From 001bfc43f4e870652e7062df0c99beb19d66d52c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GINAMO <ginamo2025@proton.me>
Date: Fri, 27 Mar 2026 16:27:15 +0100
Subject: [PATCH 1/4] Add genetic_format_conversion tool

---
 tools/genetic_format_conversion/.shed.yml     |  15 +
 .../genetic_format_conversion.sh              | 351 ++++++++
 .../genetic_format_conversion.xml             | 368 ++++++++
 .../test-data/test_SSR.txt                    | 219 +++++
 .../test-data/test_SSR_genepop.txt            | 271 ++++++
 .../test-data/test_pop.txt                    | 273 ++++++
 .../test-data/test_pop_SSR.txt                | 218 +++++
 .../test-data/test_vcf.vcf                    | 515 ++++++++++++
 .../test-data/test_vcf_genepop.txt            | 783 ++++++++++++++++++
 9 files changed, 3013 insertions(+)
 create mode 100644 tools/genetic_format_conversion/.shed.yml
 create mode 100644 tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.sh
 create mode 100644 tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.xml
 create mode 100644 tools/genetic_format_conversion/test-data/test_SSR.txt
 create mode 100644 tools/genetic_format_conversion/test-data/test_SSR_genepop.txt
 create mode 100644 tools/genetic_format_conversion/test-data/test_pop.txt
 create mode 100644 tools/genetic_format_conversion/test-data/test_pop_SSR.txt
 create mode 100644 tools/genetic_format_conversion/test-data/test_vcf.vcf
 create mode 100644 tools/genetic_format_conversion/test-data/test_vcf_genepop.txt

diff --git a/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml b/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml
new file mode 100644
index 000000000..33c25cb5f
--- /dev/null
+++ b/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml
@@ -0,0 +1,15 @@
+name: genetic_format_conversion
+owner: ecology
+description: This tool enables the conversion and formatting of genotyping data between VCF, GENEPOP, SSR (tabular) and BayeScan formats.
+homepage_url: https://github.com/GINAMO-EBVs/ginamo-workflows/genetic_format_converter
+long_description: |
+  This tool allows you to easily convert your genetic data files between VCF, GENEPOP, and BayeScan formats. 
+  Powered by PGDSpider, it transforms your raw data into analysis-ready files while letting you define populations and filter genotype quality. 
+  It is a practical solution for preparing your datasets before using software like BayeScan or LDNe.
+remote_repository_url: https://github.com/galaxyecology/tools-ecology/tree/master/tools/genetic_format_converter
+type: unrestricted
+categories:
+- Ecology
+auto_tool_repositories:
+  name_template: "{{ tool_id }}"
+  description_template: "{{ tool_name }}"
diff --git a/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.sh b/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.sh
new file mode 100644
index 000000000..4b3700113
--- /dev/null
+++ b/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.sh
@@ -0,0 +1,351 @@
+#!/bin/bash
+
+# Print an error message to stderr and exit with code 1
+die() {
+    echo "ERROR: $*" >&2
+    exit 1
+}
+
+input_file="$1"
+input_name="$2"
+input_format="$3"
+output_format="$4"
+
+if [[ "$input_format" == "vcf" ]] && [[ "$output_format" == "genepop" ]]; then
+    ploidy="$5"
+    pl_gl="$6"
+    exclude_loci="$7"
+    non_polymorphic="$8"
+    indels="$9"
+    regions="${10}"
+    PHRED_SCALED="${11}"
+    MISSING_GQ="${12}"
+    MISSING_DEPTH="${13}"
+    individuals="${14}"
+    pop_file="${15}"
+    indpop="${16}"
+    
+elif [[ "$input_format" == "tabular" ]] && [[ "$output_format" == "genepop" ]]; then
+    sep_char="$5"
+    digit_num="$6"
+    
+elif [[ "$input_format" == "genepop" ]] && [[ "$output_format" == "bayescan" ]]; then
+    indpop="$5"
+    [[ -f "$indpop" ]] || die "Input indpop was not found: $indpop"
+    marker_type="$6"
+    alleles_coded="$7"
+fi
+
+##### Validate inputs #####
+# Check that input files exist on disk
+[[ -f "$input_file" ]] || die "Input VCF was not found: $input_file"
+
+##### Check output directory #####
+readonly output_dir="convert_directory"
+readonly pop_dir="pop_affiliation"
+
+if [[ ! -d "${output_dir}" ]]; then
+    die "ERROR: Failed to create output directory: ${output_dir}"
+fi
+
+if [[ ! -d "${pop_dir}" ]]; then
+    die "ERROR: Failed to create output directory: ${pop_dir}"
+fi
+
+##### Build output filename #####
+name_without_ext="$(basename -- "$input_name")"
+name_without_ext="${name_without_ext%.vcf}"
+name_without_ext="${name_without_ext%.txt}"
+name_without_ext="${name_without_ext%.tabular}"
+
+# In Galaxy, dataset names may contain a trailing label in parentheses,
+# e.g. "Tool name (dataset 42)". Extract the content inside the last
+# parentheses if present; otherwise use the full name.
