-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
Expand file tree
/
Copy pathSBCC_9K_LFMM.log
More file actions
6830 lines (6830 loc) · 208 KB
/
SBCC_9K_LFMM.log
File metadata and controls
6830 lines (6830 loc) · 208 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
# MAF=0.05 MAXMISSINGRATIO=0.1 MISSINGVALUE=9
# total samples in SBCC_order.txt: 135
# creating SBCC_9K_LFMM.annot.tsv
# skip sample SBCC038
# skip sample SBCC138
# total valid samples: 135
# snpname allele1 allele2 missing MAF
1 BOPA1_2511-533 A G 0 0.052
2 BOPA1_3107-422 A G 0 0.096
3 BOPA1_8670-388 C G 0 0.104
4 BOPA2_12_10420 A C 0 0.467
5 BOPA2_12_30653 A G 0 0.230
6 BOPA2_12_30969 A G 0 0.496
7 SCRI_RS_180989 A G 3 0.167
8 3255561|F|0 A G 4 0.053
9 3256733|F|0 A G 12 0.057
10 BOPA1_7174-365 C G 0 0.311
11 SCRI_RS_120053 C T 0 0.119
12 SCRI_RS_120059 C T 0 0.119
13 SCRI_RS_142714 A G 0 0.156
14 3256686|F|0 C G 8 0.496
15 SCRI_RS_82277 C T 0 0.452
16 3262838|F|0 C T 4 0.099
17 3256645|F|0 A G 2 0.060
18 BOPA1_6195-2137 A G 0 0.489
19 BOPA2_12_30715 A C 0 0.244
20 SCRI_RS_113745 C T 0 0.400
21 BOPA1_3220-723 A C 0 0.185
22 BOPA2_12_30944 A C 0 0.274
23 SCRI_RS_107687 G T 0 0.215
24 SCRI_RS_161137 C T 3 0.455
25 3254693|F|0 A C 4 0.137
26 3262450|F|0 A C 3 0.053
27 BOPA2_12_10636 A G 0 0.126
28 SCRI_RS_139538 C T 4 0.099
29 SCRI_RS_149683 C T 4 0.092
30 SCRI_RS_194326 C G 0 0.074
31 SCRI_RS_206684 A G 3 0.242
32 SCRI_RS_207257 A G 0 0.326
33 SCRI_RS_232577 C T 2 0.414
34 SCRI_RS_60293 A G 3 0.303
35 SCRI_RS_66630 A G 3 0.477
36 BOPA1_3101-111 A G 0 0.415
37 SCRI_RS_60145 C T 0 0.289
38 SCRI_RS_198544 A G 0 0.333
39 3259027|F|0 G T 4 0.115
40 BOPA1_6949-895 A G 0 0.119
41 BOPA1_7372-1253 A G 0 0.378
42 SCRI_RS_162524 A G 0 0.467
43 SCRI_RS_1929 A C 2 0.158
44 SCRI_RS_184274 A C 0 0.156
45 SCRI_RS_224686 C T 3 0.098
46 BOPA2_12_30918 A G 0 0.311
47 BOPA2_12_30919 A G 0 0.222
48 BOPA2_12_30950 A G 0 0.096
49 SCRI_RS_119312 A C 1 0.284
50 SCRI_RS_165792 A C 0 0.459
51 SCRI_RS_222250 A G 0 0.281
52 SCRI_RS_148560 G T 0 0.437
53 3255216|F|0 A G 8 0.126
54 3256790|F|0 A G 7 0.328
55 3258773|F|0 G T 2 0.060
56 3256681|F|0 A G 3 0.061
57 SCRI_RS_148733 A G 0 0.274
58 SCRI_RS_164150 C T 0 0.178
59 3260457|F|0 C T 10 0.344
60 3255400|F|0 C G 6 0.093
61 3255940|F|0 A G 2 0.068
62 SCRI_RS_182656 A G 0 0.178
63 3257148|F|0 G T 12 0.106
64 SCRI_RS_157757 A G 3 0.295
65 SCRI_RS_3336 A C 5 0.362
66 3262073|F|0 A G 7 0.109
67 BOPA1_4473-309 A G 5 0.069
68 BOPA2_12_30948 A C 0 0.244
69 SCRI_RS_152464 C G 0 0.244
70 SCRI_RS_139220 A G 2 0.353
71 SCRI_RS_128285 C T 0 0.252
72 SCRI_RS_232660 C T 13 0.213
73 BOPA1_10922-503 A G 0 0.496
74 BOPA1_2496-1916 A G 0 0.348
75 SCRI_RS_141877 G T 2 0.075
76 SCRI_RS_189506 A G 5 0.392
77 3255649|F|0 C T 3 0.083
78 BOPA1_6792-1945 A G 1 0.336
79 BOPA2_12_30876 A G 0 0.148
80 BOPA2_12_30877 C G 0 0.052
81 SCRI_RS_124926 C T 0 0.407
82 SCRI_RS_14227 C T 0 0.326
83 SCRI_RS_169091 C T 1 0.478
84 SCRI_RS_182603 A C 0 0.489
85 SCRI_RS_217160 A G 0 0.215
86 SCRI_RS_235243 G T 0 0.393
87 3258865|F|0 A G 6 0.333
88 BOPA1_2901-1137 A G 0 0.156
89 SCRI_RS_151047 C T 0 0.200
90 SCRI_RS_171221 G T 0 0.215
91 BOPA1_4226-570 A G 0 0.393
92 BOPA2_12_30241 A C 3 0.068
93 SCRI_RS_122490 A G 0 0.207
94 SCRI_RS_138043 C T 0 0.444
95 SCRI_RS_150226 A C 0 0.148
96 SCRI_RS_153360 C T 0 0.393
97 SCRI_RS_88375 A G 0 0.156
98 SCRI_RS_123187 C T 0 0.074
99 BOPA1_5318-436 A C 0 0.230
100 3256110|F|0 C G 3 0.265
101 3261945|F|0 A G 6 0.326
102 3260829|F|0 C T 8 0.126
103 BOPA1_5194-1118 C G 0 0.341
104 BOPA1_6081-850 A C 0 0.459
105 SCRI_RS_117492 A G 0 0.185
106 SCRI_RS_154811 C T 3 0.121
107 SCRI_RS_155382 C T 0 0.259
108 SCRI_RS_176084 C G 12 0.171
109 3258705|F|0 C T 10 0.056
110 3259986|F|0 C T 4 0.389
111 3258532|F|0 C T 8 0.055
112 3256242|F|0 A C 3 0.061
