v1.19.1 — CD31 血管计数精度修复 + 血管密度

CD31 微血管计数（MVD）精度修复 + 血管密度

师弟反映 IHC 血管计数不准。经多 agent 审查 + 33 张真实 CD31 切片诊断/验证：

修复

• 阈值抗塌陷：弱染/低信号片上 DAB 直方图近单峰，Otsu 在背景内塌陷，把淡背景/间质误判为阳性 → 阳性面积虚高 22–32%、血管数虚高 6–8 倍（实测高达 8709）。现把 DAB 自动阈夹至 IHC Profiler 阴性边界（180），弱信号会显式提示。全 33 片：计数>2000 由 3→0，阳性面积>10% 由 4→1，真实染色区不受损。
• 碎裂过数修复：血管掩膜闭运算核 7×7→9×9，把同一根血管断续的内皮接回（33 张视觉验证最优，计数只降不升、不误并相邻血管）。

新增

• 血管密度 vessels/mm²：血管模式下并排显示「血管数 + 密度」；批量 CSV 增加密度列。组织覆盖率差异不再影响跨片可比。
• µm/px 物镜倍镜下拉 + 自定义 + 读文件标定：带物理标定的文件（OME/ImageJ/扫描仪 TIFF）自动读真实 µm/px；否则按物镜倍镜估算并显式标注，可手填实测值。

非血管模式（团块/逐核/天狼星红）不受影响。

⚠ µm/px 严格说不能只由物镜倍镜决定（取决于相机/光路），倍镜档为估值；要发表级绝对密度请用带标定的文件或标尺实测值。

SciEdit / NanoPro v1.19.0 — 荧光定量 + 多格式显微镜导入 + CD31血管计数

SciEdit / NanoPro v1.19.0

本次重大更新：新增荧光定量模块与多格式显微镜图像导入，并加入 CD31 血管计数（MVD）。

🔬 荧光定量分析（全新模块）

• 多通道荧光定量：强度 Measure / 共定位 Coloc2（PCC·Manders M1M2·Costes·ICQ）/ Z 投影 / CTCF，口径对齐 ImageJ / Fiji。
• 多格式显微镜导入：
  • 原生快读：OME-TIFF / ImageJ hyperstack / LSM / Imaris .ims
  • 厂商格式（VSI / LIF / ND2 / CZI / OIR）经 Bio-Formats 外部子进程转 OME-TIFF 读入；.ets 自动重定向到同级 .vsi 主文件
• 大切片：载入时整图下采到统一工作分辨率（长边 ≤4096），状态栏 / 摘要 / CSV 大声披露下采口径（阳性面积%/平均强度尺度不变可信）。
• 全玻片金字塔 VSI：自动挑选主图（多通道最高分辨率，避开概览/标签与千兆顶层）；多系列可在下拉手动切换。
• 阈值交互：原生强度域 + 稳健上限（避免饱和热点压垮滑块）；阳性叠加色随通道；拖动实时反馈、松手全量统计。
• 转换进度条 + 可中断（关面板优雅退出，不残留后台进程）。

🩸 CD31 血管计数（MVD）

• 连通域计数 + 形态学闭运算 + 相邻血管凹颈分离（默认关闭，避免长血管过切）。

🧩 其它

• 图像描摹：corners→potrace 锐度映射、消除行填充假设。
• 打包随附 Bio-Formats（GPL-2.0，独立子进程隔离，附许可声明）。

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⚠️ 重要说明

• 厂商格式（VSI / LIF / ND2 / CZI / OIR）导入需要本机安装 Java（Bio-Formats 依赖）。未安装时会有清晰提示，不影响其它功能。
• OME-TIFF / .tif / .ims 以及 WB 灰度定量 / IHC 组化定量 / 图像描摹 / AI 生成抠图 / 矢量编辑 等全部开箱即用、无需 Java。
• 国内下载本安装包可能需要代理（走 GitHub）。

安装

下载 SciEdit_NanoPro_Setup_v1.19.0.exe 双击安装（安装到用户目录，无需管理员权限）。已装旧版可直接通过「帮助 → 检查更新」升级。

