single_cell_RNA/cellranger.sh at master · the8thday/single_cell_RNA · GitHub

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# 下载基因组
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-84/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
gunzip Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
# 下载注释
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-84/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.84.gtf.gz
gunzip Homo_sapiens.GRCh38.84.gtf.gz
# 软件构建注释
# mkgtf <input_gtf> <output_gtf> [--attribute=KEY:VALUE...]
cellranger mkgtf Homo_sapiens.GRCh38.84.gtf Homo_sapiens.GRCh38.84.filtered.gtf \
                --attribute=gene_biotype:protein_coding \
                --attribute=gene_biotype:lincRNA \
                --attribute=gene_biotype:antisense \
                --attribute=gene_biotype:IG_LV_gene \
                --attribute=gene_biotype:IG_V_gene \
                --attribute=gene_biotype:IG_V_pseudogene \
                --attribute=gene_biotype:IG_D_gene \
                --attribute=gene_biotype:IG_J_gene \
                --attribute=gene_biotype:IG_J_pseudogene \
                --attribute=gene_biotype:IG_C_gene \
                --attribute=gene_biotype:IG_C_pseudogene \
                --attribute=gene_biotype:TR_V_gene \
                --attribute=gene_biotype:TR_V_pseudogene \
                --attribute=gene_biotype:TR_D_gene \
                --attribute=gene_biotype:TR_J_gene \
                --attribute=gene_biotype:TR_J_pseudogene \
                --attribute=gene_biotype:TR_C_gene


 # 第一种
$ cellranger mkfastq --id=bcl \
                    --run=/path/to/bcl \
                    --samplesheet=samplesheet-1.2.0.csv
# 第二种
$ cellranger mkfastq --id=bcl \
                    --run=/path/to/bcl \
                    --csv=simple-1.2.0.csv
# 其中id指定输出目录的名称，run指的是下机的原始BCL文件目录
# 重要的就是测序lane、样本名称、index等信息


# 这是示例，不是真实数据 #
cellranger count --id=sample345 \
                  --transcriptome=/opt/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0 \
                  --fastqs=/home/scRNA/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \
                  --sample=mysample \
                  --expect-cells=1000 \
                  --nosecondary
# id指定输出文件存放目录名
# transcriptome指定与CellRanger兼容的参考基因组
# fastqs指定mkfastq或者自定义的测序文件
# sample要和fastq文件的前缀中的sample保持一致，作为软件识别的标志
# expect-cells指定复现的细胞数量，这个要和实验设计结合起来
# nosecondary 只获得表达矩阵，不进行后续的降维、聚类和可视化分析(因为后期会自行用R包去做)