Hw4 Uzun by uzunmasha · Pull Request #26 · Python-BI-2023/HW4_Functions2

uzunmasha · 2023-10-01T11:16:01Z

No description provided.

Merged Maria and Maria code

Hw4 uzun

Add a description of protein_length and essential_amino_acids functions. Add Bibliography

Update README.md

Replace double quotes with single quotes

Update README.md

Correct essential_amino_acids function description

Change function input arguments to general form

Update README.md

Update AAmigo.py

nvaulin

Привет!

❗️ Напоминание напомнить всем членам команды посмотреть фидбек.

Ниже можете найти подробные комментарии по коду. Тут некоторые общие моменты:

Очень классный README. Хорошая структура и примеры (только один пример работает не так как у вас заявлено))
Не очень хорошая структура коммитов) Например вот тут у вас и сообщение не очень, и за один коммит добавлена куча кода Add code
По коду. Были проблемы с неймингами, обратите прям внимание. У вас были места где это прям важно. Тем не менее почти везде всё хорошо. Хорошая логика в целом (если не считать небольшой проблемки с функцией по подсчету длины белка).
По форматам выводов. У вас возвращаются списки. В целом это ок (разве что мб когда один белок на входе, то стоит давать просто ответ, а не ответ в списке). Но можно было бы сделать еще и так. Возвращать словарь (ключ - белок в запросе, значение - результат). Но это просто как идея)

Баллы

README 2.5/2.5 + 0.2
Операция length 1.3/1.5 (работает немного не так как надо бы)
Остальные операции 1.5*4 = 6/6

За структуру коммитов -0.5
За качество кода -0.5

Итого: 9

nvaulin · 2023-10-04T17:20:41Z

HW4_Uzun/AAmigo.py

@@ -0,0 +1,181 @@
+def protein_mass(seq: str):


Suggested change

def protein_mass(seq: str):

def calculate_protein_mass(seq: str) -> float:

nvaulin · 2023-10-04T17:21:19Z

HW4_Uzun/AAmigo.py

+    Amino acids in the string should be indicated as one-letter symbols.
+
+    """
+    aa_seq = list(seq.upper())


Не обязательно было переводить это дело в список)

nvaulin · 2023-10-04T17:21:29Z

HW4_Uzun/AAmigo.py

+def protein_mass(seq: str):
+    """
+
+    Calculate the mass (Da) of a protein based on its amino acids sequence.


Правильно что указали размерность!

nvaulin · 2023-10-04T17:22:42Z

HW4_Uzun/AAmigo.py

+
+    """
+    aa_seq = list(seq.upper())
+    mass_dictionary = dict({'A': 89, 'R': 174, 'N': 132, 'D': 133, 'C': 121, 'Q': 146, 'E': 147, 'Z': 147,


Не нужно тут писать dict, у нас уже {... : ...} это словарь

Такие вещи лучше выносить в начало кода. Это называют константами и нейминг у них идет целиком капсом. Мы это подробно обсуждали на консультации 03.10.23, советую посмотреть

И не очень принято добавлять тип переменной в ее название. Хотя бы не целиком, а dict. Ну а вообще питонисто было бы как-то так:

Suggested change

mass_dictionary = dict({'A': 89, 'R': 174, 'N': 132, 'D': 133, 'C': 121, 'Q': 146, 'E': 147, 'Z': 147,

AA_MASSES: dict = dict({'A': 89, 'R': 174, 'N': 132, 'D': 133, 'C': 121, 'Q': 146, 'E': 147, 'Z': 147,

nvaulin · 2023-10-04T17:23:02Z

HW4_Uzun/AAmigo.py

+    mass = 0
+    for amino_acid in aa_seq:
+        mass += mass_dictionary[amino_acid]
+
+    return mass


Suggested change

mass = 0

for amino_acid in aa_seq:

mass += mass_dictionary[amino_acid]

return mass

mass = 0

for amino_acid in aa_seq:

mass += mass_dictionary[amino_acid]

return mass

nvaulin · 2023-10-04T18:29:54Z

HW4_Uzun/README.md

+This function calculates the mass (Da) of a protein based on its amino acid sequence. As input, it takes a string of amino acids and returns the molecular weight in Da.
+Usage example:
+```python


В Markdown как и в latex чтобы сделать новый абзац надо оставить пустую строку

Suggested change

This function calculates the mass (Da) of a protein based on its amino acid sequence. As input, it takes a string of amino acids and returns the molecular weight in Da.

