| marp | true |
|---|---|
| title | 2025-12-15-Learn-R-with-AI-APEN |
林協霆，和信治癌中心腫瘤內科部
slido.com #379302
APEN Academy
2025-12-05
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R https://cran.csie.ntu.edu.tw/ Quarto https://quarto.org/docs/download/ Positron https://positron.posit.co/download.html
https://htlin222.github.io/learn-r-with-ai/
https://github.com/htlin222/learn-r-with-ai
文字版
Repo
Grolemund G. R for Data Science (2e). Hadley.nz. Published 2025. Accessed December 8, 2025. https://r4ds.hadley.nz/
clinical_dataset.csv
若主要目標是進行統計推論、臨床或流行病學研究、需要大量用到現成的統計模型與專門套件，且輸出是論文、報表或內部簡報，則 R 通常有較高的生產力。
Young S. The Hard Way is the Easy Way - Scott H Young. Scott H Young. Published May 11, 2020. Accessed December 7, 2025. https://www.scotthyoung.com/blog/2020/05/11/hard-is-easy/
My Awesome Project
😎
your-scripts.R
clinical_dataset.csv
./ （專案根目錄）
專案根目錄/ ├── 01_論文主檔.qmd ├── 02_專案設定.yml ├── 03_資料/ │ ├── 臨床試驗資料.csv │ └── 縱向追蹤資料.csv ├── 04_分析程式/ │ ├── 生存分析.R │ ├── 縱向分析.R │ └── 次群分析.R ├── 05_論文分章/ │ ├── 前言與方法.qmd │ └── 結果與討論.qmd └── 06_輸出成品/ └── 圖表與報告/
【檔案標頭區】 title: "乳癌運動試驗分析示範" format: html
【文欄位落】 本檔案示範如何在同一份檔案中，同時寫說明文字並執行 R 分析。
【R 程式區塊（輕量示範）】
library(dplyr) trial <- read.csv("03_資料/臨床試驗資料.csv") 摘要表 <- trial |> count（組別） 摘要表 # 在報告中顯示這個表格
【文欄位落】 上表說明各組受試者人數與隨機化是否均衡。
前言與方法.qmd
Highest standard: R4 (Text + Data + Code) Use GitHub/GitLab for code; Conda/Docker for environments Follow DOME framework: Data, Optimization, Model, Evaluation Commit before major AI interventions; use feature branches Document AI involvement clearly in commit messages
Gundersen OE. The fundamental principles of reproducibility. Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences. 2021;379(2197). doi:https://doi.org/10.1098/rsta.2020.0210
Audience Q&A
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我給你一個「任務」 你把任務描述貼給 AI（ChatGPT / Claude / Gemini） AI 給你程式碼 你貼到 Posit.cloud / Positron 執行 我們一起看結果、理解發生了什麼 你的工作是「問對問題」，不是「寫對程式」。
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 我完全沒學過 R 語言。請給我一段最簡單的 R 程式碼，用內建的套件，讓我可以畫出一個有 5 根柱子的長條圖，每根柱子的高度分別是 10、25、15、30、20。請給我可以直接複製貼上執行的程式碼。 請用英文標示所有 label ⏱️ 3 分鐘後，你應該會在看到一張圖。
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 請用「教小學生」的方式，解釋你剛剛給我的那段 R 程式碼。每一行在做什麼？什麼是「變數」？什麼是「函數」？ 🎯 目標：不用背，但要大概知道 AI 給你的東西是什麼意思。
📋 如果剛剛有錯誤訊息，複製錯誤訊息，加上這段話貼給 AI： Prompt 我在 Positron 執行你給的程式碼，出現這個錯誤： 【貼上錯誤訊息】 請告訴我這是什麼意思，以及怎麼修正。 🎯 記住：錯誤訊息是線索，不是你的錯。
📋 複製這段話，貼給 AI：
Prompt
