🗺️ MedPaper Assistant Roadmap

Vision

成為醫學研究人員從文獻探索到論文發表的完整 AI 輔助平台。 支援多個論文專案並行管理，確保每篇論文都達到頂尖期刊標準。

核心價值：逐步多輪演進（Iterative Multi-Round Evolution）

寫論文是人類高度專業化、多年累積、多輪訓練的結果，而且是在科學方法下可重現的思考與整合步驟。 > Agent + MCP 框架應該有能力實現類似的逐步多輪演進 — 這是我們存在的理由。

本系統不追求「一次生成完美論文」，而是透過三層架構實現如同人類研究者般的螺旋式進步：

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│           三層演進架構 — 核心價值的技術實現                            │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│                                                                      │
│  L1: Event-Driven Hooks（即時品質）                                  │
│  ├── Agent 操作時觸發 76 個品質檢查                                  │
│  ├── 類比：研究者寫作時的即時自我檢查                                │
│  └── 例：「這句話有引用嗎？」「統計方法對嗎？」                      │
│                                                                      │
│  L2: Code-Level Enforcement（結構約束）                              │
│  ├── DomainConstraintEngine + ToolInvocationStore                    │
│  ├── 類比：內化的學術規範                                            │
│  └── 例：「研究設計要匹配統計方法」「引用要驗證」                    │
│                                                                      │
│  L3: Autonomous Self-Evolution（長期演進）                           │
│  ├── 外部排程巡邏 + GitHub Actions CI/CD                             │
│  ├── 類比：多年累積的研究直覺與跨領域整合                            │
│  └── 例：「跨專案分析，哪些 Hook 最有效？」                         │
│                                                                      │
│  三層缺一不可：                                                      │
│  只有 L1 → 每次對話重來    只有 L2 → 缺乏靈活性                     │
│  只有 L3 → 缺乏即時反饋    三層合一 → 持續螺旋式進步                │
│                                                                      │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

詳見：CONSTITUTION.md §25-26「核心哲學 — 逐步多輪演進」

📊 開發優先級總覽

                    ┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐
                    │              MedPaper Assistant 發展藍圖                    │
                    ├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
2026 Q1             │  Phase 4: MVP for Original Research ✅                      │
(Current)           │  Phase 5a: Artifact-Centric Architecture                    │
                    │  Phase 5c: Full VSX + Pandoc Export 🔥                      │
                    ├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
2026 Q2             │  Phase 5b: Project Portfolio Management                     │
                    │  Phase 8: AI Writing Intelligence                           │
                    ├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
2026 Q3             │  Phase 6: Systematic Review Pipeline                        │
                    │  ├── PRISMA Flow Tools                                      │
                    │  ├── Risk of Bias Assessment                                │
                    │  └── Meta-analysis Integration                              │
                    ├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
2026 Q4             │  Phase 7: AI Automation Enhancement                         │
                    │  ├── Auto-generate Full Draft from concept.md               │
                    │  ├── Cross-section Consistency Auto-fix                     │
                    │  ├── Smart Citation Suggestions                             │
                    │  └── Self-Evolution Automation (L3) 🆕                      │
                    └─────────────────────────────────────────────────────────────┘

架構方向決策（2026-01）：選擇 Direction C — Full VSX + Foam + Pandoc

VS Code Extension 升級為完整 TreeView / CodeLens / Diagnostics

保留 Foam 做文獻知識圖譜

新增 Pandoc 支援 LaTeX + Word 雙輸出

✅ 已完成 (Completed)

Phase 1: Core Features (2025-10)

Feature	Description
PubMed Integration	搜尋、下載、參考文獻管理
Draft Generation	智慧草稿生成、引用插入
Word Export	匯出符合期刊格式的 .docx
Data Analysis	統計分析、Table 1 生成

Phase 2: Advanced Features (2025-11 ~ 2025-12)

Feature	Description
Multi-Project	多專案管理、Exploration 模式
Novelty Validation	研究概念原創性驗證
Draw.io Integration	CONSORT/PRISMA 流程圖
Skills System	AI 工作流程引導 (.skills/)
Parallel Search	並行搜尋、策略整合
Dashboard	專案管理 UI
pubmed-search-mcp	獨立 PubMed MCP 伺服器

Phase 3: Knowledge Management (2025-12 ~ 2026-01)

Feature	Description
Foam Integration	Wikilinks、Hover Preview、Backlinks
MCP-to-MCP Communication	分層信任、資料完整性保證
Project Memory	`.memory/` 專案記憶系統
Three Reviewers Model	Novelty 三位審稿人驗證模型
Anti-AI Writing Logic	去 AI 味、證據漏斗結構
uv Toolchain	全專案標準化 uv 套件管理
Citation Assistant ✨	智慧引用助手 - 選段落找引用
CRUD 盤點完成 ✅	52 工具盤點，識別 Delete 操作缺口
Tool Description 精簡 ✅	71 工具 docstring 精簡，-77% token
Python 3.12 遷移 ✅	UV 管理、pyproject.toml 更新

