.0 SU0146 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 18.0 m18 SH0074.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0074.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0074.stool.m18 nan nan nan nan 2020-10-01 nan nan SH0074.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0074 nan Male Stool nan 52.7 nan +SH0075.sputum.baseline TATATAGTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9486996123302 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0075.sputum.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SH0075.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-03-26 nan nan SH0075.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0075 nan Female Sputum nan 71.6 nan +SH0075.sputum.m06 CATAAGGGAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9486996123302 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0075.sputum.m06 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SH0075.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-09-25 nan nan SH0075.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0075 nan Female Sputum nan 71.6 nan +SH0075.sputum.m18 GTGCAACCAATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9486996123302 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0075.sputum.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SH0075.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-10-02 nan nan SH0075.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0075 nan Female Sputum nan 71.6 nan +SH0075.stool.baseline CTAGAGCTCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9486996123302 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0075.stool.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SH0075.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.stool.baseline nan nan nan nan 2019-03-26 nan nan SH0075.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0075 nan Female Stool nan 71.6 nan +SH0075.stool.m06 AAGTCTTATCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9486996123302 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0075.stool.m06 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SH0075.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.stool.m06 nan nan nan nan 2019-09-25 nan nan SH0075.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0075 nan Female Stool nan 71.6 nan +SH0075.stool.m18 GTCCTACACAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.9486996123302 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0075.stool.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SH0075.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0075.stool.m18 nan nan nan nan 2020-10-02 nan nan SH0075.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0075 nan Female Stool nan 71.6 nan +SH0076.sputum.baseline CTCACCTAGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.920912827024 0.0 0.0 78.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0076.sputum.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0076.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-03-28 nan nan SH0076.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0076 nan Male Sputum nan 68.6 nan +SH0076.sputum.m06 TGACTAATGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.920912827024 0.0 0.0 78.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0076.sputum.m06 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0076.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-09-26 nan nan SH0076.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0076 nan Male Sputum nan 68.6 nan +SH0076.sputum.m18 CTAGAGCTCCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.920912827024 0.0 0.0 78.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0076.sputum.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0076.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-10-09 nan nan SH0076.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0076 nan Male Sputum nan 68.6 nan +SH0076.stool.baseline ACTGTTTACTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.920912827024 0.0 0.0 78.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0076.stool.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0076.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.stool.baseline nan nan nan nan 2019-03-28 nan nan SH0076.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0076 nan Male Stool nan 68.6 nan +SH0076.stool.m06 CAGGCCACTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.920912827024 0.0 0.0 78.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0076.stool.m06 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0076.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.stool.m06 nan nan nan nan 2019-09-26 nan nan SH0076.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0076 nan Male Stool nan 68.6 nan +SH0076.stool.m18 ACCCAAGCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 22.920912827024 0.0 0.0 78.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0076.stool.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0076.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0076.stool.m18 nan nan nan nan 2020-10-09 nan nan SH0076.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0076 nan Male Stool nan 68.6 nan +SH0077.sputum.baseline AAGTCTTATCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3834915997078 0.0 0.0 72.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0077.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0077.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0077.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0077.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-03-28 nan nan SH0077.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0077 nan Female Sputum nan 55.6 nan +SH0077.sputum.m06 GTCCTACACAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3834915997078 0.0 0.0 72.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0077.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 18.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0077.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0077.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0077.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-09-26 nan nan SH0077.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0077 nan Female Sputum nan 55.6 nan +SH0077.stool.baseline AGATGCAATGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3834915997078 0.0 0.0 72.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0077.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0077.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0077.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0077.stool.baseline nan nan nan nan 2019-03-28 nan nan SH0077.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0077 nan Female Stool nan 55.6 nan +SH0077.stool.m06 TCTCGCACTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3834915997078 0.0 0.0 72.0 high nan SU0135 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0077.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 18.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 148.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 67.0 SH0077.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0077.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0077.stool.m06 nan nan nan nan 2019-09-26 nan nan SH0077.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0077 nan Female Stool nan 55.6 nan +SH0080.sputum.baseline ACTGTTTACTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 26.0775516744111 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0136 no 0.0 sh 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0080.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0080.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-04-05 nan nan SH0080.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0080 nan Female Sputum nan 65.1 nan +SH0080.sputum.m06 CAGGCCACTCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 26.0775516744111 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0136 no 0.0 sh 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 SH0080.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0080.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-10-10 nan nan SH0080.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0080 nan Female Sputum nan 65.1 nan +SH0080.sputum.m18 ACCCAAGCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 26.0775516744111 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0136 no 0.0 sh 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 18.0 m18 SH0080.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0080.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-10-07 nan nan SH0080.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0080 nan Female Sputum nan 65.1 nan +SH0080.stool.baseline GGTCTTAGCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 26.0775516744111 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0136 no 0.0 sh 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0080.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0080.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.stool.baseline nan nan nan nan 2019-04-05 nan nan SH0080.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0080 nan Female Stool nan 65.1 nan +SH0080.stool.m06 TTGCACCGTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 26.0775516744111 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0136 no 0.0 sh 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 SH0080.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0080.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.stool.m06 nan nan nan nan 2019-10-10 nan nan SH0080.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0080 nan Female Stool nan 65.1 nan +SH0080.stool.m18 ATTTACAATTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 26.0775516744111 0.0 0.0 66.0 high 0.0 SU0136 no 0.0 sh 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 27.0 0.0 0.0 270.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 3.0 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 18.0 m18 SH0080.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0080.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0080.stool.m18 nan nan nan nan 2020-10-07 nan nan SH0080.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0080 nan Female Stool nan 65.1 nan +SH0081.sputum.baseline AGATGCAATGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3154542937384 0.0 0.0 68.0 high nan SU0136 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0081.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0081.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-04-05 nan nan SH0081.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0081 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SH0081.sputum.m06 TCTCGCACTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3154542937384 0.0 0.0 68.0 high nan SU0136 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0081.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0081.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-10-10 nan nan SH0081.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0081 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SH0081.sputum.m18 GGTCTTAGCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3154542937384 0.0 0.0 68.0 high nan SU0136 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0081.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0081.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-10-07 nan nan SH0081.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0081 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SH0081.stool.baseline GTCACGGACATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3154542937384 0.0 0.0 68.0 high nan SU0136 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0081.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0081.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.stool.baseline nan nan nan nan 2019-04-05 nan nan SH0081.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0081 nan Male Stool nan 64.0 nan +SH0081.stool.m06 ACAGTTGTACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3154542937384 0.0 0.0 68.0 high nan SU0136 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0081.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0081.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.stool.m06 nan nan nan nan 2019-10-10 nan nan SH0081.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0081 nan Male Stool nan 64.0 nan +SH0081.stool.m18 ACTGGCAAACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.3154542937384 0.0 0.0 68.0 high nan SU0136 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0081.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0081.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0081.stool.m18 nan nan nan nan 2020-10-07 nan nan SH0081.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0081 nan Male Stool nan 64.0 nan +SH0082.sputum.baseline TTGCACCGTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.3261012491782 0.0 0.0 86.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0082.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0082.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-05-07 nan nan SH0082.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0082 nan Female Sputum nan 59.2 nan +SH0082.sputum.m06 ATTTACAATTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.3261012491782 0.0 0.0 86.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0082.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 1.0 1.0 1.0 1.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0082.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-10-28 nan nan SH0082.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0082 nan Female Sputum nan 59.2 nan +SH0082.sputum.m18 GTCACGGACATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.3261012491782 0.0 0.0 86.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 SH0082.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0082.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-12-14 nan nan SH0082.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0082 nan Female Sputum nan 59.2 nan +SH0082.stool.baseline GCATTCGGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.3261012491782 0.0 0.0 86.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0082.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0082.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.stool.baseline nan nan nan nan 2019-05-07 nan nan SH0082.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0082 nan Female Stool nan 59.2 nan +SH0082.stool.m06 ACCAGTGACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.3261012491782 0.0 0.0 86.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0082.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan 1.0 1.0 1.0 1.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0082.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.stool.m06 nan nan nan nan 2019-10-28 nan nan SH0082.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0082 nan Female Stool nan 59.2 nan +SH0082.stool.m18 GCCTACTCTCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 24.3261012491782 0.0 0.0 86.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 SH0082.stool.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SH0082.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0082.stool.m18 nan nan nan nan 2020-12-14 nan nan SH0082.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0082 nan Female Stool nan 59.2 nan +SH0083.sputum.m06 ACAGTTGTACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7504930966469 0.0 0.0 70.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0083.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0083.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-10-28 nan nan SH0083.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0083 nan Female Sputum nan 65.1 nan +SH0083.sputum.m18 ACTGGCAAACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7504930966469 0.0 0.0 70.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0083.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0083.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-10-19 nan nan SH0083.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0083 nan Female Sputum nan 65.1 nan +SH0083.stool.baseline CTCCGAACAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7504930966469 0.0 0.0 70.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0083.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0083.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.stool.baseline nan nan nan nan 2019-05-07 nan nan SH0083.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0083 nan Female Stool nan 65.1 nan +SH0083.stool.m06 CCACTGCCCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7504930966469 0.0 0.0 70.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0083.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0083.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.stool.m06 nan nan nan nan 2019-10-28 nan nan SH0083.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0083 nan Female Stool nan 65.1 nan +SH0083.stool.m18 GAATATACCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.7504930966469 0.0 0.0 70.0 high nan SU0158 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0083.stool.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 156.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 50.0 SH0083.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0083.stool.m18 nan nan nan nan 2020-10-19 nan nan SH0083.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0083 nan Female Stool nan 65.1 nan +SH0088.sputum.baseline GCATTCGGCGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 26.329827770157 0.0 0.0 73.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 1.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0088.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SH0088.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-05-30 nan nan SH0088.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0088 nan Male Sputum nan 69.1 nan +SH0088.sputum.m06 ACCAGTGACTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 26.329827770157 0.0 0.0 73.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 1.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0088.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 1.0 1.0 1.0 1.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SH0088.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-11-21 nan nan SH0088.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0088 nan Male Sputum nan 69.1 nan +SH0088.sputum.m18 GCCTACTCTCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 26.329827770157 0.0 0.0 73.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 1.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0088.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SH0088.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-09 nan nan SH0088.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0088 nan Male Sputum nan 69.1 nan +SH0088.stool.baseline ACCAGAAATGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 26.329827770157 0.0 0.0 73.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 1.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0088.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SH0088.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.stool.baseline nan nan nan nan 2019-05-30 nan nan SH0088.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0088 nan Male Stool nan 69.1 nan +SH0088.stool.m06 AACACCATCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 26.329827770157 0.0 0.0 73.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 1.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0088.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan 1.0 1.0 1.0 1.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SH0088.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.stool.m06 nan nan nan nan 2019-11-21 nan nan SH0088.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0088 nan Male Stool nan 69.1 nan +SH0088.stool.m18 TCTACATACATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 19.0 26.329827770157 0.0 0.0 73.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 1.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0088.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SH0088.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0088.stool.m18 nan nan nan nan 2020-11-09 nan nan SH0088.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0088 nan Male Stool nan 69.1 nan +SH0089.sputum.baseline CTCCGAACAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 20.0061557402278 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 34.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0089.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0089.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-05-30 nan nan SH0089.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0089 nan Male Sputum nan 58.5 nan +SH0089.sputum.m06 CCACTGCCCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 20.0061557402278 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 34.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SH0089.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0089.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-11-21 nan nan SH0089.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0089 nan Male Sputum nan 58.5 nan +SH0089.sputum.m18 GAATATACCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 20.0061557402278 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 34.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 SH0089.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0089.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-09 nan nan SH0089.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0089 nan Male Sputum nan 58.5 nan +SH0089.stool.baseline TGGCGCACGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 20.0061557402278 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 34.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0089.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0089.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.stool.baseline nan nan nan nan 2019-05-30 nan nan SH0089.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0089 nan Male Stool nan 58.5 nan +SH0089.stool.m06 ACTGCCCGATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 20.0061557402278 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 34.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SH0089.stool.m06 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0089.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.stool.m06 nan nan nan nan 2019-11-21 nan nan SH0089.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0089 nan Male Stool nan 58.5 nan +SH0089.stool.m18 TCTGGCTACGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 18.0 20.0061557402278 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0177 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 4.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 34.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 SH0089.stool.m18 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0089.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0089.stool.m18 nan nan nan nan 2020-11-09 nan nan SH0089.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0089 nan Male Stool nan 58.5 nan +SH0090.sputum.baseline ACCAGAAATGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.7528416221449 0.0 0.0 88.0 high nan SU0179 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0090.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SH0090.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0090.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0090.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-06-04 nan nan SH0090.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0090 nan Female Sputum nan 102.5 nan +SH0090.sputum.m06 AACACCATCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.7528416221449 0.0 0.0 88.0 high nan SU0179 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0090.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SH0090.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0090.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0090.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-11-20 nan nan SH0090.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0090 nan Female Sputum nan 102.5 nan +SH0090.sputum.m18 GTGGAGTCTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.7528416221449 0.0 0.0 88.0 high nan SU0179 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 36.0 0.0 0.0 360.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0090.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SH0090.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0090.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0090.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-20 nan nan SH0090.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0090 nan Female Sputum nan 102.5 nan +SH0091.sputum.baseline TGGCGCACGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.0156350121748 0.0 0.0 74.0 high nan SU0179 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0091.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 70.0 SH0091.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0091.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0091.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-06-06 nan nan SH0091.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0091 nan Female Sputum nan 60.9 nan +SH0091.sputum.m06 ACTGCCCGATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.0156350121748 0.0 0.0 74.0 high nan SU0179 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0091.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 70.0 SH0091.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0091.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0091.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-11-20 nan nan SH0091.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0091 nan Female Sputum nan 60.9 nan +SH0091.sputum.m18 TCTGGCTACGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.0156350121748 0.0 0.0 74.0 high nan SU0179 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0091.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 70-79 no 70.0 SH0091.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0091.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0091.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-19 nan nan SH0091.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0091 nan Female Sputum nan 60.9 nan +SH0092.sputum.baseline ATAGTTAGGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 20.9642816816591 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 nan 3 0.0 100 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0092.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 SH0092.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-06-14 nan nan SH0092.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0092 nan Female Sputum nan 55.7 nan +SH0092.sputum.m06 TGATGTGCTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 20.9642816816591 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 nan 3 0.0 100 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0092.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 SH0092.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-12-11 nan nan SH0092.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0092 nan Female Sputum nan 55.7 nan +SH0092.sputum.m18 CTCATCATGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 20.9642816816591 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 nan 3 0.0 100 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0092.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 SH0092.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-12-09 nan nan SH0092.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0092 nan Female Sputum nan 55.7 nan +SH0092.stool.baseline TTCTTAACGCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 20.9642816816591 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 nan 3 0.0 100 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0092.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 SH0092.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.stool.baseline nan nan nan nan 2019-06-14 nan nan SH0092.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0092 nan Female Stool nan 55.7 nan +SH0092.stool.m06 AGTAGTTTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 20.9642816816591 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 nan 3 0.0 100 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0092.stool.m06 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 SH0092.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.stool.m06 nan nan nan nan 2019-12-11 nan nan SH0092.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0092 nan Female Stool nan 55.7 nan +SH0092.stool.m18 GACCCGTTTCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 14.0 20.9642816816591 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 nan 3 0.0 100 >60 1.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 3.0 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0092.stool.m18 0.0 baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 47.0 SH0092.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0092.stool.m18 nan nan nan nan 2020-12-09 nan nan SH0092.