Skip to content

Add DAIOF custom Copilot agent configuration#91

Merged
NguyenCuong1989 merged 1 commit into
mainfrom
copilot/add-basic-custom-agent
Apr 12, 2026
Merged

Add DAIOF custom Copilot agent configuration#91
NguyenCuong1989 merged 1 commit into
mainfrom
copilot/add-basic-custom-agent

Conversation

Copilot AI commented Apr 12, 2026

Copy link
Copy Markdown
Contributor

The agent config file at .github/agents/my-agent.agent.md was a blank template with empty name and description fields.

Changes

  • Frontmatter: Set name: DAIOF Agent and a concise description scoped to the framework's domain.
  • Agent body: Replaced placeholder text with structured guidance covering:
    • Capabilities (codebase navigation, task management, architecture explanation, CI/dev support)
    • Key files and directories relevant to DAIOF (haios_core.py, src/, .github/scripts/, etc.)
    • Usage tips for interacting with the agent in context

Summary by Sourcery

Tài liệu hóa và cấu hình tác nhân Copilot tùy chỉnh DAIOF cho kho lưu trữ này.

Tính năng mới:

  • Giới thiệu một tác nhân Copilot DAIOF được đặt tên với phần mô tả được giới hạn phạm vi dành cho kho lưu trữ Digital AI Organism Framework.

Cải tiến:

  • Thay thế phần nội dung tác nhân mẫu bằng hướng dẫn có cấu trúc về các khả năng, các tệp dự án chính và các kiểu tương tác được khuyến nghị cho cộng tác viên.
Original summary in English

Summary by Sourcery

Document and configure the DAIOF custom Copilot agent for this repository.

New Features:

  • Introduce a named DAIOF Copilot agent with a scoped description for the Digital AI Organism Framework repository.

Enhancements:

  • Replace the placeholder agent body with structured guidance on capabilities, key project files, and recommended interaction patterns for contributors.
- Ghi lại mục đích, các khả năng, và hướng dẫn sử dụng của tác nhân DAIOF Copilot trong tệp cấu hình tác nhân.
Original summary in English

Summary by Sourcery

Tài liệu hóa và cấu hình tác nhân Copilot tùy chỉnh DAIOF cho kho lưu trữ này.

Tính năng mới:

  • Giới thiệu một tác nhân Copilot DAIOF được đặt tên với phần mô tả được giới hạn phạm vi dành cho kho lưu trữ Digital AI Organism Framework.

Cải tiến:

  • Thay thế phần nội dung tác nhân mẫu bằng hướng dẫn có cấu trúc về các khả năng, các tệp dự án chính và các kiểu tương tác được khuyến nghị cho cộng tác viên.
Original summary in English

Summary by Sourcery

Document and configure the DAIOF custom Copilot agent for this repository.

New Features:

  • Introduce a named DAIOF Copilot agent with a scoped description for the Digital AI Organism Framework repository.

Enhancements:

  • Replace the placeholder agent body with structured guidance on capabilities, key project files, and recommended interaction patterns for contributors.

Agent-Logs-Url: https://github.com/NguyenCuong1989/DAIOF-Framework/sessions/98dff853-0b2c-42e8-a086-701669af0b91

Co-authored-by: NguyenCuong1989 <196793856+NguyenCuong1989@users.noreply.github.com>
@sourcery-ai

sourcery-ai Bot commented Apr 12, 2026

Copy link
Copy Markdown

Hướng Dẫn Cho Người Review

Định nghĩa và ghi lại một tác nhân Copilot tùy chỉnh dành riêng cho DAIOF bằng cách điền metadata của tác nhân và thay thế phần nội dung mẫu bằng các khả năng cụ thể, các tham chiếu mã nguồn chính và hướng dẫn sử dụng cho cộng tác viên.

