-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
Expand file tree
/
Copy pathSBCC_9K_SNPs.log
More file actions
8465 lines (8465 loc) · 258 KB
/
SBCC_9K_SNPs.log
File metadata and controls
8465 lines (8465 loc) · 258 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
# MAXMISSINGRATIO=0.1 MISSINGVALUE=0
# total samples in SBCC_order.txt: 135
# creating SBCC_9K_SNPs.annot.tsv
# skip sample SBCC038
# skip sample SBCC138
# total valid samples: 135
# snpname allele1 allele2 missing MAF
1 BOPA1_2511-533 A G 0 0.052
2 BOPA1_3107-422 A G 0 0.096
3 BOPA1_8670-388 C G 0 0.104
4 BOPA2_12_10420 A C 0 0.467
5 BOPA2_12_30653 A G 0 0.230
6 BOPA2_12_30968 C G 0 0.015
7 BOPA2_12_30969 A G 0 0.496
8 SCRI_RS_169369 C T 0 0.030
9 SCRI_RS_180989 A G 3 0.167
10 3255561|F|0 A G 4 0.053
11 3256733|F|0 A G 12 0.057
12 BOPA1_7174-365 C G 0 0.311
13 SCRI_RS_120053 C T 0 0.119
14 SCRI_RS_120059 C T 0 0.119
15 SCRI_RS_142714 A G 0 0.156
16 3256686|F|0 C G 8 0.496
17 SCRI_RS_82277 C T 0 0.452
18 3262838|F|0 C T 4 0.099
19 3256645|F|0 A G 2 0.060
20 BOPA1_6195-2137 A G 0 0.489
21 BOPA2_12_30715 A C 0 0.244
22 SCRI_RS_113745 C T 0 0.400
23 BOPA1_3220-723 A C 0 0.185
24 BOPA2_12_30944 A C 0 0.274
25 SCRI_RS_107687 G T 0 0.215
26 SCRI_RS_161137 C T 3 0.455
27 3254693|F|0 A C 4 0.137
28 3262450|F|0 A C 3 0.053
29 BOPA2_12_10636 A G 0 0.126
30 SCRI_RS_139538 C T 4 0.099
31 SCRI_RS_149683 C T 4 0.092
32 SCRI_RS_194326 C G 0 0.074
33 SCRI_RS_206684 A G 3 0.242
34 SCRI_RS_207257 A G 0 0.326
35 SCRI_RS_232577 C T 2 0.414
36 SCRI_RS_60293 A G 3 0.303
37 SCRI_RS_66630 A G 3 0.477
38 BOPA1_3101-111 A G 0 0.415
39 SCRI_RS_60145 C T 0 0.289
40 BOPA2_12_11011 A G 0 0.022
41 BOPA2_12_30933 A G 0 0.022
42 SCRI_RS_198544 A G 0 0.333
43 3257340|F|0 A C 9 0.040
44 3259027|F|0 G T 4 0.115
45 BOPA1_6949-895 A G 0 0.119
46 BOPA1_7372-1253 A G 0 0.378
47 SCRI_RS_162524 A G 0 0.467
48 SCRI_RS_1929 A C 2 0.158
49 SCRI_RS_184274 A C 0 0.156
50 SCRI_RS_224686 C T 3 0.098
51 3254920|F|0 A G 7 0.016
52 BOPA2_12_30918 A G 0 0.311
53 BOPA2_12_30919 A G 0 0.222
54 BOPA2_12_30950 A G 0 0.096
55 BOPA2_12_30952 A T 0 0.007
56 BOPA2_12_31149 A G 0 0.022
57 SCRI_RS_119312 A C 1 0.284
58 SCRI_RS_165792 A C 0 0.459
59 SCRI_RS_222250 A G 0 0.281
60 SCRI_RS_148560 G T 0 0.437
61 3255216|F|0 A G 8 0.126
62 3256790|F|0 A G 7 0.328
63 3258773|F|0 G T 2 0.060
64 3255191|F|0 C T 10 0.016
65 3256681|F|0 A G 3 0.061
66 BOPA2_12_30588 A G 3 0.023
67 SCRI_RS_148733 A G 0 0.274
68 SCRI_RS_164150 C T 0 0.178
69 3260457|F|0 C T 10 0.344
70 3255400|F|0 C G 6 0.093
71 3255940|F|0 A G 2 0.068
72 SCRI_RS_182656 A G 0 0.178
73 3257148|F|0 G T 12 0.106
74 SCRI_RS_157757 A G 3 0.295
75 SCRI_RS_3336 A C 5 0.362
76 SCRI_RS_205669 C T 6 0.016
77 3262073|F|0 A G 7 0.109
78 BOPA1_4473-309 A G 5 0.069
79 BOPA2_12_30948 A C 0 0.244
80 SCRI_RS_13972 A G 0 0.015
81 SCRI_RS_152464 C G 0 0.244
82 3256896|F|0 G T 8 0.008
83 SCRI_RS_139220 A G 2 0.353
84 SCRI_RS_128285 C T 0 0.252
85 SCRI_RS_232660 C T 13 0.213
86 BOPA1_10922-503 A G 0 0.496
87 BOPA1_2496-1916 A G 0 0.348
88 SCRI_RS_141877 G T 2 0.075
89 SCRI_RS_189506 A G 5 0.392
90 3255649|F|0 C T 3 0.083
91 BOPA1_6792-1945 A G 1 0.336
92 BOPA2_12_30876 A G 0 0.148
93 BOPA2_12_30877 C G 0 0.052
94 SCRI_RS_124926 C T 0 0.407
95 SCRI_RS_14227 C T 0 0.326
96 SCRI_RS_169091 C T 1 0.478
97 SCRI_RS_182603 A C 0 0.489
98 SCRI_RS_217160 A G 0 0.215
99 SCRI_RS_235243 G T 0 0.393
100 3258865|F|0 A G 6 0.333
101 3255957|F|0 A G 4 0.038
102 BOPA1_2901-1137 A G 0 0.156
103 SCRI_RS_151047 C T 0 0.200
104 SCRI_RS_171221 G T 0 0.215
105 BOPA1_4226-570 A G 0 0.393
106 BOPA2_12_30241 A C 3 0.068
107 SCRI_RS_122490 A G 0 0.207
108 SCRI_RS_138043 C T 0 0.444
109 SCRI_RS_150226 A C 0 0.148
110 SCRI_RS_153360 C T 0 0.393
111 SCRI_RS_88375 A G 0 0.156
112 SCRI_RS_123187 C T 0 0.074
