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DESIGN.md

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content/multiscale/allatom.mdx

Lines changed: 3 additions & 11 deletions
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@@ -1,8 +1,8 @@
11
---
22
title: "All-Atom Molecular Dynamics"
33
titleKo: "전원자 분자동역학"
4-
shortDescription: "Tracks explicit atoms and solvent with a classical potential, providing trajectory-level structural and dynamical references for larger-scale models."
5-
shortDescriptionKo: "고전 퍼텐셜로 명시적 원자와 용매를 추적해, 더 큰 스케일 모형의 구조 및 동역학 참조값을 제공한다."
4+
shortDescription: "A single arrangement of atoms defines neither diffusion nor a hydrogen-bond lifetime. Fixing the chemistry buys the millions of steps those averages are made of."
5+
shortDescriptionKo: "확산 계수도 수소결합 수명도 수백만 스텝을 평균해서 얻는 값이다. 화학을 고정해 힘 계산을 싸게 만들어야 그 스텝이 나온다."
66
icon: "Atom"
77
color: "#06b6d4"
88
order: 3
@@ -21,11 +21,7 @@ contentKo: |
2121
2222
## 방법론
2323
24-
멀티스케일 인터랙티브 경험은 물에 녹인 카페인의 명시적 용매 궤적으로 전원자 MD의 핵심 개념을 예시한다. 원자 표현 방식, 힘장 항, 국소 분자 구조의 차이, 주기 경계 조건을 차례로 보여 준다. 이 궤적은 하나의 학습용 예시이며, 핵심 개념은 액체와 용액의 다양한 전원자 시뮬레이션에 적용된다.
25-
26-
## 멀티스케일 체계에서의 역할
27-
28-
전원자 MD는 더 정교한 전자구조 또는 MLFF 계산과 더 단순한 조대화 모형 사이에서 구조와 동역학의 기준선을 제공한다. 같은 계의 분포, 확산, 접촉 통계를 비교하면 각 해상도에서 무엇을 보존했고 무엇을 생략했는지 확인할 수 있다.
24+
멀티스케일 인터랙티브 경험은 물에 녹인 카페인의 명시적 용매 궤적으로 전원자 MD의 핵심 개념을 예시한다. 원자 표현 방식, 역장 항, 국소 분자 구조의 차이, 주기 경계 조건을 차례로 보여 준다. 이 궤적은 하나의 학습용 예시이며, 핵심 개념은 액체와 용액의 다양한 전원자 시뮬레이션에 적용된다.
2925
3026
## 관련 논문
3127
@@ -50,10 +46,6 @@ All-atom molecular dynamics tracks every atom in a system, including every water
5046

5147
The Multiscale interactive experience uses an explicit-solvent trajectory of caffeine dissolved in water to illustrate core all-atom MD concepts: atomistic representation, force-field terms, local molecular structure, and periodic boundary conditions. The trajectory is a teaching example; the concepts apply across all-atom simulations of liquids and solutions.
5248

53-
## Role in Multiscale Framework
54-
55-
All-atom MD provides structural and dynamical reference measurements between more detailed electronic-structure or MLFF calculations and simpler coarse-grained models. Comparing distributions, diffusion, and contact statistics for the same system makes clear which features are retained or omitted at each resolution.
56-
5749
## Related Publications
5850

5951
- Yu et al., *Science Advances* (2020), Active microrheology of metallic glass

