chore: upgrade deps

.github/workflows/nodejs.yml

@@ -0,0 +1,16 @@
+name: Node.js CI
+
+on:
+  push:
+    branches:
+      - main
+  pull_request:
+
+jobs:
+  nodejs:
+    uses: zakodium/workflows/.github/workflows/nodejs.yml@nodejs-v1
+    with:
+      node-version: '24.x'
+      node-version-matrix: '[24]'
+      disable-test-package: true
+      upload-coverage: false

.prettierignore

@@ -0,0 +1,6 @@
+tiles/font-awesome
+util/aesjs.js
+util/cloneDeepLimitArray.js
+util/md5.js
+util/yamlParser.js,
+spectra-data/conrec.js

ChemEquilibrium/AcidModel.js

@@ -1,7 +1,153 @@
-
-var pkas = [{ ha: 'HIO3', a: 'IO3-', pka: 0.8, specie: { label: 'IO3-', number: 1, pka: 0.8 } }, { ha: 'H3PO4', a: 'H2PO4-', pka: 2.16, specie: { label: 'PO4---', number: 3, pka: 21.69 } }, { ha: 'H2PO4-', a: 'HPO4--', pka: 7.21, specie: { label: 'PO4---', number: 2, pka: 19.53 } }, { ha: 'HPO4--', a: 'PO4---', pka: 12.32, specie: { label: 'PO4---', number: 1, pka: 12.32 } }, { ha: 'HF', a: 'F-', pka: 3.2, specie: { label: 'F-', number: 1, pka: 3.2 } }, { ha: 'HNO2', a: 'NO2-', pka: 3.25, specie: { label: 'NO2-', number: 1, pka: 3.25 } }, { ha: 'HOCN', a: 'OCN-', pka: 3.48, specie: { label: 'OCN-', number: 1, pka: 3.48 } }, { ha: 'H2CO3', a: 'HCO3-', pka: 6.35, specie: { label: 'CO3--', number: 2, pka: 16.68 } }, { ha: 'HCO3-', a: 'CO3--', pka: 10.33, specie: { label: 'CO3--', number: 1, pka: 10.33 } }, { ha: 'H2S', a: 'HS-', pka: 7.05, specie: { label: 'S--', number: 2, pka: 19.14 } }, { ha: 'HS-', a: 'S--', pka: 12.09, specie: { label: 'S--', number: 1, pka: 12.09 } }, { ha: 'HClO', a: 'ClO-', pka: 7.4, specie: { label: 'ClO-', number: 1, pka: 7.4 } }, { ha: 'HBrO', a: 'BrO-', pka: 8.6, specie: { label: 'BrO-', number: 1, pka: 8.6 } }, { ha: 'HCN', a: 'CN-', pka: 9.21, specie: { label: 'CN-', number: 1, pka: 9.21 } }, { ha: 'NH4+', a: 'NH3', pka: 9.25, specie: { label: 'NH3', number: 1, pka: 9.25 } }, { ha: 'CH2ClCOOH', a: 'CH2ClCOO-', pka: 2.89, specie: { label: 'CH2ClCOO-', number: 1, pka: 2.89 } }, { ha: 'HCOOH', a: 'HCOO-', pka: 3.75, specie: { label: 'HCOO-', number: 1, pka: 3.75 } }, { ha: 'C6H5COOH', a: 'C6H5COO-', pka: 4.2, specie: { label: 'C6H5COO-', number: 1, pka: 4.2 } }, { ha: 'C66H5NH3+', a: 'C66H5NH2', pka: 4.6, specie: { label: 'C66H5NH2', number: 1, pka: 4.6 } }, { ha: 'CH3COOH', a: 'CH3COO-', pka: 4.75, specie: { label: 'CH3COO-', number: 1, pka: 4.75 } }, { ha: 'C2H5COOH', a: 'C2H5COO-', pka: 4.87, specie: { label: 'C2H5COO-', number: 1, pka: 4.87 } }, { ha: 'C5H5NH+', a: 'C5H5N', pka: 5.25, specie: { label: 'C5H5N', number: 1, pka: 5.25 } }, { ha: 'CH3NH3+', a: 'CH3NH2', pka: 10.66, specie: { label: 'CH3NH2', number: 1, pka: 10.66 } }, { ha: '(C2H5)3NH+', a: '(C2H5)3N', pka: 10.75, specie: { label: '(C2H5)3N', number: 1, pka: 10.75 } }, { ha: 'C2H5NH3+', a: 'C2H5NH2', pka: 10.8, specie: { label: 'C2H5NH2', number: 1, pka: 10.8 } }, { ha: 'HCl', a: 'Cl-', pka: 1, specie: { label: 'Cl-', number: 1, pka: 1 } }];
+let pkas = [
+  {
+    ha: 'HIO3',