113 SCRI_RS_239784 A G 1 0.149
114 3259562|F|0 A G 5 0.077
115 BOPA2_12_31276 A C 1 0.433
116 SCRI_RS_230133 A G 0 0.067
117 3256342|F|0 C G 2 0.083
118 3256721|F|0 A G 2 0.195
119 3254725|F|0 A T 2 0.090
120 3257507|F|0 A T 2 0.203
121 3261999|F|0 A G 6 0.124
122 BOPA1_5346-1587 A G 0 0.319
123 SCRI_RS_161702 A G 0 0.074
124 3257611|F|0 C T 6 0.318
125 3262710|F|0 C T 7 0.328
126 3256483|F|0 C G 5 0.254
127 BOPA1_2151-1310 A G 2 0.150
128 BOPA2_12_31177 A G 0 0.467
129 BOPA1_6238-243 A T 0 0.296
130 BOPA2_12_30336 A G 0 0.481
131 SCRI_RS_114047 A G 0 0.415
132 SCRI_RS_193392 C G 0 0.089
133 3255744|F|0 C G 2 0.075
134 SCRI_RS_153785 G T 1 0.485
135 SCRI_RS_189197 A T 3 0.235
136 SCRI_RS_189483 A G 0 0.237
137 SCRI_RS_230987 A C 0 0.230
138 3262329|F|0 A G 4 0.168
139 SCRI_RS_140837 A G 0 0.363
140 SCRI_RS_170869 A G 0 0.326
141 SCRI_RS_170878 A G 3 0.470
142 BOPA1_5381-1950 A G 0 0.467
143 SCRI_RS_189637 C T 0 0.304
144 SCRI_RS_205816 C T 3 0.242
145 SCRI_RS_160545 A G 0 0.289
146 BOPA1_2314-1412 A G 0 0.341
147 SCRI_RS_11615 C T 0 0.222
148 SCRI_RS_147042 C T 0 0.400
149 SCRI_RS_183171 C T 0 0.081
150 3256720|F|0 C T 5 0.308
151 BOPA1_409-1643 A G 0 0.400
152 SCRI_RS_141140 G T 0 0.081
153 SCRI_RS_187264 A T 0 0.081
154 BOPA1_3277-446 A G 0 0.081
155 3256371|F|0 C G 2 0.353
156 BOPA1_3751-1136 C G 0 0.489
157 SCRI_RS_214559 A G 0 0.215
158 SCRI_RS_132461 A G 0 0.341
159 SCRI_RS_199178 C T 0 0.430
160 SCRI_RS_199179 G T 11 0.371
161 SCRI_RS_9480 C T 0 0.341
162 BOPA2_12_10314 A C 0 0.193
163 3256981|F|0 A G 6 0.062
164 3255784|F|0 A G 9 0.159
165 BOPA1_3710-852 A G 0 0.126
166 BOPA1_2407-1771 A G 0 0.400
167 BOPA2_12_30683 A G 0 0.170
168 SCRI_RS_221759 C T 4 0.427
169 3258075|F|0 A G 4 0.275
170 BOPA1_2265-363 A G 0 0.089
171 BOPA2_12_31467 A G 0 0.200
172 SCRI_RS_151764 C T 0 0.170
173 SCRI_RS_182631 A G 0 0.370
174 SCRI_RS_188937 C T 0 0.370
175 3261635|F|0 C T 4 0.069
176 3258413|F|0 A C 7 0.461
177 BOPA1_ABC12199-1-1-25 A G 0 0.074
178 BOPA2_12_10491 A G 0 0.052
179 BOPA2_12_30796 A G 0 0.385
180 BOPA2_12_10235 A C 0 0.385
181 3255793|F|0 G T 3 0.470
182 3256743|F|0 C G 2 0.053
183 3258174|F|0 C T 2 0.353
184 BOPA1_5798-867 A C 0 0.096
185 SCRI_RS_160916 A G 0 0.385
186 SCRI_RS_170542 C T 0 0.096
187 3262551|F|0 C T 9 0.365
188 BOPA1_8166-525 A G 0 0.378
189 BOPA1_ABC02639-1-4-370 A G 2 0.474
190 BOPA1_5019-879 A G 0 0.400
191 BOPA2_12_11301 A G 0 0.067
192 BOPA1_ConsensusGBS0342-1 A G 0 0.393
193 BOPA2_12_10159 A C 0 0.311
194 BOPA2_12_31381 A G 0 0.407
195 SCRI_RS_139785 C T 0 0.467
196 SCRI_RS_17924 G T 0 0.400
197 SCRI_RS_82327 A C 0 0.393
198 3261715|F|0 A G 3 0.417
199 3257970|F|0 A G 13 0.057
200 BOPA2_12_30438 A G 0 0.311
201 BOPA1_3217-929 A G 2 0.496
202 BOPA2_12_30306 A G 1 0.067
203 BOPA2_12_11209 C G 0 0.059
204 3254767|F|0 A G 7 0.359
205 3255319|F|0 A T 5 0.285
206 3255531|F|0 A G 5 0.285
207 3257895|F|0 A C 3 0.288
208 3261371|F|0 C G 6 0.163
209 3257013|F|0 G T 8 0.370
210 3257364|F|0 A G 12 0.455
211 3256638|F|0 A G 3 0.288
212 BOPA1_3444-1044 A G 0 0.400
213 BOPA1_ABC11913-1-1-104 C G 0 0.052
214 BOPA1_ABC14148-1-1-177 A G 0 0.059
215 BOPA1_1866-866 A C 0 0.052
216 BOPA1_2851-848 A G 0 0.489
217 BOPA1_4163-1786 A G 0 0.052
218 BOPA1_7090-1260 A G 0 0.052
219 BOPA2_12_10300 A G 0 0.052
220 BOPA2_12_30043 A G 0 0.052
221 BOPA2_12_30404 A C 0 0.052
222 BOPA2_12_30562 A G 0 0.052
223 BOPA2_12_31208 C G 0 0.348
224 SCRI_RS_193640 A G 0 0.489
225 SCRI_RS_85917 A G 0 0.481
226 SCRI_RS_85918 A G 0 0.481
227 3256462|F|0 A G 12 0.163
228 BOPA1_4020-643 A T 0 0.348
229 SCRI_RS_213103 C T 0 0.348
230 3258601|F|0 A T 2 0.053
231 SCRI_RS_124377 A G 0 0.348
232 SCRI_RS_138691 A G 0 0.052
233 SCRI_RS_143927 A G 0 0.348
234 SCRI_RS_186830 C T 0 0.348
235 SCRI_RS_189586 C T 0 0.348
236 BOPA1_8224-561 A G 0 0.178