SciEdit / NanoPro Qt v1.18.2 — 🔄 自动更新 + 描摹逐素材分组 + UI精修 + 即时反馈修复

SciEdit / NanoPro Qt v1.18.2 — 🔄 应用内自动更新 + 描摹逐素材分组 + UI精修 + 即时反馈修复

设置 / 提示词预设 / 布局存在 ~/.sciedit/，升级安装一律不丢。

🔄 应用内自动更新（新）

• 「帮助 → 检查更新」：从 GitHub 查新版 → 下载安装包 → 原地升级，设置不丢。
• ⚠ 当前走 GitHub，国内可能需 VPN（国内镜像后续支持）。

🎯 图像描摹「逐素材分组」（新·对标 Crafter/CraftEditor 思路）

• 描完一张扁平图，单击拖动 = 整个素材（图标/箭头/方框），不再是拖单条颜色块或拖整张。
• 满画布底色自动识别为背景组并锁定（不误拖）。面板加「逐素材分组」开关（默认开）。
• 已知局限：同色/接触的素材会聚成一组（连通域固有，后续 SAM 语义分割解决）。

🎨 界面精修（多 agent 审·PS 灰阶系统内）

• 描摹面板：参数「输出选项」分组框、预设按钮两行排布、去掉硬编码色（深浅主题正确跟随）、主按钮高亮统一。
• 图层面板：属性区/操作区分隔、底部图标栏「图层管理｜图像调整」分组、间距对齐。
• 状态栏补 tooltip、抠出素材空态补「用魔棒抠图」入口。

✅ 即时反馈修复（多 agent 审）

• 生图任务点「+时间」→ 倒计时立即 +60s（原来要等一拍才变，体感没反应）。
• IHC 拖「核大小 / 圆度」、切「计数口径」→ 计数列立即显「…」占位（worker 算完填真值）。
• 描摹预览中点「应用为矢量层」→ 即时提示 + 防重复点。

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下载 SciEdit_NanoPro_Setup_v1.18.2.exe（双击即装，无需管理员）。装了 v1.18.1+ 的可在「帮助→检查更新」直接升级。

SciEdit / NanoPro Qt v1.18.1 — 🎨 描摹颜色保真 + AI抠图大修 + 提示词预设/翻译 + 9项性能优化

SciEdit / NanoPro Qt v1.18.1 — 🎨 图像描摹颜色保真 + AI抠图大修 + 提示词预设/翻译 + 9项性能优化

在 v1.18 基础上的功能打磨 + 卡顿/手感优化版。设置（API Key/提示词预设/布局）存在 ~/.sciedit/，升级安装不丢。

🎨 图像描摹

• 颜色保真：饱和度感知调色板——修复分子/球棍图里绿苯环、红氧、黄硫被塌成蓝色的问题；近白不再占色板预算
• potrace 引擎收口（AI锐利档，外部子进程，对标 Illustrator）+ 透明图层描摹不再出黑底

✂️ AI 抠图 / 拆解

• 超时可延长「+时间」+ 秒级倒计时 + 非模态挂后台（跑时可继续操作）；顶级 4K 模型 per-read 放宽到 300s
• 输出比例匹配原图（不再压成方形）
• 透明可靠：自动清理生成式去背景的半透明白雾 / 白底，保住内部白（H原子/圈内白底）
• 拆解多元素 = AI 去背景 + 本地连通域拆成多个独立透明素材

🤖 AI 生成

• 提示词预设（对齐 Forge 式）：内置通用基础 + 用户预设存独立 json（可复制/导入复用）；选即切换、分组、右键删
• 中译英内联：打中文 → 一键加到正面/负面提示词（模型对英文更友好）

⚡ 性能 / 手感（多 agent 审核 + 对抗验证）

• 亮度/对比度拖滑块 4K 不卡（防抖）· 魔棒大图 LAB 缓存 · 矢量元素拖动磁吸缓存（描摹出几百元素不掉帧）
• 自动拆解移后台线程（4K 不冻结）· 锚点拖动节流 · 对话「停止」立即可再发
• 选区蚂蚁线置顶（不再被上层图层遮住）· 选中矢量元素自动弹出属性面板 · 抠图/拆解完成自动切到「抠出素材」页

