Merge pull request #188 from AnthonyAndroulakis/dims_fix

fix volume.dims setting, update hdr

Author: AnthonyAndroulakis

environment.yml

@@ -4,7 +4,7 @@ channels:
 dependencies:
   - pip
   - pip:
-    - ipyniivue==2.3.3
+    - ipyniivue==2.4.0
     - requests
     - anywidget
     - nibabel

js/volume.ts

@@ -247,9 +247,6 @@ async function create_volume(
 	if (volume.hdr !== null) {
 		vmodel.set("hdr", getNIFTIData(volume.hdr));
 	}
-	if (volume.dims) {
-		vmodel.set("dims", volume.dims);
-	}
 	vmodel.save_changes();
 	if (volume.img) {
 		const dataType = lib.getArrayType(volume.img);

js/widget.ts

@@ -286,6 +286,7 @@ function attachNiivueEventHandlers(nv: niivue.Niivue, model: Model) {
 			event: "image_loaded",
 			data: {
 				id: volume.id,
+				dims: volume.dims || null,
 			},
 		});
 	};

pyproject.toml

@@ -7,7 +7,7 @@ name = "ipyniivue"
 license = { text = "BSD-2-Clause" }
 dynamic = ["version"]
 description = "A Jupyter Widget for Niivue based on anywidget."
-dependencies = ["anywidget", "requests", "numpy"]
+dependencies = ["anywidget", "requests", "numpy>=2.0.2"]
 readme = "README.md"
 requires-python = ">=3.9"
 classifiers = [

src/ipyniivue/traits.py

@@ -313,41 +313,41 @@ class NIFTI1Hdr(t.HasTraits):
         Extensions flag.
     """
 
-    littleEndian = t.Bool().tag(sync=True)
-    dim_info = t.Int().tag(sync=True)
-    dims = t.List(t.Int()).tag(sync=True)  # image dimensions
-    intent_p1 = t.Float().tag(sync=True)
-    intent_p2 = t.Float().tag(sync=True)
-    intent_p3 = t.Float().tag(sync=True)
-    intent_code = t.Int().tag(sync=True)
-    datatypeCode = t.Int().tag(sync=True)
-    numBitsPerVoxel = t.Int().tag(sync=True)
-    slice_start = t.Int().tag(sync=True)
-    slice_end = t.Int().tag(sync=True)
-    slice_code = t.Int().tag(sync=True)
-    pixDims = t.List(t.Float()).tag(sync=True)  # voxel dimensions
-    vox_offset = t.Float().tag(sync=True)
-    scl_slope = t.Float().tag(sync=True)
-    scl_inter = t.Float().tag(sync=True)
-    xyzt_units = t.Int().tag(sync=True)
-    cal_max = t.Float().tag(sync=True)
-    cal_min = t.Float().tag(sync=True)
-    slice_duration = t.Float().tag(sync=True)
-    toffset = t.Float().tag(sync=True)
-    description = t.Unicode().tag(sync=True)
-    aux_file = t.Unicode().tag(sync=True)
-    intent_name = t.Unicode().tag(sync=True)
-    qform_code = t.Int().tag(sync=True)
-    sform_code = t.Int().tag(sync=True)
-    quatern_b = t.Float().tag(sync=True)
-    quatern_c = t.Float().tag(sync=True)
-    quatern_d = t.Float().tag(sync=True)
-    qoffset_x = t.Float().tag(sync=True)
-    qoffset_y = t.Float().tag(sync=True)
-    qoffset_z = t.Float().tag(sync=True)
-    affine = t.List(t.List(t.Float())).tag(sync=True)
-    magic = t.Unicode().tag(sync=True)
-    extensionFlag = t.List(t.Int()).tag(sync=True)
+    littleEndian = t.Bool().tag(sync=False)
+    dim_info = t.Int().tag(sync=False)
+    dims = t.List(t.Int()).tag(sync=False)  # image dimensions
+    intent_p1 = t.Float().tag(sync=False)
+    intent_p2 = t.Float().tag(sync=False)
+    intent_p3 = t.Float().tag(sync=False)
+    intent_code = t.Int().tag(sync=False)
+    datatypeCode = t.Int().tag(sync=False)
+    numBitsPerVoxel = t.Int().tag(sync=False)
+    slice_start = t.Int().tag(sync=False)
+    slice_end = t.Int().tag(sync=False)
+    slice_code = t.Int().tag(sync=False)
+    pixDims = t.List(t.Float()).tag(sync=False)  # voxel dimensions
+    vox_offset = t.Float().tag(sync=False)
+    scl_slope = t.Float().tag(sync=False)
+    scl_inter = t.Float().tag(sync=False)
+    xyzt_units = t.Int().tag(sync=False)
+    cal_max = t.Float().tag(sync=False)
+    cal_min = t.Float().tag(sync=False)
+    slice_duration = t.Float().tag(sync=False)
+    toffset = t.Float().tag(sync=False)
+    description = t.Unicode().tag(sync=False)
+    aux_file = t.Unicode().tag(sync=False)
+    intent_name = t.Unicode().tag(sync=False)
+    qform_code = t.Int().tag(sync=False)
+    sform_code = t.Int().tag(sync=False)
+    quatern_b = t.Float().tag(sync=False)
+    quatern_c = t.Float().tag(sync=False)
+    quatern_d = t.Float().tag(sync=False)
+    qoffset_x = t.Float().tag(sync=False)
+    qoffset_y = t.Float().tag(sync=False)
+    qoffset_z = t.Float().tag(sync=False)
+    affine = t.List(t.List(t.Float())).tag(sync=False)
+    magic = t.Unicode().tag(sync=False)
+    extensionFlag = t.List(t.Int()).tag(sync=False)
 
 
 CAMEL_TO_SNAKE_GRAPH = {

src/ipyniivue/widget.py

@@ -774,6 +774,17 @@ def _handle_custom_msg(self, content, buffers):
             idx = self.get_volume_index_by_id(data["id"])
             if idx != -1:
                 volume = self.volumes[idx]
+
+                # set other traits available on-loaded
+                for key, value in data.items():
+                    if (
+                        key != "id"
+                        and not key.startswith("_")
+                        and key in volume.trait_names()
+                    ):
+                        volume.set_trait(key, value)
+
+                # only fire loaded event once certain traits are defined
                 if volume.img is not None and volume.hdr is not None:
                     handler(volume)
                 else:
@@ -790,6 +801,17 @@ def check_ready(change):
             idx = self.get_mesh_index_by_id(data["id"])
             if idx != -1:
                 mesh = self.meshes[idx]
+
+                # set other traits available on-loaded
+                for key, value in data.items():
+                    if (
+                        key != "id"
+                        and not key.startswith("_")
+                        and key in mesh.trait_names()
+                    ):
+                        mesh.set_trait(key, value)
+
+                # only fire loaded event once certain traits are defined
                 if mesh.pts is not None and mesh.tris is not None:
                     handler(mesh)
                 else: