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Bug with risktable class and printing #268

@ddsjoberg

Description

@ddsjoberg

There is something going on in the released version of the package when printing the plots. In the example below, the object is returned as class "add_risktable" instead of a plot object, and when printed, we just get a list of the object's internals. (In the middle of the print, is the primary plot object which does print, but without the risktable)

library(ggsurvfit)
#> Loading required package: ggplot2
packageVersion("ggsurvfit")
#> [1] '1.2.0'

p <- 
  tidycmprsk::trial |> 
  # dplyr::mutate(trt = factor(trt, levels = c("Drug B", "Drug A"))) |> 
  tidycmprsk::cuminc(Surv(ttdeath, death_cr) ~ trt, data = _) |> 
  ggcuminc() |> 
  add_risktable()
#> Plotting outcome "death from cancer".

class(p)
#> [1] "add_risktable"
p
#> list()
#> attr(,"add_risktable")
#> attr(,"add_risktable")$times

#> 
#> attr(,"add_risktable")$risktable_stats
#> [1] "{n.risk}"    "{cum.event}"
#> 
#> attr(,"add_risktable")$stats_label
#> NULL
#> 
#> attr(,"add_risktable")$combine_groups
#> [1] FALSE
#> 
#> attr(,"add_risktable")$risktable_group
#> [1] "auto"
#> 
#> attr(,"add_risktable")$risktable_height
#> NULL
#> 
#> attr(,"add_risktable")$theme
#> attr(,"add_risktable")$theme[[1]]
#> <theme> List of 144
#>  $ line                            : <ggplot2::element_line>
#>   ..@ colour       : chr "black"
#>   ..@ linewidth    : num 0.5
#>   ..@ linetype     : num 1
#>   ..@ lineend      : chr "butt"
#>   ..@ linejoin     : chr "round"
#>   ..@ arrow        : logi FALSE
#>   ..@ arrow.fill   : chr "black"
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ rect                            : <ggplot2::element_rect>
#>   ..@ fill         : chr "white"
#>   ..@ colour       : chr "black"
#>   ..@ linewidth    : num 0.5
#>   ..@ linetype     : num 1
#>   ..@ linejoin     : chr "round"
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ text                            : <ggplot2::element_text>
#>   ..@ family       : chr ""
#>   ..@ face         : chr "plain"
#>   ..@ italic       : chr NA
#>   ..@ fontweight   : num NA
#>   ..@ fontwidth    : num NA
#>   ..@ colour       : chr "black"
#>   ..@ size         : num 11
#>   ..@ hjust        : num 0.5
#>   ..@ vjust        : num 0.5
#>   ..@ angle        : num 0
#>   ..@ lineheight   : num 0.9
#>   ..@ margin       : <ggplot2::margin> num [1:4] 0 0 0 0
#>   ..@ debug        : logi FALSE
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ title                           : <ggplot2::element_text>
#>   ..@ family       : NULL
#>   ..@ face         : NULL
#>   ..@ italic       : chr NA
#>   ..@ fontweight   : num NA
#>   ..@ fontwidth    : num NA
#>   ..@ colour       : NULL
#>   ..@ size         : NULL
#>   ..@ hjust        : NULL
#>   ..@ vjust        : NULL
#>   ..@ angle        : NULL
#>   ..@ lineheight   : NULL
#>   ..@ margin       : NULL
#>   ..@ debug        : NULL
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ point                           : <ggplot2::element_point>
#>   ..@ colour       : chr "black"
#>   ..@ shape        : num 19
#>   ..@ size         : num 1.5
#>   ..@ fill         : chr "white"
#>   ..@ stroke       : num 0.5
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ polygon                         : <ggplot2::element_polygon>
#>   ..@ fill         : chr "white"
#>   ..@ colour       : chr "black"
#>   ..@ linewidth    : num 0.5
#>   ..@ linetype     : num 1
#>   ..@ linejoin     : chr "round"
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ geom                            : <ggplot2::element_geom>
#>   ..@ ink        : chr "black"
#>   ..@ paper      : chr "white"
#>   ..@ accent     : chr "#3366FF"
#>   ..@ linewidth  : num 0.5
#>   ..@ borderwidth: num 0.5
#>   ..@ linetype   : int 1
#>   ..@ bordertype : int 1
#>   ..@ family     : chr ""
#>   ..@ fontsize   : num 3.87
#>   ..@ pointsize  : num 1.5
#>   ..@ pointshape : num 19
#>   ..@ colour     : NULL
#>   ..@ fill       : NULL
#>  $ spacing                         : 'simpleUnit' num 5.5points
#>   ..- attr(*, "unit")= int 8
#>  $ margins                         : <ggplot2::margin> num [1:4] 5.5 5.5 5.5 5.5
#>  $ aspect.ratio                    : NULL
#>  $ axis.title                      : NULL
#>  $ axis.title.x                    : <ggplot2::element_text>
#>   ..@ family       : NULL
#>   ..@ face         : NULL
#>   ..@ italic       : chr NA
#>   ..@ fontweight   : num NA
#>   ..@ fontwidth    : num NA
#>   ..@ colour       : NULL
#>   ..@ size         : NULL
#>   ..@ hjust        : NULL
#>   ..@ vjust        : num 1
#>   ..@ angle        : NULL
#>   ..@ lineheight   : NULL
