ebird_data_to_TBN

eBird對應TBN填入資料欄位

TBN 欄位名稱	eBird 原始欄位名稱	類別	說明	達爾文核心集參考術語(terms)
occurrenceUUID		文字	TBN觀測紀錄UUID，為字串，RFC 4122，需含斷字符號共36個字元，例: "dfed457f-622c-41c9-8f21-4aab087c15f0"
externalID		文字	系統自動內部編碼，格式為dwc[dataset id].[eBirdID]，例:"dwc.1729967.OBS887376268"
dwcID	global_unique_identifier	文字	擷取eBird資料集global_unique_identifier中"OBS+數字編號9~10位"字串，並填入於dwcID。例:"OBS887376268"。	occurrenceID
catalogNumber		文字	新增欄位，將原始global_unique_identifier文字存於catalogNumber欄位中。例:"URN:CornellLabOfOrnithology:EBIRD:OBS887376268"。	catalogNumber
decimalLatitude	latitude	數值	原始eBird資料集經緯度座標系統為WGS84(4326)，取其原始值直接填入。	decimalLatitude
decimalLongitude	longitude	數值	原始eBird資料集經緯度座標系統為WGS84(4326)，取其原始值直接填入。	decimalLongitude
coordinateUncertaintyInMeters	effort_distance_km	數值	1. 若原始eBird資料集protocol_type欄位為"Traveling"，取原始值並將公里轉換為以公尺為單位之值填入; 2. 若原始eBird資料集protocol_type欄位為"Stationary"，則填入500; 3. 若原始eBird資料集breedind_code 欄位為"flyover"，則不予填入。	coordinateUncertaintyInMeters
minimumElevationInMeters		數值	由latitude及longitude計算之衍生欄位，使用美國國家航空暨太空總署(National Aeronautics and Space Administration, NASA)「臺灣30米數值地形模型資料(DEM)第三版」圖層（原始資料來源：ASTER GDEM V3），根據經緯度座標抓取最低海拔欄位資料。此外，若coordinateUncertaintyInMeters為空值，或該數值大於5000，則此欄位不予填入。	minimumElevationInMeters
county	state	文字	使用eBird資料集原始值。	county
municipality		文字	由latitude及longitude計算之衍生欄位，使用政府資料開放平台「臺灣縣市和鄉鎮區界線圖層」（原始資料來源：直轄市、縣市界線、鄉鎮市區界線），與海洋保育署「海洋行政區範圍圖層」（原始資料來源:海洋保育地理資訊圖台）進行套疊，再根據經緯度座標抓取鄉鎮區資料。此外，若使用圖層獲取行政區縣市與原始eBird資料集縣市紀錄不同，則保留原eBird資料集縣市資訊，並且此欄位不予填入。	municipality
verbatimLocality	locality	文字	使用eBird資料集原始值。	verbatimLocality
year	observation_date	數值	於observation_date字串YYYY-MM-DD中擷取西元年份	year
month	observation_date	數值	於observation_date字串YYYY-MM-DD中擷取月份	month
day	observation_date	數值	於observation_date字串YYYY-MM-DD中擷取日期	day
originalVernacularName	scientific_name	文字	原始eBird Taxonomy對應分類群學名。	scientificName
basisOfRecord		文字	eBird台灣資料觀測方式皆為"人為觀測"。	basisOfRecord
individualCount	observation_count	文字	取其原始值直接填入；若為文字"X"，則轉換為空值。根據原eBird資料集說明，"X"代表無計數，僅記錄該物種有出現。	individualCount
recordedBy	observer_id	文字	使用eBird資料集原始值。	recordedBy
sampleSizeValue	duration_minutes	數值	取duration_minutes（調查持續時間(分鐘)）原始值填入。	sampleSizeValue
sampleSizeUnit		文字	新增sampleSizeUnit欄位，若duration_minutes不為空值，sampleSizeUnit填入"minutes"。	sampleSizeUnit
samplingProtocol	protocol_type	文字	使用eBird資料集原始值。	samplingProtocol
eventID	sampling_event_identifier	文字	使用eBird資料集原始值。	eventID
taxonomicCoverage	all_species_reported	文字	於eBird原始欄位中為布林值，若為1，填入 "Aves"; 若為0，填入空值(NULL)。	Organism
license		文字	eBird台灣以"CC BY"做為資料授權。	accessRights
issue		文字	若相對應municipality和minimumElevationInMeters欄位不為空值，則分別填入"County and Municipality derived from coordinates by TBN"，與"minimumElevationInMeters derived from coordinates by TBN"。

Script 240401_eBird_to_op_transformation_code.R 細節說明

1. 載入原始資料與套件

• 建立相對路徑
• 載入所需套件
• 載入eBird原始資料集 (txt)

2. eBird資料初步清理轉換欄位

• 篩選清理與轉換資料所需eBird欄位
• 根據上表「eBird對應TBN填入資料欄位」重新命名與轉換欄位
• individualCount 欄位 "X" 資料轉為空值
• 若Breedind code 為 flyover，coordinateUncertaintyInMeters數值刪除
• 若samplingProtocol 為 Stationary，coordinateUncertaintyInMeters填入500

3. 使用[adminarealist.csv]對照表獲取county欄位資訊

• 與adminarealist.csv合併，獲得county欄位

4. 抽取Municipality, minimumElevationInMeters欄位資訊

1. 使用 Taiwan_WGS84_land_ocean_final 圖層抓取行政區欄位資料

• 篩選 dwcID,decimalLatitude, decimalLongitude 三個欄位並另外新增資料集 ebd_loc_table
• 使用catchlocation function 抓取座標的行政區，並執行平行運算
• 若由座標抓去的縣市，與資料原縣市不符，則保留原縣市並且行政區填入空值

2. 使用 twdtm_asterV3_30m.tif 圖層抓取最低海拔欄位資料

• 分割篩選並另存成 elevation_catch_table 資料集，包含欄位: dwcID, decimalLatitude,decimalLongitude
• 使用 QGIS "Point sampling tool" 抓取最低海拔欄位和另存檔案
• 讀取和合併檔案 elevation.data

5. 剩餘資料欄位處理

• minimumElevationInMeters: 1. 只有coordinateUncertaintyInMeters資訊才填入; 2. 數值須小於5000公尺時，才會填入數值
• issue: TBN自行新增的縣市和海拔要加註: "County and Municipality derived from coordinates by TBN" ; "minimumElevationInMeters derived from coordinates by TBN"
• 分割和儲存最後檔案