paf2pairs转换问题

[yinshishu233]

老师您好，我在使用cphasing paf2pairs将porec的paf.gz转换为pairs.gz后，在后续将生成的pairs.gz用于cphasing pairs2mnd过程中出错，mnd.txt文件
没有结果。产生的错误如下,请问老师可能是哪里出了问题呢？
[12:11:51] INFO Running command: utilities.py:193
INFO cphasing-rs pairs2mnd utilities.py:194
porec.pairs.gz -o porec.mnd.txt
-q 1
2025-07-25T12:11:51 [INFO] - Load 'porec.pairs.gz2025-07-25T12:11:51 [INFO] - Load contigsizes from pairs file. Error(Io(Custom { kind: InvalidInput, error: "invalid gzip header" })) 2025-07-25T12:11:51 [INFO] - Successful output mnd fileporec.mnd.txt`

我的代码为：
cphasing paf2pairs porec.paf.gz hifi.asm.bp.p_ctg.contigsizes > porec.pairs.gz
cphasing pairs2mnd porec.pairs.gz -o porec.mnd.txt

生成的pairs.gz文件前几行和最后几行分别是这样的：
（1）前六行

pairs format 1.0

#shape: upper triangle
#chromsize: ptg000001l 825823
#chromsize: ptg000002l 118488826
#chromsize: ptg000003l 29922467
#chromsize: ptg000004l 8421463

（2）后六行
409654140 ptg000539l 20317635 ptg000539l 20317673 + - 60
409654141 ptg000002l 117716205 ptg000002l 117767333 + - 60
409654142 ptg000002l 36525469 ptg000002l 73391011 + + 60
409654143 ptg000038l 39425619 ptg000038l 39430084 + - 60
409654144 ptg000038l 39425619 ptg000038l 39433604 + + 60
409654145 ptg000038l 39430084 ptg000038l 39433604 - + 60

[dzwzs]

mv porec.pairs.gz porec.pairs
gzip porec.pairs
这样就可以解决，你直接生成的.pair.gz不行，你试试这样。我是这么解决的！~

[wangyibin]

谢谢@dzwzs, 这种重命名重新压缩可以解决这个问题。

这个问题来自标准输出（>)输出的不是压缩格式，文件名不能用.gz 结尾，我们判断压缩格式比较死板，直接识别后缀的。
输出gz 格式需要替换掉标准输出(>).使用 -o porec.pairs.gz.

[yinshishu233]

@wangyibin @dzwzs 非常感谢两位老师的解答，问题已经解决了！