Prototype CGNS blueprint mesh relay output

src/cmake/Setup3rdParty.cmake

@@ -123,6 +123,19 @@ if(HDF5_DIR)
     endif()
 endif()
 
+################################
+# Setup CGNS if available
+################################
+# Search for CGNS.
+if(CGNS_DIR)
+    include(cmake/thirdparty/SetupCGNS.cmake)
+    include_directories(${CGNS_INCLUDE_DIRS})
+    # if we don't find CGNS, throw a fatal error
+    if(NOT CGNS_FOUND)
+        message(FATAL_ERROR "CGNS_DIR is set, but CGNS wasn't found.")
+    endif()
+endif()
+
 ################################
 # Setup Silo if available
 ################################

src/cmake/thirdparty/SetupCGNS.cmake

@@ -0,0 +1,15 @@
+
+# first Check for CGNS_DIR
+if(NOT CGNS_DIR)
+    MESSAGE(FATAL_ERROR "CGNS support needs explicit CGNS_DIR")
+endif()
+
+set(CGNS_ROOT ${CGNS_DIR})
+
+find_package(CGNS REQUIRED)
+
+get_target_property(CGNS_INCLUDE_DIRS CGNS::cgns_shared INTERFACE_INCLUDE_DIRECTORIES)
+message(STATUS "CGNS Include Directory: ${CGNS_INCLUDE_DIRS}")
+
+# some versions of openmpi (4.1.6 on ubuntu 24.04) lead to C++ mpi linker errors
+add_definitions(-DOMPI_SKIP_MPICXX)

src/config/ConduitConfig.cmake.in

@@ -37,6 +37,7 @@ if(NOT CONDUIT_FOUND)
     set(CONDUIT_PYTHON_MODULE_DIR "@CONDUIT_INSTALL_PYTHON_MODULE_DIR@")
     set(CONDUIT_ZLIB_DIR  "@ZLIB_DIR@")
     set(CONDUIT_HDF5_DIR  "@HDF5_DIR@")
+    set(CONDUIT_CGNS_DIR  "@CGNS_DIR@" )
     set(CONDUIT_ADIOS_DIR "@ADIOS_DIR@")
     set(CONDUIT_SILO_DIR "@SILO_DIR@")
     set(CONDUIT_METIS_DIR "@METIS_DIR@")

src/config/conduit_config.mk.in

@@ -30,6 +30,7 @@ CONDUIT_USE_OPENMP  = @CONDUIT_USE_OPENMP@
 
 CONDUIT_SILO_DIR  = @SILO_DIR@
 CONDUIT_ADIOS_DIR = @ADIOS_DIR@
+CONDUIT_CGNS_DIR  = @CGNS_DIR@
 CONDUIT_ZFP_DIR   = @ZFP_DIR@
 
 CONDUIT_METIS_DIR    = @METIS_DIR@
@@ -49,6 +50,7 @@ CONDUIT_LINK_RPATH = -Wl,-rpath,$(CONDUIT_DIR)/lib
 # which will undermine parsing of the makefile
 CONDUIT_SILO_RPATH_FLAGS_VALUE  = -Wl,-rpath,$(CONDUIT_SILO_DIR)/lib
 CONDUIT_HDF5_RPATH_FLAGS_VALUE  = -Wl,-rpath,$(CONDUIT_HDF5_DIR)/lib
+CONDUIT_CGNS_RPATH_FLAGS_VALUE  = -Wl,-rpath,$(CONDUIT_CGNS_DIR)/lib
 CONDUIT_ADIOS_RPATH_FLAGS_VALUE = -Wl,-rpath,$(CONDUIT_ADIOS_DIR)/lib
 CONDUIT_ZFP_RPATH_FLAGS_VALUE   = -Wl,-rpath,$(CONDUIT_ZFP_DIR)/lib
 CONDUIT_METIS_RPATH_FLAGS_VALUE = -Wl,-rpath,$(CONDUIT_METIS_DIR)/lib
@@ -58,6 +60,7 @@ CONDUIT_ADIAK_RPATH_FLAGS_VALUE = -Wl,-rpath,$(CONDUIT_ADIAK_DIR)/lib
 