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0092 nan Female Stool nan 55.7 nan +SH0093.sputum.baseline TTATCCAGTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 32.2464348662073 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0093.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 SH0093.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-06-14 nan nan SH0093.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0093 nan Female Sputum nan 80.5 nan +SH0093.sputum.m06 GAGTCTTGGTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 32.2464348662073 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0093.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 SH0093.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-12-11 nan nan SH0093.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0093 nan Female Sputum nan 80.5 nan +SH0093.sputum.m18 CATTTACATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 32.2464348662073 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0093.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 SH0093.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-12-09 nan nan SH0093.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0093 nan Female Sputum nan 80.5 nan +SH0093.stool.baseline ATTGCCTTGATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 32.2464348662073 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0093.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 SH0093.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.stool.baseline nan nan nan nan 2019-06-14 nan nan SH0093.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0093 nan Female Stool nan 80.5 nan +SH0093.stool.m06 TTAGGATTCTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 32.2464348662073 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0093.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 SH0093.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.stool.m06 nan nan nan nan 2019-12-11 nan nan SH0093.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0093 nan Female Stool nan 80.5 nan +SH0093.stool.m18 GTTTATCTTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 32.2464348662073 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0180 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0093.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 46.0 SH0093.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0093.stool.m18 nan nan nan nan 2020-12-09 nan nan SH0093.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0093 nan Female Stool nan 80.5 nan +SH0094.sputum.baseline TTCTTAACGCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.8782518210198 0.0 0.0 70.0 high nan SU0181 no 0.0 sh nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0094.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 1.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SH0094.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0094.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0094.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-06-27 nan nan SH0094.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0094 nan Female Sputum nan 88.6 nan +SH0094.sputum.m06 AGTAGTTTCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.8782518210198 0.0 0.0 70.0 high nan SU0181 no 0.0 sh nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SH0094.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SH0094.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0094.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0094.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-12-13 nan nan SH0094.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0094 nan Female Sputum nan 88.6 nan +SH0094.sputum.m18 GACCCGTTTCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 36.8782518210198 0.0 0.0 70.0 high nan SU0181 no 0.0 sh nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 38.0 0.0 0.0 380.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 SH0094.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan 1.0 1.0 1.0 1.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SH0094.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0094.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0094.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-30 nan nan SH0094.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0094 nan Female Sputum nan 88.6 nan +SH0095.sputum.baseline ATTGCCTTGATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.522491349481 0.0 0.0 68.0 high nan SU0181 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0095.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 61.0 SH0095.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0095.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0095.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-06-27 nan nan SH0095.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0095 nan Female Sputum nan 62.2 nan +SH0095.sputum.m18 TTAGGATTCTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 21.522491349481 0.0 0.0 68.0 high nan SU0181 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0095.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 61.0 SH0095.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0095.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0095.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-30 nan nan SH0095.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0095 nan Female Sputum nan 62.2 nan +SH0096.sputum.baseline GTTTATCTTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 22.34375 0.0 0.0 88.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0096.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0096.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0096.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0096.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-07-08 nan nan SH0096.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0096 nan Male Sputum nan 57.2 nan +SH0096.sputum.m06 CAGTCTAGTACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 22.34375 0.0 0.0 88.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0096.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0096.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0096.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0096.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-01-28 nan nan SH0096.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0096 nan Male Sputum nan 57.2 nan +SH0096.stool.baseline GAGCCCAAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 22.34375 0.0 0.0 88.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0096.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0096.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0096.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0096.stool.baseline nan nan nan nan 2019-07-08 nan nan SH0096.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0096 nan Male Stool nan 57.2 nan +SH0096.stool.m18 CAACGAACCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 22.34375 0.0 0.0 88.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 22.0 m24 SH0096.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 36.0 SH0096.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0096.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0096.stool.m18 nan nan nan nan 2021-05-19 nan nan SH0096.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0096 nan Male Stool nan 57.2 nan +SH0097.sputum.baseline GTGGGACTGCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 21.0459183673469 0.0 0.0 74.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0097.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 SH0097.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-07-08 nan nan SH0097.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0097 nan Male Sputum nan 59.4 nan +SH0097.sputum.m06 CTCCCGAGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 21.0459183673469 0.0 0.0 74.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0097.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 SH0097.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-01-16 nan nan SH0097.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0097 nan Male Sputum nan 59.4 nan +SH0097.sputum.m18 CAGATCCCAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 21.0459183673469 0.0 0.0 74.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0097.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 SH0097.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-01-21 nan nan SH0097.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0097 nan Male Sputum nan 59.4 nan +SH0097.stool.baseline GTTCGCCGCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 21.0459183673469 0.0 0.0 74.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0097.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 SH0097.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.stool.baseline nan nan nan nan 2019-07-08 nan nan SH0097.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0097 nan Male Stool nan 59.4 nan +SH0097.stool.m06 GTTCGAGTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 21.0459183673469 0.0 0.0 74.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0097.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 SH0097.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.stool.m06 nan nan nan nan 2020-01-16 nan nan SH0097.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0097 nan Male Stool nan 59.4 nan +SH0097.stool.m18 CGGCCTAAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 21.0459183673469 0.0 0.0 74.0 high 0.0 SU0184 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0097.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 30.0 SH0097.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0097.stool.m18 nan nan nan nan 2021-01-21 nan nan SH0097.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0097 nan Male Stool nan 59.4 nan +SH0098.sputum.baseline TGACTGCGTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.3702381435352 0.0 0.0 70.0 high nan SU0182 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0098.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SH0098.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-07-09 nan nan SH0098.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0098 nan Female Sputum nan 65.0 nan +SH0098.sputum.m06 GAGCCCAAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.3702381435352 0.0 0.0 70.0 high nan SU0182 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0098.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SH0098.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-01-15 nan nan SH0098.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0098 nan Female Sputum nan 65.0 nan +SH0098.sputum.m18 CAACGAACCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.3702381435352 0.0 0.0 70.0 high nan SU0182 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0098.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SH0098.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-01-20 nan nan SH0098.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0098 nan Female Sputum nan 65.0 nan +SH0098.stool.baseline TAGACTTCAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.3702381435352 0.0 0.0 70.0 high nan SU0182 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0098.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SH0098.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.stool.baseline nan nan nan nan 2019-07-09 nan nan SH0098.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0098 nan Female Stool nan 65.0 nan +SH0098.stool.m06 GATAGCACTCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.3702381435352 0.0 0.0 70.0 high nan SU0182 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0098.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SH0098.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.stool.m06 nan nan nan nan 2020-01-15 nan nan SH0098.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0098 nan Female Stool nan 65.0 nan +SH0098.stool.m18 ACGTTAATATTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 26.3702381435352 0.0 0.0 70.0 high nan SU0182 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0098.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SH0098.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0098.stool.m18 nan nan nan nan 2021-01-20 nan nan SH0098.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0098 nan Female Stool nan 65.0 nan +SH0099.sputum.baseline GTTCGCCGCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 18.4812793258642 0.0 0.0 78.0 high 1.0 SU0182 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0099.sputum.baseline 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0099.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-07-09 nan nan SH0099.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0099 nan Male Sputum nan 57.9 nan +SH0099.sputum.m06 GTTCGAGTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 18.4812793258642 0.0 0.0 78.0 high 1.0 SU0182 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0099.sputum.m06 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0099.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-01-15 nan nan SH0099.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0099 nan Male Sputum nan 57.9 nan +SH0099.sputum.m18 CGGCCTAAGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 18.4812793258642 0.0 0.0 78.0 high 1.0 SU0182 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0099.sputum.m18 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0099.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-01-20 nan nan SH0099.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0099 nan Male Sputum nan 57.9 nan +SH0099.stool.baseline CCATGTGGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 18.4812793258642 0.0 0.0 78.0 high 1.0 SU0182 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0099.stool.baseline 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0099.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.stool.baseline nan nan nan nan 2019-07-09 nan nan SH0099.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0099 nan Male Stool nan 57.9 nan +SH0099.stool.m06 ACACGTTTGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 18.4812793258642 0.0 0.0 78.0 high 1.0 SU0182 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0099.stool.m06 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0099.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.stool.m06 nan nan nan nan 2020-01-15 nan nan SH0099.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0099 nan Male Stool nan 57.9 nan +SH0099.stool.m18 AGACTATTTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 16.0 18.4812793258642 0.0 0.0 78.0 high 1.0 SU0182 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0099.stool.m18 1.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 29.0 SH0099.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0099.stool.m18 nan nan nan nan 2021-01-20 nan nan SH0099.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0099 nan Male Stool nan 57.9 nan +SH0100.sputum.baseline TAGACTTCAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 44.0486450253759 0.0 0.0 82.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 41.0 0.0 0.0 410.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0100.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 52.0 SH0100.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-07-29 nan nan SH0100.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0100 nan Male Sputum nan 138.0 nan +SH0100.sputum.m18 GATAGCACTCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 44.0486450253759 0.0 0.0 82.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 41.0 0.0 0.0 410.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0100.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 52.0 SH0100.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-02-25 nan nan SH0100.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0100 nan Male Sputum nan 138.0 nan +SH0100.stool.baseline AGTCCGAGTTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 44.0486450253759 0.0 0.0 82.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 41.0 0.0 0.0 410.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0100.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 52.0 SH0100.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.stool.baseline nan nan nan nan 2019-07-29 nan nan SH0100.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0100 nan Male Stool nan 138.0 nan +SH0100.stool.m06 GCTGAGCCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 44.0486450253759 0.0 0.0 82.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 41.0 0.0 0.0 410.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0100.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 52.0 SH0100.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.stool.m06 nan nan nan nan 2020-01-27 nan nan SH0100.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0100 nan Male Stool nan 138.0 nan +SH0100.stool.m18 ACTTAGACTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 44.0486450253759 0.0 0.0 82.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 41.0 0.0 0.0 410.0 nan 1.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0100.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 52.0 SH0100.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0100.stool.m18 nan nan nan nan 2021-02-25 nan nan SH0100.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0100 nan Male Stool nan 138.0 nan +SH0101.sputum.baseline TGTGCACGCCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.3836702338486 0.0 0.0 62.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 37.0 0.0 0.0 370.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0101.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SH0101.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-07-29 nan nan SH0101.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0101 nan Male Sputum nan 104.1 nan +SH0101.sputum.m06 CCATGTGGCTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.3836702338486 0.0 0.0 62.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 37.0 0.0 0.0 370.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0101.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SH0101.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-01-27 nan nan SH0101.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0101 nan Male Sputum nan 104.1 nan +SH0101.sputum.m18 ACACGTTTGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.3836702338486 0.0 0.0 62.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 37.0 0.0 0.0 370.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0101.sputum.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SH0101.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-02-25 nan nan SH0101.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0101 nan Male Sputum nan 104.1 nan +SH0101.stool.baseline GTAATTGTAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.3836702338486 0.0 0.0 62.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 37.0 0.0 0.0 370.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0101.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SH0101.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.stool.baseline nan nan nan nan 2019-07-29 nan nan SH0101.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0101 nan Male Stool nan 104.1 nan +SH0101.stool.m06 TCTAACGAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.3836702338486 0.0 0.0 62.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 37.0 0.0 0.0 370.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0101.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SH0101.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.stool.m06 nan nan nan nan 2020-01-27 nan nan SH0101.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0101 nan Male Stool nan 104.1 nan +SH0101.stool.m18 CGTTCCTTGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 34.3836702338486 0.0 0.0 62.0 high nan SU0175 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal nan nan nan nan nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 37.0 0.0 0.0 370.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 18.0 m18 SH0101.stool.m18 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SH0101.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0101.stool.m18 nan nan nan nan 2021-02-25 nan nan SH0101.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0101 nan Male Stool nan 104.1 nan +SH0102.sputum.m06 AGACTATTTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 15.4577476830478 1.0 1.0 70.0 high nan SU0190 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 SH0102.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 40.0 SH0102.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0102.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0102.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-02-12 nan nan SH0102.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0102 nan Female Sputum nan 45.2 nan +SH0102.sputum.m18 AGTCCGAGTTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 15.4577476830478 1.0 1.0 70.0 high nan SU0190 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SH0102.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 40.0 SH0102.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0102.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0102.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-03-03 nan nan SH0102.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0102 nan Female Sputum nan 45.2 nan +SH0102.stool.baseline CGTCGCAGCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 15.4577476830478 1.0 1.0 70.0 high nan SU0190 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline SH0102.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 40.0 SH0102.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0102.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0102.stool.baseline nan nan nan nan 2019-08-12 nan nan SH0102.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0102 nan Female Stool nan 45.2 nan +SH0102.stool.m06 AGCGATTCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 15.4577476830478 1.0 1.0 70.0 high nan SU0190 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 27.0 0.0 0.0 270.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 SH0102.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 40.0 SH0102.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0102.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0102.stool.m06 nan nan nan nan 2020-02-12 nan nan SH0102.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0102 nan Female Stool nan 45.2 nan +SH0103.sputum.m06 GCTGAGCCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 16.0553633217993 0.0 1.0 74.0 high 3.0 SU0190 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SH0103.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 65.0 SH0103.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-02-12 nan nan SH0103.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0103 nan Male Sputum nan 46.4 nan +SH0103.sputum.m18 ACTTAGACTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 16.0553633217993 0.0 1.0 74.0 high 3.0 SU0190 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SH0103.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 65.0 SH0103.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-03-03 nan nan SH0103.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0103 nan Male Sputum nan 46.4 nan +SH0103.stool.baseline CGTGAGGACCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 16.0553633217993 0.0 1.0 74.0 high 3.0 SU0190 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline SH0103.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 65.0 SH0103.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.stool.baseline nan nan nan nan 2019-08-13 nan nan SH0103.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0103 nan Male Stool nan 46.4 nan +SH0103.stool.m06 AGAGACGCGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 16.0553633217993 0.0 1.0 74.0 high 3.0 SU0190 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SH0103.stool.m06 0.0 baseline 2.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 65.0 SH0103.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.stool.m06 nan nan nan nan 2020-02-12 nan nan SH0103.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0103 nan Male Stool nan 46.4 nan +SH0103.stool.m18 GGACCTGGATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan high nan harmful 17.0 16.0553633217993 0.0 1.0 74.0 high 3.0 SU0190 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 1.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 2.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SH0103.stool.m18 0.0 baseline 2.0 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 yes 65.0 SH0103.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0103.stool.m18 nan nan nan nan 2021-03-03 nan nan SH0103.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0103 nan Male Stool nan 46.4 nan +SH0104.sputum.m18 GTAATTGTAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 26.1865094621727 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0200 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 SH0104.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SH0104.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0104.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0104.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-03-25 nan nan SH0104.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0104 nan Female Sputum nan 61.3 nan +SH0104.stool.baseline TGCTACAGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 26.1865094621727 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0200 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0104.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SH0104.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0104.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0104.stool.baseline nan nan nan nan 2019-08-20 nan nan SH0104.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0104 nan Female Stool nan 61.3 nan +SH0104.stool.m06 GATCCCACGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 26.1865094621727 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0200 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 5.0 m06 SH0104.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SH0104.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0104.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0104.stool.m06 nan nan nan nan 2020-02-13 nan nan SH0104.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0104 nan Female Stool nan 61.3 nan +SH0104.stool.m18 CGCTAGGATGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 26.1865094621727 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0200 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 19.0 m18 SH0104.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SH0104.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0104.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0104.stool.m18 nan nan nan nan 2021-03-25 nan nan SH0104.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0104 nan Female Stool nan 61.3 nan +SH0105.sputum.m18 TCTAACGAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 17.908855357415 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0200 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 19.0 m18 SH0105.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SH0105.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0105.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0105.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-03-25 nan nan SH0105.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0105 nan Male Sputum nan 47.0 nan +SH0105.stool.baseline CTACTTACATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 17.908855357415 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0200 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0105.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SH0105.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0105.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0105.stool.baseline nan nan nan nan 2019-08-20 nan nan SH0105.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0105 nan Male Stool nan 47.0 nan +SH0105.stool.m06 ACCACCGTAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 17.908855357415 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0200 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SH0105.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SH0105.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0105.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0105.stool.m06 nan nan nan nan 2020-02-13 nan nan SH0105.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0105 nan Male Stool nan 47.0 nan +SH0105.stool.m18 CGGTTGGCGGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 17.908855357415 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0200 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 19.0 m18 SH0105.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 162.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SH0105.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0105.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0105.stool.m18 nan nan nan nan 2021-03-25 nan nan SH0105.