113 BOPA1_5318-436 A C 0 0.230
114 3256110|F|0 C G 3 0.265
115 3261945|F|0 A G 6 0.326
116 3260829|F|0 C T 8 0.126
117 BOPA1_5194-1118 C G 0 0.341
118 BOPA1_6081-850 A C 0 0.459
119 SCRI_RS_117492 A G 0 0.185
120 SCRI_RS_154811 C T 3 0.121
121 SCRI_RS_155382 C T 0 0.259
122 SCRI_RS_176084 C G 12 0.171
123 3258705|F|0 C T 10 0.056
124 3259986|F|0 C T 4 0.389
125 3258532|F|0 C T 8 0.055
126 3256242|F|0 A C 3 0.061
127 SCRI_RS_239784 A G 1 0.149
128 3259562|F|0 A G 5 0.077
129 BOPA2_12_31276 A C 1 0.433
130 SCRI_RS_230133 A G 0 0.067
131 3255931|F|0 C T 3 0.023
132 3256342|F|0 C G 2 0.083
133 3256721|F|0 A G 2 0.195
134 3254725|F|0 A T 2 0.090
135 3257507|F|0 A T 2 0.203
136 3261999|F|0 A G 6 0.124
137 BOPA1_5346-1587 A G 0 0.319
138 SCRI_RS_161702 A G 0 0.074
139 3257611|F|0 C T 6 0.318
140 3262710|F|0 C T 7 0.328
141 3256483|F|0 C G 5 0.254
142 BOPA1_2151-1310 A G 2 0.150
143 BOPA2_12_31177 A G 0 0.467
144 BOPA1_6238-243 A T 0 0.296
145 BOPA2_12_11498 A G 0 0.037
146 SCRI_RS_198854 C T 3 0.015
147 SCRI_RS_222748 A G 0 0.015
148 BOPA2_12_30336 A G 0 0.481
149 SCRI_RS_114047 A G 0 0.415
150 SCRI_RS_193392 C G 0 0.089
151 BOPA2_12_30817 A G 0 0.022
152 3255744|F|0 C G 2 0.075
153 SCRI_RS_153785 G T 1 0.485
154 SCRI_RS_189197 A T 3 0.235
155 SCRI_RS_189483 A G 0 0.237
156 SCRI_RS_230987 A C 0 0.230
157 3262329|F|0 A G 4 0.168
158 SCRI_RS_140837 A G 0 0.363
159 SCRI_RS_170869 A G 0 0.326
160 SCRI_RS_170878 A G 3 0.470
161 SCRI_RS_184784 C T 0 0.022
162 BOPA1_5381-1950 A G 0 0.467
163 SCRI_RS_189637 C T 0 0.304
164 SCRI_RS_205816 C T 3 0.242
165 SCRI_RS_160545 A G 0 0.289
166 BOPA1_2314-1412 A G 0 0.341
167 SCRI_RS_11615 C T 0 0.222
168 SCRI_RS_147042 C T 0 0.400
169 SCRI_RS_183171 C T 0 0.081
170 BOPA1_6382-396 A G 0 0.037
171 3256720|F|0 C T 5 0.308
172 BOPA1_409-1643 A G 0 0.400
173 SCRI_RS_141140 G T 0 0.081
174 SCRI_RS_187264 A T 0 0.081
175 BOPA1_3277-446 A G 0 0.081
176 BOPA1_6720-641 A G 0 0.044
177 3256371|F|0 C G 2 0.353
178 BOPA1_3751-1136 C G 0 0.489
179 SCRI_RS_214559 A G 0 0.215
180 SCRI_RS_132461 A G 0 0.341
181 SCRI_RS_199178 C T 0 0.430
182 SCRI_RS_199179 G T 11 0.371
183 SCRI_RS_9480 C T 0 0.341
184 3259485|F|0 A G 3 0.045
185 BOPA2_12_10314 A C 0 0.193
186 3256981|F|0 A G 6 0.062
187 3255784|F|0 A G 9 0.159
188 3259769|F|0 A G 5 0.038
189 3254879|F|0 A T 7 0.047
190 BOPA1_3710-852 A G 0 0.126
191 BOPA1_2407-1771 A G 0 0.400
192 BOPA2_12_30683 A G 0 0.170
193 SCRI_RS_221759 C T 4 0.427
194 3258075|F|0 A G 4 0.275
195 BOPA1_2265-363 A G 0 0.089
196 BOPA2_12_31467 A G 0 0.200
197 SCRI_RS_151764 C T 0 0.170
198 SCRI_RS_182631 A G 0 0.370
199 SCRI_RS_188937 C T 0 0.370
200 3261635|F|0 C T 4 0.069
201 3258413|F|0 A C 7 0.461
202 BOPA1_ABC12199-1-1-25 A G 0 0.074
203 BOPA2_12_10491 A G 0 0.052
204 BOPA2_12_30796 A G 0 0.385
205 BOPA2_12_10235 A C 0 0.385
206 3255793|F|0 G T 3 0.470
207 3256743|F|0 C G 2 0.053
208 3258174|F|0 C T 2 0.353
209 BOPA1_5798-867 A C 0 0.096
210 SCRI_RS_160916 A G 0 0.385
211 SCRI_RS_170542 C T 0 0.096
212 3262551|F|0 C T 9 0.365
213 BOPA1_8166-525 A G 0 0.378
214 BOPA1_ABC02639-1-4-370 A G 2 0.474
215 BOPA1_5019-879 A G 0 0.400
216 BOPA2_12_11301 A G 0 0.067
217 BOPA1_ConsensusGBS0342-1 A G 0 0.393
218 BOPA2_12_10159 A C 0 0.311
219 BOPA2_12_31381 A G 0 0.407
220 SCRI_RS_139785 C T 0 0.467
221 SCRI_RS_149971 A G 0 0.030
222 SCRI_RS_17924 G T 0 0.400
223 SCRI_RS_216058 A G 0 0.015
224 SCRI_RS_82327 A C 0 0.393
225 3261715|F|0 A G 3 0.417
226 3257970|F|0 A G 13 0.057
227 BOPA2_12_30438 A G 0 0.311
228 BOPA1_8613-278 A C 1 0.015
229 BOPA1_3217-929 A G 2 0.496
230 BOPA2_12_30306 A G 1 0.067
231 BOPA2_12_11209 C G 0 0.059
232 3255000|F|0 A G 3 0.038
233 3255271|F|0 A T 3 0.038
234 3254767|F|0 A G 7 0.359
235 3255319|F|0 A T 5 0.285
236 3255531|F|0 A G 5 0.285
237 3262947|F|0 A T 3 0.045
238 3257895|F|0 A C 3 0.288