 CONDUIT_LINK_RPATH += $(if $(CONDUIT_SILO_DIR), $(CONDUIT_SILO_RPATH_FLAGS_VALUE))
 CONDUIT_LINK_RPATH += $(if $(CONDUIT_HDF5_DIR), $(CONDUIT_HDF5_RPATH_FLAGS_VALUE))
+CONDUIT_LINK_RPATH += $(if $(CONDUIT_CGNS_DIR), $(CONDUIT_CGNS_RPATH_FLAGS_VALUE))
 CONDUIT_LINK_RPATH += $(if $(CONDUIT_ADIOS_DIR), $(CONDUIT_ADIOS_RPATH_FLAGS_VALUE))
 CONDUIT_LINK_RPATH += $(if $(CONDUIT_ZFP_DIR), $(CONDUIT_ZFP_RPATH_FLAGS_VALUE))
 CONDUIT_LINK_RPATH += $(if $(CONDUIT_METIS_DIR), $(CONDUIT_METIS_RPATH_FLAGS_VALUE))
@@ -84,6 +87,8 @@ CONDUIT_INCLUDE_FLAGS += -I $(CONDUIT_DIR)/include
 
 CONDUIT_INCLUDE_FLAGS += $(if $(CONDUIT_ADIOS_DIR),-I$(CONDUIT_ADIOS_DIR)/include)
 
+CONDUIT_INCLUDE_FLAGS += $(if $(CONDUIT_CGNS_DIR),-I$(CONDUIT_CGNS_DIR)/include)
+
 CONDUIT_INCLUDE_FLAGS += $(if $(CONDUIT_SILO_DIR),-I$(CONDUIT_SILO_DIR)/include)
 
 CONDUIT_INCLUDE_FLAGS += $(if $(CONDUIT_HDF5_DIR),-I$(CONDUIT_HDF5_DIR)/include)
@@ -123,6 +128,11 @@ CONDUIT_SILO_LIB_FLAGS = $(if $(CONDUIT_SILO_DIR),-L $(CONDUIT_SILO_DIR)/lib -ls
 CONDUIT_HDF5_LIB_FLAGS  = $(if $(CONDUIT_HDF5_DIR),-L $(CONDUIT_HDF5_DIR)/lib -lhdf5)
 CONDUIT_HDF5_LIB_FLAGS += $(if $(CONDUIT_HDF5_DIR),$(CONDUIT_HDF5_EXTRA_LIB_FLAGS))
 
+##########
+# CGNS
+##########
+CONDUIT_CGNS_LIB_FLAGS = $(if $(CONDUIT_CGNS_DIR),-L $(CONDUIT_CGNS_DIR)/lib -lcgns)
+
 ##########
 # ZFP
 ##########
@@ -147,7 +157,7 @@ CONDUIT_CALIPER_LIB_FLAGS  = $(if $(CONDUIT_CALIPER_DIR),-L $(CONDUIT_CALIPER_DI
 CONDUIT_LIB_FLAGS = -L $(CONDUIT_DIR)/lib \
                     -lconduit_relay \
                     -lconduit_blueprint \
-                    -lconduit $(CONDUIT_ADIOS_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_SILO_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_HDF5_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ZFP_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_CALIPER_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ADIAK_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ZLIB_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_EXTRA_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_OPENMP_LINK_FLAGS)
+                    -lconduit $(CONDUIT_ADIOS_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_SILO_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_HDF5_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_CGNS_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ZFP_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_CALIPER_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ADIAK_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ZLIB_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_EXTRA_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_OPENMP_LINK_FLAGS)
 