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0105 nan Male Stool nan 47.0 nan +SH0107.sputum.baseline CGTTCCTTGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 21.8339100346021 0.0 0.0 76.0 high 0.0 SU0202 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0107.sputum.baseline 1.0 baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 56.0 SH0107.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0107.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0107.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-08-27 nan nan SH0107.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0107 nan Male Sputum nan 63.1 nan +SH0107.stool.baseline CCACCGGGCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 9.0 21.8339100346021 0.0 0.0 76.0 high 0.0 SU0202 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 28.0 0.0 0.0 280.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0107.stool.baseline 1.0 baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 56.0 SH0107.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0107.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0107.stool.baseline nan nan nan nan 2019-08-27 nan nan SH0107.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0107 nan Male Stool nan 63.1 nan +SH0110.sputum.baseline CGTCGCAGCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.0432622977087 0.0 0.0 78.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0110.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0110.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0110.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0110.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-10-01 nan nan SH0110.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0110 nan Female Sputum nan 75.0 nan +SH0110.sputum.m06 AGCGATTCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.0432622977087 0.0 0.0 78.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 11.0 m12 SH0110.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 29.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0110.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0110.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0110.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-11 nan nan SH0110.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0110 nan Female Sputum nan 75.0 nan +SH0110.stool.baseline TATGTGCCGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.0432622977087 0.0 0.0 78.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SH0110.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0110.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0110.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0110.stool.baseline nan nan nan nan 2019-10-01 nan nan SH0110.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0110 nan Female Stool nan 75.0 nan +SH0110.stool.m06 AGGTGAGTTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 30.0432622977087 0.0 0.0 78.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 34.0 0.0 0.0 340.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 11.0 m12 SH0110.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 29.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 58.0 SH0110.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0110.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0110.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-11 nan nan SH0110.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0110 nan Female Stool nan 75.0 nan +SH0111.sputum.baseline CGTGAGGACCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 28.256989886972 0.0 0.0 76.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0111.sputum.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 SH0111.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-10-01 nan nan SH0111.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0111 nan Female Sputum nan 76.0 nan +SH0111.sputum.m06 AGAGACGCGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 28.256989886972 0.0 0.0 76.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 11.0 m12 SH0111.sputum.m06 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 SH0111.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-11 nan nan SH0111.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0111 nan Female Sputum nan 76.0 nan +SH0111.sputum.m18 GGACCTGGATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 28.256989886972 0.0 0.0 76.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0111.sputum.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 SH0111.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-03-17 nan nan SH0111.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0111 nan Female Sputum nan 76.0 nan +SH0111.stool.baseline CCGCCAGCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 28.256989886972 0.0 0.0 76.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0111.stool.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 SH0111.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.stool.baseline nan nan nan nan 2019-10-01 nan nan SH0111.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0111 nan Female Stool nan 76.0 nan +SH0111.stool.m06 AGCGGTAGCGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 28.256989886972 0.0 0.0 76.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 11.0 m12 SH0111.stool.m06 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 SH0111.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-11 nan nan SH0111.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0111 nan Female Stool nan 76.0 nan +SH0111.stool.m18 CGCACGTACCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 28.256989886972 0.0 0.0 76.0 high nan SU0211 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 32.0 0.0 0.0 320.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0111.stool.m18 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 35.0 SH0111.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0111.stool.m18 nan nan nan nan 2021-03-17 nan nan SH0111.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0111 nan Female Stool nan 76.0 nan +SH0126.sputum.baseline TGCTACAGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 31.3007284079084 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0126.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 25.0 SH0126.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-02-20 nan nan SH0126.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0126 nan Female Sputum nan 75.2 nan +SH0126.sputum.m06 GATCCCACGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 31.3007284079084 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 SH0126.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 25.0 SH0126.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-23 nan nan SH0126.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0126 nan Female Sputum nan 75.2 nan +SH0126.sputum.m18 CGCTAGGATGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 31.3007284079084 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0126.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 25.0 SH0126.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-08-12 nan nan SH0126.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0126 nan Female Sputum nan 75.2 nan +SH0126.stool.baseline AGGAAGTAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 31.3007284079084 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0126.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 25.0 SH0126.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.stool.baseline nan nan nan nan 2020-02-20 nan nan SH0126.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0126 nan Female Stool nan 75.2 nan +SH0126.stool.m06 CGATTCCTTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 31.3007284079084 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 1.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 SH0126.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 25.0 SH0126.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0126.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-23 nan nan SH0126.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0126 nan Female Stool nan 75.2 nan +SH0127.sputum.baseline CTACTTACATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 30.800119612115 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0127.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 38.0 SH0127.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-02-21 nan nan SH0127.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0127 nan Female Sputum nan 72.1 nan +SH0127.sputum.m06 ACCACCGTAACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 30.800119612115 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 SH0127.sputum.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 38.0 SH0127.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-23 nan nan SH0127.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0127 nan Female Sputum nan 72.1 nan +SH0127.sputum.m18 GGTGAGCAAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 30.800119612115 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0127.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 38.0 SH0127.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-08-12 nan nan SH0127.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0127 nan Female Sputum nan 72.1 nan +SH0127.stool.baseline AATCCGGTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 30.800119612115 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0127.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 38.0 SH0127.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.stool.baseline nan nan nan nan 2020-02-21 nan nan SH0127.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0127 nan Female Stool nan 72.1 nan +SH0127.stool.m06 ATACCGTCTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 30.800119612115 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 7.0 m06 SH0127.stool.m06 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 38.0 SH0127.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-23 nan nan SH0127.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0127 nan Female Stool nan 72.1 nan +SH0127.stool.m18 AACGATCATAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 30.800119612115 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0244 no 0.0 sh 4.0 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 1 0.0 100 >60 1.0 0.0 31.0 0.0 0.0 310.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0127.stool.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 38.0 SH0127.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0127.stool.m18 nan nan nan nan 2021-08-12 nan nan SH0127.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0127 nan Female Stool nan 72.1 nan +SH0128.sputum.baseline CCACCGGGCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan 64.0 high nan SU0252 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline SH0128.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SH0128.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-03-05 nan nan SH0128.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0128 nan Female Sputum nan nan nan +SH0128.sputum.m06 TATGTGCCGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan 64.0 high nan SU0252 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 SH0128.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SH0128.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-16 nan nan SH0128.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0128 nan Female Sputum nan nan nan +SH0128.sputum.m18 AGGTGAGTTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan 64.0 high nan SU0252 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 18.0 m18 SH0128.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SH0128.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-09-15 nan nan SH0128.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0128 nan Female Sputum nan nan nan +SH0128.stool.baseline TCATCTTGATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan 64.0 high nan SU0252 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline SH0128.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SH0128.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.stool.baseline nan nan nan nan 2020-03-05 nan nan SH0128.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0128 nan Female Stool nan nan nan +SH0128.stool.m06 GTCAGTATGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan 64.0 high nan SU0252 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 6.0 m06 SH0128.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SH0128.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0128.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-16 nan nan SH0128.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0128 nan Female Stool nan nan nan +SH0129.sputum.baseline CCGCCAGCTTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan 82.0 high nan SU0252 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline SH0129.sputum.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 SH0129.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0129.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0129.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-03-05 nan nan SH0129.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0129 nan Male Sputum nan nan nan +SH0129.sputum.m06 AGCGGTAGCGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan 82.0 high nan SU0252 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan nan nan 6.0 m06 SH0129.sputum.m06 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 11.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 SH0129.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0129.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0129.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-16 nan nan SH0129.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0129 nan Male Sputum nan nan nan +SH0129.stool.baseline GTCCTCGCGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan 82.0 high nan SU0252 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan nan nan 0.0 baseline SH0129.stool.baseline nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 SH0129.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0129.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0129.stool.baseline nan nan nan nan 2020-03-05 nan nan SH0129.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0129 nan Male Stool nan nan nan +SH0129.stool.m06 CGTTCGCTAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 nan nan nan 82.0 high nan SU0252 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan nan nan 6.0 m06 SH0129.stool.m06 nan baseline 2.0 1.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 11.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 178.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 24.0 SH0129.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0129.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0129.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-16 nan nan SH0129.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0129 nan Male Stool nan nan nan +SH0130.sputum.baseline CGCACGTACCTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 25.5543537047052 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0253 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0130.sputum.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 SH0130.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0130.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0130.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-03-12 nan nan SH0130.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0130 nan Male Sputum nan 75.6 nan +SH0130.sputum.m18 AGGAAGTAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 25.5543537047052 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0253 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0130.sputum.m18 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 SH0130.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0130.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0130.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-09-07 nan nan SH0130.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0130 nan Male Sputum nan 75.6 nan +SH0130.stool.baseline TGCCTGCTCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 10.0 25.5543537047052 0.0 0.0 72.0 high 0.0 SU0253 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 0.0 29.0 0.0 0.0 290.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0130.stool.baseline 0.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 39.0 SH0130.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0130.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0130.stool.baseline nan nan nan nan 2020-03-12 nan nan SH0130.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0130 nan Male Stool nan 75.6 nan +SH0131.sputum.baseline CGATTCCTTAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 45.2777777777778 0.0 0.0 70.0 high nan SU0253 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0131.sputum.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 120.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SH0131.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-03-12 nan nan SH0131.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0131 nan Female Sputum nan 65.2 nan +SH0131.sputum.m06 AATCCGGTCACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 45.2777777777778 0.0 0.0 70.0 high nan SU0253 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0131.sputum.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 120.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SH0131.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SH0131.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0131 nan Female Sputum nan 65.2 nan +SH0131.sputum.m18 ATACCGTCTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 45.2777777777778 0.0 0.0 70.0 high nan SU0253 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 0.0 17.0 m18 SH0131.sputum.m18 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 nan nan nan nan nan nan 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 120.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SH0131.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-09-01 nan nan SH0131.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0131 nan Female Sputum nan 65.2 nan +SH0131.stool.baseline TCTTACCCATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 45.2777777777778 0.0 0.0 70.0 high nan SU0253 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0131.stool.baseline nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 120.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SH0131.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.stool.baseline nan nan nan nan 2020-03-12 nan nan SH0131.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0131 nan Female Stool nan 65.2 nan +SH0131.stool.m06 TGTGCTTGTAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 45.2777777777778 0.0 0.0 70.0 high nan SU0253 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0131.stool.m06 nan baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 120.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SH0131.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0131.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SH0131.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0131 nan Female Stool nan 65.2 nan +SH0132.sputum.baseline AACGATCATAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.4684711481261 0.0 0.0 74.0 high nan SU0255 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0132.sputum.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 60.0 SH0132.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0132.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0132.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-03-16 nan nan SH0132.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0132 nan Male Sputum nan 68.5 nan +SH0132.sputum.m06 TCATCTTGATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.4684711481261 0.0 0.0 74.0 high nan SU0255 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0132.sputum.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 60.0 SH0132.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0132.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0132.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-16 nan nan SH0132.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0132 nan Male Sputum nan 68.5 nan +SH0132.stool.baseline ATGTTAGGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.4684711481261 0.0 0.0 74.0 high nan SU0255 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 0.0 baseline SH0132.stool.baseline nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 60.0 SH0132.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0132.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0132.stool.baseline nan nan nan nan 2020-03-16 nan nan SH0132.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0132 nan Male Stool nan 68.5 nan +SH0132.stool.m06 AAGTGGCTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan contact nan low nan low.risk 0.0 25.4684711481261 0.0 0.0 74.0 high nan SU0255 no 0.0 sh nan 0.0 no nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 100 >60 nan nan 29.0 0.0 0.0 290.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 0.0 6.0 m06 SH0132.stool.m06 nan baseline 2.0 nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 0 1 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 60-69 no 60.0 SH0132.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0132.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0132.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-16 nan nan SH0132.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0132 nan Male Stool nan 68.5 nan +SH0133.sputum.baseline GTCAGTATGGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 15.8257764083891 1.0 1.0 72.0 high 0.0 SU0255 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 2.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline SH0133.sputum.baseline 2.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0133.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-03-16 nan nan SH0133.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0133 nan Male Sputum nan 45.2 nan +SH0133.sputum.m06 GTCCTCGCGACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 15.8257764083891 1.0 1.0 72.0 high 0.0 SU0255 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 2.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 SH0133.sputum.m06 2.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0133.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-16 nan nan SH0133.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0133 nan Male Sputum nan 45.2 nan +SH0133.sputum.m18 CGTTCGCTAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 15.8257764083891 1.0 1.0 72.0 high 0.0 SU0255 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 2.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 SH0133.sputum.m18 2.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0133.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-09-02 nan nan SH0133.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0133 nan Male Sputum nan 45.2 nan +SH0133.stool.baseline GTCGTTACCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 15.8257764083891 1.0 1.0 72.0 high 0.0 SU0255 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 2.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 0.0 baseline SH0133.stool.baseline 2.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0133.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.stool.baseline nan nan nan nan 2020-03-16 nan nan SH0133.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0133 nan Male Stool nan 45.2 nan +SH0133.stool.m06 AGTATATGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan contact nan low nan hazardous 12.0 15.8257764083891 1.0 1.0 72.0 high 0.0 SU0255 no 0.0 sh 0.0 0.0 no nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan nan nan nan 4.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 2.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 SH0133.stool.m06 2.0 baseline 2.0 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan 0.0 nan 0.0 1 0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 169.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 22.0 SH0133.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SH0133.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-16 nan nan SH0133.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SH0133 nan Male Stool nan 45.2 nan +SU0009.sputum.baseline GCCGCCAGGGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 19.0 18.3950831024931 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0009 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 2.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SU0009.sputum.baseline 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0009.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-02-13 nan nan SU0009.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0009 nan Female Sputum nan 42.5 nan +SU0009.sputum.m02 CAATGTAGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 19.0 18.3950831024931 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0009 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 2.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 1.0 m02 SU0009.sputum.m02 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0009.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-04-11 nan nan SU0009.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0009 nan Female Sputum nan 42.5 nan +SU0009.sputum.m06 CCGCGTCTCAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 19.0 18.3950831024931 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0009 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 2.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SU0009.sputum.m06 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0009.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-10 nan nan SU0009.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0009 nan Female Sputum nan 42.5 nan +SU0009.stool.baseline ACTAAGTACCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 19.0 18.3950831024931 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0009 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 2.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 0.0 baseline SU0009.stool.baseline 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0009.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.stool.baseline nan nan nan nan 2018-02-13 nan nan SU0009.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0009 nan Female Stool nan 42.5 nan +SU0009.stool.m02 CTCAGCGGGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 19.0 18.3950831024931 0.0 0.0 80.0 high 1.0 SU0009 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan 1.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 nan 3 2.0 90 >60 3.0 1.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 1.0 m02 SU0009.stool.m02 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0009.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0009.stool.m02 nan nan nan nan 2018-04-11 nan nan SU0009.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0009 nan Female Stool nan 42.5 nan +SU0011.sputum.baseline TGGTGGAGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline SU0011.sputum.baseline nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-02-22 nan nan SU0011.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Sputum nan 35.6 nan +SU0011.sputum.m02 TCCGATAATCGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 2.0 m02 SU0011.sputum.m02 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-04-24 nan nan SU0011.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Sputum nan 35.6 nan +SU0011.sputum.m06 CGGCCAGAAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 6.0 m06 SU0011.sputum.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-22 nan nan SU0011.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Sputum nan 35.6 nan +SU0011.sputum.m12 TGCCTGCTCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 11.0 m12 SU0011.sputum.m12 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-02-21 nan nan SU0011.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Sputum nan 35.6 nan +SU0011.sputum.m18 TCTTACCCATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 18.0 m18 SU0011.sputum.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-08-26 nan nan SU0011.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Sputum nan 35.6 nan +SU0011.stool.baseline GTTAACTTACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 0.0 baseline SU0011.stool.baseline nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.baseline nan nan nan nan 2018-02-22 nan nan SU0011.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Stool nan 35.6 nan +SU0011.stool.m02 GCGAGGAAGTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 6.0 2.0 m02 SU0011.stool.m02 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.m02 nan nan nan nan 2018-04-24 nan nan SU0011.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Stool nan 35.6 nan +SU0011.stool.m06 GGACAAGTGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 6.0 m06 SU0011.stool.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-22 nan nan SU0011.