PS 的像素编辑 · BioRender 的素材拼图 · ImageJ 的 WB 灰度定量 · AI 生成与抠图
一个本地、离线可用、数据不上云的科研制图与定量工作台。
基于 PySide6 + QGraphicsView + NumPy/OpenCV。对标 Photoshop / BioRender 的核心工作流，内置 AI 生成、AI 抠图与本地离线抠图。所有 API Key 只存在你本机，绝不进程序、日志或仓库。
本仓库是 Qt/PySide6 重写版；早期的 WebView/pywebview 版本是它的前身，二者为独立代码库。
左侧 PS 式竖排工具栏 · 中间 QGraphicsView 画布（标尺/参考线）· 右侧 Qt-ADS 可拖拽停靠面板：选区与拆解 / 文字 / 矢量属性 · 素材库（本地库 ⇄ 抠出素材 Tab）· 图层 / 历史记录。
画机制图 / 通路图的核心。鼠标移到对象上自动浮现 4 个边中点蓝锚点，从一个对象拖到另一个 → 连线精准落在边的中心，并在你移动 / 缩放对象时自动跟随。
- 箭头 / 直线工具同样吸附锚点：两端都吸到对象 → 自动变跟随式连线；自由画则是静态形状
- 连线形状可切 直线 / 曲线 / 折线，改颜色 / 虚线 / 删除（右键）
- 支持连到导入 SVG 里的单个元素（元素级连接）
连接一个本地素材文件夹（子文件夹 = 分类，递归任意深度），20 万张素材后台秒扫不卡 UI。
- 顶部 Tab 切换「本地库 / 抠出素材」，搜索置顶，次要操作收进 ⚙ 菜单（BioRender 式干净布局）
- 缩略图大小滑块（持久记忆）+ 悬停大图预览 + 高分屏清晰解码
- ⭐ 收藏 / 🕘 最近 虚拟分类；拖 / 单击放到画布（智能缩放 + 磁吸对齐）
- ✂ 拆分合集：把「一张纸排了 20 个图标」的合集大图按空白沟槽切成单个图标
- ✂ 批量裁透明边：自动裁掉素材四周透明留白（自适应忽略淡水印），框 = 真正的图
- 本地离线：内置 u2netp ONNX 模型，不用 Key、不用联网，一键抠主体
- 在线可选：grsai 图生图编辑 / PPIO Qwen-Image-Edit / OpenAI image-edit 兼容中转 / rembg
- 配合魔棒 / GrabCut / 套索像素级精修；自动拆解把整图分成独立透明素材
Western blot 条带灰度定量，复刻 ImageJ Gel Analyzer 工作流并校准到逐位一致（同框 IntDen 对 Fiji headless 测量 0% 误差；密度曲线对 ImageJ getProfile 4.7e-5）。插件菜单「🔬 WB 灰度定量分析」。
- 两条路径：① 🤖 智能检测条带（SciEdit 特色，ImageJ 没有）—— 自动把每条带各框一个框、出曲线，框可单独拖角缩放微调；② Ctrl+1/2/3 —— ImageJ 原汁原味手动选道
- 密度曲线 = ImageJ Plot Lanes：所有泳道竖向堆叠，每条独立拖橙锚点调直线基线 · 拖绿分隔线分峰 · 双击加线 · 右键删（吸附谷底）
- 读图按 ImageJ 口径：调色板 TIF 用原始索引、16/32-bit 按显示范围缩放、RGB→8bit 默认 (R+G+B)/3、中位数自动判极性（TIF/JPG 都峰朝上，不用转格式）
- 批量审核版：多张图一屏，左列表 + 中预览（可编辑检测框，一眼核对）+ 右汇总表；某张泳道数不同可单独改带数重检测 → 长/宽表 CSV（归一化在 Excel）
- 背景：峰脚直线扣除 / 环形 / Rolling-ball；内参归一化；Marker 排除；测量(框带 IntDen) 与 凝胶峰面积 两种量化口径
免疫组化与组织化学染色定量，颜色解卷积复刻 Fiji Colour Deconvolution 并校准到逐位一致（256×256 全色域测试图三通道对 Fiji 输出 0 像素误差）。插件菜单「🧬 IHC / 组织化学定量」。
- DAB 免疫组化：颜色解卷积分离苏木素/DAB → IHC Profiler 口径分级（High/Positive/Low/Negative）+ 0-4 分 + DAB 阳性面积% + H-score