+    a: 'IO3-',
+    pka: 0.8,
+    specie: { label: 'IO3-', number: 1, pka: 0.8 },
+  },
+  {
+    ha: 'H3PO4',
+    a: 'H2PO4-',
+    pka: 2.16,
+    specie: { label: 'PO4---', number: 3, pka: 21.69 },
+  },
+  {
+    ha: 'H2PO4-',
+    a: 'HPO4--',
+    pka: 7.21,
+    specie: { label: 'PO4---', number: 2, pka: 19.53 },
+  },
+  {
+    ha: 'HPO4--',
+    a: 'PO4---',
+    pka: 12.32,
+    specie: { label: 'PO4---', number: 1, pka: 12.32 },
+  },
+  { ha: 'HF', a: 'F-', pka: 3.2, specie: { label: 'F-', number: 1, pka: 3.2 } },
+  {
+    ha: 'HNO2',
+    a: 'NO2-',
+    pka: 3.25,
+    specie: { label: 'NO2-', number: 1, pka: 3.25 },
+  },
+  {
+    ha: 'HOCN',
+    a: 'OCN-',
+    pka: 3.48,
+    specie: { label: 'OCN-', number: 1, pka: 3.48 },
+  },
+  {
+    ha: 'H2CO3',
+    a: 'HCO3-',
+    pka: 6.35,
+    specie: { label: 'CO3--', number: 2, pka: 16.68 },
+  },
+  {
+    ha: 'HCO3-',
+    a: 'CO3--',
+    pka: 10.33,
+    specie: { label: 'CO3--', number: 1, pka: 10.33 },
+  },
+  {
+    ha: 'H2S',
+    a: 'HS-',
+    pka: 7.05,
+    specie: { label: 'S--', number: 2, pka: 19.14 },
+  },
+  {
+    ha: 'HS-',
+    a: 'S--',
+    pka: 12.09,
+    specie: { label: 'S--', number: 1, pka: 12.09 },
+  },
+  {
+    ha: 'HClO',
+    a: 'ClO-',
+    pka: 7.4,
+    specie: { label: 'ClO-', number: 1, pka: 7.4 },
+  },
+  {
+    ha: 'HBrO',
+    a: 'BrO-',
+    pka: 8.6,
+    specie: { label: 'BrO-', number: 1, pka: 8.6 },
+  },
+  {
+    ha: 'HCN',
+    a: 'CN-',
+    pka: 9.21,
+    specie: { label: 'CN-', number: 1, pka: 9.21 },
+  },
+  {
+    ha: 'NH4+',
+    a: 'NH3',
+    pka: 9.25,
+    specie: { label: 'NH3', number: 1, pka: 9.25 },
+  },
+  {
+    ha: 'CH2ClCOOH',
+    a: 'CH2ClCOO-',
+    pka: 2.89,
+    specie: { label: 'CH2ClCOO-', number: 1, pka: 2.89 },
+  },
+  {
+    ha: 'HCOOH',
+    a: 'HCOO-',
+    pka: 3.75,
+    specie: { label: 'HCOO-', number: 1, pka: 3.75 },
+  },
+  {
+    ha: 'C6H5COOH',
+    a: 'C6H5COO-',
+    pka: 4.2,
+    specie: { label: 'C6H5COO-', number: 1, pka: 4.2 },
+  },
+  {
+    ha: 'C66H5NH3+',
+    a: 'C66H5NH2',
+    pka: 4.6,
+    specie: { label: 'C66H5NH2', number: 1, pka: 4.6 },
+  },
+  {
+    ha: 'CH3COOH',
+    a: 'CH3COO-',
+    pka: 4.75,
+    specie: { label: 'CH3COO-', number: 1, pka: 4.75 },
+  },
+  {
+    ha: 'C2H5COOH',
+    a: 'C2H5COO-',
+    pka: 4.87,
+    specie: { label: 'C2H5COO-', number: 1, pka: 4.87 },
+  },
+  {
+    ha: 'C5H5NH+',
+    a: 'C5H5N',
+    pka: 5.25,
+    specie: { label: 'C5H5N', number: 1, pka: 5.25 },
+  },
+  {
+    ha: 'CH3NH3+',
+    a: 'CH3NH2',
+    pka: 10.66,
+    specie: { label: 'CH3NH2', number: 1, pka: 10.66 },
+  },
+  {
+    ha: '(C2H5)3NH+',
+    a: '(C2H5)3N',
+    pka: 10.75,
+    specie: { label: '(C2H5)3N', number: 1, pka: 10.75 },
+  },
+  {
+    ha: 'C2H5NH3+',
+    a: 'C2H5NH2',
+    pka: 10.8,
+    specie: { label: 'C2H5NH2', number: 1, pka: 10.8 },
+  },
+  { ha: 'HCl', a: 'Cl-', pka: 1, specie: { label: 'Cl-', number: 1, pka: 1 } },
+];
 