239 3261656|F|0 A G 4 0.038
240 3257786|F|0 C G 12 0.041
241 3261371|F|0 C G 6 0.163
242 3257013|F|0 G T 8 0.370
243 3257364|F|0 A G 12 0.455
244 3256638|F|0 A G 3 0.288
245 BOPA1_3444-1044 A G 0 0.400
246 BOPA1_ABC11913-1-1-104 C G 0 0.052
247 BOPA1_ABC14148-1-1-177 A G 0 0.059
248 BOPA1_1866-866 A C 0 0.052
249 BOPA1_2851-848 A G 0 0.489
250 BOPA1_4163-1786 A G 0 0.052
251 BOPA1_7090-1260 A G 0 0.052
252 BOPA2_12_10300 A G 0 0.052
253 BOPA2_12_30043 A G 0 0.052
254 BOPA2_12_30404 A C 0 0.052
255 BOPA2_12_30562 A G 0 0.052
256 BOPA2_12_31208 C G 0 0.348
257 SCRI_RS_193640 A G 0 0.489
258 SCRI_RS_85917 A G 0 0.481
259 SCRI_RS_85918 A G 0 0.481
260 3256462|F|0 A G 12 0.163
261 BOPA1_4020-643 A T 0 0.348
262 SCRI_RS_213103 C T 0 0.348
263 3258601|F|0 A T 2 0.053
264 3255994|F|0 C T 11 0.048
265 SCRI_RS_124377 A G 0 0.348
266 SCRI_RS_138691 A G 0 0.052
267 SCRI_RS_143927 A G 0 0.348
268 SCRI_RS_186830 C T 0 0.348
269 SCRI_RS_189586 C T 0 0.348
270 BOPA1_ConsensusGBS0371-2 A G 0 0.015
271 BOPA1_8224-561 A G 0 0.178
272 BOPA1_8717-244 A G 0 0.319
273 BOPA2_12_10938 C G 0 0.044
274 BOPA2_12_30592 A C 0 0.015
275 SCRI_RS_125407 A G 0 0.015
276 SCRI_RS_132604 C T 0 0.274
277 SCRI_RS_134850 C T 0 0.081
278 SCRI_RS_141511 A G 0 0.489
279 SCRI_RS_141598 C T 0 0.015
280 SCRI_RS_155439 C G 0 0.163
281 SCRI_RS_172170 A G 0 0.104
282 SCRI_RS_189248 A G 0 0.104
283 SCRI_RS_236235 C T 0 0.348
284 SCRI_RS_7197 A G 0 0.274
285 SCRI_RS_7813 C T 0 0.015
286 3257965|F|0 A G 3 0.273
287 3255542|F|0 A T 3 0.242
288 3259299|F|0 C G 2 0.241
289 3261977|F|0 C T 11 0.242
290 3258774|F|0 A G 9 0.230
291 3258895|F|0 A C 8 0.378
292 3259031|F|0 C T 7 0.055
293 3261344|F|0 A G 3 0.053
294 3255402|F|0 A G 5 0.423
295 SCRI_RS_130590 A G 3 0.015
296 3261160|F|0 C G 2 0.135
297 SCRI_RS_122889 A G 0 0.015
298 SCRI_RS_116685 A C 0 0.089
299 SCRI_RS_151874 A G 0 0.015
300 SCRI_RS_160466 C T 0 0.015
301 SCRI_RS_163127 A C 1 0.097
302 SCRI_RS_189898 C T 0 0.015
303 SCRI_RS_189920 A G 0 0.015
304 SCRI_RS_219043 C T 0 0.015
305 SCRI_RS_229932 C T 0 0.015
306 3259698|F|0 C T 13 0.074
307 BOPA1_4793-777 A G 0 0.059
308 3255519|F|0 A C 2 0.015
309 3259482|F|0 C G 10 0.160
310 3260505|F|0 C G 10 0.152
311 BOPA2_12_11169 A G 0 0.096
312 BOPA2_12_31134 A G 0 0.104
313 3259527|F|0 A C 10 0.024
314 BOPA1_ABC13652-1-2-156 A G 0 0.481
315 BOPA1_5297-796 A G 0 0.133
316 3259118|F|0 A C 4 0.137
317 3255240|F|0 C T 3 0.106
318 3255467|F|0 A G 3 0.038
319 3259405|F|0 C T 10 0.064
320 3262999|F|0 C T 3 0.015
321 BOPA1_7800-594 C G 0 0.081
322 BOPA2_12_30350 A G 0 0.052
323 BOPA2_12_30750 A G 0 0.037
324 SCRI_RS_14834 A T 0 0.244
325 SCRI_RS_148600 A G 0 0.037
326 SCRI_RS_152642 A G 0 0.037
327 SCRI_RS_153434 A T 2 0.068
328 SCRI_RS_158003 C T 0 0.089
329 SCRI_RS_204810 C T 3 0.053
330 SCRI_RS_221609 G T 0 0.037
331 BOPA2_12_30110 A G 0 0.059
332 3256818|F|0 A C 3 0.076
333 BOPA1_3689-1101 A G 0 0.052
334 BOPA1_4716-1205 A T 0 0.067
335 BOPA2_12_30406 A G 3 0.068
336 BOPA2_12_30694 A G 0 0.059
337 3259801|F|0 A C 6 0.302
338 3254750|F|0 A G 10 0.048
339 3263019|F|0 A G 3 0.068
340 3256749|F|0 C T 9 0.325
341 BOPA1_ABC15349-1-1-162 C G 3 0.311
342 SCRI_RS_118168 A T 0 0.304
343 SCRI_RS_17256 A G 3 0.053
344 BOPA1_7284-710 A G 0 0.481
345 SCRI_RS_153733 A G 0 0.059
346 SCRI_RS_109060 C T 0 0.311
347 BOPA2_12_30348 A G 0 0.341
348 BOPA2_12_30478 A G 0 0.081
349 BOPA2_12_30499 A G 0 0.081
350 BOPA1_8743-197 C G 0 0.037
351 BOPA2_12_30672 A C 0 0.474
352 BOPA2_12_30786 C G 0 0.489
353 SCRI_RS_119743 C T 0 0.474
354 3261329|F|0 A G 13 0.041
355 SCRI_RS_198546 A C 0 0.104
356 3257490|F|0 C T 3 0.235
357 BOPA2_12_30243 A G 0 0.207
358 BOPA1_ABC10636-1-4-285 C G 0 0.237
359 BOPA2_12_30710 A G 0 0.459
360 SCRI_RS_161643 C T 0 0.407
361 SCRI_RS_167877 A G 0 0.015
362 3255949|F|0 C T 6 0.279