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下载：SciEdit_NanoPro_Setup_v1.18.1.exe（双击即装，无需管理员）。源码运行见仓库。

SciEdit / NanoPro Qt v1.18 — ⚡ WB/IHC 性能补齐 + 图像描摹大改

⚡ v1.18 — WB/IHC 性能补齐 + 图像描摹大改

WB 灰度定量：全后台化

载图（大 TIF）/ 批量跑批 / 未检测预览 三大卡顿源全部移出主线程，与 IHC 性能对等：

• 载图后台解码（537ms → 主线程 0ms），16bit 重标定 float32 提速
• 批量跑批后台线程（N 张大图不再卡 UI），逐图预览懒建
• scipy.signal 后台预热（消首次条带检测 ~660ms 冷导入）

IHC 批量预览：显示代理

批量逐图预览选图 / 按 C 看原图 / Tab 切换 / 拖逐图阈值 一律下采样代理渲染（按 C 123→28ms），scene 坐标仍全分辨率 → 框/画笔/入表数字不变。补齐单图/批量性能对等。

图像描摹（Image Trace）：好用度大改

对齐 Adobe Illustrator「图像描摹 + 扩展」的核心体验：

• 描得干净：默认参数重标定（自动色 + 杂色16），告别抗锯齿碎块（旧默认一张图 2500+ 碎路径 → 现 400-700 条干净的逐素材路径）
• 文字可剔：描摹前删文字（MSER 检测横排文字 → 红框预览 → 点框删误判 / 空白拖框补漏检 → inpaint 抹除再描）；孤立小素材不碰，源数据不动可逆
• 元素可拖可改：默认不打组 → 描摹后每个图形元素是独立对象，直接拖动 / 改色 / 改节点，无需先撤组；导出 SVG/PDF

5 维度多 agent 对抗审查，确认问题全修（活动图层跨线程拷贝、大图文字检测自适应等）；入表数字一律全分辨率，批量==单图逐口径一致。

下载

• SciEdit_NanoPro_Setup_v1.18.exe（安装版，137MB，无需管理员）
• SciEdit_NanoPro_Portable_v1.18.zip（绿色版，245MB，解压即用）

SciEdit / NanoPro Qt v1.17 — ⚡ IHC 定量全后台化（性能优化）+ 图像描摹

⚡ v1.17 — IHC 定量模块全后台化（性能优化）+ 图像描摹/矢量化

本版核心：把 IHC / 组织化学定量的三大卡顿源——载图解卷积、显示重绘、计数 watershed——在单图 + 批量两侧全部移出主线程，调任何参数都不再冻界面。

IHC 性能优化（单图 + 批量）

• 显示代理：视图底图/叠加/peek/标记一律下采样代理渲染（scene 坐标仍全分辨率，ROI/画笔/标记几何零改）→ 按 C / 拖阈值 123ms → 16ms
• 全图计数后台化：count_cells / 苏木素逐核移后台线程，measure 只出快指标，人工加减核基于缓存即时算 → 调核大小/圆度 不冻
• 批量三线程后台化：选图解卷积 / 逐图计数 / 跑批 全后台，选图、跑批、逐图核对都不冻
• 批量逐图实时阈值：拖顶部双头滑块即时更新当前图结果行（逐位对齐整批口径），切图自动同步该图阈值，重跑前警告防丢调整
• 大图载入：解码 + 16bit 重标定移后台，主线程 2.5s → 0ms（修扫描仪 16-bit/压缩 TIF 卡顿）

IHC 定量增强

• 阳性细胞计数（CD31/Ki67）+ 过分割修复（对齐 ImageJ Find-Maxima）
• 阳性率%（LI 标记指数）+ 总核数；苏木素逐核判正负（病理金标准）
• 圆度过滤（对齐 Analyze Particles 4π·面积/周长²）；手动加/减核（Cell Counter 式）
• TIF 16-bit 极性/显示修复（覆盖大小端 I;16B/L/N）

