vep fail option

Author: sigven

pcgr.py

@@ -381,7 +381,7 @@ def run_pcgr(host_directories, docker_image_version, config_options, sample_id,
       vep_vcfanno_annotated_vcf = re.sub(r'\.vcfanno','.vcfanno.annotated',vep_vcfanno_vcf) + '.gz'
       vep_vcfanno_annotated_pass_vcf = re.sub(r'\.vcfanno','.vcfanno.annotated.pass',vep_vcfanno_vcf) + '.gz'
 
-      vep_main_command = str(docker_command_run1) + "vep --input_file " + str(input_vcf_pcgr_ready) + " --output_file " + str(vep_tmp_vcf) + " --vcf --check_ref --flag_pick_allele --force_overwrite --species homo_sapiens --assembly GRCh37 --offline --fork " + str(config_options['other']['n_vep_forks']) + " failed 1 --af --af_1kg --af_gnomad --variant_class --regulatory --domains --hgvs --hgvsg --symbol --protein --ccds --uniprot --appris --biotype --canonical --gencode_basic --cache --numbers --total_length --allele_number --no_escape --xref_refseq --dir /usr/local/share/vep/data --fasta /usr/local/share/vep/data/homo_sapiens/90_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.gz\""
+      vep_main_command = str(docker_command_run1) + "vep --input_file " + str(input_vcf_pcgr_ready) + " --output_file " + str(vep_tmp_vcf) + " --vcf --check_ref --flag_pick_allele --force_overwrite --species homo_sapiens --assembly GRCh37 --offline --fork " + str(config_options['other']['n_vep_forks']) + " --failed 1 --af --af_1kg --af_gnomad --variant_class --regulatory --domains --hgvs --hgvsg --symbol --protein --ccds --uniprot --appris --biotype --canonical --gencode_basic --cache --numbers --total_length --allele_number --no_escape --xref_refseq --dir /usr/local/share/vep/data --fasta /usr/local/share/vep/data/homo_sapiens/90_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.gz\""
       if config_options['other']['vep_skip_intergenic'] == 1:
          vep_main_command = str(docker_command_run1) + "vep --input_file " + str(input_vcf_pcgr_ready) + " --output_file " + str(vep_tmp_vcf) + " --no_intergenic --vcf --check_ref --flag_pick_allele --force_overwrite --species homo_sapiens --assembly GRCh37 --offline --fork " + str(config_options['other']['n_vep_forks']) + " --failed 1 --af --af_1kg --af_gnomad --variant_class --regulatory --domains --hgvs --hgvsg --symbol --protein --ccds --uniprot --appris --biotype --canonical --gencode_basic --cache --numbers --total_length --allele_number --no_escape --xref_refseq --dir /usr/local/share/vep/data --fasta /usr/local/share/vep/data/homo_sapiens/90_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.gz\""