-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Expand file tree
/
Copy pathsprawozdanie.Rmd
More file actions
1074 lines (854 loc) · 40.4 KB
/
sprawozdanie.Rmd
File metadata and controls
1074 lines (854 loc) · 40.4 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
---
title: "Analiza jakości powietrza"
author: "Michał Ziemianek & Miłosz Jeżyna"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output:
html_document:
code_folding: hide
toc: true
toc_float: true
toc_collapsed: true
toc_depth: 4
theme: lumen
highlight: tango
df_print: paged
self-contained: true
---
``` {css, echo=FALSE}
h1, h2, h3, h4 {
color: black;
}
h4 {
font-size: 19px;
}
p {
font-size: 18px;
color: #2e2e2e;
text-align: justify;
}
.red {
color: red;
}
```
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
---
# 1. Cel projektu
Projekt ma na celu analizę pomiarów powietrza w wybranych stacjach, a następnie ocenę jakości mierzonego powietrza. Ponadto, dodatkowym celem jest sprawdzenie skutecznosci metody automatycznej w stosunku do metody manualnej. Do wykonania projektu został użyty pakiet `giosimport`, którego zadaniem jest pobieranie i wczytywanie danych z portalu jakości powietrza GIOŚ.
---
# 2. Przygotowanie danych
## 2.1 Wczytanie pakietów
Żeby przygotować dane, które będziemy analizować, musieliśmy najpierw zainstalować, a następnie wczytać niezbędne narzędzia m.in.: pakiet `devtools`, a także inne.
``` {r, message=FALSE, warning=FALSE}
if(!require(devtools)) {install.packages("devtools")
require(devtools)}
library(giosimport)
library(dplyr)
library(purrr)
library(ggplot2)
library(stringr)
library(tidyr)
library(leaflet)
library(openxlsx)
library(janitor)
library(openair)
library(Rcpp)
library(DT)
```
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, echo=FALSE}
kat_dost <- "C:/Users/48506/Documents/Studia/Studia II rok/Semestr3/MBiAS/proj1_R/dane"
```
## 2.2 Pobranie danych
Metadane dotyczące stacji oraz stanowisk pobieramy ze strony [Głównego Inspektoratu Ochrony Środowiska](http://powietrze.gios.gov.pl/pjp/current), przy pomocy funkcji `gios_metadane`,
która zawiera się w pakiecie `giosimport`. Oprócz tego pobieramy również statystyki dotyczące
poszczególnych substancji w atmosferze.
``` {r, message=FALSE, warning=FALSE, class.source = 'fold-show'}
stacje <- gios_metadane(type = "stacje",
download = F,
path = kat_dost,
mode = "wb")
stanowiska <- gios_metadane(type = "stanowiska",
download = F,
path = kat_dost,
mode = "wb")
statystyki <- gios_metadane(type = "statystyki",
download = F,
path = kat_dost,
mode = "wb")
```
Przy użyciu funkcji `gios_download` pobieramy archiwalne pliki z banku danych pomiarów portalu [GIOŚ](http://powietrze.gios.gov.pl/pjp/archives). Wykorzystana funkcja umożliwia również natychmiastowe rozpakowanie
plików do wskazanej lokalizacji.
```{r message=FALSE, warning=FALSE, class.source = 'fold-show'}
pliki_2020 <- gios_download(url = zrodlo[21,1],
rok = zrodlo[21,2],
path = kat_dost,
mode = "wb")
```
```{r message=FALSE, warning=FALSE, include=FALSE}
#przeniesienie plikow do podkatalogu o nazwie 2020
pliki_2020 <- dir(paste0(kat_dost, "/2020"))
```
## 2.3 Selekcja danych
### 2.3.1 Wybranie odpowiednich stacji
Następnie wybieramy tylko aktywne stacje, oraz przy pomocy funkcji `gios_vis` wizualizujemy ich położenie,
na mapie.
``` {r, out.width = "100%"}
gios_vis(data = stacje %>% filter(is.na(data.zamkniecia)))
```
Wśród stanowisk, wybieramy tylko takie stacje, na których poziom pyłu zawieszonego PM10 mierzony jest zarówno metodą
automatyczną (co 1h), jak i metodą manualną (co 24h).
``` {r, class.source = 'fold-show'}
identyfikacja <- stanowiska %>%
filter(`wskaznik.-.kod` == "PM10") %>%
filter(typ.pomiaru == c("automatyczny", "manualny")) %>%
pull(kod.stacji)
```
Teraz możemy zwizualizować stacje, które spełniają powyższe warunki.