新模块：图像描摹 / 矢量化

• 位图（GPT/nano-banana 生成图）→ 彩色矢量 SVG，对标 Illustrator「图像描摹」
• vtracer 引擎（彩色质量最佳）+ 自研 cv2 兜底；应用为可编辑矢量层，导出 SVG/PDF

五轮多 agent 对抗审查，确认问题全修；入表数字一律全分辨率，批量 == 单图逐口径一致。

下载

• SciEdit_NanoPro_Setup_v1.17.exe（安装版，170MB，无需管理员）
• SciEdit_NanoPro_Portable_v1.17.zip（绿色版，245MB，解压即用）

SciEdit / NanoPro Qt v1.16 — 🔬 IHC / 组织化学定量（对齐 Fiji Colour Deconvolution）

SciEdit / NanoPro Qt v1.16 — 🔬 IHC / 组织化学定量模块（对齐 Fiji Colour Deconvolution，逐位一致）

本版新增 免疫组化 / 组织化学定量：颜色解卷积复刻 Fiji Colour Deconvolution（Ruifrok-Johnston），对本机 Fiji jar 反编译常数做到 0 像素误差。覆盖 DAB 免疫组化、Masson/H&E 胶原、天狼星红纤维化三类场景。插件菜单「IHC / 组织化学定量…」。

新功能

• DAB 免疫组化：颜色解卷积分离苏木素 / DAB → IHC Profiler 口径分级（High / Positive / Low / Negative）+ 0–4 分 + DAB 阳性面积% + H-score(0–300)
• 纤维化 / 胶原定量：Masson 选 **Aniline blue（蓝色胶原）**通道 → Otsu 自动阈值 + 近白背景排除 → 胶原面积%；H&E 任选通道
• 天狼星红：无解卷积向量 → CIELAB a−b（红度−黄度）红色胶原面积法（亮场标准口径）。真实肾纤维化样本实测 纤维化模型 9.3% vs 对照 0.3%（31×），生物学验证通过
• ImageJ Threshold 式双头直方图阈值滑块：直方图背景 + 两个手柄拖 [下限, 上限]，Otsu 给初值、拖即转手动；拖动实时刷新叠加 + 面积%
• 青色半透明阳性叠加（保留组织原色；红在红 / 粉组织上隐形 → 默认青）+ 配色 / 轮廓 / 灰底可选；画笔 / 套索手动加（左键）/ 减（右键或 Alt）+ 撤销(Ctrl+Z) + 空格拖拽平移 + C / Tab 原图对照
• 记录值对齐病理金标准：阳性面积% · 平均OD · IOD（积分光密度） · H-score · IHC 0–4 分 + 分级 · 阳性 px 与 组织 px 分列；亮场 IHC = 8-bit（Fiji 口径）
• 批量审核版：选图 → 立即列出 + 预览原图核对（载入失败 / 损坏报警）→「运行批量」；每张图可独立双头阈值 + 画笔 / 套索细调（每图独立撤销栈、Tab / C 原图对照）→ 组聚合（模型 vs 对照）+ 长表 CSV。与单图逐口径一致

质量 / 工程

• 发版前 5 维度对抗审查（算法 / 单图 UI / 批量口径 / 打包 / 脱敏，12 个并行审查 agent）确认并修复 6 项：右键复制文件名崩溃（os 未导入）、零阳性像素 OD/IOD 单图 vs 批量口径分叉、双头滑块越界、批量 Tab/C 原图对照、批量红模式 rgb2lab 缓存、批量表补「阈值」列
• 常数全部从本机 Fiji jar 反编译核对（见 docs/ihc_alignment.md），任何数值改动必须回此处核对，不凭印象
• 纯 NumPy rgb2lab（D65，对 skimage 偏差 Δ<0.005）→ skimage 排除出包，体积不膨胀
• NanoPro.spec 的 hiddenimports 补 ihc_analyzer / ihc_quant / ihc_batch

下载

• SciEdit_NanoPro_Setup_v1.16.exe —— 安装版（双击安装，开始菜单 + 可选桌面快捷方式 + 卸载程序；默认装到用户目录，无需管理员）
• SciEdit_NanoPro_Portable_v1.16.zip —— 免安装版（解压即用，NanoPro\NanoPro.exe，无需 Python / 管理员）