Biểu đồ tuần tự cho các tương tác của developer với tác nhân DAIOF Copilot

sequenceDiagram
  actor Developer
  participant GitHub_Copilot
  participant DAIOF_Agent
  participant DAIOF_Repo

  Developer->>GitHub_Copilot: Select_DAIOF_Agent_and_open_repo
  GitHub_Copilot->>DAIOF_Agent: Initialize_with_repo_context
  DAIOF_Agent->>DAIOF_Repo: Read_key_files_and_directories
  DAIOF_Repo-->>DAIOF_Agent: Provide_repository_content

  Developer->>DAIOF_Agent: Ask_to_explain_architecture_or_module
  DAIOF_Agent->>DAIOF_Repo: Retrieve_relevant_files
  DAIOF_Repo-->>DAIOF_Agent: Return_file_snippets
  DAIOF_Agent-->>Developer: Explanation_of_DAIOF_architecture

  Developer->>DAIOF_Agent: Request_task_management_or_autoplans_update
  DAIOF_Agent->>DAIOF_Repo: Read_AUTONOMOUS_EXECUTION_PLAN_and_related_files
  DAIOF_Repo-->>DAIOF_Agent: Return_plan_and_task_data
  DAIOF_Agent-->>Developer: Proposed_tasks_and_updates

  Developer->>DAIOF_Agent: Ask_for_help_with_tests_or_CI
  DAIOF_Agent->>DAIOF_Repo: Inspect_tests_and_CI_workflows
  DAIOF_Repo-->>DAIOF_Agent: Return_tests_and_workflow_configs
  DAIOF_Agent-->>Developer: Guidance_on_tests_and_CI_debugging
Loading

Các Thay Đổi Ở Mức File

Thay đổi Chi tiết File
Định nghĩa metadata tác nhân dành riêng cho DAIOF trong cấu hình tác nhân tùy chỉnh của Copilot.
  • Đặt tên tác nhân là 'DAIOF Agent' trong frontmatter.
  • Cung cấp một mô tả có phạm vi rõ ràng, giải thích mục đích của tác nhân trong repository Digital AI Organism Framework.
.github/agents/my-agent.agent.md
Thay thế phần nội dung tác nhân mẫu bằng tài liệu chi tiết, tập trung vào DAIOF để sử dụng tác nhân.
  • Đổi tiêu đề chính từ tiêu đề mẫu chung chung thành 'DAIOF Agent'.
  • Mô tả ngữ cảnh DAIOF và kiến trúc AI sinh học mà tác nhân hỗ trợ.
  • Liệt kê các khả năng của tác nhân, bao gồm điều hướng codebase, quản lý tác vụ, hướng dẫn kiến trúc, hỗ trợ phát triển và hỗ trợ workflow tự động.
  • Tài liệu hóa các file và thư mục chính liên quan đến DAIOF (ví dụ: src/, haios_core.py, digital_ai_organism_framework.py, .github/scripts/, AUTONOMOUS_EXECUTION_PLAN.json).
  • Thêm các mẹo sử dụng thực tế cho thấy cách truy vấn tác nhân để yêu cầu giải thích, hỗ trợ code, thao tác tác vụ và hỗ trợ CI/gỡ lỗi.
.github/agents/my-agent.agent.md

Mẹo và câu lệnh

Tương tác với Sourcery

  • Bắt đầu một lượt review mới: Comment @sourcery-ai review trên pull request.
  • Tiếp tục thảo luận: Trả lời trực tiếp vào các bình luận review của Sourcery.
  • Tạo một issue GitHub từ bình luận review: Yêu cầu Sourcery tạo một
    issue từ bình luận review bằng cách trả lời vào bình luận đó. Bạn cũng có thể trả lời
    bình luận review với @sourcery-ai issue để tạo issue từ bình luận đó.
  • Tạo tiêu đề pull request: Viết @sourcery-ai ở bất kỳ đâu trong
    tiêu đề pull request để tạo tiêu đề bất kỳ lúc nào. Bạn cũng có thể comment
    @sourcery-ai title trên pull request để (tái) tạo tiêu đề bất kỳ lúc nào.
  • Tạo tóm tắt pull request: Viết @sourcery-ai summary ở bất kỳ đâu trong
    phần nội dung pull request để tạo tóm tắt PR ngay tại vị trí bạn muốn. Bạn cũng có thể comment @sourcery-ai summary trên pull request để (tái) tạo tóm tắt bất kỳ lúc nào.
  • Tạo hướng dẫn cho người review: Comment @sourcery-ai guide trên pull
    request để (tái) tạo hướng dẫn cho người review bất kỳ lúc nào.
  • Đánh dấu đã xử lý tất cả bình luận của Sourcery: Comment @sourcery-ai resolve trên pull
    request để đánh dấu đã xử lý tất cả bình luận của Sourcery. Hữu ích nếu bạn đã
    giải quyết hết các bình luận và không muốn thấy chúng nữa.
  • Bỏ tất cả review của Sourcery: Comment @sourcery-ai dismiss trên pull
    request để bỏ tất cả review hiện có của Sourcery. Đặc biệt hữu ích nếu bạn
    muốn bắt đầu lại với một lượt review mới – nhớ comment
    @sourcery-ai review để kích hoạt lượt review mới!

