|
| 1 | +# Orientation |
| 2 | + |
| 3 | +<div class="video-wrapper"> |
| 4 | + <iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/G3CV-FcV-rc?si=nyLvwhrSB2m1NPc5&list=PLPZ8WHdZGxmXiHf8B26oB_fTfoKQdhlik" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share" referrerpolicy="strict-origin-when-cross-origin" allowfullscreen></iframe> |
| 5 | +</div> |
| 6 | + |
| 7 | +/// caption |
| 8 | +:fontawesome-brands-youtube:{ .youtube } See the [whole playlist on the Nextflow YouTube channel](https://www.youtube.com/playlist?list=PLPZ8WHdZGxmXiHf8B26oB_fTfoKQdhlik). |
| 9 | +/// |
| 10 | + |
| 11 | +## GitHub Codespaces |
| 12 | + |
| 13 | +L'ambiente GitHub Codespaces contiene tutto il software, il codice e i dati necessari per lavorare attraverso questo corso di formazione, quindi non devi installare nulla da solo. |
| 14 | +Tuttavia, hai bisogno di un account GitHub (gratuito) per effettuare l'accesso e dovresti prenderti qualche minuto per familiarizzare con l'interfaccia. |
| 15 | + |
| 16 | +Se non l'hai ancora fatto, segui il mini-corso [Environment Setup](../../envsetup/) prima di proseguire. |
| 17 | + |
| 18 | +## Working directory |
| 19 | + |
| 20 | +Durante questo corso di formazione, lavoreremo nella directory `hello-nextflow/`. |
| 21 | + |
| 22 | +Cambia directory ora eseguendo questo comando nel terminale: |
| 23 | + |
| 24 | +```bash |
| 25 | +cd hello-nextflow/ |
| 26 | +``` |
| 27 | + |
| 28 | +!!!tip |
| 29 | + |
| 30 | + Se per qualsiasi motivo esci da questa directory, puoi sempre utilizzare il percorso completo per tornarci, supponendo che tu stia eseguendo questo comando nell'ambiente di formazione Github Codespaces: |
| 31 | + |
| 32 | + ```bash |
| 33 | + cd /workspaces/training/hello-nextflow |
| 34 | + ``` |
| 35 | + |
| 36 | +Diamo ora un'occhiata al contenuto di questa directory. |
| 37 | + |
| 38 | +## Materiali forniti |
| 39 | + |
| 40 | +Puoi esplorare il contenuto di questa directory utilizzando l'esploratore di file sul lato sinistro dell'area di lavoro di training. |
| 41 | +In alternativa, puoi utilizzare il comando `tree`. |
| 42 | + |
| 43 | +Durante il corso, utilizziamo l'output `tree` per rappresentare la struttura e il contenuto delle directory in un formato leggibile, a volte con piccole modifiche per chiarezza. |
| 44 | + |
| 45 | +Qui generiamo un indice fino al secondo livello in basso: |
| 46 | + |
| 47 | +```bash |
| 48 | +tree . -L 2 |
| 49 | +``` |
| 50 | + |
| 51 | +Se esegui questo comando all'interno di `hello-nextflow`, dovresti vedere il seguente output: |
| 52 | + |
| 53 | +```console title="Directory contents" |
| 54 | +. |
| 55 | +├── greetings.csv |
| 56 | +├── hello-channels.nf |
| 57 | +├── hello-config.nf |
| 58 | +├── hello-containers.nf |
| 59 | +├── hello-modules.nf |
| 60 | +├── hello-workflow.nf |
| 61 | +├── hello-world.nf |
| 62 | +├── nextflow.config |
| 63 | +├── solutions |
| 64 | +│ ├── 1-hello-world |
| 65 | +│ ├── 2-hello-channels |
| 66 | +│ ├── 3-hello-workflow |
| 67 | +│ ├── 4-hello-modules |
| 68 | +│ ├── 5-hello-containers |
| 69 | +│ └── 6-hello-config |
| 70 | +└── test-params.json |
| 71 | + |
| 72 | +7 directories, 9 files |
| 73 | +``` |
| 74 | + |
| 75 | +**Ecco un riepilogo di ciò che dovresti sapere per iniziare:** |
| 76 | + |
| 77 | +- **I file `.nf`** sono script di workflow denominati in base alla parte del corso in cui vengono utilizzati. |
| 78 | + |
| 79 | +- **Il file `nextflow.config`** è un file di configurazione che imposta le proprietà minime dell'ambiente. |
| 80 | + Per ora puoi ignorarlo. |
| 81 | + |
| 82 | +- **Il file `greetings.csv`** contiene i dati di input che utilizzeremo nella maggior parte del corso. È descritto nella Parte 1, quando lo introduciamo per la prima volta. |
| 83 | + |
| 84 | +- **Il file `test-params.json`** è un file che utilizzeremo nella Parte 6. Per ora puoi ignorarlo. |
| 85 | + |
| 86 | +- **La directory `solutions`** contiene gli script del workflow completati che risultano da ogni passaggio del corso. |
| 87 | + Sono pensati per essere utilizzati come riferimento per controllare il tuo lavoro e risolvere eventuali problemi. |
| 88 | + Il nome e il numero nel nome del file corrispondono al passaggio della parte pertinente del corso. |
| 89 | + Ad esempio, il file `hello-world-4.nf` è il risultato previsto del completamento dei passaggi da 1 a 4 della Parte 1: Hello World. |
| 90 | + |
| 91 | +**Ora, per iniziare il corso, clicca sulla freccia nell'angolo in basso a destra di questa pagina.** |
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