cphasing-rs pairs-break

[Porsche97]

老师，您好：

当我使用cphasing-rs pairs-break生成新的 corrected.pairs.gz文件时，发现少了一个输入文件<BREAK_BED>，我该怎么得到这个文件呢，此前我已经使用cphasing scaffolding命令得到了一个新的corrected.groups.agp文件

命令1：cphasing scaffolding ../3.hyperpartition/output.clusters.txt ../2.prepare/A.poreC.counts_AAGCTT.txt ../2.prepare/A.poreC.clm.gz -sc ../2.prepare/A.poreC.split.contacts -f ../A.raw.assembly.fa -t 120 --corrected -o corrected.groups.agp -m precision

命令2：cphasing-rs pairs-break -t 120 -o corrected.groups.agp ../A.poreC.paf.gz

cphasing-rs pairs-break --help
Break contigs at chimeric points follwed a bed

Usage: cphasing-rs pairs-break [OPTIONS] <BREAK_BED>

Arguments:
pairs
<BREAK_BED> break contigs with a bed format

Options:
-t, --threads [default: 8]
-o, --output output file, default is stdout [default: -]
-h, --help Print help

[wangyibin]

你好，不好意思文档遗漏了这些信息

这个文件就是一个4列的txt文件（contig\tstart\end\new_contig)，里面记录了打断contig的信息，可以从corrected.groups.agp 里面获取。
例如：

utg000001l    1    10000     utg000001l:1-10000
utg000001l    10001     20000    utg000001l:10001-20000
utg000002l    1    20000   utg000002l:1-20000
utg000002l    20001    40000    utg000002l:20001-40000

[Porsche97]

感谢老师百忙之中回复我的问题，还请老师查看我此前提到的命令是否正确，因为我比较了原始生成的groups.agp和使用命令1生成的corrected.groups.agp似乎只有在未挂载的contig中有区别，而在染色体区域完全一致（如下图），不知道这是否是正常现象。另外您提到的bed文件具体是corrected.groups.agp里的哪四列呢？

命令1：cphasing scaffolding ../3.hyperpartition/output.clusters.txt ../2.prepare/A.poreC.counts_AAGCTT.txt ../2.prepare/A.poreC.clm.gz -sc ../2.prepare/A.poreC.split.contacts -f ../A.raw.assembly.fa -t 120 --corrected -o corrected.groups.agp -m precision

[wangyibin]

你好，这两个agp的contig数量一致吗？有重复的contig吗？
--corrected 和pairs-break是针对前面有打断contig的时候才需要使用的。你是在哪里操作了打断了contig，需要去加--corrected 参数的。

[Porsche97]

好的，老师，那可能是我理解错了，我以为加了--corrected 参数软件就会自动纠错组装时的错误，从而生成一个新的corrected.groups.agp