+regex='\(([^)]+)\)[[:space:]]*$'
+if [[ "$name_without_ext" =~ $regex ]]; then
+    base_name="${BASH_REMATCH[1]}"
+else
+    base_name="$name_without_ext"
+fi
+
+[[ -n "$base_name" ]] || die "Could not derive a valid output filename from: $input_name"
+
+###############################################################################
+#Function: spid_vcf2genepop
+#Description: Creation of the spid file required to convert vcf on genepop
+###############################################################################
+spid_vcf2genepop(){
+    local ploidy="$1"
+    local pl_gl="$2"
+    local exclude_loci="$3"
+    local non_polymorphic="$4"
+    local indels="$5"
+    local regions="$6"
+    local PHRED_SCALED="$7"
+    local MISSING_GQ="$8"
+    local MISSING_DEPTH="$9"
+    local individuals="${10}"
+    local indpop="${11}"
+    local pop_file="${12}"
+
+        cat > "spid_file.spid" << EOF
+# spid-file generated: $(date '+%a %b %d %H:%M:%S %Z %Y')
+
+# VCF Parser questions
+PARSER_FORMAT=VCF
+
+# Only output SNPs with a phred-scaled quality of at least:
+VCF_PARSER_QUAL_QUESTION=${PHRED_SCALED}
+# Include a file with population definitions:
+VCF_PARSER_POP_FILE_QUESTION=${indpop}
+# What is the ploidy of the data? (DIPLOID/HAPLOID)
+VCF_PARSER_PLOIDY_QUESTION=${ploidy}
+# Do you want to include a file with population definitions?
+VCF_PARSER_POP_QUESTION=${pop_file}
+# Output genotypes as missing if the phred-scale genotype quality is below:
+VCF_PARSER_GTQUAL_QUESTION=${MISSING_GQ}
+# Do you want to include INDELS as STANDARD genetic markers? (TRUE/FALSE)
+VCF_PARSER_INDEL_QUESTION=${indels}
+# Do you want to include non-polymorphic SNPs? (TRUE/FALSE)
+VCF_PARSER_MONOMORPHIC_QUESTION=${non_polymorphic}
+# Only output following individuals (ind1, ind2, ind4, ...):
+VCF_PARSER_IND_QUESTION=${individuals}
+# Only input following regions (refSeqName:start:end, multiple regions: whitespace separated):
+VCF_PARSER_REGION_QUESTION=${regions}
+# Output genotypes as missing if the read depth of a position for the sample is below:
+VCF_PARSER_READ_QUESTION=${MISSING_DEPTH}
+# Take most likely genotype if "PL" or "GL" is given in the genotype field? (TRUE/FALSE)
+VCF_PARSER_PL_QUESTION=${pl_gl}
+# Do you want to exclude loci with only missing data? (TRUE/FALSE)
+VCF_PARSER_EXC_MISSING_LOCI_QUESTION=${exclude_loci}
+
+# GENEPOP Writer questions
+WRITER_FORMAT=GENEPOP
+
+# Specify which data type should be included in the GENEPOP file  (GENEPOP can only analyze one data type per file): (MICROSAT/STANDARD/SNP/DNA)
+GENEPOP_WRITER_DATA_TYPE_QUESTION=SNP
+# If SNP data are encoded as nucleotides,  enter the integers that code for nucleotide A, T, C, G (comma separated, e.g 1,2,3,4):
+GENEPOP_WRITER_SNP_CODE_QUESTION=
+EOF
+}
+
+###############################################################################
+#Function: spid_snp2bayes
+#Description: Creation of the spid file required to convert ssr on genepop
+###############################################################################
+spid_genepop2bayes(){
+    local marker_type="$1"
+    local alleles_coded="$2"
+
+        cat > "spid_file.spid" << EOF
+# spid-file generated: $(date '+%a %b %d %H:%M:%S %Z %Y')
+# GENEPOP Parser questions
+PARSER_FORMAT=GENEPOP
+
+# Select the type of the data: (MICROSAT/SNP/STANDARD)
+GENEPOP_PARSER_DATA_TYPE_QUESTION=$marker_type
+# How are Microsat alleles coded? (REPEATS/LENGTH)
+GENEPOP_PARSER_MICROSAT_CODING_QUESTION=$alleles_coded
+
+# GESTE / BayeScan Writer questions
+WRITER_FORMAT=GESTE_BAYE_SCAN
+
+# Specify which data type should be included in the GESTE / BayeScan file  (GESTE / BayeScan can only analyze one data type per file): (MICROSAT/SNP/STANDARD/DNA)
+GESTE_BAYE_SCAN_WRITER_DATA_TYPE_QUESTION=$marker_type
+
+EOF
+}
+
+##########################################################
+#Fonction : ssr2genepop
+# Description : 
+##########################################################
+ssr2genepop() {
+    local input_file="$1"
+    local input_name="$2"
+    local output_file="$3"
+    local sep_char="$4"
+    local digit_num="$5"
+    local width=$((digit_num*2))     
+
+    case "$sep_char" in
+    TAB)        sep_char=$'\t' ;;
+    COMMA)      sep_char=',' ;;
+    SEMICOLON)  sep_char=';' ;;
+    WHITESPACE) sep_char=' ' ;;
+    *)
+        echo "ERROR: Unknown separator: '$sep_char'" >&2
+        exit 1
+        ;;
+esac
+    
+    echo "=== SEP_CHAR ===" >&2
+echo "sep_char: '${sep_char}'" >&2
+printf "sep_char hex: " >&2
+echo -n "${sep_char}" | xxd | head -1 >&2
+
+echo "=== PREMIÈRE LIGNE DU FICHIER ===" >&2
+head -1 "$input" | cat -A >&2
+printf "hex: " >&2
+head -1 "$input" | xxd | head -3 >&2        
+    
+    # Fonction pour parser un génotype
+    parse_genotype() {
+        local genotype="$1"
+        
+        # Management of missing data
+        if [[ -z "$genotype" ]] || [[ "$genotype" =~ ^(0|NA|N/A|-|\.)$ ]]; then
+            printf "%0*d" "$width" 0
+            return
+        fi
+        
+        # Allele separation
+        local allele1 allele2
+        #rajouter vérification de la présence de / sinon break code
+        IFS="/" read -r allele1 allele2 <<< "$genotype" #allele are separated by '/'
+        