- 纤维化/胶原定量：Masson 选 **Aniline blue（蓝色胶原）**通道 → Otsu 自动阈值 + 近白背景排除 → 胶原面积%；H&E 任选通道
- 天狼星红：无解卷积向量 → HSV 红色胶原面积法（亮场标准口径）。真实肾纤维化数据实测：纤维化模型 9.3% vs sham 对照 0.3%（31×），正确捕获纤维化
- 拖框选多区域（无框=全图）、显示可切各解卷积通道/红色掩膜、导出 CSV；常数全部从本机 Fiji jar 反编译核对（见
docs/ihc_alignment.md）
- 启动秒开：大素材库扫描挪到后台线程，窗口构造 9.3s → 0.1s
- 图层面板拖拽调层级、非破坏蒙版、对齐 / 分布、翻转 / 旋转
- AI 文生图 / 图生图（多中转站、国内/国外节点、并行任务队列、结果自动落图层）
- AI 对话把口语需求转成可直接用的英文绘图提示词
| 本工具 | Photoshop | BioRender | |
|---|---|---|---|
| 像素编辑 / 抠图 / 蒙版 | ✅ | ✅ | ❌ |
| 素材拼图 + 智能连接线 | ✅ | ❌ | ✅ |
| AI 生成配图 | ✅ | ❌ | |
| WB 灰度定量（对齐 ImageJ） | ✅ | ❌ | ❌ |
| IHC / 纤维化定量（对齐 Fiji） | ✅ | ❌ | ❌ |
| 矢量导入再编辑（SVG/PDF） | ✅ | ||
| TIFF 300dpi 投稿导出 | ✅ | ✅ | |
| 本地 / 离线 / 免费 / 数据私有 | ✅ | ❌ | ❌ |
一句话：「PS 的像素编辑 + BioRender 的素材拼图 + AI 生成」的本地合体。
图层 显隐 / 层级（可拖拽）/ 重命名 / 锁定 / 打组解组 / 不透明度 / 非破坏蒙版（选区生成，画布·导出·缩略图三处同源）
选区（PS 式连续工作流） 套索 / 魔棒 / 选区画笔 / 矩形选框；Shift 加选、Alt 减选；Ctrl 点图层载入像素；Ctrl+J 经选区抠出；选区 → 抠出 / 蒙版 / 裁剪 / 挖洞
绘制与文字 画笔 / 橡皮（脏矩形局部刷新）；画布内打字、拖框定宽、旋转、即时生效
矢量 SVG / PDF 导入，元素级改色 / 改字 / 配色助手（Okabe-Ito）/ 钢笔 / 锚点编辑 / 形状（矩形·椭圆·直线·箭头）/ 打组解组，导出 SVG
WB 灰度定量 复刻 ImageJ Gel Analyzer（校准到逐位一致）；智能检测每带一框 / ImageJ Ctrl 选道；多泳道堆叠密度曲线（基线·分隔线可拖）；批量审核多图；CSV 导出
IHC / 组织化学定量 颜色解卷积复刻 Fiji Colour Deconvolution（逐位一致）；DAB 免疫组化 IHC Profiler 分级/0-4 分/H-score；纤维化胶原定量（Masson Aniline blue + Otsu + 背景排除 / 天狼星红 HSV 红色面积）；按区域测量；CSV 导出
导出与工程 PNG / TIFF（写 300 DPI）；保存 / 加载工程 .nanopro.json（图层 + 蒙版 + 矢量 + 素材）
界面 深 / 浅主题，Qt-ADS 停靠面板，撤销 / 重做历史，标尺 / 参考线 / 网格磁吸，全局滚轮防误改参数，软件图标 + 任务栏图标
- API Key 只保存在本机
~/.sciedit/config.json（每个商家的 Key 相互隔离），界面只回显掩码尾号。 - Key 绝不进程序日志 / 仓库 / 导出图 / 工程文件 / 窗口布局。
- 打包产物（PyInstaller）只含源码 + 模型 + 运行库，不打包任何 Key；冻结态也不读包内
.env。克隆者需各自填写自己的 Key。
需要 Python 3.13（3.11+ 应可用）。
pip install -r requirements.txt
python src/main.py首次使用 AI 功能时，在面板「设置」里填入你自己的 API Key（仅存本机）。AI 抠图可完全离线：后端选「本地内置模型」，不用 Key、不用联网。