237 BOPA1_8717-244 A G 0 0.319
238 SCRI_RS_132604 C T 0 0.274
239 SCRI_RS_134850 C T 0 0.081
240 SCRI_RS_141511 A G 0 0.489
241 SCRI_RS_155439 C G 0 0.163
242 SCRI_RS_172170 A G 0 0.104
243 SCRI_RS_189248 A G 0 0.104
244 SCRI_RS_236235 C T 0 0.348
245 SCRI_RS_7197 A G 0 0.274
246 3257965|F|0 A G 3 0.273
247 3255542|F|0 A T 3 0.242
248 3259299|F|0 C G 2 0.241
249 3261977|F|0 C T 11 0.242
250 3258774|F|0 A G 9 0.230
251 3258895|F|0 A C 8 0.378
252 3259031|F|0 C T 7 0.055
253 3261344|F|0 A G 3 0.053
254 3255402|F|0 A G 5 0.423
255 3261160|F|0 C G 2 0.135
256 SCRI_RS_116685 A C 0 0.089
257 SCRI_RS_163127 A C 1 0.097
258 3259698|F|0 C T 13 0.074
259 BOPA1_4793-777 A G 0 0.059
260 3259482|F|0 C G 10 0.160
261 3260505|F|0 C G 10 0.152
262 BOPA2_12_11169 A G 0 0.096
263 BOPA2_12_31134 A G 0 0.104
264 BOPA1_ABC13652-1-2-156 A G 0 0.481
265 BOPA1_5297-796 A G 0 0.133
266 3259118|F|0 A C 4 0.137
267 3255240|F|0 C T 3 0.106
268 3259405|F|0 C T 10 0.064
269 BOPA1_7800-594 C G 0 0.081
270 BOPA2_12_30350 A G 0 0.052
271 SCRI_RS_14834 A T 0 0.244
272 SCRI_RS_153434 A T 2 0.068
273 SCRI_RS_158003 C T 0 0.089
274 SCRI_RS_204810 C T 3 0.053
275 BOPA2_12_30110 A G 0 0.059
276 3256818|F|0 A C 3 0.076
277 BOPA1_3689-1101 A G 0 0.052
278 BOPA1_4716-1205 A T 0 0.067
279 BOPA2_12_30406 A G 3 0.068
280 BOPA2_12_30694 A G 0 0.059
281 3259801|F|0 A C 6 0.302
282 3263019|F|0 A G 3 0.068
283 3256749|F|0 C T 9 0.325
284 BOPA1_ABC15349-1-1-162 C G 3 0.311
285 SCRI_RS_118168 A T 0 0.304
286 SCRI_RS_17256 A G 3 0.053
287 BOPA1_7284-710 A G 0 0.481
288 SCRI_RS_153733 A G 0 0.059
289 SCRI_RS_109060 C T 0 0.311
290 BOPA2_12_30348 A G 0 0.341
291 BOPA2_12_30478 A G 0 0.081
292 BOPA2_12_30499 A G 0 0.081
293 BOPA2_12_30672 A C 0 0.474
294 BOPA2_12_30786 C G 0 0.489
295 SCRI_RS_119743 C T 0 0.474
296 SCRI_RS_198546 A C 0 0.104
297 3257490|F|0 C T 3 0.235
298 BOPA2_12_30243 A G 0 0.207
299 BOPA1_ABC10636-1-4-285 C G 0 0.237
300 BOPA2_12_30710 A G 0 0.459
301 SCRI_RS_161643 C T 0 0.407
302 3255949|F|0 C T 6 0.279
303 3263171|F|0 C T 3 0.068
304 BOPA1_2577-1122 A G 2 0.271
305 3257354|F|0 A C 3 0.167
306 BOPA2_12_10198 A G 0 0.444
307 BOPA1_6118-595 A G 0 0.422
308 BOPA2_12_30343 A G 0 0.237
309 3261233|F|0 C G 2 0.105
310 BOPA1_5402-929 A G 0 0.074
311 BOPA1_8486-1964 C G 0 0.111
312 SCRI_RS_56976 C T 3 0.371
313 SCRI_RS_156506 A G 0 0.126
314 SCRI_RS_1445 C T 0 0.356
315 SCRI_RS_207335 C T 0 0.237
316 SCRI_RS_193401 A C 0 0.363
317 3257024|F|0 C G 4 0.130
318 3255880|F|0 C T 2 0.075
319 3260551|F|0 C T 3 0.470
320 3258765|F|0 A G 2 0.143
321 3256979|F|0 G T 3 0.235
322 3258982|F|0 A G 4 0.435
323 3259982|F|0 C T 4 0.099
324 3255083|F|0 C T 3 0.083
325 3255673|F|0 A G 6 0.062
326 BOPA1_1190-86 A G 0 0.437
327 SCRI_RS_138118 C T 0 0.081
328 SCRI_RS_165072 C T 0 0.081
329 SCRI_RS_201072 C G 0 0.081
330 SCRI_RS_145305 A C 0 0.074
331 SCRI_RS_207081 C T 0 0.074
332 SCRI_RS_907 G T 3 0.076
333 BOPA2_12_10201 A C 0 0.430
334 SCRI_RS_130666 A C 0 0.081
335 3258976|F|0 G T 3 0.083
336 SCRI_RS_121978 C T 0 0.119
337 BOPA1_5790-558 C G 2 0.421
338 3257720|F|0 C T 3 0.068
339 3258816|F|0 C G 2 0.105
340 BOPA2_12_30821 C G 3 0.114
341 SCRI_RS_211274 A G 0 0.111
342 3263101|F|0 A G 4 0.206
343 SCRI_RS_152795 A G 0 0.067
344 SCRI_RS_236104 A G 0 0.081
345 3255700|F|0 C T 9 0.238
346 3256734|F|0 A G 7 0.070
347 BOPA1_1857-64 C G 0 0.496
348 3259499|F|0 A G 3 0.379
349 3262733|F|0 A G 2 0.429
350 SCRI_RS_192779 A G 0 0.081
351 SCRI_RS_21483 A C 0 0.089
352 3257701|F|0 C G 11 0.355
353 3260841|F|0 G T 3 0.447
354 BOPA2_12_30753 A G 0 0.119
355 SCRI_RS_182431 A G 0 0.081
356 SCRI_RS_118785 C T 0 0.326
357 SCRI_RS_2945 A C 0 0.326
358 3262675|F|0 C G 3 0.371
359 3257544|F|0 A T 2 0.323
360 BOPA1_4178-1592 A G 0 0.422
361 BOPA1_5768-469 A G 0 0.378
362 BOPA1_ABC01838-2-2-322 A G 2 0.353
