Add juicer module to docs (#15)

* Add juicer module

* Fix formatting and link in README.md

Updated README.md to correct formatting and links.

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Co-authored-by: João Victor Guerra <[email protected]>

Author: r1ckhdk

src/07-programas-e-aplicativos/README.md

@@ -66,6 +66,7 @@ Os programas e aplicativos relacionados à análise, processamento e visualizaç
 - [HiC2Cool](./hic2cool/index.html)
 - [HiCExplorer](./hicexplorer/index.html)
 - [HiCsuntdracones](./hicsuntdracones/index.html)
+- [Juicer](./juicer/index.html)
 - [Pairix](./pairix/index.html)
 - [pairtools](./pairtools/index.html)
 - [pyGenomeTracks](./pygenometracks/index.html)

src/07-programas-e-aplicativos/juicer/README.md

@@ -0,0 +1,94 @@
+# Juicer
+
+[Juicer](https://github.com/aidenlab/juicer) é um pipeline completo para processamento e análise de dados Hi-C, desenvolvido pelo [Aiden Lab](https://aidenlab.org/). Ele automatiza desde o alinhamento das leituras até a geração de mapas de interação genômica em múltiplas resoluções (arquivos **.hic**).
+
+Útil para explorar estruturas 3D do genoma — como **TADs, loops** e **compartimentos** — o Juicer é amplamente adotado em genômica estrutural.  
+
+Para mais informações, acesse <https://github.com/aidenlab/juicer/wiki>.
+
+## Carregando o módulo
+
+Para habilitar o juicer no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo `juicer`:
+
+```bash
+module load juicer/<versão desejada>
+```
+
+<div class="warning">
+    <br>As versões disponíveis do juicer no HPCC Marvin são:
+    <ul>
+        <li><code>juicer/2.0   (D)</code></li>
+        <li><code>juicer/1.6</code></li>
+    </ul> 
+    Onde <code>(D)</code> indica a versão padrão.<br>
+</div>
+
+Para acessar a documentação do modulo, utilize:
+
+```bash
+module help juicer
+```
+
+## Executando o módulo
+
+O script principal do juicer é chamado com o comando `juicer.sh` e pode ser executado conforme o exemplo:
+
+```bash
+juicer.sh -z [reference genome file]
+```
+
+Para mais informações detalhadas sobre o script do juicer, acesse a [página de Usage do juicer](https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Usage).
+
+Além do script principal, o módulo também conta com o pacote de ferramentas `juicer_tools`. Para obter informações sobre o uso e ajuda, execute:
+
+```bash
+juicer_tools -h
+```
+
+Para mais informações, acesse a [página de Quick Start do juicer tools](https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Juicer-Tools-Quick-Start).
+
+Note que, na wiki do juicer tools, ele estará referenciado como juicebox_tools.jar e chama o java para executar o .jar. Isso não é necessário no Marvin, apenas passe as opções e comandos diretamente.
+
+Por exemplo, caso você queira executar o seguinte comando que está na wiki do juicer tools:
+
+```bash
+java -Xmx2g -jar juicebox_tools.jar pre data/test.txt.gz data/test.hic hg19
+```
+
+No Marvin, você executaria da seguinte forma:
+
+```bash
+juicer_tools pre data/test.txt.gz data/test.hic hg19
+```
+
+
+## Submetendo jobs
+
+A execução do juicer no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Crie um arquivo de script, por exemplo `juicer.sh`, com o seguinte conteúdo:
+
+```bash
+#!/bin/bash
+#SBATCH --job-name=juicer
+#SBATCH --partition=short-cpu
+#SBATCH --ntasks=1
+#SBATCH --cpus-per-task=8
+#SBATCH --mem-per-cpu=4GB
+
+module load juicer/2.0
+
+REFERENCE_GENOME="caminho/para/genome/file"
+
+juicer.sh -z "$REFERENCE_GENOME"
+```
+
+Para submeter o job, salve o script e utilize o comando `sbatch`:
+
+```bash
+sbatch juicer.sh
+```
+
+Para mais detalhes sobre os parâmetros do juicer, use:
+
+```bash
+juicer.sh -h
+```

src/SUMMARY.md

@@ -38,6 +38,7 @@
   - [HiCsuntdracones](07-programas-e-aplicativos/hicsuntdracones/README.md)
   - [Ilastik](07-programas-e-aplicativos/ilastik/README.md)
   - [IsoNet](07-programas-e-aplicativos/isonet/README.md)
+  - [Juicer](07-programas-e-aplicativos/juicer/README.md)
   - [kraken2](07-programas-e-aplicativos/kraken2/README.md)
   - [NP³ MS WORKFLOW](07-programas-e-aplicativos/np3_ms_workflow/README.md)
     - [Criando Sbatch](07-programas-e-aplicativos/np3_ms_workflow/np3_sbatch.md)