关于Collapse的表现问题 #39
Description
您好，
Collapse是一个非常好的模块，我组装的是一个同源性较高的多倍体植物，Collapse区域我一直不知道怎么处理。之前我尝试了通过gfa和ont数据（depth）来进行Collapse区域的恢复。但是在这过程中我发现有一个Collapse区域一直没有被恢复。
通过我的经验来看，2号染色体的黑框框起来的部分应该是同时和1和3号染色体的部分区域发生了Collapse，该区域的测序深度应该约为正常的测序深度3倍（正常的测序深度约为20X），结果也是这样的，下图是该区域中一个contig的深度图。
无论是基于gfa还是ont数据进行Collapse的恢复，该区域的contig都没有成功的生成新的拷贝（或者说被成功的恢复），通过查询过程文件，contigs.collapsed.contig.list统计的Collapse区的contig中是存在该区域的conitg的，但是运行“cphasing collapse rescue”后，生成的collapsed.rescue.contigs.list文件中却没有该区域的Contig，最终导致这些contig不能成功的被恢复。这个问题是什么导致的？是否是因为并非是2个染色体发生了坍塌，而是3个染色体，导致这些contig不知道应该分配到那些cluster中？