Phase 3.5: Infrastructure & Quality Cleanup (2026-01) 🆕

大整理：從混亂到規範化

Feature	Description
Pre-commit Hooks ✅	13 hooks（ruff, mypy, bandit, pytest, whitespace…）全部通過
DDD Import 遷移 ✅	全部 19 個測試檔從 `core.*` 遷移到 DDD 路徑
Test Isolation ✅	所有測試改用 `tmp_path` fixture，不再污染專案根目錄
ARCHITECTURE.md 重寫 ✅	從 448 行過時文檔重寫為 ~240 行精確 DDD 架構文檔
Legacy Cleanup ✅	刪除空的 `core/` 目錄、多餘腳本、散落檔案
Copilot Hook 修復 ✅	AGENTS.md 補齊 7 skills + 8 prompts，修正 capability index
Coverage Baseline ✅	17 passed / 1 skipped / 26 integration-deselected（27% 覆蓋率基線）
架構方向決策 ✅	選定 Direction C: Full VSX + Foam + Pandoc
Citation-Aware Editing ✅	Layer 1 `get_available_citations` + Layer 2 `patch_draft` — 解決 Agent 繞過驗證管線的引用正確性問題
Pydantic V2 遷移 ✅	`SearchCriteria` 從 `class Config` 遷移至 `model_config = ConfigDict`
Code Review Clean ✅	unused variable 修復、路徑一致性修正、32 passed / 1 skipped
Tool Consolidation (Phase 8→10) ✅	74→83（佔位工具實作）→76（模板轉Skill）→53（6策略精簡 -30%）→77（Self-Evolution 新增）

🚨 已知問題 (Known Issues) - 已大幅改善

2026-01 狀態更新：Issue #2, #3 已透過「三位審稿人模型」與「去 AI 味寫作邏輯」改善

Issue #1: 驗證機制不穩定 ⭐⭐⭐ (優先級下調)

問題	說明	狀態
現象	Agent 不會主動去 PubMed 搜尋驗證聲稱的事實	⏳ 進行中
改善	AGENTS.md 已強化「犀利回饋」規則，要求 Agent 質疑無證據的聲稱	✅

Issue #2: Novelty 確認機制仍在開發 ✅ 已改善

問題	說明	狀態
現象	~~`validate_concept` 評分不穩定~~	✅ 已改善
改善	三位審稿人模型 - Skeptic / Methodologist / Clinical Expert 獨立評分	✅
改善	強化 CGU 整合，建議使用 `deep_think` 進行壓力測試	✅

Issue #3: AI 建議無法達到學術標準 ✅ 已改善

問題	說明	狀態
現象	~~AI 給的寫作建議過於籠統~~	✅ 已改善
改善	Anti-AI Writing Rules - 禁止陳腔濫調	✅
改善	Evidence Funnel - 強制引用具體數據	✅
改善	`draft_section` 自動注入已存文獻的摘要作為背景	✅

Issue #4: 跨 MCP 協調不一致 ⭐⭐ (優先級下調)

問題	說明	狀態
現象	資料流不一致	⏳ 部分改善
改善	`save_reference_mcp` 實作 MCP-to-MCP 直接通訊	✅
待做	`verify_search` HTTP API 讓 mdpaper 驗證搜尋來源	📋

🔜 Phase 4: MVP for Original Research (2026 Q1) 🔥

Option A 實作：讓用戶能完整寫出一篇 Original Research

4.1 Table 1 自動生成 ⭐⭐⭐⭐⭐ ✅ 已完成

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    generate_table_one                                │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  Input:                                                              │
│  ├── dataset.csv (患者資料)                                         │
│  ├── grouping_variable (分組變數，如 treatment vs control)          │
│  └── variables_config (哪些變數要放、連續/類別)                     │
│                                                                      │
│  Output:                                                             │
│  ├── Markdown Table (可直接貼入 draft)                              │
│  ├── Word Table (格式化好的 .docx)                                  │
│  ├── Descriptive Paragraph (「共納入 N 位患者...」)                 │
│  └── Statistical Notes (哪些有顯著差異、用什麼檢定)                 │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

功能	說明	狀態
自動偵測變數類型	`detect_variable_types`	✅
分組比較	t-test / Mann-Whitney / Chi-square / Fisher's	✅
格式化輸出	Markdown Table 格式	✅
統計報告	p 值、mean±SD	✅