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Stool nan 35.6 nan +SU0011.stool.m12 GGCTCGTCGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 11.0 m12 SU0011.stool.m12 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.m12 nan nan nan nan 2019-02-21 nan nan SU0011.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Stool nan 35.6 nan +SU0011.stool.m18 GACATCTGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 1.0 low nan low.risk 0.0 15.4085872576177 1.0 1.0 68.0 high nan SU0011 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 6.0 18.0 m18 SU0011.stool.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 152.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 44.0 SU0011.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0011.stool.m18 nan nan nan nan 2019-08-26 nan nan SU0011.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0011 nan Female Stool nan 35.6 nan +SU0013.sputum.baseline TCGCTACAGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0013.sputum.baseline 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-03-05 nan nan SU0013.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Sputum nan 48.6 nan +SU0013.sputum.m02 ATTATGATTATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 1.0 m02 SU0013.sputum.m02 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-05-03 nan nan SU0013.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Sputum nan 48.6 nan +SU0013.sputum.m06 GCCACCGCCGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0013.sputum.m06 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-08-27 nan nan SU0013.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Sputum nan 48.6 nan +SU0013.sputum.m12 TGTGCTTGTAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0013.sputum.m12 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-03-04 nan nan SU0013.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Sputum nan 48.6 nan +SU0013.sputum.m18 ATGTTAGGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0013.sputum.m18 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-08-26 nan nan SU0013.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Sputum nan 48.6 nan +SU0013.stool.baseline CTGATGTACACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0013.stool.baseline 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.baseline nan nan nan nan 2018-03-05 nan nan SU0013.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Stool nan 48.6 nan +SU0013.stool.m02 TGGAGCCTTGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 1.0 m02 SU0013.stool.m02 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.m02 nan nan nan nan 2018-05-03 nan nan SU0013.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Stool nan 48.6 nan +SU0013.stool.m06 ACGTGCCTTAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0013.stool.m06 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.m06 nan nan nan nan 2018-08-27 nan nan SU0013.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Stool nan 48.6 nan +SU0013.stool.m12 AATTTCCTAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0013.stool.m12 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.m12 nan nan nan nan 2019-03-04 nan nan SU0013.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Stool nan 48.6 nan +SU0013.stool.m18 ATAAACGGACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 7.0 17.1173471633985 0.0 1.0 84.0 high 0.0 SU0013 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 3.0 1.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0013.stool.m18 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 2.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.5 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 21.0 SU0013.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0013.stool.m18 nan nan nan nan 2019-08-26 nan nan SU0013.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0013 nan Male Stool nan 48.6 nan +SU0023.sputum.baseline AACCACTAACCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline SU0023.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-03-26 nan nan SU0023.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Sputum nan 43.0 nan +SU0023.sputum.m02 CCGAGGTATAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 3.0 m06 SU0023.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-06-27 nan nan SU0023.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Sputum nan 43.0 nan +SU0023.sputum.m06 TTAACAAGGCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 SU0023.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-10-17 nan nan SU0023.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Sputum nan 43.0 nan +SU0023.sputum.m12 AAGTGGCTATCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 12.0 m12 SU0023.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-04-23 nan nan SU0023.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Sputum nan 43.0 nan +SU0023.sputum.m18 GTCGTTACCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 18.0 m18 SU0023.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-10-14 nan nan SU0023.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Sputum nan 43.0 nan +SU0023.stool.baseline CACCCTTGCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline SU0023.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.baseline nan nan nan nan 2018-03-26 nan nan SU0023.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Stool nan 43.0 nan +SU0023.stool.m02 ATGCCTCGTAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 3.0 m06 SU0023.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.m02 nan nan nan nan 2018-06-27 nan nan SU0023.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Stool nan 43.0 nan +SU0023.stool.m06 GTTGTTCTGGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 SU0023.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.m06 nan nan nan nan 2018-10-17 nan nan SU0023.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Stool nan 43.0 nan +SU0023.stool.m12 GCTAGTTATGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 12.0 m12 SU0023.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.m12 nan nan nan nan 2019-04-23 nan nan SU0023.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Stool nan 43.0 nan +SU0023.stool.m18 ACTAGTTGGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0088208536055 0.0 1.0 68.0 high nan SU0023 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.5 0.0 1.0 215.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 18.0 m18 SU0023.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 159.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 53.0 SU0023.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0023.stool.m18 nan nan nan nan 2019-10-14 nan nan SU0023.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0023 nan Male Stool nan 43.0 nan +SU0031.sputum.baseline AAGTCACACACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 14.8890421518114 1.0 1.0 66.0 high nan SU0031 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0031.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 SU0031.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-04-24 nan nan SU0031.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0031 nan Female Sputum nan 36.7 nan +SU0031.sputum.m02 TGGCAGCGAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 14.8890421518114 1.0 1.0 66.0 high nan SU0031 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 SU0031.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 SU0031.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-06-27 nan nan SU0031.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0031 nan Female Sputum nan 36.7 nan +SU0031.sputum.m06 CCGGCTTATGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 14.8890421518114 1.0 1.0 66.0 high nan SU0031 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 5.0 m06 SU0031.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 SU0031.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-10-18 nan nan SU0031.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0031 nan Female Sputum nan 36.7 nan +SU0031.sputum.m12 CTATGTATTAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 14.8890421518114 1.0 1.0 66.0 high nan SU0031 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 11.0 m12 SU0031.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 SU0031.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-04-17 nan nan SU0031.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0031 nan Female Sputum nan 36.7 nan +SU0031.sputum.m18 GGCTCGTCGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 14.8890421518114 1.0 1.0 66.0 high nan SU0031 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 17.0 m18 SU0031.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 SU0031.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-10-15 nan nan SU0031.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0031 nan Female Sputum nan 36.7 nan +SU0031.stool.baseline CAAATTCGGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 14.8890421518114 1.0 1.0 66.0 high nan SU0031 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0031.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 SU0031.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.stool.baseline nan nan nan nan 2018-04-24 nan nan SU0031.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0031 nan Female Stool nan 36.7 nan +SU0031.stool.m02 TACGGTCTGGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 14.8890421518114 1.0 1.0 66.0 high nan SU0031 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 SU0031.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 SU0031.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.stool.m02 nan nan nan nan 2018-06-27 nan nan SU0031.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0031 nan Female Stool nan 36.7 nan +SU0031.stool.m06 ACGTATTCGAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 14.8890421518114 1.0 1.0 66.0 high nan SU0031 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 5.0 m06 SU0031.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 SU0031.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.stool.m06 nan nan nan nan 2018-10-18 nan nan SU0031.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0031 nan Female Stool nan 36.7 nan +SU0031.stool.m18 CGCAAGCCCGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 14.8890421518114 1.0 1.0 66.0 high nan SU0031 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 100 >60 nan nan 20.0 0.0 1.0 200.0 0.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 17.0 m18 SU0031.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 157.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 18.0 SU0031.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0031.stool.m18 nan nan nan nan 2019-10-15 nan nan SU0031.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0031 nan Female Stool nan 36.7 nan +SU0033.sputum.baseline CGAATACTGACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.9816632231405 0.0 1.0 76.0 high nan SU0033 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 nan nan mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0033.sputum.baseline nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0033.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-11 nan nan SU0033.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0033 nan Male Sputum nan 55.7 nan +SU0033.sputum.m02 ACACACCCTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.9816632231405 0.0 1.0 76.0 high nan SU0033 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 nan nan mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0033.sputum.m02 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0033.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-07-26 nan nan SU0033.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0033 nan Male Sputum nan 55.7 nan +SU0033.sputum.m06 AACTTTCAGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.9816632231405 0.0 1.0 76.0 high nan SU0033 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 nan nan mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0033.sputum.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0033.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-11-05 nan nan SU0033.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0033 nan Male Sputum nan 55.7 nan +SU0033.sputum.m12 GACATCTGACAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.9816632231405 0.0 1.0 76.0 high nan SU0033 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 nan nan mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 12.0 m12 SU0033.sputum.m12 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0033.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-05-14 nan nan SU0033.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0033 nan Male Sputum nan 55.7 nan +SU0033.sputum.m18 AATTTCCTAACA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.9816632231405 0.0 1.0 76.0 high nan SU0033 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 nan nan mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0033.sputum.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0033.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-10-28 nan nan SU0033.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0033 nan Male Sputum nan 55.7 nan +SU0033.stool.baseline TTACTTATCCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.9816632231405 0.0 1.0 76.0 high nan SU0033 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 nan nan mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0033.stool.baseline nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0033.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-11 nan nan SU0033.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0033 nan Male Stool nan 55.7 nan +SU0033.stool.m02 AGTTGTAGTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.9816632231405 0.0 1.0 76.0 high nan SU0033 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 nan nan mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0033.stool.m02 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0033.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.stool.m02 nan nan nan nan 2018-07-26 nan nan SU0033.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0033 nan Male Stool nan 55.7 nan +SU0033.stool.m06 GATGCCTAATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.9816632231405 0.0 1.0 76.0 high nan SU0033 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 nan nan mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0033.stool.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0033.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.stool.m06 nan nan nan nan 2018-11-05 nan nan SU0033.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0033 nan Male Stool nan 55.7 nan +SU0033.stool.m18 AGAGCGGAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.9816632231405 0.0 1.0 76.0 high nan SU0033 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 nan 1.0 nan nan mixed.ancestry nan 26.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0033.stool.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0033.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0033.stool.m18 nan nan nan nan 2019-10-28 nan nan SU0033.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0033 nan Male Stool nan 55.7 nan +SU0036.sputum.baseline TTGCCGCTCTGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan high nan harmful 19.0 16.788254326791 0.0 1.0 66.0 high 1.0 SU0036 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0036.sputum.baseline 1.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 181.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 SU0036.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-21 nan nan SU0036.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0036 nan Male Sputum nan 55.0 nan +SU0036.sputum.m02 AACCGCATAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan high nan harmful 19.0 16.788254326791 0.0 1.0 66.0 high 1.0 SU0036 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0036.sputum.m02 1.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 181.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 SU0036.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-07-26 nan nan SU0036.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0036 nan Male Sputum nan 55.0 nan +SU0036.sputum.m06 GAAGTAGCGAGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan high nan harmful 19.0 16.788254326791 0.0 1.0 66.0 high 1.0 SU0036 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0036.sputum.m06 1.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 181.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 SU0036.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-11-13 nan nan SU0036.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0036 nan Male Sputum nan 55.0 nan +SU0036.sputum.m18 ATAAACGGACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan high nan harmful 19.0 16.788254326791 0.0 1.0 66.0 high 1.0 SU0036 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0036.sputum.m18 1.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 181.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 SU0036.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-06 nan nan SU0036.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0036 nan Male Sputum nan 55.0 nan +SU0036.stool.baseline TTAGTTTGTCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan high nan harmful 19.0 16.788254326791 0.0 1.0 66.0 high 1.0 SU0036 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0036.stool.baseline 1.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 181.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 SU0036.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-21 nan nan SU0036.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0036 nan Male Stool nan 55.0 nan +SU0036.stool.m02 AGGGTGACTTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan high nan harmful 19.0 16.788254326791 0.0 1.0 66.0 high 1.0 SU0036 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0036.stool.m02 1.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 181.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 SU0036.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.m02 nan nan nan nan 2018-07-26 nan nan SU0036.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0036 nan Male Stool nan 55.0 nan +SU0036.stool.m06 TTGTGTCTCCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan high nan harmful 19.0 16.788254326791 0.0 1.0 66.0 high 1.0 SU0036 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0036.stool.m06 1.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 181.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 SU0036.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.m06 nan nan nan nan 2018-11-13 nan nan SU0036.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0036 nan Male Stool nan 55.0 nan +SU0036.stool.m12 ACATGGGCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan high nan harmful 19.0 16.788254326791 0.0 1.0 66.0 high 1.0 SU0036 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0036.stool.m12 1.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 181.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 SU0036.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.m12 nan nan nan nan 2019-05-10 nan nan SU0036.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0036 nan Male Stool nan 55.0 nan +SU0036.stool.m18 CTGCGGATATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan high nan harmful 19.0 16.788254326791 0.0 1.0 66.0 high 1.0 SU0036 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 4 0.0 90 >60 4.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 1.0 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0036.stool.m18 1.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 181.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 41.0 SU0036.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0036.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-06 nan nan SU0036.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0036 nan Male Stool nan 55.0 nan +SU0037.sputum.baseline GCTAGTTATGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 30.0 18.8671687229611 0.0 0.0 69.0 high 3.0 SU0037 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 3.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0037.sputum.baseline 3.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SU0037.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-23 nan nan SU0037.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0037 nan Male Sputum nan 47.1 nan +SU0037.sputum.m02 ACTAGTTGGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 30.0 18.8671687229611 0.0 0.0 69.0 high 3.0 SU0037 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 3.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0037.sputum.m02 3.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SU0037.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan SU0037.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0037 nan Male Sputum nan 47.1 nan +SU0037.sputum.m06 CGCAAGCCCGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 30.0 18.8671687229611 0.0 0.0 69.0 high 3.0 SU0037 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 3.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0037.sputum.m06 3.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SU0037.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-11-21 nan nan SU0037.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0037 nan Male Sputum nan 47.1 nan +SU0037.sputum.m12 AGAGCGGAACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 30.0 18.8671687229611 0.0 0.0 69.0 high 3.0 SU0037 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 3.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 11.0 m12 SU0037.sputum.m12 3.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SU0037.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-05-16 nan nan SU0037.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0037 nan Male Sputum nan 47.1 nan +SU0037.sputum.m18 ACATGGGCGGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 30.0 18.8671687229611 0.0 0.0 69.0 high 3.0 SU0037 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 3.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0037.sputum.m18 3.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SU0037.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-04 nan nan SU0037.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0037 nan Male Sputum nan 47.1 nan +SU0037.stool.baseline GTGAGGGCAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 30.0 18.8671687229611 0.0 0.0 69.0 high 3.0 SU0037 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 3.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0037.stool.baseline 3.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SU0037.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-23 nan nan SU0037.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0037 nan Male Stool nan 47.1 nan +SU0037.stool.m02 ATATTGGCAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 30.0 18.8671687229611 0.0 0.0 69.0 high 3.0 SU0037 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 3.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0037.stool.m02 3.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SU0037.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.stool.m02 nan nan nan nan 2018-07-30 nan nan SU0037.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0037 nan Male Stool nan 47.1 nan +SU0037.stool.m12 TCATCCGTCGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 30.0 18.8671687229611 0.0 0.0 69.0 high 3.0 SU0037 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 3.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 11.0 m12 SU0037.stool.m12 3.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SU0037.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.stool.m12 nan nan nan nan 2019-05-16 nan nan SU0037.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0037 nan Male Stool nan 47.1 nan +SU0037.stool.m18 GGCTTCGGAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan dependence 30.0 18.8671687229611 0.0 0.0 69.0 high 3.0 SU0037 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 3.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 2.0 3 4.0 100 >60 3.0 3.0 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0037.stool.m18 3.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 yes 57.0 SU0037.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0037.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-04 nan nan SU0037.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0037 nan Male Stool nan 47.1 nan +SU0040.sputum.baseline GTGAATGTTCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 13.6971565850335 1.0 1.0 42.0 high nan SU0040 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 86.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0040.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SU0040.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-05-29 nan nan SU0040.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0040 nan Male Sputum nan 38.2 nan +SU0040.sputum.m02 ATAGTCCTTTAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 13.6971565850335 1.0 1.0 42.0 high nan SU0040 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 86.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 1.0 m02 SU0040.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SU0040.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-07-24 nan nan SU0040.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0040 nan Male Sputum nan 38.2 nan +SU0040.sputum.m06 TCTTATAACGCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 13.6971565850335 1.0 1.0 42.0 high nan SU0040 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 86.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 SU0040.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SU0040.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_96 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-11-20 nan nan SU0040.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0040 nan Male Sputum nan 38.2 nan +SU0040.sputum.m18 CTGCGGATATAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 13.6971565850335 1.0 1.0 42.0 high nan SU0040 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 86.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 SU0040.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SU0040.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-07 nan nan SU0040.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0040 nan Male Sputum nan 38.2 nan +SU0040.stool.baseline TTCAGTTCGTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 13.6971565850335 1.0 1.0 42.0 high nan SU0040 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 86.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0040.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SU0040.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.stool.baseline nan nan nan nan 2018-05-29 nan nan SU0040.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0040 nan Male Stool nan 38.2 nan +SU0040.stool.m02 GACGTTAAGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 13.6971565850335 1.0 1.0 42.0 high nan SU0040 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 86.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 1.0 m02 SU0040.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SU0040.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.stool.m02 nan nan nan nan 2018-07-24 nan nan SU0040.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0040 nan Male Stool nan 38.2 nan +SU0040.stool.m06 ATGGGACCTTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 13.6971565850335 1.0 1.0 42.0 high nan SU0040 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 86.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 SU0040.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SU0040.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_98 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.stool.m06 nan nan nan nan 2018-11-20 nan nan SU0040.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0040 nan Male Stool nan 38.2 nan +SU0040.stool.m18 CGGTCAATTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 13.6971565850335 1.0 1.0 42.0 high nan SU0040 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 86.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 SU0040.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 47.0 SU0040.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0040.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-07 nan nan SU0040.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0040 nan Male Stool nan 38.2 nan +SU0042.sputum.baseline GTGAGGGCAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 20.3555555555556 0.0 0.0 86.0 high nan SU0042 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0042.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0042.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-04 nan nan SU0042.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0042 nan Female Sputum nan 45.8 nan +SU0042.sputum.m02 ATATTGGCAGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 20.3555555555556 0.0 0.0 86.0 high nan SU0042 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0042.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0042.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-08-07 nan nan SU0042.