``` {r, out.width = "100%"}
gios_vis(data = stacje %>%
filter(is.na(data.zamkniecia),
kod.stacji %in% identyfikacja))
```
Zobaczmy teraz średnie roczne stężenie pyłu zawieszonego PM10 mierzonego metodą manualną,
dla stacji znajdujących się na obszarze Aglomeracji Górnośląskiej - tutaj mieszczą się stacje (`SlKatoKossut` i `SlDabro1000L`), które wybraliśmy do dalszej analizy jakości powietrza. Czerwona linia pokazuje maksymalne dopuszczalne stężenie pyłu PM10.
``` {r, message=FALSE, warning=FALSE, class.source = 'fold-show', out.width = "100%"}
statystyki[["PM10"]] %>%
filter(Czas.uśredniania == "24g",
Nazwa.strefy == "Aglomeracja Górnośląska") %>%
ggplot(., aes(x = Rok,
y = Średnia,
fill = Kod.stacji),
color = "black") +
geom_col(position = position_dodge2(0.2)) +
geom_hline(yintercept = 40, color = 'red', size = 1) +
facet_wrap(~Kod.stacji) +
theme_bw() +
theme(legend.position = "top",
legend.direction = "horizontal") +
labs(x = openair::quickText("Średnie roczne stężenie pyłu zawieszonego PM10 [ug/m3]"),
fill = "kod")
```
Możemy zauważyć, że w większości lat, na przedstawionych stacjach średnioroczny poziom stężenia pyłu zawieszonego PM10 <span class="red"> przekracza maksymalne dopuszczalne stężenie </span>, opisane w normie prawnej.
### 2.3.2 Wczytanie i selekcja danych pomiarowych
Za pomocą funkcji `gios_read` wczytujemy dane pomiarowe z pobranej bazy danych, dotyczące
substancji mierzonych metodami manualną i automatyczną.
``` {r, message=FALSE, warning=FALSE}
#PM10:
#manualne:
pm10_24h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_PM10_24g.xlsx",
czas_mu = "24g",
path = kat_dost)
#automatyczne
pm10_1h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_PM10_1g.xlsx",
czas_mu = "1g",
path = kat_dost)
#dwutlenek siarki - SO2:
so2_1h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_SO2_1g.xlsx",
czas_mu = "1g",
path = kat_dost)
#tlenek azotu - NO:
no_1h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_NO_1g.xlsx",
czas_mu = "1g",
path = kat_dost)
#dwutlenek azotu - NO2:
no2_1h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_NO2_1g.xlsx",
czas_mu = "1g",
path = kat_dost)
#Ozon - O3:
o3_1h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_O3_1g.xlsx",
czas_mu = "1g",
path = kat_dost)
#PM2.5:
#automatyczne:
pm25_1h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_PM2.5_1g.xlsx",
czas_mu = "1g",
path = kat_dost)
#manualne:
pm25_24h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_PM2.5_24g.xlsx",
czas_mu = "24g",
path = kat_dost)
#ołów w PM10 - Pb(PM10):
pb_pm10_24h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_Pb(PM10)_24g.xlsx",
czas_mu = "24g",
path = kat_dost)
#Nikiel w PM10 - Ni(PM10):
ni_pm10_24h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_Ni(PM10)_24g.xlsx",
czas_mu = "24g",
path = kat_dost)
#Kadm w PM10 - Cd(PM10):
cd_pm10_24h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_Cd(PM10)_24g.xlsx",
czas_mu = "24g",
path = kat_dost)
#Arsen w PM10 - As(PM10):
as_pm10_24h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_As(PM10)_24g.xlsx",
czas_mu = "24g",
path = kat_dost)
#Benzo(a)piren w PM10 - BaP(PM10):
bap_pm10_24h_2020 <- gios_read(nazwa = "2020_BaP(PM10)_24g.xlsx",
czas_mu = "24g",
path = kat_dost)
```
Zobaczmy, jak wyglądają pobrane pliki, na przykładzie pomiarów manualnych stężeń PM10.