363 3263171|F|0 C T 3 0.068
364 BOPA1_2577-1122 A G 2 0.271
365 3257354|F|0 A C 3 0.167
366 BOPA2_12_10198 A G 0 0.444
367 BOPA1_6118-595 A G 0 0.422
368 BOPA2_12_30343 A G 0 0.237
369 3261233|F|0 C G 2 0.105
370 BOPA1_5402-929 A G 0 0.074
371 BOPA1_8486-1964 C G 0 0.111
372 SCRI_RS_56976 C T 3 0.371
373 SCRI_RS_156506 A G 0 0.126
374 SCRI_RS_1445 C T 0 0.356
375 SCRI_RS_207335 C T 0 0.237
376 SCRI_RS_193401 A C 0 0.363
377 3257024|F|0 C G 4 0.130
378 3255880|F|0 C T 2 0.075
379 3260551|F|0 C T 3 0.470
380 3258765|F|0 A G 2 0.143
381 3256979|F|0 G T 3 0.235
382 3258982|F|0 A G 4 0.435
383 3259982|F|0 C T 4 0.099
384 SCRI_RS_100503 C T 0 0.037
385 3255083|F|0 C T 3 0.083
386 3255673|F|0 A G 6 0.062
387 BOPA1_1190-86 A G 0 0.437
388 SCRI_RS_138118 C T 0 0.081
389 SCRI_RS_165072 C T 0 0.081
390 SCRI_RS_201072 C G 0 0.081
391 SCRI_RS_225107 C T 0 0.037
392 3261444|F|0 A G 12 0.041
393 SCRI_RS_145305 A C 0 0.074
394 SCRI_RS_207081 C T 0 0.074
395 SCRI_RS_213455 G T 0 0.037
396 SCRI_RS_229636 C T 3 0.038
397 SCRI_RS_907 G T 3 0.076
398 BOPA2_12_10201 A C 0 0.430
399 SCRI_RS_130666 A C 0 0.081
400 3258976|F|0 G T 3 0.083
401 SCRI_RS_121978 C T 0 0.119
402 BOPA1_3845-1089 A G 0 0.037
403 BOPA1_5790-558 C G 2 0.421
404 3257720|F|0 C T 3 0.068
405 3258816|F|0 C G 2 0.105
406 BOPA2_12_30821 C G 3 0.114
407 SCRI_RS_211274 A G 0 0.111
408 3263101|F|0 A G 4 0.206
409 SCRI_RS_152795 A G 0 0.067
410 SCRI_RS_236104 A G 0 0.081
411 3255700|F|0 C T 9 0.238
412 3256734|F|0 A G 7 0.070
413 BOPA1_1857-64 C G 0 0.496
414 3259499|F|0 A G 3 0.379
415 3262733|F|0 A G 2 0.429
416 SCRI_RS_192779 A G 0 0.081
417 SCRI_RS_21483 A C 0 0.089
418 3257701|F|0 C G 11 0.355
419 3260841|F|0 G T 3 0.447
420 BOPA2_12_30753 A G 0 0.119
421 SCRI_RS_182431 A G 0 0.081
422 SCRI_RS_237999 A G 0 0.030
423 3257936|F|0 A G 2 0.015
424 SCRI_RS_118785 C T 0 0.326
425 SCRI_RS_2945 A C 0 0.326
426 3262675|F|0 C G 3 0.371
427 3257544|F|0 A T 2 0.323
428 BOPA1_4178-1592 A G 0 0.422
429 BOPA1_5768-469 A G 0 0.378
430 BOPA1_ABC01838-2-2-322 A G 2 0.353
431 BOPA2_12_30304 A G 3 0.356
432 SCRI_RS_12873 A G 0 0.430
433 3254922|F|0 C G 2 0.053
434 3258573|F|0 A G 5 0.408
435 3259576|F|0 C T 3 0.485
436 3257702|F|0 A G 6 0.357
437 3258357|F|0 A G 12 0.163
438 3261655|F|0 A G 5 0.138
439 SCRI_RS_132028 C T 0 0.252
440 3255419|F|0 A G 6 0.233
441 BOPA1_2459-237 A G 0 0.385
442 BOPA2_12_31179 C G 0 0.356
443 SCRI_RS_231735 A C 0 0.230
444 SCRI_RS_236551 A G 1 0.351
445 3257919|F|0 C T 11 0.056
446 3255241|F|0 C T 4 0.427
447 3257431|F|0 C T 2 0.053
448 BOPA1_9638-619 A T 2 0.030
449 BOPA2_12_10313 C G 0 0.030
450 SCRI_RS_194015 C T 0 0.067
451 BOPA1_2877-867 A G 2 0.068
452 SCRI_RS_180349 A G 0 0.067
453 BOPA2_12_30477 A T 0 0.304
454 SCRI_RS_116661 A G 3 0.098
455 SCRI_RS_151228 C T 0 0.407
456 SCRI_RS_151894 A G 1 0.388
457 SCRI_RS_160500 A G 0 0.415
458 SCRI_RS_170810 A G 4 0.237
459 SCRI_RS_188820 C T 0 0.096
460 SCRI_RS_204611 C T 1 0.388
461 SCRI_RS_239686 C T 0 0.296
462 SCRI_RS_85391 A G 3 0.068
463 3255368|F|0 A G 6 0.008
464 BOPA1_11603-445 C G 0 0.067
465 BOPA1_3675-2615 A G 0 0.267
466 BOPA1_7299-183 A G 0 0.081
467 SCRI_RS_219685 C T 0 0.259
468 BOPA2_12_31099 A G 0 0.044
469 SCRI_RS_120605 C T 0 0.081
470 SCRI_RS_206795 C T 0 0.319
471 3263051|F|0 A G 8 0.079
472 SCRI_RS_175487 G T 0 0.081
473 3262876|F|0 C T 7 0.297
474 3262581|F|0 C G 3 0.091
475 BOPA1_ABC16273-1-1-48 C G 0 0.081
476 BOPA1_10070-1435 A G 0 0.230
477 3259029|F|0 A C 8 0.079
478 BOPA2_12_30295 A T 0 0.096
479 BOPA2_12_31464 A T 0 0.222
480 3260768|F|0 C G 13 0.172
481 SCRI_RS_133886 C T 0 0.081
482 SCRI_RS_157039 A G 1 0.075
483 BOPA2_12_10166 A G 1 0.187
484 SCRI_RS_159201 G K 0 0.022
485 3256121|F|0 A G 9 0.063
486 3260690|F|0 A G 3 0.068
487 BOPA2_12_30298 A G 0 0.148
488 BOPA2_12_30505 A T 0 0.067