#>   ..@ margin       : <ggplot2::margin> num [1:4] 2.75 0 0 0
#>   ..@ debug        : NULL
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ axis.title.x.top                : <ggplot2::element_text>
#>   ..@ family       : NULL
#>   ..@ face         : NULL
#>   ..@ italic       : chr NA
#>   ..@ fontweight   : num NA
#>   ..@ fontwidth    : num NA
#>   ..@ colour       : NULL
#>   ..@ size         : NULL
#>   ..@ hjust        : NULL
#>   ..@ vjust        : num 0
#>   ..@ angle        : NULL
#>   ..@ lineheight   : NULL
#>   ..@ margin       : <ggplot2::margin> num [1:4] 0 0 2.75 0
#>   ..@ debug        : NULL
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ axis.title.x.bottom             : NULL
#>  $ axis.title.y                    : <ggplot2::element_text>
#>   ..@ family       : NULL
#>   ..@ face         : NULL
#>   ..@ italic       : chr NA
#>   ..@ fontweight   : num NA
#>   ..@ fontwidth    : num NA
#>   ..@ colour       : NULL
#>   ..@ size         : NULL
#>   ..@ hjust        : NULL
#>   ..@ vjust        : num 1
#>   ..@ angle        : num 90
#>   ..@ lineheight   : NULL
#>   ..@ margin       : <ggplot2::margin> num [1:4] 0 2.75 0 0
#>   ..@ debug        : NULL
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ axis.title.y.left               : NULL
#>  $ axis.title.y.right              : <ggplot2::element_text>
#>   ..@ family       : NULL
#>   ..@ face         : NULL
#>   ..@ italic       : chr NA
#>   ..@ fontweight   : num NA
#>   ..@ fontwidth    : num NA
#>   ..@ colour       : NULL
#>   ..@ size         : NULL
#>   ..@ hjust        : NULL
#>   ..@ vjust        : num 1
#>   ..@ angle        : num -90
#>   ..@ lineheight   : NULL
#>   ..@ margin       : <ggplot2::margin> num [1:4] 0 0 0 2.75
#>   ..@ debug        : NULL
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ axis.text                       : <ggplot2::element_text>
#>   ..@ family       : NULL
#>   ..@ face         : NULL
#>   ..@ italic       : chr NA
#>   ..@ fontweight   : num NA
#>   ..@ fontwidth    : num NA
#>   ..@ colour       : chr "#4D4D4DFF"
#>   ..@ size         : 'rel' num 0.8
#>   ..@ hjust        : NULL
#>   ..@ vjust        : NULL
#>   ..@ angle        : NULL
#>   ..@ lineheight   : NULL
#>   ..@ margin       : NULL
#>   ..@ debug        : NULL
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ axis.text.x                     : <ggplot2::element_text>
#>   ..@ family       : NULL
#>   ..@ face         : NULL
#>   ..@ italic       : chr NA
#>   ..@ fontweight   : num NA
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#>   ..@ colour       : NULL
#>   ..@ size         : NULL
#>   ..@ hjust        : NULL
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#>   ..@ debug        : NULL
#>   ..@ inherit.blank: logi TRUE
#>  $ axis.text.x.top                 : <ggplot2::element_text>
#>   ..@ family       : NULL
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#>   ..@ size         : NULL
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#>  $ axis.ticks                      : <ggplot2::element_line>
#>   ..@ colour       : chr "#333333FF"
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#>  $ axis.ticks.x                    : NULL
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#>  $ axis.minor.ticks.theta          : NULL
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#>  $ axis.ticks.length               : 'rel' num 0.5
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#>   ..- attr(*, "unit")= int 3
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#>   [list output truncated]
#>  @ complete: logi TRUE
#>  @ validate: logi TRUE
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#> attr(,"add_risktable")$theme[[2]]
#> <theme> List of 11
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#>   ..@ inherit.blank: logi FALSE
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#>   ..@ family       : NULL
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#>  $ legend.position : chr "none"
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#>   ..@ inherit.blank: logi FALSE
#>  $ plot.margin     : 'simpleUnit' num [1:4] 0points 5.5points 0points 5.5points
#>   ..- attr(*, "unit")= int 8
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#>  @ validate: logi TRUE
#> 
#> attr(,"add_risktable")$theme[[3]]
#> <ggplot2::labels> List of 1
#>  $ x: NULL
#> 
#> attr(,"add_risktable")$theme[[4]]
#> <ggplot2::labels> List of 1
#>  $ y: NULL
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#> 
#> attr(,"add_risktable")$size
#> [1] 3.5
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#> attr(,"class")
#> [1] "add_risktable"

Created on 2025-10-03 with reprex v2.1.1

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