新增工具：

generate_table_one - 主要工具
detect_variable_types - 資料檢視
list_data_files - 檔案列表

4.2 稿件一致性檢查 ⭐⭐⭐⭐ ✅ 已完成

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    check_manuscript_consistency                      │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  檢查項目:                                                           │
│  ├── 數字一致性 (N=100 在各章節要一致)                              │
│  ├── 術語一致性 (縮寫首次定義檢查)                                  │
│  ├── 引用完整性 (引用的文獻是否都有儲存)                            │
│  ├── 圖表引用 (Figure 1, Table 2 是否連續)                          │
│  └── 統計報告 (p 值格式是否一致)                                    │
│                                                                      │
│  Output:                                                             │
│  ├── Consistency Report (分類問題清單)                              │
│  ├── Issue List (具體位置 + 修復建議)                               │
│  └── Summary (error/warning/info 統計)                               │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

新增工具：

check_manuscript_consistency - 稿件一致性檢查

4.3 Reviewer Response 生成器 ⭐⭐⭐⭐ ✅ 已完成

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    create_reviewer_response                          │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  Input:                                                              │
│  ├── reviewer_comments (審稿意見，可直接貼)                         │
│  └── output_format (structured/table/letter)                        │
│                                                                      │
│  Output:                                                             │
│  ├── Response Template (逐條回覆框架)                               │
│  ├── Structured Format (標準 Point-by-point)                        │
│  ├── Table Format (表格式整理)                                      │
│  └── Letter Format (正式信函格式)                                   │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

新增工具：

create_reviewer_response - 回覆模板生成
format_revision_changes - 修改差異格式化

4.4 投稿準備清單 ✅ 已完成（部分轉為 Skill）

工具	功能	狀態
`generate_cover_letter`	根據 concept + target journal 生成 Cover Letter	✅ → Skill
`check_submission_checklist`	期刊投稿清單檢查 (word count, figure format...)	✅ → `check_formatting`
`list_supported_journals`	列出支援的期刊及其要求	✅ → Skill
`generate_highlights`	生成 3-5 bullet points highlights	✅ → Skill
`generate_graphical_abstract`	Draw.io 視覺摘要模板	📋

Phase 10 Tool Consolidation (2026-02-21):

generate_cover_letter, list_supported_journals, generate_highlights 轉為 submission-preparation/SKILL.md 知識

check_submission_checklist 併入 check_formatting 工具（新增 check_submission 參數）

create_reviewer_response, format_revision_changes 轉為 Skill 知識

4.5 CRUD Delete 操作補齊 ✅ 已完成

根據 2026-01-06 CRUD 盤點結果：52 個工具中 0 個 Delete 操作 → 已補齊

工具	功能	優先級	狀態
`delete_reference`	刪除儲存錯誤的文獻	⭐⭐⭐⭐⭐	✅
`delete_draft`	刪除草稿檔案	⭐⭐⭐	✅
`archive_project`	封存專案（不完全刪除）	⭐⭐⭐	✅
`delete_project`	永久刪除專案	⭐⭐	✅

CRUD 盤點摘要：

Entity	Create	Read	Update	Other
Project	3	6	4	2
Concept	0	4	0	0
Draft	2	4	2	3
Reference	3	5	1	2
Word/Export	3	4	1	0
Diagram	2	1	0	0

🎨 Phase 5a: Artifact-Centric Architecture (2026 Q1-Q2) 🆕

非線性工作流程支援 - 重大架構升級 📋 設計文件：docs/design/artifact-centric-architecture.md

問題背景

目前架構假設「專案優先」：使用者必須先建立專案才能儲存文獻。但實際研究者的工作流程是非線性的：

入口模式	說明
🔍 搜尋先行	先找論文，找到好題目才決定研究方向
📊 資料先行	已有實驗數據，需要找文獻支持
📝 草稿先行	從舊稿件改寫，需要更新引用
📚 PDF 匯入	有一堆下載好的 PDF，需要整理

解決方案

三階段狀態機：

EMPTY → EXPLORATION → PROJECT
          ↓
    _workspace/ 暫存區

核心變更：

新增 _workspace/ 成品暫存區
無專案時成品自動進入 staging
使用者決定時機再建立專案

新增工具 (+6)

工具	功能
`start_exploration`	啟動探索模式
`get_exploration_status`	查看 staging 狀態
`list_staged_artifacts`	列出暫存成品
`tag_artifact`	標記成品
`link_artifact_to_project`	連結成品到專案
`convert_exploration_to_project`	探索轉專案

設計決策

決策	選擇	理由
成品歸屬	Reference（多對多）	彈性最高
強制專案時機	Export 時	探索階段零阻力
向後相容	Keep Both	現有專案不受影響

