HW4 Zolotikov by uzolotikov · Pull Request #10 · Python-BI-2023/HW4_Functions2

uzolotikov · 2023-09-30T15:33:02Z

Team:

Dorzhi Badmadashiev: to_rna, define_charge functions
Ustin Zolotikov: to_dna, define_polarity functions
Margarita Beskrovnaia: main, is_correct_seq, change_abbreviation functions

Hw4 zolotikov

Add main, change abbreviation and check sequence function

Delete List import from typing

Update README

… move files in new dir

Create dir HW4_Zolotikov

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:09Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+from typing import Dict, List, Union
+
+# Dorzhi
+def to_rna(seq: str, rna_dict: Dict[str, str] = {'F': 'UUY', 'L': 'YUN', 'I': 'AUH', 'M': 'AUG',


Словарь стоило бы вынести как константу

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:10Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+                              'V': 'GUN', 'S': 'WSN', 'P': 'CCN', 'T': 'ACN',
+                              'A': 'GCN', 'Y': 'UAY', 'H': 'CAY', 'Q': 'CAR',
+                              'N': 'AAY', 'K': 'AAR', 'D': 'GAY', 'E': 'GAR',
+                              'C': 'UGY', 'R': 'MGN', 'G': 'GGN', 'W': 'UGG'}) -> str:
+  """
+  Converts an amino acid sequence into an RNA sequence.
+
+  Parameters
+  ----------
+  seq : str
+      Amino acid sequence.
+  rna_dict : dict
+      Dictionary defining the correspondence of amino acids 
+      to RNA triplets (default, standard code).
+  Returns
+  -------
+  str
+      RNA sequence.
+
+  """
+  result = ''.join(rna_dict[base] for base in seq)
+  return result


👍👍👍 за суть операции,
но что случилось с отступами?

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:11Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+  return result
+
+
+def define_charge(seq: str, positive_charge: List[str] = ['R', 'K', 'H'],


Тут также словарь является константой, зачем его переопределять при каждом вызове функции?

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:13Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+      List of amino acids with positive charge (default is ['R', 'K', 'H']).
+  negative_charge : list
+      List of amino acids with negative charge (default is ['D', 'E']).


Использование списка как типа данных для поиска менее эффективно по скорости, чем множества. К тому же непонятно, зачем делать его аргументом функции - вряд ли пользователь захочет ввести свои, другие данные

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:14Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+  positive_count = 0
+  negative_count = 0
+  neutral_count = 0
+
+  for aa in seq:
+    if aa in positive_charge:
+      positive_count += 1
+    elif aa in negative_charge:
+      negative_count += 1
+    else:
+      neutral_count += 1
+
+    result = {
+        'Positive': positive_count,
+        'Negative': negative_count,
+        'Neutral': neutral_count
+    }
+  return result


Хорошее разбиение кода пустыми строками на смысловые участки, хороший вывод
С отступами проблема

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:15Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+POLAR_AA = {'D', 'E', 'R', 'K', 'H', 'N', 'Q', 'S', 'T', 'Y', 'C'}
+NONPOLAR_AA = {'A', 'G', 'V', 'L', 'I', 'P', 'F', 'M', 'W'}


Здорово, что тут переменные являются константами, и названы корректно! 🔥
Для задач поиска, кстати, больше подходят именно сеты, а не списки 🔥🔥🔥

На самом деле, можно было бы просто задать множества положительно, отрицательно и нейтрально заряженных полярны аминокислот, и отдельно неполярных аминокислот как константы

Для предыдущей функции эти константы можно было бы тоже эффективно использовать, и не множить сущности в коде

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:16Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+    polarity_count = {'Polar': 0, 'Nonpolar': 0}
+    for aminoacid in seq:
+        if aminoacid in POLAR_AA:
+            polarity_count['Polar'] += 1
+        else:
+            polarity_count['Nonpolar'] += 1
+    return polarity_count


pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:18Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+                             'GLY':'G', 'HIS':'H', 'ILE':'I', 'LYS':'K', 'LEU':'L',
+                             'MET':'M', 'ASN':'N', 'PRO':'P', 'GLN':'Q', 'ARG':'R',
+                             'SER':'S', 'TRE':'T', 'VAL':'V', 'TRP':'W', 'TYR':'Y'}
+AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = {'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',


А можно было бы объединить сеты :)

Suggested change

AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = {'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',

AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = POLAR_AA.union(NONPOLAR_AA)

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:19Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = {'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',
+                          'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V',
+                          'W', 'Y'}
+AMINO_ACIDS_THREE_LETTER = {'ALA', 'CYS', 'ASP', 'GLU', 'PHE',


Ну или же для получения этого множества и множества выше, взять отдельно ключи и значенися словаря ABBREVIATION_THREE_TO_ONE

Зачем вводить все вручную, если можно накодить?)

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:20Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+                             'MET', 'ASN', 'PRO', 'GLN', 'ARG',
+                             'SER', 'TRE', 'VAL', 'TRP', 'TYR'}
+
+import sys


Все импорты должны быть вверху

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:22Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+  unique_amino_acids = set(seq)
+  unique_amino_acids_three = set(seq.split("-"))
+  check = unique_amino_acids <= AMINO_ACIDS_ONE_LETTER or unique_amino_acids_three <= AMINO_ACIDS_THREE_LETTER
+  return check


Проблема с отступами;
советую использовать методы множеств

Suggested change

unique_amino_acids = set(seq)

unique_amino_acids_three = set(seq.split("-"))

check = unique_amino_acids <= AMINO_ACIDS_ONE_LETTER or unique_amino_acids_three <= AMINO_ACIDS_THREE_LETTER

return check

unique_amino_acids = set(seq)

unique_amino_acids_three = set(seq.split("-"))

check = unique_amino_acids.issubset(AMINO_ACIDS_ONE_LETTER) or unique_amino_acids.issubset(unique_amino_acids_three) <= AMINO_ACIDS_THREE_LETTER

return check

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:23Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+      If several sequences are supplied, outputs the result as a list.
+
+  """
+  *seqs, operation = args


Операцию над последовательностью в идеале можно сделать именованным аргументом, и тогда можно обойтись без усложнения в виде распаковки)

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:25Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+
+  """
+  *seqs, operation = args
+  operations = {'one letter':change_abbreviation, 'RNA':to_rna, 'DNA':to_dna, 'charge':define_charge, 'polarity':define_polarity}


Тоже стоит вынести как константу

(отступы грустят)

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:26Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+  operations = {'one letter':change_abbreviation, 'RNA':to_rna, 'DNA':to_dna, 'charge':define_charge, 'polarity':define_polarity}
+  output = []
+  for seq in seqs:
+    answer = is_correct_seq(seq.upper())


Нейминг: скорее это не ответ, а проверка, лучше назвать переменную input_check

pavlovanadia · 2023-10-03T19:22:17Z

Хорошая работа! Мне очень понравилась, особенно ридми. Очень советую для следующих командных заданий активнее взаимодействовать по тем кускам кода, которые могут использоваться всеми членами команды)

README:

Отличное README! Указаны и возможные операции, и какие типы данных принимаются, и какие возвращаются, и примеры использования.

Код:

Хорошая типизация и докстринг
По сути кода: гидрофобные аминокислоты мы не можем называть нейтральными (за это баллы не снимаются)
Беда с отступами, 4 пробела есть не у всех функций, это прямо 😭
В коде очень много повторов, в частности, константных переменных (в некоторых функциях, к тому же, они являются даже не константами, а аргументами). Возникает ощущение не очень согласованной командной работы, словно не получилось договориться о пространстве используемых переменных и вынести их в константы, чтобы код был оптимален
Логичнее в целом константы определить в самом начале кода, а не вводить между функциями (в будущем для структуры программы учитывайте)
К логике и структуре кода (вот это замечание уже серьезнее): все импорты нужно писать в самом начале кода

Итог:

README - 2.5 балла (🔥) + 0.2 балла за командное фото
to_rna, define_charge, change_abbreviation - по 1 баллу (отступы)
define_polarity, to_dna - по 1.5 балла
-0.2 балла за отступы в функции protein_tool
-0.1 балл за импорт в середине кода
-0.1 балл за константы не после импортов, а в середине кода
UPDATE -0.5 за то, что README не в папке, прошу прощения, просмотрела при первом ревью
Итог: 7.8

uzolotikov and others added 27 commits September 28, 2023 00:02

Create HW4_Zolotikov

b22ea48

Add to_rna function

69aab65

Add define_charge function

ae5c637

Create README.md to_rna and define_charge parts

9b314eb

Add to_dna, define_polarity functions

86127fe

Merge branch 'HW4_Zolotikov' into HW4_Zolotikov

86d1d11

Merge pull request #1 from dorzhi-b/HW4_Zolotikov

59e1fdc

Hw4 zolotikov

Fix define_polarity function

1b80718

Add main, change abbreveation and check sequence function

2a9e3b4

Merge pull request #2 from BeskrovnaiaM/HW4_Zolotikov

2c68ee9

Add main, change abbreviation and check sequence function

Modify to_dna, define_polarity functions

25e3f80

Modify to_dna, define_polarity functions

65d915f

Update README.md

b0a4d82

Update HW4_Zolotikov

952fae5

Delete List import from typing

Update README.md

185e764

Add team's photo

4efc0e8

Update README.md with photo

5c0687a

Merge pull request #3 from BeskrovnaiaM/HW4_Zolotikov

b6c003c

Update README

Create dir HW4_Zolotikov, rename HW4_Zolotikov to protein_tool.py and…

85382ee

… move files in new dir

Update README.md

df3007d

Merge branch 'glitchheadgit:HW4_Zolotikov' into HW4_Zolotikov

648e276

Update README.md

0e82b72

Update README.md

e193533

Update README.md

f76d7a2

Merge pull request #4 from BeskrovnaiaM/HW4_Zolotikov

9e59966

Create dir HW4_Zolotikov

Update typing protein_tool.py

a537b98

Update README.md

d5716f4

pavlovanadia reviewed Oct 3, 2023

View reviewed changes

		return result


		def define_charge(seq: str, positive_charge: List[str] = ['R', 'K', 'H'],

		POLAR_AA = {'D', 'E', 'R', 'K', 'H', 'N', 'Q', 'S', 'T', 'Y', 'C'}
		NONPOLAR_AA = {'A', 'G', 'V', 'L', 'I', 'P', 'F', 'M', 'W'}

	AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = {'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',
	AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = POLAR_AA.union(NONPOLAR_AA)

Conversation

uzolotikov commented Sep 30, 2023

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

pavlovanadia commented Oct 3, 2023 • edited Loading Uh oh! There was an error while loading. Please reload this page.

Uh oh!

Uh oh!

Reviewers

Assignees

Labels

Projects

Milestone

Development

Uh oh!

3 participants

pavlovanadia commented Oct 3, 2023 •

edited

Loading