content/multiscale/dft.mdx

Lines changed: 3 additions & 11 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,8 +1,8 @@
11
---
22
title: "First-Principles Calculations (DFT)"
3-
titleKo: "제일원리 계산 (DFT)"
4-
shortDescription: "Uses quantum-mechanical electronic-structure calculations to generate reference energies, forces, and geometries. The selected approximation and dispersion treatment determine how results are assessed."
5-
shortDescriptionKo: "양자역학적 전자구조 계산으로 에너지, 힘, 구조의 참조값을 만들며, 선택한 근사와 분산 보정에 따라 결과를 검토한다."
3+
titleKo: "밀도범함수이론 (DFT)"
4+
shortDescription: "Where a bond gives way is decided by the electron density spread between its nuclei. Solving for that distribution directly is how a reactive site gets named before anything is synthesized."
5+
shortDescriptionKo: "결합이 어디서 풀릴지는 원자핵 사이에 퍼진 전자가 정한다. 그 분포를 직접 풀어, 합성해 보기 전에 반응할 자리와 산화 환원 경향을 가늠한다."
66
icon: "Orbit"
77
color: "#f97316"
88
order: 1
@@ -22,10 +22,6 @@ contentKo: |
2222
## 방법론
2323
2424
서로 보완하는 두 가지 전산 접근을 쓴다. 벌크 액체와 고체-액체 계면 같은 주기계에는 평면파 DFT 코드(VASP, Quantum ESPRESSO)를, 분자 수준 계산에는 국소 기저 코드(Gaussian, ORCA)를 쓴다. 양쪽 모두 분산 보정(D3, D4, TS)을 포함하는데, 표준 DFT 근사가 흔히 과소평가하는 분자 간 약한 장거리 인력을 경험적으로 메워 주는 항이다.
25-
26-
## 멀티스케일 체계에서의 역할
27-
28-
DFT가 생성한 참조 데이터는 DFT → MLFF → All-atom MD → CG-MD/DPD 순서로 시뮬레이션 계층 전체에 전파된다.
2925
---
3026

3127
## Overview
@@ -42,7 +38,3 @@ Density functional theory (DFT) calculates the behavior of electrons in molecule
4238
## Methods
4339

4440
We use two complementary computational approaches: plane-wave DFT codes (VASP, Quantum ESPRESSO) for periodic systems like bulk liquids and solid-liquid interfaces, and localized-basis codes (Gaussian, ORCA) for molecular-level calculations. Both include dispersion corrections (D3, D4, TS), empirical additions that account for the weak long-range attractions between molecules that standard DFT approximations tend to underestimate.
45-
46-
## Role in Multiscale Framework
47-
48-
DFT provides the reference data that propagates upward through our simulation hierarchy: DFT → MLFF → All-atom MD → CG-MD/DPD.

content/multiscale/meso.mdx

Lines changed: 2 additions & 10 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,8 +1,8 @@
11
---
22
title: "Mesoscale Simulation"
33
titleKo: "메조스케일 시뮬레이션"
4-
shortDescription: "Uses coarse-grained representations to connect molecular interactions to collective behavior at larger length and time scales."
5-
shortDescriptionKo: "조대화 표현으로 분자 상호작용을 더 큰 길이 및 시간 스케일의 집단 거동과 연결한다."
4+
shortDescription: "Thousands of chains threading past one another acquire properties no single strand has. A gel's stiffness and a block copolymer's periodic structure are settled at this scale, and it is the scale scattering and microscopy report."
5+
shortDescriptionKo: "겔의 강성이나 블록 공중합체의 주기 구조는 사슬 수천 가닥이 서로를 꿰고 지나가면서 정해진다. 산란과 현미경이 보는 것도 그 규모다."
66
icon: "Layers"
77
color: "#f59e0b"
88
order: 4
@@ -23,10 +23,6 @@ contentKo: |
2323
2424
전원자 시뮬레이션과 실험 산란·현미경 데이터(SAXS, TEM, AFM)에 견주어 조대화 모형을 개발하고 검증한다. 이 모형으로 수백만 상호작용점을 담은 계를 마이크로초 규모로 시뮬레이션한다.
2525
26-
## 멀티스케일 체계에서의 역할
27-
28-
메조스케일은 앞선 해상도에서 정리한 상호작용과 구조적 제약을 집단적 거동으로 확장한다. 여기서는 정확한 원자 배치 하나보다 분포, 자기조립 경로, 시간에 따른 형태 변화가 더 중요한 검증 대상이 되며, 산란과 현미경 관측이 그 비교 기준을 제공한다.
29-
3026
## 관련 논문
3127
3228
- Yu et al., *Advanced Science* (2024), 접합 고분자의 이중 영역 배좌
@@ -50,10 +46,6 @@ Mesoscale simulations bridge the gap between atomistic methods (accurate but com
5046

