Skip to content

amber.org

Latest commit

 

History

History
64 lines (62 loc) · 3.62 KB

amber.org

File metadata and controls

64 lines (62 loc) · 3.62 KB

How to frozen or restrained atoms

restrained atoms ntr

ntr=1 restrain use a harmonic potentail

restrainmask specifies the restrained atoms

restraint_wt weight for positional restraints

如何利用REMD来进行模拟

  1. REMD 是一种交换样本采样的方法，通过温度之间的交换，可以使得分子的构象能够发生较大的变化，跳出局部最小的区域
  2. 首先准备分子的坐标文件和力场文件
  3. 确定样本数和样本所在的温度
    • Usually REMD simulations are run for a temperature range between 270 - 600K
    • 保证相邻的温度之间势能分布存在重合
    • 样本数通常是原子数目的平方根
    • 选择温度较为经验，可以参考这个链接http://folding.bmc.uu.se/remd/index.php
  4. 当温度很高时(500-600K)，会有可能发生分子手性的改变，因此需要对分子的手性进行约束
    • 利用 AMBER 提供的 makeCHIR_RSR 可以产生需要的约束文件 
      > makeCHIR_RST ala10.pdb ala10_chir.dat
  5. 使每个样本在相应的温度达到平衡，这一步不是一定需要的，因为在不同的温度下，=sander= 可以提供不同的速度。
    • 在这一步可以用到 multisander 使计算并行
    • 在用 multisander 进行计算时，需要 groupfile 文件，它包含如下信息 
      -O -rem 0 -i equilibrate.mdin.001 -o equilibrate.mdout.001 -c min.rst -r equilibrate.rst.001 -x equilibrate.mdcrd.001 -inf equilibra
te.mdinfo.001 -p ala10.prmtop
-O -rem 0 -i equilibrate.mdin.002 -o equilibrate.mdout.002 -c min.rst -r equilibrate.rst.002 -x equilibrate.mdcrd.002 -inf equilibra
te.mdinfo.002 -p ala10.prmtop
...

      这里的 -rem =0 表示不进行副本交换，其中的每一个 equilibrate.mdin.001 温度不一样

    • 使用 mpirun -np 8 $AMBERHOME/exe/sander.MPI -ng 8 -groupfile equilibrate.groupfile 来运行程序，这里的 -np 8 表示有八个样本
    • 注意在(4)生成了 makeCHIR_RST 需要将这个文件加入约束中需要加入 nmropt=1, 并在in文件后面加上 
      &wt TYPE='END'
/
DISANG=ala10_chir.dat
  6. 进行REMD样本交换
    • 过程与第(5)步相同，只是需要将 rem 1 ， 并改变in文件
    • 模拟的尺度需要设置两个参数 nstlim=500 numexchg=1000 其中 nstlim 表示进行500步后，进行交换，而 numexchg 表示交换的次数,则整体的时间为 dt*nstlim*numexchg
    • 模拟时会生成rem.log, 记录了样本交换的一些信息
  7. REMD结果分析
    • 最后生成的每一个轨道文件都是包含了不同的温度，需要将每个温度分别提取出来
    • 在提取温度时，只需要指明第一个轨道文件，但只能识别3位数字的后缀，如 file.000,file.007
    • 在利用 cpptraj 时，需要指明是remd文件，如下 trajin remd.mdcrd.001 remdtraj remdtrajtemp 300.0 trajout remd.300K.mdcrd nobox

利用生成的rmsd.agr文件生成hist

利用hist命令

hist <dataset_name>[,<min>,<max>,<step>,<bins>]...
[free <temperature>] out <filename>

具体参数见amber手册

将两个分子重叠

利用vmd,使用下面的命令

set all [atomselect 0 "all not water"]
set alpha1 [atomselect 0 "resid 4 to 26 and alpha"]
set alpha2 [atomselect 1 "resid 4 to 26 and alpha"]
set M [measure fit $alpha1 $alpha2]
$all move $M