``` {r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
head(pm10_24h_2020)
```
Teraz wybieramy tylko interesujące nas dane dla wybranych przez nas stacji.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE}
#teraz wybieramy tylko dane z 2020 dla naszych wybranych stacji:
#PM10
pm10_1h_2020_Kato <- pm10_1h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
pm10_24h_2020_Kato <- pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
pm10_1h_2020_Dabro <- pm10_1h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
pm10_24h_2020_Dabro <- pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#SO2
so2_1h_2020_Kato <- so2_1h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
so2_1h_2020_Dabro <- so2_1h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#NO
no_1h_2020_Kato <- no_1h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
no_1h_2020_Dabro <- no_1h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#NO2
no2_1h_2020_Kato <- no2_1h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
no2_1h_2020_Dabro <- no2_1h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#O3
o3_1h_2020_Kato <- o3_1h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
o3_1h_2020_Dabro <- o3_1h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#PM2.5
pm25_1h_2020_Kato <- pm25_1h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
pm25_24h_2020_Kato <- pm25_24h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
#ta stacja tego nie mierzy
# pm25_1h_2020_Dabro <- pm25_1h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
# pm25_24h_2020_Dabro <- pm25_24h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#Pb(PM10)
pb_pm10_24h_2020_Kato <- pb_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
# wg strony ta stacja mierzy to, ale w plikach nie ma jej :)
#pb_pm10_24h_2020_Dabro <- pb_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#Ni(PM10)
ni_pm10_24h_2020_Kato <- ni_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
# wg strony ta stacja mierzy to, ale w plikach nie ma jej :)
#ni_pm10_24h_2020_Dabro <- ni_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#Cd(PM10)
cd_pm10_24h_2020_Kato <- cd_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
# wg strony ta stacja mierzy to, ale w plikach nie ma jej :)
#cd_pm10_24h_2020_Dabro <- cd_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#As(PM10)
as_pm10_24h_2020_Kato <- as_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
# wg strony ta stacja mierzy to, ale w plikach nie ma jej :)
#as_pm10_24h_2020_Dabro <- as_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
#BaP(PM10)
bap_pm10_24h_2020_Kato <- bap_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlKatoKossut")
#tu akurat dziala
bap_pm10_24h_2020_Dabro <- bap_pm10_24h_2020 %>% filter(kod == "SlDabro1000L")
```
Zobaczmy, jak te dane wyglądają.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
datatable(pm10_24h_2020_Kato)
```
### 2.3.3 Uśrednienie pomiarów
W celu dalszej analizy, potrzebujemy, żeby dane z pomiarów automatycznych została wyliczona
średnia dobowa. Domyślnie data ustawiona jest jako obiekt klasy `POSIXct`. My zmieniamy ją na typ `date`,
żeby można było ją zagregować.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE}
#KATO
#zmiana na date
so2_1h_2020_Kato$date <- as.Date(so2_1h_2020_Kato$date)
#agregacja wynikow
so2_24h_2020_Kato <- aggregate(so2_1h_2020_Kato["obs"],
by=so2_1h_2020_Kato["date"],
sum,
na.rm = T)
#wyliczenie średniej dobowej
so2_24h_2020_Kato$obs <- so2_24h_2020_Kato$obs / 24
#DABRO
so2_1h_2020_Dabro$date <- as.Date(so2_1h_2020_Dabro$date)
so2_24h_2020_Dabro <- aggregate(so2_1h_2020_Dabro["obs"],
by=so2_1h_2020_Dabro["date"],
sum,
na.rm = T)
so2_24h_2020_Dabro$obs <- so2_24h_2020_Dabro$obs / 24
#to samo dla NO
#KATO
no_1h_2020_Kato$date <- as.Date(no_1h_2020_Kato$date)
