Bio_informatics_science_technology_image_beyond_1/2025-09-26_mrxs格式切片信息了解.qmd at main · iamhealthy/Bio_informatics_science_technology_image_beyond_1 · GitHub

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title: mrxs格式切片
subtitle: mrxs格式切片信息了解
date: 2025-09-26
toc-depth: 4
toc-expand: true
lang: en
---

<center>
![图源：https://downloads.openmicroscopy.org/images/Vectra-QPTIFF/perkinelmer/PKI_scans/](images/fluo.png){width="60%"}
</center>

使用不同的切片扫描仪扫描，通常伴随着不同的切片格式（比如.mrxs、.svs、.ndpi、.qptiff等）。

比如使用3DHISTECH公司的切片扫描仪扫描的切片，通常保存为.mrxs格式（比如s[客观的H&E或PAS切片图像自动分析](2025-07-21_客观的HE或PAS切片图像自动分析.qmd)）。

## 1. mrxs格式切片文件结构

.mrxs文件的结构如下：
```{r}
#| eval: false
library(fs)

path <- "path/to/your/mrxs/folder"

path |>
    dir_tree(, recurse = TRUE)

path/to/your/folder
├── xxx
│   ├── Data0000.dat
│   ├── Data0001.dat
│   ├── Data0002.dat
│   ├── Data0003.dat
│   ├── Data0004.dat
│   ├── Data0005.dat
│   ├── Data0006.dat
│   ├── Data0007.dat
│   ├── Data0008.dat
│   ├── Data0009.dat
│   ├── Data0010.dat
│   ├── Data0011.dat
│   ├── Data0012.dat
│   ├── Data0013.dat
│   ├── Data0014.dat
│   ├── Data0015.dat
│   ├── Data0016.dat
│   ├── Data0017.dat
│   ├── Data0018.dat
│   ├── Data0019.dat
│   ├── Data0020.dat
│   ├── Data0021.dat
│   ├── Data0022.dat
│   ├── Data0023.dat
│   ├── Data0024.dat
│   ├── Data0025.dat
│   ├── Data0026.dat
│   ├── Data0027.dat
│   ├── Data0028.dat
│   ├── Data0029.dat
│   ├── Data0030.dat
│   ├── Data0031.dat
│   ├── Data0032.dat
│   ├── Data0033.dat
│   ├── Data0034.dat
│   ├── Data0035.dat
│   ├── Data0036.dat
│   ├── Data0037.dat
│   ├── Data0038.dat
│   ├── Data0039.dat
│   ├── Data0040.dat
│   ├── Data0041.dat
│   ├── Data0042.dat
│   ├── Data0043.dat
│   ├── Data0044.dat
│   ├── Index.dat
│   └── Slidedat.ini
├── xxx.mrxs
```

可看出，包含了xxx.mrxs文件和一个同名的xxx文件夹。

在xxx文件夹中，有Slidedat.ini文件。

## 2. Slidedat.ini文件内容

Slidedata.ini文件内容如下：
```{r}
library(readr)

path <- "raw_data/Slidedat.ini"

path |>
    read_lines(n_max = 20) # 只读取前20行
```
只显示了前20行，实际上内容更多。

## 3. Slidedat.ini文件内一些有用信息

这个文件可以用文本编辑器打开查看。

Slidedata.ini文件中，有一些有用的信息，包括:

- **SLIDE_TYPE = SLIDE_TYPE_FLUORESCENCE** #切片类型（这个是荧光染色切片）
- **SLIDE_CREATIONDATETIME = dd/mm/yyyy hh:mm:ss** #切片创建时间
- **OBJECTIVE_MAGNIFICATION = 20** #物镜倍数/物理放大倍数
- **[LAYER_0_LEVEL_0_SECTION]** #切片第0层的信息（最高分辨率层）
    - **MICROMETER_PER_PIXEL_X = 0.273809523809524** #第0层X轴每像素对应的微米数
    - **MICROMETER_PER_PIXEL_Y = 0.273809523809524** #第0层Y轴每像素对应的微米数
- **[LAYER_0_LEVEL_1_SECTION]** #切片第1层的信息（次高分辨率层）
    - **MICROMETER_PER_PIXEL_X = 0.547619047619048** #第1层X轴每像素对应的微米数
    - **MICROMETER_PER_PIXEL_Y = 0.547619047619048** #第1层Y轴每像素对应的微米数


这个文件有很多信息，这里只抛砖引玉，您可以打开逐行查看。

[给我买杯茶🍵](给我买杯茶.qmd)