Merge pull request #85 from bcgsc/feat/DEVSU-2539-add-lof-mutations-to-test-data

add lof-matching variants to test data

Author: elewis2

tests/test_ipr/test_data/small_mutations.short.tab

@@ -1,6 +1,8 @@
 gene	zygosity	proteinChange	transcript	chromosome	startPosition	endPosition	tumourAltCount	tumourRefCount	tumourDepth	rnaAltCount	rnaRefCount	rnaDepth	refSeq	altSeq
 APC	het	p.Leu616fs	ENST00000457016	5	112170746	112170746	41	0	41	6	0	6	AT	A
 APC	het	p.Thr1556fs	ENST00000457016	5	112175951	112175951	36	0	36	5	0	5	G	GA
+APC	het	p.R232*	ENST00000257430	5	112792494	112792494	36	0	36	5	0	5	G	GA
+BRCA2	het	p.F2045fs	ENST00000380152	13	32340487	32340493	36	0	36	5	0	5	G	GA
 CDK10	het	p.His301Tyr	ENST00000353379	16	89761447	89761447	41	46	87	72	90	162	C	T
 CDK13	het	p.Ser183Ala	ENST00000181839	7	39990787	39990787	50	67	117	24	25	49	T	G
 CDK9	het	p.Pro209fs	ENST00000373264	9	130550838	130550838	47	0	47	24	0	24	GC	G
@@ -20,4 +22,5 @@ FGFRL1	het	p.Ala140Thr	ENST00000398484	4	1017494	1017494	39	50	89	22	44	66	G	A
 KRAS	het	p.G12D	ENST00000311936	12	25245350	25245350	63	66	129	0	0	0	C	T
 NRG1	het	p.Ala146Thr	ENST00000520407	8	31497936	31497936	38	39	77				G	A
 NRG1	het	p.Thr232Met	ENST00000520407	8	31498195	31498195	32	43	75				C	T
+PTEN	het	p.Y180*	ENST00000371953	10	87952165	87952165	27	0	27	0	0	0	TG	T
 WNT16	het	p.Gly167fs	ENST00000222462	7	120971878	120971878	27	0	27	0	0	0	TG	T