489 SCRI_RS_195238 C T 3 0.076
490 BOPA2_12_30742 A G 0 0.141
491 BOPA1_1670-369 A G 0 0.007
492 BOPA2_12_10206 A G 0 0.119
493 3255118|F|0 C T 4 0.107
494 BOPA1_4665-882 A G 0 0.126
495 3262778|F|0 G T 10 0.072
496 BOPA1_2036-1027 A G 0 0.067
497 BOPA2_12_30147 A G 1 0.052
498 SCRI_RS_138527 C T 3 0.083
499 SCRI_RS_151244 A G 0 0.096
500 SCRI_RS_160234 G T 1 0.209
501 SCRI_RS_183588 A G 0 0.244
502 SCRI_RS_188360 C T 0 0.259
503 SCRI_RS_823 A G 0 0.096
504 3255610|F|0 C T 4 0.252
505 3259274|F|0 A G 3 0.061
506 3255522|F|0 C G 4 0.130
507 3255612|F|0 G T 2 0.271
508 3261781|F|0 C T 3 0.015
509 3256950|F|0 C T 4 0.061
510 3263162|F|0 C T 4 0.115
511 SCRI_RS_153727 G T 0 0.311
512 SCRI_RS_196439 A G 13 0.213
513 BOPA1_6655-978 C G 0 0.081
514 BOPA1_1016-376 A G 2 0.015
515 SCRI_RS_1473 C T 0 0.304
516 SCRI_RS_169123 G T 3 0.121
517 BOPA2_12_11267 A G 0 0.356
518 BOPA2_12_30498 A G 0 0.007
519 3262085|F|0 C T 10 0.248
520 3258786|F|0 A G 5 0.038
521 3259759|F|0 A G 8 0.323
522 SCRI_RS_156208 A G 0 0.281
523 SCRI_RS_21080 C T 0 0.081
524 SCRI_RS_219726 C T 3 0.280
525 SCRI_RS_4893 C T 3 0.083
526 BOPA1_12492-541 A G 0 0.341
527 BOPA1_5772-1176 A G 0 0.081
528 3261364|F|0 A G 8 0.016
529 3259368|F|0 A G 4 0.046
530 3255644|F|0 A T 2 0.421
531 3258448|F|0 C T 9 0.254
532 3262731|F|0 A G 4 0.031
533 SCRI_RS_181353 C T 0 0.037
534 3259803|F|0 G T 2 0.090
535 3258650|F|0 A G 7 0.016
536 SCRI_RS_125339 A G 0 0.015
537 3255024|F|0 A G 7 0.148
538 3258392|F|0 A G 2 0.406
539 SCRI_RS_9158 A C 0 0.333
540 3256449|F|0 C T 6 0.085
541 BOPA1_34-472 A G 0 0.289
542 BOPA1_2881-935 A T 0 0.074
543 3255607|F|0 A G 4 0.382
544 3258038|F|0 A G 3 0.068
545 BOPA1_3404-2470 A G 0 0.274
546 BOPA2_12_11144 A G 0 0.333
547 BOPA2_12_31160 A G 0 0.074
548 SCRI_RS_225431 C T 11 0.226
549 BOPA1_6250-1056 A C 0 0.074
550 SCRI_RS_154140 A C 0 0.067
551 SCRI_RS_181300 A G 1 0.209
552 3258882|F|0 A G 5 0.315
553 3262982|F|0 G T 4 0.122
554 3259834|F|0 G T 2 0.346
555 3258027|F|0 A G 11 0.274
556 SCRI_RS_139690 A G 0 0.007
557 SCRI_RS_168562 C G 0 0.207
558 SCRI_RS_182326 A G 0 0.363
559 3256370|F|0 C T 8 0.102
560 3258100|F|0 A G 10 0.120
561 SCRI_RS_236623 C T 0 0.326
562 SCRI_RS_144315 A G 0 0.319
563 3259056|F|0 G T 11 0.137
564 3259378|F|0 A T 7 0.445
565 BOPA1_4691-721 A G 0 0.444
566 BOPA2_12_10535 C G 0 0.163
567 SCRI_RS_114255 C T 0 0.104
568 SCRI_RS_135092 C T 1 0.082
569 SCRI_RS_157246 C T 0 0.074
570 SCRI_RS_179987 A C 0 0.111
571 SCRI_RS_197910 C T 0 0.141
572 SCRI_RS_201866 A C 3 0.371
573 SCRI_RS_231869 C T 0 0.163
574 SCRI_RS_236576 A G 0 0.467
575 SCRI_RS_6824 G T 3 0.106
576 3256761|F|0 C G 2 0.173
577 3259565|F|0 C T 2 0.158
578 3255055|F|0 A G 5 0.015
579 3261227|F|0 C G 2 0.263
580 SCRI_RS_121048 C G 0 0.207
581 SCRI_RS_170389 A C 0 0.193
582 3258991|F|0 A G 4 0.450
583 SCRI_RS_177788 G T 0 0.274
584 3256136|F|0 A C 2 0.075
585 3260178|F|0 C G 5 0.377
586 SCRI_RS_166168 A G 0 0.156
587 3262803|F|0 A G 2 0.256
588 BOPA1_4578-899 A C 0 0.111
589 SCRI_RS_195200 C T 0 0.459
590 BOPA1_3087-1763 A G 2 0.414
591 BOPA1_9757-582 A T 0 0.156
592 BOPA2_12_30546 A G 0 0.467
593 SCRI_RS_17486 C T 0 0.407
594 3259831|F|0 C T 3 0.220
595 BOPA1_3201-603 A G 0 0.200
596 3254995|F|0 A C 2 0.015
597 3260103|F|0 C T 4 0.076
598 SCRI_RS_189168 A G 0 0.215
599 3255716|F|0 A G 8 0.142
600 BOPA2_12_31163 A G 0 0.304
601 SCRI_RS_188218 G T 2 0.361
602 BOPA1_8867-459 A G 0 0.052
603 SCRI_RS_209524 A G 0 0.407
604 SCRI_RS_197263 A G 0 0.074
605 3260971|F|0 C T 3 0.167
606 SCRI_RS_213675 C T 0 0.281
607 3260954|F|0 C T 7 0.156
608 3259317|F|0 A G 11 0.048
609 3260216|F|0 C G 2 0.038
610 BOPA1_2935-1634 C G 2 0.060
611 SCRI_RS_194371 C T 0 0.230
612 3259952|F|0 C G 5 0.462
613 BOPA1_ABC11290-sfp44-06 A G 0 0.052
614 BOPA1_568-1651 A G 0 0.259
615 3257240|F|0 A G 7 0.047