R 語言裡面的「套件」(package) 是什麼？可以用「手機 App」來比喻嗎？另外，library() 這個指令是在做什麼？
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 我要在 R 裡面使用 ggplot2、gtsummary、broom、dplyr 、tidyverse 、report、skimr、這些個套件。請給我安裝這些套件的程式碼，以及安裝完之後怎麼載入它們。 先裝 pak 這個套件，之後用它來安裝其他套件 ⏱️ 安裝可能需要 2-3 分鐘，這是正常的。
Prompt 有人要我在 R 裡面使用 renv 套件？他有何居心？
CRAN (cran.r-project.org) — R 套件官方總倉庫，所有正式套件的家 Bioconductor (bioconductor.org) — 生物資訊學專用套件庫 Tidyverse (tidyverse.org) — 資料科學核心套件群（dplyr、ggplot2 等） rOpenSci (ropensci.org) — 經同儕審查的科學研究套件 R-universe (r-universe.dev) — 新一代套件搜尋整合平台
請先看看這個網址， 瞭解一下這個套件的用法
開場 快速入門
💻
📄
📊
1 建立 一個變數 叫做 "年齡"，存放 25 2 建立 一個變數 叫做 "姓名"，存放 "小明" 3 建立 一個變數 叫做 "是學生"，存放 真
R 常見的變數與資料型態有哪些？
1 IF 如果 （年齡 >= 18） 那麼 2 顯示 "你是成年人" 3 ELSE 否則 4 顯示 "你是未成年人" 5 結束 IF 如果
以典型臨床資料處理與生物統計分析為例，可以整理幾個常會自然用到流程控制的情境
1 從 i = 1 到 10 做 2 顯示 i 3 結束迴圈 4 WHILE 當 （還有作業沒寫完） 做 5 寫作業 6 檢查是否完成 7 結束 WHILE 當
1 IF 如果 （年齡 >= 18 而且 有駕照） 那麼 2 顯示👉 "可以開車 🚗" 3 結束 IF 如果
4 IF 如果 （是週末 或者 是假日） 那麼 5 顯示👉 "可以休息 🛏️" 6 結束 IF 如果
1 定義 函數 "計算面積"（長，寬） 2 面積 = 長 × 寬 3 回傳 面積 4 結束函數 （之後執行） 5 結果 = 呼叫 "計算面積"(5, 3) 6 顯示 結果 // 會顯示 15
R 最常用的 10 大 function（函數）有哪些？
1 建立 清單 "水果" = ["🍎", "🍌", "🍊"] （操作 1） 2 FOR 對於 清單中的每個 "水果項目" 做 3 顯示 水果項目 4 結束 FOR 對於 （操作 2） 5 取得 清單【第 2 個】 // 會得到 "🍌"
為什麼 R 的 data.frame 是一等公民
1 找出清單中最大的數字 2 定義 函數 "找最大值"（數字清單） 3 最大值 = 數字清單【從第一個開始】 4 對於 清單中的每個 "數字" 做 5 如果 （數字 > 最大值） 那麼 6 最大值 = 數字 7 結束如果 8 結束對於 9 回傳 最大值 10 結束函數
[3, 2, 5, 8, 7, 6] [3, 2, 5, 8, 7, 6] [3, 2, 5, 8, 7, 6] [3, 2, 5, 8, 7, 6] [3, 2, 5, 8, 7, 6] [3, 2, 5, 8, 7, 6]
DP-HLS. Ucsd.edu. Published 2021. Accessed December 10, 2025. https://turakhia.ucsd.edu/DP-HLS/
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 我有一個 CSV 檔案叫做 patient_data.csv，放在【./ 專案根目錄】。 請告訴我： 怎麼讀取這個檔案到 R 裡面 怎麼看前幾筆資料確認有讀成功 請給我可以直接執行的程式碼。 進階技巧：用套件 googlesheets4 從雲端 read_sheet()
📋 複製這段話，貼給 AI：
Prompt
我已經把資料讀進來了，存在一個叫做 patient_data 的變數。請給我程式碼，讓我可以：
看這個資料有幾列幾欄
看每個欄位的基本統計（平均、最大、最小等）
看每個欄位是什麼資料類型（數字、文字等）
用 skimr 跟 summary 顯示分析結果
📋 把 summary(patient_data) 的輸出複製起來，加上這段話貼給 AI：
Prompt
這是我的資料摘要，請幫我解讀每個欄位的意義，以及有沒有什麼需要注意的地方（例如遺漏值、異常值）：
【貼上 summary 輸出】
Audience Q&A
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📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 在醫學論文裡面，Table 1 通常是什麼？它的目的是什麼？裡面通常會放哪些東西？
📋 複製這段話，貼給 AI：
Prompt
我有一個 R 資料框叫做 patient_data，裡面有這些欄位：
treatment：治療組別（A 或 B）
age：年齡
gender：性別（M 或 F）
los：住院天數
請用 gtsummary 套件幫我做一個 Table 1，依照 treatment 分組，顯示其他變數的描述性統計。請給我可以直接執行的程式碼。