no_24h_2020_Kato <- aggregate(no_1h_2020_Kato["obs"],
by=no_1h_2020_Kato["date"],
sum,
na.rm = T)
no_24h_2020_Kato$obs <- no_24h_2020_Kato$obs / 24
#DABRO
no_1h_2020_Dabro$date <- as.Date(no_1h_2020_Dabro$date)
no_24h_2020_Dabro <- aggregate(no_1h_2020_Dabro["obs"],
by=no_1h_2020_Dabro["date"],
sum,
na.rm = T)
no_24h_2020_Dabro$obs <- no_24h_2020_Dabro$obs / 24
#dla NO2
#KATO
no2_1h_2020_Kato$date <- as.Date(no2_1h_2020_Kato$date)
no2_24h_2020_Kato <- aggregate(no2_1h_2020_Kato["obs"],
by=no2_1h_2020_Kato["date"],
sum,
na.rm = T)
no2_24h_2020_Kato$obs <- no2_24h_2020_Kato$obs / 24
#DABRO
no2_1h_2020_Dabro$date <- as.Date(no2_1h_2020_Dabro$date)
no2_24h_2020_Dabro <- aggregate(no2_1h_2020_Dabro["obs"],
by=no2_1h_2020_Dabro["date"],
sum,
na.rm = T)
no2_24h_2020_Dabro$obs <- no2_24h_2020_Dabro$obs / 24
#dla O3
#KATO
o3_1h_2020_Kato$date <- as.Date(o3_1h_2020_Kato$date)
o3_24h_2020_Kato <- aggregate(o3_1h_2020_Kato["obs"],
by=o3_1h_2020_Kato["date"],
sum,
na.rm = T)
o3_24h_2020_Kato$obs <- o3_24h_2020_Kato$obs / 24
#DABRO
o3_1h_2020_Dabro$date <- as.Date(o3_1h_2020_Dabro$date)
o3_24h_2020_Dabro <- aggregate(o3_1h_2020_Dabro["obs"],
by=o3_1h_2020_Dabro["date"],
sum,
na.rm = T)
o3_24h_2020_Dabro$obs <- o3_24h_2020_Dabro$obs / 24
#PM2.5
pm25_1h_2020_Kato$date <- as.Date(pm25_1h_2020_Kato$date)
aut_pm25_24h_2020_Kato <- aggregate(pm25_1h_2020_Kato["obs"],
by=c(pm25_1h_2020_Kato["kod"], pm25_1h_2020_Kato["date"]),
sum,
na.rm = T)
aut_pm25_24h_2020_Kato$obs <- aut_pm25_24h_2020_Kato$obs / 24
#tak samo postepujemy w przypadku automatycznych pomiarow PM10
#w celu porownania zmierzonych wartosci w stosunku do manualnych pomiaróW
#KATO
pm10_1h_2020_Kato$date <- as.Date(pm10_1h_2020_Kato$date)
aut_pm10_24h_2020_Kato <- aggregate(pm10_1h_2020_Kato["obs"],
by=c(pm10_1h_2020_Kato["kod"], pm10_1h_2020_Kato["date"]),
sum,
na.rm = T)
aut_pm10_24h_2020_Kato$obs <- aut_pm10_24h_2020_Kato$obs / 24
#DABRO
pm10_1h_2020_Dabro$date <- as.Date(pm10_1h_2020_Dabro$date)
aut_pm10_24h_2020_Dabro <- aggregate(pm10_1h_2020_Dabro["obs"],
by=c(pm10_1h_2020_Dabro["kod"], pm10_1h_2020_Dabro["date"]),
sum,
na.rm = T)
aut_pm10_24h_2020_Dabro$obs <- aut_pm10_24h_2020_Dabro$obs / 24
```
### 2.3.4 Złączenie danych
Kolejnym etapem koniecznym dla nas do wykonania ćwiczenia, było złączenie danych,
żeby uzyskać po jednej tabeli ze wszystkimi danymi dla każdej ze stacji. W tym celu
wykorzystaliśmy funkcję `left_join`, która umożliwiła nam złączenie danych z pomiarów
PM10 oraz PM2.5 róznymi metodami.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE}
#KATO
#PM10
kato_pm10 <- left_join(aut_pm10_24h_2020_Kato %>%
select(kod, date, obs),
pm10_24h_2020_Kato %>%
select(kod, date, obs),
by = c("kod", "date"))
#zmiana nazw kolumn
names(kato_pm10) <- c("kod", "data", "pm10_aut", "pm10_man")
#zaokraglenie wartosci
kato_pm10$pm10_aut <- round(kato_pm10$pm10_aut, 1)
#PM2.5
kato_pm25 <- left_join(aut_pm25_24h_2020_Kato %>%
select(kod, date, obs),
pm25_24h_2020_Kato %>%
select(kod, date, obs),
by = c("kod", "date"))
names(kato_pm25) <- c("kod", "data", "pm25_aut", "pm25_man")
kato_pm25$pm25_aut <- round(kato_pm25$pm25_aut, 1)
#DABRO
#PM10
dabro_pm10 <- left_join(aut_pm10_24h_2020_Dabro %>%
select(kod, date, obs),
pm10_24h_2020_Dabro %>%
select(kod, date, obs),
by = c("kod", "date"))
names(dabro_pm10) <- c("kod", "data", "pm10_aut", "pm10_man")
dabro_pm10$pm10_aut <- round(dabro_pm10$pm10_aut, 1)
#PM10 manualnie i automatycznie dla obu stacji
PM10_stacje <- kato_pm10 %>% rbind(dabro_pm10)
```
Nowo powstała tabela wyglądaj następująco:
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
datatable(PM10_stacje)
```
Oprócz tego przy użyciu funkcji `mutate`, do uzyskanych tabeli,
dodaliśmy pozostałe substancje mierzone na stacjach oraz nadaliśmy kolumnom odpowiednie nazwy.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE}