363 BOPA2_12_30304 A G 3 0.356
364 SCRI_RS_12873 A G 0 0.430
365 3254922|F|0 C G 2 0.053
366 3258573|F|0 A G 5 0.408
367 3259576|F|0 C T 3 0.485
368 3257702|F|0 A G 6 0.357
369 3258357|F|0 A G 12 0.163
370 3261655|F|0 A G 5 0.138
371 SCRI_RS_132028 C T 0 0.252
372 3255419|F|0 A G 6 0.233
373 BOPA1_2459-237 A G 0 0.385
374 BOPA2_12_31179 C G 0 0.356
375 SCRI_RS_231735 A C 0 0.230
376 SCRI_RS_236551 A G 1 0.351
377 3257919|F|0 C T 11 0.056
378 3255241|F|0 C T 4 0.427
379 3257431|F|0 C T 2 0.053
380 SCRI_RS_194015 C T 0 0.067
381 BOPA1_2877-867 A G 2 0.068
382 SCRI_RS_180349 A G 0 0.067
383 BOPA2_12_30477 A T 0 0.304
384 SCRI_RS_116661 A G 3 0.098
385 SCRI_RS_151228 C T 0 0.407
386 SCRI_RS_151894 A G 1 0.388
387 SCRI_RS_160500 A G 0 0.415
388 SCRI_RS_170810 A G 4 0.237
389 SCRI_RS_188820 C T 0 0.096
390 SCRI_RS_204611 C T 1 0.388
391 SCRI_RS_239686 C T 0 0.296
392 SCRI_RS_85391 A G 3 0.068
393 BOPA1_11603-445 C G 0 0.067
394 BOPA1_3675-2615 A G 0 0.267
395 BOPA1_7299-183 A G 0 0.081
396 SCRI_RS_219685 C T 0 0.259
397 SCRI_RS_120605 C T 0 0.081
398 SCRI_RS_206795 C T 0 0.319
399 3263051|F|0 A G 8 0.079
400 SCRI_RS_175487 G T 0 0.081
401 3262876|F|0 C T 7 0.297
402 3262581|F|0 C G 3 0.091
403 BOPA1_ABC16273-1-1-48 C G 0 0.081
404 BOPA1_10070-1435 A G 0 0.230
405 3259029|F|0 A C 8 0.079
406 BOPA2_12_30295 A T 0 0.096
407 BOPA2_12_31464 A T 0 0.222
408 3260768|F|0 C G 13 0.172
409 SCRI_RS_133886 C T 0 0.081
410 SCRI_RS_157039 A G 1 0.075
411 BOPA2_12_10166 A G 1 0.187
412 3256121|F|0 A G 9 0.063
413 3260690|F|0 A G 3 0.068
414 BOPA2_12_30298 A G 0 0.148
415 BOPA2_12_30505 A T 0 0.067
416 SCRI_RS_195238 C T 3 0.076
417 BOPA2_12_30742 A G 0 0.141
418 BOPA2_12_10206 A G 0 0.119
419 3255118|F|0 C T 4 0.107
420 BOPA1_4665-882 A G 0 0.126
421 3262778|F|0 G T 10 0.072
422 BOPA1_2036-1027 A G 0 0.067
423 BOPA2_12_30147 A G 1 0.052
424 SCRI_RS_138527 C T 3 0.083
425 SCRI_RS_151244 A G 0 0.096
426 SCRI_RS_160234 G T 1 0.209
427 SCRI_RS_183588 A G 0 0.244
428 SCRI_RS_188360 C T 0 0.259
429 SCRI_RS_823 A G 0 0.096
430 3255610|F|0 C T 4 0.252
431 3259274|F|0 A G 3 0.061
432 3255522|F|0 C G 4 0.130
433 3255612|F|0 G T 2 0.271
434 3256950|F|0 C T 4 0.061
435 3263162|F|0 C T 4 0.115
436 SCRI_RS_153727 G T 0 0.311
437 SCRI_RS_196439 A G 13 0.213
438 BOPA1_6655-978 C G 0 0.081
439 SCRI_RS_1473 C T 0 0.304
440 SCRI_RS_169123 G T 3 0.121
441 BOPA2_12_11267 A G 0 0.356
442 3262085|F|0 C T 10 0.248
443 3259759|F|0 A G 8 0.323
444 SCRI_RS_156208 A G 0 0.281
445 SCRI_RS_21080 C T 0 0.081
446 SCRI_RS_219726 C T 3 0.280
447 SCRI_RS_4893 C T 3 0.083
448 BOPA1_12492-541 A G 0 0.341
449 BOPA1_5772-1176 A G 0 0.081
450 3255644|F|0 A T 2 0.421
451 3258448|F|0 C T 9 0.254
452 3259803|F|0 G T 2 0.090
453 3255024|F|0 A G 7 0.148
454 3258392|F|0 A G 2 0.406
455 SCRI_RS_9158 A C 0 0.333
456 3256449|F|0 C T 6 0.085
457 BOPA1_34-472 A G 0 0.289
458 BOPA1_2881-935 A T 0 0.074
459 3255607|F|0 A G 4 0.382
460 3258038|F|0 A G 3 0.068
461 BOPA1_3404-2470 A G 0 0.274
462 BOPA2_12_11144 A G 0 0.333
463 BOPA2_12_31160 A G 0 0.074
464 SCRI_RS_225431 C T 11 0.226
465 BOPA1_6250-1056 A C 0 0.074
466 SCRI_RS_154140 A C 0 0.067
467 SCRI_RS_181300 A G 1 0.209
468 3258882|F|0 A G 5 0.315
469 3262982|F|0 G T 4 0.122
470 3259834|F|0 G T 2 0.346
471 3258027|F|0 A G 11 0.274
472 SCRI_RS_168562 C G 0 0.207
473 SCRI_RS_182326 A G 0 0.363
474 3256370|F|0 C T 8 0.102
475 3258100|F|0 A G 10 0.120
476 SCRI_RS_236623 C T 0 0.326
477 SCRI_RS_144315 A G 0 0.319
478 3259056|F|0 G T 11 0.137
479 3259378|F|0 A T 7 0.445
480 BOPA1_4691-721 A G 0 0.444
481 BOPA2_12_10535 C G 0 0.163
482 SCRI_RS_114255 C T 0 0.104
483 SCRI_RS_135092 C T 1 0.082
484 SCRI_RS_157246 C T 0 0.074
485 SCRI_RS_179987 A C 0 0.111
486 SCRI_RS_197910 C T 0 0.141
487 SCRI_RS_201866 A C 3 0.371
488 SCRI_RS_231869 C T 0 0.163
489 SCRI_RS_236576 A G 0 0.467
