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Genomic Data Analysis and Visualization

Introducción al análisis genómico. Tecnologías de secuenciación genómica de nueva generación (Next Generation Sequencing -NGS). Aplicación de los datos de NGS a diferentes campos (clínica, mejora, evolución, etc.)

Ensamblaje y anotación de genomas. Análisis de la calidad de datos de NGS y procesamiento.

Análisis de variación genética. Detección polimorfismos. Estudios de asociación.

Filogenómica y Genómica Comparada. Conceptos y herramientas básicas para el análisis evolutivo y visualización de resultados. Anotación funcional

Transcriptómica. Estudios diferenciales de expresión. Librerías de análisis y visualización

Análisis de funciones biológicas a partir de datos transcripcionales de NGS. Metodologías de agrupamiento/”clustering”.Análisis y redes de co-expresión. Enriquecimiento en categorías funcionales (ontología génica).

Identificación de biomarcadores a partir de datos de NGS. Análisis global de transcriptomas y determinación de la identidad molecular.

Análisis transcripcional célula a célula (“Single Cells Omics”). Identificación de variantes celulares y de la identidad celular. Mapas transcripcionales.

Regulación genómica: Conceptos y herramientas básicos para el análisis computacional de epigenómica, chip-seq, Hi-C, etc.

Metagenómica. Tipo de datos y estándares actuales. Principales bases de datos y herramientas disponibles. Procesado y ensamblaje de datos. Cálculo de perfiles taxonómicos y funcionales.