#KATO
#dodanie wszystkich zebranych ze stacji pomiarow do jednej tabeli
dane_kato <- kato_pm10 %>% mutate(round(kato_pm25$pm25_aut, 2),
round(kato_pm25$pm25_man, 2),
round(so2_24h_2020_Kato$obs, 2),
round(no_24h_2020_Kato$obs, 2),
round(no2_24h_2020_Kato$obs, 2),
round(o3_24h_2020_Kato$obs, 2),
round(pb_pm10_24h_2020_Kato$obs, 2),
round(ni_pm10_24h_2020_Kato$obs, 2),
round(cd_pm10_24h_2020_Kato$obs, 2),
round(as_pm10_24h_2020_Kato$obs, 2),
round(bap_pm10_24h_2020_Kato$obs, 2))
#zmiana nazw
names(dane_kato) <- c("kod", "data", "PM10_aut", "PM10_man", "PM2.5_aut", "PM2.5_man",
"SO2", "NO","NO2", "O3", "Pb(PM10)", "Ni(PM10)", "Cd(PM10)",
"As(PM10)", "BaP(PM10)")
#DABRO
dane_dabro <- dabro_pm10 %>% mutate(round(so2_24h_2020_Dabro$obs, 2),
round(no_24h_2020_Dabro$obs, 2),
round(no2_24h_2020_Dabro$obs, 2),
round(o3_24h_2020_Dabro$obs, 2),
round(bap_pm10_24h_2020_Dabro$obs, 2))
names(dane_dabro) <- c("kod", "data", "PM10_aut", "PM10_man", "SO2", "NO",
"NO2", "O3", "BaP(PM10)")
```
Zobaczmy, jak wyglądają obecnie nasze dane na przykładzie stacji w Katowicach:
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
head(dane_kato)
```
---
# 3. Analiza danych
## 3.1 Porównanie pomiarów
Porównujemy automatyczne i manualne pomiary PM10 na wybranych stacjach, przy pomocy
wykresu typu scatterplot.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%", class.source = 'fold-show'}
PM10_stacje %>%
na.omit() %>%
ggplot(aes(pm10_aut, pm10_man)) +
geom_point() +
facet_wrap(~kod) +
geom_abline(slope = 1,
color = "red",
linetype = 1,
size = 1) +
geom_abline(slope = 0.75,
color = "red",
linetype = 2,
size = 1) +
geom_abline(slope = 1.25,
color = "red",
linetype = 2,
size = 1) +
labs(title = "Porównanie pomiarów dwoma metodami na wybranych stacjach",
x = "PM10 mierzone automatycznie",
y = "PM10 mierzowe manualnie") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title= element_text(hjust = 0.5))
```
Przedstawione wykresy rozrzutu, prezentują różnicę między pomiarami automatycznymi i manualnymi oraz ich odchylenie od średniej. Wyniki metody automatycznej są poprawne, jednak występują z błędem +- 25%, względem wyników referencyjnych, które są mierzone za pomocą techniki pozwalającej na najwierniejsze odwzorowanie rzeczywistego stanu powietrza.
Porównujemy również róznice w pomiarach, by zobaczyć jak dobrze skalibrowane są pomiary
automatyczne.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%", class.source = 'fold-show'}
PM10_stacje <- PM10_stacje %>%
mutate(pm10_diff = pm10_aut - pm10_man)
PM10_stacje %>%
ggplot(aes(pm10_diff, color = kod, fill = kod)) +
geom_histogram(binwidth = 1) +
facet_wrap(~kod) +
labs(title = "Wykres odchyleń pomiędzy metodami pomiarowymi",
x = "Różnica między metodami pomiarowymi",
y = "Ilość obserwacji") +
theme_bw() -> p
p + theme(legend.position="bottom",
plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
## 3.2 Funkcja gęstości prawdopodobieństwa
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%", class.source = 'fold-show'}
PM10_stacje %>%
ggplot(aes(x = pm10_diff)) +
geom_histogram(aes(y = ..density..),
binwidth = 1.25,
color = "black",
fill = "white") +
geom_density(alpha =0.25, fill = "grey60") +
geom_vline(aes(xintercept = mean(pm10_diff, na.rm = T,)),
color = "red",
size = 1.5,
linetype = 2) +
facet_wrap(~kod) +
labs(title = "Wykres funkcji gęstości prawdopodobieństwa",
x = "Różnica między metodami pomiarowymi",
y = "Gęstość") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Uzyskany histogram przedstawia wyniki średnioroczne stężenia pyłu PM10. Wykres przypomina wyglądem rozkład normalny,
a wartość średnia jest bardzo bliska zera. Oznacza to, że wyniki średnioroczne są bardzo podobne, a odchylenia od tej średniej bardzo małe.