490 SCRI_RS_6824 G T 3 0.106
491 3256761|F|0 C G 2 0.173
492 3259565|F|0 C T 2 0.158
493 3261227|F|0 C G 2 0.263
494 SCRI_RS_121048 C G 0 0.207
495 SCRI_RS_170389 A C 0 0.193
496 3258991|F|0 A G 4 0.450
497 SCRI_RS_177788 G T 0 0.274
498 3256136|F|0 A C 2 0.075
499 3260178|F|0 C G 5 0.377
500 SCRI_RS_166168 A G 0 0.156
501 3262803|F|0 A G 2 0.256
502 BOPA1_4578-899 A C 0 0.111
503 SCRI_RS_195200 C T 0 0.459
504 BOPA1_3087-1763 A G 2 0.414
505 BOPA1_9757-582 A T 0 0.156
506 BOPA2_12_30546 A G 0 0.467
507 SCRI_RS_17486 C T 0 0.407
508 3259831|F|0 C T 3 0.220
509 BOPA1_3201-603 A G 0 0.200
510 3260103|F|0 C T 4 0.076
511 SCRI_RS_189168 A G 0 0.215
512 3255716|F|0 A G 8 0.142
513 BOPA2_12_31163 A G 0 0.304
514 SCRI_RS_188218 G T 2 0.361
515 BOPA1_8867-459 A G 0 0.052
516 SCRI_RS_209524 A G 0 0.407
517 SCRI_RS_197263 A G 0 0.074
518 3260971|F|0 C T 3 0.167
519 SCRI_RS_213675 C T 0 0.281
520 3260954|F|0 C T 7 0.156
521 BOPA1_2935-1634 C G 2 0.060
522 SCRI_RS_194371 C T 0 0.230
523 3259952|F|0 C G 5 0.462
524 BOPA1_ABC11290-sfp44-06 A G 0 0.052
525 BOPA1_568-1651 A G 0 0.259
526 BOPA2_12_31319 C G 0 0.489
527 3258143|F|0 C G 3 0.174
528 SCRI_RS_199689 C T 0 0.052
529 SCRI_RS_142282 G T 3 0.265
530 SCRI_RS_130139 C T 3 0.144
531 3256828|F|0 A G 3 0.311
532 BOPA1_3702-982 A G 0 0.111
533 3260292|F|0 A G 3 0.068
534 BOPA1_4499-1364 C G 2 0.105
535 SCRI_RS_145026 C T 0 0.141
536 3256777|F|0 A C 3 0.152
537 3257729|F|0 C G 2 0.143
538 BOPA1_14371-423 C G 0 0.126
539 SCRI_RS_235724 C T 0 0.319
540 3258283|F|0 C G 4 0.412
541 SCRI_RS_78578 C T 0 0.067
542 SCRI_RS_235968 A G 3 0.341
543 3258211|F|0 C T 10 0.072
544 3255958|F|0 C G 2 0.150
545 3262067|F|0 A G 4 0.061
546 3262576|F|0 A G 3 0.212
547 3257202|F|0 A T 7 0.148
548 3257203|F|0 C T 13 0.336
549 3257475|F|0 A G 13 0.402
550 3259727|F|0 G T 4 0.069
551 3260274|F|0 A G 4 0.458
552 3260338|F|0 C G 5 0.177
553 3260415|F|0 A G 7 0.172
554 3260719|F|0 G T 3 0.068
555 3261584|F|0 A C 5 0.408
556 BOPA1_1497-628 A G 0 0.326
557 BOPA1_1270-1263 C G 0 0.052
558 BOPA1_1923-265 A C 0 0.289
559 SCRI_RS_136856 A C 3 0.341
560 SCRI_RS_154646 A C 0 0.415
561 SCRI_RS_188909 A G 0 0.222
562 SCRI_RS_199972 A G 0 0.074
563 SCRI_RS_213539 C T 0 0.074
564 SCRI_RS_236160 A G 0 0.074
565 BOPA1_2711-234 A G 0 0.185
566 SCRI_RS_143810 C T 0 0.178
567 BOPA1_5284-227 C G 0 0.289
568 3261027|F|0 A G 6 0.248
569 BOPA1_4625-1413 A C 2 0.195
570 BOPA2_12_30191 A G 0 0.252
571 SCRI_RS_106754 A G 0 0.170
572 SCRI_RS_141421 A T 0 0.193
573 3259756|F|0 C T 5 0.169
574 BOPA2_12_31181 C G 0 0.163
575 SCRI_RS_201086 C T 0 0.119
576 BOPA1_3786-2204 A G 2 0.113
577 SCRI_RS_146959 C T 0 0.096
578 SCRI_RS_175646 C G 3 0.091
579 BOPA2_12_30532 A G 0 0.126
580 SCRI_RS_192730 A C 0 0.407
581 3256909|F|0 C T 3 0.167
582 BOPA1_10360-563 A C 0 0.237
583 SCRI_RS_173813 C G 3 0.114
584 SCRI_RS_206896 C T 0 0.111
585 3256057|F|0 A G 2 0.195
586 3262351|F|0 C T 6 0.116
587 3262624|F|0 C G 7 0.109
588 SCRI_RS_139733 A G 0 0.163
589 SCRI_RS_153450 C T 0 0.074
590 SCRI_RS_167578 C T 0 0.059
591 3257084|F|0 C G 2 0.060
592 3257313|F|0 G T 2 0.218
593 3257811|F|0 C T 5 0.062
594 3262888|F|0 A T 3 0.220
595 SCRI_RS_238125 C T 3 0.197
596 BOPA2_12_10905 A G 0 0.163
597 3258919|F|0 A G 10 0.136
598 3263092|F|0 C T 2 0.068
599 3262736|F|0 A G 6 0.419
600 3262496|F|0 A G 12 0.220
601 3262692|F|0 C T 6 0.372
602 3257635|F|0 C G 6 0.380
603 3256389|F|0 C G 3 0.061
604 3258091|F|0 G T 3 0.083
605 3261606|F|0 C T 3 0.061
606 3256868|F|0 A G 4 0.099
607 3258303|F|0 A G 10 0.104
608 3254971|F|0 C T 3 0.061
609 3255102|F|0 C G 2 0.120
610 3260482|F|0 A G 3 0.083
611 BOPA1_2633-498 A C 0 0.148
612 BOPA1_557-1297 A G 0 0.059
613 BOPA1_6547-1363 A C 0 0.133
614 3255550|F|0 A G 2 0.338
615 SCRI_RS_224392 C T 0 0.274
616 3256816|F|0 A T 2 0.368