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0042 nan Female Sputum nan 45.8 nan +SU0042.sputum.m06 TCATCCGTCGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 20.3555555555556 0.0 0.0 86.0 high nan SU0042 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0042.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0042.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-11-27 nan nan SU0042.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0042 nan Female Sputum nan 45.8 nan +SU0042.sputum.m12 GGCTTCGGAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 20.3555555555556 0.0 0.0 86.0 high nan SU0042 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 11.0 m12 SU0042.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0042.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-06-03 nan nan SU0042.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0042 nan Female Sputum nan 45.8 nan +SU0042.sputum.m18 CGGTCAATTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 20.3555555555556 0.0 0.0 86.0 high nan SU0042 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0042.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0042.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-18 nan nan SU0042.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0042 nan Female Sputum nan 45.8 nan +SU0042.stool.baseline TCCGCTGCTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 20.3555555555556 0.0 0.0 86.0 high nan SU0042 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0042.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0042.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-04 nan nan SU0042.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0042 nan Female Stool nan 45.8 nan +SU0042.stool.m06 TGCGCGCCTTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 20.3555555555556 0.0 0.0 86.0 high nan SU0042 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0042.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0042.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.stool.m06 nan nan nan nan 2018-11-27 nan nan SU0042.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0042 nan Female Stool nan 45.8 nan +SU0042.stool.m18 GCGCACACCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 20.3555555555556 0.0 0.0 86.0 high nan SU0042 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0042.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 150.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0042.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0042.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-18 nan nan SU0042.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0042 nan Female Stool nan 45.8 nan +SU0044.sputum.baseline TCCGCTGCTGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 80.0 high nan SU0044 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0044.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0044.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-05 nan nan SU0044.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0044 nan Female Sputum nan 40.0 nan +SU0044.sputum.m02 TGCGCGCCTTCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 80.0 high nan SU0044 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0044.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0044.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-08-07 nan nan SU0044.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0044 nan Female Sputum nan 40.0 nan +SU0044.sputum.m12 GCGCACACCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 80.0 high nan SU0044 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 SU0044.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0044.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-06-11 nan nan SU0044.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0044 nan Female Sputum nan 40.0 nan +SU0044.sputum.m18 CACGAAAGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 80.0 high nan SU0044 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0044.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0044.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-11-22 nan nan SU0044.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0044 nan Female Sputum nan 40.0 nan +SU0044.stool.baseline CACGAAAGCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 80.0 high nan SU0044 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0044.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0044.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-05 nan nan SU0044.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0044 nan Female Stool nan 40.0 nan +SU0044.stool.m02 CGTGGCTTTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 80.0 high nan SU0044 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0044.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0044.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.m02 nan nan nan nan 2018-08-07 nan nan SU0044.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0044 nan Female Stool nan 40.0 nan +SU0044.stool.m06 ATTTGGCTCTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 80.0 high nan SU0044 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 SU0044.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0044.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.m06 nan nan nan nan 2018-12-05 nan nan SU0044.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0044 nan Female Stool nan 40.0 nan +SU0044.stool.m12 CGCGTCAAACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 80.0 high nan SU0044 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 SU0044.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0044.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.m12 nan nan nan nan 2019-06-11 nan nan SU0044.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0044 nan Female Stool nan 40.0 nan +SU0044.stool.m18 ATGTTCCTCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 1.0 low nan low.risk 0.0 16.6493236212279 0.0 1.0 80.0 high nan SU0044 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 23.0 0.0 0.0 230.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0044.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 20.0 SU0044.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0044.stool.m18 nan nan nan nan 2019-11-22 nan nan SU0044.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0044 nan Female Stool nan 40.0 nan +SU0048.sputum.baseline CGTGGCTTTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0048.sputum.baseline 0.0 baseline nan nan nan 1.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-06-21 nan nan SU0048.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Sputum nan 37.7 nan +SU0048.sputum.m02 ATTTGGCTCTTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 SU0048.sputum.m02 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan SU0048.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Sputum nan 37.7 nan +SU0048.sputum.m06 CGCGTCAAACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 SU0048.sputum.m06 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.m06 nan nan nan nan 2018-12-20 nan nan SU0048.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Sputum nan 37.7 nan +SU0048.sputum.m12 ATGTTCCTCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 12.0 m12 SU0048.sputum.m12 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-06-25 nan nan SU0048.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Sputum nan 37.7 nan +SU0048.sputum.m18 TCCGTGGTATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 SU0048.sputum.m18 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.sputum.m18 nan nan nan nan 2019-12-17 nan nan SU0048.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Sputum nan 37.7 nan +SU0048.stool.baseline TCCGTGGTATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0048.stool.baseline 0.0 baseline nan nan nan 1.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.baseline nan nan nan nan 2018-06-21 nan nan SU0048.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Stool nan 37.7 nan +SU0048.stool.m02 GTTGGTTGGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 2.0 m02 SU0048.stool.m02 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.m02 nan nan nan nan 2018-08-23 nan nan SU0048.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Stool nan 37.7 nan +SU0048.stool.m06 AACGGGCGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 SU0048.stool.m06 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.m06 nan nan nan nan 2018-12-20 nan nan SU0048.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Stool nan 37.7 nan +SU0048.stool.m12 TACTGAGCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 12.0 m12 SU0048.stool.m12 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.m12 nan nan nan nan 2019-06-25 nan nan SU0048.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Stool nan 37.7 nan +SU0048.stool.m18 GGTGCAGACAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 2.0 15.6919875130073 1.0 1.0 145.0 high 0.0 SU0048 no 0.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 0.0 nan 1 0.0 80 >60 1.0 0.0 20.0 0.0 1.0 200.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 35.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 SU0048.stool.m18 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 155.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0048.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0048.stool.m18 nan nan nan nan 2019-12-17 nan nan SU0048.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0048 nan Female Stool nan 37.7 nan +SU0051.stool.baseline GATCCGGCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 16.3386681813626 0.0 1.0 84.0 high nan SU0051 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 48.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0051.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0051.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.baseline nan nan nan nan 2018-07-04 nan nan SU0051.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0051 nan Male Stool nan 48.9 nan +SU0051.stool.m02 CTTCCAACTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 16.3386681813626 0.0 1.0 84.0 high nan SU0051 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 48.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 6.0 m06 SU0051.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0051.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.m02 nan nan nan nan 2019-01-15 nan nan SU0051.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0051 nan Male Stool nan 48.9 nan +SU0051.stool.m06 CGACCTCGCATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 16.3386681813626 0.0 1.0 84.0 high nan SU0051 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 48.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 6.0 m06 SU0051.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0051.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.m06 nan nan nan nan 2019-01-15 nan nan SU0051.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0051 nan Male Stool nan 48.9 nan +SU0051.stool.m12 GTCAGAGTATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 16.3386681813626 0.0 1.0 84.0 high nan SU0051 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 48.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 12.0 m12 SU0051.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0051.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.m12 nan nan nan nan 2019-07-15 nan nan SU0051.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0051 nan Male Stool nan 48.9 nan +SU0051.stool.m18 GAACGATCATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 16.3386681813626 0.0 1.0 84.0 high nan SU0051 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 48.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 18.0 m18 SU0051.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 173.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0051.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0051.stool.m18 nan nan nan nan 2020-01-14 nan nan SU0051.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0051 nan Male Stool nan 48.9 nan +SU0056.sputum.baseline GTTGGTTGGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1620862459702 0.0 0.0 18.0 normal nan SU0056 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0056.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SU0056.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-07-17 nan nan SU0056.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0056 nan Male Sputum nan 56.9 nan +SU0056.sputum.m02 AACGGGCGACGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1620862459702 0.0 0.0 18.0 normal nan SU0056 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0056.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SU0056.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-09-17 nan nan SU0056.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0056 nan Male Sputum nan 56.9 nan +SU0056.sputum.m06 TACTGAGCCTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1620862459702 0.0 0.0 18.0 normal nan SU0056 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0056.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SU0056.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-01-14 nan nan SU0056.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0056 nan Male Sputum nan 56.9 nan +SU0056.sputum.m18 GGTGCAGACAGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1620862459702 0.0 0.0 18.0 normal nan SU0056 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0056.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SU0056.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-01-14 nan nan SU0056.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0056 nan Male Sputum nan 56.9 nan +SU0056.stool.baseline CTCCACATTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1620862459702 0.0 0.0 18.0 normal nan SU0056 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0056.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SU0056.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.stool.baseline nan nan nan nan 2018-07-17 nan nan SU0056.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0056 nan Male Stool nan 56.9 nan +SU0056.stool.m02 TCTTCGCAGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1620862459702 0.0 0.0 18.0 normal nan SU0056 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0056.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SU0056.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.stool.m02 nan nan nan nan 2018-09-17 nan nan SU0056.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0056 nan Male Stool nan 56.9 nan +SU0056.stool.m06 CACGCTATTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1620862459702 0.0 0.0 18.0 normal nan SU0056 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0056.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SU0056.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.stool.m06 nan nan nan nan 2019-01-14 nan nan SU0056.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0056 nan Male Stool nan 56.9 nan +SU0056.stool.m18 GTTAAGCTGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1620862459702 0.0 0.0 18.0 normal nan SU0056 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0056.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 177.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 33.0 SU0056.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0056.stool.m18 nan nan nan nan 2020-01-14 nan nan SU0056.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0056 nan Male Stool nan 56.9 nan +SU0062.sputum.baseline GATCCGGCAGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 low nan hazardous 10.0 15.1543209876543 1.0 1.0 97.0 high 0.0 SU0062 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 2.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline SU0062.sputum.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 1.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 SU0062.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-07-23 nan nan SU0062.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0062 nan Female Sputum nan 49.1 nan +SU0062.sputum.m02 CTTCCAACTCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 low nan hazardous 10.0 15.1543209876543 1.0 1.0 97.0 high 0.0 SU0062 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 2.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 1.0 m02 SU0062.sputum.m02 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 SU0062.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-09-20 nan nan SU0062.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0062 nan Female Sputum nan 49.1 nan +SU0062.sputum.m12 GTCAGAGTATTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 low nan hazardous 10.0 15.1543209876543 1.0 1.0 97.0 high 0.0 SU0062 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 2.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 SU0062.sputum.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 SU0062.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-07-17 nan nan SU0062.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0062 nan Female Sputum nan 49.1 nan +SU0062.stool.baseline GCCTAGCCCAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 low nan hazardous 10.0 15.1543209876543 1.0 1.0 97.0 high 0.0 SU0062 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 2.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline SU0062.stool.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 1.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 SU0062.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.baseline nan nan nan nan 2018-07-23 nan nan SU0062.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0062 nan Female Stool nan 49.1 nan +SU0062.stool.m02 CATTCGTGGCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 low nan hazardous 10.0 15.1543209876543 1.0 1.0 97.0 high 0.0 SU0062 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 2.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 1.0 m02 SU0062.stool.m02 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 SU0062.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.m02 nan nan nan nan 2018-09-20 nan nan SU0062.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0062 nan Female Stool nan 49.1 nan +SU0062.stool.m06 GCGGTCGGTCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 low nan hazardous 10.0 15.1543209876543 1.0 1.0 97.0 high 0.0 SU0062 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 2.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 SU0062.stool.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 SU0062.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.m06 nan nan nan nan 2019-01-21 nan nan SU0062.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0062 nan Female Stool nan 49.1 nan +SU0062.stool.m12 TCAGTCAGATGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 low nan hazardous 10.0 15.1543209876543 1.0 1.0 97.0 high 0.0 SU0062 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 2.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 SU0062.stool.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 1.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 SU0062.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.m12 nan nan nan nan 2019-07-17 nan nan SU0062.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0062 nan Female Stool nan 49.1 nan +SU0062.stool.m18 CGAACGTCTATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 low nan hazardous 10.0 15.1543209876543 1.0 1.0 97.0 high 0.0 SU0062 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 0.0 0.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 2.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 SU0062.stool.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 180.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 yes 48.0 SU0062.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0062.stool.m18 nan nan nan nan 2020-01-14 nan nan SU0062.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0062 nan Female Stool nan 49.1 nan +SU0068.sputum.baseline GAACGATCATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0068.sputum.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-08-15 nan nan SU0068.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Sputum nan 44.1 nan +SU0068.sputum.m02 CTCCACATTCCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0068.sputum.m02 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-10-16 nan nan SU0068.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Sputum nan 44.1 nan +SU0068.sputum.m06 TCTTCGCAGCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 6.0 m06 SU0068.sputum.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-02-18 nan nan SU0068.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Sputum nan 44.1 nan +SU0068.sputum.m12 CACGCTATTGGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0068.sputum.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-08-13 nan nan SU0068.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Sputum nan 44.1 nan +SU0068.sputum.m18 GTTAAGCTGACC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 SU0068.sputum.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-02-17 nan nan SU0068.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Sputum nan 44.1 nan +SU0068.stool.baseline CAGTCCCTGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0068.stool.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.baseline nan nan nan nan 2018-08-15 nan nan SU0068.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Stool nan 44.1 nan +SU0068.stool.m02 TGATTTAATTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0068.stool.m02 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.m02 nan nan nan nan 2018-10-16 nan nan SU0068.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Stool nan 44.1 nan +SU0068.stool.m06 CCTATTGCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 6.0 m06 SU0068.stool.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.m06 nan nan nan nan 2019-02-18 nan nan SU0068.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Stool nan 44.1 nan +SU0068.stool.m12 GTTAGGGAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0068.stool.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.m12 nan nan nan nan 2019-08-13 nan nan SU0068.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Stool nan 44.1 nan +SU0068.stool.m18 AGTACGCAGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 8.0 18.5950413223141 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0068 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 2.0 2.0 2 0.0 100 >60 2.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 2.0 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 SU0068.stool.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 154.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0068.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0068.stool.m18 nan nan nan nan 2020-02-17 nan nan SU0068.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0068 nan Female Stool nan 44.1 nan +SU0070.stool.baseline TATCCTGGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1179015684154 0.0 0.0 86.0 high nan SU0070 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0070.stool.baseline nan baseline nan 1.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 SU0070.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.baseline nan nan nan nan 2018-08-28 nan nan SU0070.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0070 nan Male Stool nan 53.6 nan +SU0070.stool.m02 CTGGTCTTACGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1179015684154 0.0 0.0 86.0 high nan SU0070 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 1.0 m02 SU0070.stool.m02 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 SU0070.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.m02 nan nan nan nan 2018-10-26 nan nan SU0070.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0070 nan Male Stool nan 53.6 nan +SU0070.stool.m06 ATGCCGGTAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1179015684154 0.0 0.0 86.0 high nan SU0070 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0070.stool.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 SU0070.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.m06 nan nan nan nan 2019-02-19 nan nan SU0070.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0070 nan Male Stool nan 53.6 nan +SU0070.stool.m12 ATCAAGATACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1179015684154 0.0 0.0 86.0 high nan SU0070 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0070.stool.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 SU0070.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.m12 nan nan nan nan 2019-08-22 nan nan SU0070.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0070 nan Male Stool nan 53.6 nan +SU0070.stool.m18 CTGAGGCCCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.1179015684154 0.0 0.0 86.0 high nan SU0070 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0070.stool.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 59.0 SU0070.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0070.stool.m18 nan nan nan nan 2020-02-13 nan nan SU0070.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0070 nan Male Stool nan 53.6 nan +SU0074.sputum.baseline CAGTCCCTGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0074.sputum.baseline nan baseline nan 1.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-09-04 nan nan SU0074.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0074.sputum.m02 TGATTTAATTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0074.sputum.m02 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-11-27 nan nan SU0074.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0074.sputum.m06 CCTATTGCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 SU0074.sputum.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-03-25 nan nan SU0074.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0074.sputum.m12 GTTAGGGAGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 SU0074.sputum.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-09-05 nan nan SU0074.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0074.sputum.m18 AGTACGCAGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SU0074.sputum.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-03-06 nan nan SU0074.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0074.stool.baseline CAATAGAATAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0074.stool.baseline nan baseline nan 1.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.baseline nan nan nan nan 2018-09-04 nan nan SU0074.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0074.stool.m02 TATACCGCTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0074.stool.m02 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.m02 nan nan nan nan 2018-11-27 nan nan SU0074.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0074.stool.m06 CAGTGCACGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 SU0074.stool.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.m06 nan nan nan nan 2019-03-25 nan nan SU0074.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0074.stool.m12 CTGGTGCTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 SU0074.stool.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.m12 nan nan nan nan 2019-09-05 nan nan SU0074.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0074.stool.m18 ACAAAGGTATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index 0.0 low nan low.risk 0.0 20.2913409372464 0.0 0.0 68.0 high nan SU0074 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 4.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan nan nan mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SU0074.stool.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 36.0 SU0074.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0074.stool.m18 nan nan nan nan 2020-03-06 nan nan SU0074.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0074 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0077.sputum.baseline TATCCTGGTTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline SU0077.sputum.baseline nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-09-14 nan nan SU0077.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Sputum nan 40.2 nan +SU0077.sputum.m02 CTGGTCTTACGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 1.0 m02 SU0077.sputum.m02 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-11-06 nan nan SU0077.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Sputum nan 40.2 nan +SU0077.sputum.m06 ATGCCGGTAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 6.0 m06 SU0077.sputum.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-03-19 nan nan SU0077.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Sputum nan 40.2 nan +SU0077.sputum.m12 ATCAAGATACGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 11.0 m12 SU0077.sputum.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-09-13 nan nan SU0077.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Sputum nan 40.2 nan +SU0077.sputum.m18 CTGAGGCCCTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 17.0 m18 SU0077.sputum.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-03-06 nan nan SU0077.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Sputum nan 40.2 nan +SU0077.stool.baseline TGAACCCTATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 7.0 0.0 baseline SU0077.stool.baseline nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.baseline nan nan nan nan 2018-09-14 nan nan SU0077.