Bio_informatics_science_technology_image_beyond_1/2025-09-15_一切皆结核.qmd at main · iamhealthy/Bio_informatics_science_technology_image_beyond_1 · GitHub

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title: 一切皆结核
date: 2025-09-15
toc-depth: 4
toc-expand: true
lang: en
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## 1. 一个小短文

看到一个科学小短文[@Robert2025]，题目是：

> Everything Is Tuberculosis: The History and Persistence of Our Deadliest Infection

> 一切皆结核：人类最致命传染病的历史与顽疾

里面有一句概括的结论，笔者眼前一亮，所以分享：

<center>
> <mark>Tuberculosis has killed about one in seven people who have ever lived.</mark>

> <mark>结核病已夺走了大约每七名曾生活在地球上的人中一人的生命。</mark>
</center>

这个小短文主要是提及一本书*Everything is Tuberculosis*/《一切皆结核》。

写这个推文时，也留意到这本书亦被柳叶刀系列杂志[@Burki2025]提及。

## 2.《一切皆结核》

<center>
![By John Green, 2025.](images/everything-is-tb.jpg){width="50%"}
</center>

这本书面向普通读者。

## 3. John Green

<center>
![**John Green** grew up in Orlando, Florida before attending Indian Springs School and then Kenyon College. John Green is the New York Times bestselling author of... https://www.johngreenbooks.com/bio](images/john-green.png){width="50%"}
</center>

## 4. 结核分枝杆菌感染（*Mtb*，结核的主要病原菌）的地球

### 4.1 下载地球

1. 从https://bioicons.com/?query=earth通过点击复制“earth”矢量图。

2. 在Adobe Illustrator中新建A4文档。

3. 粘贴该brain到A4文档。

4. 通过画板工具调整空白区域。

5. 导出为png图片（150 ppi、消除锯齿：无、背景色：透明）。

<center>
![](images/earth.png){width="50%"}
</center>

### 4.2 下载结核分枝杆菌

1. 从https://bioart.niaid.nih.gov/discover?q=tuberculosis&sort=relevance通过下载结核分枝杆菌矢量图素材。

2. 用Adobe Illustrator打开。

3. 去掉多余的元素，只留下结核分枝杆菌的矢量图，并调整分枝杆菌的填充色为红色。

4. 通过画板工具调整空白区域。

5. 导出为png图片（150 ppi、消除锯齿：无、背景色：透明）。

<center>
![](images/Tuberculosis0001-grey.svg){width="50%"}
</center>

### 4.3 结核分枝杆菌感染的地球（just for fun）

1. 加载包

```{r}
#| message: false
#| warning: false

library(tidyverse) # for ggplot2
library(tidyplots) # for plotting
library(terra) # for putting earch and mycobacterium tuberculosis on the plot
library(grid) # for putting earch and mycobacterium tuberculosis on the plot
```

2. 生成一个数据，目的是为了产生一个空plot

```{r}
df <- as_tibble(
    data.frame(x = 1:100, y = 1:100)
)
```

3. 读取地球

```{r}
#| message: false
#| warning: false

earch <- terra::rast("images/earth.png") # read earth
earth <- terra::flip(earch, direction = "vertical") # flip
earth |> dim() # check dimensions
earth <- terra::as.array(earth)/255 # convert to array and normalize to [0, 1], the original values are 0-255 (8 bit image)
earth <- grid::rasterGrob(earth) # convert to raster grob
```

4. 读取结核分枝杆菌

```{r}
#| message: false
#| warning: false

mtb <- terra::rast("images/Tuberculosis0001-grey.png") # read mtb
mtb <- terra::flip(mtb, direction = "vertical") # flip
mtb |> dim() # check dimensions
mtb <- terra::as.array(mtb)/255 # convert to array and normalize to [0, 1], the original values are 0-255 (8 bit image)
mtb <- grid::rasterGrob(mtb) # convert to raster grob
```

5. 在这个空plot上绘制地球和结核分枝杆菌

```{r}
df |>
    tidyplot(x = x, y = y) |>
    add(ggplot2::annotation_custom(
        earth, xmin = 2, xmax = 98, ymin = 2, ymax = 98
    )) |>
    add(ggplot2::annotation_custom(
        mtb, xmin = 10, xmax = 90, ymin = 10, ymax = 90
    )) |>
    add_data_points(alpha = 0) |> # do not show data points
    add(ggplot2::labs(title = "The earth infected by" ~ italic("Mtb"))) |>
    adjust_title(fontsize = 12) |>
    adjust_size(width = 10, height = 10, unit = "cm")
```

*Mtb*是胞内菌[@RankineWilson2021]，即其可生活在细胞内。

*Mtb*感染地球这幅图即暗含结核病依然很严峻，又暗含*Mtb*感染细胞（想象地球是个细胞）。

[给我买杯茶🍵](给我买杯茶.qmd)

## References