617 3257989|F|0 A G 9 0.349
618 SCRI_RS_127646 C T 0 0.067
619 BOPA1_5283-1090 A G 0 0.141
620 3258545|F|0 C T 6 0.302
621 BOPA1_ConsensusGBS0687-3 C G 0 0.178
622 BOPA1_6026-1949 C G 0 0.370
623 BOPA1_4027-1814 A G 0 0.237
624 BOPA1_5477-757 A G 1 0.336
625 BOPA2_12_11443 A G 0 0.385
626 SCRI_RS_201865 C T 0 0.474
627 SCRI_RS_4522 G T 0 0.215
628 3258685|F|0 C T 8 0.488
629 3258708|F|0 C G 3 0.091
630 3260549|F|0 A G 2 0.451
631 3258247|F|0 A T 3 0.121
632 SCRI_RS_48925 G T 0 0.222
633 BOPA1_4978-1030 A G 0 0.059
634 SCRI_RS_147611 C T 0 0.274
635 SCRI_RS_155758 A G 0 0.267
636 3256736|F|0 C G 2 0.361
637 SCRI_RS_165588 C T 0 0.363
638 BOPA2_12_30403 A G 0 0.185
639 3258137|F|0 A C 10 0.304
640 BOPA2_12_31377 C G 0 0.185
641 SCRI_RS_189967 C T 3 0.280
642 3258744|F|0 A C 9 0.119
643 3260609|F|0 C T 4 0.137
644 3256250|F|0 C T 6 0.078
645 3257782|F|0 C T 11 0.089
646 3261960|F|0 A G 3 0.083
647 BOPA2_12_10207 A G 0 0.200
648 BOPA2_12_10693 A G 0 0.178
649 SCRI_RS_160475 A G 0 0.148
650 SCRI_RS_216088 C T 3 0.242
651 3257585|F|0 A G 11 0.298
652 3259278|F|0 G T 2 0.105
653 3262439|F|0 C G 9 0.111
654 3261143|F|0 A G 9 0.238
655 3261149|F|0 C G 4 0.237
656 SCRI_RS_165338 A G 0 0.081
657 SCRI_RS_165476 C T 0 0.081
658 3254818|F|0 A G 6 0.085
659 SCRI_RS_130891 C T 0 0.341
660 SCRI_RS_138629 A G 0 0.378
661 SCRI_RS_150563 C T 0 0.319
662 SCRI_RS_155407 A G 0 0.326
663 SCRI_RS_165886 A G 0 0.215
664 SCRI_RS_166469 C T 0 0.341
665 SCRI_RS_180081 A G 0 0.341
666 SCRI_RS_196448 C T 0 0.104
667 SCRI_RS_206532 A C 0 0.111
668 3262705|F|0 A G 4 0.145
669 3256984|F|0 A G 3 0.144
670 SCRI_RS_207416 C T 0 0.052
671 BOPA1_2572-986 A G 0 0.052
672 3255250|F|0 A T 2 0.075
673 3256258|F|0 C T 3 0.053
674 3255410|F|0 G T 2 0.301
675 3261281|F|0 A G 11 0.306
676 SCRI_RS_13869 G T 0 0.067
677 SCRI_RS_147318 A G 0 0.252
678 SCRI_RS_156009 C G 0 0.304
679 SCRI_RS_165600 A G 0 0.259
680 3262069|F|0 A G 4 0.160
681 SCRI_RS_10956 A G 0 0.081
682 SCRI_RS_150786 C T 0 0.081
683 3258420|F|0 C G 10 0.088
684 BOPA1_9022-543 A G 0 0.274
685 SCRI_RS_214888 A G 0 0.059
686 BOPA1_ABC05061-1-1-159 A C 0 0.326
687 3254838|F|0 A C 8 0.323
688 3254801|F|0 A G 10 0.304
689 3257577|F|0 C T 9 0.294
690 3259782|F|0 C T 9 0.349
691 BOPA1_11454-414 C G 0 0.052
692 SCRI_RS_106142 A C 0 0.319
693 SCRI_RS_149094 A G 0 0.304
694 SCRI_RS_152330 A G 0 0.052
695 SCRI_RS_163142 A G 0 0.348
696 SCRI_RS_165434 A G 0 0.052
697 SCRI_RS_170857 A C 0 0.067
698 SCRI_RS_187051 G T 0 0.326
699 SCRI_RS_236175 C T 0 0.311
700 BOPA1_ConsensusGBS0554-4 A G 0 0.141
701 BOPA1_3639-969 A G 0 0.185
702 SCRI_RS_141322 G T 0 0.370
703 SCRI_RS_161239 G T 0 0.163
704 SCRI_RS_206337 C T 0 0.311
705 SCRI_RS_176006 A G 0 0.059
706 3256806|F|0 A G 5 0.254
707 3261672|F|0 C G 2 0.346
708 BOPA1_4057-2114 A G 0 0.237
709 BOPA1_13095-187 A C 0 0.311
710 BOPA1_5316-739 A G 0 0.207
711 SCRI_RS_196512 A G 0 0.059
712 SCRI_RS_4928 C T 3 0.167
713 SCRI_RS_175218 C G 0 0.296
714 BOPA2_12_30934 A G 3 0.265
715 3255560|F|0 C T 8 0.291
716 3257601|F|0 C T 12 0.285
717 3255773|F|0 A G 6 0.186
718 BOPA2_12_30231 A T 0 0.244
719 SCRI_RS_117283 C T 0 0.222
720 SCRI_RS_150935 C T 8 0.220
721 SCRI_RS_167999 A C 0 0.244
722 3262364|F|0 A C 11 0.145
723 BOPA1_4592-118 A G 0 0.348
724 SCRI_RS_195067 C T 0 0.267
725 BOPA1_3263-2865 A G 0 0.289
726 SCRI_RS_199945 C T 0 0.052
727 BOPA2_12_31446 A G 0 0.193
728 SCRI_RS_142851 C T 0 0.252
729 SCRI_RS_148694 A G 0 0.407
730 SCRI_RS_166806 A G 0 0.230
731 SCRI_RS_187638 C T 6 0.357
732 SCRI_RS_219333 A G 0 0.222
733 SCRI_RS_225720 C T 0 0.274
734 3255919|F|0 C T 2 0.293
735 3257336|F|0 C T 6 0.248
736 SCRI_RS_135585 C T 0 0.215
737 SCRI_RS_163314 C T 0 0.215
738 SCRI_RS_211923 C T 0 0.156
739 3256789|F|0 A C 5 0.100
740 3259264|F|0 C T 8 0.331
741 3261698|F|0 A G 5 0.208
742 BOPA1_2582-767 A G 0 0.067