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 剛剛的 Table 1 很棒。請幫我加上 p-value，讓我可以看出兩組之間有沒有統計顯著差異。
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt gtsummary 在計算 p-value 的時候，是怎麼決定要用什麼統計方法的？例如，什麼時候用 t-test、什麼時候用 Wilcoxon、什麼時候用卡方檢定？
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 我做好了一個 gtsummary 的表格，想存在變數 my_table 裡面。我想要用 officer 把它輸出成 Word 跟 PPT 檔案，方便貼到我的論文。請給我程式碼。 請看 https://www.rdocumentation.org/packages/officer/versions/0.7.2 來學習套件的操作
用你自己的話問 AI： Prompt 我的資料有 欄位，我想要看 分組的比較... 🎯 目標：產出一個你自己研究可能會用到的 Table 1 ⏱️ 10 分鐘
Audience Q&A
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📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 我有一個資料框 patient_data`，裡面有 treatment（A 或 B 兩組）和 los（住院天數）。請用 ggplot2 畫一個盒狀圖，比較兩組的住院天數分佈。
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 請幫我美化這個盒狀圖： 加上標題「兩組治療的住院天數比較」 X 軸標籤改成「治療組別」，Y 軸改成「住院天數（天）」 用 jf-openhuninn-2.1.ttf 作為中文字體 請先下載 jf open 粉圓字型 使用 ggsci 的 JAMA 風格 不要顯示圖例（因為 X 軸已經說明了）
ggthemr hrbrthemes tvthemes ggthemes viridis scico
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 我想在盒狀圖上面疊加個別的資料點，讓讀者可以看到實際的分佈。但資料點不要完全重疊，要有一點水平的隨機散開。請修改程式碼。
📋 選一個你有興趣的，貼給 AI： 選項 A — 長條圖： 請用 ggplot2 畫一個長條圖，顯示 patient_data 裡面 gender 的人數分佈。 選項 B — 散佈圖： 請用 ggplot2 畫一個散佈圖，X 軸是 age，Y 軸是 los，我想看年齡和住院天數有沒有關係。 選項 C — 直方圖： 請用 ggplot2 畫一個直方圖，顯示 los 的分佈。 用 patchwork 把所有 Graph 整合在一起 視情況使用 ggdist / ggtext / ggiraph / ggh4x
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 我畫好了一張 ggplot2 的圖，想要存成 PNG 檔案，解析度要夠高可以放在論文裡（300 dpi），大小大約是 8 x 6 英吋。請給我存檔的程式碼。 接著用 svglite 存成 svg 檔 ( 請先下載 svglite)
用你自己的話問 AI，畫一張你研究可能會用到的圖。 一些靈感： 不同科別的住院天數比較 年齡分佈 某個數值隨時間的變化 ⏱️ 10 分鐘
Audience Q&A
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📋 複製這段話，貼給 AI：
Prompt
上傳你的的 patient_data.csv 給 GPT
我想要比較兩組病人（treatment A vs B）的住院天數（los）有沒有顯著差異。我的資料存在 patient_data 裡面。
請幫我：
依變項尺度、組數、配對與常態性，依教科書原則選擇最合適之統計，並簡要說明選擇理由。
給我執行這個檢定的 R 程式碼，用內建的套件優先
告訴我怎麼解讀結果
📋 把統計檢定的輸出複製起來，加上這段話貼給 AI： Prompt 這是我的統計檢定結果： 【貼上輸出】 請用白話文解釋這個結果，包括： 兩組有沒有顯著差異 p-value 是什麼意思 這個結果在臨床上可能代表什麼
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 剛剛的統計檢定有什麼前提假設？我要怎麼用 R 檢查我的資料有沒有符合這些假設？如果不符合，有什麼替代方法？
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 我想要看 treatment（A vs B）和 gender（M vs F）有沒有關聯。也就是說，A 組和 B 組的男女比例有沒有不同。 請給我適當的統計檢定程式碼，並教我怎麼解讀。
