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python train.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9
python train.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--directed
# End2end evaluation
python evaluate.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--ckpt save/DHFR_jump/best_model.pt
# Directed evaluation
python evaluate.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--directed \
--ckpt save/DHFR_jump_directed/best_model.pt
# Scalability evaluation
python evaluate.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--ckpt save/DHFR_jump/best_model.pt \
--test_keys test_keys_nondense_0_20.pkl
python evaluate.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--ckpt save/DHFR_jump/best_model.pt \
--test_keys test_keys_nondense_20_40.pkl
python evaluate.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--ckpt save/DHFR_jump/best_model.pt \
--test_keys test_keys_nondense_40_60.pkl
python evaluate.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--ckpt save/DHFR_jump/best_model.pt \
--test_keys test_keys_nondense_60_.pkl
# Explainability evaluation
python evaluate_matching.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--ckpt save/DHFR_jump/best_model.pt
python evaluate_matching.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--directed \
--ckpt save/DHFR_jump_directed/best_model.pt
# Abalation study
python train.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--branch left
python evaluate.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--branch left \
--ckpt save/DHFR_jump_left/best_model.pt
python evaluate_matching.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--branch left \
--ckpt save/DHFR_jump_left/best_model.pt
python train.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic cont \
--embedding_dim 9 \
--branch left
python evaluate.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic cont \
--embedding_dim 9 \
--branch left \
--ckpt save/DHFR_cont_left/best_model.pt
python evaluate_matching.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic cont \
--embedding_dim 9 \
--branch left \
--ckpt save/DHFR_cont_left/best_model.pt
python train.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic static \
--embedding_dim 9 \
--branch left
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--dataset DHFR \
--batch_size 256 \
--tatic static \
--embedding_dim 9 \
--branch left \
--ckpt save/DHFR_static1_left/best_model.pt
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--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic static \
--embedding_dim 9 \
--branch left \
--ckpt save/DHFR_static1_left/best_model.pt
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--embedding_dim 9 \
--branch right
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--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--branch right \
--ckpt save/DHFR_jump_right/best_model.pt
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--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--branch right \
--ckpt save/DHFR_jump_right/best_model.pt
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--branch right
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--tatic cont \
--embedding_dim 9 \
--branch right \
--ckpt save/DHFR_cont_right/best_model.pt
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--branch right \
--ckpt save/DHFR_cont_right/best_model.pt
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--branch right
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--branch right \
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--batch_size 128 \
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--embedding_dim 9 \
--branch right \
--ckpt save/DHFR_static1_right/best_model.pt
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--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
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--nhead 2
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--dataset DHFR \
--batch_size 128 \
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--embedding_dim 9 \
--nhead 2 \
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--dataset DHFR \
--batch_size 64 \
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--nhead 2 \
--ckpt save/DHFR_jump_nhead2/best_model.pt
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--dataset DHFR \
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--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--nhead 4
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--dataset DHFR \
--batch_size 64 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--nhead 4 \
--ckpt save/DHFR_jump_nhead4/best_model.pt
python evaluate_matching.py \
--dataset DHFR \
--batch_size 32 \
--tatic jump \
--embedding_dim 9 \
--nhead 4 \
--ckpt save/DHFR_jump_nhead4/best_model.pt
# Generalization
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--batch_size 64 \
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--tag cross
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--dataset KKI \
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--tag DHFR_cross \
--ckpt save/DHFR_jump_cross/best_model.pt
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--dataset COX2 \
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--tatic jump \
--embedding_dim 190 \
--tag DHFR_cross \
--ckpt save/DHFR_jump_cross/best_model.pt
python evaluate.py \
--dataset COX2_MD \
--batch_size 32 \
--tatic jump \
--embedding_dim 190 \
--tag DHFR_cross \
--ckpt save/DHFR_jump_cross/best_model.pt
python evaluate.py \
--dataset DBLP-v1 \
--batch_size 64 \
--tatic jump \
--embedding_dim 190 \
--tag DHFR_cross \
--ckpt save/DHFR_jump_cross/best_model.pt
python evaluate.py \
--dataset MSRC-21 \
--batch_size 64 \
--tatic jump \
--embedding_dim 190 \
--tag DHFR_cross \
--ckpt save/DHFR_jump_cross/best_model.pt