## 3.3 Kompletność danych
Sprawdzamy kompletność danych, najpierw dla stacji w Katowicach
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%", class.source = 'fold-show'}
#Kompletność danych
#KATO
g_dane_kato <- dane_kato %>%
gather(key = sub, value = obs, PM10_aut:'BaP(PM10)') %>%
group_by(kod, sub) %>%
summarise(n = n() - sum(is.na(obs)),
srednia = mean(obs, na.rm = T)) %>%
filter(n != 0) %>%
mutate(proc = (n/366)*100) %>%
arrange(sub, kod)
dane_kato_TF <- g_dane_kato %>% mutate(kompletnosc = if_else(proc >= 90, TRUE, FALSE))
dane_kato_TF %>%
ggplot(aes(x = sub, y = proc)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=kompletnosc), position = 'dodge', color = 'black') +
scale_fill_manual(values = c("green","red"), labels = c("Tak","Nie")) +
geom_hline(yintercept = 90, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Wykres kompletności danych dla stacji SlKatoKossut",
x = "Substancja",
y = "Kompletność danych [%]",
fill = "Czy kompletność > 90%?") +
theme_bw() -> p
p + theme(legend.position="bottom",
plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Następnie dla stacji w Dąbrowie Górniczej
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%", class.source = 'fold-show'}
g_dane_dabro <- dane_dabro %>%
gather(key = sub, value = obs, PM10_aut:'BaP(PM10)') %>%
group_by(kod, sub) %>%
summarise(n = n() - sum(is.na(obs)),
srednia = mean(obs, na.rm = T)) %>%
filter(n != 0) %>%
mutate(proc = (n/366)*100) %>%
arrange(sub, kod)
dane_dabro_TF <- g_dane_dabro %>% mutate(kompletnosc = if_else(proc >= 90, TRUE, FALSE))
dane_dabro_TF %>%
ggplot(aes(x = sub, y = proc)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=kompletnosc), position = 'dodge', color = 'black') +
scale_fill_manual(values = c("red","green"), labels = c("Nie","Tak")) +
geom_hline(yintercept = 90, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Wykres kompletności danych dla stacji SlDabro1000L",
x = "Substancja",
y = "Kompletność danych [%]",
fill = "Czy kompletność > 90%?") +
theme_bw() -> p
p + theme(legend.position="bottom",
plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Żeby uzyskać bardziej dokładnie informacje, możemy zastosować polecenie `knitr::kable()`
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, class.source = 'fold-show'}
g_dane_kato %>% knitr::kable()
g_dane_dabro %>% knitr::kable()
```
Kompletność danych, wszystkich zmierzonych przez stację w Katowicach, jest na poziomie powyżej 99% co pozwala nam na wiarygodne przeanalizowanie jakości powietrza. Natomiast kompletność danych, zmierzonych przez stację w Dąbrowie Górniczej jest również na bardzo wysokim poziomie. Jedynie kompletność danych o Benzo(a)pirenie, zawartym w PM10, nie pozwala nam na wiarygodne przeanalizowanie tej substancji.
## 3.4 Stężenia poszczególnych substancji
Zbadajmy teraz poziomy poszczególnych substancji dla wybranych przez nas stacji w celu sprawdzenia,
czy ich zawartość w powietrzu spełnia normy prawne. Jeśli średnia roczna substancji przechodzi
przez czerwoną linię, oznacza to, że wykracza ona poza normę.
### 3.4.1 Stacja w Katowicach
#### 3.4.1.1 As(PM10)
Docelowy poziom Arsenu w powietrzu, ze względu na ochronę zdrowia ludzi,
nie może przekraczać $6 ng/m^{3}$
``` {r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#poziomy substancji:
#KATO
#As(PM10): 6
dane_kato_As <- g_dane_kato %>% filter(sub == "As(PM10)")
dane_kato_As %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.15) +
geom_hline(yintercept = 6, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie As w powietrzu, stacja w Katowicach",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna As",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Jak możemy zaobserwować, poziom Arsenu w pyle zawieszonym PM10 na stacji w Katowicach
ledwo przekracza $1 ng/m^{3}$, przez co możemy powiedzieć, że jego stężenie jest naprawdę
bardzo niskie.
#### 3.4.1.2 BaP(PM10)
Docelowy poziom Benzo(a)pirenu w powietrzu nie może przekraczać $1 ng/m^{3}$
``` {r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#BaP(PM10): 1
dane_kato_BaP <- g_dane_kato %>% filter(sub == "BaP(PM10)")
dane_kato_BaP %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.25) +
geom_hline(yintercept = 1, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie BaP w powietrzu, stacja w Katowicach",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna BaP",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Benzo(a)piren jest jednym z najbardziej toksycznych składników smogu. Gromadzi się w organizmie i może powodować raka, upośledzać płodność i działać szkodliwie na dziecko w łonie matki. Jak widać na powyższym wykresie,
roczna średnia stężenia tej substancji w powietrzu mierzonym na stacji w Katowicach ponad <span class="red">3-krotnie</span> przekracza dopuszczalną normę.