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Stool nan 40.2 nan +SU0077.stool.m02 AATAAGCAATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 1.0 m02 SU0077.stool.m02 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.m02 nan nan nan nan 2018-11-06 nan nan SU0077.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Stool nan 40.2 nan +SU0077.stool.m06 TATGGGTAGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 6.0 m06 SU0077.stool.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.m06 nan nan nan nan 2019-03-19 nan nan SU0077.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Stool nan 40.2 nan +SU0077.stool.m12 ACATAGCGGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 11.0 m12 SU0077.stool.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.m12 nan nan nan nan 2019-09-13 nan nan SU0077.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Stool nan 40.2 nan +SU0077.stool.m18 CTTACACTGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index 0.0 low nan low.risk 0.0 15.703125 1.0 1.0 76.0 high nan SU0077 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive nan 2.0 0 nan 80 >60 nan nan 19.0 1.0 1.0 190.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 35.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 7.0 17.0 m18 SU0077.stool.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0077.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0077.stool.m18 nan nan nan nan 2020-03-06 nan nan SU0077.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0077 nan Female Stool nan 40.2 nan +SU0081.sputum.baseline CAATAGAATAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0081.sputum.baseline 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-09-25 nan nan SU0081.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Sputum nan 46.3 nan +SU0081.sputum.m02 TATACCGCTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0081.sputum.m02 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-11-26 nan nan SU0081.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Sputum nan 46.3 nan +SU0081.sputum.m06 CAGTGCACGTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 SU0081.sputum.m06 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-03-25 nan nan SU0081.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Sputum nan 46.3 nan +SU0081.sputum.m12 CTGGTGCTGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 SU0081.sputum.m12 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-10-14 nan nan SU0081.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Sputum nan 46.3 nan +SU0081.sputum.m18 ACAAAGGTATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0081.sputum.m18 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-03-20 nan nan SU0081.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Sputum nan 46.3 nan +SU0081.stool.baseline ACTCACAGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0081.stool.baseline 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.baseline nan nan nan nan 2018-09-25 nan nan SU0081.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Stool nan 46.3 nan +SU0081.stool.m02 GTTGAAGCACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0081.stool.m02 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.m02 nan nan nan nan 2018-11-26 nan nan SU0081.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Stool nan 46.3 nan +SU0081.stool.m06 GTAAACGACTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 SU0081.stool.m06 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.m06 nan nan nan nan 2019-03-25 nan nan SU0081.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Stool nan 46.3 nan +SU0081.stool.m12 TTGGACGTCCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 SU0081.stool.m12 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.m12 nan nan nan nan 2019-10-14 nan nan SU0081.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Stool nan 46.3 nan +SU0081.stool.m18 GCACGCGAGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 1.0 high nan harmful 18.0 18.0859375 0.0 0.0 68.0 high 0.0 SU0081 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 nan 3 4.0 90 >60 3.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 nan 0.0 yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0081.stool.m18 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 37.0 SU0081.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0081.stool.m18 nan nan nan nan 2020-03-20 nan nan SU0081.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0081 nan Female Stool nan 46.3 nan +SU0088.sputum.baseline TGAACCCTATGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 13.0 17.681660899654 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0088 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0088.sputum.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 SU0088.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.baseline nan nan nan nan 2018-10-15 nan nan SU0088.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0088 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0088.sputum.m02 AATAAGCAATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 13.0 17.681660899654 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0088 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 1.0 m02 SU0088.sputum.m02 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 SU0088.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.m02 nan nan nan nan 2018-12-07 nan nan SU0088.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0088 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0088.sputum.m06 TATGGGTAGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 13.0 17.681660899654 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0088 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0088.sputum.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 SU0088.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-04-12 nan nan SU0088.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0088 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0088.sputum.m12 ACATAGCGGTTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 13.0 17.681660899654 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0088 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 SU0088.sputum.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 SU0088.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.m12 nan nan nan nan 2019-10-21 nan nan SU0088.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0088 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0088.sputum.m18 CTTACACTGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 13.0 17.681660899654 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0088 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 23.0 m24 SU0088.sputum.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 SU0088.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SU0088.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0088 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0088.stool.baseline CTTAGGCATGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 13.0 17.681660899654 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0088 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0088.stool.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 SU0088.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.stool.baseline nan nan nan nan 2018-10-15 nan nan SU0088.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0088 nan Male Stool nan 51.1 nan +SU0088.stool.m02 GCGTGGTCATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 13.0 17.681660899654 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0088 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 1.0 m02 SU0088.stool.m02 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 SU0088.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.stool.m02 nan nan nan nan 2018-12-07 nan nan SU0088.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0088 nan Male Stool nan 51.1 nan +SU0088.stool.m12 CCTGCACCTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 13.0 17.681660899654 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0088 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 12.0 m12 SU0088.stool.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 SU0088.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.stool.m12 nan nan nan nan 2019-10-21 nan nan SU0088.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0088 nan Male Stool nan 51.1 nan +SU0088.stool.m18 TGGTGTTTATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 13.0 17.681660899654 0.0 1.0 66.0 high 0.0 SU0088 yes 1.0 su 0.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 100 >60 3.0 3.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 23.0 m24 SU0088.stool.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 170.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 35.0 SU0088.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0088.stool.m18 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SU0088.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0088 nan Male Stool nan 51.1 nan +SU0135.sputum.baseline ACTCACAGGAAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.200051262335 1.0 1.0 87.0 high nan SU0135 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0135.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 SU0135.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-02-11 nan nan SU0135.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0135 nan Female Sputum nan 30.9 nan +SU0135.sputum.m02 GTTGAAGCACCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.200051262335 1.0 1.0 87.0 high nan SU0135 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 1.0 m02 SU0135.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 SU0135.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-04-09 nan nan SU0135.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0135 nan Female Sputum nan 30.9 nan +SU0135.sputum.m12 GTAAACGACTTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.200051262335 1.0 1.0 87.0 high nan SU0135 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 12.0 m12 SU0135.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 SU0135.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-02-11 nan nan SU0135.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0135 nan Female Sputum nan 30.9 nan +SU0135.sputum.m18 TTGGACGTCCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.200051262335 1.0 1.0 87.0 high nan SU0135 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 19.0 m18 SU0135.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 SU0135.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SU0135.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0135 nan Female Sputum nan 30.9 nan +SU0135.stool.baseline GTGCGGTTCACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.200051262335 1.0 1.0 87.0 high nan SU0135 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0135.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 SU0135.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.stool.baseline nan nan nan nan 2019-02-11 nan nan SU0135.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0135 nan Female Stool nan 30.9 nan +SU0135.stool.m02 TAGCGCGAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.200051262335 1.0 1.0 87.0 high nan SU0135 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 1.0 m02 SU0135.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 SU0135.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.stool.m02 nan nan nan nan 2019-04-09 nan nan SU0135.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0135 nan Female Stool nan 30.9 nan +SU0135.stool.m06 ATGTAGGCTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.200051262335 1.0 1.0 87.0 high nan SU0135 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 5.0 m06 SU0135.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 SU0135.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.stool.m06 nan nan nan nan 2019-08-06 nan nan SU0135.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0135 nan Female Stool nan 30.9 nan +SU0135.stool.m12 GCATTACTGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.200051262335 1.0 1.0 87.0 high nan SU0135 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 17.0 1.0 1.0 170.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 12.0 m12 SU0135.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 30.0 SU0135.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0135.stool.m12 nan nan nan nan 2020-02-11 nan nan SU0135.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0135 nan Female Stool nan 30.9 nan +SU0136.sputum.baseline GCACGCGAGCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 24.0882231171666 0.0 0.0 88.0 high nan SU0136 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0136.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0136.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-02-12 nan nan SU0136.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0136 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SU0136.sputum.m06 CTTAGGCATGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 24.0882231171666 0.0 0.0 88.0 high nan SU0136 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0136.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0136.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-08-01 nan nan SU0136.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0136 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SU0136.sputum.m12 GCGTGGTCATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 24.0882231171666 0.0 0.0 88.0 high nan SU0136 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0136.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0136.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-02-10 nan nan SU0136.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0136 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SU0136.sputum.m18 CCTGCACCTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 24.0882231171666 0.0 0.0 88.0 high nan SU0136 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 SU0136.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0136.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-09-09 nan nan SU0136.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0136 nan Male Sputum nan 64.0 nan +SU0136.stool.baseline TCCGGACTCCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 24.0882231171666 0.0 0.0 88.0 high nan SU0136 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0136.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0136.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.baseline nan nan nan nan 2019-02-12 nan nan SU0136.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0136 nan Male Stool nan 64.0 nan +SU0136.stool.m02 GATTCTTTAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 24.0882231171666 0.0 0.0 88.0 high nan SU0136 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 1.0 m02 SU0136.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0136.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.m02 nan nan nan nan 2019-04-08 nan nan SU0136.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0136 nan Male Stool nan 64.0 nan +SU0136.stool.m06 AGGACAAACTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 24.0882231171666 0.0 0.0 88.0 high nan SU0136 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0136.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0136.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.m06 nan nan nan nan 2019-08-01 nan nan SU0136.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0136 nan Male Stool nan 64.0 nan +SU0136.stool.m12 TCTTCCTAAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 24.0882231171666 0.0 0.0 88.0 high nan SU0136 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0136.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0136.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.m12 nan nan nan nan 2020-02-10 nan nan SU0136.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0136 nan Male Stool nan 64.0 nan +SU0136.stool.m18 CTTGTGCGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 24.0882231171666 0.0 0.0 88.0 high nan SU0136 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 100 >60 nan nan 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 18.0 m18 SU0136.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 163.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0136.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0136.stool.m18 nan nan nan nan 2020-09-09 nan nan SU0136.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0136 nan Male Stool nan 64.0 nan +SU0146.sputum.baseline TGGTGTTTATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0146.sputum.baseline nan baseline nan 1.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-03-01 nan nan SU0146.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Sputum nan 51.3 nan +SU0146.sputum.m02 GTGCGGTTCACT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0146.sputum.m02 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-05-03 nan nan SU0146.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Sputum nan 51.3 nan +SU0146.sputum.m06 TAGCGCGAACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 SU0146.sputum.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-09-06 nan nan SU0146.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Sputum nan 51.3 nan +SU0146.sputum.m12 ATGTAGGCTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 SU0146.sputum.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-02-27 nan nan SU0146.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Sputum nan 51.3 nan +SU0146.sputum.m18 GCATTACTGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 19.0 m18 SU0146.sputum.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-10-01 nan nan SU0146.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Sputum nan 51.3 nan +SU0146.stool.baseline GCGCTTAGAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0146.stool.baseline nan baseline nan 1.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.baseline nan nan nan nan 2019-03-01 nan nan SU0146.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Stool nan 51.3 nan +SU0146.stool.m02 AGAGGAGTCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0146.stool.m02 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.m02 nan nan nan nan 2019-05-03 nan nan SU0146.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Stool nan 51.3 nan +SU0146.stool.m06 GTCTCCTCCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 6.0 m06 SU0146.stool.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.m06 nan nan nan nan 2019-09-06 nan nan SU0146.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Stool nan 51.3 nan +SU0146.stool.m12 AGTATCATATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 SU0146.stool.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.m12 nan nan nan nan 2020-02-27 nan nan SU0146.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Stool nan 51.3 nan +SU0146.stool.m18 CGGATCTAGTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 18.3943490264979 0.0 0.0 84.0 high nan SU0146 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 28.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 19.0 m18 SU0146.stool.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 34.0 SU0146.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0146.stool.m18 nan nan nan nan 2020-10-01 nan nan SU0146.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0146 nan Female Stool nan 51.3 nan +SU0156.sputum.baseline TCCGGACTCCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0156.sputum.baseline nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-03-13 nan nan SU0156.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Sputum nan 50.0 nan +SU0156.sputum.m02 GATTCTTTAGAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 1.0 m02 SU0156.sputum.m02 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-05-06 nan nan SU0156.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Sputum nan 50.0 nan +SU0156.sputum.m06 AGGACAAACTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0156.sputum.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-09-03 nan nan SU0156.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Sputum nan 50.0 nan +SU0156.sputum.m12 TCTTCCTAAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 SU0156.sputum.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-03-09 nan nan SU0156.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Sputum nan 50.0 nan +SU0156.sputum.m18 CTTGTGCGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0156.sputum.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-09-09 nan nan SU0156.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Sputum nan 50.0 nan +SU0156.stool.baseline ATAACGGTGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0156.stool.baseline nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.baseline nan nan nan nan 2019-03-13 nan nan SU0156.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Stool nan 50.0 nan +SU0156.stool.m02 GCCCTTCCCGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 1.0 m02 SU0156.stool.m02 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.m02 nan nan nan nan 2019-05-06 nan nan SU0156.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Stool nan 50.0 nan +SU0156.stool.m06 CACAGTTGAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0156.stool.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.m06 nan nan nan nan 2019-09-03 nan nan SU0156.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Stool nan 50.0 nan +SU0156.stool.m12 GCAAAGGCCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 11.0 m12 SU0156.stool.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.m12 nan nan nan nan 2020-03-09 nan nan SU0156.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Stool nan 50.0 nan +SU0156.stool.m18 CTCCCACTAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 21.359306249733 0.0 0.0 72.0 high nan SU0156 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan high 1.0 high 3.0 8.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0156.stool.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 2.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 153.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 40-49 no 48.0 SU0156.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0156.stool.m18 nan nan nan nan 2020-09-09 nan nan SU0156.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0156 nan Female Stool nan 50.0 nan +SU0157.sputum.baseline GCGCTTAGAATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline SU0157.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-03-14 nan nan SU0157.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Sputum nan 41.0 nan +SU0157.sputum.m02 AGAGGAGTCGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 SU0157.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-05-23 nan nan SU0157.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Sputum nan 41.0 nan +SU0157.sputum.m06 GTCTCCTCCCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 SU0157.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-09-12 nan nan SU0157.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Sputum nan 41.0 nan +SU0157.sputum.m12 AGTATCATATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 SU0157.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-03-11 nan nan SU0157.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Sputum nan 41.0 nan +SU0157.sputum.m18 CGGATCTAGTGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 18.0 m18 SU0157.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-09-18 nan nan SU0157.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Sputum nan 41.0 nan +SU0157.stool.baseline AATAGATGCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline SU0157.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.baseline nan nan nan nan 2019-03-14 nan nan SU0157.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Stool nan 41.0 nan +SU0157.stool.m02 AACGCTTCTTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 2.0 m02 SU0157.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.m02 nan nan nan nan 2019-05-23 nan nan SU0157.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Stool nan 41.0 nan +SU0157.stool.m06 GTTCGGTGTCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 SU0157.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.m06 nan nan nan nan 2019-09-12 nan nan SU0157.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Stool nan 41.0 nan +SU0157.stool.m12 GCAAGAATACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 11.0 m12 SU0157.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.m12 nan nan nan nan 2020-03-11 nan nan SU0157.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Stool nan 41.0 nan +SU0157.stool.m18 CAGGGTAGGGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 13.8588426176312 1.0 1.0 62.0 high nan SU0157 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan high 1.0 high 3.0 9.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 4.0 0 nan 100 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 18.0 m18 SU0157.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0157.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0157.stool.m18 nan nan nan nan 2020-09-18 nan nan SU0157.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0157 nan Male Stool nan 41.0 nan +SU0158.sputum.baseline ATAACGGTGTAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 22.2040816326531 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0158 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0158.sputum.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 SU0158.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-03-19 nan nan SU0158.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0158 nan Male Sputum nan 68.0 nan +SU0158.sputum.m02 GCCCTTCCCGTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 22.2040816326531 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0158 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0158.sputum.m02 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 SU0158.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-05-19 nan nan SU0158.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0158 nan Male Sputum nan 68.0 nan +SU0158.sputum.m12 CACAGTTGAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 22.2040816326531 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0158 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0158.sputum.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 SU0158.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-03-11 nan nan SU0158.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0158 nan Male Sputum nan 68.0 nan +SU0158.stool.baseline CTAGTCGCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 22.2040816326531 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0158 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0158.stool.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 SU0158.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.baseline nan nan nan nan 2019-03-19 nan nan SU0158.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0158 nan Male Stool nan 68.0 nan +SU0158.stool.m02 AGAAGGCCTTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 22.2040816326531 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0158 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 2.0 m02 SU0158.stool.m02 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 SU0158.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.m02 nan nan nan nan 2019-05-19 nan nan SU0158.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0158 nan Male Stool nan 68.0 nan +SU0158.stool.m06 TTGGAACGGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 22.2040816326531 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0158 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0158.stool.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 SU0158.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.m06 nan nan nan nan 2019-09-10 nan nan SU0158.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0158 nan Male Stool nan 68.0 nan +SU0158.stool.m12 TACCTGTGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 22.2040816326531 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0158 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0158.stool.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 SU0158.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.m12 nan nan nan nan 2020-03-11 nan nan SU0158.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0158 nan Male Stool nan 68.0 nan +SU0158.stool.m18 GATGCGCAGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 22.2040816326531 0.0 0.0 70.0 high 0.0 SU0158 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 30.0 0.0 0.0 300.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 32.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0158.stool.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 175.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 32.0 SU0158.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0158.stool.m18 nan nan nan nan 2020-09-18 nan nan SU0158.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0158 nan Male Stool nan 68.0 nan +SU0175.sputum.baseline GCAAAGGCCCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 38.7073863636364 0.0 0.0 68.0 high nan SU0175 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 48.0 0.0 0.0 480.