Tùy chỉnh Trải Nghiệm Của Bạn

Truy cập dashboard để:

  • Bật hoặc tắt các tính năng review như tóm tắt pull request do Sourcery tạo,
    hướng dẫn cho người review, và các tính năng khác.
  • Thay đổi ngôn ngữ review.
  • Thêm, xóa hoặc chỉnh sửa hướng dẫn review tùy chỉnh.
  • Điều chỉnh các cài đặt review khác.

Nhận Hỗ Trợ

Original review guide in English

Reviewer's Guide

Defines and documents a DAIOF-specific custom Copilot agent by filling in the agent metadata and replacing the placeholder body with concrete capabilities, key codebase references, and usage guidance for contributors.

Sequence diagram for developer interactions with the DAIOF Copilot agent

sequenceDiagram
  actor Developer
  participant GitHub_Copilot
  participant DAIOF_Agent
  participant DAIOF_Repo

  Developer->>GitHub_Copilot: Select_DAIOF_Agent_and_open_repo
  GitHub_Copilot->>DAIOF_Agent: Initialize_with_repo_context
  DAIOF_Agent->>DAIOF_Repo: Read_key_files_and_directories
  DAIOF_Repo-->>DAIOF_Agent: Provide_repository_content

  Developer->>DAIOF_Agent: Ask_to_explain_architecture_or_module
  DAIOF_Agent->>DAIOF_Repo: Retrieve_relevant_files
  DAIOF_Repo-->>DAIOF_Agent: Return_file_snippets
  DAIOF_Agent-->>Developer: Explanation_of_DAIOF_architecture

  Developer->>DAIOF_Agent: Request_task_management_or_autoplans_update
  DAIOF_Agent->>DAIOF_Repo: Read_AUTONOMOUS_EXECUTION_PLAN_and_related_files
  DAIOF_Repo-->>DAIOF_Agent: Return_plan_and_task_data
  DAIOF_Agent-->>Developer: Proposed_tasks_and_updates

  Developer->>DAIOF_Agent: Ask_for_help_with_tests_or_CI
  DAIOF_Agent->>DAIOF_Repo: Inspect_tests_and_CI_workflows
  DAIOF_Repo-->>DAIOF_Agent: Return_tests_and_workflow_configs
  DAIOF_Agent-->>Developer: Guidance_on_tests_and_CI_debugging
Loading

File-Level Changes

Change Details Files
Define DAIOF-specific agent metadata in the Copilot custom agent config.
  • Set the agent name to 'DAIOF Agent' in the frontmatter.
  • Provide a scoped description explaining the agent’s purpose in the Digital AI Organism Framework repository.
.github/agents/my-agent.agent.md
Replace the placeholder agent body with detailed, DAIOF-focused documentation for using the agent.
  • Rename the main heading from a generic placeholder to 'DAIOF Agent'.
  • Describe the DAIOF context and biological AI architecture the agent supports.
  • List the agent’s capabilities, including codebase navigation, task management, architecture guidance, development support, and autonomous workflow assistance.
  • Document key files and directories relevant to DAIOF (e.g., src/, haios_core.py, digital_ai_organism_framework.py, .github/scripts/, AUTONOMOUS_EXECUTION_PLAN.json).
  • Add practical usage tips showing how to query the agent for explanations, code help, task operations, and CI/debug support.
.github/agents/my-agent.agent.md