+        # Cleaning
+        allele1=$(echo "$allele1" | tr -d '[:space:]')
+        allele2=$(echo "$allele2" | tr -d '[:space:]')
+        
+        # Check that they are coded with numbers 
+        if ! [[ "$allele1" =~ ^[0-9]+$ ]] || ! [[ "$allele2" =~ ^[0-9]+$ ]]; then
+            printf "%0*d" "$width" 0 #Convert to missing data if they aren't numbers
+            return
+        fi
+
+        printf "%0${digit_num}d%0${digit_num}d" "$allele1" "$allele2"
+    }
+    
+    local line_num=0
+    local -a loci_names
+    declare -A populations
+    declare -A pop_individuals
+    declare -A pop_genotypes
+    
+    while IFS= read -r line; do
+        line_num=$((line_num + 1))
+        
+        # Ignore empty lines
+        [[ -z "$line" ]] && continue
+        
+        # First line = header
+        if [[ $line_num -eq 1 ]]; then
+            IFS="$sep_char" read -ra fields <<< "$line"
+            
+            # Check header (ind_col=0 pop_col=1)
+            if [[ "${fields[0]}" != "Ind" ]] || [[ "${fields[1]}" != "Pop" ]]; then
+                echo "Ind and Pop column not found"
+                return 1
+            fi
+            
+            # Loci after pop_col (2)
+            for ((i=2; i<${#fields[@]}; i++)); do
+                loci_names+=("${fields[$i]}")
+            done
+            
+            continue
+        fi
+        
+        # Data rows
+        IFS="$sep_char" read -ra fields <<< "$line"
+        
+        #Check presence of almost 3 columns (Ind Pop and 1 genotype)
+        if [[ ${#fields[@]} -lt 3 ]]; then
+            continue
+        fi
+        
+        # [0]=Ind, [1]=Pop, [2+]=Genotypes
+        local ind_name="${fields[0]}"
+        local pop_name="${fields[1]}"
+        
+        # Keep population
+        populations[$pop_name]=1
+        pop_individuals[$pop_name]+="$ind_name "
+        
+        # Convert genotype (col 2+)
+        local genepop_line=""
+        for ((i=2; i<${#fields[@]}; i++)); do
+            local genotype="${fields[$i]}"
+            local converted=$(parse_genotype "$genotype")
+            genepop_line+="$converted "
+        done
+        
+        pop_genotypes["${pop_name}__${ind_name}"]="$genepop_line"
+        
+    done < "$input_file"
+    
+    # Write genepop file
+    {     
+        echo "SSR data: ${input_name}"
+
+        for locus in "${loci_names[@]}"; do
+            echo "$locus"
+        done
+        
+        for pop_name in $(printf '%s\n' "${!populations[@]}" | sort); do
+            echo "Pop"
+            
+            for ind_name in ${pop_individuals[$pop_name]}; do
+                local genotypes="${pop_genotypes[${pop_name}__${ind_name}]}"
+                echo "$ind_name ,  $genotypes"
+            done
+        done
+    } > "$output_file"
+    
+    return 0
+}
+
+#########################################
+# Main execution
+#########################################
+
+    if [ "$input_format" = "vcf" ] && [ "$output_format" = "genepop" ]; then
+        output_genfile="${output_dir}/${base_name}_genepop.txt"
+        spid_vcf2genepop "$ploidy" "$pl_gl" "$exclude_loci" "$non_polymorphic" "$indels" "$regions" "$PHRED_SCALED" "$MISSING_GQ" "$MISSING_DEPTH" "$individuals" "$indpop" "$pop_file"
+        PGDSpider2-cli -inputfile "$input_file" -inputformat VCF -outputfile "$output_genfile" -outputformat GENEPOP -spid spid_file.spid
+
+    elif [ "$input_format" = "genepop" ] && [ "$output_format" = "bayescan" ]; then
+        ##### Retrieve pop order #####
+        pop_order_file="${pop_dir}/pop_affiliation.txt"
+        in_pop=false
+        first_ind=false
+
+        while IFS= read -r line; do
+            line="${line%$'\r'}"   # remove windows end lines
+
+                if [[ "${line,,}" == "pop" ]]; then
+                in_pop=true
+                first_ind=true
+                continue
+            fi
+
+            if [[ "$in_pop" == true && "$first_ind" == true && -n "$line" ]]; then
+                pop_count=$((pop_count + 1))
+                ind_id=$(echo "$line" | cut -d',' -f1 | xargs)
+                actual_pop_name=$(awk -v id="$ind_id" '{ gsub(/\r/, ""); if ($1 == id) print $2 }' "$indpop")
+                if [[ -z "$actual_pop_name" ]]; then
+                    actual_pop_name="Unknown_Pop_${pop_count}"
+                fi
+                echo -e "${actual_pop_name}\t${pop_count}" >> "$pop_order_file"
+                first_ind=false
+            fi
+        done < "$input_file"
+
+        ##### Bayes conversion #####
+        output_genfile="${output_dir}/${base_name}_bayes.txt"
+        spid_genepop2bayes "$marker_type" "$alleles_coded"
+        PGDSpider2-cli -inputfile "$input_file" -inputformat GENEPOP -outputfile "$output_genfile" -outputformat GESTE_BAYE_SCAN -spid spid_file.spid
+
+    elif [ "$input_format" = "tabular" ] && [ "$output_format" = "genepop" ]; then
+        output_genfile="${output_dir}/${base_name}_genepop.txt" 
+        ssr2genepop "$input_file" "$base_name" "$output_genfile" "$sep_char" "$digit_num"
+
+    else
+        echo "Unrecognised combination of parameters"
+        exit 1
+    fi
+
+
+
+
diff --git a/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.xml b/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.xml