5147
We develop and validate coarse-grained models against all-atom simulations and experimental scattering and microscopy data (SAXS, TEM, AFM). These models simulate systems of millions of interaction sites over microsecond timescales.
5248

53-
## Role in Multiscale Framework
54-
55-
Mesoscale simulation carries the interactions and structural constraints established at earlier resolutions into collective behavior. Here, distributions, self-assembly pathways, and time-dependent morphology matter more than one exact atomic arrangement. Scattering and microscopy provide the comparison frame.
56-
5749
## Related Publications
5850

5951
- Yu et al., *Advanced Science* (2024), Two-regime conformation of grafted polymers

content/multiscale/mlff.mdx

Lines changed: 3 additions & 10 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,12 +1,13 @@
11
---
22
title: "Machine Learning Force Fields"
33
titleKo: "머신러닝 역장"
4-
shortDescription: "Learns an interatomic potential from quantum-mechanical reference data, aiming to retain near-reference accuracy at lower cost for the atomic environments represented in training."
5-
shortDescriptionKo: "양자역학 참조 데이터로 원자 간 퍼텐셜을 학습해, 학습에 포함된 원자 환경에서 더 낮은 비용으로 참조 수준에 가까운 정확도를 목표로 한다."
4+
shortDescription: "Learning the forces DFT assigns makes them cheap enough to evaluate again and again, which opens up following bonds as they break and re-form over nanoseconds."
5+
shortDescriptionKo: "DFT가 매긴 힘을 학습해 두면 거의 같은 정확도를 훨씬 싸게 되풀이할 수 있다. 결합이 끊어지고 다시 생기는 과정을 나노초 동안 따라가는 계산이 그렇게 열린다."
66
icon: "Brain"
77
color: "#8b5cf6"
88
order: 2
99
scale: "1-10 nm (ab initio accuracy)"
10+
scaleKo: "1-10 nm (제일원리 수준 정확도)"
1011
contentKo: |
1112
## 개요
1213
@@ -23,10 +24,6 @@ contentKo: |
2324
2425
밀도범함수이론(DFT) 양자역학 참조 데이터로 MLFF를 훈련하며, 물리적 대칭을 만족하는 신경망 아키텍처를 사용한다. 분자를 회전하거나 이동해도 예측이 변하지 않는다. 향상된 표본추출 기법과 결합하면, 학습에 포함된 원자 환경에서 참조 수준에 가까운 정확도를 목표로 더 긴 시간 규모를 탐색할 수 있다. 적용 범위는 별도의 참조 데이터로 계속 점검한다.
2526
26-
## 멀티스케일 체계에서의 역할
27-
28-
MLFF는 DFT가 만든 에너지와 힘의 참조값을 더 긴 원자 수준 궤적에 쓸 수 있는 퍼텐셜로 바꾼다. 이 연결은 전자구조 계산만으로는 다루기 어려운 시간과 계 크기를 탐색하게 해 주며, 전원자 및 조대화 모형과 비교할 때는 동일한 구조·동역학 측정량으로 적용 범위를 점검한다.
29-
3027
## 관련 논문
3128
3229
- Yu et al., *Science Advances* (2024), MLFF를 이용한 물 확산 이상 현상
@@ -49,10 +46,6 @@ In molecular simulation, a force field is the mathematical model that describes
4946

5047
We train MLFFs on quantum-mechanical reference data from density functional theory (DFT) calculations using neural network architectures that respect physical symmetries; predictions remain unchanged when the molecule is rotated or translated. Combined with enhanced sampling techniques that accelerate the observation of rare events, they can explore longer time scales while targeting near-reference accuracy for atomic environments represented in training. Their domain of reliable use still requires checks against separate reference data.
5148

