Skip to content

Latest commit

 

History

History
49 lines (32 loc) · 1.62 KB

README.md

File metadata and controls

49 lines (32 loc) · 1.62 KB

LØ5: Karakteranalyse og fylogenetisk rekonstruktion

Wolf Eiserhardt ([email protected]) og Laura Kragh Frederiksen ([email protected]), 9.-10. 9. 2024

Linjer der er markeret med grå baggrund skal kopieres og køres i R-studio. Det bliver demonstreret under øvelsen hvordan man kører funktioner i R-studio.

  1. Lav en mappe (f.eks. på desktop). Folderens navn er uden betydning.

  2. Gem datasettet i mappen som data.phy.

  3. Lav et nyt R-skript i R-studio (det bliver demonstreret under øvelsen hvordan man gør) og gem det i din mappe. Kald den analyse.R.

  4. Installer R-pakken "phangorn". "Pakker" er samlinger af små funktioner til forskellige formål; Phangorn indeholder funktioner til fylogenetisk rekonstruktion (læs mere her).

install.packages("phangorn")
library(phangorn)

  1. Sørg for, at R-studio leder efter dit dataset i den samme mappe, hvor R-skriptet ligger: vælg "Session", "Set Working Directory", "To Source File Location" I menuen.

  2. Tjek, om den rigtige mappe er valgt:

getwd()
  1. Indlæs datasættet:
data <- read.phyDat("data.phy", type="USER", levels=c(1,0))
  1. Find det korteste træ vha. "parsimony ratchet" (Nixon, 1999), en effektiv søgestrategi:
tree <- pratchet(data = data)
  1. Definer outgroup og dermed træets rod:
tree <- root.phylo(tree, "outgroup", resolve.root = TRUE)
  1. Tegn træet:
plot(tree, root.edge = TRUE)