# 1) PyInstaller 打成独立程序（onedir）→ dist/NanoPro/NanoPro.exe
python -m PyInstaller NanoPro.spec --noconfirm
# 2) Inno Setup 打成双击安装包 → Output/SciEdit_NanoPro_Setup_vX.exe
"%LOCALAPPDATA%\Programs\Inno Setup 6\ISCC.exe" NanoPro_Setup.iss刻意排除 torch/CUDA 等巨物（本地抠图仅用 onnxruntime CPU 推理）；WB 凝胶分析依赖的 scipy 已整包打入（防冻结态 ImportError），独立程序约 600 MB。安装包 / 免安装版可直接在 Releases 下载（无需管理员）。
PySide6 6.11 · NumPy · OpenCV · Pillow · onnxruntime · PySide6-QtAds · lxml · certifi
主类 editor_window.py 已按功能拆成 7 个 mixin（从 7096 行降到 ~3500 行，行为不变）：
src/
main.py 入口（应用图标 / 主题）
editor_window.py 主窗口 + UI 构建 + 撤销重做内核 + 工具分发
editor_vector.py SVG/PDF + 矢量编辑 + 钢笔 + 锚点 + 形状
editor_selection.py 魔棒 / 套索 / 矩形 / 选区画笔 / 抠出 / GrabCut / AI 拆解
editor_layers.py 图层 / 打组 / 不透明度 / 对齐 / 蒙版 / 翻转旋转
editor_assets.py 素材库（分类树 / 懒加载 / 拆分合集 / 批量裁 / 收藏最近）
editor_text.py 文字工具 + 画布内打字
editor_export.py 导出 PNG/TIFF + 合成 + 工程读写
editor_connectors.py 智能连接线（边中点锚点 + 跟随 + 形状切换）
wb_analyzer.py Western blot 灰度定量面板（智能检测 / Ctrl 选道 / 堆叠密度曲线 / 批量审核）
wb_quant.py WB 测量内核（IntDen / 背景 / 极性 / RGB→8bit）
gel_analyzer.py 凝胶分析（复刻 ImageJ Plot Lanes：getProfile + 直线基线 + find_peaks 分峰）
wb_batch.py WB 批量分析（多图检测框 + 长/宽表 CSV）
ihc_quant.py IHC 定量内核（复刻 Fiji Colour Deconvolution + IHC Profiler + Otsu/天狼星红，纯 NumPy）
ihc_analyzer.py IHC / 组织化学定量面板（DAB 分级 / 纤维化胶原% / 天狼星红红色面积）
canvas_view.py QGraphicsView 画布交互
connector_item.py 连接线图元（边中点几何 + 箭头）
layer_item.py 图层项（含非破坏蒙版）
image_ops.py 选区 / 蒙版 / 合成 / 内容裁剪 / 合集拆分（NumPy/OpenCV）
asset_lib.py 本地素材库扫描（分类 / 递归 / scandir 提速）
svg_io.py SVG 导入导出
ai_client.py / ai_panel.py AI 文生图 / 图生图
chat_client.py / chat_panel.py AI 对话（提示词生成）
seg_client.py AI 抠图（本地 onnx / grsai / PPIO / rembg / HTTP）
config.py 本机配置 / Key（~/.sciedit，绝不进仓库）
theme.py / icons.py 深浅主题 / 矢量图标
models/u2netp.onnx 本地抠图模型
NanoPro.spec PyInstaller 配置
NanoPro_Setup.iss Inno Setup 安装包配置
暂未指定开源许可（默认保留所有权利）。如需开源复用，请先与作者确认。