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0175.sputum.baseline nan baseline nan nan nan 1.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SU0175.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-05-21 nan nan SU0175.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0175 nan Female Sputum nan 119.9 nan +SU0175.sputum.m02 CTCCCACTAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 38.7073863636364 0.0 0.0 68.0 high nan SU0175 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 48.0 0.0 0.0 480.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0175.sputum.m02 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SU0175.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-08-20 nan nan SU0175.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0175 nan Female Sputum nan 119.9 nan +SU0175.sputum.m06 AATAGATGCTGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 38.7073863636364 0.0 0.0 68.0 high nan SU0175 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 48.0 0.0 0.0 480.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 SU0175.sputum.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 2.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SU0175.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-12-12 nan nan SU0175.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0175 nan Female Sputum nan 119.9 nan +SU0175.sputum.m12 AACGCTTCTTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 38.7073863636364 0.0 0.0 68.0 high nan SU0175 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 48.0 0.0 0.0 480.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 15.0 m18 SU0175.sputum.m12 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SU0175.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-09-10 nan nan SU0175.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0175 nan Female Sputum nan 119.9 nan +SU0175.sputum.m18 GTTCGGTGTCCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 38.7073863636364 0.0 0.0 68.0 high nan SU0175 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 48.0 0.0 0.0 480.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SU0175.sputum.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SU0175.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-12-08 nan nan SU0175.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0175 nan Female Sputum nan 119.9 nan +SU0175.stool.baseline CTACCGATTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 38.7073863636364 0.0 0.0 68.0 high nan SU0175 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 48.0 0.0 0.0 480.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0175.stool.baseline nan baseline nan nan nan 1.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SU0175.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.stool.baseline nan nan nan nan 2019-05-21 nan nan SU0175.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0175 nan Female Stool nan 119.9 nan +SU0175.stool.m02 GGTAATAGAGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 38.7073863636364 0.0 0.0 68.0 high nan SU0175 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 48.0 0.0 0.0 480.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0175.stool.m02 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SU0175.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.stool.m02 nan nan nan nan 2019-08-20 nan nan SU0175.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0175 nan Female Stool nan 119.9 nan +SU0175.stool.m06 GTAAATTCAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 38.7073863636364 0.0 0.0 68.0 high nan SU0175 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 48.0 0.0 0.0 480.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 2.0 6.0 m06 SU0175.stool.m06 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 2.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SU0175.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.stool.m06 nan nan nan nan 2019-12-12 nan nan SU0175.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0175 nan Female Stool nan 119.9 nan +SU0175.stool.m18 AATATCGGGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 38.7073863636364 0.0 0.0 68.0 high nan SU0175 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan nan 0 nan 90 >60 nan nan 48.0 0.0 0.0 480.0 nan 1.0 no 0.0 mixed.ancestry nan 22.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SU0175.stool.m18 nan baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 57.0 SU0175.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0175.stool.m18 nan nan nan nan 2020-12-08 nan nan SU0175.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0175 nan Female Stool nan 119.9 nan +SU0177.sputum.baseline GCAAGAATACAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 high nan dependence 37.0 19.792749829682 0.0 0.0 82.0 high 3.0 SU0177 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 4.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 4.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline SU0177.sputum.baseline 4.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0177.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-05-23 nan nan SU0177.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0177 nan Female Sputum nan 55.2 nan +SU0177.sputum.m02 CAGGGTAGGGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 high nan dependence 37.0 19.792749829682 0.0 0.0 82.0 high 3.0 SU0177 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 4.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 4.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 2.0 m02 SU0177.sputum.m02 4.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0177.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-07-23 nan nan SU0177.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0177 nan Female Sputum nan 55.2 nan +SU0177.sputum.m06 CTAGTCGCTGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 high nan dependence 37.0 19.792749829682 0.0 0.0 82.0 high 3.0 SU0177 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 4.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 4.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SU0177.sputum.m06 4.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0177.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-11-12 nan nan SU0177.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0177 nan Female Sputum nan 55.2 nan +SU0177.sputum.m18 AGAAGGCCTTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 high nan dependence 37.0 19.792749829682 0.0 0.0 82.0 high 3.0 SU0177 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 4.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 4.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 SU0177.sputum.m18 4.0 baseline nan 1.0 nan 1.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0177.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-03 nan nan SU0177.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0177 nan Female Sputum nan 55.2 nan +SU0177.stool.baseline TGGACTCAGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 high nan dependence 37.0 19.792749829682 0.0 0.0 82.0 high 3.0 SU0177 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 4.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 4.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline SU0177.stool.baseline 4.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0177.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.stool.baseline nan nan nan nan 2019-05-23 nan nan SU0177.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0177 nan Female Stool nan 55.2 nan +SU0177.stool.m02 TGTTGCGTTTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 high nan dependence 37.0 19.792749829682 0.0 0.0 82.0 high 3.0 SU0177 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 4.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 4.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 2.0 m02 SU0177.stool.m02 4.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0177.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.stool.m02 nan nan nan nan 2019-07-23 nan nan SU0177.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0177 nan Female Stool nan 55.2 nan +SU0177.stool.m06 GCTATATCCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 high nan dependence 37.0 19.792749829682 0.0 0.0 82.0 high 3.0 SU0177 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 4.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 4.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SU0177.stool.m06 4.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0177.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.stool.m06 nan nan nan nan 2019-11-12 nan nan SU0177.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0177 nan Female Stool nan 55.2 nan +SU0177.stool.m12 TGAAAGCGGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index 0.0 high nan dependence 37.0 19.792749829682 0.0 0.0 82.0 high 3.0 SU0177 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 4.0 1.0 nan normal 1.0 nan 1.0 HIV.positive 4.0 1.0 3 4.0 100 >60 3.0 4.0 26.0 0.0 0.0 260.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 4.0 24.0 All 1.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 12.0 m12 SU0177.stool.m12 4.0 baseline nan 1.0 nan nan 1.0 nan nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 167.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 28.0 SU0177.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0177.stool.m12 nan nan nan nan 2020-05-25 nan nan SU0177.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0177 nan Female Stool nan 55.2 nan +SU0179.sputum.baseline TTGGAACGGCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 17.7721594289114 0.0 1.0 78.0 high 2.0 SU0179 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 80 >60 2.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 44.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline SU0179.sputum.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 1.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 SU0179.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0179.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0179.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-05-27 nan nan SU0179.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0179 nan Male Sputum nan 47.8 nan +SU0179.sputum.m02 TACCTGTGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 17.7721594289114 0.0 1.0 78.0 high 2.0 SU0179 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 80 >60 2.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 44.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 1.0 m02 SU0179.sputum.m02 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 SU0179.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0179.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0179.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-07-23 nan nan SU0179.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0179 nan Male Sputum nan 47.8 nan +SU0179.sputum.m06 GATGCGCAGGAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 17.7721594289114 0.0 1.0 78.0 high 2.0 SU0179 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 80 >60 2.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 44.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 5.0 m06 SU0179.sputum.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 SU0179.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0179.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0179.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-11-13 nan nan SU0179.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0179 nan Male Sputum nan 47.8 nan +SU0179.sputum.m18 CTACCGATTGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 14.0 17.7721594289114 0.0 1.0 78.0 high 2.0 SU0179 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 0.0 80 >60 2.0 0.0 23.0 0.0 0.0 230.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 44.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 SU0179.sputum.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 yes 34.0 SU0179.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0179.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0179.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-05 nan nan SU0179.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0179 nan Male Sputum nan 47.8 nan +SU0180.sputum.baseline GGTAATAGAGTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0180.sputum.baseline 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-05-28 nan nan SU0180.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0180.sputum.m02 GTAAATTCAGGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 1.0 m02 SU0180.sputum.m02 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-07-26 nan nan SU0180.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0180.sputum.m06 AATATCGGGATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0180.sputum.m06 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 2.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-11-14 nan nan SU0180.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0180.sputum.m12 TGGACTCAGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 16.0 m18 SU0180.sputum.m12 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-09-30 nan nan SU0180.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0180.sputum.m18 TGTTGCGTTTCT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0180.sputum.m18 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-06 nan nan SU0180.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Sputum nan 51.1 nan +SU0180.stool.baseline AAGCCTCTACGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0180.stool.baseline 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 1.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.baseline nan nan nan nan 2019-05-28 nan nan SU0180.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Stool nan 51.1 nan +SU0180.stool.m02 GCGATGGCGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 1.0 m02 SU0180.stool.m02 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.m02 nan nan nan nan 2019-07-26 nan nan SU0180.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Stool nan 51.1 nan +SU0180.stool.m06 TTATACGTTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0180.stool.m06 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 2.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.m06 nan nan nan nan 2019-11-14 nan nan SU0180.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Stool nan 51.1 nan +SU0180.stool.m12 CATGATTAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 16.0 m18 SU0180.stool.m12 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.m12 nan nan nan nan 2020-09-30 nan nan SU0180.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Stool nan 51.1 nan +SU0180.stool.m18 AGCACCGGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan nan nan index nan low nan hazardous 8.0 16.4966425619835 0.0 1.0 86.0 high 0.0 SU0180 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan nan nan nan nan nan 0.0 nan nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 2.0 nan 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 nan 0.0 no 0.0 mixed.ancestry 0.0 24.0 All nan no nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0180.stool.m18 0.0 baseline nan nan nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan 0 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 176.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 yes 18.0 SU0180.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0180.stool.m18 nan nan nan nan 2020-11-06 nan nan SU0180.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0180 nan Male Stool nan 51.1 nan +SU0181.sputum.baseline GCTATATCCAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.171768707483 0.0 0.0 68.0 high nan SU0181 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 68.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0181.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SU0181.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0181.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0181.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-05-30 nan nan SU0181.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0181 nan Male Sputum nan 65.4 nan +SU0181.sputum.m02 TGAAAGCGGCGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.171768707483 0.0 0.0 68.0 high nan SU0181 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 68.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 1.0 m02 SU0181.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SU0181.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0181.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0181.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-07-25 nan nan SU0181.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0181 nan Male Sputum nan 65.4 nan +SU0181.sputum.m06 GAGAGTCCACTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.171768707483 0.0 0.0 68.0 high nan SU0181 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 68.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-II 3.0 5.0 m06 SU0181.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 nan nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SU0181.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0181.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0181.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-11-19 nan nan SU0181.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0181 nan Male Sputum nan 65.4 nan +SU0181.sputum.m18 ATTTGCTTTGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 23.171768707483 0.0 0.0 68.0 high nan SU0181 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 1.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 68.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0181.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 168.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 38.0 SU0181.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0181.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0181.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-11-19 nan nan SU0181.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0181 nan Male Sputum nan 65.4 nan +SU0182.sputum.baseline ACCCGGATTTCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5776799377164 0.0 0.0 72.0 high nan SU0182 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0182.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 193.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 SU0182.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-05-31 nan nan SU0182.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0182 nan Male Sputum nan 69.2 nan +SU0182.sputum.m02 AAGCCTCTACGA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5776799377164 0.0 0.0 72.0 high nan SU0182 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0182.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 193.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 SU0182.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-07-31 nan nan SU0182.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0182 nan Male Sputum nan 69.2 nan +SU0182.sputum.m06 GCGATGGCGATG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5776799377164 0.0 0.0 72.0 high nan SU0182 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0182.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 193.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 SU0182.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-11-19 nan nan SU0182.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0182 nan Male Sputum nan 69.2 nan +SU0182.sputum.m18 TTATACGTTGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5776799377164 0.0 0.0 72.0 high nan SU0182 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SU0182.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 193.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 SU0182.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-12-03 nan nan SU0182.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0182 nan Male Sputum nan 69.2 nan +SU0182.stool.baseline GAGAATGGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5776799377164 0.0 0.0 72.0 high nan SU0182 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0182.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 193.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 SU0182.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.stool.baseline nan nan nan nan 2019-05-31 nan nan SU0182.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0182 nan Male Stool nan 69.2 nan +SU0182.stool.m02 TAGGAGAGACAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5776799377164 0.0 0.0 72.0 high nan SU0182 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0182.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 193.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 SU0182.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.stool.m02 nan nan nan nan 2019-07-31 nan nan SU0182.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0182 nan Male Stool nan 69.2 nan +SU0182.stool.m06 GGTGTGAGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5776799377164 0.0 0.0 72.0 high nan SU0182 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0182.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 193.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 SU0182.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.stool.m06 nan nan nan nan 2019-11-19 nan nan SU0182.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0182 nan Male Stool nan 69.2 nan +SU0182.stool.m18 ACCTATGGTGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 18.5776799377164 0.0 0.0 72.0 high nan SU0182 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 26.0 0.0 0.0 260.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SU0182.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 193.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 26.0 SU0182.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0182.stool.m18 nan nan nan nan 2020-12-03 nan nan SU0182.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0182 nan Male Stool nan 69.2 nan +SU0184.sputum.baseline CATGATTAAGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0184.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-06-10 nan nan SU0184.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0184.sputum.m02 AGCACCGGTCTT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 1.0 m02 SU0184.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-08-01 nan nan SU0184.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0184.sputum.m06 CTAACCTCATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0184.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-12-04 nan nan SU0184.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0184.sputum.m12 CTTCGGAGGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 15.0 m18 SU0184.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-09-14 nan nan SU0184.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0184.sputum.m18 GTGACCCTGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0184.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-12-07 nan nan SU0184.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Sputum nan 47.5 nan +SU0184.stool.baseline ACGCCGAGGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0184.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.baseline nan nan nan nan 2019-06-10 nan nan SU0184.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0184.stool.m02 AGCTTCGACAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 1.0 m02 SU0184.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.m02 nan nan nan nan 2019-08-01 nan nan SU0184.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0184.stool.m06 TAAGAAACGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0184.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.m06 nan nan nan nan 2019-12-04 nan nan SU0184.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0184.stool.m12 AGCAACATTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 15.0 m18 SU0184.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.m12 nan nan nan nan 2020-09-14 nan nan SU0184.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0184.stool.m18 GCTTCATTTCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.0273994552155 0.0 0.0 66.0 high nan SU0184 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.5 0.0 0.0 225.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0184.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 29.0 SU0184.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0184.stool.m18 nan nan nan nan 2020-12-07 nan nan SU0184.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0184 nan Female Stool nan 47.5 nan +SU0190.sputum.baseline GAGAATGGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline SU0190.sputum.baseline 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-06-27 nan nan SU0190.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Sputum nan 49.6 nan +SU0190.sputum.m02 TAGGAGAGACAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 2.0 m02 SU0190.sputum.m02 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-08-27 nan nan SU0190.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Sputum nan 49.6 nan +SU0190.sputum.m06 GGTGTGAGAAAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SU0190.sputum.m06 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.m06 nan nan nan nan 2019-12-13 nan nan SU0190.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Sputum nan 49.6 nan +SU0190.sputum.m12 ACCTATGGTGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 14.0 m12 SU0190.sputum.m12 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-09-10 nan nan SU0190.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Sputum nan 49.6 nan +SU0190.sputum.m18 ACGCCGAGGTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 SU0190.sputum.m18 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.sputum.m18 nan nan nan nan 2020-12-07 nan nan SU0190.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Sputum nan 49.6 nan +SU0190.stool.baseline CAGTAGCGATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline SU0190.stool.baseline 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.baseline nan nan nan nan 2019-06-27 nan nan SU0190.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Stool nan 49.6 nan +SU0190.stool.m02 GCCAAGGATAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 2.0 m02 SU0190.stool.m02 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.m02 nan nan nan nan 2019-08-27 nan nan SU0190.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Stool nan 49.6 nan +SU0190.stool.m06 AATCTAACAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 5.0 m06 SU0190.stool.m06 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.m06 nan nan nan nan 2019-12-13 nan nan SU0190.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Stool nan 49.6 nan +SU0190.stool.m12 CTCACGCAATGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 14.0 m12 SU0190.stool.m12 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.m12 nan nan nan nan 2020-09-10 nan nan SU0190.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Stool nan 49.6 nan +SU0190.stool.m18 GAGAGGGATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan high nan harmful 18.0 19.8686107995514 0.0 0.0 82.0 high 0.0 SU0190 no 0.0 su 4.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 2 4.0 100 >60 2.0 0.0 25.0 0.0 0.0 250.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 18.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 SU0190.stool.m18 2.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 23.0 SU0190.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0190.stool.m18 nan nan nan nan 2020-12-07 nan nan SU0190.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0190 nan Female Stool nan 49.6 nan +SU0200.sputum.baseline AGCTTCGACAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0200.sputum.baseline 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-07-23 nan nan SU0200.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Sputum nan 51.9 nan +SU0200.sputum.m02 TAAGAAACGTCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 1.0 m02 SU0200.sputum.m02 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-09-16 nan nan SU0200.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Sputum nan 51.9 nan +SU0200.sputum.m06 AGCAACATTGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0200.sputum.m06 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-01-20 nan nan SU0200.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Sputum nan 51.9 nan +SU0200.sputum.m12 GCTTCATTTCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 13.0 m12 SU0200.sputum.m12 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-09-10 nan nan SU0200.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Sputum nan 51.9 nan +SU0200.sputum.m18 CAGTAGCGATAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0200.sputum.m18 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-01-21 nan nan SU0200.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Sputum nan 51.9 nan +SU0200.stool.baseline TTGCGACAAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0200.stool.baseline 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.baseline nan nan nan nan 2019-07-23 nan nan SU0200.