實作計畫

建立 _workspace/ 基礎架構
實作 ArtifactRegistry 類別
升級 WorkspaceStateManager 支援 3 狀態
新增 6 個 Exploration 工具
修改現有工具支援無專案模式

�️ Phase 5c: Full VSX + Pandoc Export (2026 Q1-Q2) 🔥

架構方向 C：將 VS Code Extension 升級為完整的論文寫作環境 決策日期：2026-01 | 決策依據：需要比 Speckit-like shell prompts 更豐富的 UI 互動

決策背景

方向	說明	結果
A. Lightweight	純 MCP + Shell Prompts（像 Speckit）	❌ 功能不足
B. Slim MCP	精簡 MCP + 少數 VSX 功能	❌ 中間地帶
C. Full VSX	完整 Extension + Foam + Pandoc	✅ 選定

5c.1 VS Code Extension 升級

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    MedPaper Extension 升級                          │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  現有:                                                              │
│  ├── MCP Server 註冊                                                │
│  ├── @mdpaper Chat Participant                                     │
│  └── 3 Commands (start/stop/status)                                │
│                                                                      │
│  新增:                                                              │
│  ├── 🌳 TreeView  — 專案清單 + 文獻樹 + 草稿結構                   │
│  ├── 🔍 CodeLens  — concept.md 上方顯示 novelty score              │
│  │                 — draft 中 [[wikilink]] 上方顯示引用資訊         │
│  ├── 🔴 Diagnostics — 缺少引用、wikilink 斷鏈、字數超限            │
│  ├── 📊 Webview   — Dashboard 嵌入 (取代 Simple Browser)           │
│  └── 📁 File Decoration — 專案/草稿狀態標示                        │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

功能	說明	優先級	狀態
TreeView: Projects	側邊欄顯示專案清單、狀態、進度	⭐⭐⭐⭐⭐	📋
TreeView: References	當前專案的文獻樹，點擊開啟 note	⭐⭐⭐⭐	📋
CodeLens: Novelty	concept.md 上方顯示最近驗證分數	⭐⭐⭐	📋
CodeLens: Citations	[[wikilink]] 上方顯示 "Author (Year)"	⭐⭐⭐⭐	📋
Diagnostics	引用缺失警告、wikilink 斷鏈、字數超限	⭐⭐⭐⭐	📋
Webview Dashboard	內嵌 Next.js Dashboard（取代 Simple Browser）	⭐⭐⭐	📋
File Decorations	專案狀態圖示（drafting/submitted/published）	⭐⭐	📋
Agents Bundle	9 個 SubAgent .agent.md 隨 VSIX 打包	⭐⭐⭐⭐⭐	✅
Auto-Scaffold	偵測缺失 skills/agents/prompts 並自動提示	⭐⭐⭐⭐⭐	✅
macOS Compatibility	MCP env PATH 繼承、homebrew Python 支援	⭐⭐⭐⭐⭐	✅
Zero-Config Marketplace	uv 自動安裝 + `uvx` 隔離模式，一鍵安裝即用	⭐⭐⭐⭐⭐	✅
Testability Refactor	純函數抽取 + 106 vitest（4 test files）	⭐⭐⭐⭐	✅

5c.2 Pandoc 整合（雙格式匯出）

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    Pandoc Export Pipeline                            │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│                                                                      │
│  drafts/*.md                                                         │
│       │                                                              │
│       ├──→ pandoc → .docx  (Word，投稿 / 共同作者協作)              │
│       │         ├── 套用期刊 Word template                          │
│       │         └── 引用格式化 (CSL)                                │
│       │                                                              │
│       └──→ pandoc → .tex   (LaTeX，精確排版 / 數學公式)             │
│                 ├── 套用 journal .cls/.sty                          │
│                 └── BibTeX 引用                                      │
│                                                                      │
│  取代: 現有 python-docx 基礎的 Word 匯出                            │
│  優勢: 統一 pipeline、支援更多格式、CSL 引用、LaTeX 公式            │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

功能	說明	優先級	狀態
Pandoc Word Export	取代現有 python-docx 匯出	⭐⭐⭐⭐⭐	📋
Pandoc LaTeX Export	新增 LaTeX 輸出	⭐⭐⭐⭐	📋
CSL Citation Styles	用 CSL 取代手動格式化	⭐⭐⭐⭐⭐	📋
Journal Templates	期刊 Word/LaTeX 模板庫	⭐⭐⭐	📋
Math Support	LaTeX 公式在 Word/PDF 中正確渲染	⭐⭐⭐	📋