52-
## Role in Multiscale Framework
53-
54-
An MLFF turns DFT reference energies and forces into a potential that can be evaluated along longer atomistic trajectories. This connection opens time and system-size regimes that direct electronic-structure calculations cannot routinely reach. Its scope is checked with shared structural and dynamical measurements when it is compared with all-atom or coarse-grained models.
55-
5649
## Related Publications
5750

5851
- Yu et al., *Science Advances* (2024), Water diffusion anomalies via MLFF

data/cv.ts

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -99,7 +99,7 @@ export const skills = {
9999
ko: [
100100
{ category: "분자 시뮬레이션", items: "LAMMPS, GROMACS, HOOMD-blue" },
101101
{ category: "제일원리 계산", items: "VASP, CP2K, Quantum ESPRESSO, Gaussian, PySCF" },
102-
{ category: "기계학습 퍼텐셜", items: "DeePMD-kit, MACE, NequIP, JAX-MD" },
102+
{ category: "머신러닝 퍼텐셜", items: "DeePMD-kit, MACE, NequIP, JAX-MD" },
103103
{ category: "시각화", items: "VMD, OVITO" },
104104
{ category: "프로그래밍", items: "Python, C++, JAX, CUDA, OpenMP/MPI" },
105105
{ category: "인프라", items: "PBS, SGE, Slurm, Docker" },
@@ -116,7 +116,7 @@ export const professional = {
116116
ko: [
117117
"미국물리학회 (APS)",
118118
"미국화학회 (ACS)",
119-
"International Centre for Multiscale Simulations (ICMS)",
119+
"국제 멀티스케일 시뮬레이션 센터 (ICMS)",
120120
"세계이론전산화학회 (WATOC)",
121121
],
122122
};

data/funding.ts

Lines changed: 3 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -3,6 +3,7 @@ export interface FundingGrant {
33
title: string;
44
titleKo?: string;
55
agency: string;
6+
agencyKo?: string;
67
period: string;
78
amount?: string;
89
role: "PI" | "Co-PI" | "Participant";
@@ -16,6 +17,7 @@ export const grants: FundingGrant[] = [
1617
title: "University Core Research Center Support Program",
1718
titleKo: "아주대학교 기초과학 자율운영 중점연구소",
1819
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20+
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1921
period: "2026.03 ~",
2022
role: "PI",
2123
description: "",
@@ -26,6 +28,7 @@ export const grants: FundingGrant[] = [
2628
title: "Ajou University Research Grants for New Faculty Members",
2729
titleKo: "아주대학교 신임교원 정착연구",
2830
agency: "Ajou University",
31+
agencyKo: "아주대학교",
2932
period: "2026.03 ~",
3033
role: "PI",
3134
description: "",

data/people.ts

Lines changed: 3 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -5,8 +5,11 @@ export const pi: Person = {
55
nameKo: "유지웅",
66
role: "pi",
77
title: "Assistant Professor",
8+
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89
departments: ["School of Frontier Sciences", "Department of Chemistry"],
10+
departmentsKo: ["프런티어과학학부", "화학과"],
911
university: "Ajou University",
12+
universityKo: "아주대학교",
1013
email: "jiwoongs1492@ajou.ac.kr",
1114
orcid: "0000-0001-8479-401X",
1215
photo: "/images/people/pi.jpg",

data/site-config.ts

Lines changed: 1 addition & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -15,7 +15,7 @@ export const siteConfig = {
1515
location: {
1616
building: "Woncheon Hall 218",
1717
buildingKo: "원천관 218호",
18-
address: "206, World cup-ro, Yeongtong-gu, Suwon-si, Gyeonggi-do, Republic of Korea",
18+
address: "206 Worldcup-ro, Yeongtong-gu, Suwon-si, Gyeonggi-do, Republic of Korea",
1919
addressKo: "경기도 수원시 영통구 월드컵로 206",
2020
},
2121
social: {

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