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Stool nan 51.9 nan +SU0200.stool.m02 CAGTGTCATGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 1.0 m02 SU0200.stool.m02 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.m02 nan nan nan nan 2019-09-16 nan nan SU0200.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Stool nan 51.9 nan +SU0200.stool.m06 CATTCAGTTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0200.stool.m06 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.m06 nan nan nan nan 2020-01-20 nan nan SU0200.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Stool nan 51.9 nan +SU0200.stool.m12 CCACTCTCTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 13.0 m12 SU0200.stool.m12 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.m12 nan nan nan nan 2020-09-10 nan nan SU0200.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Stool nan 51.9 nan +SU0200.stool.m18 GAACAAAGAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 12.0 19.2965496728138 0.0 0.0 84.0 high 0.0 SU0200 yes 1.0 su 2.0 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 0.0 1.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 4.0 1.0 3 0.0 90 >60 3.0 0.0 24.0 0.0 0.0 240.0 1.0 nan no 0.0 mixed.ancestry 0.0 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 17.0 m18 SU0200.stool.m18 0.0 baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 164.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0200.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0200.stool.m18 nan nan nan nan 2021-01-21 nan nan SU0200.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0200 nan Female Stool nan 51.9 nan +SU0202.sputum.baseline GCCAAGGATAGG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.453125 0.0 0.0 82.0 high nan SU0202 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0202.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SU0202.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-08-05 nan nan SU0202.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0202 nan Male Sputum nan 49.8 nan +SU0202.sputum.m02 AATCTAACAATT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.453125 0.0 0.0 82.0 high nan SU0202 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0202.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SU0202.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-10-14 nan nan SU0202.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0202 nan Male Sputum nan 49.8 nan +SU0202.sputum.m06 CTCACGCAATGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.453125 0.0 0.0 82.0 high nan SU0202 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0202.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SU0202.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-01-30 nan nan SU0202.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0202 nan Male Sputum nan 49.8 nan +SU0202.stool.baseline GTTCCATCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.453125 0.0 0.0 82.0 high nan SU0202 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0202.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SU0202.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.stool.baseline nan nan nan nan 2019-08-05 nan nan SU0202.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0202 nan Male Stool nan 49.8 nan +SU0202.stool.m02 ATCGTTATATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.453125 0.0 0.0 82.0 high nan SU0202 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 2.0 m02 SU0202.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SU0202.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.stool.m02 nan nan nan nan 2019-10-14 nan nan SU0202.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0202 nan Male Stool nan 49.8 nan +SU0202.stool.m06 TGGCCGTTACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.453125 0.0 0.0 82.0 high nan SU0202 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 low.moderate 1.0 4.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 80 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 21.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 5.0 m06 SU0202.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 160.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 32.0 SU0202.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0202.stool.m06 nan nan nan nan 2020-01-30 nan nan SU0202.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0202 nan Male Stool nan 49.8 nan +SU0211.sputum.baseline GAGAGGGATCAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline SU0211.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.baseline nan nan nan nan 2019-09-09 nan nan SU0211.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Sputum nan 38.6 nan +SU0211.sputum.m02 TTGCGACAAAGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 1.0 m02 SU0211.sputum.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.sputum.m02 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.m02 nan nan nan nan 2019-11-06 nan nan SU0211.sputum.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Sputum nan 38.6 nan +SU0211.sputum.m06 CAGTGTCATGAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 SU0211.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-03-12 nan nan SU0211.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Sputum nan 38.6 nan +SU0211.sputum.m12 CATTCAGTTATA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 12.0 m12 SU0211.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.m12 nan nan nan nan 2020-09-10 nan nan SU0211.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Sputum nan 38.6 nan +SU0211.sputum.m18 CCACTCTCTCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 SU0211.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-02-24 nan nan SU0211.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Sputum nan 38.6 nan +SU0211.stool.baseline AGGAACCAGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 4.0 0.0 baseline SU0211.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 0.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.baseline nan nan nan nan 2019-09-09 nan nan SU0211.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Stool nan 38.6 nan +SU0211.stool.m02 GTTGACCATCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 1.0 m02 SU0211.stool.m02 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.stool.m02 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.m02 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.m02 nan nan nan nan 2019-11-06 nan nan SU0211.stool.m02 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Stool nan 38.6 nan +SU0211.stool.m06 CCAGATATAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 6.0 m06 SU0211.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.m06 nan nan nan nan 2020-03-12 nan nan SU0211.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Stool nan 38.6 nan +SU0211.stool.m12 TATCGTTATCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 12.0 m12 SU0211.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.m12 nan nan nan nan 2020-09-10 nan nan SU0211.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Stool nan 38.6 nan +SU0211.stool.m18 ATTCGGTAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 15.4622656625541 1.0 1.0 88.0 high nan SU0211 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 7.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 1.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 4.0 17.0 m18 SU0211.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 158.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 no 23.0 SU0211.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0211.stool.m18 nan nan nan nan 2021-02-24 nan nan SU0211.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0211 nan Female Stool nan 38.6 nan +SU0244.sputum.baseline GAACAAAGAGCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0992784104511 0.0 1.0 104.0 high nan SU0244 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0244.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0244.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-02-10 nan nan SU0244.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0244 nan Male Sputum nan 50.0 nan +SU0244.sputum.m06 GTTCCATCGGCC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0992784104511 0.0 1.0 104.0 high nan SU0244 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 7.0 m06 SU0244.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0244.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-14 nan nan SU0244.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0244 nan Male Sputum nan 50.0 nan +SU0244.sputum.m12 ATCGTTATATCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0992784104511 0.0 1.0 104.0 high nan SU0244 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 SU0244.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0244.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.sputum.m12 nan nan nan nan 2021-02-11 nan nan SU0244.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0244 nan Male Sputum nan 50.0 nan +SU0244.sputum.m18 TGGCCGTTACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0992784104511 0.0 1.0 104.0 high nan SU0244 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SU0244.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0244.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-08-11 nan nan SU0244.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0244 nan Male Sputum nan 50.0 nan +SU0244.stool.baseline TGACGAGGGCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0992784104511 0.0 1.0 104.0 high nan SU0244 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 2.0 0.0 baseline SU0244.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0244.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.stool.baseline nan nan nan nan 2020-02-10 nan nan SU0244.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0244 nan Male Stool nan 50.0 nan +SU0244.stool.m06 TACTTAAACATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0992784104511 0.0 1.0 104.0 high nan SU0244 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 7.0 m06 SU0244.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0244.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-14 nan nan SU0244.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0244 nan Male Stool nan 50.0 nan +SU0244.stool.m12 TTCAGCGATGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0992784104511 0.0 1.0 104.0 high nan SU0244 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 12.0 m12 SU0244.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0244.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.stool.m12 nan nan nan nan 2021-02-11 nan nan SU0244.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0244 nan Male Stool nan 50.0 nan +SU0244.stool.m18 CGTGGTGGGAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.0992784104511 0.0 1.0 104.0 high nan SU0244 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal nan 0.0 nan nan nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 20.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 2.0 18.0 m18 SU0244.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 171.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0244.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0244.stool.m18 nan nan nan nan 2021-08-11 nan nan SU0244.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0244 nan Male Stool nan 50.0 nan +SU0252.sputum.baseline AGGAACCAGACG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6377328577091 0.0 1.0 76.0 high nan SU0252 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0252.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 51.0 SU0252.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-02-27 nan nan SU0252.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0252 nan Male Sputum nan 53.4 nan +SU0252.sputum.m06 GTTGACCATCGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6377328577091 0.0 1.0 76.0 high nan SU0252 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 SU0252.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 51.0 SU0252.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SU0252.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0252 nan Male Sputum nan 53.4 nan +SU0252.sputum.m12 CCAGATATAGCA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6377328577091 0.0 1.0 76.0 high nan SU0252 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0252.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 51.0 SU0252.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.sputum.m12 nan nan nan nan 2021-02-10 nan nan SU0252.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0252 nan Male Sputum nan 53.4 nan +SU0252.sputum.m18 TATCGTTATCGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6377328577091 0.0 1.0 76.0 high nan SU0252 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0252.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 51.0 SU0252.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-08-26 nan nan SU0252.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0252 nan Male Sputum nan 53.4 nan +SU0252.stool.baseline AGACACCAATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6377328577091 0.0 1.0 76.0 high nan SU0252 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0252.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 51.0 SU0252.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.stool.baseline nan nan nan nan 2020-02-27 nan nan SU0252.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0252 nan Male Stool nan 53.4 nan +SU0252.stool.m06 TCATACAGCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6377328577091 0.0 1.0 76.0 high nan SU0252 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 SU0252.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 51.0 SU0252.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SU0252.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0252 nan Male Stool nan 53.4 nan +SU0252.stool.m12 ATGTATCAATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6377328577091 0.0 1.0 76.0 high nan SU0252 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0252.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 51.0 SU0252.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.stool.m12 nan nan nan nan 2021-02-10 nan nan SU0252.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0252 nan Male Stool nan 53.4 nan +SU0252.stool.m18 CGCTGGCTTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 17.6377328577091 0.0 1.0 76.0 high nan SU0252 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 24.0 0.0 0.0 240.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0252.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 50-59 no 51.0 SU0252.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0252.stool.m18 nan nan nan nan 2021-08-26 nan nan SU0252.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0252 nan Male Stool nan 53.4 nan +SU0253.sputum.baseline ATTCGGTAGTGC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.5713899405084 0.0 0.0 84.0 high nan SU0253 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline SU0253.sputum.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0253.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-03-03 nan nan SU0253.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0253 nan Male Sputum nan 57.9 nan +SU0253.sputum.m06 TGACGAGGGCTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.5713899405084 0.0 0.0 84.0 high nan SU0253 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 SU0253.sputum.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0253.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-11 nan nan SU0253.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0253 nan Male Sputum nan 57.9 nan +SU0253.sputum.m12 TACTTAAACATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.5713899405084 0.0 0.0 84.0 high nan SU0253 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 11.0 m12 SU0253.sputum.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0253.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.sputum.m12 nan nan nan nan 2021-02-24 nan nan SU0253.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0253 nan Male Sputum nan 57.9 nan +SU0253.sputum.m18 TTCAGCGATGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.5713899405084 0.0 0.0 84.0 high nan SU0253 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 SU0253.sputum.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0253.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-08-26 nan nan SU0253.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0253 nan Male Sputum nan 57.9 nan +SU0253.stool.baseline AGACAGTAGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.5713899405084 0.0 0.0 84.0 high nan SU0253 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-I 1.0 0.0 baseline SU0253.stool.baseline nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0253.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.stool.baseline nan nan nan nan 2020-03-03 nan nan SU0253.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0253 nan Male Stool nan 57.9 nan +SU0253.stool.m06 GTGCGAGGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.5713899405084 0.0 0.0 84.0 high nan SU0253 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 6.0 m06 SU0253.stool.m06 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0253.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-11 nan nan SU0253.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0253 nan Male Stool nan 57.9 nan +SU0253.stool.m12 AAGATCGTACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.5713899405084 0.0 0.0 84.0 high nan SU0253 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB nan nan SC-I 1.0 11.0 m12 SU0253.stool.m12 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 2.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0253.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.stool.m12 nan nan nan nan 2021-02-24 nan nan SU0253.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0253 nan Male Stool nan 57.9 nan +SU0253.stool.m18 GTCATTGGGCTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan nan nan index nan low nan low.risk 0.0 19.5713899405084 0.0 0.0 84.0 high nan SU0253 no 0.0 su nan 1.0 yes nan 0 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 nan 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative nan 1.0 0 nan 90 >60 nan nan 28.0 0.0 0.0 280.0 0.0 nan no 0.0 mixed.ancestry nan 24.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-I 1.0 17.0 m18 SU0253.stool.m18 nan baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 0 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 172.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 30-39 no 31.0 SU0253.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0253.stool.m18 nan nan nan nan 2021-08-26 nan nan SU0253.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0253 nan Male Stool nan 57.9 nan +SU0254.sputum.baseline CGTGGTGGGAAC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.5888661702866 0.0 1.0 66.0 high nan SU0254 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0254.sputum.baseline nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0254.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-03-03 nan nan SU0254.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0254 nan Male Sputum nan 43.0 nan +SU0254.sputum.m06 AGACACCAATGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.5888661702866 0.0 1.0 66.0 high nan SU0254 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 SU0254.sputum.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0254.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SU0254.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0254 nan Male Sputum nan 43.0 nan +SU0254.sputum.m12 TCATACAGCCAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.5888661702866 0.0 1.0 66.0 high nan SU0254 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0254.sputum.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0254.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.sputum.m12 nan nan nan nan 2021-02-24 nan nan SU0254.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0254 nan Male Sputum nan 43.0 nan +SU0254.sputum.m18 ATGTATCAATTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.5888661702866 0.0 1.0 66.0 high nan SU0254 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 17.0 m18 SU0254.sputum.m18 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0254.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-09-01 nan nan SU0254.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0254 nan Male Sputum nan 43.0 nan +SU0254.stool.baseline CGCAGATTAGTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.5888661702866 0.0 1.0 66.0 high nan SU0254 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-II 3.0 0.0 baseline SU0254.stool.baseline nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0254.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.stool.baseline nan nan nan nan 2020-03-03 nan nan SU0254.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0254 nan Male Stool nan 43.0 nan +SU0254.stool.m06 CTCATATGCTAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.5888661702866 0.0 1.0 66.0 high nan SU0254 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 6.0 m06 SU0254.stool.m06 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0254.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SU0254.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0254 nan Male Stool nan 43.0 nan +SU0254.stool.m12 CAAATGGTCGTC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 0.0 nan no 0.0 index nan low nan low.risk 0.0 16.5888661702866 0.0 1.0 66.0 high nan SU0254 yes 1.0 su nan 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 5.0 nan 1.0 nan normal 0.0 nan 0.0 HIV.negative nan 2.0 0 nan 90 >60 nan nan 22.0 0.0 0.0 220.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry nan 22.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-II 3.0 11.0 m12 SU0254.stool.m12 nan baseline nan 1.0 nan 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 161.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 18-19 no 19.0 SU0254.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0254.stool.m12 nan nan nan nan 2021-02-24 nan nan SU0254.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0254 nan Male Stool nan 43.0 nan +SU0255.sputum.baseline CGCTGGCTTTAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 14.7971991015986 1.0 1.0 82.0 high 0.0 SU0255 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0255.sputum.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0255.sputum.baseline nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.sputum.baseline nan nan nan nan 2020-03-03 nan nan SU0255.sputum.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0255 nan Male Sputum nan 44.8 nan +SU0255.sputum.m06 AGACAGTAGGAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 14.7971991015986 1.0 1.0 82.0 high 0.0 SU0255 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 6.0 m06 SU0255.sputum.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0255.sputum.m06 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.sputum.m06 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SU0255.sputum.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0255 nan Male Sputum nan 44.8 nan +SU0255.sputum.m12 GTGCGAGGACAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 14.7971991015986 1.0 1.0 82.0 high 0.0 SU0255 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 SU0255.sputum.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0255.sputum.m12 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.sputum.m12 nan nan nan nan 2021-02-24 nan nan SU0255.sputum.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0255 nan Male Sputum nan 44.8 nan +SU0255.sputum.m18 AAGATCGTACTG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 14.7971991015986 1.0 1.0 82.0 high 0.0 SU0255 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 SU0255.sputum.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0255.sputum.m18 nan nan Clemente_MSQ_134 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.sputum.m18 nan nan nan nan 2021-08-26 nan nan SU0255.sputum.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0255 nan Male Sputum nan 44.8 nan +SU0255.stool.baseline CAGCTGGTTCAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 14.7971991015986 1.0 1.0 82.0 high 0.0 SU0255 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB positive nan SC-III 5.0 0.0 baseline SU0255.stool.baseline 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 1.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 1.0 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0255.stool.baseline nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.stool.baseline nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.stool.baseline nan nan nan nan 2020-03-03 nan nan SU0255.stool.baseline nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0255 nan Male Stool nan 44.8 nan +SU0255.stool.m06 ATAGACACTCCG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 14.7971991015986 1.0 1.0 82.0 high 0.0 SU0255 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 6.0 m06 SU0255.stool.m06 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0255.stool.m06 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.stool.m06 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.stool.m06 nan nan nan nan 2020-09-15 nan nan SU0255.stool.m06 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0255 nan Male Stool nan 44.8 nan +SU0255.stool.m12 CTTTGATAATAA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 14.7971991015986 1.0 1.0 82.0 high 0.0 SU0255 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 11.0 m12 SU0255.stool.m12 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0255.stool.m12 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.stool.m12 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.stool.m12 nan nan nan nan 2021-02-24 nan nan SU0255.stool.m12 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0255 nan Male Stool nan 44.8 nan +SU0255.stool.m18 ATTTGAAGAGGT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT 1.0 nan no 0.0 index nan low nan hazardous 9.0 14.7971991015986 1.0 1.0 82.0 high 0.0 SU0255 yes 1.0 su 4.0 1.0 yes nan 1 0.0 nan low 0.0 moderate 2.0 6.0 0.0 0.0 nan normal 0.0 0.0 0.0 HIV.negative 3.0 1.0 1 0.0 90 >60 1.0 0.0 21.0 0.0 1.0 210.0 0.0 nan yes 1.0 mixed.ancestry 0.0 26.0 All 0.0 yes nan BAR_TB negative nan SC-III 5.0 17.0 m18 SU0255.stool.m18 0.0 baseline nan 2.0 nan 0.0 3.0 0.0 nan nan nan nan nan 1 1 0.0 nan 0.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 174.0 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron 20-29 yes 20.0 SU0255.stool.m18 nan nan Clemente_MSQ_135 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.stool.m18 nan nan nan nan nan nan nan nan SU0255.stool.m18 nan nan nan nan 2021-08-26 nan nan SU0255.stool.m18 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Human nan SU0255 nan Male Stool nan 44.8 nan +water58 CGCGTCAAACTA CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan nan nan nan nan nan water58 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan water58 nan nan Clemente_MSQ_122 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan water58 nan nan nan nan nan nan nan nan water58 nan nan nan nan nan nan nan water58 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Control nan water nan nan water_control nan nan nan +water59 ATGTTCCTCATC CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan nan nan nan nan nan water59 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan water59 nan nan Clemente_MSQ_122 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan water59 nan nan nan nan nan nan nan nan water59 nan nan nan nan nan nan nan water59 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Control nan water nan nan water_control nan nan nan +water62 TCCGTGGTATAG CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan nan nan nan nan nan water62 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan water62 nan nan Clemente_MSQ_122 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan water62 nan nan nan nan nan nan nan nan water62 nan nan nan nan nan nan nan water62 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Control nan water nan nan water_control nan nan nan +water63 GTTGGTTGGCAT CCGGACTACHVGGGTWTCTAAT nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan All nan nan nan SCRN_TB nan nan nan nan nan nan water63 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ccnaidoo@sun.ac.za Charissa Naidoo Grant Theron nan nan nan water63 nan nan Clemente_MSQ_122 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan water63 nan nan nan nan nan nan nan nan water63 nan nan nan nan nan nan nan water63 nan nan nan nan nan nan Lung_TB nan Control nan water nan nan water_control nan nan nan diff --git a/test_files/test_snakemake/picrust2/tables/rep_seqs_table.qza b/test_files/test_snakemake/picrust2/tables/rep_seqs_table.qza new file mode 100644 index 000000000..7707e70cc Binary files /dev/null and b/test_files/test_snakemake/picrust2/tables/rep_seqs_table.qza differ diff --git a/test_files/test_snakemake/picrust2/test_picrust2_config.yaml b/test_files/test_snakemake/picrust2/test_picrust2_config.yaml new file mode 100644 index 000000000..42e11f87d --- /dev/null +++ b/test_files/test_snakemake/picrust2/test_picrust2_config.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +tables: + - asv_table + - rep_seqs_table +