Neural Activity Analysis Pipeline

安装 (Installation)

依赖项

• Python 3.9/3.10
• NumPy
• SciPy
• Matplotlib
• scikit-learn
• Pandas
• Seaborn

使用方法 (Usage)

1. 准备数据 将神经元数据文件放置在Input目录下。支持的数据格式包括：

   • wholebrain_output.mat：原始神经元活动数据
   • 触发文件（TXT格式）
   • recording.xlsx：实验条件标签

2. 运行分析流程

   使用命令行运行完整分析：

   python Analysis/analysis_main.py --all --data_dir ./Input

   或者选择特定分析模块：

   # 仅运行RR神经元筛选
   python Analysis/analysis_main.py --run_rr --data_dir ./Input
   
   # 使用RR神经元进行PCA和分类
   python Analysis/analysis_main.py --run_pca --run_svm --use_rr_neurons --data_dir ./Input

3. 查看结果 分析结果将保存在Input/Figure目录下，包括：

   • RR神经元分布图
   • PCA降维可视化
   • 分类混淆矩阵
   • 选择性分析图表

   同时会生成一个HTML报告：Input/analysis_report.html

文件结构 (File Structure)

.
├── Analysis/
│   ├── RR_filter.py              # RR神经元筛选模块
│   ├── dimensionality_reduction.py # PCA降维可视化模块
│   ├── classification.py         # SVM分类模块
│   ├── selectivity_analysis.py   # 选择性分析模块
│   └── analysis_main.py          # 主程序入口
├── Stimuli/
│   └── generate_stimuli.py       # 视觉刺激生成程序
├── Input/                        # 数据目录
│   ├── Figure/                   # 分析结果图表
│   └── Stimuli/                  # 刺激参数记录
└── README.md                     # 本文件

作者 (Author)

• Gui Yun
• Email: [email protected]