错误的亚基因组划分结果

[majssssa]

张老师您好：

我使用的SubPhaser应用于一个6倍体物种进行亚基因组的划分，但是划分的结果出现了非常明显的错误，cricos图中把本应是分别属于三套基因组的同源染色体划分成了亚基因组。PCA图也可以看出划分的效果不太好。请问有没有其他办法能改善这个结果。

这是我的配置文件信息
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Chr1 Chr2 Chr3
Chr4 Chr5 Chr6
Chr7 Chr8 Chr9
Chr10 Chr11 Chr12
Chr13 Chr14 Chr15
Chr16 Chr17 Chr18
Chr19 Chr20 Chr21
Chr22 Chr23 Chr24
Chr25 Chr26 Chr27

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[zhangrengang]

1. 考虑是否同源六倍体。同源的分不开正常。
2. 可以降低-q试试，例如-q 50.