Tips and commands

Interacting with Sourcery

  • Trigger a new review: Comment @sourcery-ai review on the pull request.
  • Continue discussions: Reply directly to Sourcery's review comments.
  • Generate a GitHub issue from a review comment: Ask Sourcery to create an
    issue from a review comment by replying to it. You can also reply to a
    review comment with @sourcery-ai issue to create an issue from it.
  • Generate a pull request title: Write @sourcery-ai anywhere in the pull
    request title to generate a title at any time. You can also comment
    @sourcery-ai title on the pull request to (re-)generate the title at any time.
  • Generate a pull request summary: Write @sourcery-ai summary anywhere in
    the pull request body to generate a PR summary at any time exactly where you
    want it. You can also comment @sourcery-ai summary on the pull request to
    (re-)generate the summary at any time.
  • Generate reviewer's guide: Comment @sourcery-ai guide on the pull
    request to (re-)generate the reviewer's guide at any time.
  • Resolve all Sourcery comments: Comment @sourcery-ai resolve on the
    pull request to resolve all Sourcery comments. Useful if you've already
    addressed all the comments and don't want to see them anymore.
  • Dismiss all Sourcery reviews: Comment @sourcery-ai dismiss on the pull
    request to dismiss all existing Sourcery reviews. Especially useful if you
    want to start fresh with a new review - don't forget to comment
    @sourcery-ai review to trigger a new review!

Customizing Your Experience

Access your dashboard to:

  • Enable or disable review features such as the Sourcery-generated pull request
    summary, the reviewer's guide, and others.
  • Change the review language.
  • Add, remove or edit custom review instructions.
  • Adjust other review settings.

Getting Help

@NguyenCuong1989

Copy link
Copy Markdown
Collaborator

I'll retrieve the job logs to identify the failure and provide a solution.I need to extract the repository information from the URL you provided. Based on the GitHub URL, the repo is NguyenCuong1989/DAIOF-Framework.## Solution for Failing Job 70985412971

Root Cause:
The workflow action actions/first-interaction@v1 is not pinned to a full-length commit SHA. The repository requires all actions to reference specific commit SHAs rather than version tags for security and reproducibility.

Fix:
Update .github/workflows/greetings.yml to pin the action to its full commit SHA:

Current (Failing):

- uses: actions/first-interaction@v1

Corrected:

- uses: actions/first-interaction@d595ad56e98595edc78bc518992992761d7d1691

The full commit SHA d595ad56e98595edc78bc518992992761d7d1691 corresponds to the v1 release and satisfies the repository's security policy requiring pinned actions.

Location:
File: .github/workflows/greetings.yml (Workflow: "🎉 Greet New Contributors")

Apply this change to resolve the action validation error and allow the workflow to proceed.
ánh xạ xử lý hết các vấn đề đi

@NguyenCuong1989 NguyenCuong1989 marked this pull request as ready for review April 12, 2026 18:07
@NguyenCuong1989 NguyenCuong1989 self-requested a review as a code owner April 12, 2026 18:07
Copilot AI review requested due to automatic review settings April 12, 2026 18:07
@NguyenCuong1989 NguyenCuong1989 merged commit d3ad0ac into main Apr 12, 2026
3 of 28 checks passed
@qodo-code-review

Copy link
Copy Markdown

Review Summary by Qodo

Configure DAIOF custom Copilot agent with capabilities

📝 Documentation

Grey Divider

Walkthroughs

Description
• Configure DAIOF Copilot agent with name and description
• Document agent capabilities for codebase navigation and task management
• Add key files, directories, and usage guidance for developers
• Enable custom agent availability in GitHub Copilot
Diagram
flowchart LR
  A["Blank Agent Template"] -->|"Add frontmatter"| B["Agent Name & Description"]
  B -->|"Document capabilities"| C["Navigation, Tasks, Architecture"]
  C -->|"Add key resources"| D["Files, Directories, Usage Tips"]
  D -->|"Enable in Copilot"| E["Active DAIOF Agent"]
Loading