743 SCRI_RS_128813 C T 0 0.067
744 SCRI_RS_136200 C T 0 0.474
745 SCRI_RS_139708 A C 0 0.207
746 SCRI_RS_148734 G T 0 0.067
747 SCRI_RS_165171 C T 0 0.474
748 SCRI_RS_166816 A G 0 0.467
749 SCRI_RS_173486 C T 0 0.067
750 SCRI_RS_175550 G T 0 0.467
751 SCRI_RS_10642 C T 0 0.244
752 SCRI_RS_122 A G 0 0.170
753 SCRI_RS_146936 C T 0 0.148
754 SCRI_RS_184395 A G 0 0.096
755 3259664|F|0 C T 10 0.152
756 3261990|F|0 C T 7 0.188
757 SCRI_RS_156845 C T 0 0.059
758 SCRI_RS_192440 G T 3 0.341
759 SCRI_RS_227507 A G 0 0.059
760 SCRI_RS_238263 C T 1 0.299
761 3256029|F|0 C T 11 0.274
762 3258269|F|0 C G 8 0.197
763 SCRI_RS_168604 A G 0 0.415
764 SCRI_RS_146997 C T 0 0.274
765 SCRI_RS_175603 C T 0 0.193
766 SCRI_RS_182210 A G 0 0.274
767 SCRI_RS_190048 A C 2 0.271
768 3258901|F|0 C T 4 0.069
769 BOPA1_ABC02329-1-20-250 A G 3 0.159
770 SCRI_RS_13476 A G 0 0.296
771 SCRI_RS_192463 C T 3 0.258
772 SCRI_RS_169758 A T 0 0.252
773 SCRI_RS_187012 A C 0 0.244
774 BOPA1_8930-370 A G 0 0.430
775 SCRI_RS_164876 C T 0 0.452
776 SCRI_RS_213799 A C 0 0.067
777 SCRI_RS_177330 A G 0 0.207
778 3262855|F|0 C T 5 0.138
779 BOPA2_12_30424 A G 0 0.430
780 SCRI_RS_135391 A G 0 0.104
781 SCRI_RS_159503 A G 0 0.111
782 SCRI_RS_162694 A G 0 0.319
783 SCRI_RS_167465 C T 0 0.222
784 SCRI_RS_194134 C T 3 0.152
785 SCRI_RS_224641 C T 0 0.230
786 SCRI_RS_88391 C T 0 0.481
787 3255845|F|0 A G 9 0.452
788 3254856|F|0 C T 12 0.374
789 3255816|F|0 A G 2 0.414
790 3255533|F|0 C G 9 0.262
791 3256485|F|0 C T 12 0.220
792 3262153|F|0 C G 13 0.279
793 SCRI_RS_221776 C T 0 0.356
794 SCRI_RS_141771 C T 0 0.141
795 BOPA1_3453-1974 A G 0 0.244
796 SCRI_RS_103515 C T 0 0.356
797 SCRI_RS_141753 A G 0 0.067
798 BOPA2_12_10430 A G 0 0.059
799 SCRI_RS_173604 A C 0 0.252
800 SCRI_RS_192552 A G 0 0.193
801 3255748|F|0 C T 13 0.172
802 3260208|F|0 C G 3 0.500
803 3258881|F|0 C G 5 0.385
804 BOPA2_12_30155 A G 0 0.119
805 SCRI_RS_204158 A G 1 0.485
806 SCRI_RS_231057 C T 0 0.119
807 SCRI_RS_157480 C T 0 0.200
808 SCRI_RS_605 A G 0 0.304
809 3259459|F|0 A C 13 0.180
810 SCRI_RS_160747 C T 0 0.193
811 SCRI_RS_144545 A C 3 0.379
812 SCRI_RS_159158 G T 0 0.444
813 BOPA2_12_30631 A G 0 0.148
814 SCRI_RS_141564 A G 0 0.304
815 3254726|F|0 G T 12 0.098
816 SCRI_RS_226348 A G 0 0.141
817 3256026|F|0 A G 7 0.055
818 3257494|F|0 A G 13 0.197
819 3257920|F|0 G T 5 0.200
820 3262220|F|0 C T 5 0.077
821 BOPA1_4277-1901 A G 2 0.105
822 SCRI_RS_128162 A G 10 0.232
823 SCRI_RS_152744 A C 0 0.385
824 SCRI_RS_158433 A C 0 0.193
825 SCRI_RS_231806 G T 0 0.400
826 SCRI_RS_155957 A G 3 0.197
827 SCRI_RS_231889 C T 3 0.492
828 3256408|F|0 A C 2 0.075
829 SCRI_RS_194812 G T 0 0.363
830 BOPA1_791-1113 C G 2 0.150
831 BOPA1_ABC01004-sfp18-05 A G 6 0.488
832 BOPA2_12_31284 A G 0 0.089
833 SCRI_RS_106759 C G 0 0.244
834 SCRI_RS_149462 C T 0 0.244
835 SCRI_RS_153226 A T 0 0.067
836 SCRI_RS_154683 C T 0 0.067
837 SCRI_RS_179003 A G 0 0.185
838 3255023|F|0 C G 13 0.090
839 SCRI_RS_185319 C G 0 0.281
840 SCRI_RS_198643 C G 3 0.083
841 SCRI_RS_159228 C G 0 0.296
842 SCRI_RS_150590 C T 0 0.430
843 SCRI_RS_196192 A G 0 0.119
844 3255954|F|0 C T 4 0.069
845 3256001|F|0 A G 3 0.462
846 SCRI_RS_233272 G T 0 0.104
847 3258937|F|0 C G 2 0.150
848 3258798|F|0 G T 4 0.221
849 3258331|F|0 C T 4 0.389
850 3258499|F|0 C T 9 0.079
851 3262925|F|0 C T 3 0.076
852 BOPA2_12_10777 A G 1 0.470
853 SCRI_RS_145190 A G 0 0.259
854 SCRI_RS_153798 A T 0 0.170
855 SCRI_RS_160179 G T 0 0.096
856 SCRI_RS_192386 A G 6 0.062
857 SCRI_RS_205712 C T 0 0.230
858 SCRI_RS_210172 C T 0 0.259
859 3255173|F|0 A C 7 0.117
860 3256555|F|0 A T 13 0.213
861 BOPA2_12_30870 A C 0 0.333
862 BK_13 C T 0 0.356
863 SCRI_RS_196316 A C 3 0.129
864 SCRI_RS_131218 A G 0 0.178
865 SCRI_RS_188893 C T 0 0.178
866 SCRI_RS_143250 A G 0 0.415
867 3255113|F|0 A T 3 0.114