 define(['lodash'], function (_) {
   class AcidBase {
     constructor(customPkas) {
       this.pkas = customPkas || pkas;
@@ -9,35 +155,33 @@
     }
 
     static getAllAcidBaseLabels() {
-      var species = new Set();
-      for (var i = 0; i < pkas.length; i++) {
+      let species = new Set();
+      for (let i = 0; i < pkas.length; i++) {
         species.add(pkas[i].ha);
         species.add(pkas[i].a);
       }
       return Array.from(species);
     }
 
     addAcidBase(label, total) {
-      var titrProtonCount;
-      var titrSpecie = pkas.find(function (pka) {
+      let titrProtonCount;
+      let titrSpecie = pkas.find(function (pka) {
         return pka.ha === label;
       });
       if (titrSpecie) {
         titrProtonCount = titrSpecie.specie.number;
         titrSpecie = titrSpecie.specie.label;
       } else {
         titrSpecie = pkas.find(function (pka) {
           return pka.a === label;
         });
         if (titrSpecie) {
           titrProtonCount = 0;
+        } else if (label === 'OH-') {
+          this.addComponent('OH-', total);
+          return;
         } else {
-          if (label === 'OH-') {
-            this.addComponent('OH-', total);
-            return;
-          } else {
-            throw new Error('Could not find acid/base');
-          }
+          throw new Error('Could not find acid/base');
         }
         titrSpecie = titrSpecie.specie.label;
       }
@@ -52,81 +196,82 @@
         total = -total;
       }
       if (!total) total = 0;
-      var comp = this.components.find((c) => c.label === label);
+      let comp = this.components.find((c) => c.label === label);
       if (comp) {
         comp.total += total;
       } else {
         this.components.push({
-          label, total
+          label,
+          total,
         });
       }
     }
 
     setTotal(componentLabel, total) {
-      var c = this.components.find((c) => c.label === componentLabel);
+      let c = this.components.find((c) => c.label === componentLabel);
       c.total = total;
       c.atEquilibrium = undefined;
     }
 
     setAtEquilibrium(componentLabel, atEquilibrium) {
-      var c = this.components.find((c) => c.label === componentLabel);
+      let c = this.components.find((c) => c.label === componentLabel);
       c.atEquilibrium = atEquilibrium;
       c.total = undefined;
     }
 
     getModel() {
       // Get all involved pkas
-      var pkas = this.pkas.filter((pka) => {
+      let pkas = this.pkas.filter((pka) => {
         return this.components.find(function (c) {
           return String(c.label) === String(pka.specie.label);
         });
       });
 