 # All conduit libs, with MPI
 CONDUIT_MPI_LIB_FLAGS = -L $(CONDUIT_DIR)/lib \
@@ -156,4 +166,4 @@ CONDUIT_MPI_LIB_FLAGS = -L $(CONDUIT_DIR)/lib \
                         -lconduit_relay \
                         -lconduit_blueprint_mpi \
                         -lconduit_blueprint \
-                        -lconduit $(CONDUIT_ADIOS_MPI_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_SILO_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_HDF5_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ZFP_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_METIS_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_PARMETIS_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_CALIPER_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ZLIB_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ADIAK_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_EXTRA_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_OPENMP_LINK_FLAGS)
+                        -lconduit $(CONDUIT_ADIOS_MPI_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_SILO_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_HDF5_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_CGNS_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ZFP_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_METIS_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_PARMETIS_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_CALIPER_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ZLIB_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_ADIAK_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_EXTRA_LIB_FLAGS) $(CONDUIT_OPENMP_LINK_FLAGS)

src/config/conduit_setup_deps.cmake

@@ -129,6 +129,27 @@ if(CONDUIT_ZLIB_DIR)
     find_package(ZLIB REQUIRED)
 endif()
 
+###############################################################################
+# Setup CGNS
+###############################################################################
+if(CONDUIT_CGNS_DIR)
+    if(NOT Conduit_FIND_QUIETLY)
+        message(STATUS "Conduit was built with CGNS Support")
+    endif()
+
+    if(NOT CGNS_DIR)
+        # if conduit was configured with CGNS, we need to include it
+        set(CGNS_DIR ${CONDUIT_CGNS_DIR})
+    endif()
+    set(CGNS_ROOT ${CGNS_DIR})
+
+    if(NOT Conduit_FIND_QUIETLY)
+        message(STATUS "Looking for CGNS at: " ${CGNS_DIR})
+    endif()
+
+    find_package(CGNS REQUIRED)
+endif()
+
 ###############################################################################
 # Setup HDF5
 ###############################################################################

src/config/conduit_setup_targets.cmake

@@ -41,6 +41,12 @@ else()
     set(CONDUIT_RELAY_HDF5_ENABLED FALSE)
 endif()
 
+if(EXISTS  ${_IMPORT_ROOT}/include/conduit/conduit_relay_io_cgns_api.hpp)
+    set(CONDUIT_RELAY_CGNS_ENABLED TRUE)
+else()
+    set(CONDUIT_RELAY_CGNS_ENABLED FALSE)
+endif()
+
 if(EXISTS  ${_IMPORT_ROOT}/include/conduit/conduit_relay_io_adios_api.hpp)
     set(CONDUIT_RELAY_ADIOS_ENABLED TRUE)
 else()
@@ -116,6 +122,8 @@ if(NOT Conduit_FIND_QUIETLY)
     message(STATUS " CONDUIT_RELAY_WEBSERVER_ENABLED = ${CONDUIT_RELAY_WEBSERVER_ENABLED}")
     message(STATUS " CONDUIT_RELAY_HDF5_ENABLED      = ${CONDUIT_RELAY_HDF5_ENABLED}")
     message(STATUS " CONDUIT_HDF5_DIR                = ${CONDUIT_HDF5_DIR}")
+    message(STATUS " CONDUIT_RELAY_CGNS_ENABLED      = ${CONDUIT_RELAY_CGNS_ENABLED}")
+    message(STATUS " CONDUIT_CGNS_DIR                = ${CONDUIT_CGNS_DIR}")
     message(STATUS " CONDUIT_RELAY_ADIOS_ENABLED     = ${CONDUIT_RELAY_ADIOS_ENABLED}")
     message(STATUS " CONDUIT_ADIOS_DIR               = ${CONDUIT_ADIOS_DIR}")
     message(STATUS " CONDUIT_RELAY_SILO_ENABLED      = ${CONDUIT_RELAY_SILO_ENABLED}")

src/docs/sphinx/building.rst

@@ -143,6 +143,9 @@ CMake Options for Third-party Library Paths
    * - ``ZLIB_DIR``
      - Path to a Zlib install (optional). (Needed for HDF5 support)
 
+   * - ``CGNS_DIR``
+     - Path to a CGNS install (optional). Controls if CGNS I/O support is built into *conduit_relay*.
+
    * - ``SILO_DIR``
      - Path to a Silo install (optional). Controls if Silo I/O support is built into *conduit_relay*. Requires HDF5.
 

src/libs/relay/CMakeLists.txt

@@ -16,6 +16,10 @@ if(HDF5_FOUND)
   SET(CONDUIT_RELAY_IO_HDF5_ENABLED TRUE)
 endif()
 