new file mode 100644
index 000000000..5ebf23016
--- /dev/null
+++ b/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.xml
@@ -0,0 +1,368 @@
+<tool id="genetic_format_conversion" name="Genetic format conversion" version="0.1.0" profile="25.0">
+    <description>
+        using PGDSpider and additional conversion modules.
+    </description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="2.1.1.5">pgdspider</requirement>
+    </requirements>
+
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        mkdir -p convert_directory &&
+        mkdir -p pop_affiliation &&
+
+        bash '$__tool_directory__/genetic_format_conversion.sh'
+            '${input_file}'
+            '${input_file.element_identifier}'
+            '$data_conditional.input_format'
+            '$data_conditional.output_selection.output_format'
+
+             #if $data_conditional.input_format == "vcf" and $data_conditional.output_selection.output_format == "genepop":
+                '$data_conditional.output_selection.ploidy'
+                '$data_conditional.output_selection.pl_gl'
+                '$data_conditional.output_selection.exclude_loci'
+                '$data_conditional.output_selection.non_polymorphic'
+                '$data_conditional.output_selection.indels'
+            
+                #if $data_conditional.output_selection.input_regions:
+                    '$data_conditional.output_selection.input_regions'
+                #else:
+                    ''
+                #end if
+            
+                #if str($data_conditional.output_selection.phred_scaled) != '':
+                    '$data_conditional.output_selection.phred_scaled'
+                #else:
+                    ''
+                #end if
+            
+                #if str($data_conditional.output_selection.missing_genotype_quality) != '':
+                    '$data_conditional.output_selection.missing_genotype_quality'
+                #else:
+                    ''
+                #end if
+            
+                #if str($data_conditional.output_selection.missing_read_depth) != '':
+                    '$data_conditional.output_selection.missing_read_depth'
+                #else:
+                    ''
+                #end if
+            
+                #if $data_conditional.output_selection.individuals:
+                    '$data_conditional.output_selection.individuals'
+                #else:
+                    ''
+                #end if
+
+                '$data_conditional.output_selection.indpop_file.indpop_inc'
+                #if $data_conditional.output_selection.indpop_file.indpop_inc == "true":
+                    '$data_conditional.output_selection.indpop_file.indpop'
+                #else:
+                    ''                                                      
+                #end if
+            
+            #elif $data_conditional.input_format == "tabular" and $data_conditional.output_selection.output_format == "genepop":
+                '$data_conditional.output_selection.sep_char'
+                '$data_conditional.output_selection.digit_num'
+
+            
+            #elif $data_conditional.input_format == "genepop" and $data_conditional.output_selection.output_format == "bayescan":
+                '$data_conditional.output_selection.indpop'
+                '$data_conditional.output_selection.marker_type'
+                '$data_conditional.output_selection.alleles_coded'
+            
+            #end if
+        
+        ]]></command>
+
+    <inputs>
+        <param name="input_file" type="data" format="vcf,tabular,txt" label="Upload your input file"/>
+        
+        <conditional name="data_conditional">
+            <param name="input_format" type="select" label="Data input file format">
+                <option value="vcf">VCF</option>
+                <option value="genepop">GENEPOP</option>
+                <option value="tabular">Microsatellites (tabular)</option>
+            </param>
+            
+            <when value="vcf">
+                <conditional name="output_selection">
+                    <param name="output_format" type="select" label="Input format">
+                        <option value="genepop">GENEPOP</option>
+                    </param>
+
+                    <when value="genepop">
+                        <param name="ploidy" type="select" label="What is the ploidy of the data?">
+                            <option value="DIPLOID">DIPLOID</option>
+                            <option value="HAPLOID">HAPLOID</option>
+                        </param>
+                        <param name="input_regions" type="text" optional="true" label="Only input following regions (refSeqName:stard:end, multiple regions: whitespace separated):"/>
+                        <param name="pl_gl" type="select" label="Take most likely genotype if 'PL' or 'GL' is given in the genotype field?">
+                            <option value="true">Yes</option>
+                            <option value="false" selected="true">No</option>
+                        </param>
