2025-09-30_用QuPath打开mrxs格式切片图像的问题.qmd

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title: QuPath vs mrxs
subtitle: 用QuPath打开mrxs格式切片图像的问题
date: 2025-09-30
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toc-expand: true
lang: en
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有时候，我们所拿到的切片图像格式是mrxs格式。

并且有时候，您可能想用QuPath软件[@Bankhead2017]来分析这些图片。

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![图源：https://chanzuckerberg.com/和Font Awesome（并组合和修改）。](images/qupath-vs-mrxs.png){width="60%"}
</center>

## 1. QuPath对mrxs格式的支持情况

阅读QuPath的官方文档，可以发现：

> ... 2D, 8-bit, RGB images that do not use JPEG-XR compression <mark>seem to be ok</mark>. Anything else (e.g. 16-bit fluorescence) <mark>is not</mark>.

> QuPath may still be able to open <mark>a low-resolution thumbnail for an unsupported</mark> MRXS image, but unfortunately <mark>not the full data</mark>.

所以，从实操角度，当拿到mrxs格式切片图像时，先用QuPath试试看。

下面所测试的是Windows版本的QuPath（version 0.6.0）。

## 2. 用QuPath打开mrxs格式的白光切片图像

- 当图片路径包含中文时，发现只打开了缩略图，而没有打开完整图像👎。

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![QuPath自动选择的image server类型是“Bio-Formats”。手动选择image server类型为“OpenSlide”后，甚至显示“Error attempting to load image data. Failed to load ImageServer”。](images/he_cn.png){width="100%"}
</center>

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![打开图片时，可以让QuPath自动选择image server类型，亦可以手动选择。](images/image-serve-select.png){width="60%"}
</center>

- 当图片路径不包含中文时，则打开了完整图像👋。

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![QuPath自动选择的image server类型是“OpenSlide”。](images/he_en.png){width="100%"}
</center>

所以，先保证图片路径不包含中文，再用QuPath打开mrxs格式切片。

## 3. 用QuPath打开mrxs格式的多色荧光切片图像

- 当图片路径不包含中文时，打开了图像，且识别了pyramid信息，但通道只有RGB通道，而没有真实的荧光通道信息，且读取的图片含有灰色区域。

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![成功读取了pyramid信息，但通道不对，且读取的图片含有灰色区域。](images/fluo_en.png){width="100%"}
</center>

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![正确的荧光通道（示例）。](images/right-channels.png){width="60%"}
</center>

- 其它几个image servers，要么只能读取缩略图，要么“Error attempting to load image data. Failed to load ImageServer”，要么“Unable to add images”👎。

所以，<mark>如果还是想用QuPath分析的话，需要提前将mrxs格式转为QuPath支持的格式</mark>。

[给我买杯茶🍵](给我买杯茶.qmd)

## References