+if(CGNS_FOUND)
+  SET(CONDUIT_RELAY_IO_CGNS_ENABLED TRUE)
+endif()
+
 if(H5ZZFP_FOUND)
   SET(CONDUIT_RELAY_IO_H5ZZFP_ENABLED TRUE)
 endif()
@@ -119,6 +123,14 @@ if(HDF5_FOUND)
     list(APPEND conduit_relay_sources conduit_relay_io_hdf5.cpp)
 endif()
 
+if(CGNS_FOUND)
+    list(APPEND conduit_relay_headers
+         conduit_relay_io_cgns.hpp
+         conduit_relay_io_cgns_api.hpp
+        )
+    list(APPEND conduit_relay_sources conduit_relay_io_cgns.cpp)
+endif()
+
 if(SILO_FOUND)
     list(APPEND conduit_relay_headers 
          conduit_relay_silo.hpp 
@@ -193,6 +205,10 @@ if(HDF5_FOUND)
     endif()
 endif()
 
+if(CGNS_FOUND)
+    list(APPEND conduit_relay_deps CGNS::cgns_shared)
+endif()
+
 if(H5ZZFP_FOUND)
     list(APPEND conduit_relay_deps h5zzfp)
 endif()

src/libs/relay/conduit_relay_config.h.in

@@ -22,6 +22,8 @@
 
 #cmakedefine CONDUIT_RELAY_IO_HDF5_ENABLED
 
+#cmakedefine CONDUIT_RELAY_IO_CGNS_ENABLED
+
 #cmakedefine CONDUIT_RELAY_IO_H5ZZFP_ENABLED
 
 #cmakedefine CONDUIT_RELAY_IO_SILO_ENABLED

src/libs/relay/conduit_relay_io.cpp

@@ -27,6 +27,10 @@
 #include "conduit_relay_io_silo.hpp"
 #endif
 
+#ifdef CONDUIT_RELAY_IO_CGNS_ENABLED
+#include "conduit_relay_io_cgns.hpp"
+#endif
+
 #ifdef CONDUIT_RELAY_IO_ADIOS_ENABLED
 #include "conduit_relay_io_adios.hpp"
 #endif
@@ -98,6 +102,12 @@ about(Node &n)
     io_protos["sidre_hdf5"] = "enabled";
 #endif
 
+#ifdef CONDUIT_RELAY_IO_CGNS_ENABLED
+    io_protos["cgns"] = "enabled";
+#else
+    io_protos["cgns"] = "disabled";
+#endif
+
 #ifdef CONDUIT_RELAY_IO_H5ZZFP_ENABLED
     io_protos["h5z-zfp"] = "enabled";
 #else
@@ -318,6 +328,9 @@ save(const Node &node,
      const std::string &protocol_,
      const Node &options)
 {
+    std::cout << "save: " << path << " protocol: " << protocol_ << std::endl;
+    std::cout << "options: " << std::endl;
+    options.print();
     // we expect options to unused if all 3rd party i/o options are disabled
     // avoid warning using CONDUIT_UNUSED macro.
     CONDUIT_UNUSED(options);
@@ -392,6 +405,16 @@ save(const Node &node,
 #else
         CONDUIT_ERROR("conduit_relay lacks Silo support: " <<
                       "Failed to save conduit node to path " << path);
+#endif
+    }
+    else if( protocol == "blueprint/mesh/cgns")
+    {
+#ifdef CONDUIT_RELAY_IO_CGNS_ENABLED
+        // Node 
+        cgns_write(node,path);
+#else
+        CONDUIT_ERROR("conduit_relay lacks CGNS support: " <<
+                      "Failed to save conduit node to path " << path);
 #endif
     }
     else if( protocol == "adios")

src/libs/relay/conduit_relay_io_blueprint.cpp

@@ -603,7 +603,9 @@ identify_protocol(const std::string &path)
                                   std::string("."),
                                   file_name_ext,
                                   file_name_base);
-
+std::cout << "identify_protocol: file_path = " << file_path << std::endl;
+std::cout << "identify_protocol: file_name_base = " << file_name_base << std::endl;
+std::cout << "identify_protocol: file_name_ext = " << file_name_ext << std::endl;
     // default
     std::string io_type = "bin";