616 BOPA2_12_31319 C G 0 0.489
617 3258143|F|0 C G 3 0.174
618 SCRI_RS_199689 C T 0 0.052
619 SCRI_RS_142282 G T 3 0.265
620 SCRI_RS_130139 C T 3 0.144
621 3256828|F|0 A G 3 0.311
622 BOPA1_3702-982 A G 0 0.111
623 3260292|F|0 A G 3 0.068
624 BOPA1_4499-1364 C G 2 0.105
625 SCRI_RS_145026 C T 0 0.141
626 3256777|F|0 A C 3 0.152
627 3257729|F|0 C G 2 0.143
628 BOPA1_14371-423 C G 0 0.126
629 SCRI_RS_235724 C T 0 0.319
630 3258283|F|0 C G 4 0.412
631 SCRI_RS_78578 C T 0 0.067
632 SCRI_RS_235968 A G 3 0.341
633 3258211|F|0 C T 10 0.072
634 3255958|F|0 C G 2 0.150
635 3262067|F|0 A G 4 0.061
636 3262576|F|0 A G 3 0.212
637 3257202|F|0 A T 7 0.148
638 3257203|F|0 C T 13 0.336
639 3257475|F|0 A G 13 0.402
640 3259727|F|0 G T 4 0.069
641 3260274|F|0 A G 4 0.458
642 3260338|F|0 C G 5 0.177
643 3260415|F|0 A G 7 0.172
644 3260719|F|0 G T 3 0.068
645 3261584|F|0 A C 5 0.408
646 BOPA1_1497-628 A G 0 0.326
647 BOPA1_1270-1263 C G 0 0.052
648 BOPA1_1923-265 A C 0 0.289
649 SCRI_RS_136856 A C 3 0.341
650 SCRI_RS_154646 A C 0 0.415
651 SCRI_RS_188909 A G 0 0.222
652 SCRI_RS_199972 A G 0 0.074
653 SCRI_RS_213539 C T 0 0.074
654 SCRI_RS_236160 A G 0 0.074
655 BOPA1_2711-234 A G 0 0.185
656 SCRI_RS_143810 C T 0 0.178
657 SCRI_RS_171501 C T 2 0.038
658 BOPA1_5284-227 C G 0 0.289
659 3261027|F|0 A G 6 0.248
660 BOPA1_4625-1413 A C 2 0.195
661 BOPA2_12_30191 A G 0 0.252
662 SCRI_RS_106752 C T 0 0.030
663 SCRI_RS_106754 A G 0 0.170
664 SCRI_RS_141421 A T 0 0.193
665 SCRI_RS_206759 C T 0 0.030
666 SCRI_RS_232650 G T 0 0.022
667 3259756|F|0 C T 5 0.169
668 BOPA2_12_31181 C G 0 0.163
669 SCRI_RS_201086 C T 0 0.119
670 BOPA1_3786-2204 A G 2 0.113
671 SCRI_RS_146959 C T 0 0.096
672 3255307|F|0 A G 2 0.008
673 3256184|F|0 C T 5 0.015
674 BOPA1_1625-303 A G 0 0.022
675 BOPA1_4962-1295 A T 0 0.022
676 SCRI_RS_161388 A C 3 0.023
677 SCRI_RS_147329 G T 0 0.037
678 SCRI_RS_154528 G T 0 0.007
679 SCRI_RS_155427 A G 0 0.037
680 SCRI_RS_175646 C G 3 0.091
681 SCRI_RS_176063 C T 0 0.030
682 BOPA2_12_30532 A G 0 0.126
683 SCRI_RS_162 C T 3 0.030
684 SCRI_RS_192730 A C 0 0.407
685 3256909|F|0 C T 3 0.167
686 3261012|F|0 C T 6 0.008
687 BOPA1_10360-563 A C 0 0.237
688 BOPA2_12_10149 A C 0 0.022
689 SCRI_RS_173813 C G 3 0.114
690 SCRI_RS_197337 A G 0 0.015
691 SCRI_RS_206896 C T 0 0.111
692 3256057|F|0 A G 2 0.195
693 3256530|F|0 C T 3 0.008
694 3262055|F|0 C G 2 0.030
695 3262351|F|0 C T 6 0.116
696 3262624|F|0 C G 7 0.109
697 BOPA1_9105-497 A G 0 0.037
698 SCRI_RS_120481 G T 0 0.022
699 SCRI_RS_139733 A G 0 0.163
700 SCRI_RS_153450 C T 0 0.074
701 SCRI_RS_167578 C T 0 0.059
702 SCRI_RS_218473 G T 1 0.030
703 SCRI_RS_219889 A G 0 0.022
704 SCRI_RS_91596 A C 0 0.037
705 3257084|F|0 C G 2 0.060
706 3257313|F|0 G T 2 0.218
707 3260679|F|0 C T 7 0.023
708 3257811|F|0 C T 5 0.062
709 3259964|F|0 A G 4 0.008
710 3262888|F|0 A T 3 0.220
711 3257812|F|0 C T 4 0.015
712 SCRI_RS_238125 C T 3 0.197
713 3258267|F|0 A T 7 0.047
714 BOPA2_12_10905 A G 0 0.163
715 BK_01 G T 1 0.037
716 SCRI_RS_157953 A G 0 0.044
717 SCRI_RS_174052 C T 0 0.015
718 3258919|F|0 A G 10 0.136
719 3263092|F|0 C T 2 0.068
720 3262736|F|0 A G 6 0.419
721 3262496|F|0 A G 12 0.220
722 3262692|F|0 C T 6 0.372
723 3257635|F|0 C G 6 0.380
724 3254710|F|0 C G 10 0.040
725 3256389|F|0 C G 3 0.061
726 3256613|F|0 A C 2 0.045
727 3258091|F|0 G T 3 0.083
728 3261606|F|0 C T 3 0.061
729 BOPA2_12_30444 A C 0 0.015
730 3256868|F|0 A G 4 0.099
731 3258303|F|0 A G 10 0.104
732 3254971|F|0 C T 3 0.061
733 3255102|F|0 C G 2 0.120
734 3258352|F|0 C T 4 0.008
735 3260482|F|0 A G 3 0.083
736 BOPA1_2633-498 A C 0 0.148
737 BOPA1_557-1297 A G 0 0.059
738 BOPA1_6547-1363 A C 0 0.133
739 3255550|F|0 A G 2 0.338
740 SCRI_RS_224392 C T 0 0.274
741 3256816|F|0 A T 2 0.368
742 3257989|F|0 A G 9 0.349
743 SCRI_RS_127646 C T 0 0.067