Usage example:

```python

This function calculates the mass (Da) of a protein based on its amino acid sequence. As input, it takes a string of amino acids and returns the molecular weight in Da.

Usage example:

nvaulin · 2023-10-04T18:30:31Z

HW4_Uzun/README.md

+aa_tools('KKNNfF', 'KKFFRRVV', 'KK', 'essential_amino_acids') #[['K', 'K', 'f', 'F'], ['K', 'K', 'F', 'F', 'V', 'V'], ['K', 'K']]
+```
+
+## Troubleshooting


Круто что есть такая секция. Это можно еще проработать в коде в виде осмысленных ошибок

nvaulin · 2023-10-04T18:31:47Z

HW4_Uzun/README.md

+* In functions `'amino_acid_substring'` and `'amino_acid_count'` output [-1] means that there is no such element in the sequence.
+* In functions `'amino_acid_substring'` and `'amino_acid_count'` the error message "name '..' is not defined" means that the given argument is not quoted in the input string.
+
+## Bibliography


nvaulin · 2023-10-04T18:32:15Z

HW4_Uzun/README.md

+* Maria Uzun - contributed to `'amino_acid_substring'`, `'amino_acid_count'`, and `'aa_tools'` functions.
+* Maria Babaeva - contributed to `'protein_mass'` and `'amino_acid_profile'` functions.
+* Kristina Zhur - contributed to `'protein_length'` and `'essential_amino_acids'` functions.
+* Julia the Cat - team's emotional support.


☺️☺️

nvaulin · 2023-10-04T18:35:47Z

HW4_Uzun/AAmigo.py

+    for sequences in seq:
+        lengths.append(len(sequences))


У вас же цикл по сиквенсам уже есть в главной функции
Тогда получается не совсем правильная работа

uzunmasha and others added 30 commits September 26, 2023 19:14

Create code file

b652eb8

Add code

00a477d

Add protein_length function

f32cf2b

Add def essential_amino_acids function

a6a3033

Move AAmigo.py to directory

5a1ae4f

Add new file AAmigo.py

86f3bb2

Add function protein_mass to AAmigo.py

c70c0b5

Add aa_substring function

b9dce5b

Add aa_count function

010a456

Add functions protein_mass and aa_profile

92d597c

Add main function aa_tools

d6e423e

Merge branch 'HW4_Uzun' into HW4_Uzun

6333781

Merge pull request #1 from icalledmyselfmoon/HW4_Uzun

e0261ca

Merged Maria and Maria code

Merge branch 'HW4_Uzun' into HW4_Uzun

146659f

Merge pull request #2 from zhurkr/HW4_Uzun

825684b

Hw4 uzun

Update AAmigo.py

e7413e7

Update README.md

96117db

Update README.md

cce5ee8

Update README.md

d7f1ef1

Add a description of protein_length and essential_amino_acids functions. Add Bibliography

Merge pull request #3 from uzunmasha/zhurkr-patch-1

a3bd061

Update README.md

Update README.md

4aca2c8

Add new function names

59c1260

Update README.md

a241a9a

Update README.md

de07438

Replace double quotes with single quotes

Merge pull request #4 from uzunmasha/zhurkr-patch-2

b6c0346

Update README.md

Update README.md

cd874f3

Correct essential_amino_acids function description

Update AAmigo.py

cbf64db

Change function input arguments to general form

Merge pull request #5 from uzunmasha/zhurkr-patch-3

dfa4196

Update README.md

Merge pull request #6 from uzunmasha/zhurkr-patch-4

9ba4b80

Update AAmigo.py

Update functions to allow lower case in string as an input

965be18

uzunmasha and others added 9 commits October 1, 2023 10:54

Correct function names

ca590c1

Update README.md

1dc1402

Update README.md

01e0ab5

Add README to working directory

c456658

Relocate README file

382e419

Update README.md

3431135

Update README.md

08bc52d

Correct code quality

4d8774b

Correct incompatible types issue

0947cb9

nvaulin reviewed Oct 4, 2023

View reviewed changes

Provide feedback

Saved searches

Use saved searches to filter your results more quickly

Hw4 Uzun#26

Hw4 Uzun#26
uzunmasha wants to merge 39 commits intoPython-BI-2023:mainfrom
uzunmasha:HW4_Uzun

uzunmasha commented Oct 1, 2023

Uh oh!

nvaulin left a comment

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

Reviewers

Assignees

Labels

Projects

Milestone

Development

Uh oh!

5 participants

	def protein_mass(seq: str):
	def calculate_protein_mass(seq: str) -> float:

	mass_dictionary = dict({'A': 89, 'R': 174, 'N': 132, 'D': 133, 'C': 121, 'Q': 146, 'E': 147, 'Z': 147,
	AA_MASSES: dict = dict({'A': 89, 'R': 174, 'N': 132, 'D': 133, 'C': 121, 'Q': 146, 'E': 147, 'Z': 147,

Conversation

uzunmasha commented Oct 1, 2023

Uh oh!

nvaulin left a comment

Choose a reason for hiding this comment

Баллы

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Reviewers

Assignees

Labels

Projects

Milestone

Development

Uh oh!

5 participants