#### 3.4.1.3 Cd(PM10)
Maksymalne dopuszczalne stężenie kadmu w PM10 wynosi $5 ng/m^{3}$
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#Cd(PM10):5
dane_kato_Cd <- g_dane_kato %>% filter(sub == "Cd(PM10)")
dane_kato_Cd %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.15) +
geom_hline(yintercept = 5, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie Cd w powietrzu, stacja w Katowicach",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna Cd",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Jak widać, w powietrzu blisko tej stacji stężenie kadmu jest naprawdę bardzo małe.
#### 3.4.1.4 Ni(PM10)
Stężenie Niklu nie może przekraczać $20 ng/m^{3}$
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#Ni(PM10) 20:
dane_kato_Ni <- g_dane_kato %>% filter(sub == "Ni(PM10)")
dane_kato_Ni %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.25) +
geom_hline(yintercept = 20, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie Ni w powietrzu, stacja w Katowicach",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna Ni(PM10)",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Z wykresu możemy odczytać, że tutaj stężenie Niklu jest naprawdę znikome. Nie przekracza
ono $2 ng/m^{3}$, czyli nie dochodzi nawet do 1/10 normy.
#### 3.4.1.5 Pb(PM10)
Zgodnie z ustaloną normą prawną, dopuszczalny poziom zawartości ołowiu w powietrzu wynosi
$0,5 [µg/m^{3}]$
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#Pb(PM10): 0,5
dane_kato_Pb <- g_dane_kato %>% filter(sub == "Pb(PM10)")
dane_kato_Pb %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.15) +
geom_hline(yintercept = 0.5, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie Pb w powietrzu, stacja w Katowicach",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna Pb",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Na wybranej przez nas stacji poziom ołowiu nie przekracza normy, jest bardzo niski.
#### 3.4.1.6 NO
Docelowy poziom Tlenku azotu w powietrzu nie może przekraczać $30 [µg/m^{3}]$
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#NO: 30
dane_kato_NO <- g_dane_kato %>% filter(sub == "NO")
dane_kato_NO %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.25) +
geom_hline(yintercept = 30, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie NO w powietrzu, stacja w Katowicach",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna NO",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Widzimy, że poziom tej substancji w powietrzu nie przekracza przyjętej normy.
#### 3.4.1.7 NO2
Stężenie Dwutlenku azotu nie może przekraczać $40 [µg/m^{3}]$
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#NO2: 40
dane_kato_NO2 <- g_dane_kato %>% filter(sub == "NO2")
dane_kato_NO2 %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.25) +
geom_hline(yintercept = 40, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie NO2 w powietrzu, stacja w Katowicach",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna NO2",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Z wykresu odczytujemy, że roczne średnie stężenie tej substancji w powietrzu nie przekracza normy prawnej.
#### 3.4.1.8 PM10 (automatyczne)
Pył zawieszony PM10 odpowiada za ataki kaszlu, świszczący oddech, pogorszenie się stanu osób z astmą czy za ostre, gwałtowne zapalenie oskrzeli. W sposób pośredni PM10 wpływa również negatywnie na resztę organizmu, między innymi zwiększając ryzyko zawału serca oraz wystąpienia udaru mózgu.
Maksymalne dopuszczalne średnioroczne stężenie pyłu zawieszonego PM10 w powietrzu,
zgodnie z przyjętą normą prawną nie może przekraczać $40 [µg/m^{3}]$.
Zobaczmy, jak wygląda sytuacja na stacji w Katowicach
``` {r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#PM10_aut:
dane_kato_PM10 <- g_dane_kato %>% filter(sub == "PM10_aut")
dane_kato_PM10 %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.15) +
geom_hline(yintercept = 40, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie PM10 w powietrzu, stacja w Katowicach",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna PM10",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Jak możemy zaobserwować na wykresie, na tej stacji stężenie PM10 jest w normie.
#### 3.4.1.9 PM2.5 (automatyczne)
PM2.5 to aerozole atmosferyczne, których średnica nie jest większa niż 2.5 mikrometra.
Tego rodzaju pył zawieszony jest uznawany za najgroźniejszy dla zdrowia człowieka.
Wszystko dlatego, że pył jest bardzo drobny, a w takiej postaci może się przedostać bezpośrednio do krwiobiegu.
To właśnie ten rodzaj pyłu zawieszonego jest odpowiedzialny za m.in.: nowotwory płuc, gardła i krtani.
