iModulonMiner 2.0

iModulonMiner 2.0: Multi-modality modularization of prokaryotic bulk, single cell, and community omics data

This repository contains analysis workflows and data supporting the paper.

Packages and Workflows

• MultiModulon package (Python): https://github.com/Gaoyuan-Li/multimodulon, MultiModulon documentation: https://multimodulon.readthedocs.io/en/latest/
• MAPPED workflow (an automated nextflow pipeline): https://github.com/Gaoyuan-Li/MAPPED

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File structure

iModulonMiner_2.0/
├── 1_MultiModulon_E_coli/
│   ├── 1_Create_MultiModulon_object.ipynb
│   ├── 2_Chracterizing_Core_iModulons.ipynb
│   ├── Input_Data/
│   │   ├── BL21/
│   │   │   ├── expression_matrices/
│   │   │   ├── ref_genome/
│   │   │   ├── samplesheet/
│   │   ├── Nissle_1917/
│   │   │   ├── expression_matrices/
│   │   │   ├── ref_genome/
│   │   │   ├── samplesheet/
│   │   ├── O157_H7/
│   │   │   ├── expression_matrices/
│   │   │   ├── ref_genome/
│   │   │   ├── samplesheet/
├── 2_MultiModulon_Streptomyces/
│   ├── 1_Create_MultiModulon_object.ipynb
│   ├── 2_Chracterizing_Core_iModulons.ipynb
│   ├── Input_Data/
│   │   ├── Streptomyces_albidoflavus/
│   │   │   ├── expression_matrices/
│   │   │   ├── ref_genome/
│   │   │   ├── samplesheet/
│   │   ├── Streptomyces_venezuelae/
│   │   │   ├── expression_matrices/
│   │   │   ├── ref_genome/
│   │   │   ├── samplesheet/
├── 3_MultiModulon_Enterococcus/
│   ├── 1_Create_MultiModulon_object.ipynb
│   ├── 2_Chracterizing_Core_iModulons.ipynb
│   ├── Input_Data/
│   │   ├── Enterococcus_faecalis/
│   │   │   ├── expression_matrices/
│   │   │   ├── ref_genome/
│   │   │   ├── samplesheet/
│   │   ├── Enterococcus_faecium/
│   │   │   ├── expression_matrices/
│   │   │   ├── ref_genome/
│   │   │   ├── samplesheet/
├── 4_MultiModulon_Multi_Modality/
│   ├── 1_Create_MultiModulon_object.ipynb
│   ├── 2_Chracterizing_Core_iModulons.ipynb
│   ├── Data_Proteome_RNA/
│   │   ├── Proteomics/
│   │   │   ├── expression_matrices/
│   │   │   ├── ref_genome/
│   │   │   ├── samplesheet/
│   │   ├── Transcriptomics/
│   │   │   ├── expression_matrices/
│   │   │   ├── ref_genome/
│   │   │   ├── samplesheet/
├── 5_Single_cell/
│   ├── BBH/
│   ├── iM_from_Single_Cell_Data/
│   │   ├── Data/
│   │   ├── plot_imodulon_activities.ipynb
│   │   ├── plot_imodulon_weights.ipynb
│   ├── scanpy_CIP_iM_paperQC.ipynb
│   ├── scanpy_CIP_iM_paperQC_violin.ipynb
├── 6_Community/
│   ├── 1_iM_changes_basal.ipynb
│   ├── 2_iM_PCA.ipynb
│   ├── A_Matrices/
│   ├── E_coli_ref_genome/
│   ├── Expression_Matrices/
│   ├── M_Matrices/
│   ├── P_putida_ref_genome/
│   ├── X_Matrices/
├── 7_Single_View_and_Prior_Guided_Inference/
│   ├── 1_RI-ICA/
│   │   ├── Characterization_Run_1_to_4.ipynb
│   │   ├── First_run_100_400/
│   │   ├── Fourth_run_40_120/
│   │   ├── P1K_minicoli_removed/
│   │   ├── Prepare_Fourth_X_From_run_3.ipynb
│   │   ├── Prepare_Second_X_From_run_1.ipynb
│   │   ├── Prepare_Third_X_From_run_2.ipynb
│   │   ├── Prepare_X.ipynb
│   │   ├── Second_run_100_300/
│   │   ├── Third_run_60_180/
│   ├── 2_SC-ALS/
│   │   ├── Sparsity_Constrained_ALS.ipynb
├── 8_Activation_Confidence/
│   ├── A_confidence_P1K.ipynb
│   ├── A_confidence_case_study_plotting.ipynb
├── 9_Basal_Activity_Transformation/
│   ├── Basal_Activity_Transformation.ipynb
│   ├── Data_Basal_Expression/