Grey Divider

File Changes

1. .github/agents/my-agent.agent.md 📝 Documentation +29/-4

Fill DAIOF agent configuration with capabilities

• Populated frontmatter with agent name "DAIOF Agent" and comprehensive description
• Added capabilities section covering codebase navigation, task management, architecture guidance,
 and development support
• Documented key files and directories relevant to DAIOF framework
• Included usage tips for developers interacting with the agent

.github/agents/my-agent.agent.md


Grey Divider

Qodo Logo

@qodo-code-review

qodo-code-review Bot commented Apr 12, 2026

Copy link
Copy Markdown

Code Review by Qodo

🐞 Bugs (1)   📘 Rule violations (0)   📎 Requirement gaps (0)   🖥 UI issues (0)   🎨 UX Issues (0)
🐞\ ⚙ Maintainability (1)

Grey Divider


Remediation recommended

1. Ambiguous haios_core reference 🐞
Description
The agent guidance points to haios_core.py without a path, but the repo has both a root-level
implementation and a src/ wrapper with the same filename, which can send users to the wrong file
when following the agent’s navigation tips.
Code

.github/agents/my-agent.agent.md[R17-28]

+- **Codebase Navigation**: Help you explore DAIOF modules such as `haios_core.py`, `digital_ai_organism_framework.py`, `autonomous_todo_system.py`, and the `src/` directory.
+- **Task Management**: Create, update, and list tasks via `autoplans_*` tools; map work to the DAIOF roadmap and `AUTONOMOUS_EXECUTION_PLAN.json`.
+- **Architecture Guidance**: Explain the Digital Genome, Symphony Ecosystem, OODA loop integration, and shortest-path navigation engine.
+- **Development Support**: Assist with writing tests (pytest), running CI workflows, and following DAIOF code conventions (PEP 8, Black formatting).
+- **Autonomous Workflow**: Help configure and extend the autonomous developer scripts under `.github/scripts/` and GitHub Actions workflows.
+
+## Key Files & Directories
+
+- `src/` — Core framework source code
+- `haios_core.py` — HaiOS consciousness layer
+- `digital_ai_organism_framework.py` — Main organism framework entry point
+- `.github/scripts/` — Autonomous developer and health-monitor scripts
Evidence
The agent doc references haios_core.py by basename only, but the repository contains two different
haios_core.py files. The src/hyperai/core/haios_core.py file is a thin wrapper that alters
sys.path and imports the root haios_core.py, so users who open the wrong one first may miss the
actual implementation or misunderstand the layering.

/.github/agents/my-agent.agent.md[17-28]
/haios_core.py[1-36]
/src/hyperai/core/haios_core.py[16-25]

Agent prompt
The issue below was found during a code review. Follow the provided context and guidance below and implement a solution

### Issue description
`.github/agents/my-agent.agent.md` references `haios_core.py` without a path, but there are multiple `haios_core.py` files in the repo (root implementation and a `src/hyperai/core/` wrapper). This makes the agent’s “key files” and “codebase navigation” guidance ambiguous.

### Issue Context
`src/hyperai/core/haios_core.py` is a wrapper that imports `LanguageAgnosticCore` from the root `haios_core.py`, so users may want to read the root file for behavior and the `src/` file only for packaging/exports.

### Fix Focus Areas
- .github/agents/my-agent.agent.md[17-32]

### Proposed change
- Update the references to use explicit paths (e.g., `/haios_core.py` and `src/hyperai/core/haios_core.py`).
- Optionally add a one-line note explaining that the `src/hyperai/core/haios_core.py` module re-exports/imports the root implementation.