Normy dopuszczają maksymalne średnioroczne stężenie pyłu PM2.5 na poziomie nie wyższym,
niż $25 [µg/m^{3}]$.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#PM2.5_aut:
dane_kato_PM2.5 <- g_dane_kato %>% filter(sub == "PM2.5_aut")
dane_kato_PM2.5 %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.15) +
geom_hline(yintercept = 25, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie PM2.5 w powietrzu, stacja w Katowicach",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna PM2.5",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Jak możemy zauwazyć, stężenie PM2.5 na stacji w Katowicach jest dosyć wysokie,
jednak wciąż mieści się w granicach normy.
#### 3.4.1.10 Wszystkie substancje
Zobaczmy również średnioroczne stężenia wszystkich substancji, których poziom w powietrzu
mierzy stacja `SlKatoKossut`.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE,}
g_dane_kato %>% knitr::kable()
```
### 3.4.2 Stacja w Dąbrowie Górniczej
#### 3.4.2.1 NO
Spójrzmy również na stężenie tlenku azotu na stacji w Dąbrowie Górniczej
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#DABRO
#NO:
dane_dabro_NO <- g_dane_dabro %>% filter(sub == "NO")
dane_dabro_NO %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.15) +
geom_hline(yintercept = 30, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie NO w powietrzu, stacja w Dąbrowie Górniczej",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna NO",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Podobnie jak w przypadku stacji `SlKatoKossut`, tak i tutaj średnioroczne stężenie tlenku azotu,
nie przekracza normy - jest stosunkowo niskie.
#### 3.4.2.2 NO2
Sprawdżmy jak ma się sytuacja, jeśli chodzi o dwutlenek azotu na stacji `SlDabro1000L`
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#NO2:
dane_dabro_NO2 <- g_dane_dabro %>% filter(sub == "NO2")
dane_dabro_NO2 %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.15) +
geom_hline(yintercept = 40, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie NO2 w powietrzu, stacja w Dąbrowie Górniczej",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna NO2",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Jak widzimy na wykresie, stężenie tej substancji również nie przekracza wyznaczonej normy.
#### 3.4.2.3 PM10 (automatyczne)
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#PM10_aut:
dane_dabro_PM10 <- g_dane_dabro %>% filter(sub == "PM10_aut")
dane_dabro_PM10 %>%
ggplot(aes(x = sub, y = srednia)) +
geom_bar(stat='identity', aes(fill=srednia),color = 'black', width = 0.15) +
geom_hline(yintercept = 40, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie PM10 w powietrzu, stacja w Dąbrowie Górniczej",
x = "Pomiar substancji",
y = "Średnia roczna PM10",
fill = "Dokładna średnia") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
Na tej stacji stężenie pyłu PM10 jest praktycznie takie samo, jak na stacji w Katowicach.
#### 3.4.2.4 Wszystkie substancje
Podejrzyjmy średnie stężenia substancji na stacji `SlDabro1000L` za pomocą funkcji
`kable()` z pakietu `knitr`.
```{r, message=FALSE, warning=FALSE}
g_dane_dabro %>% knitr::kable()
```
## 3.5 Ilość przekroczeń normy
W rozporządzeniu Ministra Klimatu i Środowiska w sprawie dokonywania oceny poziomów substancji w powietrzu opisane zostały również kwestie, dotyczące
dopuszczalnej częstości przekroczeń maksymalnego stężenia danej substancji w roku kalendarzowym.
Przykładowo, dla pyłu zawieszonego `PM10` dopuszcza
się przekroczenie normy <span class="red"> maksymalnie 35 razy </span> w ciągu całego roku.
Zbadajmy zatem, ile razy niektóre substancje zawarte w powietrzu mierzonym na wybranych przez nas stacjach
przekraczają w ciągu roku normy.
### 3.5.1 Katowice
```{r, message=FALSE, warning=FALSE, out.width = "100%"}
#PM10
p_kato_PM10 <- dane_kato %>% mutate(przekroczenie = if_else(PM10_aut > 50,1,0))
p_kato_PM10 <- p_kato_PM10 %>% filter(przekroczenie == 1)
p_kato_PM10 <- p_kato_PM10 %>% mutate(sum_przekroczenie = sum(p_kato_PM10$przekroczenie))
p_kato_PM10 %>%
ggplot(aes(x = kod, y = sum_przekroczenie)) +
geom_bar(stat='identity',aes(fill = kod ), position="dodge", width = 0.15, ) +
geom_hline(yintercept = 35, color = 'red', size = 1.5) +
labs(title = "Stężenie PM10 przekraczające dopuszczaną normę",
x = " ",
y = "Ilość dni w roku, kiedy stężenie PM10 było większe niż 50[ug/m^3]",
fill = "Stacja pomiarowa") +
theme_bw() -> p
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```