安全

API Key 只存本机 ~/.sciedit/config.json，绝不进程序 / 日志 / 仓库 / 导出 / 工程；打包产物不含任何 Key。

SciEdit / NanoPro Qt v1.15 — 🔬 WB 灰度定量（对齐 ImageJ Gel Analyzer）

SciEdit / NanoPro Qt v1.15 — 🔬 WB 灰度定量模块（对齐 ImageJ Gel Analyzer）

本版新增 Western blot 条带灰度定量，复刻 ImageJ Gel Analyzer 工作流并校准到逐位一致：同框 IntDen 对 Fiji headless 测量 0% 误差，密度曲线对 ImageJ getProfile 误差 4.7e-5。插件菜单「🔬 WB 灰度定量分析」。

新功能

• 两条路径
  • 🤖 智能检测条带（SciEdit 特色，ImageJ 没有）—— 自动把每条带各框一个框、出曲线；框可单独拖角缩放微调
  • Ctrl+1 / 2 / 3 —— ImageJ 原汁原味手动选道 / 加道 / 出峰
• 密度曲线 = ImageJ Plot Lanes：所有泳道竖向堆叠，每条独立拖橙锚点调直线基线 · 拖绿分隔线分峰 · 双击加线 · 右键删（吸附谷底）
• 读图按 ImageJ 口径：调色板 TIF 用原始索引、16/32-bit 按显示范围缩放、RGB→8bit 默认 (R+G+B)/3、中位数自动判极性（TIF/JPG 都峰朝上，免转格式）
• 批量审核版：多图一屏，左列表 + 中预览（可编辑检测框，一眼核对）+ 右汇总表；某张泳道数不同可单独改带数重检测 → 长 / 宽表 CSV
• 背景：峰脚直线扣除 / 环形 / Rolling-ball；内参归一化；Marker 排除；测量(框带 IntDen) 与 凝胶峰面积 两种量化口径
• 文件对话框记忆上次目录

工程

• NanoPro.spec 修关键打包坑：原 excludes 排除了 scipy 会导致冻结态凝胶分析 ImportError 崩溃 → 改 collect_all("scipy") 整包打入 + 不再排除 scipy；hiddenimports 补 gel_analyzer / wb_batch / scipy.signal
• 因打入 scipy，免安装版体积约 600 MB

下载

• SciEdit_NanoPro_Portable_v1.15.zip —— 免安装版（解压即用，NanoPro\NanoPro.exe，无需 Python / 管理员）

本版未随附 .exe 安装包（构建机暂无 Inno Setup）；如需安装包，可克隆源码后用仓库内 NanoPro_Setup.iss 自行 ISCC 打包。

安全

API Key 只存本机 ~/.sciedit/config.json，绝不进程序 / 日志 / 仓库 / 导出 / 工程；打包产物不含任何 Key。

NanoPro v1.14

v1.14：UI polishing release. 优化素材库、图层面板、AI/Chat 面板、菜单图标、项目内输入弹窗；保留 PS/BioRender 风格交互。安装包和便携版均已脱敏打包。

SciEdit / NanoPro Qt v1.13 — 箭头/直线变跟随式连接线（BioRender 式，审查修复后发布）

箭头/直线 = BioRender 式智能连接

• 两端吸到对象 → 箭头/直线自动变成【跟随式连接线】：箭头带头、直线无头，移动对象自动跟随，可右键改形状/颜色/删除。
• 悬停显示锚点：连接线/箭头/直线工具下，鼠标移到对象 → 显示 4 个边中点蓝锚点。
• 端点吸附：起点/终点靠近对象边中点（12px 内）自动吸到边正中；按 Shift 约束角度时不吸附。
• 自由画（不靠近对象）→ 仍是静态形状。

质量

本版经【4 个 AI 审查员多视角并行审查】，修复全部 HIGH/MEDIUM bug（含一个测试漏掉的真 bug：箭头/直线锚点之前没真正画出来）后才发布。

下载 SciEdit_NanoPro_Setup_v1.13.exe 双击安装（无需管理员）。