2025-07-21_客观的HE或PAS切片图像自动分析.qmd

---
title: HE/PAS分析
subtitle: 客观的H&E或PAS切片图像自动分析
date: 2025-07-21
toc-depth: 4
toc-expand: true
lang: en
---

## 1. H&E或PAS切片图像人工主观评分的问题

拿到H&E或PAS切片的高清扫描图片后，需要对其进行评分，以分析不同组别或不同处理之间的差异。

通过文献检索，可能会找到类似下面的H&E和PAS切片图像的人工评分方法 [@Zhang2018]。

<p align="center">
  <img src="images/watermark.png" style="width: 100%; height: auto;">
</p>

但是，可能会觉得：

- 人工评分<mark>**太主观，太随意**</mark>了（比如区域选择）~

- 人工评分<mark>**因人而异**</mark>~

- 人工评分<mark>**耗时长**</mark>（片子比较多），担心<mark>**前后标准不一致**</mark>~

总之，担心<mark>**不能真实反应组间差异**</mark>。

还有，从2025年6月1日起，多个Nature系列期刊（即《Nature Communications》、《Nature Cell Biology》、《Nature Methods》、和《Nature Structural & Molecular Biology》）[@NCB2025]：

> 鼓励作者将其显微镜数据集存储在公共数据仓库中，正如基因组学和蛋白质组学等其它领域要求的那样 [@NCB2025]。

可以想象，**在以后的某个时间点，图片相关数据也可能被杂志强制要求共享到公共数据库，以供感兴趣的人员重复和使用**。

## 2. 客观的分析

- <span style="color: #517699;">**客观**的H&E切片图像自动分析服务。</span>

- <span style="color: #517699;">**客观**的PAS切片图像自动分析服务。</span>

**客观**的切片分析，能够**避免**<u>人为主观分析的各种缺点</u>，比如<u>(1)相对随意的切片区域选择</u>；<u>(2)不同分析人员之间的标准差异</u>；<u>(3)同一分析人员不同时间的标准差异</u>等，因此可以**保证结果的可重复性**。

### 2.1 客观的H&E切片图像自动分析流程

#### 2.1.1 理论基础

各种原因导致的炎症都伴随白细胞的浸润 [@Coussens2002]，或直观理解为病灶部位细胞增多，其通常通过H&E切片染色进行鉴别 [@deHaan2021]。

本流程通过计数H&E切片中的**相对细胞（核）总数**和**相对细胞核总面积**，以实现**客观**的H&E切片自动分析。

#### 2.1.2 流程和实例

<div style="text-align: center;">
  <img src="./images/he.png" style="max-width: 100%; height: auto;">
</div>

**说明**：示例所用组织切片使用3DHISTECH公司出品的Pannoramic 250 FLASH数字病理切片扫描仪进行扫描，采用20×明场物镜，获得全幅高分辨率数字图像，并保存为.mrxs格式以供分析。本示例切片的.mrxs格式文件大小约600 M。

### 2.2 客观的PAS切片图像自动分析流程

#### 2.2.1 理论基础

PAS染色主要用于染色含有高比例碳水化合物（包括糖原）的结构 [@Singh2017]，比如用于小鼠肺哮喘模型的粘液分泌鉴别 [@Khumalo2020]。

本流程通过计数PAS切片中的**相对PAS阳性颗粒总数**和**相对PAS阳性颗粒总面积**，以实现**客观**的PAS切片自动分析。

#### 2.2.2 流程和实例

<div style="text-align: center;">
  <img src="./images/pas.png" style="max-width: 100%; height: auto;">
</div>

**说明**：示例所用组织切片使用3DHISTECH公司出品的Pannoramic 250 FLASH数字病理切片扫描仪进行扫描，采用20×明场物镜，获得全幅高分辨率数字图像，并保存为.mrxs格式以供分析。本示例切片的.mrxs格式文件大小约600 M。

[给我买杯茶🍵](给我买杯茶.qmd)

## References