5c.3 Foam 保留 + 強化

功能	說明	狀態
保持現有	[[wikilink]] 引用、hover preview、backlinks	✅ 已有
Graph Scope	`foam_settings.py` 動態切換專案範圍	✅ 已有
Enhanced Autocomplete	文獻 autocomplete 加入 impact factor	📋
Backlink Dashboard	在 Dashboard 中顯示引用圖譜	📋

�📊 Phase 5b: Project Portfolio Management (2026 Q2)

多論文專案管理：讓研究者能同時管理多個進行中的論文

5.1 Dashboard 2.0

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    Project Portfolio Dashboard                       │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│                                                                      │
│  ┌──────────────────────────────────────────────────────────────┐   │
│  │  Active Projects                                    [+ New]   │   │
│  ├──────────────────────────────────────────────────────────────┤   │
│  │  📝 Remimazolam Elderly          │ Drafting │ BJA    │ 65% │   │
│  │  📊 ECMO Mortality Prediction    │ Analysis │ CCM    │ 40% │   │
│  │  🔬 Airway Management Review     │ Concept  │ AA     │ 15% │   │
│  │  ✅ Propofol Meta-analysis       │ Submitted│ JAMA   │ 100%│   │
│  └──────────────────────────────────────────────────────────────┘   │
│                                                                      │
│  ┌──────────────────────────────────────────────────────────────┐   │
│  │  Timeline View                                   [Gantt/List] │   │
│  ├──────────────────────────────────────────────────────────────┤   │
│  │  Jan ──────────── Feb ──────────── Mar ──────────── Apr      │   │
│  │  ████████░░░░░░░░ Remimazolam (Submit: Feb 15)               │   │
│  │  ░░░░████████████████████░░░░ ECMO (Submit: Mar 30)          │   │
│  └──────────────────────────────────────────────────────────────┘   │
│                                                                      │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

功能	說明	狀態
Project Kanban	Concept → Drafting → Review → Submitted → Published	📋
Timeline View	甘特圖顯示各專案進度與 deadline	📋
Milestone Tracking	設定里程碑並追蹤	📋
Priority Matrix	依重要性/緊急性排序專案	📋

5.2 跨專案文獻庫

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    Cross-Project Reference Library                   │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  目前架構:                                                           │
│  projects/                                                           │
│  ├── remimazolam-elderly/references/  ← 專案獨立                    │
│  ├── ecmo-mortality/references/        ← 專案獨立                   │
│  └── ...                                                             │
│                                                                      │
│  新架構:                                                             │
│  references/                            ← 全域文獻庫                 │
│  ├── 12345678/                                                       │
│  ├── 23456789/                                                       │
│  └── ...                                                             │
│  projects/                                                           │
│  ├── remimazolam-elderly/                                           │
│  │   └── .references → [12345678, 23456789]  ← 引用清單             │
│  └── ...                                                             │
│                                                                      │
│  好處:                                                               │
│  ├── 同一篇文獻不用重複儲存                                         │
│  ├── 跨專案搜尋已存文獻                                             │
│  └── 文獻使用統計 (被幾個專案引用)                                  │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

5.3 專案模板庫

模板	說明
Original Research	RCT, Cohort, Cross-sectional
Systematic Review	PRISMA workflow 內建
Meta-analysis	含 Forest plot 工作流
Case Report	CARE checklist 整合
Technical Note	簡化結構

🔬 Phase 6: Systematic Review Pipeline (2026 Q3)

Option B 實作：完整支援系統性回顧 / Meta-analysis

6.1 PRISMA 流程工具

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    PRISMA Flow Manager                               │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│                                                                      │
│  Identification ─────────────────────────────────────────────────   │
│  ├── search_databases()     → PubMed, Embase, Cochrane             │
│  ├── record_search_results() → 自動記錄各資料庫筆數                 │
│  └── remove_duplicates()     → 去重並記錄                           │
│                                                                      │
│  Screening ──────────────────────────────────────────────────────   │
│  ├── screen_titles_abstracts() → Title/Abstract 篩選介面           │
│  ├── screen_fulltext()         → 全文篩選 + 排除原因記錄           │
│  └── resolve_conflicts()       → 雙人篩選不一致處理                │
│                                                                      │
│  Eligibility ────────────────────────────────────────────────────   │
│  ├── assess_eligibility()      → PICOS 對照表                       │
│  └── record_exclusion_reasons() → 標準化排除原因                   │
│                                                                      │
│  Included ───────────────────────────────────────────────────────   │
│  ├── extract_data()            → 資料萃取表單                       │
│  └── generate_prisma_diagram() → 自動生成 PRISMA 流程圖            │
│                                                                      │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