+                        <param name="phred_scaled" type="float" optional="true" label="Only output SNPs with a phred-scaled quality of at least:"/>
+                        <param name="missing_genotype_quality" type="float" optional="true" label="Output genotypes as missing if the phred-scale genotype quality is below:"/>
+                        <param name="missing_read_depth" type="float" optional="true" label="Output genotypes as missing if the read depth of a position for the sample is below:"/>
+                        <param name="exclude_loci" type="select" label="Do you want to exclude loci with only missing data?">
+                            <option value="true">Yes</option>
+                            <option value="false" selected="true">No</option>
+                        </param>
+                        <param name="individuals" type="text" optional="true" label="Only output following individuals (ind1, ind2, ind4, ...):"/>
+                        <param name="non_polymorphic" type="select" label="Do you want to include non-polymorphic SNPs?">
+                            <option value="true">Yes</option>
+                            <option value="false" selected="true">No</option>
+                        </param>
+                        <param name="indels" type="select" label="Do you want to include INDELS as STANDARD genetic markers?">
+                            <option value="true">Yes</option>
+                            <option value="false" selected="true">No</option>
+                        </param>
+                        <conditional name="indpop_file">
+                            <param name="indpop_inc" type="select" label="Do you want to include a file with population definitions?">
+                                <option value="true">Yes</option>
+                                <option value="false" selected="true">No</option>
+                            </param>
+                            <when value="true">
+                                <param name="indpop" type="data" format="txt" label="Upload your population definitions"/> 
+                            </when>
+                            <when value="false">
+                            </when>
+                        </conditional>
+                    </when>
+                </conditional>
+            </when>
+
+             <when value="tabular">
+                <conditional name="output_selection">
+                    <param name="output_format" type="select" label="Output format">
+                        <option value="genepop">GENEPOP</option>
+                    </param>
+                    <when value="genepop">
+                        <param name="sep_char" type="select" label="">
+                            <option value="TAB" selected="true">Tabulation</option>
+                            <option value="COMMA">Comma (,)</option>
+                            <option value="SEMICOLON">Semicolon (;)</option>
+                            <option value="WHITESPACE">Whitespace</option>
+                        </param>
+                        <param name="digit_num" type="integer" label="Number of digits per allele"
+                            help="Enter the number of digits used to represent each allele in your input file. For example, if your microsatellite alleles are coded like 192, 168, 087, then each allele is 3 digits long, enter 3."/>
+                    </when>
+                </conditional>
+            </when>
+
+            <when value="genepop">
+                <conditional name="output_selection">
+                    <param name="output_format" type="select" label="Output format">
+                        <option value="bayescan">GESTE /BayesScan</option>
+                    </param>
+
+                    <when value="bayescan">
+                        <param name="marker_type" type="select" label="Select the type of data">
+                            <option value="SNP">SNP</option>
+                            <option value="MICROSAT">SSR (microsatellites)</option>
+                            <option value="STANDARD">STANDARD</option>
+                        </param>
+                        <param name="indpop" type="data" format="tabular,txt" label="Upload your population file"
+                            help="File containing individuals in the first column and their population in the second, separated by a tabulation character."/>
+                        <param name="alleles_coded" type="select" label="How are Microsat alleles coded?">
+                            <option value="as number of repeats">as number of repeats</option>
+                            <option value="as the length of the PCR fragments">as the length of the PCR fragments</option>
+                        </param>
+                    </when>
+                </conditional>
+            </when>
+        </conditional>
+    </inputs>
+
+    <outputs>
+        <data name="convert_files" format="txt" label="${tool.name}">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;designation&gt;.+)$" directory="convert_directory" visible="true" assign_primary_output="true"/>
+        </data>
+        <data name="number_pop_affiliation" from_work_dir="pop_affiliation/pop_affiliation.txt" 