868 3255315|F|0 A G 3 0.129
869 3257170|F|0 C T 5 0.069
870 BOPA1_2646-1277 A G 0 0.148
871 BOPA1_5880-2547 A G 0 0.422
872 SCRI_RS_120529 C T 1 0.127
873 SCRI_RS_173164 C T 0 0.119
874 SCRI_RS_182270 C T 0 0.444
875 SCRI_RS_183655 A G 0 0.126
876 SCRI_RS_186387 A G 0 0.163
877 SCRI_RS_192783 A G 1 0.164
878 SCRI_RS_239882 A G 0 0.156
879 3256022|F|0 C T 9 0.460
880 3259257|F|0 C T 3 0.152
881 3259614|F|0 C G 6 0.124
882 BOPA1_2029-1143 A C 0 0.496
883 SCRI_RS_186448 A C 0 0.281
884 SCRI_RS_115905 C T 0 0.133
885 SCRI_RS_153693 C T 8 0.323
886 SCRI_RS_155612 G T 7 0.312
887 SCRI_RS_115892 A C 2 0.060
888 BOPA1_7747-1056 A G 1 0.104
889 BOPA1_7766-492 A G 2 0.105
890 SCRI_RS_7026 C T 0 0.104
891 3256293|F|0 C T 3 0.083
892 3258308|F|0 A T 5 0.062
893 3262951|F|0 A G 7 0.195
894 BOPA1_7144-973 A C 0 0.378
895 SCRI_RS_140819 A G 0 0.319
896 3255086|F|0 A T 4 0.359
897 3255557|F|0 C T 3 0.068
898 3259491|F|0 A G 3 0.083
899 3262709|F|0 C G 9 0.389
900 BOPA1_5652-419 A G 0 0.052
901 BOPA1_864-594 A G 0 0.052
902 SCRI_RS_110647 C T 0 0.052
903 3260410|F|0 A T 4 0.069
904 3256024|F|0 A C 2 0.218
905 3255981|F|0 A C 2 0.383
906 3257046|F|0 C T 3 0.386
907 BOPA1_816-265 A G 0 0.415
908 BOPA2_12_11452 A G 0 0.178
909 BOPA2_12_30748 A C 0 0.378
910 BOPA2_12_10847 A G 0 0.252
911 SCRI_RS_5552 C T 0 0.481
912 3256699|F|0 A T 11 0.363
913 3261758|F|0 A G 4 0.374
914 SCRI_RS_174935 C G 0 0.081
915 3260104|F|0 A G 6 0.078
916 BOPA1_3709-716 A C 9 0.389
917 SCRI_RS_206586 C T 0 0.081
918 SCRI_RS_120182 C T 0 0.215
919 SCRI_RS_165427 A T 0 0.474
920 SCRI_RS_78277 C T 0 0.215
921 SCRI_RS_89851 A G 0 0.111
922 BOPA1_2964-382 A G 0 0.089
923 BOPA1_ABC03253-1-2-279 C G 0 0.104
924 SCRI_RS_158687 A C 0 0.363
925 SCRI_RS_207244 C T 0 0.111
926 3255719|F|0 C G 4 0.168
927 SCRI_RS_81287 A G 0 0.096
928 BOPA1_6338-682 A C 0 0.259
929 3255887|F|0 A C 4 0.298
930 BOPA1_7623-818 A G 0 0.185
931 BOPA1_1447-464 A G 3 0.227
932 BOPA1_6846-1161 A G 0 0.489
933 BOPA2_12_10296 A G 0 0.052
934 BOPA2_12_30657 A G 0 0.304
935 SCRI_RS_134823 C T 0 0.474
936 SCRI_RS_137093 C T 0 0.326
937 SCRI_RS_167605 A G 0 0.370
938 SCRI_RS_182408 A G 0 0.252
939 SCRI_RS_197357 C T 0 0.370
940 SCRI_RS_212932 A G 0 0.170
941 SCRI_RS_215080 A G 0 0.370
942 3255917|F|0 C T 7 0.086
943 3262409|F|0 G T 13 0.221
944 SCRI_RS_123295 C T 0 0.304
945 3257890|F|0 A G 3 0.462
946 3259136|F|0 C T 3 0.311
947 3262966|F|0 C T 2 0.105
948 3263103|F|0 G T 3 0.318
949 SCRI_RS_135619 A G 0 0.341
950 SCRI_RS_174444 A G 0 0.363
951 BOPA1_4410-284 A C 0 0.170
952 BOPA2_12_30432 A G 0 0.215
953 SCRI_RS_154981 C T 0 0.237
954 SCRI_RS_186954 A C 0 0.348
955 SCRI_RS_215094 C T 0 0.363
956 3258041|F|0 A G 11 0.395
957 3260977|F|0 C G 3 0.273
958 SCRI_RS_177405 C T 0 0.215
959 3257273|F|0 A G 4 0.290
960 BOPA1_2651-1774 A G 0 0.133
961 BOPA1_8512-430 A G 2 0.496
962 SCRI_RS_41263 C T 0 0.281
963 SCRI_RS_229103 C T 0 0.200
964 SCRI_RS_206245 C T 1 0.269
965 3261247|F|0 A G 10 0.104
966 3256377|F|0 C T 8 0.087
967 SCRI_RS_171029 G T 0 0.141
968 3255112|F|0 G T 3 0.076
969 3263085|F|0 C G 3 0.318
970 BOPA2_12_10715 C G 0 0.163
971 3256112|F|0 G T 8 0.252
972 3255144|F|0 C T 12 0.374
973 3257060|F|0 C T 12 0.447
974 3256386|F|0 A G 5 0.092
975 3259130|F|0 A G 6 0.326
976 SCRI_RS_152206 C T 0 0.111
977 3257527|F|0 G T 11 0.089
978 SCRI_RS_14801 C T 0 0.496
979 SCRI_RS_201800 A C 11 0.427
980 BOPA1_4788-672 A G 0 0.156
981 SCRI_RS_237094 G T 0 0.467
982 3256489|F|0 C T 4 0.092
983 SCRI_RS_239231 A G 0 0.133
984 3262011|F|0 G T 8 0.244
985 BOPA2_12_31127 A G 3 0.091
986 3256131|F|0 A T 2 0.105
987 BOPA1_4630-1036 A G 0 0.333
988 3259850|F|0 C G 9 0.056
989 BOPA1_ABC02350-pHv759-04 A G 4 0.153
990 BOPA2_12_30703 A G 0 0.052
991 SCRI_RS_126877 A G 0 0.133
992 SCRI_RS_158928 A G 0 0.281
993 SCRI_RS_198460 C T 0 0.111