6.2 Risk of Bias 評估

工具	說明	支援量表
`assess_rob2`	RCT 風險評估	RoB 2.0
`assess_robins_i`	觀察性研究風險評估	ROBINS-I
`assess_newcastle_ottawa`	非隨機研究評估	NOS
`generate_rob_summary`	彙總圖 (紅綠燈)	All
`generate_rob_graph`	Traffic light plot	All

6.3 Meta-analysis 整合

工具	說明
`calculate_effect_size`	OR, RR, MD, SMD 計算
`run_meta_analysis`	Fixed/Random effects 模型
`generate_forest_plot`	Forest plot (Draw.io)
`test_heterogeneity`	I², Q test, Tau²
`run_sensitivity_analysis`	Leave-one-out, influence
`run_subgroup_analysis`	亞組分析
`test_publication_bias`	Funnel plot, Egger's test
`generate_grade_summary`	GRADE 證據品質評估

🤖 Phase 7: AI Automation Enhancement (2026 Q4)

Option C 實作：讓 AI 從「輔助」進化到「自動化」

7.1 Concept → Full Draft 自動化

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    Auto-Draft Pipeline                               │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│                                                                      │
│  Input: concept.md + saved references                                │
│                       ↓                                              │
│  ┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐    │
│  │  Step 1: Structure Planning                                  │    │
│  │  • 根據 paper_type 決定章節結構                              │    │
│  │  • 為每個章節分配 key references                            │    │
│  │  • 預估每章節字數                                            │    │
│  └─────────────────────────────────────────────────────────────┘    │
│                       ↓                                              │
│  ┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐    │
│  │  Step 2: Section-by-Section Drafting                        │    │
│  │  • Introduction: Evidence Funnel (已實作)                   │    │
│  │  • Methods: Template + concept.md 填空                      │    │
│  │  • Results: 數據 → 文字自動轉換                             │    │
│  │  • Discussion: Novelty → Limitations → Conclusion           │    │
│  └─────────────────────────────────────────────────────────────┘    │
│                       ↓                                              │
│  ┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐    │
│  │  Step 3: Consistency Check & Polish                         │    │
│  │  • check_manuscript_consistency()                           │    │
│  │  • 專業術語統一                                              │    │
│  │  • 被動語態調整                                              │    │
│  └─────────────────────────────────────────────────────────────┘    │
│                       ↓                                              │
│  Output: complete_draft.md (人類審閱後可直接投稿)                   │
│                                                                      │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

7.2 Smart Citation Suggestions

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                    Citation Intelligence                             │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│                                                                      │
│  功能類似 Grammarly，但針對學術引用:                                │
│                                                                      │
│  ┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐    │
│  │  "Recent studies have shown that remimazolam provides       │    │
│  │   better hemodynamic stability."                             │    │
│  │                          ↑                                   │    │
│  │   ⚠️ Citation needed! Suggested:                            │    │
│  │   • Wang 2023 (PMID: 36941285) - directly supports          │    │
│  │   • Lee 2022 (PMID: 35123456) - related                     │    │
│  │   [Insert] [Ignore] [Search for more]                       │    │
│  └─────────────────────────────────────────────────────────────┘    │
│                                                                      │
│  觸發條件:                                                           │
│  • 發現 "studies show", "research indicates" 等無引用              │
│  • 發現數字聲稱無來源                                               │
│  • 發現與 concept 的 novelty claim 衝突的敘述                       │
│                                                                      │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

7.3 Cross-section Consistency Auto-fix

功能	說明
Number Sync	自動同步所有章節的 N 值
Term Standardization	建立術語表並自動替換
Reference Renumbering	依出現順序自動重編號
Figure/Table Check	確保所有圖表都有被引用
Statistical Style	統一 p 值、CI 格式

7.4 Self-Evolution Automation 🆕

核心價值的技術實現：逐步多輪演進（CONSTITUTION §25-26）。 MCP 協議限制：Server 無法主動呼叫 Client（Agent），只能被動回應 request-response。因此「自動化自我演進」需要外部觸發機制。

為什麼需要三層架構

寫論文是人類高度專業化的過程：課程 → 文獻閱讀 → 研究設計 → 撰寫 → 審查 → 修改 → 再投稿，每一輪都比前一輪更精煉。本系統的核心價值就是用 Agent + MCP 重現這個「逐步多輪演進」的過程。