+            format="tabular" label="${tool.name} : Track number - pop">
+            <filter>data_conditional['input_format'] == "genepop" and data_conditional['output_selection']['output_format'] == "bayescan"</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+
+    <tests>
+
+    <!-- Test 1 : VCF → GENEPOP -->
+    <test expect_num_outputs="1">
+        <param name="input_file" value="test_vcf.vcf" ftype="vcf"/>
+        <param name="data_conditional|input_format" value="vcf"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|output_format" value="genepop"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|ploidy" value="DIPLOID"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|pl_gl" value="false"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|exclude_loci" value="false"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|non_polymorphic" value="false"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|indels" value="false"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|indpop_file|indpop_inc" value="true"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|indpop_file|indpop" value="test_pop.txt"/>
+        <output name="convert_files" ftype="txt" count="1">
+            <assert_contents>
+                <has_n_lines n="783"/>
+                <has_text text="Pop"/>
+            </assert_contents>
+        </output>
+    </test>
+
+    <!-- Test 2 : TABULAR → GENEPOP (SSR) -->
+    <test expect_num_outputs="1">
+        <param name="input_file" value="test_SSR.txt" ftype="txt"/>
+        <param name="data_conditional|input_format" value="tabular"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|output_format" value="genepop"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|sep_char" value="TAB"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|digit_num" value="3"/>
+        <output name="convert_files" ftype="txt" count="1">
+            <assert_contents>
+                <has_n_lines n="271"/>
+                <has_text text="Pop"/>
+            </assert_contents>
+        </output>
+    </test>
+
+    <!-- Test 3 : GENEPOP → BAYESCAN (SSR / microsatellites) -->
+    <test expect_num_outputs="2">
+        <param name="input_file" value="test_SSR_genepop.txt" ftype="txt"/>
+        <param name="data_conditional|input_format" value="genepop"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|output_format" value="bayescan"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|indpop" value="test_pop_ssr.txt"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|marker_type" value="MICROSAT"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|alleles_coded" value="as the length of the PCR fragments"/>
+        <output name="convert_files" ftype="txt" count="1">
+            <assert_contents>
+                <has_n_lines n="293"/>
+                    <has_text text="[populations]=6"/>
+                </assert_contents>
+        </output>
+        <output name="number_pop_affiliation" ftype="tabular">
+            <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="6"/>
+                    <has_line_matching expression="Portugal\t6"/>
+                </assert_contents>
+        </output>
+    </test>
+
+    <!-- Test 4 : GENEPOP → BAYESCAN (SNP) -->
+    <test expect_num_outputs="2">
+        <param name="input_file" value="test_vcf_genepop.txt" ftype="txt"/>
+        <param name="data_conditional|input_format" value="genepop"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|output_format" value="bayescan"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|indpop" value="test_pop.txt"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|marker_type" value="SNP"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|alleles_coded" value="as the length of the PCR fragments"/>
+        <output name="convert_files" ftype="txt" count="1">
+            <assert_contents>
+                <has_n_lines n="4523"/>
+                <has_text text="[populations]=9"/>
+            </assert_contents>
+        </output>
+        <output name="number_pop_affiliation" ftype="tabular">
+            <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="9"/>
+                    <has_line_matching expression="GA-2_2021\t1"/>
+                </assert_contents>
+        </output>
+    </test>
+
+</tests>
+
+    <help><![CDATA[
+
+Usage
+=====
+As input, users provide a file in one of three accepted formats: VCF (Danecek *et al.* 2011), GENEPOP (Raymond & Rousset 1995) or Tabular (see **SSR Genotype file** format below). After selecting the desired output format, users can configure formatting paramters, most of which pre-set default values. 
+
+The tool supports three primary conversion :
+
+1. **VCF → GENEPOP**: The tool uses PGDSpider (Lischer & Excoffier 2012) to parse variant call data. It generates a GENEPOP file containing the list of loci followed by individual genotypes, formatted for use in population genetics software and R packages. Users must provide a population assignment file to define population groupings and specify ploidy as well as filtering options (minimum phred-scaled quality, minimum genotype quality, minimum read depth, INDEL inclusion, etc.).
