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| 1 | +# OMERO Downloader |
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| 3 | +O repositório de imagens [OMERO](https://www.openmicroscopy.org/omero/) é uma plataforma para armazenamento, gerenciamento e compartilhamento de imagens científicas, especialmente de microscopia. |
| 4 | + |
| 5 | +O OMERO Downloader é uma ferramenta de linha de comando que serve para baixar em massa imagens e metadados de um repositório OMERO, preservando a estrutura de pastas dos _datasets_ e projetos. Essa ferramenta é útil para obter cópias locais das imagens armazenadas no repositório. |
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| 7 | +Para mais informações sobre o OMERO Downloader, acesse <https://github.com/ome/omero-downloader>. |
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| 9 | +## Carregando o modulo |
| 10 | + |
| 11 | +Para habilitar o OMERO Downloader no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo `omero-downloader`: |
| 12 | + |
| 13 | +```bash |
| 14 | +module load omero-downloader |
| 15 | +``` |
| 16 | + |
| 17 | +Para acessar a documentação do módulo, use: |
| 18 | + |
| 19 | +```bash |
| 20 | +module help omero-downloader |
| 21 | +``` |
| 22 | + |
| 23 | +Para acessar a documentação completa dos parâmetros do OMERO Downloader, execute: |
| 24 | + |
| 25 | +```bash |
| 26 | +omero-downloader --help |
| 27 | +``` |
| 28 | + |
| 29 | +## Baixando dados |
| 30 | + |
| 31 | +O comando base para baixar dados com o OMERO Downloader é o seguinte: |
| 32 | + |
| 33 | +```bash |
| 34 | +omero-downloader -b <output_dir> -s omero-lnbio.cnpem.br -u <user_name> -w <password> -f <file> <type>:<ID> |
| 35 | +``` |
| 36 | + |
| 37 | +<div class="warning"> |
| 38 | + <br> |
| 39 | + Substitua as informações indicadas entre colchetes angulares (<code><...></code>): |
| 40 | + <ul> |
| 41 | + <li><code><output_dir></code>: diretório onde os dados serão baixados. É importante que a pasta já exista.</li> |
| 42 | + <li><code><user_name></code>: seu nome de usuário institucional, no formato <code>nome.sobrenome</code>.</li> |
| 43 | + <li><code><password></code>: sua senha institucional.</li> |
| 44 | + <li><code><file></code>: formato do arquivo a ser baixado. O formato recomendado é <code>ome-tiff</code>; outros formatos estão disponíveis na documentação de parâmetros do OMERO Downloader.</li> |
| 45 | + <li><code><type></code>: tipo de objeto que você deseja baixar: |
| 46 | + <ul> |
| 47 | + <li><code>Image</code>: arquivo de imagem único.</li> |
| 48 | + <li><code>Dataset</code>: conjunto de arquivos de imagem.</li> |
| 49 | + <li><code>Project</code>: conjunto de datasets.</li> |
| 50 | + </ul> |
| 51 | + </li> |
| 52 | + <li><code><ID></code>: número de identificação do objeto que deseja baixar.</li> |
| 53 | + </ul> |
| 54 | +</div> |
| 55 | + |
| 56 | +Para baixar uma imagem, use: |
| 57 | + |
| 58 | +```bash |
| 59 | +omero-downloader -b /home/joao.santos/pasta_destino -s omero-lnbio.cnpem.br -u joao.santos -w minhasenha123 -f ome-tiff Image:12345678 |
| 60 | +``` |
| 61 | + |
| 62 | +Para baixar um _Dataset_, use: |
| 63 | + |
| 64 | +```bash |
| 65 | +omero-downloader -b /home/joao.santos/pasta_destino -s omero-lnbio.cnpem.br -u joao.santos -w minhasenha123 -f ome-tiff Image:123 |
| 66 | +``` |
| 67 | + |
| 68 | +Para baixar um projeto, use: |
| 69 | + |
| 70 | +```bash |
| 71 | +omero-downloader -b /home/joao.santos/pasta_destino -s omero-lnbio.cnpem.br -u joao.santos -w minhasenha123 -f ome-tiff Image:123 |
| 72 | +``` |
| 73 | + |
| 74 | +<div class="warning"> |
| 75 | + <br><b>Dica:</b> para descobrir o número de identificação (ID) de uma imagem, dataset ou projeto, acesse a plataforma |
| 76 | + <a href="https://omero-lnbio.cnpem.br">https://omero-lnbio.cnpem.br</a>. |
| 77 | + Nela, é possível visualizar a organização dos projetos, datasets e imagens aos quais você tem acesso. |
| 78 | + Ao selecionar o item desejado, o ID correspondente será exibido no painel à direita, na guia <i>“General”</i>.<br> |
| 79 | +</div> |
| 80 | + |
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