三個層級

┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│              Self-Evolution Automation Levels                        │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│                                                                      │
│  Level 1: Agent-in-the-Loop (現行) ✅                               │
│  ├── Phase 10 MetaLearningEngine 已實作 D1-D9                       │
│  ├── L1 Skill + L2 Hook 調整已可自動執行                            │
│  └── 限制：需要 Agent 在對話中主動執行 run_meta_learning            │
│                                                                      │
│  Level 2: Code-Level Enforcement (已完整實作) ✅                    │
│  ├── DomainConstraintEngine (Sand Spreader) JSON 約束               │
│  ├── run_writing_hooks 強制 A5/A6/B8/C9/F checks                   │
│  ├── ToolInvocationStore 遙測 + tool_health 診斷                    │
│  ├── PendingEvolutionStore 跨對話演化持久化 🆕                      │
│  ├── build_startup_guidance 新對話自動提示 pending evolutions 🆕    │
│  └── apply_pending_evolutions MCP tool 預覽/套用/駁回 🆕            │
│                                                                      │
│  Level 3: Autonomous Self-Evolution (部分實作) ⚠️                   │
│  ├── ✅ GitHub Actions weekly health check + auto-issue              │
│  ├── ✅ PendingEvolution 跨對話持久化（Phase C 完成）               │
│  ├── ❌ Git post-commit hook 自動觸發（Phase A 未開始）             │
│  ├── ❌ EvolutionVerifier 跨專案驗證類別（被引用但未實作）          │
│  └── ❌ L3 建議自動產生 GitHub PR                                   │
│                                                                      │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

Level 3 可行路徑

路徑	方式	觸發時機	優劣	狀態
A. Git Post-Commit Hook	`post-commit` → `claude -p "run_meta_learning + apply L1/L2"`	每次 commit	最自然，commit = 階段結束信號	❌ 未實作
B. GitHub Actions CI	`.github/workflows/meta-learning.yml` → Claude API	PR merge / 每週排程	與 CI/CD 整合，可產生 PR	⚠️ Health check 已上線，自動 PR 未實作
C. Pending-Evolution 檔案	Server 寫 `.audit/pending-evolutions.yaml` + Agent 新對話時自動讀取	每次新對話	無需外部呼叫，但被動	✅ 完整實作

推薦實作順序：C → A → B（從低風險到高自動化）

技術待驗證 ⚠️

問題	說明	狀態
`claude` CLI 非互動執行	`claude -p "prompt"` 是否能帶 MCP 在非互動模式執行	📋 待驗證
Workspace MCP 存取	非互動模式是否能存取 `.vscode/mcp.json` 定義的 MCP servers	📋 待驗證
API 費用控制	每次 commit 觸發 Agent 的 token 用量與費用	📋 需評估
安全邊界	非互動模式下 L3 操作是否要額外安全機制	📋 需設計

實作計畫

Phase C：在 run_meta_learning 結尾寫入 pending-evolutions.yaml ✅ _flush_meta_learning_evolutions()
Phase C：新增啟動引導 — 新對話時自動檢查 pending evolutions ✅ build_startup_guidance() via get_workspace_state()
Phase A：撰寫 scripts/post-commit-evolution.sh 呼叫 claude CLI
Phase A：在 .pre-commit-config.yaml 或 git hooks 中註冊
Phase B：GitHub Actions workflow 每週排程跑 evolution health check ✅ evolution-health.yml
Phase B：L3 建議自動產生 GitHub PR（含 diff preview）
待修：EvolutionVerifier 類別被 check-evolution-health.py 引用但不存在（已 graceful fallback）

🧠 Phase 8: AI Writing Intelligence (2026 Q1-Q2) 🆕

代碼層面解決 AI 寫作三大問題 📋 設計文件：docs/design/ai-writing-intelligence.md

問題陳述

問題	症狀	目前解法	為什麼不夠
連貫性	段落跳躍、邏輯斷裂	Prompt 說「要連貫」	沒有強制機制
引用	不知哪裡該引用	`suggest_citations` 事後建議	補引用很彆扭
思考脈絡	缺乏全局架構	`validate_concept` 檢查	只檢查不引導

8.1 Citation Intelligence（MVP）🎯

工具	功能	狀態
`analyze_citation_needs`	分析句子引用需求（Rule-based）	📋 設計中
`find_supporting_references`	為 claim 找引用（Semantic search）	📋 設計中
`verify_citation_support`	驗證引用是否支持 claim	📋 設計中
`write_paragraph_with_citations`	寫作時即時插入引用	📋 設計中

技術選型：

sentence-transformers - 語義搜尋
spaCy - NLP 句子分析
Rule-based patterns - 引用需求偵測

4 週實作計畫：

Week	內容
Week 1	Foundation - patterns + analyzer
Week 2	Search - embedding + local/PubMed
Week 3	Verification - claim-citation 匹配
Week 4	Integration - MCP tools + 測試

8.2 Coherence Engine（Phase 2）

工具	功能
`generate_section_outline`	段落級大綱
`write_paragraph_with_context`	帶上下文寫作
`check_coherence`	連貫性檢查