+
+2. **Tabular → GENEPOP**: SSR genotype data provided in tabular format are converted into GENEPOP format directly (without PGDSpider). The user specifies the allele separator and the number of digits used to encode alleles. The tool parses individual genotypes per population and writes a standard GENEPOP file.
+
+3. **GENEPOP → Geste/BayeScan**: The tool uses PGDSpider to restructure genotype data into allele count matrices formatted according to the BayeScan specification (Foll & Gaggiotti 2008). Users provide a population assignment file to define the population order in the output. The output file declares the number of loci and populations, followed by population-specific allele counts per locus, ensuring compatibility with Bayesian F\ :sub:`ST`\-based inference analyses.  A `pop_affiliation` file is generated, containing the name of the population and the number corresponding to its order of appearance in the Bayes output.
+
+NB: PGDSpider is a powerful automated data conversion tool for population genetics and genomics (https://software.bioinformatics.unibe.ch/pgdspider/). It is used here for VCF → GENEPOP and GENEPOP → Geste/BayeScan conversions.
+
+**SSR Genotype file (tab):**
+
+::
+
+    Ind     Pop     Loc1    Loc2    Loc3
+    ind1    pop1    120/124 200/202 150/150
+    ind2    pop1    120/120 202/204 150/152
+    ind3    pop2    124/126 200/200 152/152
+
+
+**Genepop file (txt or tabular) :**
+
+::
+
+    loc1
+    loc2
+    .
+    .
+    .
+    locX
+    POP 
+    ind1, 0101 0101 ...
+    ind2, 0001 0101 ...
+    POP
+    ind3, 0100 0101 ...
+    ind4, 0100 0101 ...
+
+
+This file can be used as input for the LDNe software to estimate the effective population size.
+
+**GESTE/ BayeScan file (txt or tabular):**
+
+::
+    
+    [loci]=46
+
+    [populations]=6
+
+    [pop]=1
+     1  106 4   0 52 54 0
+     2  104 3   17 86 1
+     3  102 8   0 4 0 25 67 4 2 0
+
+This file can be used as input for the BayeScan tool.
+
+**Population assignement file (tab-separated)**
+
+::
+
+    ind1    pop1
+    ind2    pop2
+    ind3    pop2
+    ind4    pop1
+    ind5    pop3
+
+**Pop affiliation order (tab-separated)**
+
+::
+
+    pop1    1
+    pop2    2
+
+
+See also examples of VCF formats in :  https://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.5.pdf
+        
+        ]]></help>
+
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr642</citation>
+        <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr330</citation>
+
+        <citation type="bibtex">
+            @manual{VCFv45,
+                title        = {The Variant Call Format (VCF) Specification, Version 4.5},
+                author       = {{HTS-specs team}},
+                organization = {Global Alliance for Genomics and Health},
+                year         = {2024},
+                url          = {https://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.5.pdf},
+                note         = {Accessed: 2025-02-11}
+            }
+        </citation>
+    </citations>
+</tool>
+
diff --git a/tools/genetic_format_conversion/test-data/test_SSR.txt b/tools/genetic_format_conversion/test-data/test_SSR.txt
new file mode 100644
index 000000000..5a4b6962b
--- /dev/null
+++ b/tools/genetic_format_conversion/test-data/test_SSR.txt
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new file mode 100644
index 000000000..e92769719
--- /dev/null
+++ b/tools/genetic_format_conversion/test-data/test_SSR_genepop.txt
@@ -0,0 +1,271 @@
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+POP
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+GB-1_2021_Wei1-20-m21_1 ,  130130 100130 100130 100100 000000 130130 130130 130130 100100 130130 130130 130130 000000 130130 130130 130130 130130 130130 130130 100100 130130 130130 130130 130130 130130 000000 130130 100130 130130 000000 130130 000000 100130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 100130 130130 000000 100130 130130 100130 100130 000000 100130 130130 100130 000000 130130 130130 100130 100130 130130 100130 100100 100130 130130 100130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 130130 000000 100130 100130 130130 130130 130130 000000 130130 130130 000000 130130 100130 130130 130130 130130 130130 100100 130130 000000 130130 000000 130130 130130 130130 130130 130130 100130 100130 100100 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 000000 130130 130130 130130 130130 130130 130130 000000 100130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 100130 100130 000000 130130 130130 130130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 000000 100130 130130 130130 130130 000000 130130 100130 000000 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 000000 130130 000000 130130 130130 130130 100130 130130 130130 100130 100100 130130 130130 100130 100130 000000 130130 130130 130130 000000 130130 130130 000000 130130 130130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 100100 100100 130130 100130 100100 000000 130130 000000 130130 100130 130130 130130 130130 000000 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 000000 130130 100130 130130 100100 130130 100100 130130 130130 130130 130130 100130 100130 000000 130130 130130 100130 130130 000000 130130 130130 100130 000000 130130 130130 130130 000000 100130 100100 