ⓘ Copy this prompt and use it to remediate the issue with your preferred AI generation tools


Grey Divider

ⓘ The new review experience is currently in Beta. Learn more

Grey Divider

Qodo Logo

@NguyenCuong1989 NguyenCuong1989 deleted the copilot/add-basic-custom-agent branch April 12, 2026 18:07

@sourcery-ai sourcery-ai Bot left a comment

Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Chào bạn - mình đã để lại một số phản hồi tổng quan:

  • Hãy cân nhắc lược bớt những cách diễn đạt kiểu marketing như “kiến trúc AI sinh học đầu tiên trên thế giới” trong phần mô tả agent để nội dung hướng dẫn mang tính trung lập, dựa trên sự thật hơn và ít bị “lỗi thời” theo thời gian.
  • Một vài mô tả khả năng hiện đang tham chiếu tới các tệp và công cụ rất cụ thể (ví dụ: digital_ai_organism_framework.py, các công cụ autoplans_*); có thể sẽ vững hơn nếu mô tả chúng theo cách khái quát hơn một chút hoặc nhóm theo từng hệ thống con, để hướng dẫn cho agent vẫn chính xác ngay cả khi tên tệp hoặc đường dẫn thay đổi.
Prompt cho AI Agents
Please address the comments from this code review:

## Overall Comments
- Consider trimming marketing-style phrasing like “the world's first biological AI architecture” in the agent description to keep the guidance neutral, factual, and less likely to age poorly.
- Some of the capabilities reference very specific files and tools (e.g., `digital_ai_organism_framework.py`, `autoplans_*` tools); it may be more robust to describe these in slightly more generic terms or group them by subsystem so the agent guidance stays accurate if file names or paths change.

Sourcery miễn phí cho mã nguồn mở - nếu bạn thấy các review này hữu ích, hãy cân nhắc chia sẻ nhé ✨
Hãy giúp mình hữu ích hơn! Vui lòng bấm 👍 hoặc 👎 trên từng bình luận và mình sẽ dùng phản hồi đó để cải thiện các review cho bạn.
Original comment in English

Hey - I've left some high level feedback:

  • Consider trimming marketing-style phrasing like “the world's first biological AI architecture” in the agent description to keep the guidance neutral, factual, and less likely to age poorly.
  • Some of the capabilities reference very specific files and tools (e.g., digital_ai_organism_framework.py, autoplans_* tools); it may be more robust to describe these in slightly more generic terms or group them by subsystem so the agent guidance stays accurate if file names or paths change.
Prompt for AI Agents
Please address the comments from this code review:

## Overall Comments
- Consider trimming marketing-style phrasing like “the world's first biological AI architecture” in the agent description to keep the guidance neutral, factual, and less likely to age poorly.
- Some of the capabilities reference very specific files and tools (e.g., `digital_ai_organism_framework.py`, `autoplans_*` tools); it may be more robust to describe these in slightly more generic terms or group them by subsystem so the agent guidance stays accurate if file names or paths change.

Sourcery is free for open source - if you like our reviews please consider sharing them ✨
Help me be more useful! Please click 👍 or 👎 on each comment and I'll use the feedback to improve your reviews.

Copilot AI left a comment

Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Pull request overview

This PR completes the repository custom Copilot agent configuration by replacing the blank template with DAIOF-specific metadata and usage guidance so developers have an in-repo “agent prompt” aligned to the framework.

Changes:

  • Set the agent frontmatter name and description.
  • Replaced placeholder body content with structured sections (Capabilities, Key Files & Directories, Usage Tips).

# DAIOF Agent

Describe what your agent does here...
This agent assists developers working on the **Digital AI Organism Framework (DAIOF)** — the world's first biological AI architecture that applies principles from biology (genomes, evolution, self-healing) to AI systems.

Copilot AI Apr 12, 2026

Copy link

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

The phrase "the world's first biological AI architecture" is an absolute/marketing claim that’s hard to verify and can quickly become inaccurate. Consider rephrasing to a neutral, descriptive statement of what DAIOF is (e.g., "a biological-inspired AI architecture") or linking to a concrete source if this claim is intended.

Suggested change
This agent assists developers working on the **Digital AI Organism Framework (DAIOF)**the world's first biological AI architecture that applies principles from biology (genomes, evolution, self-healing) to AI systems.
This agent assists developers working on the **Digital AI Organism Framework (DAIOF)**a biologically inspired AI architecture that applies principles from biology (genomes, evolution, self-healing) to AI systems.

Copilot uses AI. Check for mistakes.
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment

Labels

None yet

Projects

None yet

Development

Successfully merging this pull request may close these issues.

3 participants