8.3 Argument Tracker（Phase 3）

工具	功能
`create_argument_map`	論點地圖（整合 CGU deep_think）
`generate_structured_draft`	結構化生成
`track_logic_chain`	邏輯鏈追蹤

🛠️ Phase 9: API & Deployment (2026 Q4+)

參考 medical-calc-mcp 的部署架構

Feature	Description	Use Case
REST API Mode	將 MCP 工具以 API 公開	外部系統整合
SSE Mode	Server-Sent Events 支援	輕量即時通訊
Docker Support	容器化部署	一鍵啟動
HTTPS + Nginx	生產環境安全部署	團隊使用

💡 構想中 (Ideas)

Idea	Description	Priority
Tool Discovery	兩層級工具索引 (Low/High Level)	Medium
Resources API	`paper://list`, `reference://{pmid}`	Medium
Multi-Author Mode	多人協作、版本控制	Low
Reference Graph	文獻引用關係視覺化	Low
Voice Input	語音輸入筆記	Idea

🔗 Related Projects

Project	Description	Status
pubmed-search-mcp	PubMed 文獻搜尋 MCP	✅ Integrated
next-ai-draw-io	Draw.io 流程圖 MCP	✅ Integrated
medical-calc-mcp	醫學計算器 MCP	📋 Planned
CGU	創意發想 MCP	✅ Integrated

Contributing

有興趣參與開發？歡迎：

🐛 回報問題
💡 提出功能建議
🔧 提交 Pull Request

詳見 CONTRIBUTING.md

FilesExpand file tree

ROADMAP.md

Latest commit

History

ROADMAP.md

File metadata and controls

🗺️ MedPaper Assistant Roadmap

Vision

核心價值：逐步多輪演進（Iterative Multi-Round Evolution）

📊 開發優先級總覽

✅ 已完成 (Completed)

Phase 1: Core Features (2025-10)

Phase 2: Advanced Features (2025-11 ~ 2025-12)

Phase 3: Knowledge Management (2025-12 ~ 2026-01)

Phase 3.5: Infrastructure & Quality Cleanup (2026-01) 🆕

🚨 已知問題 (Known Issues) - 已大幅改善

Issue #1: 驗證機制不穩定 ⭐⭐⭐ (優先級下調)

Issue #2: Novelty 確認機制 仍在開發 ✅ 已改善

Issue #3: AI 建議無法達到學術標準 ✅ 已改善

Issue #4: 跨 MCP 協調不一致 ⭐⭐ (優先級下調)

🔜 Phase 4: MVP for Original Research (2026 Q1) 🔥

4.1 Table 1 自動生成 ⭐⭐⭐⭐⭐ ✅ 已完成

4.2 稿件一致性檢查 ⭐⭐⭐⭐ ✅ 已完成

4.3 Reviewer Response 生成器 ⭐⭐⭐⭐ ✅ 已完成

4.4 投稿準備清單 ✅ 已完成（部分轉為 Skill）

4.5 CRUD Delete 操作補齊 ✅ 已完成

🎨 Phase 5a: Artifact-Centric Architecture (2026 Q1-Q2) 🆕

問題背景

解決方案

新增工具 (+6)

設計決策

實作計畫

�️ Phase 5c: Full VSX + Pandoc Export (2026 Q1-Q2) 🔥

決策背景

5c.1 VS Code Extension 升級

5c.2 Pandoc 整合（雙格式匯出）

5c.3 Foam 保留 + 強化

�📊 Phase 5b: Project Portfolio Management (2026 Q2)

5.1 Dashboard 2.0

5.2 跨專案文獻庫

5.3 專案模板庫

🔬 Phase 6: Systematic Review Pipeline (2026 Q3)

6.1 PRISMA 流程工具

6.2 Risk of Bias 評估

6.3 Meta-analysis 整合

🤖 Phase 7: AI Automation Enhancement (2026 Q4)

7.1 Concept → Full Draft 自動化

7.2 Smart Citation Suggestions

7.3 Cross-section Consistency Auto-fix

7.4 Self-Evolution Automation 🆕

為什麼需要三層架構

三個層級

Level 3 可行路徑

技術待驗證 ⚠️

實作計畫

🧠 Phase 8: AI Writing Intelligence (2026 Q1-Q2) 🆕

問題陳述

8.1 Citation Intelligence（MVP）🎯

8.2 Coherence Engine（Phase 2）

8.3 Argument Tracker（Phase 3）

🛠️ Phase 9: API & Deployment (2026 Q4+)

💡 構想中 (Ideas)

🔗 Related Projects

Contributing

Issue #2: Novelty 確認機制仍在開發 ✅ 已改善