130130 100130 130130 100100 130130 130130 130130 130130 100130 130130 100130 100130 100130 000000 130130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 100130 000000 100130 130130 130130 100130 000000 100130 130130 100100 100130 100100 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 000000 000000 130130 130130 100100 130130 130130 000000 130130 100130 130130 130130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 100130 130130 100130 130130 100130 100100 130130 100130 130130 130130 000000 130130 000000 100100 000000 130130 130130 130130 130130 130130 000000 100130 100130 100130 130130 130130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 100130 100130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 000000 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 100130 130130 130130 000000 130130 000000 130130 130130 100130 130130 130130 100130 130130 100130 130130 130130 100130 100130 130130 000000 130130 130130 130130 130130 000000 130130 130130 130130 100130 130130 100130 100100 130130 130130 100130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 100100 130130 000000 130130 130130 100100 130130 000000 100130 000000 000000 000000 000000 130130 130130 130130 130130 130130 100130 100130 130130 130130 100130 130130 130130 100130 130130 130130 000000 000000 130130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 100130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 130130 000000 000000 130130 130130 130130 130130 100130 000000 000000 100100 130130 130130 130130 130130 000000 100130 130130 130130 130130 100130 130130 000000 130130 130130 130130 000000 130130 130130 100130 130130 100130 130130 100130

From 2e5f2956db0368a1ccb8bde07754a0e10ecbb4dd Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GINAMO <ginamo2025@proton.me>
Date: Fri, 27 Mar 2026 16:42:07 +0100
Subject: [PATCH 2/4] Correction remote_repository_url

---
 tools/genetic_format_conversion/.shed.yml | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml b/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml
index 33c25cb5f..49848b358 100644
--- a/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml
+++ b/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml
@@ -6,7 +6,7 @@ long_description: |
   This tool allows you to easily convert your genetic data files between VCF, GENEPOP, and BayeScan formats. 
   Powered by PGDSpider, it transforms your raw data into analysis-ready files while letting you define populations and filter genotype quality. 
   It is a practical solution for preparing your datasets before using software like BayeScan or LDNe.
-remote_repository_url: https://github.com/galaxyecology/tools-ecology/tree/master/tools/genetic_format_converter
+remote_repository_url: https://github.com/galaxyecology/tools-ecology/tree/master/tools/genetic_format_conversion
 type: unrestricted
 categories:
 - Ecology

From 4355f793fd01bbab838138b414a6fe13749f0d9f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GINAMO <ginamo2025@proton.me>
Date: Thu, 2 Apr 2026 09:32:48 +0200
Subject: [PATCH 3/4] Update test

---
 tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.xml | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.xml b/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.xml
index 5ebf23016..99bde655d 100644
--- a/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.xml
+++ b/tools/genetic_format_conversion/genetic_format_conversion.xml
@@ -225,7 +225,7 @@
         <param name="input_file" value="test_SSR_genepop.txt" ftype="txt"/>
         <param name="data_conditional|input_format" value="genepop"/>
         <param name="data_conditional|output_selection|output_format" value="bayescan"/>
-        <param name="data_conditional|output_selection|indpop" value="test_pop_ssr.txt"/>
+        <param name="data_conditional|output_selection|indpop" value="test_pop_SSR.txt"/>
         <param name="data_conditional|output_selection|marker_type" value="MICROSAT"/>
         <param name="data_conditional|output_selection|alleles_coded" value="as the length of the PCR fragments"/>
         <output name="convert_files" ftype="txt" count="1">

From 48e69c3e8039b9ac326db79e320f862d76e407fe Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GINAMO <ginamo2025@proton.me>
Date: Thu, 2 Apr 2026 09:34:28 +0200
Subject: [PATCH 4/4] homepage_url

---
 tools/genetic_format_conversion/.shed.yml | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml b/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml
index 49848b358..def2d9a74 100644
--- a/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml
+++ b/tools/genetic_format_conversion/.shed.yml
@@ -1,7 +1,7 @@
 name: genetic_format_conversion
 owner: ecology
 description: This tool enables the conversion and formatting of genotyping data between VCF, GENEPOP, SSR (tabular) and BayeScan formats.
-homepage_url: https://github.com/GINAMO-EBVs/ginamo-workflows/genetic_format_converter
+homepage_url: https://github.com/GINAMO-EBVs/ginamo-workflows/genetic_format_conversion
 long_description: |
   This tool allows you to easily convert your genetic data files between VCF, GENEPOP, and BayeScan formats. 
   Powered by PGDSpider, it transforms your raw data into analysis-ready files while letting you define populations and filter genotype quality.