Un package conçu pour rassembler et intégrer des relevés d'oiseaux. Il facilite l'exploration interactive des données et l'évaluation des menaces pesant sur les populations d'oiseaux aquatiques au Québec à la suite d'un incident de déversement.
# Installer devtools si ce n'est pas déjà fait
install.packages("devtools")
# Installer urgenceAviR depuis GitHub
devtools::install_github("insileco/urgenceAviR")L'application peut être lancée selon trois modes différents:
Utilisez ce mode pour travailler en local avec un dossier de données spécifique:
# Définir le dossier contenant les fichiers de données
urgenceAviR::set_datasets_folder("path/to/files")
# Lancer l'application
urgenceAviR::run_app()Utilisez ce mode pour un déploiement local en production où le dossier de données est configuré dans inst/golem-config.yml:
# Activer le mode production
Sys.setenv(R_CONFIG_ACTIVE = "production")
# Lancer l'application sans téléversement de fichiers
urgenceAviR::run_app(file_upload = FALSE)Utilisez ce mode pour un déploiement cloud où les utilisateurs téléversent leurs propres fichiers:
# Activer le mode production
Sys.setenv(R_CONFIG_ACTIVE = "production")
# Lancer l'application avec téléversement de fichiers
urgenceAviR::run_app()Note: La taille maximale des fichiers téléversés est de 250 MB.
Une fois le dossier de données configuré avec set_datasets_folder(), vous pouvez charger les données de deux façons :
# Charger et combiner tous les jeux de données en un seul data.frame
all_data <- urgenceAviR::load_all_datasets()
# Ou charger les jeux de données séparément dans une liste
datasets_list <- urgenceAviR::load_all_datasets(combine = FALSE)Vous pouvez également charger les jeux de données individuellement :
# Charger les canards de mer
canards <- urgenceAviR::load_canards()
# Charger les eiders en hiver
eiders <- urgenceAviR::load_eider_hiver()
# Charger les garrots
garrots <- urgenceAviR::load_garrot()
# Charger les macreuses
macreuses <- urgenceAviR::load_macreuse()
# Charger les oies
oies <- urgenceAviR::load_oies()
# Charger la sauvagine du fleuve
sauvagine <- urgenceAviR::load_sauvagine_fleuve()
# Charger SOMEC
somec <- urgenceAviR::load_somec()
# Charger BIOMQ
biomq <- urgenceAviR::load_biomq()
# Charger les îles du Nunavik
iles <- urgenceAviR::load_iles_nunavik()
# Charger l'inventaire aérien du Nunavik
inventaire <- urgenceAviR::load_inventaire_aerien_nunavik()
# Charger les colonies atlantiques
atlantic <- urgenceAviR::load_atlantic_colonies()Le package intègre les jeux de données suivants :
| Nom du jeu de données | Fichier source | Colonnes requises |
|---|---|---|
| Canards de mer | ConsultationCanardsDeMer.csv |
NomLieu, LATITUDE, LONGITUDE, Annee, Mois, Jour, NombreTotal, Nom_FR |
| Eider en hiver | ConsultationEiderHiver.csv |
Region, An, Mois, Jour, Species, visuelblancs, visuelbruns, inconnus, LatDec, LongDec |
| Garrot | ConsultationGarrot.csv |
annee, mois, jour, CodeSp, N, Observateurs, Lat, Long, loc_ID |
| Macreuses | ConsultationMacreuses.csv |
Date, Observateur, Espece, Nombre, Longitude, Latitude |
| Oies des neiges au printemps | ConsultationOieDesNeigesPrintemps.csv |
Date, Observateur, Code, Count, Longitude, Latitude |
| Sauvagine du fleuve Saint-Laurent | ConsultationSauvagineFleuve.csv |
Date, Latitude, Longitude, Nombre, Observateur |
| SRIV | ConsultationSRIV.csv |
debut, obslat, obslong, total, obsdro |
| SOMEC | ConsultationSOMEC.csv |
CruiseID, Alpha, StartDate, LatStart, LongStart, Count, ObserverName |
| BIOMQ | consultationBIOMQ.xlsx |
NomCol, CentroideX, CentroideY, NomFR, nb_nicheur, methode, nomRef, Année, MoisDebut, JourDebut |
| Îles du Nunavik | ConsultationIles_Nunavik.csv |
Nom_Ile, Longitude, Latitude, Nom_francais, Nb_compte, Methode_descriptif, Annee, Mois, Jour |
| Inventaire aérien du Nunavik | ConsultationInventaire_aerien_Nunavik.csv |
Obs_ID, Nom_français, Longitude, Latitude, Nb_total_ind, Date, Observateur |
| Atlantic colonies | all_atlantic_colonies_obs.csv |
ColonyId, Species_code.full, Long, Lat, Colony_size, Date, Source, CensusId |