2025-07-22_客观的免疫荧光图像自动分析.qmd

---
title: IF分析
subtitle: 客观的免疫荧光图像自动分析
date: 2025-07-22
toc-depth: 4
toc-expand: true
lang: en
---

## 1. 免疫荧光图像人工主观评价的问题

对于免疫荧光图像分析的方法，通过文献检索，可能会发现很多文章都是通过人工主观评价来验证的。

比如下面这两篇文章[@Chen2021]<sup>, </sup>[@Franco2017]，作者通过眼睛观察图像，来判断胞内菌是否和宿主细胞蛋白共定位。

<p align="center">
  <img src="images/problem_2025-07-19.png" style="width: 100%; height: auto;">
</p>

笔者曾经也用这种方法统计共定位，但是在操作过程中：

- 无法客观的选择胞内菌（主观的不由自主的选择期望的共定位或不共定位的胞内菌）。
  - 有点像所谓的：通过“理论”推测来选择数据😂，虽然主观上无造假的想法。

- 累眼睛，进而累心。
  - 特别是组别多和耗时长的时候。

- 有时候主观认为某种模式属于共定位，有时候又认为其不属于共定位。
  - 也就是：前后标准不一致。

最终的结果是：**担心不能真实反映组间差异**。

还有，从2025年6月1日起，多个Nature系列期刊（即《Nature Communications》、《Nature Cell Biology》、《Nature Methods》、和《Nature Structural & Molecular Biology》）[@NCB2025]：

> 鼓励作者将其显微镜数据集存储在公共数据仓库中，正如基因组学和蛋白质组学等其它领域要求的那样 [@NCB2025]。

可以想象，**在以后的某个时间点，图片相关数据也可能被杂志强制要求共享到公共数据库，以供感兴趣的人员重复和使用**。

## 2. 客观的分析

- <span style="color: #517699;">**客观**的免疫荧光图像自动分析服务。</span>

**客观**的图片分析，能够**避免**<u>人为主观分析的各种缺点</u>，比如<u>(1)相对随意的图片区域选择</u>；<u>(2)不同分析人员之间的标准差异</u>；<u>(3)同一分析人员不同时间的标准差异</u>等，因此可以**保证结果的可重复性**。

### 2.1. 客观的免疫荧光图像自动分析流程

#### 2.1.1 理论基础

免疫荧光（IF）是一种重要的免疫化学技术，能够在不同类型的组织和各种细胞制备中检测和定位多种抗原[@Im2019]，比如用于分析胞内菌和宿主细胞互作[@Franco2017]、用于肿瘤的免疫治疗[@Lin2023]等。

本流程通过无差别的选择视野（图片）中的所有胞内菌，并进行特定光通路对应区域的信号强度分析、及共定位分析，以实现**客观**的免疫荧光图像**自动**分析。

#### 2.1.2 流程和实例

<div style="text-align: center;">
  <img src="./images/IF.png" style="max-width: 100%; height: auto;">
</div>

**说明**：示例所用共聚焦图片通过莱卡共聚焦显微镜获得，采用40×物镜，图片保存格式为tif。

[给我买杯茶🍵](给我买杯茶.qmd)

## References