Update readme.md

Author: kagvi13

agents/readme.md

@@ -2,21 +2,25 @@
 
 ```
 agents/
-├── agent.py               ← основной исполняемый файл CLI-агента
-├── cli.py                 ← запуск агента в нужном режиме
-├── qa.py                  ← режим "вопрос-ответ"
-├── repl.py                ← интерактивный REPL-режим
-├── mcp_server.py          ← API-интерфейс для HMP-агента (получение новых/случайных записей, разметка, импорт графа и т.п.)
-├── notebook.py            ← добавление и просмотр пользователем записей в блокноте
-├── config.yml             ← конфигурация агента (имя, порты, роли и т.п.)
-├── ethics.yml             ← локальная этическая модель
-└── bootstrap.txt          ← список начальных узлов
+├── agent.py               ← Основной исполняемый файл CLI-агента.
+├── cli.py                 ← Запуск агента в нужном режиме.
+├── qa.py                  ← Режим "вопрос-ответ".
+├── repl.py                ← Интерактивный REPL-режим.
+├── mcp_server.py          ← API-интерфейс для HMP-агента (получение новых/случайных записей, разметка, импорт графа и т.п.).
+├── notebook.py            ← Добавление и просмотр пользователем записей в блокноте.
+├── config.yml             ← Конфигурация агента (имя, порты, роли и т.п.).
+├── ethics.yml             ← Локальная этическая модель.
+└── bootstrap.txt          ← Список начальных узлов.
 └── tools/
-    ├── init_db.py             ← инициализация базы данных
-    ├── storage.py             ← реализация базового хранилища (`Storage`), подключение SQLite
-    ├── diagnose.py            ← скрипт диагностики соединения, определения IP и проверки порта DHT
-    ├── llm.py                 ← обёртка над LLM (заглушка или API)
-    ├── similarity.py          ← сравнение смыслов
+    ├── init_db.py             ← Инициализация базы данных.
+    ├── storage.py             ← Реализация базового хранилища (`Storage`), подключение SQLite.
+    ├── diagnose.py            ← Скрипт диагностики соединения, определения IP и проверки порта DHT.
+    ├── context_builder.py     ← Сбор всех `контекстов` из БД и их фильтрация.
+    ├── llm.py                 ← Работа с LLM (вызов, выбор модели, системный промпт).
+    ├── command_parser.py      ← Извлечение команд из JSON или размеченного блока.
+    ├── command_executor.py    ← Выполнение команд (shell, graph, diary и др).
+    ├── memory_utils.py        ← Работа с 'llm_memory', 'llm_recent_responses' и стагнацией.
+    ├── similarity.py          ← Сравнение смыслов.
     └── ... (другие утилиты)
 ```