List view
Refactor server to reduce coupling between components and simplify maintenance. It implies: - removing global variable when possible and use a context object instead - Use a clean OOD taking in account database, mode, jobtype, etc.
Overdue by 2 month(s)•Due by March 31, 2026•0/1 issues closed# 1. Contexte scientifique D-Genies est un logiciel qui a été développé en 2018 par F. Cabanettes lors d'un contrat financé par France Génomique C'est un logiciel et service web de qui permet de générer un alignement entre 2 génomes et de le visualiser sous la forme d'un dotplot. # 2. Description de la demande ## Rappel D-Genies permet: - d'aligner deux génomes (ou un génome avec lui-même) fournis sous la forme de séquences fasta. - de visualiser un alignement à l'aide d'un dotplot intéractif qui permet entre autre de zoomer sur des zone d'intérêt . - le lancer des alignements et calculs de visualisation en mode batch. D-Genies peut fonctionner en mode standalone en logiciel autonome, effectuant un job à la fois, ou bien en mode serveur, pouvant réaliser plusieurs jobs en parallèle. Le mode serveur pour aussi soumettre les jobs de calcul à un cluster utilisant l'ordonnanceur slurm ou sge. ## Demande Dans le contexte du développement d'une nouvelle interface web pour D-Genies, nous avons choisi de mettre en place une API pour soumettre des jobs sur le service D-Genies. Pour l'instant, nous conservons les routes réseaux et l'interface actuelle qui seront remplacées dans des prochains livrables Nos besoins sont les suivants: - Get instance config - Submit job - Upload files - Job parameters - Job status - Result: - Get result - Action on result (to fill later) # 3. Organisation ## 3.1 Planning Cette version doit être réalisé pour fin décembre 2025. ## 3.2 Personnes Implémentation: PB. Tests du traitement: PB & CK ## 3.3 Ressources matériels - VM de dev, - VM de prod ## 3.4 Ressources financières Ressources propres # 4. Échéancier - Fin août 2025: la soumission, le status des jobs et la récupération du dotplot fonctionnent. - Fin novembre 2025: les fonctions de la page de résultat (dotplot) fonctionne - Fin décembre 2025: bugfixes # 5. Critères de validations La soumisson des fichiers de tests usuels pour la non régression en prenant soin de tester les nouvelles fonctionnalitées. # 6. Revue de projet et modifications du planning et des ressources # Revue du 2025-09-28 La mise en place de l'API entraine quelques changements dans la logique web de D-Genies pour la rendre plus simple à utiliser par n'importe qui. Depuis mi août, la soumission, le status des jobs et la récupération du dotplot fonctionnent, modulo quelques bugs en cours de corretion et stabilisations de l'api: - [x] Get instance config - [x] Submit job - [x] Upload files - [x] submit job parameters - [x] Get job status - [x] Result: - [x] Get result VD commence à regarder ses besoins pour la partie result (dotplot) afin de définir les intéractions. Pas de changement en terme de ressources pour le projet.
Overdue by 6 month(s)•Due by November 30, 2025•5/7 issues closed- No due date•0/2 issues closed
# 1. Contexte scientifique D-Genies est un logiciel qui a été développé en 2018 par F. Cabanettes lors d'un contrat financé par France Génomique C'est un logiciel et service web de qui permet de générer un alignement entre 2 génomes et de le visualiser sous la forme d'un dotplot. # 2. Description de la demande ## Rappel D-Genies permet: - d'aligner deux génomes (ou un génome avec lui-même) fournis sous la forme de séquences fasta. - de visualiser un alignement à l'aide d'un dotplot intéractif qui permet entre autre de zoomer sur des zone d'intérêt . - le lancer des alignements et calculs de visualisation en mode batch. D-Genies peut fonctionner en mode standalone en logiciel autonome, effectuant un job à la fois, ou bien en mode serveur, pouvant réaliser plusieurs jobs en parallèle. Le mode serveur pour aussi soumettre les jobs de calcul à un cluster utilisant l'ordonnanceur slurm ou sge. ## Demande L'objectif de ce livrable est d'ajouter des pistes (tracks) d'annotations sur les côtés du dotplot (en haut et à droite) pour indiquer plus facilement des pistes d'intérêt. Les donnés d'annotation seront fournies à l'aide de fichiers BED et/ou Wiggle. # 3. Organisation ## 3.1 Planning Cette version doit être réalisé pour fin janvier 2024. ## 3.2 Personnes Implémentation: PB. Tests du traitement: PB & CK ## 3.3 Ressources matériels - VM de dev, - VM de prod ## 3.4 Ressources financières Ressources propres # 4. Échéancier fin janvier 2024: Version de test # 5. Critères de validations La soumisson des fichiers de tests usuels pour la non régression en prenant soin de tester les nouvelles fonctionnalitées # 6. Revue de projet et modifications du planning et des ressources ## 6.1 Revue du 2023-11-21 Ce qui a été fait: - Chargement basique des fichiers Wiggle et BED - Affichage, zoom, translations des pistes en cohérence avec dotplot - Tooltips sur pistes Ce qui reste à faire: - Vérification à l'upload des fichiers Wiggle et BED. - Upload de fichiers d'annotation en mode align et batch - Mettre à jour les exemples - Projections pistes vers dotplot et réciproque - Legendes - clic droit sur pistes ### Decision P.B. est mobilisé sur d'autres projets, pas de ressources disponibles pour continuer ce milestone. Il est mis en pause indéfiniment Màj juin 2024: l'arrivée d'un stagiaire entrainera la création d'une nouvelle milestone ## 6.2 Précision du 2025-09-04 **L'arrivée et le travail de VD rend ce livrable caduque. Il sera repris de zéro lorsque la nouvelle interface sera publiée. PB a retire la date de livraison.**
No due date•3/26 issues closed