744 SCRI_RS_137116 G T 0 0.037
745 BOPA1_5283-1090 A G 0 0.141
746 3258545|F|0 C T 6 0.302
747 BOPA2_12_21172 A T 0 0.007
748 BOPA1_ConsensusGBS0687-3 C G 0 0.178
749 BOPA1_6026-1949 C G 0 0.370
750 3260821|F|0 C T 5 0.046
751 BOPA1_4027-1814 A G 0 0.237
752 BOPA1_5477-757 A G 1 0.336
753 BOPA2_12_11443 A G 0 0.385
754 SCRI_RS_170110 A G 0 0.007
755 SCRI_RS_196910 A G 0 0.037
756 SCRI_RS_201865 C T 0 0.474
757 SCRI_RS_4522 G T 0 0.215
758 3258685|F|0 C T 8 0.488
759 3258708|F|0 C G 3 0.091
760 3260549|F|0 A G 2 0.451
761 3258247|F|0 A T 3 0.121
762 SCRI_RS_48925 G T 0 0.222
763 BOPA1_4978-1030 A G 0 0.059
764 SCRI_RS_147611 C T 0 0.274
765 SCRI_RS_155758 A G 0 0.267
766 3256736|F|0 C G 2 0.361
767 SCRI_RS_162765 C T 0 0.030
768 SCRI_RS_165588 C T 0 0.363
769 3256369|F|0 C G 2 0.038
770 BOPA2_12_30403 A G 0 0.185
771 3258137|F|0 A C 10 0.304
772 BOPA2_12_31377 C G 0 0.185
773 SCRI_RS_189967 C T 3 0.280
774 3258744|F|0 A C 9 0.119
775 3260609|F|0 C T 4 0.137
776 3256250|F|0 C T 6 0.078
777 3257782|F|0 C T 11 0.089
778 3261960|F|0 A G 3 0.083
779 BOPA1_4393-1078 A G 0 0.030
780 BOPA1_ABC00875-1-3-436 A G 0 0.030
781 BOPA1_ConsensusGBS0361-5 A G 0 0.015
782 BOPA2_12_10207 A G 0 0.200
783 BOPA2_12_10693 A G 0 0.178
784 BOPA2_12_31387 A G 0 0.044
785 SCRI_RS_160475 A G 0 0.148
786 SCRI_RS_216088 C T 3 0.242
787 3257585|F|0 A G 11 0.298
788 3259278|F|0 G T 2 0.105
789 3262439|F|0 C G 9 0.111
790 3261143|F|0 A G 9 0.238
791 SCRI_RS_169881 C T 3 0.045
792 3261149|F|0 C G 4 0.237
793 3260311|F|0 C T 11 0.040
794 SCRI_RS_165338 A G 0 0.081
795 SCRI_RS_165476 C T 0 0.081
796 3254818|F|0 A G 6 0.085
797 SCRI_RS_130891 C T 0 0.341
798 SCRI_RS_138629 A G 0 0.378
799 SCRI_RS_150563 C T 0 0.319
800 SCRI_RS_155407 A G 0 0.326
801 SCRI_RS_165886 A G 0 0.215
802 SCRI_RS_166469 C T 0 0.341
803 SCRI_RS_180081 A G 0 0.341
804 SCRI_RS_196448 C T 0 0.104
805 SCRI_RS_206532 A C 0 0.111
806 3262705|F|0 A G 4 0.145
807 3256984|F|0 A G 3 0.144
808 SCRI_RS_207416 C T 0 0.052
809 BOPA1_2572-986 A G 0 0.052
810 3255250|F|0 A T 2 0.075
811 3256332|F|0 A C 4 0.046
812 BOPA1_5555-438 A G 4 0.031
813 SCRI_RS_196025 C G 0 0.030
814 3256258|F|0 C T 3 0.053
815 3255410|F|0 G T 2 0.301
816 3261241|F|0 C G 2 0.023
817 3261281|F|0 A G 11 0.306
818 BOPA2_12_11496 A G 0 0.022
819 SCRI_RS_13869 G T 0 0.067
820 SCRI_RS_147318 A G 0 0.252
821 SCRI_RS_156009 C G 0 0.304
822 SCRI_RS_162628 A C 0 0.037
823 SCRI_RS_165600 A G 0 0.259
824 SCRI_RS_182206 A G 3 0.038
825 SCRI_RS_184058 A G 0 0.037
826 3262069|F|0 A G 4 0.160
827 SCRI_RS_10956 A G 0 0.081
828 SCRI_RS_150786 C T 0 0.081
829 3258420|F|0 C G 10 0.088
830 BOPA1_9022-543 A G 0 0.274
831 SCRI_RS_214888 A G 0 0.059
832 BOPA1_ABC05061-1-1-159 A C 0 0.326
833 3254838|F|0 A C 8 0.323
834 3254801|F|0 A G 10 0.304
835 3257577|F|0 C T 9 0.294
836 3259782|F|0 C T 9 0.349
837 3259483|F|0 A G 9 0.024
838 BOPA1_11454-414 C G 0 0.052
839 SCRI_RS_106142 A C 0 0.319
840 SCRI_RS_149094 A G 0 0.304
841 SCRI_RS_152330 A G 0 0.052
842 SCRI_RS_163142 A G 0 0.348
843 SCRI_RS_165434 A G 0 0.052
844 SCRI_RS_170857 A C 0 0.067
845 SCRI_RS_187051 G T 0 0.326
846 SCRI_RS_236175 C T 0 0.311
847 BOPA1_ConsensusGBS0554-4 A G 0 0.141
848 BOPA1_3639-969 A G 0 0.185
849 SCRI_RS_141322 G T 0 0.370
850 SCRI_RS_161239 G T 0 0.163
851 SCRI_RS_206337 C T 0 0.311
852 SCRI_RS_176006 A G 0 0.059
853 SCRI_RS_132472 G T 0 0.037
854 3256806|F|0 A G 5 0.254
855 3261672|F|0 C G 2 0.346
856 BOPA1_4057-2114 A G 0 0.237
857 BOPA1_13095-187 A C 0 0.311
858 BOPA1_3246-1135 A G 0 0.037
859 BOPA1_4927-1340 A C 0 0.037
860 BOPA1_5316-739 A G 0 0.207
861 SCRI_RS_143790 C T 0 0.037
862 SCRI_RS_153896 C T 0 0.037
863 SCRI_RS_158298 A C 0 0.037
864 SCRI_RS_196512 A G 0 0.059
865 SCRI_RS_4928 C T 3 0.167
866 SCRI_RS_175218 C G 0 0.296
867 BOPA2_12_30934 A G 3 0.265