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 請看這組 time-to-event 的資料，做存活分析，看到生存資料時，先檢查： ① 是否有 competing risks（互斥終點）② 是否有 recurrent events 或 multi-state 轉換③ 暴露／關鍵共變項是否 time-varying 或藏 immortal time④ 是否有遲入、可能 informative censoring 或 center/doctor cluster，然後依檢查結果決定是否需用 CIF/cause-specific/Fine–Gray、recurrent/multi-state、time-dependent Cox、left truncation、IPCW、frailty 或 cluster-robust SE 做方法調整。 請給我適當的統計檢定程式碼，並教我怎麼解讀。
是不是 time-to-event？不是就回傳統 GLM。 有沒有互斥終點截斷這個事件？ 有 → competing risks（CIF + cause-specific / Fine–Gray）。 同一人會不會多次發生這個事件，而且「次數」重要？ 有 → recurrent events。 是否在講多個臨床狀態與轉移路徑？有 → multi-state。 暴露／關鍵 covariate 隨時間出現或改變，或需要先活一段時間才能算暴露？ 有 → time-dependent / trial emulation，防 immortal time。 入隊時間、離隊（censoring）、中心/醫師，是否明顯和預後相關或構成分群？ 有 → left truncation、IPCW / joint、cluster-robust 或 frailty。
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📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 請幫我寫一個完整的 R script，從頭到尾做完以下分析： 讀取 patient_data.csv 用 gtsummary 產出 Table 1（依照 treatment 分組，含 p-value） 用 ggplot2 畫一個比較兩組 los 的盒狀圖 做統計檢定比較兩組 los 把表格存成 Word 檔、圖存成 PNG 檔 請把程式碼整理成一個可以從頭跑到尾的 script，並加上註解說明每一步在做什麼。
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 所有統計分析結果必須以純文字形式輸出，使用 capture.output() 或 sink() 將結果儲存至 report.txt。優先使用 report 和 broom 套件產生可讀的摘要
1 sink("report.txt") 2 print(summary(model)) 3 print(report::report(model)) 4 print(broom::tidy(model)) 5 sink()
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 請將以下結構化的報告，用英文改寫成我的研究中 Result 的一個描述段落
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 請把剛剛的 script 改成一個「範本」，把檔案名稱、分組變數、要分析的變數都用清楚的變數名稱標示在最上面，這樣我以後只要改最上面的設定，就可以套用到不同的資料。
先用 renv::dependencies() 靜態掃描專案抓出所有第三方套件名稱，再用 packageVersion()（或 sessioninfo::session_info()）對這些套件逐一展開並記錄完整的版本號與環境資訊。 （ 請給我完整的程式碼）
1 Package Version 2 dplyr 1.1.4 3 ggplot2 3.5.1 4 survival 3.7-0 5 lme4 1.1-35.4 6 ...
所有統計分析與資料處理皆使用 R 軟體（R version 4.5.1）。分析程式碼之套件相依性以 renv 套件（版本 x.x.x）掃描整個專案目錄而得；除 base/recommended 套件外，本研究主要使用 dplyr（資料前處理）、ggplot2（資料視覺化）、lme4（線性混合效果模型）、survival（生存分析）等套件。完整之套件列表與版本資訊依 sessioninfo::session_info() 輸出，附於補充資料。
📋 複製這段話，貼給 AI： Prompt 我是一個剛學 R 的醫護人員，主要想用 R 做臨床研究的統計分析。請推薦我： 3 個最值得學的 R 技能（以我的需求來說） 2 個適合初學者的免費學習資源 當我遇到問題時，除了問你之外，還可以去哪裡找答案
把問題描述清楚，讓 AI 幫你寫程式 看懂 AI 給的程式碼大概在做什麼 當程式出錯，知道怎麼問 AI 修正 產出可以放進論文的表格和圖表 有一個可以重複使用的分析範本 你不需要記住任何語法。
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Have a Nice Day
Questions and discussion welcome Course materials available at: bit.ly/learn-r-with-ai Contact: hsieh.ting.lin@gmail.com Remember: Verify everything. Disclose transparently. Write ethically.
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