       // group pkas by component
-      var grouped = _.groupBy(pkas, function (pka) {
+      let grouped = _.groupBy(pkas, function (pka) {
         return String(pka.specie.label);
       });
 
+      let nbComponents = this.components.length;
 
-      var nbComponents = this.components.length;
-
-      var protonIndex = this.components.findIndex((c) => c.label === 'H+');
+      let protonIndex = this.components.findIndex((c) => c.label === 'H+');
       if (protonIndex === -1) throw new Error('Acid-base model has no proton');
 
-      var model = {};
+      let model = {};
 
       // Model components
       model.components = new Array(nbComponents);
       for (i = 0; i < this.components.length; i++) {
-        model.components[i] = Object.assign({}, this.components[i]);
+        model.components[i] = { ...this.components[i] };
       }
 
       // Model formed species
       model.formedSpecies = [
         {
           label: 'OH-',
-          beta: Math.pow(10, -14),
-          components: new Array(nbComponents).fill(0)
-        }
+          beta: 10 ** -14,
+          components: new Array(nbComponents).fill(0),
+        },
       ];
 
       model.formedSpecies[0].components[protonIndex] = -1;
 
-
       for (var i = 0; i < this.components.length; i++) {
         if (i === protonIndex) continue;
-        var group = grouped[this.components[i].label];
+        let group = grouped[this.components[i].label];
         if (!group) throw new Error('Should be unreachable');
 
-        for (var j = 0; j < group.length; j++) {
-          var el = group[j];
+        for (let j = 0; j < group.length; j++) {
+          let el = group[j];
           model.formedSpecies.push({
             label: String(el.ha),
-            beta: Math.pow(10, Number(el.specie.pka)),
-            components: new Array(nbComponents).fill(0)
+            beta: 10 ** Number(el.specie.pka),
+            components: new Array(nbComponents).fill(0),
           });
           model.formedSpecies[model.formedSpecies.length - 1].components[i] = 1;
-          model.formedSpecies[model.formedSpecies.length - 1].components[protonIndex] = Number(el.specie.number);
+          model.formedSpecies[model.formedSpecies.length - 1].components[
+            protonIndex
+          ] = Number(el.specie.number);
         }
       }
 

ChemEquilibrium/chart.js

@@ -5,23 +5,23 @@ define(['src/util/color'], function (Color) {
       if (x.length !== y.length || y.length === 0) {
         throw new Error('Invalid data length');
       }
-      var chart = {
+      let chart = {
         data: [],
         axis: [
           {
-            label: options.xLabel || ''
+            label: options.xLabel || '',
           },
           {
-            label: options.yLabel || ''
-          }
-        ]
+            label: options.yLabel || '',
+          },
+        ],
       };
 
-      var species = Object.keys(y[0]);
-      var colors = Color.getDistinctColors(species.length);
+      let species = Object.keys(y[0]);
+      let colors = Color.getDistinctColors(species.length);
 
       for (var i = 0; i < species.length; i++) {
-        var data = {};
+        let data = {};
         chart.data.push(data);
         // eslint-disable-next-line no-loop-func
         data.y = y.map((y) => {
@@ -37,10 +37,10 @@ define(['src/util/color'], function (Color) {
         data.yAxis = 1;
         data.defaultStyle = {
           lineColor: colors[i],
-          lineWidth: 1
+          lineWidth: 1,
         };
       }
       return chart;
-    }
+    },
   };
 });