868 BOPA2_12_30935 A G 1 0.037
869 3255560|F|0 C T 8 0.291
870 3257601|F|0 C T 12 0.285
871 3255773|F|0 A G 6 0.186
872 BOPA2_12_30231 A T 0 0.244
873 SCRI_RS_117283 C T 0 0.222
874 SCRI_RS_150935 C T 8 0.220
875 SCRI_RS_154621 C T 0 0.037
876 SCRI_RS_167999 A C 0 0.244
877 3262364|F|0 A C 11 0.145
878 SCRI_RS_52789 A G 0 0.037
879 BOPA1_4592-118 A G 0 0.348
880 SCRI_RS_195067 C T 0 0.267
881 BOPA1_3263-2865 A G 0 0.289
882 SCRI_RS_199945 C T 0 0.052
883 BOPA2_12_31446 A G 0 0.193
884 SCRI_RS_142851 C T 0 0.252
885 SCRI_RS_148694 A G 0 0.407
886 SCRI_RS_166806 A G 0 0.230
887 SCRI_RS_187638 C T 6 0.357
888 SCRI_RS_219333 A G 0 0.222
889 SCRI_RS_225720 C T 0 0.274
890 3255919|F|0 C T 2 0.293
891 3257336|F|0 C T 6 0.248
892 SCRI_RS_135585 C T 0 0.215
893 SCRI_RS_163314 C T 0 0.215
894 SCRI_RS_211923 C T 0 0.156
895 3256789|F|0 A C 5 0.100
896 3259264|F|0 C T 8 0.331
897 3261698|F|0 A G 5 0.208
898 3263136|F|0 C T 3 0.038
899 3255333|F|0 A T 7 0.008
900 BOPA1_2582-767 A G 0 0.067
901 SCRI_RS_128813 C T 0 0.067
902 SCRI_RS_136200 C T 0 0.474
903 SCRI_RS_139708 A C 0 0.207
904 SCRI_RS_148734 G T 0 0.067
905 SCRI_RS_165171 C T 0 0.474
906 SCRI_RS_166816 A G 0 0.467
907 SCRI_RS_173486 C T 0 0.067
908 SCRI_RS_175550 G T 0 0.467
909 3259855|F|0 C G 10 0.048
910 SCRI_RS_10642 C T 0 0.244
911 SCRI_RS_122 A G 0 0.170
912 SCRI_RS_146936 C T 0 0.148
913 SCRI_RS_184395 A G 0 0.096
914 3259664|F|0 C T 10 0.152
915 3261990|F|0 C T 7 0.188
916 SCRI_RS_156845 C T 0 0.059
917 SCRI_RS_192440 G T 3 0.341
918 SCRI_RS_224245 G T 0 0.044
919 SCRI_RS_227507 A G 0 0.059
920 SCRI_RS_238263 C T 1 0.299
921 3256029|F|0 C T 11 0.274
922 3258269|F|0 C G 8 0.197
923 SCRI_RS_168604 A G 0 0.415
924 SCRI_RS_146997 C T 0 0.274
925 SCRI_RS_175603 C T 0 0.193
926 SCRI_RS_182210 A G 0 0.274
927 SCRI_RS_190048 A C 2 0.271
928 3258901|F|0 C T 4 0.069
929 BOPA1_ABC02329-1-20-250 A G 3 0.159
930 SCRI_RS_13476 A G 0 0.296
931 SCRI_RS_192463 C T 3 0.258
932 SCRI_RS_169758 A T 0 0.252
933 SCRI_RS_187012 A C 0 0.244
934 BOPA1_8930-370 A G 0 0.430
935 BOPA2_12_30781 A G 5 0.015
936 SCRI_RS_164876 C T 0 0.452
937 SCRI_RS_213799 A C 0 0.067
938 SCRI_RS_177330 A G 0 0.207
939 3262855|F|0 C T 5 0.138
940 BOPA2_12_10592 A G 0 0.044
941 BOPA2_12_30424 A G 0 0.430
942 SCRI_RS_135391 A G 0 0.104
943 SCRI_RS_151082 C T 3 0.038
944 SCRI_RS_159503 A G 0 0.111
945 SCRI_RS_162694 A G 0 0.319
946 SCRI_RS_167465 C T 0 0.222
947 SCRI_RS_194134 C T 3 0.152
948 SCRI_RS_224641 C T 0 0.230
949 SCRI_RS_88391 C T 0 0.481
950 3255845|F|0 A G 9 0.452
951 3254856|F|0 C T 12 0.374
952 3255816|F|0 A G 2 0.414
953 3255533|F|0 C G 9 0.262
954 3256485|F|0 C T 12 0.220
955 3262153|F|0 C G 13 0.279
956 SCRI_RS_221776 C T 0 0.356
957 BOPA1_3452-1355 A G 2 0.045
958 SCRI_RS_141771 C T 0 0.141
959 BOPA2_12_31497 C G 0 0.037
960 BOPA1_3453-1974 A G 0 0.244
961 SCRI_RS_103515 C T 0 0.356
962 SCRI_RS_141753 A G 0 0.067
963 BOPA2_12_10430 A G 0 0.059
964 SCRI_RS_150792 C T 0 0.044
965 SCRI_RS_173604 A C 0 0.252
966 SCRI_RS_192552 A G 0 0.193
967 3255748|F|0 C T 13 0.172
968 3259616|F|0 A G 12 0.041
969 3260208|F|0 C G 3 0.500
970 3255423|F|0 G T 2 0.045
971 3255987|F|0 G T 2 0.038
972 3258881|F|0 C G 5 0.385
973 BOPA2_12_30155 A G 0 0.119
974 SCRI_RS_204158 A G 1 0.485
975 SCRI_RS_231057 C T 0 0.119
976 SCRI_RS_157480 C T 0 0.200
977 SCRI_RS_605 A G 0 0.304
978 3256341|F|0 C G 2 0.023
979 3259459|F|0 A C 13 0.180
980 SCRI_RS_160747 C T 0 0.193
981 SCRI_RS_144545 A C 3 0.379
982 SCRI_RS_108647 A C 0 0.044
983 SCRI_RS_159158 G T 0 0.444
984 SCRI_RS_188511 A G 0 0.044
985 BOPA1_12224-363 A C 3 0.008
986 BOPA2_12_30631 A G 0 0.148
987 SCRI_RS_141564 A G 0 0.304
988 3254726|F|0 G T 12 0.098
989 SCRI_RS_226348 A G 0 0.141
990 3256026|F|0 A G 7 0.055
991 3257494|F|0 A G 13 0.197
992 3257920|F|0 G T 5 0.200
993 3262220|F|0 C T 5 0.077